genome.fa.s310.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000310.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102229

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183--345	51	3.1	53	90	5	249	24	24	14	36	1.93
2390--2609	114	1.9	114	96	0	404	30	21	15	32	1.94
4739--4814	15	5.0	15	85	3	89	2	17	0	80	0.83
5106--5154	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
9713--9739	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
10465--10497	14	2.4	14	90	10	50	54	0	3	42	1.15
10579--10647	35	1.9	36	88	2	104	62	2	5	28	1.33
10657--10717	29	2.2	28	82	11	72	60	1	6	31	1.32
11107--11163	25	2.3	25	100	0	114	28	17	17	36	1.93
11941--11997	3	21.0	3	77	16	54	66	0	0	33	0.92
11947--11996	19	2.6	19	90	0	82	66	0	0	34	0.92
11942--11997	22	2.7	22	81	13	75	67	0	0	32	0.91
12540--12701	63	2.6	65	85	6	208	25	18	20	34	1.96
15262--15305	12	3.8	12	88	11	65	20	18	27	34	1.96
15312--15344	17	1.9	17	93	0	57	33	21	18	27	1.96
15263--15326	11	5.6	11	85	3	56	25	21	23	29	1.99
15625--15739	21	5.5	21	78	7	90	45	26	0	26	1.60
16013--16053	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
16192--16219	11	2.5	11	100	0	56	35	25	28	10	1.89
19708--19742	3	12.3	3	88	11	56	34	0	0	65	0.93
19708--19742	17	2.1	17	94	0	61	34	0	0	65	0.93
19691--19742	14	3.8	14	85	7	63	32	1	0	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21984--22020	16	2.3	17	86	9	51	24	5	8	62	1.44
22955--23015	32	1.9	32	100	0	122	34	9	26	29	1.88
23983--24045	22	2.9	22	78	0	63	50	17	11	20	1.76
24866--24979	31	3.7	31	74	4	95	37	17	18	26	1.93
25270--25357	32	2.8	31	81	6	108	30	21	9	38	1.85
29374--29480	27	3.9	27	79	9	94	31	14	11	42	1.82
29450--29619	65	2.6	65	77	6	182	33	12	12	41	1.80
29807--29886	27	2.8	27	79	9	97	27	12	12	47	1.77
29913--30262	135	2.6	134	80	4	368	27	32	17	23	1.97
30452--30503	3	17.0	3	92	7	79	32	0	0	67	0.91
31479--31540	32	1.9	32	100	0	124	19	14	20	45	1.85
36782--36897	60	1.9	60	84	3	153	42	17	6	33	1.76
37868--38014	64	2.3	65	84	7	183	33	20	17	29	1.95
38673--38778	31	3.5	31	78	8	101	24	18	21	34	1.96
38693--38799	31	3.5	30	78	6	81	24	18	23	33	1.97
39985--40028	5	8.8	5	92	0	52	6	40	36	15	1.74
40026--40104	6	13.2	6	97	0	131	3	16	49	30	1.63
40379--40433	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
43466--43509	5	8.8	5	92	0	52	6	40	36	15	1.74
43507--43579	6	12.2	6	97	0	119	4	16	49	30	1.64
43852--43906	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
49436--49479	5	8.8	5	92	0	52	6	40	36	15	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49477--49549	6	12.2	6	94	0	110	5	16	47	30	1.69
49824--49878	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
50989--51031	11	3.8	12	87	9	63	60	0	0	39	0.97
51129--51177	21	2.3	21	80	16	57	42	2	0	55	1.11
51133--51163	14	2.2	14	94	0	53	41	0	0	58	0.98
51788--51840	21	2.5	21	93	0	88	22	24	16	35	1.95
51816--51943	41	3.1	41	80	2	132	35	21	21	22	1.96
51830--51943	20	5.7	20	81	2	138	36	21	21	20	1.95
