genome.fa.s3264.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003264.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006861_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95646

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1440--1514	37	2.0	38	89	2	116	24	17	24	34	1.96
12686--12729	18	2.4	18	84	3	52	27	22	20	29	1.99
16922--16972	20	2.6	19	93	3	84	21	17	29	31	1.96
17002--17039	20	1.9	20	88	0	58	21	15	31	31	1.94
16877--17039	84	1.9	85	86	6	233	30	14	23	31	1.94
19091--19172	21	3.8	21	78	12	78	19	20	24	35	1.96
19088--19154	23	3.1	21	81	10	82	17	22	25	34	1.96
20096--20310	56	3.8	56	79	5	229	33	9	18	38	1.83
20107--20309	112	1.8	112	84	6	277	33	9	18	37	1.84
20178--20464	149	1.9	149	83	3	371	37	10	14	37	1.81
20327--20834	56	9.2	56	80	6	511	37	9	13	39	1.78
20095--20577	262	1.8	261	83	3	641	36	9	15	38	1.81
20587--20775	104	1.8	104	89	2	299	35	9	13	41	1.77
20643--20739	48	2.0	48	85	0	131	35	9	15	40	1.79
20327--20834	216	2.3	221	82	5	611	37	9	13	39	1.78
20828--20972	56	2.6	56	86	3	193	40	15	11	33	1.83
24346--24461	45	2.5	44	83	4	124	31	18	12	37	1.88
24378--24557	45	4.0	45	84	4	193	28	20	11	39	1.87
24385--24565	90	2.0	90	85	6	242	27	19	12	40	1.88
24400--24565	45	3.7	45	85	3	219	27	20	12	39	1.89
25001--25044	19	2.3	19	84	0	61	31	25	11	31	1.91
31036--31077	13	3.2	13	86	6	66	38	21	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31078--31112	14	2.5	14	90	0	52	20	20	34	25	1.96
32042--32084	20	2.0	22	86	8	63	25	6	20	46	1.76
34001--34031	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
43165--43191	8	3.4	8	100	0	54	0	11	0	88	0.50
52721--52794	30	2.5	30	86	0	103	36	14	21	27	1.93
55353--56017	56	11.9	56	76	8	523	37	10	13	38	1.80
55353--55948	111	5.3	109	77	10	460	37	10	13	38	1.80
55538--55954	222	1.9	222	82	5	520	38	11	12	37	1.79
56332--56516	56	3.3	56	78	6	205	31	12	18	36	1.89
56342--56544	112	1.8	112	80	4	248	34	11	18	35	1.86
56413--56698	149	1.9	149	82	5	355	35	10	18	35	1.85
56562--56827	56	4.8	56	83	5	324	33	10	18	37	1.84
56330--56810	261	1.8	261	83	5	641	34	10	17	37	1.85
56866--56924	15	4.0	15	86	4	93	42	6	20	30	1.78
57115--57166	27	1.9	27	85	14	72	48	0	0	51	1.00
57226--57293	21	3.1	21	76	14	57	45	0	4	50	1.22
57242--57315	34	2.2	35	79	16	84	43	1	4	51	1.29
57258--57311	21	2.5	21	81	6	63	42	1	1	53	1.22
57299--57369	19	3.6	19	74	10	63	46	1	1	50	1.18
57319--57422	29	3.5	29	75	16	97	48	1	0	50	1.12
57439--57492	14	4.0	14	72	15	51	57	0	0	42	0.98
57444--57477	17	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58321--58505	56	3.3	56	78	6	205	31	12	18	36	1.89
58331--58533	112	1.8	112	80	4	248	34	11	18	35	1.86
58402--58687	149	1.9	149	82	5	355	35	10	18	35	1.85
58319--58799	261	1.8	261	83	5	641	34	10	17	37	1.85
58551--58816	56	4.8	56	83	5	324	33	10	18	37	1.84
