genome.fa.s2839.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002839.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005843_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  117695

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8688--8752	3	21.7	3	100	0	130	0	33	0	66	0.92
10064--10113	26	2.0	26	84	4	66	30	24	6	40	1.79
17195--17349	20	7.6	20	70	13	75	36	23	20	20	1.95
17280--17448	20	8.4	20	75	6	99	39	21	19	19	1.93
17299--17511	81	2.6	80	85	4	232	37	23	18	20	1.94
17341--17511	40	4.2	41	89	1	247	37	22	19	20	1.94
17341--17513	20	8.6	20	76	4	177	36	23	19	20	1.95
18050--18127	20	3.8	21	86	5	92	51	17	19	11	1.76
18104--18189	38	2.4	36	84	9	106	47	24	20	6	1.75
18126--18189	19	3.4	19	97	0	119	46	28	18	6	1.73
18190--18296	19	5.8	19	76	16	118	11	20	18	49	1.78
18204--18296	33	2.6	35	86	10	127	10	22	19	47	1.80
19998--20320	94	3.4	94	94	0	558	21	12	19	46	1.83
20671--20769	21	4.7	21	70	3	74	23	33	20	23	1.97
20668--20778	42	2.6	42	77	5	118	21	36	18	23	1.95
22130--22165	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
22267--22432	52	3.2	52	80	5	176	43	18	22	15	1.87
22338--22392	14	3.6	14	73	21	56	43	21	21	12	1.86
22319--22411	33	2.8	33	90	0	159	45	19	21	13	1.85
22278--22504	85	2.7	85	94	0	382	44	17	22	14	1.85
22300--22463	52	3.2	52	84	5	199	45	17	21	14	1.84
22404--22499	33	2.9	33	96	1	174	44	18	22	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22533--22575	19	2.3	19	91	0	68	18	18	13	48	1.80
23242--23307	18	3.6	18	83	4	78	24	15	22	37	1.92
23276--23446	20	8.4	20	77	5	182	19	18	23	38	1.93
23260--23446	40	4.7	40	89	2	261	19	18	23	38	1.93
23260--23468	41	5.2	39	86	5	187	20	18	23	37	1.94
23455--23507	20	2.7	20	88	5	72	13	18	22	45	1.84
25048--25080	17	1.9	17	93	0	57	24	30	18	27	1.98
25709--25845	29	4.8	28	84	4	166	22	21	16	38	1.93
25679--25873	58	3.4	57	76	4	185	22	20	17	40	1.91
25722--25897	86	2.0	87	83	1	219	19	20	18	41	1.91
27624--27678	23	2.4	23	93	0	92	32	7	27	32	1.84
29841--29900	29	2.0	30	87	3	86	18	16	16	48	1.82
30841--30907	30	2.2	31	81	2	73	32	26	20	19	1.97
30869--30986	62	1.9	62	84	5	157	33	20	16	30	1.94
30867--30991	31	4.0	32	71	11	105	33	20	16	29	1.95
31344--31398	25	2.2	25	78	18	62	41	16	0	41	1.48
32836--32900	29	2.2	29	83	0	76	16	18	13	50	1.78
33865--34097	116	2.0	116	98	0	448	33	20	20	25	1.96
41415--41450	6	6.0	6	100	0	72	66	16	16	0	1.25
41929--41955	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
42674--42699	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
43153--43179	14	1.9	14	100	0	54	55	7	22	14	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43257--43298	17	2.5	17	84	3	50	28	2	2	66	1.16
43618--43663	24	1.9	24	100	0	92	32	21	32	13	1.92
45517--45632	43	2.7	43	81	5	135	31	18	20	30	1.96
47258--50126	718	4.0	717	98	0	5528	39	17	13	29	1.88
54210--54252	21	2.0	21	86	0	59	32	30	23	13	1.93
54281--54325	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
54923--54956	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
55894--55958	23	2.8	23	90	0	103	23	24	23	29	1.99
61734--61837	34	3.2	33	70	20	94	57	16	4	21	1.57
61734--61850	62	1.9	62	92	0	198	57	16	5	20	1.60
62897--63094	85	2.4	82	79	2	198	30	17	20	31	1.95
63030--63162	68	2.0	68	92	0	221	36	21	16	25	1.94
64607--64644	13	2.9	13	84	11	51	39	0	10	50	1.37
64757--64822	33	2.0	33	100	0	132	21	21	9	48	1.77
65560--65628	21	3.1	22	75	12	61	27	5	0	66	1.14
65592--65660	14	4.6	15	79	12	70	39	2	0	57	1.13
65615--65660	2	23.5	2	85	12	60	43	4	0	52	1.21
65703--65819	38	3.3	34	74	21	98	25	4	1	68	1.17
65793--65830	18	2.1	18	85	9	51	18	5	0	76	0.97
65811--65835	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
65765--65871	50	2.2	47	76	19	78	21	4	2	71	1.18
65936--65980	18	2.6	17	83	13	56	15	13	0	71	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65934--65980	17	2.7	17	81	12	60	14	12	0	72	1.13
66038--66069	12	2.6	12	95	5	55	15	0	0	84	0.63
66024--66070	16	2.9	16	78	15	51	14	2	2	80	0.89
66050--66116	26	2.6	25	77	15	75	14	4	5	74	1.17
69181--69217	9	3.8	10	82	17	51	81	2	16	0	0.81
69181--69217	18	2.0	19	94	5	67	81	2	16	0	0.81
69202--69254	13	4.2	13	88	9	74	77	3	16	1	1.01
69326--69463	69	2.0	69	94	2	242	37	23	14	24	1.92
70587--70648	26	2.4	26	97	0	115	35	19	14	30	1.92
70789--70860	37	1.9	37	91	0	117	26	19	13	40	1.89
70876--70960	37	2.3	36	85	2	116	24	18	14	42	1.88
70789--71165	102	3.7	101	87	2	425	28	18	12	39	1.88
70978--71203	36	6.4	36	77	11	227	26	19	13	39	1.89
70998--71258	138	1.9	139	91	0	425	26	19	13	40	1.89
70795--71165	203	1.8	204	82	5	482	28	19	13	38	1.89
71161--71345	66	2.7	67	83	8	216	32	20	8	37	1.83
72052--72289	110	2.2	110	82	5	290	35	23	16	23	1.95
73721--73762	22	1.9	22	90	9	68	21	7	0	71	1.09
73744--73801	20	3.1	19	80	11	57	34	3	0	62	1.12
73874--73941	27	2.5	27	81	9	68	26	4	0	69	1.07
73941--73965	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
74076--74109	18	1.9	17	88	5	50	14	11	0	73	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74063--74109	17	2.7	17	78	12	51	17	10	0	72	1.12
75902--75952	26	2.0	26	84	3	68	31	9	15	43	1.80
78665--78713	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
79240--79272	13	2.5	13	95	0	57	9	15	0	75	1.03
79863--79922	20	3.2	20	70	18	56	25	5	1	68	1.19
80395--80438	23	1.9	23	90	0	70	52	6	15	25	1.68
82179--82240	23	2.7	23	82	0	88	27	24	25	22	2.00
92657--92690	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
108211--108339	65	2.0	65	90	0	204	36	20	7	34	1.82
112111--112154	23	2.0	22	90	4	70	47	4	11	36	1.60
112244--112317	39	2.0	39	89	7	118	39	6	5	48	1.53
114211--114240	14	2.1	15	93	6	53	76	6	6	10	1.15
115691--115741	26	2.0	25	81	11	59	56	17	7	17	1.63

Tables:   1

The End!