genome.fa.s3171.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003171.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006668_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  166663

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1174--1218	21	2.1	21	87	0	63	24	33	13	28	1.93
7809--7865	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
20217--20283	34	2.0	34	85	2	91	34	11	25	28	1.91
21575--21624	23	2.2	23	82	7	57	62	14	2	22	1.42
22756--22794	10	3.8	10	82	3	51	2	15	0	82	0.79
22754--22794	20	2.0	21	95	4	75	4	17	0	78	0.93
31638--31892	41	6.2	41	78	5	226	28	20	16	34	1.95
31680--31841	84	2.0	82	83	4	209	29	19	16	35	1.94
31658--31918	125	2.1	124	82	5	312	27	21	18	32	1.96
32132--32204	33	2.2	33	95	0	128	8	10	27	53	1.64
35047--35355	43	7.2	43	82	6	351	23	22	19	33	1.97
35047--35355	128	2.4	128	84	5	399	23	22	19	33	1.97
35794--35862	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
36264--36376	39	2.9	38	76	6	118	52	9	13	24	1.70
40781--40840	30	2.0	30	83	0	75	31	23	16	28	1.96
42194--42228	16	2.2	16	89	0	52	31	42	8	17	1.79
53864--54281	209	2.0	208	98	1	811	34	11	28	25	1.91
54489--55432	231	4.0	231	87	6	1388	34	13	11	39	1.81
55658--55699	21	2.0	21	86	4	59	40	7	0	52	1.29
55733--55783	24	2.1	25	82	7	61	43	0	1	54	1.11
55997--56045	24	2.0	24	88	0	71	44	2	0	53	1.12
58332--58395	22	2.8	23	85	4	85	39	18	7	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58749--58820	23	3.2	23	82	4	83	40	20	5	33	1.76
59383--59449	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
58334--59755	424	3.4	428	95	4	2585	38	13	8	40	1.75
62132--62604	181	2.6	184	96	1	857	34	16	14	34	1.89
64068--64154	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
64068--64169	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
64076--64166	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
65616--67016	198	7.1	198	95	3	2457	32	15	15	36	1.88
65616--67016	392	3.6	394	95	3	2474	32	15	15	36	1.88
65616--67016	588	2.4	590	95	3	2504	32	15	15	36	1.88
67105--67139	18	1.9	18	94	0	61	51	11	2	34	1.53
71035--71087	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
71232--71279	20	2.4	19	76	13	51	18	18	8	54	1.68
71401--71446	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
73147--73200	22	2.5	23	85	11	78	44	0	1	53	1.11
73257--73292	11	3.5	11	82	17	51	66	0	0	33	0.92
73192--73493	133	2.2	136	81	10	350	49	5	5	39	1.50
73188--73493	134	2.3	133	82	7	352	49	5	5	39	1.50
75035--75377	123	2.8	123	88	2	521	25	19	15	39	1.91
75416--75542	36	3.5	36	77	2	128	39	11	18	29	1.87
75399--75542	73	2.0	73	88	2	218	38	11	18	31	1.87
76237--76293	22	2.6	22	94	0	96	38	12	15	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76662--76765	54	1.9	54	88	3	156	26	22	14	36	1.92
79493--79531	17	2.3	17	90	0	60	0	15	0	84	0.62
79498--79556	25	2.4	25	86	8	77	0	11	3	84	0.73
79496--79537	12	3.5	13	81	12	54	0	19	0	80	0.70
79513--79559	7	6.9	7	85	7	53	0	8	4	87	0.67
81512--81560	19	2.5	19	90	3	71	57	12	12	18	1.65
81654--81740	43	2.0	44	88	2	131	34	22	11	31	1.90
82758--83445	123	5.4	123	76	9	629	26	18	15	39	1.91
83484--83610	36	3.5	36	77	2	128	39	11	18	29	1.87
83467--83610	73	2.0	73	88	2	218	38	11	18	31	1.87
84306--84362	22	2.6	22	94	0	96	38	12	15	33	1.85
84731--84834	54	1.9	54	88	3	156	26	22	13	37	1.91
87583--87643	7	8.9	7	83	7	72	0	13	1	85	0.68
