genome.fa.s3218.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003218.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006779_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184085

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17712--17741	15	2.0	15	93	0	51	30	13	0	56	1.37
20143--20187	17	2.7	16	76	10	54	71	0	2	26	0.98
21436--21496	31	2.0	31	83	6	79	21	6	29	42	1.78
23043--23084	17	2.5	17	96	0	75	54	14	9	21	1.68
25379--25485	24	4.5	24	79	2	99	48	16	15	18	1.81
25392--25448	12	4.8	12	78	8	71	49	17	17	15	1.81
25377--25485	48	2.3	47	85	3	137	48	16	15	19	1.81
28003--28048	13	3.5	13	87	0	74	19	21	41	17	1.90
28024--28064	18	2.3	18	91	0	64	14	21	46	17	1.84
28042--28077	13	2.8	13	86	0	54	19	19	44	16	1.87
27970--28060	26	3.4	28	76	20	90	21	23	37	17	1.94
30139--30207	12	5.8	12	76	6	68	52	17	14	15	1.75
30139--30207	24	2.9	24	84	0	93	52	17	14	15	1.75
30138--30245	24	4.5	24	74	4	67	48	16	14	20	1.81
32762--32793	13	2.5	13	89	0	55	12	21	46	18	1.82
33704--33748	19	2.3	19	85	11	56	11	8	2	77	1.07
35779--35844	20	3.1	22	85	10	61	31	6	6	56	1.48
35779--35835	20	2.9	20	92	2	89	33	5	7	54	1.50
36449--36559	33	3.4	32	75	6	98	34	3	10	51	1.54
36413--36873	98	4.7	98	68	21	264	36	4	11	47	1.59
36514--36576	32	2.0	32	84	6	83	36	3	7	52	1.47
36711--36864	32	4.8	31	73	10	114	35	2	11	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36699--36871	33	5.3	31	72	10	107	37	2	11	48	1.52
37816--37867	23	2.4	22	87	6	79	28	0	15	55	1.40
37871--37978	34	3.1	34	89	5	171	42	0	10	47	1.37
40039--40088	23	2.2	23	96	0	91	40	14	16	30	1.87
41024--41134	36	3.1	36	85	6	138	47	8	0	44	1.32
41270--41310	21	1.9	22	90	5	66	0	34	0	65	0.93
47062--47120	21	2.7	21	92	5	91	52	5	23	18	1.65
47450--47475	11	2.4	11	100	0	52	7	0	7	84	0.77
50053--50093	20	2.0	20	95	0	73	26	9	41	21	1.84
53273--53312	16	2.4	17	83	4	55	22	2	25	50	1.62
53903--53976	24	3.1	24	90	7	107	20	21	24	33	1.97
54723--54763	22	1.9	21	85	5	55	19	24	31	24	1.98
59695--59734	16	2.4	17	83	4	55	22	2	25	50	1.62
60334--60399	24	2.8	24	86	4	98	19	24	24	31	1.98
66725--66774	24	2.1	24	82	14	59	22	24	24	30	1.99
71964--72172	75	2.8	76	96	2	377	58	13	1	26	1.46
72043--72157	25	4.6	24	66	17	72	56	15	1	26	1.49
72937--72976	21	1.9	21	94	0	71	55	7	10	27	1.60
72941--72988	21	2.3	21	85	0	60	60	8	10	20	1.55
73324--73414	5	17.8	5	73	13	78	71	1	5	21	1.13
76995--77074	40	2.0	40	87	0	115	22	23	23	30	1.99
80830--80916	11	7.5	11	76	20	63	8	4	2	85	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80829--80916	10	9.0	10	78	13	78	9	4	2	84	0.85
80814--80968	48	3.2	47	74	11	134	10	9	1	78	1.05
80830--80916	1	87.0	1	73	0	57	8	4	2	85	0.82
85135--85272	6	22.8	6	69	19	58	6	13	1	78	1.02
85133--85208	19	4.0	18	77	13	73	7	9	1	81	0.93
85166--85273	24	4.5	24	65	25	68	5	14	1	77	1.03
85119--85251	44	3.1	41	76	12	117	9	13	0	75	1.07
85216--85272	29	1.9	30	86	10	82	3	15	1	78	0.96
85133--85273	15	9.4	14	68	21	56	6	13	1	78	1.00
85128--85252	43	2.9	41	74	20	114	8	15	0	76	1.06
88188--88267	40	2.0	40	80	9	92	23	23	22	30	1.99
90465--90514	20	2.6	19	78	15	57	68	0	8	24	1.16
91892--92047	85	1.8	85	98	0	303	46	7	8	37	1.63
94572--95437	74	11.5	74	73	8	436	32	15	13	38	1.86
94588--94865	73	3.7	74	78	6	213	31	15	13	39	1.87
94838--95398	39	14.8	39	79	3	342	33	15	14	37	1.87
94814--95277	113	4.1	113	75	6	299	32	14	14	37	1.87
94869--95403	191	2.8	189	82	3	648	33	15	13	37	1.86
94987--95269	152	1.9	153	81	2	354	32	16	12	37	1.87
95445--95585	59	2.4	59	80	5	153	29	26	12	31	1.93
96412--96464	22	2.4	22	90	0	88	18	22	35	22	1.95
97171--97225	22	2.4	22	82	14	67	14	1	5	78	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97183--97236	22	2.3	23	81	12	65	18	1	7	72	1.17
100112--100765	75	8.7	74	71	11	269	32	15	13	39	1.85
100356--100677	113	2.8	113	85	3	425	33	14	13	38	1.86
100383--100833	39	11.9	38	75	7	339	32	15	13	38	1.86
100411--100856	191	2.4	186	81	5	484	32	15	12	39	1.85
100882--101007	59	2.1	59	83	0	162	30	27	11	30	1.92
103013--103257	29	8.5	29	85	4	318	44	19	3	32	1.67
103013--103257	87	2.8	86	88	2	350	44	19	3	32	1.67
107257--107549	28	10.4	28	90	3	410	42	19	4	32	1.72
111673--112000	29	11.4	29	92	2	477	42	19	4	33	1.71
116121--116415	29	10.3	29	93	1	447	42	20	4	33	1.72
118416--118461	23	2.0	23	100	0	92	26	8	8	56	1.58
120341--120392	26	2.0	26	100	0	104	23	23	30	23	1.99
121011--121072	26	2.3	28	80	8	74	35	3	6	54	1.42
121211--121301	43	2.1	44	91	2	148	20	3	21	53	1.60
130152--130239	24	3.7	24	85	0	122	26	18	19	36	1.94
132640--132668	13	2.2	13	100	0	58	62	6	0	31	1.22
146566--146608	18	2.4	18	92	0	68	16	11	2	69	1.28
162989--163019	9	3.4	9	95	0	53	22	16	0	61	1.34
166551--166623	16	4.6	15	78	14	76	82	0	8	9	0.85
166548--166623	23	3.2	24	78	16	86	81	0	9	9	0.87
166576--166605	12	2.5	12	88	0	51	90	0	0	10	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166946--167023	18	3.9	19	80	13	79	29	10	5	55	1.55
168176--168611	113	3.9	113	91	0	685	37	15	19	27	1.92
170377--170411	16	2.2	16	89	0	52	45	0	2	51	1.16

Tables:   1

The End!