Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01002930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006055_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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3924 TATAGTATTT
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* *
3957 TTTTTAATTTAAATATTAATAGGATAA
1 TTATT-ATTT-AA-ATTAA-AAGATAA
* *
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*
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TTATTATTTAAATTAAAAGATAA
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3989 ATTTAATTTA
* *
3999 AAAAGATATTTGT-TATTTTTTA-ATTTTAAATATT
1 AAAAGATAATTATATATTTTTTATATTTTAAATATT
4033 AAAAGATAATTATATATTTTTTATATTTTAAAT
1 AAAAGATAATTATATATTTTTTATATTTTAAAT
4066 TAAAATAATA
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AAAAGATAATTATATATTTTTTATATTTTAAATATT
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3980 ATAATTATTA
* * *
3990 TTTAATTTAAAAAGATATTTGTTATTTTTTAAT
1 TTTAAATT-AAAAGATAATTATTATTTTTTAAT
4023 TTTAAATATTAAAAGATAATTATATATTTTTTATAT
1 TTT-AA-ATTAAAAGATAATTAT-TATTTTTTA-AT
4059 TTTAAATTAAAA
1 TTTAAATTAAAA
4071 TAATATTTAT
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TTTAAATTAAAAGATAATTATTATTTTTTAAT
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6229 ATATTCAAAC
* *
6239 TTTATATATTATCTATA
1 TTTATATATAATATATA
*
6256 TTTATATGTAATATATA
1 TTTATATATAATATATA
*
6273 TATATATATAAT
1 TTTATATATAAT
6285 GAACAGAACT
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TTTATATATAATATATA
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6458 TTTATTCACC
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1 TTATCAACAATTACAATGACCAACAAA
6522 GCTGTGAGAG
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TTATCAACAATTACAATGACCAACAAA
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9319 TTTTCCATTC
9329 ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG
1 ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG ATTGGG
9377 AT
1 AT
9379 GCGGTGGAGG
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ATTGGG
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13010 ATAGTCTTAT
*
13020 TTTATAA TTTAAA TTTAAT TTTAAA TTTAAA TTT
1 TTTA-AA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT
13054 TTTCGAGTCG
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TTTAAA
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13008 TAATAGTCTT
13018 ATTTTATAATTTAAATTTA
1 ATTTTATAATTTAAATTTA
13037 ATTTTA-AATTTAAATTT
1 ATTTTATAATTTAAATTT
13054 TTTCGAGTCG
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ATTTTATAATTTAAATTTA
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13799 TTCAATCGAA
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* * *
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1 ATATTTTTT
13858 AAACAGTAAT
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ATATTTTTTGATTAACTTG
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14774 TAATAAGGTT
*
14784 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTATAAAATA
14799 ATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTATAAAATA
14814 ATTTACTT-TAAAATA
1 ATTTA-TTATAAAATA
*
14829 AATTATTATAAAATA
1 ATTTATTATAAAATA
14844 TGGATTGATT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 4
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ATTTATTATAAAATA
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14774 TAATAAGGTT
* *
14784 ATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATA
1 ATTTACTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
14814 ATTTACTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
1 ATTTACTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
14844 TGGATTGATT
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ATTTACTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
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14855 ATTTTAAATA
*
14865 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
14883 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
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1 ATTTATTA
14913 TTGTAGTTGT
Statistics
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ATTTATTAATATGGATTG
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14821 TTAAAATAAA
*
14831 TTATTATAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
1 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
*
14885 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGAT
1 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGAT
** ** *
14933 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATT-G-ATTTATTTTA
1 TTA-TTT---TAA---A--A-TATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTAGTATGGA-TTGA
*
14995 A
54 T
* * * * *
14996 ATAATTTATTATTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTGAT
1 TTATTTTA-AAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTAT-G---GATTGAT
*
15055 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGAT
1 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGAT
* * * * * *
15103 TTATTTT-AAATA---ATTTA-TTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTTTAAATAATTTA--TT--AGTATGGATTGAT
