genome.fa.s3162.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006655_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  162325

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296--336	20	2.0	20	85	4	55	26	24	17	31	1.97
951--988	17	2.0	20	85	14	55	36	2	26	34	1.71
1305--1407	31	3.3	32	71	14	88	32	16	18	33	1.93
2334--2412	17	4.7	17	76	7	72	26	36	16	20	1.93
6830--6888	26	2.3	27	85	14	88	27	8	3	61	1.41
17704--17805	32	3.2	32	80	5	116	24	10	24	40	1.87
17994--18054	32	1.9	32	83	6	79	26	9	22	40	1.85
18011--18054	16	2.8	16	89	0	70	27	11	22	38	1.88
18319--18360	21	2.0	21	81	9	50	40	9	4	45	1.58
23589--23675	34	2.6	35	83	7	108	29	18	10	41	1.84
24204--24317	42	2.7	42	90	5	167	25	4	14	55	1.58
24218--24325	42	2.6	42	92	1	173	25	6	14	52	1.66
25005--25041	18	1.9	19	89	10	58	54	0	2	43	1.14
32397--32431	17	2.1	17	100	0	70	25	22	34	17	1.96
33740--33780	21	2.0	21	90	0	64	14	21	0	63	1.30
42853--42917	19	3.6	19	73	12	73	29	27	7	35	1.85
42847--42927	35	2.3	35	95	0	144	32	23	9	34	1.88
45623--45713	19	4.4	20	76	17	105	31	28	4	35	1.77
45634--45715	44	1.9	41	87	7	119	34	29	4	31	1.79
47003--47040	18	2.1	18	95	0	67	26	18	21	34	1.96
64989--65055	24	2.8	24	73	13	66	58	10	4	26	1.50
66908--68606	330	5.2	330	86	4	2124	39	20	17	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67063--68606	327	4.8	314	85	5	1629	40	19	17	22	1.91
66911--68606	657	2.6	645	85	3	2144	39	20	17	22	1.92
71075--71131	21	2.7	21	100	0	114	35	5	19	40	1.74
71875--71923	21	2.3	21	96	0	89	42	12	18	26	1.85
76534--76575	22	1.9	22	95	0	75	45	9	19	26	1.80
80314--80398	29	2.9	29	87	0	116	16	41	27	15	1.88
80783--80818	17	2.1	17	100	0	72	16	0	41	41	1.48
80958--81057	30	3.4	30	88	4	141	40	0	14	46	1.44
80999--81053	15	3.6	16	70	20	55	41	0	14	43	1.45
81110--81143	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
83373--83509	59	2.3	59	76	18	149	48	8	3	39	1.50
83574--83614	14	2.9	14	85	0	55	48	4	0	46	1.23
83572--83759	11	15.0	11	70	23	88	43	7	0	48	1.31
83644--83742	9	11.0	9	76	10	96	38	8	0	53	1.31
83633--83742	26	4.1	26	95	3	184	39	8	0	52	1.31
83647--83720	3	25.3	3	78	5	71	37	6	0	55	1.27
83588--83755	26	6.6	25	82	8	110	42	7	0	50	1.30
83937--83971	17	2.0	18	94	5	63	37	5	0	57	1.23
83952--83996	23	1.9	24	86	4	65	37	11	0	51	1.38
83977--84205	49	4.7	49	97	0	422	45	10	0	42	1.42
84089--84165	22	3.3	22	65	28	59	45	10	0	44	1.38
87448--87477	16	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88016--88064	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
88604--88663	29	2.0	30	93	3	104	18	35	28	18	1.94
88681--88799	36	3.0	36	76	21	130	17	37	22	21	1.94
88697--88789	46	2.0	46	97	0	177	16	35	23	24	1.95
88796--88875	29	2.8	29	98	0	151	7	26	36	30	1.84
89591--89872	43	6.6	42	71	11	157	47	4	20	26	1.70
89599--89909	126	2.4	128	78	7	303	48	6	19	25	1.72
90066--90099	15	2.3	15	89	0	50	50	0	0	50	1.00
94378--94419	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
99735--99804	14	5.3	14	85	13	94	8	12	25	52	1.67
99750--99824	24	3.1	24	88	3	98	12	10	21	56	1.66
99742--99824	38	2.2	37	85	8	105	12	10	20	56	1.65
100560--100602	16	2.7	16	88	0	68	11	11	20	55	1.66
100668--100701	17	2.1	17	94	5	61	5	11	23	58	1.55
101236--101272	19	2.0	18	89	5	56	37	0	0	62	0.96
103314--103340	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
