Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01003285.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006913_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 46132
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Found at i:7387 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7347--7395 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
7337 TCATTCTTTA
7347 TATTTTTTTACATTTTTACATT
1 TATTTTTTTACATTTTTACATT
*
7369 TATTATTTTT-CATTCTTTATATT
1 TATT-TTTTTACATT-TTTACATT
7392 TATT
1 TATT
7396 CCATAAATTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.33
23 16 0.67
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (22 bp):
TATTTTTTTACATTTTTACATT
Found at i:10936 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10913--10947 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
10903 AGAAATAAGA
10913 AAAAAAGAAAATAAAAAT
1 AAAAAAGAAAATAAAAAT
*
10931 AAAAAATAAAATAAAAA
1 AAAAAAGAAAATAAAAA
10948 AAATAAAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.86, C:0.00, G:0.03, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
AAAAAAGAAAATAAAAAT
Found at i:10940 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 10905--10958 Score: 58
Period size: 7 Copynumber: 7.6 Consensus size: 7
10895 ATGCTTGAAG
10905 AAATAAGA
1 AAATAA-A
*
10913 AAAAAAGA
1 AAATAA-A
10921 AAAT-AA
1 AAATAAA
10927 AAATAAA
1 AAATAAA
10934 AAATAAA
1 AAATAAA
10941 ATAA-AAA
1 A-AATAAA
10948 AAATAAA
1 AAATAAA
10955 AAAT
1 AAAT
10959 GAGGGTCAAG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 7
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
6 7 0.17
7 22 0.54
8 12 0.29
ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.04, T:0.13
Consensus pattern (7 bp):
AAATAAA
Found at i:12012 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 11831--12459 Score: 844
Period size: 124 Copynumber: 5.1 Consensus size: 124
11821 CACTTAATGG
*
11831 ATCAACATTTCCAGAAAGAGTTCGTAATAAG-AGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
* * *
11895 ATCTAAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAAAAGGAGATAGAGCAGT
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
*
11954 ATCAACATTTCTAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
* * * *
12019 AACTGAAGAACTTATTCAATCTTTTTTCTTGACTCTATCGCAGAATGAGATAGAGCAGC
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
* * *
12078 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATGAGAAGAACTAATCTGAAGAGGAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
12143 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
*
12202 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTAAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
* * * * * * * *
12267 GTCTGAAGAACTTGTTCAAAC-TTTTACTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGAACAGC
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
* * * * * *
12325 A-GAACCATTGCCAGAAAAAAGGAGTTTGTAAT---AAGAACTCATCTGAAAAGGAAGAAGAAGT
1 ATCAA-CATTTCCAG---ACA-GAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGT
* ** * * * *
12386 TCATAATCTGAAGAACTTGTTCAACC--TTAACTCGATTC-ATCGTAGAAGGAGATAGATCAGC
61 TCATAATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
12447 ATCAACATTTCCA
1 ATCAACATTTCCA
12460 TCTTAATCAA
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 44, Indels: 15
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
122 30 0.07
123 83 0.18
124 330 0.73
126 2 0.00
127 10 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (124 bp):
ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
Found at i:15716 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 15558--15741 Score: 206
Period size: 75 Copynumber: 2.5 Consensus size: 75
15548 ATTTTTCTAG
* * * * * *
15558 ACTTAATAATATGTTTTCACTCTTAAGATTTGACACTTTAATATCATGGTTTGATTATGGATTTT
1 ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACACTTTAATATCATGATTTGATTATGGATTTT
* *
15623 ATTATTCTAG
66 ATTATTATAA
* * ** *
15633 AGTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACATTTTAATATTGTGATTTGTTTATGGATTTT
1 ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACACTTTAATATCATGATTTGATTATGGATTTT
*
15698 ATTGTTATAA
66 ATTATTATAA
* * * *
15708 ACTTAATATTGTGGGTTGAGTCTTGATATTTGAC
1 ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGAC
15742 TTTATTTATA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 19, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
75 90 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.07, G:0.16, T:0.49
Consensus pattern (75 bp):
ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACACTTTAATATCATGATTTGATTATGGATTTT
ATTATTATAA
Found at i:17171 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 17152--17189 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 14
17142 CGTTTGGTAA
17152 TATGTTCGTTCATT
1 TATGTTCGTTCATT
* *
17166 TATGTTTGTTCGTT
1 TATGTTCGTTCATT
17180 TATGTTCGTT
1 TATGTTCGTT
17190 TATGTGTGTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 21 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.11, G:0.18, T:0.61
Consensus pattern (14 bp):
TATGTTCGTTCATT
Found at i:17191 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17159--17209 Score: 75
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
17149 TAATATGTTC
*
17159 GTTCATTTATGTTTGTTCGTTTAT
1 GTTCATTTATGTGTGTTCGTTTAT
* *
17183 GTTCGTTTATGTGTGTTCTTTTAT
1 GTTCATTTATGTGTGTTCGTTTAT
17207 GTT
1 GTT
17210 TAGCCCAATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.08, G:0.20, T:0.63
Consensus pattern (24 bp):
GTTCATTTATGTGTGTTCGTTTAT
Found at i:17413 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17385--17486 Score: 111
Period size: 23 Copynumber: 4.3 Consensus size: 24
17375 TTTATTTATA
* *
17385 TTCGTTTACGTTCATTTA-TTGTG
1 TTCGTTTACGTTCGTTCATTTGTG
*
17408 TTCGTTTACGTTTGTTCATTTGTG
1 TTCGTTTACGTTCGTTCATTTGTG
* *
17432 TTC-TCTTATGTTCGTTTA-TTGTG
1 TTCGT-TTACGTTCGTTCATTTGTG
* *
17455 TTAGTTTATGTTCGTTCATTTGTG
1 TTCGTTTACGTTCGTTCATTTGTG
17479 TTCGTTTA
1 TTCGTTTA
17487 TCATTTACAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 9, Indels: 7
