genome.fa.s3170.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003170.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006666_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  749787

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
621--660	9	4.2	9	84	9	53	42	0	2	55	1.13
654--753	3	33.7	3	75	13	91	58	1	4	37	1.24
1088--1565	113	4.3	113	96	2	853	28	19	14	38	1.91
1088--1565	224	2.1	223	94	3	847	28	19	14	38	1.91
2299--2844	83	6.6	83	95	2	926	36	21	14	27	1.92
3498--3538	16	2.4	16	84	8	55	51	7	4	36	1.51
16489--16533	20	2.3	19	84	3	54	35	0	2	62	1.08
16484--16539	29	2.0	30	83	13	75	37	0	1	60	1.07
16532--16647	3	38.7	3	89	0	178	61	0	3	35	1.13
24050--24111	32	1.9	32	93	0	106	45	9	1	43	1.46
27945--28014	29	2.3	29	80	4	86	28	17	7	47	1.74
34118--34170	18	2.9	18	88	0	79	22	20	30	26	1.98
59858--59918	28	2.1	30	84	6	81	42	1	3	52	1.27
60542--60598	30	1.9	30	100	0	114	21	24	31	22	1.98
61604--61641	17	2.3	17	90	4	60	47	5	5	42	1.48
61780--61856	29	2.6	29	82	10	102	35	9	10	45	1.70
83559--83652	43	2.2	44	82	5	120	23	17	6	53	1.66
84197--84262	23	2.9	22	78	10	78	43	6	0	50	1.27
84212--84280	26	2.8	24	82	10	77	42	4	0	53	1.20
84262--84311	20	2.4	20	83	12	57	44	2	2	52	1.24
87596--88039	223	2.0	224	98	1	856	23	15	21	39	1.92
94203--94330	65	2.0	65	88	0	193	27	10	37	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94978--95103	50	2.5	50	90	0	189	17	35	29	17	1.93
95378--95598	110	2.0	111	91	0	363	37	8	8	46	1.63
97104--97143	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
97419--97449	3	10.3	3	92	0	53	38	32	29	0	1.57
101103--101230	51	2.5	51	81	3	134	19	32	32	16	1.94
101674--101737	32	2.0	32	87	6	94	40	25	10	23	1.87
101825--101887	11	5.5	11	72	10	54	31	25	17	25	1.97
103931--103959	7	4.1	7	100	0	58	31	0	41	27	1.56
104706--104750	17	2.6	17	100	0	90	17	24	35	22	1.95
104706--104750	6	8.0	6	78	11	51	17	24	35	22	1.95
105137--105190	24	2.3	23	87	6	74	61	1	0	37	1.07
106784--106833	16	3.2	16	77	11	50	42	2	6	50	1.38
107729--107859	51	2.6	50	78	12	124	41	6	5	46	1.51
107821--107968	13	11.4	13	66	20	51	44	4	4	46	1.43
107846--108005	17	9.3	18	70	16	83	43	6	5	44	1.52
107821--107986	26	6.6	25	79	14	155	43	5	4	46	1.46
107828--107967	2	67.0	2	67	20	65	45	5	3	46	1.42
107961--108005	20	2.2	20	84	0	54	42	11	6	40	1.67
107892--108022	47	2.8	48	80	9	144	47	8	3	40	1.52
110109--110156	18	2.7	18	93	0	78	31	29	14	25	1.95
118244--118329	23	3.7	23	68	20	70	20	25	24	29	1.99
118892--118936	22	2.1	22	87	4	65	22	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125375--125463	23	3.8	24	75	18	89	20	26	24	28	1.99
126017--126057	21	1.9	22	85	5	57	21	19	31	26	1.97
126346--126388	14	3.1	14	93	0	68	11	11	18	58	1.63
126641--126678	13	2.8	13	81	18	51	5	10	23	60	1.50
133808--133832	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
134779--134810	14	2.3	14	94	0	55	25	37	31	6	1.81
134872--134949	29	2.7	29	97	0	147	24	24	34	16	1.95
140980--141266	49	5.9	49	76	4	256	30	21	13	34	1.92
140962--141272	98	3.2	98	87	3	421	29	21	12	36	1.90
150435--150795	35	10.3	35	78	6	293	43	3	11	41	1.58
150435--150778	107	3.3	106	83	4	385	43	3	11	42	1.57
150852--150899	13	3.8	12	83	10	60	18	2	0	79	0.84
150855--150897	18	2.4	18	80	7	52	18	2	0	79	0.85
152057--152117	18	3.7	17	72	14	56	24	8	3	63	1.37
152473--152498	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