87578--87643	13	4.9	13	77	12	62	0	13	1	84	0.68
89597--89645	19	2.5	19	90	3	71	57	12	12	18	1.65
89739--89825	43	2.0	44	86	2	122	33	22	12	31	1.92
90281--90352	36	2.0	36	86	0	99	29	11	20	38	1.87
91701--91754	22	2.5	23	85	11	78	44	0	1	53	1.11
91715--92109	138	2.8	138	85	7	523	47	8	5	38	1.57
99413--99445	16	2.0	17	94	5	59	36	6	21	36	1.78
104804--104918	58	2.0	58	94	3	205	53	14	0	30	1.47
104819--104918	26	3.6	26	73	19	94	54	17	1	28	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104903--105017	54	2.1	54	96	0	212	53	11	0	34	1.43
104952--104994	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
104997--105099	15	6.5	15	82	15	118	53	0	0	45	1.06
104943--105101	67	2.4	67	88	5	223	53	5	0	41	1.23
104952--105054	22	4.5	22	73	7	80	52	7	0	39	1.30
108879--108912	15	2.3	15	90	5	52	70	0	2	26	1.01
108881--108969	12	7.4	12	69	13	58	69	5	1	23	1.16
108925--108971	24	2.0	24	87	8	69	76	6	0	17	0.98
108975--109022	16	3.0	17	85	8	57	60	4	6	29	1.40
110231--110281	3	16.7	3	92	8	77	62	0	0	37	0.95
110405--110729	45	7.3	45	90	1	501	35	18	21	24	1.96
110488--110561	25	3.2	25	62	25	61	36	16	21	25	1.94
110622--110696	25	3.2	25	63	24	63	34	16	24	25	1.95
110664--110805	75	1.9	74	82	7	180	33	21	20	23	1.97
110737--110844	45	2.4	45	82	6	119	30	21	22	25	1.98
110660--111066	120	3.4	120	90	0	645	33	21	19	25	1.97
111720--111772	22	2.6	19	78	16	61	41	13	13	32	1.82
111730--111771	22	1.9	22	95	0	75	42	11	11	33	1.78
112136--112246	54	2.1	54	82	0	132	30	23	11	34	1.91
113081--113234	75	2.1	75	82	0	182	29	19	16	34	1.94
116669--116712	9	5.2	9	89	10	67	0	22	0	77	0.77
116669--116712	15	2.7	15	89	10	61	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117013--117050	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
125926--125970	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
130165--130206	17	2.6	16	84	3	57	76	0	0	23	0.79
130219--130258	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
131131--131160	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
131169--131239	3	24.7	3	72	21	55	67	2	0	29	1.05
131169--131238	11	5.9	11	73	26	63	68	2	0	28	1.04
131205--131259	5	10.8	5	78	18	51	72	1	0	25	0.94
131174--131254	24	3.3	23	78	13	83	67	3	0	28	1.07
131253--131300	16	3.0	17	85	8	57	60	4	6	29	1.40
138552--138599	23	2.0	23	92	4	78	41	10	6	41	1.64
142925--142959	18	1.9	18	94	0	61	20	31	5	42	1.75
151895--151939	18	2.5	18	96	0	81	28	26	11	33	1.91
159749--159857	56	2.0	55	82	8	132	69	0	4	24	1.13
159769--159910	36	3.9	34	73	20	94	63	1	2	32	1.18
159775--159935	41	4.3	39	71	21	114	62	1	2	32	1.19
159791--159914	20	6.1	21	69	20	61	61	0	3	34	1.18
159767--159902	30	4.4	30	71	19	84	64	1	2	30	1.17
159819--159923	2	56.0	2	68	19	57	58	0	1	39	1.16
160865--161079	84	2.6	84	80	0	259	23	20	24	31	1.98
161181--161251	36	2.0	35	97	2	133	40	16	19	22	1.91
161190--161277	36	2.6	34	83	8	99	44	19	18	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161345--161428	37	2.3	36	81	6	98	40	15	19	25	1.90
161327--161572	100	2.5	101	91	4	394	36	13	17	32	1.90
161804--162391	36	17.0	36	72	12	385	40	13	20	26	1.89
161840--162090	137	1.8	137	86	1	369	39	12	20	27	1.88
161704--162391	173	4.0	174	90	3	1036	40	13	20	26	1.88
163507--163618	32	3.5	32	85	6	138	37	19	13	29	1.90
164533--164665	66	2.0	67	86	7	191	24	15	21	38	1.92

Tables:   1

The End!