genome.fa.s2902.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002902.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005993_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  128871

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2917--2977	7	7.8	8	75	17	65	0	18	0	81	0.68
2906--2969	26	2.5	26	87	9	89	0	15	0	84	0.63
2906--2987	28	3.2	25	83	11	96	0	15	0	84	0.63
2906--2987	32	2.5	33	92	4	130	0	15	0	84	0.63
8425--8502	16	4.9	15	73	15	68	56	2	2	38	1.27
8388--8708	135	2.4	132	82	9	380	49	8	6	36	1.58
8457--8704	135	1.8	134	89	3	390	48	8	7	36	1.61
8819--8903	23	3.7	22	71	22	59	65	3	3	27	1.25
8911--8958	16	3.0	17	85	8	57	60	4	6	29	1.40
10154--10205	9	5.7	9	84	10	61	57	0	0	42	0.98
10159--10204	3	14.7	3	90	4	65	60	0	0	39	0.97
16445--16488	21	2.1	21	84	16	56	38	0	2	59	1.10
16485--16537	25	2.2	24	89	3	79	37	13	0	49	1.42
16560--16752	94	2.1	94	93	2	327	36	13	13	35	1.86
17011--17097	32	2.7	32	80	3	86	27	10	21	40	1.86
17594--17626	12	2.6	13	85	9	50	63	0	0	36	0.95
19057--19106	17	3.1	17	69	16	52	22	6	20	52	1.68
21567--21620	22	2.4	22	93	3	90	16	14	16	51	1.76
23484--23627	71	2.0	71	98	0	279	44	10	18	27	1.82
24468--24918	147	3.1	146	88	3	651	37	21	13	27	1.91
24871--25331	121	3.8	121	90	1	710	35	26	14	22	1.93
25057--25258	55	3.5	54	67	16	143	34	25	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24871--25331	243	1.9	241	90	0	733	35	26	14	22	1.93
25113--25326	66	3.4	65	68	18	200	36	26	14	22	1.93
32532--32910	41	9.2	41	92	2	629	18	20	24	36	1.95
32899--32999	41	2.4	41	91	4	159	15	22	23	37	1.93
32899--33021	41	3.0	40	83	9	142	20	19	22	37	1.94
33094--33132	6	6.5	6	100	0	78	33	51	15	0	1.44
33635--33667	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
33761--33798	20	1.9	20	94	0	67	44	21	23	10	1.83
33766--33828	21	3.0	21	72	2	65	41	25	17	15	1.89
33856--33961	20	5.2	20	67	12	63	35	26	19	17	1.95
33863--33965	41	2.5	41	93	0	170	37	26	19	16	1.92
33863--33969	21	5.2	21	69	4	92	38	27	18	15	1.91
34834--34889	21	2.7	21	81	8	69	23	25	17	33	1.96
35765--35818	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
38324--38378	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
38351--38477	33	3.8	33	91	4	202	45	18	22	13	1.84
38369--38456	14	5.6	14	71	25	52	44	19	23	12	1.85
38331--38442	19	6.4	19	74	20	109	43	19	22	14	1.87
38487--38538	19	2.7	19	96	0	95	11	21	21	46	1.82
38645--38681	14	2.6	14	86	0	56	45	18	0	35	1.50
40033--40093	21	3.0	20	71	7	59	21	18	36	24	1.95
40552--40716	19	8.8	19	81	9	187	46	20	21	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40552--40713	39	4.3	38	83	7	183	46	20	21	11	1.82
40576--40713	33	3.8	33	79	14	141	46	21	22	10	1.81
40722--40784	19	3.3	19	90	2	90	7	19	22	50	1.72
40875--41248	94	4.1	94	91	2	582	47	18	11	22	1.81
42842--42940	19	5.1	19	85	4	135	46	18	22	13	1.83
42938--43016	33	2.4	33	91	0	122	13	20	18	46	1.83
42993--43072	21	3.9	21	83	4	85	12	18	16	52	1.74
43623--43698	20	3.8	20	84	3	107	23	19	17	39	1.92
43623--43709	20	4.2	20	76	4	84	26	19	18	35	1.95
43682--43737	21	2.7	20	83	8	76	35	17	23	23	1.95
45162--45214	25	2.1	25	96	0	97	33	16	24	24	1.96
53194--53247	21	2.6	21	93	0	90	29	27	22	20	1.98
53280--53344	21	3.1	21	68	24	64	21	18	21	38	1.93
