genome.fa.s2875.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002875.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005929_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1473696

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757361--757404	19	2.4	19	88	11	65	20	31	18	29	1.96
760520--760583	23	2.8	22	80	4	74	26	25	26	21	2.00
760591--760919	103	3.2	103	95	0	570	37	24	12	25	1.91
761209--761261	23	2.3	23	83	0	79	24	24	30	20	1.99
761269--761597	103	3.2	103	96	0	579	37	24	12	25	1.91
760525--761886	678	2.0	678	99	0	2697	34	23	12	29	1.91
761977--762006	10	3.0	10	100	0	60	70	0	30	0	0.88
771119--771170	15	3.5	15	83	0	68	11	63	13	11	1.52
775177--775265	33	2.6	34	92	5	144	43	0	0	56	0.99
778563--778613	3	16.7	3	83	4	66	66	1	1	29	1.13
778775--779225	88	5.3	88	74	14	329	25	18	31	24	1.97
778796--779311	128	4.0	128	97	0	969	25	18	31	24	1.98
778775--779319	40	12.7	45	72	16	356	25	18	31	24	1.98
779437--779511	36	2.1	36	82	9	91	45	12	17	25	1.82
779399--779518	63	1.9	63	85	11	165	41	11	17	29	1.85
779506--779585	36	2.3	35	82	10	92	38	15	17	28	1.90
779658--779781	64	2.0	64	86	1	178	42	11	14	31	1.81
779957--780098	75	1.9	75	80	2	169	40	11	11	36	1.78
780027--780142	36	3.5	35	65	22	95	43	11	10	34	1.74
780026--780169	64	2.3	66	89	8	235	44	12	9	33	1.75
780131--780187	27	2.1	27	90	6	89	43	17	7	31	1.76
780289--780449	28	5.7	27	84	9	166	44	15	10	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780289--780451	29	5.8	29	85	7	185	44	15	11	28	1.80
780302--780449	57	2.6	57	83	8	194	44	15	10	29	1.80
780274--780454	27	6.4	29	83	7	185	46	14	10	28	1.77
780687--780790	36	3.0	36	81	4	124	35	11	20	32	1.88
780758--780987	104	2.3	100	81	7	241	37	12	18	30	1.88
781452--781491	4	10.5	4	89	10	66	25	0	25	50	1.50
789567--789617	3	16.7	3	83	4	66	66	1	1	29	1.13
793985--794162	83	2.1	83	97	0	338	24	16	19	38	1.92
796013--796058	21	2.1	22	84	11	60	36	4	0	58	1.18
800333--800361	10	3.0	10	95	5	51	62	0	0	37	0.96
803841--803867	11	2.5	11	100	0	54	18	14	18	48	1.82
804098--804133	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
805045--805072	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
805284--805416	60	2.2	60	80	4	135	35	17	15	32	1.91
807115--807149	14	2.4	15	85	9	54	28	0	25	45	1.54
810188--810266	23	3.4	23	94	0	122	8	10	20	60	1.55
811393--811420	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
815410--815446	6	6.2	6	87	0	56	48	29	0	21	1.50
817660--817716	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
822771--822825	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
822884--822991	31	3.5	30	68	10	83	27	2	11	58	1.46
822870--822994	62	2.0	62	92	4	209	28	4	12	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829228--829306	25	3.2	25	76	1	70	39	20	16	24	1.92
831031--831103	30	2.5	30	84	6	96	38	12	5	43	1.65
836001--836052	27	1.9	27	84	0	68	55	1	5	36	1.35
840348--840381	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
840927--841174	130	1.9	130	92	0	415	35	12	15	36	1.85
841562--841637	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
843371--843421	12	4.3	12	76	18	54	31	0	1	66	1.03
843404--843471	24	2.7	27	76	19	74	42	0	1	55	1.08
843434--843484	13	4.0	12	78	12	57	39	0	1	58	1.09
843383--843546	62	2.6	64	88	9	232	40	0	2	56	1.17
843532--843593	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
844057--844116	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
855730--855761	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
