genome.fa.s3072.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006405_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  215542

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3850--3906	23	2.6	21	76	10	69	26	28	21	24	1.99
6132--6160	14	2.1	14	100	0	58	27	0	31	41	1.56
6428--6459	9	3.4	9	95	4	55	40	12	9	37	1.75
6422--6480	29	2.0	30	83	9	77	40	11	8	38	1.72
8619--8649	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8615--8675	18	3.6	17	82	14	81	72	0	0	27	0.85
26538--26568	15	2.1	15	100	0	62	48	0	25	25	1.52
30427--30464	14	2.6	14	84	16	51	47	0	5	47	1.24
30464--30563	36	2.9	35	80	16	122	54	0	1	45	1.06
30507--30584	16	4.6	16	68	24	52	56	0	1	42	1.07
30560--30588	11	2.5	12	88	11	51	55	0	0	44	0.99
30501--30579	36	2.2	37	82	13	103	53	0	1	45	1.08
30664--30778	60	1.9	60	82	1	142	30	16	19	33	1.94
32352--32473	64	1.9	64	85	6	167	31	20	20	27	1.98
33053--33087	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
36963--37046	29	2.8	29	81	10	89	33	13	7	46	1.70
39332--39384	20	2.7	20	87	0	79	30	22	28	18	1.98
40046--40083	20	1.9	20	94	0	67	39	10	7	42	1.69
40858--40905	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
42292--42347	21	2.7	21	100	0	112	19	17	42	19	1.89
44959--44992	18	2.0	17	88	11	52	58	0	0	41	0.98
45775--45809	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51252--51526	139	2.0	135	97	2	514	24	18	32	25	1.97
59875--59922	4	11.5	4	91	8	78	47	25	0	27	1.52
60336--60434	36	2.8	35	83	6	128	35	18	14	32	1.90
60408--60693	106	2.7	105	89	4	443	32	14	12	40	1.83
61289--61440	64	2.4	62	82	8	180	28	13	15	42	1.86
61413--61508	36	2.7	34	79	10	95	30	16	12	40	1.86
61434--61508	35	2.1	36	85	7	100	36	18	10	34	1.86
61679--61760	28	2.9	28	83	3	94	24	12	13	50	1.76
61778--62069	40	6.7	42	72	16	177	23	33	20	22	1.97
61771--62153	133	2.9	133	86	4	501	25	31	19	24	1.98
73889--73934	21	2.2	21	88	3	67	10	13	30	45	1.77
75728--75776	23	2.2	23	82	10	57	46	2	2	48	1.25
81516--81690	93	1.9	92	82	3	217	42	6	4	46	1.51
81596--81780	39	4.9	38	88	5	256	44	10	2	42	1.52
82501--82551	17	3.0	17	75	11	50	74	1	3	19	1.07
82501--82573	34	2.1	35	84	2	94	72	1	9	16	1.17
82677--82734	21	2.8	20	81	7	62	72	1	6	18	1.16
83888--83932	24	1.9	23	81	4	54	51	2	2	44	1.26
84481--84879	84	4.8	84	80	2	437	23	18	23	34	1.96
84742--85025	146	1.9	147	85	5	387	24	19	22	34	1.96
84890--85341	84	5.4	84	81	2	493	24	18	21	35	1.95
84879--85341	168	2.8	167	82	2	556	24	18	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86460--86712	95	2.7	94	83	8	282	32	16	17	33	1.92
89460--89495	16	2.2	17	95	5	65	75	0	0	25	0.81
89509--89557	25	2.0	25	91	0	80	75	0	10	14	1.04
91946--91978	14	2.4	14	94	0	57	18	42	6	33	1.75
98836--99094	39	6.8	38	84	9	323	43	8	3	44	1.53
99876--99947	27	2.6	28	95	2	128	33	4	5	56	1.41
101114--101166	23	2.4	21	87	6	70	50	15	13	20	1.76
101128--101173	23	2.0	23	86	0	65	47	17	13	21	1.81
103794--103863	36	1.9	36	82	5	88	30	48	4	17	1.66
103824--105161	60	22.3	60	82	3	986	31	41	7	19	1.79
103824--105161	90	14.9	90	77	4	951	31	41	7	19	1.79
103771--105100	30	44.2	30	73	8	842	31	41	7	19	1.79