53262--53344	42	2.0	42	95	0	148	22	18	24	34	1.96
53990--54061	21	3.4	21	74	14	85	37	22	19	20	1.94
53987--54080	42	2.2	42	100	0	188	36	24	18	21	1.95
54011--54086	21	3.6	21	74	13	84	34	26	19	19	1.96
54223--54297	21	3.6	21	94	0	123	18	25	26	29	1.98
60467--60523	25	2.3	25	82	11	73	45	3	21	29	1.68
60467--60522	24	2.3	24	84	9	69	44	3	21	30	1.69
63813--63906	34	2.8	33	81	7	93	28	3	6	61	1.36
64029--64063	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67258--67307	16	3.3	15	81	15	59	80	6	12	2	0.98
67934--67982	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
68397--68432	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
68866--69193	36	9.3	35	74	11	215	26	20	14	38	1.91
68913--69193	72	4.0	71	74	11	283	26	20	14	39	1.90
68932--69256	138	2.4	137	82	3	420	27	20	12	38	1.90
69171--69323	67	2.3	67	84	4	195	33	22	9	34	1.86
69967--70588	105	6.0	105	90	2	905	33	26	17	22	1.96
71137--71206	34	2.1	34	94	0	122	42	11	14	31	1.81
71594--71722	34	3.9	31	75	13	91	28	3	6	61	1.38
71624--71688	34	1.9	34	90	0	103	30	0	6	63	1.19
71809--71843	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
77916--77951	16	2.2	16	90	0	54	36	0	11	52	1.37
78611--78670	30	2.0	31	83	3	77	38	15	8	38	1.77
78846--78880	17	2.2	15	90	10	52	71	5	0	22	1.07
79185--79220	17	2.1	17	89	0	54	25	2	25	47	1.65
79009--79480	237	2.0	237	87	1	687	33	17	23	25	1.96
82051--82128	22	3.5	22	89	0	93	26	25	20	26	1.99
82109--82169	30	2.0	30	90	0	95	31	24	19	24	1.98
83923--83981	31	1.9	31	89	0	91	49	8	11	30	1.69
84145--84288	69	2.1	69	100	0	288	26	11	4	57	1.53
85314--85414	24	4.2	24	89	1	159	29	22	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89787--89828	3	14.0	3	84	0	57	61	0	4	33	1.17
90030--90408	126	3.0	126	87	9	533	24	18	31	25	1.97
90587--90760	63	2.8	62	74	7	154	37	15	21	25	1.93
90735--90861	34	3.7	35	90	9	194	34	9	22	33	1.87
90868--90941	31	2.6	28	76	22	73	44	16	12	27	1.82
91129--91177	19	2.9	16	77	19	55	36	6	26	30	1.81
91557--91721	65	2.5	66	78	8	167	44	12	12	30	1.79
91835--91957	56	2.2	55	88	8	180	46	14	10	28	1.78
91835--91966	29	4.8	28	89	6	182	46	15	10	27	1.79
92204--92300	37	2.7	35	78	6	97	34	12	18	35	1.88
92275--92499	99	2.3	100	80	9	246	36	12	19	30	1.90
92942--93065	4	31.5	4	95	3	225	25	0	25	49	1.51
92942--93065	39	3.2	40	96	2	225	25	0	25	49	1.51
94197--94242	17	2.8	17	78	15	51	4	13	13	69	1.33
94203--94249	23	2.1	23	84	4	60	4	17	12	65	1.40
94209--94240	12	2.8	11	90	9	55	6	9	12	71	1.29
94774--95130	180	2.0	176	97	2	678	35	8	23	31	1.86
97480--97541	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
97666--97706	20	2.0	21	90	9	68	46	9	12	31	1.74
100973--101019	3	16.0	3	82	4	60	63	0	4	31	1.13
100974--101007	17	2.0	17	88	11	52	67	0	5	26	1.13
101808--101863	23	2.3	25	75	6	62	42	3	0	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108919--109031	59	1.9	59	96	0	208	25	5	29	39	1.78
109297--109377	42	1.9	42	87	0	117	38	24	11	25	1.89
113402--113677	138	2.0	135	87	6	396	42	15	12	29	1.84
117431--117483	18	2.9	18	85	0	79	15	18	35	30	1.92
121361--121400	18	2.2	18	95	0	71	20	20	32	27	1.97
123970--124054	34	2.5	34	88	1	127	18	23	29	28	1.98
123970--124064	34	2.8	34	85	1	93	18	25	28	27	1.98
124531--124571	17	2.5	17	84	11	50	26	29	17	26	1.97

Tables:   1

The End!