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 35 0.53
24 31 0.47
ACGTcount: A:0.11, C:0.12, G:0.19, T:0.59
Consensus pattern (24 bp):
TTCGTTTACGTTCGTTCATTTGTG
Found at i:24892 original size:115 final size:116
Alignment explanation
Indices: 24754--24975 Score: 374
Period size: 115 Copynumber: 1.9 Consensus size: 116
24744 TAAAGACACG
*
24754 CTTACAATAATAGTAATTAATATTTATAATAAGATTATTTCACTCATTTATTAAGACTTGATTAA
1 CTTACAATAATAGTAATTAATATTTATAATAAGATTATTTCACTCATTTATTAAGACTGGATTAA
*
24819 CTGGTCACACCATCT-AAATCAGACACATTATGTGTTTGCATATATATACC
66 CCGGTCACACCATCTAAAATCAGACACATTATGTGTTTGCATATATATACC
*
24869 CTTATAATAATAGTAATTAATATTTATAATAAGATTATTTCACTCATTTATTAAGACTGGATTAA
1 CTTACAATAATAGTAATTAATATTTATAATAAGATTATTTCACTCATTTATTAAGACTGGATTAA
*
24934 CCGGTCACACCATCTAAAAAAATCATACACATTATGTGTTTG
66 CCGGTCACACCATCT---AAAATCAGACACATTATGTGTTTG
24976 TGTGCATATA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 4, Indels: 4
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
115 77 0.78
119 22 0.22
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (116 bp):
CTTACAATAATAGTAATTAATATTTATAATAAGATTATTTCACTCATTTATTAAGACTGGATTAA
CCGGTCACACCATCTAAAATCAGACACATTATGTGTTTGCATATATATACC
Found at i:24986 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 24981--25039 Score: 118
Period size: 2 Copynumber: 29.5 Consensus size: 2
24971 GTTTGTGTGC
24981 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
25023 AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT A
25040 GGGTAACAAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 57 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:25062 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25056--25096 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.3 Consensus size: 3
25046 CAACACCTTT
* *
25056 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATTA ATA TTT ATA ATA A
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA A-TA ATA ATA ATA ATA A
25097 AATTATTTCA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
3 30 0.91
4 3 0.09
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Found at i:26688 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 26666--26698 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
26656 TGATAATGGT
26666 AAAATAAAATAGAAATA
1 AAAATAAAATAGAAATA
*
26683 AAAATAAATTAGAAAT
1 AAAATAAAATAGAAAT
26699 TTTTTTTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.06, T:0.21
Consensus pattern (17 bp):
AAAATAAAATAGAAATA
Found at i:28302 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 28295--28391 Score: 119
Period size: 2 Copynumber: 49.5 Consensus size: 2
28285 TAATATAATG
28295 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* * * * *
28337 TA TA CA T- TA TA CT- TA TG CA TA CA T- TT TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
28377 TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA T
28392 GTATGTATGT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 9, Indels: 8
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
1 3 0.04
2 78 0.95
3 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:28396 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 28389--33639 Score: 9611
Period size: 4 Copynumber: 1324.2 Consensus size: 4
28379 TATATATATA
28389 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28437 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28485 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28533 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28581 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28629 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28677 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28725 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28773 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28821 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28869 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
28917 TACG TACG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
28965 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29013 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29061 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29109 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29157 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29205 TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29251 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29299 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29347 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29395 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29443 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29491 TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29537 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29583 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29631 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29679 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29727 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29775 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
29823 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
29871 TATG TATG TATG CATG CATG CATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
29919 TATG TATG TATG TATG TATG TACG TACG TACG TACG TACG TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
29967 TATG TATG TATA TTTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
30015 TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30063 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30111 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
30159 TA-- TATA TATG TATA TATG TATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
