genome.fa.s2882.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002882.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005944_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  139026

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--39	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
2628--2705	21	3.5	22	73	16	81	26	24	24	24	2.00
6512--6551	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
8526--8616	45	2.0	46	89	2	139	28	19	24	27	1.99
8636--8674	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
12948--12982	5	7.0	5	100	0	70	20	0	40	40	1.52
13670--13721	21	2.5	21	84	3	70	40	19	23	17	1.91
13689--13783	41	2.3	41	80	3	111	36	23	18	21	1.95
13710--13804	20	4.7	20	76	7	84	32	25	17	24	1.97
13992--14035	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
14298--14356	20	3.0	20	84	0	73	15	18	22	44	1.87
14492--14546	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
15673--15717	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
16197--16249	20	2.7	20	78	0	61	41	24	18	15	1.89
16252--16309	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
16236--16326	32	2.8	33	93	3	157	48	21	17	12	1.80
16343--16435	33	2.8	33	93	1	152	12	18	21	47	1.82
16420--16475	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
16840--16927	41	2.1	41	85	2	122	21	43	14	20	1.88
18336--18371	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
18498--18561	19	3.6	19	80	16	84	45	17	21	15	1.85
18587--18674	20	4.4	20	80	5	115	15	21	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18888--18979	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
18962--19014	19	2.7	20	80	8	63	22	22	16	37	1.94
22210--22267	26	2.2	27	90	3	91	43	18	25	12	1.85
22212--22259	14	3.6	14	80	11	64	43	18	25	12	1.85
22176--22313	19	7.5	19	66	19	69	42	20	23	13	1.88
22238--22313	33	2.3	33	90	2	118	44	18	25	11	1.83
22322--22388	19	3.8	19	75	18	81	11	22	20	44	1.84
22495--22531	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
24224--24408	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
26138--26238	14	6.6	14	67	24	62	42	22	24	9	1.84
26103--26215	45	2.4	46	91	4	174	44	19	23	12	1.85
26151--26255	33	3.2	33	90	2	160	44	21	22	10	1.83
26196--26260	19	3.7	19	74	19	77	44	21	23	10	1.83
26256--26324	19	3.5	19	86	6	93	13	15	23	47	1.80
26844--26960	61	1.9	61	85	3	164	23	18	23	33	1.97
26844--26957	20	5.7	20	82	6	113	24	19	24	31	1.98
27028--27068	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
29316--29402	22	4.0	22	98	0	165	13	36	26	22	1.92
29848--29879	6	5.3	6	96	0	55	37	34	28	0	1.57
32111--32162	24	2.2	24	85	0	68	21	21	28	28	1.98
38666--38700	17	2.1	17	89	5	54	40	8	0	51	1.33
41181--41392	45	4.8	45	86	2	270	29	22	8	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45362--45467	11	9.7	10	73	18	70	4	12	3	79	1.02
45413--45459	14	3.3	15	94	5	80	0	12	6	80	0.88
45399--45459	28	2.2	28	85	11	81	1	13	4	80	0.95
45419--45466	18	2.7	18	81	15	64	0	14	4	81	0.84
48310--48521	45	4.8	43	85	5	253	28	20	8	41	1.82
48413--48486	25	3.2	25	64	28	72	28	24	9	37	1.86
48629--48787	40	4.0	40	96	0	282	34	25	16	22	1.95
52285--52337	21	2.5	21	90	0	79	33	30	13	22	1.92
52360--52436	39	2.0	40	89	2	120	35	11	15	37	1.84
59139--59194	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
59886--59941	30	2.0	29	82	10	71	39	5	1	53	1.34
