Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01003229.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006799_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 47810
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.21, T:0.32
Found at i:10841 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 10686--11131 Score: 540
Period size: 41 Copynumber: 10.8 Consensus size: 42
10676 CAAAATACTA
* *
10686 TACTTTAGTGGCGTTTGT-ATA-AAAACGCCGCTAAAGA-ATCG
1 TACTTTAGTGGCGTTT-TAATACCAAACGCCGCTATAGACA-CG
* * * *
10727 TAATGTAGTGGCGTTTTTATA-CAAACGCCGCTATAAACTA-G
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGAC-ACG
* * * *
10768 TATTTTAGTGGCATTTTTATA-CAAACGCTGCTATAGACACG
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGACACG
* * *
10809 TACTTTTGTGGCGTTTTAATACCAAACGCTGCTATAGACTCG
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGACACG
*
10851 TACTTTAGTGGCATTTT--TACACAAACGCCGCTATAGACACG
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATAC-CAAACGCCGCTATAGACACG
*
10892 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATACACACG
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGACACG
* * *
10934 TACTTTAATGGCATTTT--TACACAAACGCCGCTATAGACAGG
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATAC-CAAACGCCGCTATAGACACG
* *
10975 TACTTTTGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGATTA-G
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGA-CACG
11017 TACTTTAGTGGCGTTTT--TACACAAACGCCGCTATAGACACG
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATAC-CAAACGCCGCTATAGACACG
* *
11058 TACTTTTGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGACTCG
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGACACG
11100 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGC
1 TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGC
11132 AATTGTCATA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 34, Indels: 31
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
40 12 0.03
41 181 0.51
42 151 0.43
43 11 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (42 bp):
TACTTTAGTGGCGTTTTAATACCAAACGCCGCTATAGACACG
Found at i:10861 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 10686--11131 Score: 628
Period size: 83 Copynumber: 5.4 Consensus size: 83
10676 CAAAATACTA
* * * * * * * * *
10686 TACTTTAGTGGCGTTTGTATAAAAACGCCGCTAAAGA-ATCGTAATGTAGTGGCGTTTTTATA-C
1 TACTTTAGTGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACA-CGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACC
* *
10749 AAACGCCGCTATAAACTAG
65 AAACGCCGCTATAGACTCG
* * *
10768 TATTTTAGTGGCATTTTTATACAAACGCTGCTATAGACACGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
1 TACTTTAGTGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACACGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
*
10833 AACGCTGCTATAGACTCG
66 AACGCCGCTATAGACTCG
*
10851 TACTTTAGTGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACACGTACTTTAGTGGCGTTTTAATACCA
1 TACTTTAGTGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACACGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
* *
10916 AACGCCGCTATACACACG
66 AACGCCGCTATAGACTCG
* *
10934 TACTTTAATGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACAGGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
1 TACTTTAGTGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACACGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
* *
10999 AACGCCGCTATAGATTAG
66 AACGCCGCTATAGACTCG
*
11017 TACTTTAGTGGCGTTTTTACACAAACGCCGCTATAGACACGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
1 TACTTTAGTGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACACGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
11082 AACGCCGCTATAGACTCG
66 AACGCCGCTATAGACTCG
*
11100 TACTTTAGTGGCGTTTTAATAC-CAAACGCCGC
1 TACTTTAGTGGCATTTT--TACACAAACGCCGC
11132 AATTGTCATA
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 32, Indels: 6
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
82 50 0.15
83 265 0.81
84 10 0.03
85 3 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (83 bp):
TACTTTAGTGGCATTTTTACACAAACGCCGCTATAGACACGTACTTTTGTGGCGTTTTAATACCA
AACGCCGCTATAGACTCG
Found at i:16926 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 16902--16960 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
16892 TGATTTATTA
**
16902 TTATGGATTTCATTTTTCTTG
1 TTATGGATTTCAAGTTTCTTG
* *
16923 TTATGGATTTTAAGTTTGTTG
1 TTATGGATTTCAAGTTTCTTG
*
16944 TTATGGATGTCAAGTTT
1 TTATGGATTTCAAGTTT
16961 ATTGGAAAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 32 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.05, G:0.20, T:0.56
Consensus pattern (21 bp):
TTATGGATTTCAAGTTTCTTG
Found at i:17216 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 17113--17337 Score: 258
Period size: 43 Copynumber: 5.3 Consensus size: 43
17103 ATATGACATT
** * * *
17113 TTGCGGCGTTTGTTCTAAAAAACGCCGCTATATAC-C-AGATCTT
1 TTGCGGCGTTTG-TGGAAAAAACGCCGCTAAAT-CTCAAGACCTA
* * *
17156 TTGCGGTGTTTATGGGAAAAACGCCGCTAAATCTCAAGACCTA
1 TTGCGGCGTTTGTGGAAAAAACGCCGCTAAATCTCAAGACCTA
17199 TTGCGGCGTTTGTGGAAAAAACGCCGCTAAATCTCAAGACCTA
1 TTGCGGCGTTTGTGGAAAAAACGCCGCTAAATCTCAAGACCTA
* *
17242 TTGCGACGTTTGTGGAAAAAACGCCGCTAAATCTCAACACCTA
1 TTGCGGCGTTTGTGGAAAAAACGCCGCTAAATCTCAAGACCTA
* * * * ***
17285 TTGCGGCGTTTTTGG-ACAAACGCCGCTATATATCGTTACCTA
1 TTGCGGCGTTTGTGGAAAAAACGCCGCTAAATCTCAAGACCTA
17327 TTGCGGCGTTT
1 TTGCGGCGTTT
17338 TTTGTTACCA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 21, Indels: 5
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 49 0.31
43 109 0.69
ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (43 bp):
TTGCGGCGTTTGTGGAAAAAACGCCGCTAAATCTCAAGACCTA
Found at i:28009 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 28001--28033 Score: 66
Period size: 3 Copynumber: 11.0 Consensus size: 3
27991 AGAAACAAGA
28001 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
28034 GGGTTGTTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 30 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.33, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
AAG
Found at i:31001 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30978--31027 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
30968 TACGGTAACA
*
30978 ATTTTAATTTTTG-TTGTT
1 ATTTTAATTTTTGAATGTT
30996 ATTTTAATTATTGTGAATGTT
1 ATTTTAATT-TT-TGAATGTT
31017 A-TTTAATTTTT
1 ATTTTAATTTTT
31028 AGTATTAGTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.36
19 4 0.14
20 9 0.32
21 5 0.18
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.10, T:0.66
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTAATTTTTGAATGTT
Found at i:34601 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 34502--34639 Score: 258
Period size: 62 Copynumber: 2.2 Consensus size: 62
34492 TTGCAAAGTC
*
34502 TGGTTGAGATGCTTTGTGGTGCATACAAGAGCGGGCGAAACTAAGGCCGCGCATGGCACAAA
1 TGGTTGAGATGCTTTGTGGTGCATACAAGAGCAGGCGAAACTAAGGCCGCGCATGGCACAAA
*
34564 TGGTTGAGATGCTTTGTGGTGCATACAAGAGCAGGCGAAACTAAGGCCGCGCATGGCACAAG
1 TGGTTGAGATGCTTTGTGGTGCATACAAGAGCAGGCGAAACTAAGGCCGCGCATGGCACAAA
34626 TGGTTGAGATGCTT
1 TGGTTGAGATGCTT
34640 GAAGGGCGTG
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 74 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (62 bp):
TGGTTGAGATGCTTTGTGGTGCATACAAGAGCAGGCGAAACTAAGGCCGCGCATGGCACAAA
Found at i:37844 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 37820--37925 Score: 110
Period size: 21 Copynumber: 5.1 Consensus size: 21
37810 CGATATATAA
*
37820 TAATATATTTATAATATCTAC
1 TAATATATTAATAATATCTAC
37841 TAATATATTAATAATA-CGTAC
1 TAATATATTAATAATATC-TAC
*
37862 TAATATATTAACAATATCTAC
1 TAATATATTAATAATATCTAC
* * *
37883 TAATGTACTAATAATA-CGAAC
1 TAATATATTAATAATATC-TAC
* *
37904 TAATAAATTAA-AATATGTAC
1 TAATATATTAATAATATCTAC
37924 TA
1 TA
37926 TTCGTGCTAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 11, Indels: 9
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.14
21 59 0.84
22 1 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.04, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
TAATATATTAATAATATCTAC
Found at i:37868 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 37820--38053 Score: 191
Period size: 42 Copynumber: 5.4 Consensus size: 42
37810 CGATATATAA
* *
37820 TAATATATTTATAATATCTACTAATATATTAATAATACGTAC
1 TAATATATTAATAATATCTACTAATATATTAATAATATGTAC
* * * * *
37862 TAATATATTAACAATATCTACTAATGTACTAATAATACGAAC
1 TAATATATTAATAATATCTACTAATATATTAATAATATGTAC
* * * * *
37904 TAATAAATTAAAATATGTACTATTCGTGCTAATAAATTAATAACATATAC
1 TAATATATT--AATA---A-TA-TC-TACTAATATATTAATAATATGTAC
* * *
37954 TAA-ATATTAATAATATATAATAATATATTAATTATATGTAC
1 TAATATATTAATAATATCTACTAATATATTAATAATATGTAC
* * ** * *
37995 TAATATATTAGTAATATTTAAAAATATTTTAATAATATATAC
1 TAATATATTAATAATATCTACTAATATATTAATAATATGTAC
*
38037 AAATATATTAATAATAT
1 TAATATATTAATAATAT
38054 ATTATTAATA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 31, Indels: 18
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 21 0.14