58855--58928	15	5.0	15	90	3	123	43	6	20	29	1.77
59079--59131	28	1.9	28	85	11	74	47	0	0	52	1.00
59235--59294	23	2.6	23	81	2	57	45	1	3	50	1.28
59297--59360	27	2.4	26	85	12	85	48	1	0	50	1.10
59291--59402	27	3.9	28	71	26	83	50	1	0	47	1.11
59413--59455	8	5.6	8	78	10	54	51	0	0	48	1.00
59293--59464	30	5.9	30	68	26	113	50	1	0	48	1.13
59967--60087	56	2.1	57	81	1	136	36	18	14	30	1.91
60300--60484	56	3.3	56	78	6	205	31	12	18	36	1.89
60310--60512	112	1.8	112	80	4	248	34	11	18	35	1.86
60381--60666	149	1.9	149	82	5	355	35	10	18	35	1.85
60298--60778	261	1.8	261	83	5	641	34	10	17	37	1.85
60530--60795	56	4.8	56	83	5	324	33	10	18	37	1.84
60834--60892	15	4.0	15	86	4	93	42	6	20	30	1.78
61084--61136	28	1.9	28	85	11	74	47	0	0	52	1.00
61240--61290	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
61278--61348	19	3.6	19	74	10	63	46	1	1	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61303--61367	28	2.4	26	87	10	94	47	1	0	50	1.10
62294--62478	56	3.3	56	78	6	205	31	12	18	36	1.89
62304--62506	112	1.8	112	80	4	248	34	11	18	35	1.86
62375--62660	149	1.9	149	82	5	355	35	10	18	35	1.85
62292--62772	261	1.8	261	83	5	641	34	10	17	37	1.85
62524--62789	56	4.8	56	83	5	324	33	10	18	37	1.84
62828--62871	14	3.0	15	80	6	63	40	6	20	31	1.79
63061--63112	27	1.9	27	85	14	72	48	0	0	51	1.00
63395--63441	22	2.1	23	88	4	69	53	0	0	46	1.00
63271--63446	28	6.1	28	71	23	109	49	1	0	48	1.12
63402--63454	22	2.5	21	79	11	54	54	0	0	45	0.99
63420--63511	24	3.8	23	71	22	73	48	0	3	47	1.17
63951--64071	56	2.1	57	81	1	136	36	18	14	30	1.91
64284--64468	56	3.3	56	78	6	196	31	12	18	36	1.88
64373--64559	90	2.1	90	84	6	236	31	11	19	37	1.87
64282--64670	202	1.9	202	82	6	493	32	11	18	38	1.86
64463--64720	56	4.6	56	82	5	290	32	10	17	39	1.83
64317--64608	146	2.0	146	80	6	333	31	11	18	38	1.87
64759--64832	15	5.0	15	86	3	96	40	5	20	33	1.75
65023--65074	27	1.9	27	85	14	72	48	0	0	51	1.00
65178--65228	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
65216--65286	19	3.6	19	74	10	63	46	1	1	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65241--65305	28	2.4	26	87	10	94	47	1	0	50	1.10
65329--65407	31	2.5	32	84	14	101	50	0	1	48	1.08
65355--65401	22	2.1	23	88	4	69	53	0	0	46	1.00
65217--65407	30	6.4	30	72	19	100	49	1	1	48	1.15
65373--65435	23	2.6	24	78	19	60	49	0	1	49	1.10
65362--65414	22	2.5	21	79	11	54	54	0	0	45	0.99
65380--65471	24	3.8	23	71	22	73	48	0	3	47	1.17
65779--66016	56	4.3	56	82	4	286	36	10	14	39	1.80
65779--66025	111	2.2	112	83	6	306	37	9	14	38	1.79
66027--66163	56	2.4	56	87	3	186	39	14	11	34	1.83
74860--74922	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
87398--87446	19	2.7	17	84	9	53	26	22	26	24	2.00
88280--88309	14	2.1	15	93	6	53	63	26	3	6	1.35
93976--94014	20	1.9	21	84	5	53	25	17	7	48	1.74
94757--94789	17	1.9	17	100	0	66	36	6	33	24	1.80

Tables:   1

The End!