107314--107394	20	4.0	20	73	9	65	35	20	16	27	1.94
107378--107447	20	3.5	20	72	27	76	30	25	8	35	1.86
107357--107446	40	2.2	42	90	7	141	31	25	8	34	1.87
107357--107462	40	2.6	40	84	11	128	31	24	9	34	1.87
107489--107535	20	2.3	20	81	0	58	21	19	17	42	1.89
107700--107734	16	2.2	16	90	5	54	22	5	0	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109181--109237	20	2.8	20	91	0	87	43	22	10	22	1.84
111403--111540	21	6.5	21	82	0	141	29	15	34	21	1.94
111841--111989	21	7.1	21	74	3	120	31	32	14	21	1.94
112091--112216	42	3.0	42	86	0	180	24	12	35	26	1.92
113607--113663	21	2.8	21	83	2	71	40	19	15	24	1.90
113608--113666	20	2.9	20	84	2	73	37	18	15	28	1.91
113651--113695	20	2.2	20	84	7	56	24	20	13	42	1.87
113660--113698	20	2.0	20	100	0	78	23	15	15	46	1.83
114806--114927	60	2.0	60	82	6	149	42	6	9	41	1.62
114905--115050	44	3.2	44	63	22	109	39	10	5	43	1.63
114869--115060	95	2.0	95	100	0	384	39	10	6	43	1.66
119328--119361	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
125632--125677	18	2.6	17	81	15	58	19	0	4	76	0.96
126678--126736	27	2.3	25	81	13	75	44	3	3	49	1.36
126757--126797	15	2.8	15	92	3	66	48	4	0	46	1.23
126747--126807	18	3.5	18	74	21	58	50	6	0	42	1.28
126722--126807	33	2.6	34	78	8	97	46	8	1	44	1.40
126747--126816	26	2.6	26	77	4	68	48	8	1	41	1.42
127096--127151	27	2.1	27	100	0	112	48	10	0	41	1.38
127140--127319	25	7.2	25	74	15	149	46	10	1	41	1.48
127191--127918	14	53.0	14	65	25	169	46	10	2	40	1.51
127184--127419	39	5.7	39	70	20	160	47	10	1	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127231--127488	25	9.3	27	77	14	133	46	10	1	41	1.45
127172--127874	33	20.9	32	65	27	183	46	10	2	40	1.51
127113--127319	25	8.2	25	75	16	135	46	10	1	41	1.47
127480--127613	8	17.1	8	65	21	61	47	11	2	38	1.52
127501--127564	19	3.2	19	68	20	58	46	9	3	40	1.52
127484--127596	41	2.8	40	93	4	192	46	11	2	39	1.54
127184--127732	177	3.2	176	92	4	922	46	10	1	40	1.49
127584--127659	25	2.9	26	83	9	75	47	9	1	42	1.44
127184--127801	177	3.6	172	89	7	855	46	10	1	40	1.50
127879--127919	13	3.1	13	86	6	64	51	7	2	39	1.43
127914--127974	8	7.9	8	81	7	72	50	13	0	36	1.41
127861--127939	25	3.0	25	76	8	77	49	7	1	41	1.39
127259--127914	313	2.1	312	84	8	873	46	10	2	40	1.51
127928--127973	24	1.9	24	100	0	92	52	17	0	30	1.45
127527--128010	138	3.5	134	82	10	543	46	10	2	40	1.51
127990--128025	13	2.8	13	87	4	56	41	13	2	41	1.59
128016--128067	22	2.5	20	84	9	61	38	11	5	44	1.65
134980--135031	22	2.5	20	87	6	68	19	23	38	19	1.93
134980--135039	20	2.9	21	87	5	77	18	26	33	21	1.96
141795--141890	18	5.5	17	72	19	65	71	1	7	19	1.15
141844--141894	11	4.6	11	78	9	50	74	1	5	17	1.11
141839--141894	27	2.1	27	86	6	78	75	1	5	17	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141860--141899	21	2.0	20	90	5	62	77	5	2	15	1.04
141838--141900	21	3.0	21	73	15	58	74	3	4	17	1.12
142115--142189	28	2.7	27	78	13	71	70	0	5	24	1.07
142114--142200	35	2.5	35	75	18	94	71	0	4	24	1.05
142138--142199	29	2.1	29	85	11	81	70	0	3	25	1.02
143279--143323	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
145844--145875	15	2.1	15	100	0	64	68	6	6	18	1.32
151285--151515	53	4.4	53	87	1	304	22	26	20	29	1.99
151311--151509	106	1.9	106	93	0	344	21	27	21	29	1.98
152052--152119	22	3.2	22	67	23	63	30	26	19	23	1.98

Tables:   1   2