genome.fa.s3053.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003053.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006365_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  776842

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2964--3023	21	2.8	22	89	2	86	25	23	26	25	2.00
3842--3880	20	1.9	21	85	15	55	35	33	0	30	1.58
9340--9492	44	3.4	44	90	6	227	37	6	23	32	1.80
9363--9492	46	2.9	44	93	5	224	39	6	23	30	1.81
12692--12748	21	2.6	22	86	8	73	24	28	26	21	1.99
13546--13584	20	1.9	21	84	5	53	35	28	0	35	1.58
26220--26259	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
30546--31378	108	7.8	108	83	6	961	35	20	16	27	1.94
30546--31365	162	5.1	161	84	6	999	35	20	16	26	1.94
30546--31166	54	11.5	54	85	2	802	35	20	16	27	1.94
31127--31205	40	2.0	40	89	0	122	31	27	20	20	1.97
31073--31254	94	1.9	94	92	0	301	33	23	18	24	1.97
31032--31312	148	1.9	148	93	0	481	34	22	17	24	1.96
30965--31365	202	2.0	202	89	0	622	34	22	17	25	1.95
31167--31365	54	3.7	54	87	1	247	34	22	17	26	1.96
33212--33249	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
33547--33615	35	2.0	35	100	0	138	26	8	14	50	1.71
41718--41743	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
42593--42652	29	2.1	29	96	0	111	33	15	18	33	1.92
43717--43762	18	2.6	18	92	0	74	47	13	6	32	1.68
43818--43860	17	2.5	17	81	7	52	46	11	11	30	1.76
47243--47308	17	4.0	17	78	9	57	66	6	13	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55638--55677	20	2.0	21	85	14	57	47	27	0	25	1.52
56802--56876	39	1.9	38	97	2	141	50	17	6	25	1.70
56932--56967	19	1.9	18	88	5	54	22	25	0	52	1.47
56910--56989	25	3.0	25	83	10	81	25	23	1	50	1.57
57008--57043	19	1.9	19	88	5	56	36	16	8	38	1.79
57448--57490	24	1.9	23	81	13	54	46	4	2	46	1.36
62715--62782	30	2.3	30	100	0	136	30	23	2	42	1.69
63888--63989	24	4.2	25	76	5	86	40	17	20	21	1.92
66719--66781	29	2.1	31	85	5	85	31	17	7	42	1.78
67748--67932	35	5.3	35	87	6	223	28	15	24	31	1.95
67769--67932	71	2.3	69	85	7	213	29	15	24	31	1.95
69655--69714	3	20.0	3	96	0	111	66	1	0	31	1.01
78956--79025	21	3.3	20	82	9	68	22	14	21	41	1.89
80141--80220	30	2.7	30	98	0	151	38	7	13	40	1.73
80931--80975	19	2.4	18	85	10	63	40	4	2	53	1.33
81705--81809	2	54.5	2	77	7	65	0	60	0	39	1.04
88392--88768	201	1.9	203	87	2	553	36	14	13	35	1.86
91059--91121	26	2.4	26	97	0	117	19	14	30	36	1.91
91059--91137	26	3.0	26	90	0	86	20	15	26	37	1.92
91618--91642	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
94656--94754	23	4.3	23	80	1	101	19	18	22	40	1.91
94656--94754	46	2.2	45	87	1	144	19	18	22	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100904--101180	46	6.0	46	88	0	374	21	23	10	43	1.84
100912--101180	93	2.9	93	88	2	400	21	24	11	43	1.85
100897--101178	139	2.0	138	88	0	411	21	23	10	44	1.83
101101--101246	66	2.2	66	86	4	197	19	26	10	42	1.85
101055--101292	112	2.1	112	89	3	354	21	24	11	42	1.85
101170--101351	46	4.0	45	86	5	240	21	21	11	45	1.83
101008--101338	158	2.1	158	88	1	484	21	23	11	43	1.84
108134--108553	46	9.0	46	90	1	624	20	22	10	45	1.82
108134--108549	140	3.0	139	90	0	643	20	22	10	45	1.82
108134--108548	186	2.2	186	93	0	704	20	22	10	45	1.82
109885--109939	24	2.3	24	87	0	74	18	16	23	41	1.89
110044--110070	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
111269--111329	24	2.9	21	80	17	72	44	3	4	47	1.41
113525--113581	27	2.0	28	83	12	73	73	8	8	8	1.25
113617--113715	27	3.8	26	72	18	73	71	4	8	16	1.25