42 93 0.61
43 2 0.01
44 4 0.03
47 5 0.03
48 2 0.01
49 6 0.04
50 19 0.12
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (42 bp):
TAATATATTAATAATATCTACTAATATATTAATAATATGTAC
Found at i:37956 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 37932--38066 Score: 146
Period size: 21 Copynumber: 6.4 Consensus size: 21
37922 ACTATTCGTG
* *
37932 CTAATAAATTAATAACATATA
1 CTAATATATTAATAATATATA
37953 CTAA-ATATTAATAATATATA
1 CTAATATATTAATAATATATA
* * *
37973 ATAATATATTAATTATATGTA
1 CTAATATATTAATAATATATA
* *
37994 CTAATATATTAGTAATATTTA
1 CTAATATATTAATAATATATA
** *
38015 AAAATATTTTAATAATATATA
1 CTAATATATTAATAATATATA
*
38036 CAAATATATTAATAATATATTA
1 CTAATATATTAATAATATA-TA
*
38058 TTAATATAT
1 CTAATATAT
38067 GTCATAACCG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 18, Indels: 3
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 17 0.18
21 68 0.72
22 9 0.10
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
CTAATATATTAATAATATATA
Found at i:37985 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 37933--38066 Score: 122
Period size: 11 Copynumber: 12.7 Consensus size: 11
37923 CTATTCGTGC
*
37933 TAATAAATTAA
1 TAATATATTAA
* *
37944 TAACATA-TAC
1 TAATATATTAA
37954 TAA-ATATTAA
1 TAATATATTAA
37964 TAATATA-TAA
1 TAATATATTAA
37974 TAATATATTAA
1 TAATATATTAA
*
37985 T--TATATGTAC
1 TAATATAT-TAA
*
37995 TAATATATTAG
1 TAATATATTAA
38006 TAATAT-TTAA
1 TAATATATTAA
* *
38016 AAATATTTTAA
1 TAATATATTAA
38027 TAATATA-TACA
1 TAATATATTA-A
38038 -AATATATTAA
1 TAATATATTAA
*
38048 TAATATATTAT
1 TAATATATTAA
38059 TAATATAT
1 TAATATAT
38067 GTCATAACCG
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 11, Indels: 20
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.08
10 40 0.39
11 49 0.48
12 5 0.05
ACGTcount: A:0.52, C:0.03, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (11 bp):
TAATATATTAA
Found at i:38445 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 38421--38472 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
38411 AGGAATTAAT
38421 ATAAAATATAAA-AGAAA-TA
1 ATAAAATATAAATAGAAATTA
38440 ATAAAAT-TAAATAGAAATTA
1 ATAAAATATAAATAGAAATTA
*
38460 ATTAAATA-AAATA
1 ATAAAATATAAATA
38473 AATAAAAGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 5
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.14
19 12 0.41
20 13 0.45
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.04, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAATATAAATAGAAATTA
Found at i:38486 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 38407--38483 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 3.4 Consensus size: 23
38397 AAGAAAAAAC
*
38407 TAAAAGGAATTAATATAAAAT--A
1 TAAAAGAAATTAA-ATAAAATAAA
38429 TAAAAGAAA-T-AATAAAATTAAA
1 TAAAAGAAATTAAATAAAA-TAAA
**
38451 TAGAAATTAATTAAATAAAATAAA
1 TA-AAAGAAATTAAATAAAATAAA
38475 TAAAAGAAA
1 TAAAAGAAA
38484 ATTCAAATTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 11
0.73 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.14
20 2 0.05
21 1 0.02
22 11 0.25
23 10 0.23
24 7 0.16
25 7 0.16
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.06, T:0.25
Consensus pattern (23 bp):
TAAAAGAAATTAAATAAAATAAA
Found at i:40199 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 40130--40290 Score: 139
Period size: 29 Copynumber: 5.6 Consensus size: 29
40120 TATATTCGAA
* *
40130 AATTACAAAAATATCACCTTTATTAAAAAT
1 AATTACCAAAATATCACCATT-TTAAAAAT
* * *
40160 AATTACTAAAATATCACCGTTTTACAAAT
1 AATTACCAAAATATCACCATTTTAAAAAT
* * * *
40189 AATTCCCAAAATGTCATCGTTTTAAAAAT
1 AATTACCAAAATATCACCATTTTAAAAAT
* * * *
40218 AATTACCAGAATGTCACTATTTT-TAAA-
1 AATTACCAAAATATCACCATTTTAAAAAT
* *
40245 AATTACCAAAATGTCA-CATTTTTCAAAAT
1 AATTACCAAAATATCACCA-TTTTAAAAAT
*
40274 AATTCCCAAAATATCAC
1 AATTACCAAAATATCAC
40291 TGGGTCGGGT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 19, Indels: 8
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.01
27 19 0.18
28 6 0.06
29 63 0.58
30 19 0.18
ACGTcount: A:0.45, C:0.17, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (29 bp):
AATTACCAAAATATCACCATTTTAAAAAT
Found at i:40272 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 40218--40291 Score: 87
Period size: 27 Copynumber: 2.7 Consensus size: 27
40208 TTTTAAAAAT
*
40218 AATTACCAGAATGTCACTATTTTTAAA
1 AATTACCAAAATGTCACTATTTTTAAA
40245 AATTACCAAAATGTCAC-ATTTTTCAAAA
1 AATTACCAAAATGTCACTATTTTT--AAA
* *
40273 TAATTCCCAAAATATCACT
1 -AATTACCAAAATGTCACT
40292 GGGTCGGGTC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 5
0.83 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 6 0.15
27 16 0.40
28 3 0.08
29 15 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.19, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
AATTACCAAAATGTCACTATTTTTAAA
Found at i:40273 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 40128--40291 Score: 168
Period size: 56 Copynumber: 2.9 Consensus size: 56
40118 TCTATATTCG
* * * **
40128 AAAATTACAAAAATATCACCTTTATTAAAAATAATTACTAAAATATCACCGTTTTACA
1 AAAATTACCAAAATGTCA-CTTT-TTAAAAATAATTACCAAAATATCACTATTTTACA
* * * * *
40186 AATAATTCCCAAAATGTCATCGTTTTAAAAATAATTACCAGAATGTCACTATTTT-TA
1 AA-AATTACCAAAATGTCA-CTTTTTAAAAATAATTACCAAAATATCACTATTTTACA
* *
40243 AAAATTACCAAAATGTCACATTTTTCAAAATAATTCCCAAAATATCACT
1 AAAATTACCAAAATGTCAC-TTTTTAAAAATAATTACCAAAATATCACT
40292 GGGTCGGGTC
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 17, Indels: 6
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
55 1 0.01
56 39 0.45
57 3 0.03
58 28 0.32
59 16 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.17, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (56 bp):
AAAATTACCAAAATGTCACTTTTTAAAAATAATTACCAAAATATCACTATTTTACA
Found at i:41093 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 41069--41137 Score: 102
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
41059 ACAATATTAA
*
41069 TACATATTATTAATATATCAG
1 TACATATTATCAATATATCAG
*
41090 TACATATTATCAATATATTAG
1 TACATATTATCAATATATCAG
* *
41111 TACATATTATGAATATATCAA
1 TACATATTATCAATATATCAG
41132 TACATA
1 TACATA
41138 CTACTAAATG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 43 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TACATATTATCAATATATCAG
Found at i:42113 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 42095--42573 Score: 693
Period size: 13 Copynumber: 36.8 Consensus size: 13
42085 AATGAAGTCT
42095 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42108 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42121 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42135 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42148 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42162 -GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42175 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42189 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42202 -GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42215 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42229 -GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42242 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42255 -GGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42267 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42280 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42293 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42307 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42320 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42334 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42347 -GGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42359 ---G---GGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42366 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42379 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42392 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42405 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42419 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42433 -GGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42445 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42458 --GGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42470 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42484 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42498 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42512 GGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42526 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42539 -GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTC-GGGCTC
42552 GGGGCTCGGGCTC
1 GGGGCTCGGGCTC
42565 -GGGCTCGGG
1 GGGGCTCGGG
42574 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 0, Indels: 45
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
7 6 0.01
10 2 0.00
11 5 0.01
12 57 0.13
13 203 0.46
14 171 0.39
ACGTcount: A:0.00, C:0.30, G:0.55, T:0.15
Consensus pattern (13 bp):
GGGGCTCGGGCTC
Found at i:42114 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 42095--42573 Score: 762
