Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01002863.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005903_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 64358
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Found at i:11179 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 11110--11259 Score: 255
Period size: 53 Copynumber: 2.8 Consensus size: 53
11100 GAAACTATGC
**
11110 GTGCATCCATTTTATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTCGGCACTACGT
1 GTGCATCCATGATATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTCGGCACTACGT
* *
11163 GTGCATCCATGGTATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTCGGCACTATGT
1 GTGCATCCATGATATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTCGGCACTACGT
*
11216 GTGCACCCATGATATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTCG
1 GTGCATCCATGATATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTCG
11260 TTACCTTAGT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 5, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 92 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (53 bp):
GTGCATCCATGATATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTCGGCACTACGT
Found at i:17541 original size:65 final size:64
Alignment explanation
Indices: 17343--17552 Score: 232
Period size: 65 Copynumber: 3.2 Consensus size: 64
17333 TGAACTAAGA
* * ** *
17343 GTGCATCGATGCATCAAGTGCATTCGATGTTTCAAAAT-AGCCAGAGTGCATCGATGCATGGCTG
1 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTCAATATAATTCAG-GTGCATCGATGCATGGTTG
* *
17407 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTTC-ATAAAATCCTCA-GTGCATCGGTGCATGGT
1 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATG-TTTCAATATAAT--TCAGGTGCATCGATGCATGGT
17470 AT-
63 -TG
* *
17472 GTGCATCGATGCATGAAATGCATTCGATG-TTCAATTTAATTCATGGTGCATCGATGCATGGATT
1 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTCAATATAATTCA-GGTGCATCGATGCATGG-TT
17536 G
64 G
*
17537 GTGCATCGGTGCATCA
1 GTGCATCGATGCATCA
17553 CTTAGAAAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 13, Indels: 19
0.79 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
62 3 0.02
63 3 0.02
64 51 0.41
65 63 0.51
66 1 0.01
67 2 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.25, T:0.30
Consensus pattern (64 bp):
GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTCAATATAATTCAGGTGCATCGATGCATGGTTG
Found at i:19715 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19708--19735 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
19698 TTTCGAAATC
19708 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
19736 TTAAGTTCGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:26013 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25959--26007 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
25949 TTGGATCCTT
*
25959 AGTGCATCGATGCACTAA
1 AGTGCATCGATGCA-TCA
25977 GAGTGCATCGATGCATCA
1 -AGTGCATCGATGCATCA
25995 AGTGCATTCGATG
1 AGTGCA-TCGATG
26008 TTTCAAAATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.21
18 8 0.29
19 14 0.50
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (17 bp):
AGTGCATCGATGCATCA
Found at i:26115 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 25979--26138 Score: 200
Period size: 65 Copynumber: 2.5 Consensus size: 65
25969 TGCACTAAGA
* *
25979 GTGCATCGATGCATCAAGTGCATTCGATG-TTTCAAAATAGCCAGAGTGCATCGATACATGGCTG
1 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTTCAAAATAGCCACAGTGCATCGATACATGGCTG
* * * * *
26043 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTTCATAAA-ATCCTCAGTGCATCGGTGCATTG-T
1 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTTCA-AAATAGCCACAGTGCATCGATACATGGCT
*
26106 AT
65 -G
*
26108 GTGCATCGATGCATGAAATGCATTCGATGTT
1 GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTT
26139 CAATTTAATT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 9, Indels: 5
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
64 29 0.35
65 52 0.62
66 3 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.23, T:0.31
Consensus pattern (65 bp):
GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTTCAAAATAGCCACAGTGCATCGATACATGGCTG
Found at i:26177 original size:65 final size:63
Alignment explanation
Indices: 25961--26188 Score: 205
Period size: 64 Copynumber: 3.5 Consensus size: 63
25951 GGATCCTTAG
* * * **
25961 TGCATCGATGCACTAAG-AGTGCATCGATGCATCAAGTGCATTCGATGTTTCAAAAT-AGCCAGA
1 TGCATCGATGCA-T-GGTAGTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTCAATATAATTCAGA
* * *
26024 GTGCATCGATACATGGCTGGTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTTC-ATAAAATCCTC
1 -TGCATCGATGCATGG-TAGTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATG-TTTCAATATAAT--TC
26088 AG-
61 AGA
* * * *
26090 TGCATCGGTGCATTGTATGTGCATCGATGCATGAAATGCATTCGATG-TTCAATTTAATTCATGA
1 TGCATCGATGCATGGTA-GTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTCAATATAATTCA-GA