153830--153880	21	2.4	21	96	3	93	39	3	0	56	1.18
153948--154104	74	2.1	76	85	5	221	44	12	3	39	1.59
159926--159964	16	2.6	15	84	11	53	56	0	0	43	0.99
160539--160568	15	2.0	15	100	0	60	20	0	6	73	1.05
167168--167211	22	2.0	22	86	0	61	20	25	29	25	1.99
173532--173688	64	2.5	64	79	8	176	28	18	18	35	1.94
177569--177724	8	18.9	8	72	18	99	71	0	16	12	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177570--177712	7	19.7	7	73	18	80	72	0	16	11	1.13
178760--178794	17	2.1	17	89	10	54	42	2	22	31	1.68
179101--179520	55	7.7	55	82	5	383	28	17	23	31	1.97
179101--179514	110	3.8	110	82	5	450	28	16	23	31	1.96
179152--179522	165	2.2	165	84	4	473	28	17	23	31	1.97
193047--193105	28	2.1	28	96	0	109	33	6	40	18	1.77
197993--198106	60	1.9	60	81	3	140	34	7	13	45	1.70
199918--199961	14	3.1	14	80	3	52	43	0	0	56	0.99
220926--220960	3	11.7	3	88	11	54	31	0	2	65	1.07
221129--221182	23	2.3	23	93	0	99	37	18	14	29	1.91
222674--222700	14	1.9	14	100	0	54	25	0	7	66	1.17
225221--225258	20	1.9	20	84	10	51	31	31	15	21	1.94
227564--227606	18	2.4	18	84	7	52	67	0	6	25	1.15
229290--229327	13	2.7	14	84	12	51	2	21	2	73	1.07
235527--235631	36	2.8	37	81	2	131	35	16	9	39	1.81
235835--235891	26	2.2	26	78	6	62	28	7	19	45	1.76
235796--235964	61	2.7	62	81	9	182	28	11	15	44	1.80
235972--236087	29	3.9	29	75	11	83	32	15	11	40	1.83
235972--236049	32	2.5	30	83	10	86	35	19	6	38	1.77
236046--236258	91	2.3	92	83	4	268	27	13	15	43	1.84
236217--236564	179	2.0	169	93	5	597	30	12	13	42	1.82
236649--237030	134	2.8	133	85	4	491	25	31	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237208--237248	3	13.7	3	90	10	66	31	0	2	65	1.05
247892--248048	78	2.0	78	98	0	305	47	5	8	37	1.59
255653--256217	81	7.0	81	87	2	731	35	11	20	32	1.89
269829--270348	81	6.4	81	86	2	621	36	10	21	31	1.88
278647--278690	3	14.0	3	81	9	52	34	0	2	63	1.07
278647--278682	16	2.2	16	90	0	54	33	0	2	63	1.08
278659--278702	9	4.8	9	82	2	52	34	0	0	65	0.93
281766--281820	26	2.1	26	83	6	67	20	18	1	60	1.46
283940--284623	94	7.1	94	87	5	897	34	25	18	21	1.96
283940--284623	187	3.5	188	84	6	881	34	25	18	21	1.96
284221--284656	106	4.3	105	81	8	408	33	25	18	22	1.96
284901--284944	3	14.0	3	86	9	61	31	0	2	65	1.05
284901--284957	16	3.8	16	84	11	68	29	0	1	68	1.00
291270--291344	38	2.0	37	82	5	89	49	1	2	46	1.24
292649--292706	13	4.5	13	70	23	50	50	0	3	46	1.18
292639--292709	21	3.6	21	73	19	71	53	0	2	43	1.15
292705--292816	14	7.9	15	67	17	69	36	10	0	52	1.36
292713--292805	22	4.3	22	73	10	77	36	10	0	52	1.36
293222--293272	20	2.5	20	81	15	68	45	0	11	43	1.40
293835--293880	24	1.9	24	86	8	67	50	0	13	36	1.41
294037--294069	13	2.5	14	85	14	52	66	6	0	27	1.15
302518--302563	22	2.1	22	100	0	92	28	17	32	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302522--302572	22	2.3	22	89	0	75	27	21	29	21	1.99
304105--304165	22	2.8	22	82	0	86	22	32	26	18	1.97
307508--307533	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
307485--307631	58	2.6	54	78	8	150	50	3	8	38	1.49
307542--307591	25	2.0	24	84	7	64	46	4	10	40	1.56
307536--307627	33	2.8	34	79	15	111	48	3	9	38	1.52
307498--307693	79	2.4	80	82	13	249	50	4	5	40	1.44
307527--307637	32	3.4	32	74	22	97	48	4	8	38	1.53
307647--308247	2	302.5	2	65	22	202	42	5	4	47	1.45
308130--308190	29	2.1	29	81	6	70	39	8	4	47	1.55

Tables:   1   2   3