Period size: 7 Copynumber: 72.4 Consensus size: 7
42085 AATGAAGTCT
42095 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42102 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42108 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42115 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42121 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42128 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42135 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42142 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42148 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42155 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42162 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42168 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42175 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42182 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42189 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42196 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42202 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42208 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42215 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42222 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42229 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42235 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42242 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42249 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42255 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42261 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42267 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42274 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42280 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42287 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42293 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42300 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42307 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42314 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42320 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42327 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42334 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42341 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42347 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42353 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42359 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42366 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42373 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42379 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42386 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42392 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42399 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42405 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42412 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42419 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42426 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42433 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42439 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42445 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42452 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42458 --GGCTC
1 GGGGCTC
42463 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42470 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42477 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42484 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42491 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42498 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42505 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42512 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42519 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42526 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42533 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42539 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42545 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42552 GGGGCTC
1 GGGGCTC
42559 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42565 -GGGCTC
1 GGGGCTC
42571 GGG
1 GGG
42574 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 0, Indels: 38
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.01
6 156 0.34
7 292 0.64
ACGTcount: A:0.00, C:0.30, G:0.55, T:0.15
Consensus pattern (7 bp):
GGGGCTC
Found at i:42127 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 42095--42573 Score: 762
Period size: 20 Copynumber: 24.1 Consensus size: 21
42085 AATGAAGTCT
42095 GGGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42115 -GGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42135 GGGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42155 GGGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42175 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42196 -GGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42215 GGGGCTCGGGGCTC-GGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42235 GGGGCTCGGGGCTC-GGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42255 -GGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42274 -GGGCTCGGGGCTC-GGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42293 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42314 -GGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42334 GGGGCTC-GGGCTC-GGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42353 -GGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42373 -GGGCTCGGGGCTC-GGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42392 GGGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42412 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42433 -GGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42452 -GGGCTC--GGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42470 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42491 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42512 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42533 -GGGCTC-GGGCTCGGGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42552 GGGGCTC-GGGCTC-GGGCTC
1 GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
42571 GGG
1 GGG
42574 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 0, Indels: 39
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 24 0.05
19 114 0.26
20 198 0.45
21 104 0.24
ACGTcount: A:0.00, C:0.30, G:0.55, T:0.15
Consensus pattern (21 bp):
GGGGCTCGGGGCTCGGGGCTC
Found at i:42583 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 42571--47810 Score: 9303
Period size: 7 Copynumber: 761.3 Consensus size: 7
42561 GCTCGGGCTC
42571 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42578 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42585 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42592 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42599 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42606 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42613 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42620 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42627 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42634 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42641 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42648 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42655 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42662 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42669 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42676 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42690 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42697 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42704 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42711 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42718 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42725 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42732 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42739 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42753 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42760 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42767 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42774 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42781 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42788 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42802 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42809 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42816 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42823 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42830 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42837 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42844 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42851 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42858 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42865 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42872 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42879 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42886 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42893 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42900 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42907 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42914 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42921 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42928 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42935 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42942 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42949 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42956 -GGTTTA