856147--856271	59	2.1	60	76	7	130	40	12	12	36	1.79
856635--856709	35	2.1	35	87	4	107	46	20	1	32	1.59
856967--857008	16	2.5	17	84	7	50	45	0	0	54	0.99
856866--857155	146	2.0	147	93	0	501	36	5	8	48	1.58
857659--857737	35	2.2	36	90	2	124	34	1	21	43	1.61
858891--858920	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
860238--860277	19	2.1	19	100	0	80	42	15	10	32	1.79
861083--861133	19	2.8	18	75	13	59	58	7	0	33	1.27
861935--862126	96	2.0	96	100	0	384	38	11	12	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863426--863473	6	7.8	6	97	2	87	31	2	0	66	1.03
863426--863490	18	3.5	18	87	8	60	33	3	0	63	1.10
863751--863784	17	1.9	18	88	5	52	55	11	5	26	1.58
876191--876234	20	2.2	20	100	0	88	15	40	4	38	1.68
877724--877803	40	2.0	40	90	0	124	37	7	11	43	1.69
880532--880563	9	3.6	9	95	0	55	18	0	46	34	1.49
881464--881511	25	2.0	24	87	4	69	25	4	16	54	1.60
892477--892516	20	2.0	20	90	4	64	72	0	12	15	1.12
893004--893037	13	2.6	13	100	0	68	11	32	0	55	1.36
893516--893709	53	3.6	55	93	4	333	30	15	24	29	1.96
893525--893999	55	8.9	55	81	9	314	31	19	24	24	1.98
893631--893892	105	2.4	106	80	7	280	31	19	25	23	1.98
893706--894014	105	2.9	105	80	6	297	31	22	23	22	1.98
893631--894053	55	7.9	55	78	11	278	30	21	23	23	1.99
896088--896132	23	2.0	23	90	0	72	22	2	17	57	1.50
898799--898828	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
900577--900629	26	2.0	26	100	0	106	43	22	11	22	1.85
902613--902700	44	2.0	44	95	0	158	21	7	19	51	1.72
909629--910180	192	2.8	198	77	12	602	27	32	15	24	1.95
915455--915499	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
916298--916451	31	5.0	31	91	1	238	22	20	20	37	1.95
918680--918750	31	2.3	31	85	4	90	29	11	12	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918911--918960	25	2.0	24	85	11	66	52	0	4	44	1.20
918921--918992	24	2.9	25	81	10	76	50	1	4	44	1.30
918921--918981	24	2.5	24	86	2	77	50	0	4	44	1.23
918903--918977	27	2.8	27	78	12	91	53	0	4	42	1.19
925043--925119	31	2.5	31	89	0	118	45	6	15	32	1.72
925727--925837	32	3.5	32	82	0	132	31	19	18	30	1.96
925727--925848	64	1.9	64	86	0	172	31	18	17	31	1.94
925748--925862	32	3.6	32	83	0	122	33	16	15	33	1.91
927603--927706	55	1.9	55	89	0	163	30	24	7	37	1.83
928636--928730	38	2.5	38	94	0	172	55	8	9	26	1.60
932286--932377	38	2.4	39	83	7	107	42	6	3	47	1.45
950627--950651	11	2.3	11	100	0	50	32	8	0	60	1.26
951709--951811	48	2.2	48	98	1	199	37	22	9	30	1.86
952411--952575	82	2.0	82	100	0	330	35	18	28	18	1.94
954244--954383	73	1.9	72	88	4	210	42	8	5	43	1.57
955082--955119	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
956600--956650	19	2.7	19	100	0	102	41	5	0	52	1.25
962492--962982	246	2.0	245	98	0	946	26	17	16	39	1.90
963569--963643	20	3.8	20	81	13	100	26	14	22	36	1.93
964127--964183	5	11.4	5	100	0	114	59	0	0	40	0.97
965573--965952	198	1.9	199	84	4	507	41	11	12	33	1.79
966308--966346	17	2.2	17	86	9	51	69	2	0	28	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
980841--980871	15	2.1	15	93	0	53	51	0	6	41	1.27
982369--982409	22	1.9	21	85	14	57	34	7	12	46	1.69
982615--982663	25	2.1	23	85	14	66	71	0	4	24	1.03
985508--985566	13	4.5	13	75	8	66	52	0	0	47	1.00
985520--985578	26	2.4	26	77	8	61	52	0	0	47	1.00
985506--985592	39	2.3	37	83	11	106	48	0	0	51	1.00
986350--986395	19	2.5	19	96	3	85	58	0	0	41	0.98
987080--987134	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
987609--987680	23	3.4	22	68	31	66	47	5	5	41	1.50
987609--987699	40	2.3	40	98	0	173	48	5	4	41	1.46

Tables:   1   2   3   4   5