*
26154 TGCATCGATGCATGGATTAGTGCATCGGTGCATCA
1 TGCATCGATGCATGG--TAGTGCATCGATGCATCA
26189 CTCTGAAAAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 19, Indels: 23
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
62 4 0.03
63 5 0.04
64 60 0.45
65 59 0.44
66 2 0.02
67 3 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (63 bp):
TGCATCGATGCATGGTAGTGCATCGATGCATCAAATGCATTCGATGTTTCAATATAATTCAGA
Found at i:27233 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27210--27252 Score: 86
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
27200 CCTATTGCAT
27210 GTGCATTGAGAGTCATAG
1 GTGCATTGAGAGTCATAG
27228 GTGCATTGAGAGTCATAG
1 GTGCATTGAGAGTCATAG
27246 GTGCATT
1 GTGCATT
27253 TCGACATACT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 25 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.33, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
GTGCATTGAGAGTCATAG
Found at i:27450 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 27386--27543 Score: 253
Period size: 53 Copynumber: 3.0 Consensus size: 53
27376 GTGTACTTTT
* *
27386 GACACTCTGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGTTTGTAAATTACCATTTC
1 GACACTATGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTC
* *
27439 GACACTATGTGTGCATTCATGGTATTCATAATGAGTTTATGAATTACCATTTC
1 GACACTATGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTC
* * *
27492 GGCACTATGTGTGCACCCATGATATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTT
1 GACACTATGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTT
27544 TATTACCTTA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 9, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 96 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (53 bp):
GACACTATGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCATTTC
Found at i:31920 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 31909--33530 Score: 3009
Period size: 6 Copynumber: 271.5 Consensus size: 6
31899 TATACTTGTA
31909 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
*
31957 TATGTG TATGTG TATGTA TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32005 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32053 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
*
32101 TATGTG TATGTG TATGTG TATTTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32149 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG --TGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32195 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32243 TATGTG TATGTG TATGTGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TA--TGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32293 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32341 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
* * * *
32389 TATGTG TATGTG TATGCG TATGTG TATGCG TATGCG TATGCG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
* * *
32437 TATGCG TATGCG TATGCG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
*
32485 TATGTG TATGTG TATGTA TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32533 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32581 TA--TG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTGTG TATGTG TA--TG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TA--TGTG TATGTG TATGTG
32627 TATGTG TATGTG TATGTGTG TATGTG TATGTG TAT-TG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TA--TGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32676 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32724 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32772 TATGTG TA--TG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32818 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32866 TA--TG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32912 TA--TG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
32958 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33006 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33054 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33102 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33150 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33198 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33246 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33294 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33342 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33390 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33438 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG
33486 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TAT
1 TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TATGTG TAT
33531 ATATACTTTT
Statistics
Matches: 1585, Mismatches: 12, Indels: 38
0.97 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
4 24 0.02
5 5 0.00
6 1538 0.97