113692--113720	9	3.3	9	95	4	51	82	6	0	10	0.83
113734--113783	2	25.0	2	95	0	91	48	0	2	50	1.12
113898--113946	15	3.3	15	71	5	55	75	2	0	22	0.90
117149--117194	17	2.7	17	79	0	56	0	15	2	82	0.76
117149--117191	22	2.0	22	86	9	61	0	16	2	81	0.79
122142--122225	21	4.0	21	85	3	116	19	38	27	15	1.91
122142--122225	42	2.0	41	90	2	132	19	38	27	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125229--125283	24	2.3	24	90	0	92	34	0	41	23	1.55
132843--132867	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
134923--134969	14	3.4	14	90	0	67	19	0	29	51	1.47
134922--134975	21	2.5	22	88	5	76	20	0	29	50	1.49
134923--134975	14	3.8	14	82	9	63	18	0	30	50	1.47
135120--135174	25	2.2	26	83	9	69	47	3	5	43	1.44
135471--135533	11	5.9	11	73	14	60	39	1	1	57	1.18
141759--141790	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
143630--143705	28	2.7	29	66	12	68	44	3	9	42	1.55
146623--146844	117	1.9	117	86	3	322	24	20	16	38	1.93
146861--147002	39	3.5	39	73	12	149	23	20	11	45	1.83
146761--147197	85	4.9	89	86	5	557	24	21	14	39	1.91
149237--149429	7	26.7	7	77	15	150	2	17	0	80	0.83
149237--149429	18	10.7	18	72	20	136	2	17	0	80	0.83
149237--149429	52	3.6	52	76	16	196	2	17	0	80	0.83
149237--149427	45	4.1	45	78	16	171	2	16	0	80	0.82
149241--149351	1	111.0	1	72	0	78	0	14	0	85	0.59
149237--149432	16	13.0	15	78	15	133	2	17	0	80	0.83
156077--156873	400	2.0	400	97	0	1515	28	27	14	29	1.95
159041--159089	17	2.8	17	80	17	55	55	4	2	38	1.31
159301--159425	44	2.6	48	81	8	123	24	8	11	56	1.60
160641--160687	13	3.7	13	72	16	53	17	21	12	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161433--161477	23	2.0	23	100	0	90	53	11	13	22	1.71
163009--163051	22	2.0	22	85	0	59	46	13	16	23	1.83
165171--165209	19	2.1	19	100	0	78	41	17	10	30	1.83
167967--168124	72	2.2	72	88	0	226	37	13	18	31	1.89
168133--168180	21	2.3	22	82	13	66	39	16	6	37	1.74
168201--168225	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
169010--169116	55	2.0	54	88	1	160	42	5	3	47	1.44
202487--202544	24	2.4	25	82	2	73	24	20	15	39	1.91
210222--210302	24	3.3	24	77	5	83	20	18	18	41	1.90
214909--214945	20	1.9	20	88	5	58	43	0	18	37	1.51
216043--216089	24	2.0	24	82	0	58	23	19	12	44	1.85
216100--216154	24	2.3	24	75	6	58	27	21	10	40	1.87
220501--220561	24	2.5	24	81	0	68	26	19	13	40	1.88
227337--227362	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
238589--238635	3	16.3	3	80	8	53	31	2	0	65	1.04
238607--238633	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
239855--239900	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
239855--239909	21	2.7	21	88	8	69	54	0	1	43	1.10
241384--241413	11	2.8	11	95	5	53	10	6	0	83	0.81
243437--243603	90	1.9	90	88	0	253	31	16	14	37	1.89
245862--246038	36	4.9	35	64	16	92	31	12	14	41	1.83
245756--246103	73	4.7	73	87	2	448	34	14	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245827--246086	37	7.1	36	65	14	120	33	14	14	37	1.86
246102--246480	123	3.1	124	83	6	450	37	16	20	25	1.93
247889--247954	30	2.2	30	81	10	73	25	3	4	66	1.25
251971--252004	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
257129--257180	3	17.0	3	84	4	59	42	0	0	57	0.98
262569--262600	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
269910--269959	11	4.8	10	83	16	66	86	0	14	0	0.58
269913--269960	9	5.0	9	82	17	53	85	0	14	0	0.60
269906--269959	20	2.6	21	88	8	83	85	0	14	0	0.61
271106--271822	83	8.6	83	94	0	1152	27	12	21	38	1.89

Tables:   1   2   3