1 GGGTTTA
42962 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42969 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42976 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42990 GGGTTTA
1 GGGTTTA
42997 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43004 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43011 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43018 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43025 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43032 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43067 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43074 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43116 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43137 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
43146 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43153 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43167 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43181 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43188 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43195 -GGTTTA
1 GGGTTTA
43201 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43208 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43215 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43222 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43229 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43236 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43243 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43250 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43257 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43264 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43271 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43278 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43285 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43292 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43299 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43306 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43313 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43320 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43327 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43341 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43348 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43355 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43362 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43432 GGG-TTA
1 GGGTTTA
43438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43445 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43452 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43494 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43515 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43529 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43536 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43543 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43550 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43557 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43564 GGG-TTA
1 GGGTTTA
43570 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43577 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43584 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43591 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43598 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43605 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43612 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43619 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43626 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43633 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43640 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43647 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43654 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43661 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43668 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43675 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43682 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43689 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43696 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43703 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43710 -GGTTTA
1 GGGTTTA
43716 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43723 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43730 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43737 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43744 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43751 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43758 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43765 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43772 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43779 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43786 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43793 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43800 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43807 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43814 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43821 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43828 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43863 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43870 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43877 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43891 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43898 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43905 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43912 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43919 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43926 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43933 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43940 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43947 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43989 GGGTTTA
1 GGGTTTA
43996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44031 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44038 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44045 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44052 GGG-TTA
1 GGGTTTA
44058 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44065 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44072 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44079 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44086 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44093 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44100 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44107 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44114 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44121 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44128 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44135 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44142 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44149 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44156 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44163 GGGTTT-
1 GGGTTTA
44169 -GGTTTA
1 GGGTTTA