15157 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
1 TTATTTT-AA-AA--TA-T-G---G-ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
* * * ** * *
15221 TTATTTT-AAATA---ATTTATTTGTATGGATTAATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA--TT--AGTATGGATTGAT
***
15275 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
1 TTA-T-TT-TA-AAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
15333 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
1 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
* **
15387 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATATATTGAT
1 TTA-TTT---TAA---A--A-TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
* *
15451 TTATTTTAAAATATAGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGAT
1 TTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGAT
* *
15499 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATATTTTATTTGTATGGATTGAT
1 TTA-TTT---TAA---A--A-TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
15563 TTATTTTAAA
1 TTATTTTAAA
15573 TAATTTATTA
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1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
14976 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
15007 TTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
15039 GTATGGATTGATTGA-TTT--AT--TTTA-AA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
15065 ATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTA
15091 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
15123 GTATGAATTGATTTA-TTT---TAA---A--A
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
15146 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
15177 GTATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
15209 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* **
15241 GTATGGATTAATTTATTTTAAA-ATATGGATT-
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTA
** * * *
15272 G-ATTTATT-ATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATT-
1 GTATGGATTGATT-TA-TT-T-T-AAATAATTTATTA
* * * * * *
15306 -T-T-AAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATT--T-T-AAATAATTTA--TT--A
*
15343 ATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
15375 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
15407 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
**
15439 GTATATATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
15461 ATATAGATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
14976 TATGGATTGATTTATTTTAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
14997 TAATTTATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATGGATTGATTTATTTTAAAA
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14975 ATATGGATTG
14985 ATTTATTTTAAATA
1 ATTTATTTTAAATA
* *
14999 ATTTATTATTATGGATTG
1 ATTTATT-TTA---AATA
15017 ATTTATTTTAAATA
1 ATTTATTTTAAATA
15031 ATTTATTT
1 ATTTATTT
15039 GTATGGATTG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 8
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ATTTATTTTAAATA
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Indices: 15124--15166 Score: 77
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15114 AATTTATTAG
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1 TATGAATTGATTTATTTTAAAA
*
15146 TATGGATTGATTTATTTTAAA
1 TATGAATTGATTTATTTTAAA
15167 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
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15189 TTATTTTAAA
*
15199 TAATTTATTAGTATGGAT
1 TAATTTATTTGTATGGAT
* *
15217 TGATTTATTT-TA---AA
1 TAATTTATTTGTATGGAT
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1 TAATTTATTTGTATGGAT
15249 TAATTTATTT
1 TAATTTATTT
15259 TAAAATATGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
14 10 0.30
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TAATTTATTTGTATGGAT
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15168 AATTTATTAG
* * *
15178 TATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
1 TATGGATTGATTTA-TTT-AAT-ATGTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
*
15243 ATGGATTAATTTATTTTAAAA
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1 TATGGATTGATTTATTTAATATGTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTAT
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65 GGATTGATTTATTTTAAAA
*
15344 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
1 TATGGATTGATTTA-TTT-AAT-ATGTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
15409 ATGGATTGATTTATTTTAAA
63 ATGGATTGATTTATTTTAAA
15429 TAATTTATTT
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 5, Indels: 16
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TATGGATTGATTTATTTAATATGTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATG
GATTGATTTATTTTAAAA
Found at i:15333 original size:198 final size:198
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14966 TATTTTAAAA
*
14976 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTATTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
15041 ATGGATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTA
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*
15106 TTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAAT
