genome.fa.s3202.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003202.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  146877

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260--845	242	2.4	242	85	3	804	32	18	15	33	1.92
745--858	42	2.7	41	77	9	113	26	21	21	31	1.98
1401--1441	3	13.3	3	94	5	73	34	0	0	65	0.93
3032--3071	22	1.9	21	85	10	55	22	25	25	27	2.00
5168--5205	18	2.2	18	85	4	51	57	0	5	36	1.21
8995--9057	27	2.3	29	81	15	80	44	14	15	25	1.84
10542--10580	20	2.0	20	84	0	51	38	0	7	53	1.30
10732--10772	18	2.4	17	84	11	57	34	0	0	65	0.93
19038--19197	64	2.5	64	84	7	193	23	24	18	33	1.97
22598--22661	23	2.8	23	76	4	76	31	26	25	17	1.97
23052--23119	2	34.0	2	96	0	127	50	0	1	48	1.10
23181--23218	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
28808--29094	123	2.3	123	91	0	448	37	15	21	25	1.92
29163--29262	39	2.6	39	91	0	164	50	7	20	23	1.72
29025--29397	179	2.1	179	83	4	470	39	13	20	25	1.90
30130--30169	21	1.9	21	85	10	55	65	25	7	2	1.32
30932--30971	20	2.0	20	85	0	53	35	0	2	62	1.09
31121--31161	17	2.4	18	84	12	59	36	0	0	63	0.95
41960--42003	20	2.2	20	87	0	61	18	15	34	31	1.92
44781--44828	22	2.1	23	85	11	64	20	2	25	52	1.58
48087--48205	31	3.9	30	75	9	98	24	29	29	16	1.97
48087--48209	61	2.0	61	82	6	151	25	28	29	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49722--49756	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
52808--52883	31	2.4	31	80	2	89	26	31	27	14	1.95
56398--56517	31	3.9	31	73	8	102	14	26	30	29	1.95
56398--56519	61	2.0	63	83	6	160	13	26	30	29	1.94
57495--57656	80	2.0	80	96	0	297	37	4	21	35	1.75
57780--57813	17	1.9	18	88	5	52	70	5	2	20	1.21
62314--62344	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
62676--62709	15	2.3	15	94	0	59	26	8	35	29	1.87
63134--63268	8	18.9	7	66	23	52	33	13	2	50	1.56
63071--63265	22	8.4	22	67	23	91	34	11	3	50	1.54
63064--63205	14	9.9	14	70	19	89	34	9	2	52	1.49
63814--63851	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
63271--64429	590	2.0	588	88	5	1736	47	6	12	33	1.68
64573--64609	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
64796--64903	10	10.9	10	75	13	62	49	3	0	47	1.19
64839--64906	2	34.5	2	89	8	104	45	1	0	52	1.09
64919--64978	26	2.5	24	86	8	77	51	5	6	36	1.50
65097--65141	13	3.3	13	82	11	54	51	0	11	37	1.38
65086--65156	21	3.3	21	86	7	99	52	1	9	36	1.44
65079--65151	30	2.4	29	80	15	78	52	1	9	36	1.43
65087--65166	28	2.8	28	78	17	76	51	2	10	36	1.49
65109--65189	28	2.9	27	82	12	92	50	1	8	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65168--65195	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
65239--65285	24	2.0	24	83	8	60	51	0	8	40	1.33
65284--65327	22	2.1	22	83	8	56	59	4	9	27	1.48
65337--65585	25	9.6	26	67	22	77	51	3	10	35	1.52
65403--65427	6	4.2	6	100	0	50	52	0	16	32	1.44
65591--65648	27	2.1	27	90	6	91	55	3	3	37	1.34
65678--65730	17	2.9	17	83	8	52	50	3	1	43	1.30
65714--65762	21	2.4	22	76	13	59	48	4	4	42	1.40
65771--65812	22	1.9	22	90	0	66	47	7	2	42	1.43
65854--65946	2	46.0	2	70	18	59	47	2	4	46	1.34
65838--65881	20	2.2	20	91	0	70	40	4	9	45	1.56
65854--65946	11	8.5	11	69	19	52	47	2	4	46	1.34
65951--65993	17	2.5	17	92	0	68	32	9	2	55	1.44
65951--65993	8	5.0	9	83	11	63	32	9	2	55	1.44
66191--66286	6	14.7	6	73	18	50	38	6	1	54	1.33
66206--66678	2	237.0	2	62	22	90	45	4	3	46	1.42
66206--66680	11	42.9	11	64	22	72	45	4	3	46	1.42
66193--66302	28	4.2	26	80	12	109	40	6	0	51	1.33
66338--66380	21	2.0	21	86	8	61	41	2	6	48	1.43
66392--66459	33	2.1	33	85	0	91	44	1	4	50	1.31
66465--66678	9	23.4	9	66	24	60	47	4	4	43	1.43
66508--66587	13	6.1	13	68	18	58	41	6	5	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68144--68234	21	4.3	21	77	5	85	32	14	13	39	1.84
71839--71948	57	1.9	57	92	0	184	17	12	19	50	1.77
72277--72337	18	3.5	18	70	17	65	68	0	6	24	1.13
72280--72351	34	2.1	34	100	0	144	65	0	5	29	1.15
85125--85171	18	2.6	18	96	0	85	65	0	12	21	1.25
85840--85875	6	6.0	6	100	0	72	83	0	0	16	0.65
85996--86045	20	2.3	21	83	16	66	54	14	8	24	1.66
87264--87305	17	2.5	17	81	18	52	59	9	0	30	1.29
87635--87664	9	3.3	9	95	0	51	83	6	0	10	0.81
89044--89569	243	2.2	244	80	3	585	26	15	20	37	1.92
90701--90996	162	1.8	162	95	0	538	30	20	15	33	1.94
100012--100056	17	2.6	17	100	0	90	37	11	17	33	1.85
100598--100671	29	2.6	29	93	0	130	63	6	9	20	1.47
100988--101030	14	3.0	14	76	6	50	58	9	6	25	1.54
101017--101073	22	2.5	24	75	18	59	64	8	7	19	1.44
101069--101191	29	4.1	30	73	14	78	60	5	8	24	1.48
101086--101191	30	3.6	30	74	5	83	61	4	8	25	1.45
103709--103769	17	3.6	17	74	12	54	65	0	13	21	1.26
106047--106148	47	2.2	47	100	0	204	32	19	6	41	1.78
108840--108886	19	2.4	20	78	3	51	51	4	17	27	1.64
112129--112171	21	2.0	22	86	4	61	37	16	18	27	1.92
112199--112244	21	2.2	20	84	3	56	43	26	15	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112206--112244	20	1.9	21	89	5	62	35	30	15	17	1.91
115063--115147	43	2.0	44	81	6	102	62	10	8	18	1.52
118221--118254	12	2.8	12	86	0	50	11	17	17	52	1.73
121944--121977	14	2.3	15	90	5	52	61	0	11	26	1.30
121962--122007	23	2.0	23	82	0	56	60	8	8	21	1.53
122460--122506	22	2.1	23	96	4	87	46	27	8	17	1.76
124057--124102	18	2.5	18	89	10	67	0	32	21	45	1.52
125679--125741	23	2.7	23	85	4	92	19	25	30	25	1.98
137282--137320	20	2.0	20	84	0	51	28	12	23	35	1.91
139001--139052	12	4.1	12	75	22	52	15	11	7	65	1.46
143096--143134	20	2.0	20	84	0	51	28	10	25	35	1.89

Tables:   1

The End!