44175 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44182 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44189 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44196 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44203 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44210 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44217 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44224 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44231 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44238 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44245 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44252 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44259 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44266 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44273 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44280 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44287 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44294 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44301 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44308 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44315 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44322 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44329 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44336 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44343 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44350 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44357 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44364 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44371 -GGTTTA
1 GGGTTTA
44377 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44384 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44391 -GGTTTA
1 GGGTTTA
44397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44432 GGG-TTA
1 GGGTTTA
44438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44445 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44452 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44473 GGG-TTA
1 GGGTTTA
44479 -GGTTTA
1 GGGTTTA
44485 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44492 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44499 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44506 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44520 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44527 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44534 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44541 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44548 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44555 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44562 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44569 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44583 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44590 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44604 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44611 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44618 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44625 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44632 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44639 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44646 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44653 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44660 GGG-TTA
1 GGGTTTA
44666 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44673 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44680 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44687 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44694 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44701 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44708 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44715 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44722 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44729 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44736 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44743 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44750 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44757 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44764 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44771 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44778 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44785 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44792 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44799 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44806 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44813 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44820 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44827 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44834 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44841 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44848 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44855 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44862 GGG-TTA
1 GGGTTTA
44868 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44875 -GGTTTA
1 GGGTTTA
44881 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44888 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44895 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44902 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44909 GGG-TTA
1 GGGTTTA
44915 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44922 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44929 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44936 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44943 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44950 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44957 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44964 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44971 -GGTTTA
1 GGGTTTA
44977 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44984 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44991 GGGTTTA
1 GGGTTTA
44998 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45005 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
45013 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45020 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45027 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45034 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45041 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45048 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45055 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45062 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45076 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45083 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45090 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45097 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45104 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45111 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45118 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45125 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45132 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45139 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45146 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45153 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45167 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45181 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45188 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45195 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45202 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45209 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45215 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
45223 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45230 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45237 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45244 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45251 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45258 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45265 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45272 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45279 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45286 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45293 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45300 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45307 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45314 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45321 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45328 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45335 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45342 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45349 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45356 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45363 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45370 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45377 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45384 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45391 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45398 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45405 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45412 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45419 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45426 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45433 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45440 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45447 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45454 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45461 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45467 GGGTTT-