64631--64675	20	2.2	20	96	0	81	35	13	24	26	1.92
65343--65447	48	2.2	48	100	0	210	28	3	41	25	1.73
70789--71121	68	4.9	68	80	12	396	28	12	11	47	1.76
70888--70993	31	3.2	31	66	19	88	26	11	12	50	1.73
70905--71006	31	2.9	36	66	16	97	27	11	14	46	1.80
72927--72976	3	17.0	3	88	12	77	66	0	0	34	0.92
75034--75167	64	2.1	65	85	1	180	40	7	17	35	1.77
77651--77678	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
82083--82345	106	2.5	105	85	4	348	33	25	18	22	1.97
82616--83023	124	3.3	124	67	14	350	31	25	18	24	1.97
82293--83142	251	3.4	252	92	0	1342	32	24	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84844--84875	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
86513--86549	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
86594--86647	21	2.6	21	78	0	63	25	20	20	33	1.97
86656--86766	20	5.5	20	82	6	143	31	28	16	23	1.96
86654--86791	61	2.3	61	85	0	204	36	25	15	23	1.93
87338--87439	20	5.2	19	78	4	96	19	16	23	40	1.91
89352--89420	20	3.5	20	87	0	93	36	24	21	17	1.95
89487--89611	19	6.7	19	74	14	93	14	16	24	44	1.85
89568--89611	20	2.2	21	84	12	65	13	15	22	47	1.81
90089--90187	21	4.7	21	78	3	101	21	34	20	24	1.97
90085--90207	42	2.9	42	79	0	129	21	34	18	25	1.96
91758--91811	20	2.7	20	88	5	65	42	25	18	12	1.86
91822--92064	34	6.8	34	75	13	148	23	18	22	36	1.95
91814--91956	74	1.9	74	89	0	223	23	20	21	34	1.96
91856--92092	20	12.8	20	74	15	168	25	17	21	35	1.95
91928--92092	74	2.2	74	84	0	222	25	16	21	35	1.95
91875--92084	54	3.9	54	73	18	202	23	17	22	36	1.95
92063--92332	140	1.9	140	96	0	504	42	15	12	29	1.84
95355--95483	41	3.2	39	79	9	134	24	16	25	33	1.96
95384--95483	20	4.9	20	72	10	87	25	18	25	32	1.97
95509--95545	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
96448--96502	24	2.3	24	80	0	65	12	16	23	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96469--96509	14	2.9	14	85	0	55	12	12	19	56	1.67
97872--98012	70	2.0	70	100	0	282	38	9	9	41	1.72
100249--100276	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
101532--101638	39	2.7	39	76	13	112	45	0	20	33	1.51
102571--102644	21	3.6	21	74	3	87	21	18	25	33	1.96
102564--102667	41	2.5	41	96	0	199	19	20	23	37	1.94
102656--102747	41	2.2	41	90	0	148	21	17	21	39	1.93
102656--102727	22	3.4	21	69	18	60	20	16	23	38	1.92
102677--102746	19	3.5	19	69	17	61	21	17	20	41	1.90
102827--102851	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
103557--103620	21	3.1	21	72	4	67	37	23	18	20	1.94
105623--105668	18	2.5	18	86	10	58	63	0	8	28	1.24
109809--109851	18	2.5	17	82	17	61	65	0	11	23	1.25
111927--111957	7	4.4	7	100	0	62	25	0	32	41	1.56
111927--111974	21	2.3	21	85	7	62	27	2	29	41	1.67
113121--113359	6	39.2	6	89	3	208	35	9	14	41	1.77
113121--113356	18	12.9	18	82	3	238	36	9	13	40	1.77
117303--117398	7	13.7	7	98	0	183	41	0	43	14	1.45
120902--120944	11	3.6	12	87	9	61	55	0	0	44	0.99
128104--128142	13	3.0	13	100	0	78	23	15	7	53	1.67
129370--129404	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
130245--130399	16	9.7	16	90	0	247	44	32	18	3	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130865--130926	20	3.1	20	76	0	61	45	17	16	20	1.86
131364--131413	18	2.8	18	96	0	91	14	16	12	58	1.64
133200--133225	12	2.2	12	100	0	52	38	7	11	42	1.70
133352--133391	15	2.7	15	100	0	80	37	5	12	45	1.64

Tables:   1

The End!