genome.fa.s3055.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003055.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006371_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  306309

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5737--5787	20	2.6	20	90	3	77	33	13	5	47	1.67
12808--12859	27	1.9	27	88	7	79	5	17	15	61	1.52
14770--14809	19	2.0	20	85	4	55	62	0	12	25	1.30
15222--15264	20	2.2	20	91	4	70	44	4	11	39	1.62
18944--18983	19	2.0	20	85	4	55	62	0	15	22	1.32
19396--19447	19	2.6	20	87	6	70	42	5	13	38	1.68
20337--20396	30	2.0	31	83	3	77	51	10	10	28	1.67
24793--24865	36	2.0	36	97	0	137	30	12	12	45	1.78
25369--25423	23	2.3	25	84	6	78	61	12	14	10	1.56
31910--32029	58	2.1	57	84	7	152	25	15	20	39	1.92
36266--36320	24	2.3	24	75	9	60	67	10	14	7	1.41
40576--40625	25	2.0	26	96	4	93	62	18	12	8	1.53
43352--43426	13	6.0	13	89	3	102	41	0	30	28	1.56
46469--46517	20	2.4	21	89	3	73	44	14	18	22	1.85
46621--46663	20	2.2	20	87	8	61	55	9	6	27	1.57
46623--46674	20	2.3	22	75	21	54	51	9	7	30	1.62
59468--59516	20	2.4	21	83	10	66	0	8	12	79	0.93
59480--59523	9	4.8	9	83	5	61	0	4	9	86	0.70
61224--61273	24	2.0	25	92	3	84	12	14	14	60	1.60
63763--63807	11	4.1	11	85	0	54	28	35	13	22	1.92
66720--66944	95	2.4	96	82	3	267	31	13	24	30	1.94
67291--67536	59	4.1	59	89	3	377	34	10	19	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78140--78190	20	2.6	20	90	3	77	33	13	5	47	1.67
85071--85121	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
88793--88835	20	2.2	19	80	15	52	60	0	16	23	1.35
88802--88849	24	2.0	24	84	8	62	64	0	16	18	1.29
89249--89299	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
91270--91330	11	5.6	11	76	3	52	1	8	11	78	1.02
91270--91330	22	3.0	19	80	9	59	1	8	11	78	1.02
99980--100010	5	6.2	5	92	0	53	0	19	3	77	0.90
103980--104028	16	2.9	16	84	6	53	61	0	22	16	1.34
105129--105528	201	2.0	201	98	0	782	31	28	15	24	1.95
105506--105556	20	2.6	20	87	3	68	37	13	5	43	1.69
106316--106359	6	7.2	6	82	12	54	0	18	2	79	0.83
106316--106359	13	3.6	12	82	11	54	0	18	2	79	0.83
108319--108368	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
108313--108368	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
108313--108368	11	4.7	11	74	21	51	78	1	19	0	0.84
118489--118529	22	1.9	21	85	5	55	41	31	2	24	1.68
119196--119517	169	1.9	169	99	0	635	27	13	27	30	1.94
120353--120413	30	2.0	30	100	0	122	37	9	22	29	1.87
121102--121152	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
124375--124417	11	4.2	11	82	14	56	0	18	4	76	0.95
124375--124417	5	8.4	5	80	14	52	0	18	4	76	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124441--124484	6	7.2	6	84	5	61	0	18	2	79	0.83
124441--124487	25	1.9	24	91	4	76	0	17	4	78	0.90
124441--124484	19	2.4	18	84	3	61	0	18	2	79	0.83
127083--127122	9	4.6	9	81	6	55	75	2	22	0	0.93
127080--127114	17	2.1	17	94	0	61	74	5	20	0	1.02
127340--127371	12	2.4	14	85	15	50	12	28	0	59	1.34
132631--132669	20	1.9	20	89	5	60	33	7	30	28	1.85
133651--133702	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
135991--136032	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
136352--136378	10	2.7	10	100	0	54	92	7	0	0	0.38
140561--140605	22	2.1	21	88	12	65	11	11	6	71	1.31
145124--145165	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
146755--148580	912	2.0	912	97	0	3418	31	19	16	33	1.94