1 GGGTTTA
45473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45494 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45500 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45507 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45514 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45528 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45535 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45542 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45548 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45555 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45562 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45569 GGGTTT-
1 GGGTTTA
45575 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45582 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45589 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45596 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45603 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45610 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45624 -GGTTTA
1 GGGTTTA
45630 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45637 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45644 GGGTTT-
1 GGGTTTA
45650 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45657 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45664 GGG--TA
1 GGGTTTA
45669 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
45676 GGGTTTC
1 GGGTTTA
45683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45690 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45697 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45704 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45711 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45718 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45725 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45732 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45739 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45745 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45752 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45759 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45766 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45773 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45780 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45787 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
45794 GGGTTTC
1 GGGTTTA
45801 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45808 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45815 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45822 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45829 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45836 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45863 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
45871 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45878 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45885 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45892 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45899 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45906 GGGTTT-
1 GGGTTTA
45912 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45918 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45925 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45932 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45939 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45946 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45953 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45960 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45967 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45973 GGG-TTA
1 GGGTTTA
45979 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45986 GGGTTTA
1 GGGTTTA
45993 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46000 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46006 GGG-TT-
1 GGGTTTA
*
46011 CGGTTTA
1 GGGTTTA
46018 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46025 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46032 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46067 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46073 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46080 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46087 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46101 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46107 GGGTTT-
1 GGGTTTA
46113 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46120 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46127 -GGTTTA
1 GGGTTTA
46133 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46140 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46147 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46154 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46161 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
46169 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46176 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46183 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46189 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46195 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46202 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46209 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46216 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46223 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
46232 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46239 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46246 -GG-TTA
1 GGGTTTA
46251 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46258 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46265 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46272 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
46281 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46288 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46295 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46302 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46316 -GG-TTA
1 GGGTTTA
46321 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46328 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46341 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46348 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46354 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46360 -GGTTTA
1 GGGTTTA
46366 -GGTTTA
1 GGGTTTA
46372 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
46380 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46387 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
46395 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
46402 GGG-TGA
1 GGGTTTA
46408 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46414 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46421 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
46429 -GGTTTA
1 GGGTTTA
46435 GGG--TA
1 GGGTTTA
46440 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46446 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46453 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
46461 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46468 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46475 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46482 -GGTTTA
1 GGGTTTA
46488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46495 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46501 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46507 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46514 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
46522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46529 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46536 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46543 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46550 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46557 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46564 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46571 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46577 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46584 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46591 GGG--TA