105006--105184	57	3.1	57	74	9	164	26	42	9	21	1.83
104544--105184	30	21.5	30	72	10	145	30	41	7	19	1.80
105988--106047	28	2.0	30	84	9	79	36	5	6	51	1.50
106073--106480	203	2.0	202	97	1	773	37	18	14	29	1.90
106690--106819	60	2.2	60	80	2	154	36	16	16	29	1.92
109147--109197	4	12.0	4	80	12	57	70	0	3	25	1.04
109291--109337	21	2.1	23	81	14	55	76	8	2	12	1.09
109399--109435	19	1.9	19	89	10	58	54	8	16	21	1.68
111410--112516	84	13.2	84	84	2	1377	24	18	22	34	1.96
111410--112516	167	6.6	167	87	2	1522	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113101--113163	20	3.0	21	90	6	101	15	26	41	15	1.88
113530--113744	83	2.6	83	78	5	229	23	18	21	35	1.95
113458--113722	83	3.2	83	79	4	266	22	18	23	36	1.95
114873--115127	95	2.7	95	87	3	367	30	16	17	34	1.92
117841--117910	30	2.4	30	90	7	108	72	0	7	20	1.07
117856--117920	30	2.2	29	86	10	87	75	0	9	15	1.04
117941--117990	21	2.3	20	83	16	57	72	0	8	20	1.10
118069--118108	20	2.0	20	90	9	64	55	12	12	20	1.69
120961--121025	31	2.1	31	100	0	130	36	15	3	44	1.62
123019--123053	14	2.5	14	85	0	52	22	5	22	48	1.72
125100--125129	3	9.7	3	92	7	51	33	0	0	66	0.92
137616--137663	13	3.6	13	78	15	53	35	2	2	60	1.20
137619--137650	15	2.2	14	94	5	55	31	3	0	65	1.08
144347--144532	94	2.0	95	84	1	248	36	16	24	22	1.94
144421--144476	22	2.7	20	78	10	67	32	14	26	26	1.95
144889--145451	109	5.2	109	86	1	743	33	17	20	28	1.95
144912--145425	164	3.1	163	85	2	708	34	16	20	28	1.94
144909--145450	55	9.9	55	84	2	662	34	17	20	28	1.95
145589--145835	81	3.1	80	86	0	341	37	11	22	28	1.89
145806--145866	29	2.1	29	87	0	86	49	8	19	22	1.75
146975--147013	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
149102--149304	94	2.2	94	82	5	257	35	15	24	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149624--150184	109	5.2	109	83	2	707	34	17	19	28	1.95
149624--150183	55	10.3	55	81	5	593	34	17	19	28	1.95
149624--150158	163	3.3	164	83	4	596	34	17	19	27	1.95
150322--150567	81	3.1	80	82	4	298	39	10	21	29	1.86
164809--164897	29	3.0	30	74	11	76	37	15	4	42	1.68
167584--167636	26	2.0	26	88	0	79	24	22	28	24	2.00
168051--168087	18	2.0	19	94	5	67	48	10	8	32	1.67
176437--176506	11	6.5	11	74	11	56	74	1	21	2	1.03
176468--176501	10	3.3	10	84	8	50	73	0	23	2	0.97
178654--178760	42	2.6	42	80	1	117	23	20	22	33	1.97
178902--179731	248	3.4	248	87	2	1163	31	16	18	33	1.93
179839--180362	134	3.9	134	89	1	730	30	19	19	30	1.97
183938--183978	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
185663--185714	18	2.9	18	91	0	86	32	28	13	25	1.93
186292--186376	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
189955--190038	41	2.0	41	83	0	105	16	34	30	17	1.93
194284--194369	24	3.6	24	93	0	145	19	16	8	55	1.65
196978--197564	54	10.9	54	86	3	797	36	19	16	27	1.93
203155--203767	54	11.4	54	84	4	774	37	18	16	27	1.92
203667--203739	27	2.7	27	70	8	67	42	12	12	32	1.80
209091--209117	14	1.9	14	100	0	54	29	3	22	44	1.70
211943--212001	20	2.9	21	89	5	84	18	30	33	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214771--214810	20	2.0	20	95	0	71	20	30	32	17	1.95

Tables:   1

The End!