148818--148864	19	2.3	21	89	7	71	34	12	8	44	1.73
148818--148868	21	2.6	19	90	6	75	31	13	7	47	1.72
149827--149882	19	2.9	19	81	2	67	80	12	5	1	0.96
164082--164133	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
165005--165063	30	1.9	31	83	10	77	52	10	8	28	1.64
167925--167980	5	11.8	5	75	24	59	0	19	1	78	0.84
167926--167982	17	3.6	16	80	20	75	0	19	1	78	0.83
169240--169306	26	2.6	26	95	0	116	19	32	17	29	1.95
170127--170188	27	2.2	28	78	13	74	59	11	17	11	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177200--177225	12	2.2	12	100	0	52	0	15	7	76	0.99
177169--177232	21	3.0	21	77	11	67	3	9	12	75	1.16
185789--185853	26	2.5	26	84	0	76	16	33	20	29	1.95
190646--190716	15	4.9	15	70	22	55	60	0	29	9	1.29
190663--190721	25	2.4	25	94	0	109	61	0	27	11	1.31
194324--194352	13	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
201358--201414	30	1.9	30	96	0	105	19	17	24	38	1.93
207746--207801	29	1.9	29	100	0	112	19	16	25	39	1.91
214916--214984	33	2.1	33	83	5	86	30	1	37	30	1.66
219002--219031	12	2.4	13	94	5	53	0	23	0	76	0.78
219388--219456	33	2.1	33	83	5	86	30	1	37	30	1.66
227056--227105	19	2.6	19	81	9	57	44	6	10	40	1.63
227774--227823	24	2.0	25	81	11	59	20	24	24	32	1.98
228269--228354	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
228251--228355	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
228698--228748	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
230785--230870	11	7.2	12	74	22	67	29	2	37	31	1.70
230768--230852	11	7.2	12	70	26	65	29	2	36	31	1.70
230767--230871	36	2.9	36	92	1	176	28	3	36	31	1.75
234692--234728	19	1.9	19	88	0	56	0	16	5	78	0.93
234754--234795	21	2.0	21	86	9	59	2	14	4	78	1.01
234754--234802	21	2.2	21	82	10	53	2	14	6	77	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235200--235285	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
235182--235286	36	2.9	36	94	1	176	29	3	36	30	1.75
238812--238858	12	3.7	12	81	15	58	76	2	17	4	1.04
245523--245608	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
245505--245609	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
245948--245998	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
256696--256724	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
261333--261378	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
263002--263054	9	5.7	9	73	8	52	69	5	18	5	1.28
262994--263059	19	3.5	19	100	0	132	69	4	21	4	1.24
262994--263076	38	2.2	37	89	10	107	71	3	21	3	1.17
265956--266001	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
273367--273402	5	7.2	5	93	0	63	0	19	2	77	0.88
277422--277470	16	2.9	16	84	6	53	61	0	22	16	1.34
278747--278797	20	2.6	20	84	3	68	31	17	7	43	1.78
285507--285547	22	1.9	21	85	5	55	41	31	2	24	1.68
290250--290292	6	7.2	6	79	10	52	0	18	2	79	0.85
290255--290292	19	1.9	19	89	5	58	0	18	2	78	0.86
290706--290739	13	2.6	13	90	9	52	41	2	32	23	1.69
292095--292137	19	2.3	19	84	8	52	46	9	16	27	1.77
292866--292898	17	1.9	17	93	0	57	75	6	18	0	1.00
293136--293167	12	2.4	14	85	15	50	12	28	0	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294513--294564	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
295284--295308	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
296496--296551	30	1.9	29	82	13	71	37	14	16	32	1.88
298633--298684	21	2.6	21	87	6	72	30	13	9	46	1.75

Tables:   1

The End!