1 GGGTTTA
46596 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46603 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
46610 GGTTTTA
1 GGGTTTA
46617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46645 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46651 -GGTTTA
1 GGGTTTA
46657 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46663 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46670 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46677 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46684 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46691 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46697 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46704 -GGTTTA
1 GGGTTTA
46710 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46717 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46724 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46731 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46737 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
46744 GGGTTTC
1 GGGTTTA
46751 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
46759 GGTTTTA
1 GGGTTTA
46766 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46772 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46779 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46786 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
46794 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46801 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46808 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46815 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
46824 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46830 -GG-TTA
1 GGGTTTA
46835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46863 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46870 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46877 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46891 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46897 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46904 GGGTTT-
1 GGGTTTA
46910 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46917 -GG-TTA
1 GGGTTTA
46922 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46928 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46935 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46942 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46949 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46956 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46962 GGG-TTA
1 GGGTTTA
46968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46989 GGGTTTA
1 GGGTTTA
46996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47010 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47016 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47023 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47030 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47036 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47043 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47050 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47057 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47063 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47076 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47083 -GGTTT-
1 GGGTTTA
47088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47116 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47130 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47136 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47142 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47149 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47155 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47162 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47168 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47175 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47181 GGGTTGGGTA
1 GGGTT---TA
47191 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47197 GGGTTT-
1 GGGTTTA
47203 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47210 GGTGTTTA
1 GG-GTTTA
47218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47232 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47239 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47246 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47253 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47260 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47267 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47274 GGG-TT-
1 GGGTTTA
47279 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47286 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47293 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47299 GGGTTT-
1 GGGTTTA
47305 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47312 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47319 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47326 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47332 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47339 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47346 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47353 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47360 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47367 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47374 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47380 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47387 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47394 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47401 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47408 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
47416 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47423 GGGTAGTTTA
1 -GG--GTTTA
47433 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47440 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47447 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47454 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47461 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47467 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47474 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47494 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47508 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47514 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47520 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47526 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47533 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47540 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47554 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47561 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47568 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47575 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47581 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47588 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47594 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47601 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47608 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47615 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47622 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47629 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47636 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47643 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47650 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
47657 GGGTTTC
1 GGGTTTA
47664 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47670 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
47679 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47685 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47712 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47718 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47724 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47731 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47738 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47745 GGGTTT-
1 GGGTTTA
**
47751 -TTTTTA
1 GGGTTTA
47757 -GGTTTA
1 GGGTTTA
47763 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47770 GGG-TTA
1 GGGTTTA
47776 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47783 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47790 -GG-TTA
1 GGGTTTA
47795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47802 GGGTTTA
1 GGGTTTA
47809 GG
1 GG
Statistics
Matches: 5080, Mismatches: 20, Indels: 266
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
5 59 0.01
6 528 0.10
7 4359 0.86
8 90 0.02
9 37 0.01
10 7 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.43, T:0.43
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Done.