51830--51958	40	3.2	39	79	11	127	35	22	21	20	1.96
51933--51976	20	2.2	20	91	0	70	31	27	20	20	1.97
53062--53097	14	2.5	14	90	4	54	58	22	13	5	1.56
55305--55393	20	4.4	21	83	8	114	35	25	21	16	1.94
55305--55393	40	2.2	40	88	4	126	35	25	21	16	1.94
55365--55454	33	2.7	34	89	3	137	43	17	22	16	1.88
55576--55612	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
56895--56987	42	2.2	42	80	3	107	22	17	39	20	1.92
57462--57612	34	4.3	34	72	11	133	42	21	19	16	1.89
57460--57543	33	2.5	33	80	1	96	47	21	19	11	1.81
57533--57596	20	3.2	20	88	0	92	39	21	18	20	1.93
57643--57819	20	9.5	20	75	16	130	18	16	21	44	1.87
57701--57784	33	2.5	33	78	1	96	14	16	21	47	1.82
59673--59742	20	3.5	20	90	0	86	41	25	17	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59672--59785	33	3.2	34	75	13	88	43	23	18	14	1.86
60332--60500	20	8.4	20	81	2	212	22	20	18	38	1.93
60330--60500	41	4.2	41	90	2	238	23	20	18	38	1.94
60502--60547	22	2.1	22	84	4	58	39	17	23	19	1.92
60948--61002	23	2.3	24	82	17	71	41	0	10	47	1.39
60962--61015	23	2.3	22	81	9	54	48	0	7	44	1.31
62295--62401	52	2.0	54	87	3	155	20	23	14	41	1.90
65887--65987	52	1.9	54	89	4	161	20	23	14	40	1.90
68903--69275	42	8.9	42	96	0	683	19	19	25	36	1.95
69608--69646	15	2.4	16	83	12	53	33	0	2	64	1.08
77878--77913	17	2.1	17	90	10	56	38	0	0	61	0.96
79408--79459	24	2.1	25	85	3	70	59	3	0	36	1.16
79854--79898	21	2.1	21	87	0	63	31	11	6	51	1.63
80331--80379	15	3.3	15	74	5	55	48	4	0	46	1.20
84980--85027	25	1.9	25	100	0	96	35	8	22	33	1.84
85347--85400	28	2.0	27	92	3	90	16	20	5	57	1.59
87251--87307	21	2.8	21	72	17	57	47	1	3	47	1.29
88503--88534	13	2.5	13	94	0	55	43	28	0	28	1.55
90014--90047	16	2.1	16	88	0	50	47	0	8	44	1.34
93164--93224	31	1.9	32	93	3	106	40	0	19	39	1.52
94820--94915	48	2.0	48	97	0	183	31	15	6	46	1.71
95167--95194	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95390--95491	40	2.5	40	98	0	195	41	11	16	30	1.84
95543--95574	14	2.3	14	100	0	64	12	12	15	59	1.61
96649--96713	16	4.1	16	87	0	94	10	10	21	56	1.63
97500--97568	31	2.2	31	92	0	111	39	7	14	39	1.74
98352--98569	34	6.3	35	84	7	252	44	1	6	46	1.40
98553--98581	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
98569--98674	33	3.0	34	86	9	133	50	0	5	43	1.32
98588--98674	33	2.6	34	88	5	140	50	1	5	42	1.33
98502--98654	85	1.8	83	87	8	231	47	1	5	45	1.33
98605--98682	33	2.4	31	85	10	95	51	0	5	43	1.24
98588--98700	34	3.3	34	83	5	138	46	0	7	45	1.36
98421--98699	152	1.9	149	84	6	375	46	1	6	46	1.35
98470--98682	119	1.8	116	84	7	279	47	0	5	45	1.32
98750--98798	3	17.3	3	80	16	52	34	0	0	65	0.93
98743--98798	14	4.2	15	78	19	54	33	0	1	64	1.04
98753--98802	18	2.8	18	81	3	66	34	0	0	66	0.92
98750--98813	21	3.2	20	78	17	71	34	0	0	65	0.93
98756--98813	15	3.2	18	72	20	50	34	0	0	65	0.93
98753--98822	35	2.0	38	83	13	96	31	1	0	67	1.00
100519--100543	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63

Tables:   1

The End!