8 18 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.33, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
TATGTG
Found at i:33554 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 33549--33656 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 55.0 Consensus size: 2
33539 TTAAATACAC
*
33549 AT AT AT AT ACT -T AT AT -T AT AT AT CGT AT AT AT AT AT AT A- AGT
1 AT AT AT AT A-T AT AT AT AT AT AT AT -AT AT AT AT AT AT AT AT A-T
* * * * *
33591 AT AT AT A- AGT TT AC AT AT AT AT AT A- AT AT AA AT AC AT TT A-
1 AT AT AT AT A-T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
* *
33631 AA AT AC AT AT ACT -T AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT A-T AT AT AT AT AT AT AT
33657 GTAAATACTT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 15, Indels: 24
0.67 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
1 7 0.09
2 68 0.86
3 4 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:33570 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33549--33597 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
33539 TTAAATACAC
*
33549 ATATATATA-CTTAT
1 ATATATATATCGTAT
33563 AT-TATATATCGTAT
1 ATATATATATCGTAT
*
33577 ATATATATATAAGTAT
1 ATATATATAT-CGTAT
33593 ATATA
1 ATATA
33598 AGTTTACATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
13 6 0.20
14 8 0.27
15 7 0.23
16 9 0.30
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (15 bp):
ATATATATATCGTAT
Found at i:47817 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 47755--47810 Score: 76
Period size: 19 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
47745 CGTCGGTCAA
* *
47755 CGGTCTAGTCCAGGCGATT
1 CGGTCTGGTCCAGGCGGTT
* *
47774 CGGTCCGGTCCAGGCTGTT
1 CGGTCTGGTCCAGGCGGTT
47793 CGGTCTGGTCCAGGCGGT
1 CGGTCTGGTCCAGGCGGT
47811 CCAGTCTAAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 31 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.29, G:0.38, T:0.25
Consensus pattern (19 bp):
CGGTCTGGTCCAGGCGGTT
Found at i:47840 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 47822--47909 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 6.7 Consensus size: 13
47812 CAGTCTAAGT
47822 GGCTCGGTCGGTC
1 GGCTCGGTCGGTC
47835 GGCTCGGTC-GT-
1 GGCTCGGTCGGTC
* *
47846 --CTCGATCGATC
1 GGCTCGGTCGGTC
47857 GGCTCGGTCGGCTC
1 GGCTCGGTCGG-TC
* *
47871 GATCGATCAGCTCGGTC
1 G---GCTC-GGTCGGTC
*
47888 GGCTCAGTCGGTC
1 GGCTCGGTCGGTC
47901 GGCTCGGTC
1 GGCTCGGTC
47910 AGCTCAACTG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 10, Indels: 18
0.67 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
9 6 0.11
10 1 0.02
12 2 0.04
13 30 0.54
14 6 0.11
17 6 0.11
18 5 0.09
ACGTcount: A:0.07, C:0.32, G:0.38, T:0.24
Consensus pattern (13 bp):
GGCTCGGTCGGTC
Found at i:47890 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 47825--47898 Score: 80
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
47815 TCTAAGTGGC
* *
47825 TCGG-TCGGTCGGCTCGGTCGTCTCGATCGA
1 TCGGCTCGGTCGGCTCGATCGTCTAGATCGA
* *
47855 TCGGCTCGGTCGGCTCGATCGATC-AGCTCGG
1 TCGGCTCGGTCGGCTCGATCG-TCTAGATCGA
*
47886 TCGGCTCAGTCGG
1 TCGGCTCGGTCGG
47899 TCGGCTCGGT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 3
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 4 0.11
31 31 0.84
32 2 0.05
ACGTcount: A:0.08, C:0.31, G:0.36, T:0.24
Consensus pattern (31 bp):
TCGGCTCGGTCGGCTCGATCGTCTAGATCGA
Found at i:47915 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 47822--47914 Score: 116
Period size: 22 Copynumber: 4.2 Consensus size: 22
47812 CAGTCTAAGT
* *
47822 GGCTCGGTCGGTCGGCTCGGTC
1 GGCTCGATCGATCGGCTCGGTC
*
47844 GTCTCGATCGATCGGCTCGGTC
1 GGCTCGATCGATCGGCTCGGTC
*
47866 GGCTCGATCGATCAGCTCGGTC
1 GGCTCGATCGATCGGCTCGGTC
*
47888 GGCTC-AGTCGGTCGGCTCGGTC
1 GGCTCGA-TCGATCGGCTCGGTC
*
47910 AGCTC
1 GGCTC
47915 AACTGGTTCA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 8, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.02
22 61 0.98
ACGTcount: A:0.08, C:0.32, G:0.37, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
GGCTCGATCGATCGGCTCGGTC
Found at i:53017 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 52999--53023 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
52989 CCAGTCTAAG
52999 CGGCTCGGTCGGT
1 CGGCTCGGTCGGT
53012 CGGCTCGGTCGG
1 CGGCTCGGTCGG
53024 CTCAGTCGGT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.32, G:0.48, T:0.20
Consensus pattern (13 bp):
CGGCTCGGTCGGT
Found at i:53025 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 52999--53049 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
52989 CCAGTCTAAG
* * *
52999 CGGCTCGGTCGGTCGGCTCGGT
1 CGGCTCAGTCGGTCAGCTCAGT
53021 CGGCTCAGTCGGTCAGCTCAGT
1 CGGCTCAGTCGGTCAGCTCAGT
*
53043 TGGCTCA
1 CGGCTCA
53050 ACTGGTTCAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 25 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.31, G:0.37, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
CGGCTCAGTCGGTCAGCTCAGT
Done.