genome.fa.s2955.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002955.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006106_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  155346

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3011--3070	21	2.7	22	82	7	68	25	36	21	16	1.94
12001--12067	36	1.9	34	88	8	100	20	26	31	20	1.98
15858--15997	31	4.5	31	90	3	210	40	21	17	20	1.91
19877--20090	99	2.2	98	89	3	331	30	7	6	55	1.53
22248--22318	36	2.0	36	100	0	142	23	14	14	47	1.80
23101--23155	22	2.5	22	96	0	101	45	10	18	25	1.82
23933--23976	23	1.9	23	90	0	70	27	25	29	18	1.98
26510--26552	16	2.7	16	81	0	59	16	16	20	46	1.84
26511--26572	32	1.9	32	83	6	81	19	16	20	43	1.88
26612--26662	16	3.2	16	68	15	52	13	7	23	54	1.65
26668--26730	32	2.0	32	87	0	90	9	11	31	47	1.71
38086--38131	19	2.3	20	85	3	58	10	2	6	80	0.98
38124--38154	13	2.4	13	100	0	62	6	12	0	80	0.89
38253--38284	15	2.0	17	88	11	50	50	6	12	31	1.65
41860--42179	9	36.2	9	73	19	239	51	3	1	43	1.27
41868--42178	7	44.6	7	72	21	194	51	3	0	43	1.26
41863--42179	2	170.0	2	72	23	239	51	3	1	43	1.27
41844--42176	5	66.6	5	69	23	156	52	3	1	42	1.26
45723--45763	21	1.9	22	85	5	57	53	2	14	29	1.54
45894--45951	23	2.9	18	77	22	71	17	20	31	31	1.96
45908--45971	23	2.8	23	90	0	92	23	18	25	32	1.97
46097--46134	20	2.0	20	85	10	53	42	5	13	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50393--50430	20	2.0	20	85	10	53	42	5	13	39	1.66
57230--57264	18	1.9	18	94	0	61	22	22	25	28	1.99
63832--63873	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
66974--67029	24	2.3	24	73	11	60	23	12	26	37	1.90
68968--68999	3	11.3	3	87	12	50	34	0	0	65	0.93
77680--77756	9	9.8	8	78	17	74	75	0	12	11	1.05
77679--77768	9	9.8	9	73	19	62	76	0	13	10	1.01
77683--77757	39	1.9	38	89	7	116	74	0	13	12	1.07
77676--77785	18	6.4	17	71	15	66	78	0	10	10	1.02
77705--77785	31	2.7	29	79	9	72	80	1	9	8	0.97
77678--77779	39	2.7	38	77	8	100	78	0	11	8	1.01
79073--79350	55	5.1	55	89	2	447	28	14	28	28	1.95
79073--79353	108	2.6	110	90	3	471	28	14	28	28	1.95
79346--79742	52	7.6	52	94	0	686	28	16	25	29	1.97
80000--80031	3	11.3	3	87	12	50	34	0	0	65	0.93
81027--81301	146	1.9	146	82	1	345	32	20	26	21	1.97
84639--84707	19	3.3	20	84	11	70	68	1	2	27	1.13
84676--84721	12	4.0	12	84	15	53	76	0	4	19	0.96
84662--84708	4	12.0	4	86	13	71	74	0	0	25	0.82
85998--86239	5	49.6	5	90	8	369	60	0	0	39	1.00
86457--86513	16	3.6	16	95	0	105	59	0	1	38	1.08
87910--87959	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93255--93298	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
101507--101728	113	2.0	111	85	3	302	39	23	15	21	1.92
103271--103334	11	5.6	11	80	7	74	31	21	23	23	1.99
103279--103335	12	4.9	12	77	12	57	33	22	22	21	1.97
103271--103335	23	2.8	23	90	0	103	30	23	23	23	1.99
103562--103684	53	2.3	55	90	2	205	38	9	9	42	1.71
103672--103702	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
108678--108744	25	2.6	27	79	13	77	73	0	8	17	1.09
108757--108819	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
108836--108889	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
108836--108890	18	2.8	19	81	8	58	63	3	3	29	1.28
109091--109128	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
109661--109754	37	2.5	37	87	0	125	30	11	15	41	1.83
110488--112173	106	16.0	106	90	1	2564	23	17	24	34	1.96
112986--113062	22	3.5	22	89	7	120	22	12	25	38	1.90
113459--113805	172	2.0	171	93	3	597	25	18	20	36	1.95
113831--113880	24	2.1	24	88	3	75	0	16	6	78	0.95
113841--113926	31	2.8	31	77	16	99	0	10	9	80	0.91
113842--113893	24	2.2	24	89	6	79	0	9	7	82	0.84
113849--113922	24	3.1	24	83	11	73	0	9	9	81	0.89
113848--113925	15	5.1	14	79	17	77	0	10	8	80	0.90
118047--118118	25	2.7	27	79	12	78	73	0	9	16	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119003--119097	36	2.6	36	89	3	136	31	9	15	43	1.79
121166--121226	21	2.9	21	79	16	72	31	18	14	36	1.91
121166--121234	23	3.1	23	75	10	81	28	21	14	34	1.93
121641--121680	18	2.2	19	86	8	57	20	0	5	75	0.99
125640--125731	42	2.2	42	84	3	114	46	19	9	23	1.80
126441--126465	7	3.6	7	100	0	50	32	16	24	28	1.96
127852--127898	20	2.3	20	96	0	85	34	34	0	31	1.58
127855--127904	20	2.3	22	83	13	59	34	34	0	32	1.58
128226--128275	17	3.1	17	68	26	54	20	6	22	52	1.68
128890--128926	6	5.4	7	93	6	51	78	0	0	21	0.75
132171--132221	18	2.8	18	82	5	59	27	3	0	68	1.07
136212--136272	3	19.3	3	78	18	54	3	34	0	62	1.12
137168--137214	3	14.3	3	91	8	58	68	0	31	0	0.90
138065--138268	111	1.8	113	85	5	288	30	11	19	38	1.86
138672--138726	24	2.3	23	75	9	56	36	12	18	32	1.88
140269--140500	36	6.5	36	89	2	317	32	24	23	19	1.97
140269--140469	107	1.9	107	90	2	323	32	24	23	18	1.97
140269--140500	71	3.3	72	87	2	326	32	24	23	19	1.97
142013--142054	17	2.4	18	92	4	68	26	2	0	71	0.98
142087--142131	13	3.5	13	80	19	58	28	0	0	71	0.87
142101--142150	17	2.9	17	87	3	73	28	2	0	70	0.99
142011--142209	96	2.1	96	99	0	389	32	7	0	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142190--142240	26	2.0	24	85	14	68	23	0	0	76	0.79
142183--142236	16	3.4	16	80	14	67	25	0	0	74	0.83
142196--142310	17	6.7	17	71	14	58	19	6	0	73	1.08
145157--145209	22	2.4	22	90	0	79	45	5	16	32	1.71
146554--146705	41	3.8	41	82	2	184	27	22	21	28	1.99
146693--146804	41	2.7	41	82	5	138	24	18	18	38	1.93
152582--152659	21	3.7	21	94	0	129	42	19	38	0	1.51
153059--153217	44	3.8	44	74	7	132	28	23	17	30	1.97

Tables:   1

The End!