genome.fa.s3239.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003239.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  137509

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55--120	32	2.1	32	83	11	82	18	7	10	63	1.49
3840--3887	24	1.9	26	87	8	73	37	8	20	33	1.83
4687--4713	13	2.1	13	100	0	54	37	29	0	33	1.58
6107--6234	25	5.1	25	80	7	143	29	2	15	52	1.55
9571--9662	4	23.0	4	90	0	76	36	0	13	50	1.41
9574--9683	8	13.6	8	84	4	114	34	0	14	50	1.43
9574--9683	12	9.4	12	83	4	127	34	0	14	50	1.43
9586--9678	4	23.8	4	87	4	118	32	0	17	50	1.46
9723--9760	19	2.0	19	90	10	60	39	0	7	52	1.31
10010--10050	14	2.7	15	85	14	57	36	0	7	56	1.27
10001--10049	23	2.1	24	85	11	66	34	0	8	57	1.29
10131--10168	17	2.2	18	85	4	51	18	2	7	71	1.23
16208--16260	17	3.1	17	88	0	79	37	15	5	41	1.70
16190--16260	34	2.1	34	83	0	88	35	14	11	39	1.81
18311--18343	15	2.2	16	89	10	52	45	9	6	39	1.61
19225--19307	32	2.6	32	88	3	114	38	24	19	18	1.93
19921--20000	7	11.0	7	71	17	56	37	2	6	53	1.40
19952--20000	20	2.5	20	86	0	62	40	2	6	51	1.38
19943--19999	25	2.3	24	82	14	71	40	1	5	52	1.34
25318--25505	64	2.9	62	76	14	175	30	22	18	27	1.97
25208--25443	110	2.1	110	97	0	454	33	20	17	27	1.95
25346--25505	65	2.5	63	83	6	196	29	23	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26818--26850	17	1.9	17	100	0	66	24	33	6	36	1.80
31300--31380	24	3.5	24	70	20	75	22	24	23	29	1.99
33287--33316	14	2.1	15	93	6	53	6	3	26	63	1.35
34003--34110	46	2.4	47	80	10	125	34	21	16	27	1.95
35022--35062	20	2.0	21	90	9	66	46	24	9	19	1.80
36383--36574	96	2.0	96	100	0	384	33	22	20	22	1.97
48775--48823	19	2.5	20	83	10	64	79	2	18	0	0.83
48775--48829	15	3.5	15	80	12	58	80	1	18	0	0.81
53021--53068	16	2.9	16	90	6	69	14	22	0	62	1.32
53996--54032	19	1.9	19	88	0	56	43	8	16	32	1.77
54642--54680	20	2.0	18	85	14	51	35	7	0	56	1.28
54818--54846	11	2.6	11	100	0	58	44	31	17	6	1.75
56530--56571	18	2.3	18	83	0	66	38	26	23	11	1.90
70955--70997	20	2.0	21	86	8	61	46	20	6	25	1.76
72940--73106	74	2.2	74	84	6	203	49	10	11	28	1.72
74360--74504	3	48.3	3	93	2	247	64	1	0	33	1.07
74699--75055	132	2.7	133	84	3	452	22	18	33	26	1.97
74934--75036	40	2.5	40	82	7	118	20	20	35	23	1.96
75061--75157	28	3.4	28	82	15	101	44	12	16	26	1.83
75159--75334	66	2.7	62	73	11	147	39	15	18	26	1.91
75690--75750	31	1.9	31	87	9	88	40	13	14	31	1.84
76094--76252	65	2.4	65	82	7	198	42	13	13	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76160--76267	30	3.5	29	74	17	101	40	13	11	34	1.81
76205--76267	29	2.1	30	88	8	94	38	14	11	36	1.81
76152--76369	91	2.3	98	76	13	240	42	14	10	32	1.79
76336--76401	29	2.4	26	83	14	87	51	12	9	27	1.69
76629--76710	36	2.3	36	80	4	103	31	12	20	35	1.90
76629--76723	36	2.6	36	80	3	102	35	11	18	33	1.87
76774--76929	36	4.3	35	80	8	118	36	12	18	32	1.89
76796--76929	36	3.8	34	80	10	144	34	13	19	32	1.91
76796--76929	70	1.9	71	85	3	189	34	13	19	32	1.91
77280--77343	4	16.0	4	93	0	110	28	0	21	50	1.49
78500--78540	11	3.6	11	87	6	55	4	14	9	70	1.30
78511--78545	12	2.8	12	86	4	52	5	11	11	71	1.30
79151--79191	20	2.0	20	95	0	73	36	12	21	29	1.90
82141--82176	15	2.3	16	90	4	56	63	0	8	27	1.23
82630--82796	74	2.2	75	84	7	214	49	9	11	29	1.71
83135--83159	5	5.0	5	100	0	50	20	60	0	20	1.37
84066--84121	3	18.3	3	81	3	67	62	5	1	30	1.28
84459--84508	14	3.6	14	83	0	55	26	32	18	24	1.97
84509--84550	13	3.2	13	86	6	66	16	23	21	38	1.93
90545--90613	19	3.4	20	78	9	77	27	11	28	31	1.92
90545--90613	22	3.4	19	80	9	75	27	11	28	31	1.92
91022--91187	45	3.7	45	86	3	228	38	12	20	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91022--91202	90	2.0	90	86	6	251	39	12	19	27	1.88
91022--91247	90	2.5	90	80	6	217	40	11	19	28	1.87
94610--94754	56	2.6	56	86	3	193	33	11	15	40	1.83
94748--95263	56	9.2	57	80	5	552	39	13	9	37	1.77
94755--95263	168	3.0	169	84	4	634	40	13	9	36	1.77
95280--95494	56	3.8	56	80	4	227	38	19	9	33	1.84
95281--95483	112	1.8	112	82	6	268	37	19	9	33	1.84
96402--96486	21	4.0	22	82	11	97	36	27	20	16	1.93
96402--96486	43	2.0	43	86	9	120	36	27	20	16	1.93
98564--98601	20	1.9	20	88	0	58	31	31	15	21	1.94
98629--98681	20	2.7	20	94	2	90	32	28	16	22	1.96
98564--98727	85	1.9	84	89	6	251	31	24	14	30	1.94
102905--102942	19	2.0	19	94	0	67	36	15	18	28	1.92
113228--113306	40	2.0	40	97	0	149	36	25	13	24	1.92
114183--114257	30	2.4	31	80	4	80	37	18	9	34	1.83
114338--114363	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
115354--115440	29	2.9	33	75	14	82	29	19	8	42	1.80
119498--119566	21	3.2	21	76	11	68	31	23	24	20	1.98
119476--119567	44	2.1	43	82	6	105	34	21	22	20	1.96
119701--119745	15	2.9	15	93	3	72	35	22	8	33	1.85
121296--121961	56	11.9	55	79	7	524	37	14	11	36	1.81
121296--121954	168	3.9	165	81	8	695	38	14	11	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121296--121954	112	5.9	113	81	4	685	38	14	11	36	1.82
126693--126725	16	2.1	16	100	0	66	51	18	0	30	1.46
129214--129259	16	3.0	16	87	6	60	54	0	0	45	0.99
129445--129574	35	3.7	35	90	3	208	17	21	18	42	1.89
129590--129736	43	3.3	43	68	9	125	23	23	20	32	1.98

Tables:   1

The End!