127 TTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAAT
15171 TTATTAG
192 TTATTAG
*
15178 TATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
15243 ATGGATTAATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTT
66 ATGGATTAATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTT
15308 AAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAT
131 AAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAT
15373 TAG
196 TAG
15376 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
** * *
15441 ATATATTGATTTATTTTAAAATATAGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTT
66 ATGGATTAATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTT
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131 AAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAA
15541 TATTTTATTT
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TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
ATGGATTAATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTT
AAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAT
TAG
Found at i:15347 original size:22 final size:22
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TATGGATTGATTTATTTTAAAA
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15403 ATTAGTATGG
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*
15430 A---ATTTATTTGTATAT
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* *
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ATTGATTTATTTTAAAT
Found at i:15528 original size:32 final size:32
Alignment explanation
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15477 TATTGTAGTT
15487 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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* *
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GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Found at i:15632 original size:31 final size:31
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15587 AGTTGTATGG
* *
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*
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18921 GTGTTCGGGT
* * *
18931 TCTATGGCGAATTGGTTTCTTTGGTTTGAGATGGACAATATGGTTGTGCAGAAATAAAACCGGAT
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* *
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* * *
19183 TCTATGGCAAATTAGTTTTTTTGGTTTGAGCTGGACAATCTGGTTGTGCAGAAATAAAACCAGAT
1 TCTATGGCAAATTAGTTTCTTTGGTTTGAGATGGACAATATGGTTGTGCAGAAATAAAACCAGAT
* * *
19248 TCAAGGGAGCTTCTTTTTCGTTAGATCATATCTTTTATAAAGCTATGATCGTGATTGGGTTTTGG
66 TCAAGGGAGCTTCTTTTTCGTTAGATCAGATCTTTTATAAAGCTATGATCCTGATTGGGTTTTAG
*
19313 GCGAACTCTTTATGGCCAATGCTACTCCCATCGGTTAATGATTTTGTGTGTAATCCGGAAGCCAT
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19378 TATGTATGGTGTCCGATGATTATCAATAC
196 TATGTATGGTGTCCGATGATTATCAATAC
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TATGTATGGTGTCCGATGATTATCAATACAGAGCAGTACTAGTTGGTGTGGTGTCAA
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Indices: 30512--30554 Score: 70
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30502 AACCCTTTTA
*
30512 AATTTTTTAAAA-TTCTCATT
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30532 AATTTTTTAAAATTTCCCATT
1 AATTTTTTAAAATTTCCCATT
30553 AA
1 AA
30555 ATATTAAAAA
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43961 CTTATTCACA
*
43971 TATTGAATAAAAATATTTTTTATTATTTCGGGTCGGGTC-GG-GTTTCTAATTCATTTATACGGG
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66 TCAGGTCGGTGAAACTTTATTTTGGTCGGGTCGGTTTTTTAAGTGTGATATTCGGGTAGGGT---
*
44099 GTTCGGGTTTAGAGTGAAAAATACCCGACCCGAAAATATATATAATTTTACCTTATATATTTAGA
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192 TATAATTACAATAATACCCCTCTATATAT-ATTTTTTTCAATTAAGTC--TGCTTTT
*
44220 TATTGAATAAAAATATTTTTTATTA-TTCTGGGTCGGGTCGGGTCAGATTTCTAATTCATATATT
1 TATTGAATAAAAATATTTTTTATTATTTC-GGGTCGGGTCGGGT--G-TTTCTAATTCATATATA
* *
44284 CGGGTCGGGTCAGGTGATACTTTATTTTGGTCTGGTTGGGTCGGTTTTTTTAAGTGTGATATTCG
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* *
44349 GGTCGGGT-TT-GGGTTTAGGGTGAAAAATACCCAACCC-AAA-A-ATATAATTTTACCTTATAT
120 GGTAGGGTGTTCGGGTTTAGAGTGAAAAATACCCAACCCAAAATATATATAATTTTACCTTATAT
44409 ATTTAAGA-ATAATTACAATAATACCCCTCTATATATATTTTTTTCAATTAAGTCTGCTTTT
185 ATTT-AGATATAATTACAATAATACCCCTCTATATATATTTTTTTCAATTAAGTCTGCTTTT
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44516 AAACTTTATT
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TCAGGTCGGTGAAACTTTATTTTGGTCGGGTCGGTTTTTTAAGTGTGATATTCGGGTAGGGTGTT
CGGGTTTAGAGTGAAAAATACCCAACCCAAAATATATATAATTTTACCTTATATATTTAGATATA
ATTACAATAATACCCCTCTATATATATTTTTTTCAATTAAGTCTGCTTTT
Found at i:44910 original size:17 final size:18
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Indices: 44885--44931 Score: 69
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44875 TATGGAATTG
*
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*
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1 GATTCCAATTCCTTCACA
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1 GATTCCAATTCC
44932 ATCAGAAACA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
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Done.