genome.fa.s3006.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003006.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006230_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  249788

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--11337	7	1636.9	7	95	2	19282	43	42	2	11	1.53
11335--11558	7	31.6	7	88	7	274	16	56	24	3	1.55
11530--11564	17	2.1	17	94	0	61	14	57	28	0	1.38
11571--11618	7	6.9	7	78	0	51	33	41	10	14	1.80
11579--11625	14	3.4	14	81	0	58	36	46	6	10	1.64
11569--11617	21	2.3	21	96	0	89	32	42	10	14	1.79
11579--11625	21	2.2	21	84	0	58	36	46	6	10	1.64
18697--18726	15	2.1	14	93	6	51	46	0	13	40	1.43
18911--18971	32	1.9	32	96	0	113	34	24	19	21	1.96
24586--24662	30	2.5	30	87	6	102	16	14	15	53	1.74
25360--25496	60	2.3	60	79	5	143	33	14	17	34	1.90
27192--27216	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
31158--31201	21	2.1	21	86	0	61	36	22	13	27	1.92
51636--51677	21	2.0	21	81	9	50	50	0	9	40	1.35
54402--54444	16	2.8	16	92	3	70	32	11	4	51	1.59
54406--54444	7	5.0	8	82	17	55	35	12	2	48	1.55
55317--55523	107	1.9	107	92	1	344	48	11	6	34	1.64
55912--56010	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
55977--56131	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
55977--56130	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
57406--57874	93	5.1	93	99	0	922	21	12	19	46	1.83
57922--58050	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57958--58050	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
57922--58050	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
58046--58180	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
58068--58124	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
58051--58143	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
60107--60142	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
60249--60346	19	5.4	19	83	13	134	46	17	20	15	1.83
60249--60365	53	2.2	53	93	1	200	44	17	23	14	1.86
60355--60491	19	7.7	19	78	17	159	16	20	18	45	1.86
60355--60491	72	1.9	71	89	4	213	16	20	18	45	1.86
60361--60505	33	4.2	33	80	13	184	14	20	18	46	1.84
62933--62979	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
63662--63931	20	13.5	20	85	3	283	20	17	25	37	1.94
63924--63979	21	2.7	21	74	0	67	28	14	23	33	1.94
64405--64438	12	2.9	11	87	12	50	76	0	2	20	0.92
64453--64505	21	2.5	21	87	0	70	54	5	3	35	1.42
68296--68329	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
68669--68793	60	2.1	60	82	5	146	44	3	20	32	1.67
69441--69502	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
70028--70071	16	3.1	16	69	30	53	54	0	0	45	0.99
75244--75291	2	24.5	2	91	4	80	47	2	0	50	1.12
84035--84266	83	2.8	82	79	5	263	34	15	19	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84400--84869	235	2.0	235	100	0	940	31	16	23	28	1.96
84982--85037	21	2.7	21	88	0	76	25	44	12	17	1.84
85701--85741	21	2.0	21	90	0	64	29	4	12	53	1.58
87102--87162	23	2.7	23	89	0	86	37	18	4	39	1.72
87531--87593	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
86924--88281	431	3.2	431	96	1	2480	40	11	7	40	1.70
87947--88017	21	3.3	21	77	13	72	39	22	4	33	1.74
87952--88022	23	3.2	22	84	8	90	39	22	4	33	1.74
90061--91204	199	5.8	199	95	3	1952	29	17	15	37	1.91
91323--91371	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
93132--93197	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
93231--93274	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
95298--95350	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
95490--95532	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
95495--95541	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
95678--95737	20	3.0	20	83	13	79	18	15	13	53	1.73
95462--95934	181	2.6	182	89	1	709	27	17	13	42	1.86
96001--96487	220	2.2	220	92	5	791	39	7	8	44	1.63
106372--106425	18	3.0	18	100	0	108	61	0	0	38	0.96
111470--111506	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
121525--121568	23	1.9	23	90	0	70	13	20	15	50	1.78
135038--135123	35	2.3	35	80	9	91	55	4	0	39	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135150--135183	15	2.1	17	89	10	54	44	0	5	50	1.26
144563--144590	14	2.0	14	100	0	56	50	14	21	14	1.78
146817--146917	51	2.0	51	94	0	175	34	11	20	32	1.89
148679--148706	14	2.0	14	100	0	56	50	14	21	14	1.78
153679--153741	12	5.2	12	86	0	72	19	15	17	47	1.83
153961--154008	22	2.2	22	84	0	60	62	20	4	12	1.46
159887--160051	87	1.9	89	87	5	246	23	22	14	39	1.91
179989--180031	22	2.0	21	86	4	59	27	0	4	67	1.10
182540--182589	24	2.0	26	88	7	77	48	12	2	38	1.52
183643--183704	32	1.9	32	87	6	90	61	8	1	29	1.34
187274--187642	157	2.3	161	85	3	487	44	16	13	25	1.84
189189--189240	15	3.2	17	72	22	58	38	19	0	42	1.51
198255--198301	21	2.2	22	85	11	62	23	17	12	46	1.82
203529--203610	20	4.4	19	72	20	75	58	13	10	17	1.63
212899--212953	26	2.2	25	87	9	76	38	3	0	58	1.16
213001--213079	30	2.6	30	100	0	158	40	2	0	56	1.12
213026--213079	17	3.4	17	65	19	53	40	1	0	57	1.09
213782--213936	56	2.8	55	80	8	179	20	13	10	55	1.68
216481--216534	23	2.3	23	84	6	74	20	18	7	53	1.68
219169--219224	29	2.0	28	85	3	76	51	3	7	37	1.47
220341--220467	60	2.1	60	82	5	150	35	12	13	38	1.83
222096--222134	2	19.5	2	83	0	51	41	0	58	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222102--222134	14	2.4	14	100	0	66	42	0	57	0	0.98
222445--222826	189	2.0	189	100	0	764	28	14	19	37	1.91
226245--226291	18	2.6	18	82	0	58	46	21	2	29	1.63
228308--228470	30	5.4	30	97	0	308	33	23	19	23	1.97
228308--228495	90	2.1	91	91	1	306	34	24	18	22	1.96
228456--228548	31	3.0	31	79	3	98	34	21	17	26	1.95
228840--228880	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
230351--230383	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
232727--232978	30	8.4	30	97	0	470	32	23	19	24	1.97
232964--233056	31	3.0	31	77	3	89	34	20	17	27	1.95
235474--235516	21	2.0	20	83	16	52	65	0	0	34	0.93
237047--237113	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
237259--237294	18	1.9	19	88	5	56	38	22	2	36	1.69
237276--237326	23	2.3	23	89	3	77	37	19	5	37	1.76
236912--237946	422	2.5	423	93	4	1817	38	12	7	42	1.71
237688--237748	21	2.7	23	82	10	81	37	19	4	37	1.74
238160--238238	38	2.1	38	92	0	131	17	15	18	48	1.82
238499--238535	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
240382--240419	19	2.0	20	94	5	69	18	15	7	57	1.62
240386--240428	20	2.2	19	84	12	52	20	16	9	53	1.70
240168--240631	177	2.6	178	86	5	618	26	17	14	42	1.87
241850--241965	60	1.9	60	85	0	160	36	17	13	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242853--242887	17	2.1	16	94	5	61	74	0	0	25	0.82
249188--249236	19	2.7	20	72	15	52	44	0	0	55	0.99

Tables:   1

The End!