30205 TATG CATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30253 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30301 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30349 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30395 TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30441 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30489 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30535 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30582 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30630 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30678 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30726 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30774 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TAGTG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG
30822 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30870 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30918 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30966 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31014 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31062 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31110 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31158 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31206 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31254 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31302 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
31349 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
31397 CATATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATACG TACG TACG
1 --TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT--G TATG TATG
* * * *
31445 TATA TATG TATG TATG TATA TTTG TATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
31493 TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG
31543 TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31590 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
31638 TATG TATA TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG CATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
31686 TATG TATG CATG CATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31734 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
31782 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATT TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31830 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31877 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31925 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31973 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32018 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32066 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32112 TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32159 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32207 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32254 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
32302 TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32350 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32398 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32446 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32494 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32542 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32590 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32638 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32686 TATG TATG -ATTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32734 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32782 TA-G TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32827 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32873 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32920 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32967 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33015 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33063 --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33107 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33152 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33199 TATG TA-G TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33245 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33293 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33341 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
33387 TATA TATA TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33434 -ATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33478 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33526 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
33574 TATG TATG TATG TATA TATG TATG TA-G TATG TATG T-TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
33620 TATG -ATG TATG CATG TATG T
1 TATG TATG TATG TATG TATG T
33640 GTAAGTGTGT
Statistics
Matches: 5123, Mismatches: 62, Indels: 124
0.96 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
2 30 0.01
3 70 0.01
4 5007 0.98
5 5 0.00
6 11 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.01, G:0.25, T:0.49
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:33710 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 33705--33739 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
33695 ATAAAATAAA
*
33705 AT AT AT GT AT -T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
33740 GACTAAATTG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 29 0.97
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:34123 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 34083--34150 Score: 100
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
34073 ATTGTTCTTT
* * *
34083 TAAAAAAGTCTCCTACCATTTTTTCCCTC
1 TAAAAAATTCTCCTACCATATGTTCCCTC
34112 TAAAAAATTCTCCTACCATATGTTCCCTC
1 TAAAAAATTCTCCTACCATATGTTCCCTC
*
34141 AAAAAAATTC
1 TAAAAAATTC
34151 ACTCACAACT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 35 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.28, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (29 bp):
TAAAAAATTCTCCTACCATATGTTCCCTC
Found at i:34636 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 34565--34636 Score: 92
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
34555 TATATTTTTG
*
34565 ATTTTGTAAAAAAATTATATAAATATTATGAATTTA
1 ATTTTGTAAAAAAATTATATAAATATTATCAATTTA
* *
34601 ATTTTTTAAAGAAAA-TATATAAATATTTTACAATTT
1 ATTTTGTAAA-AAAATTATATAAATATTAT-CAATTT
34637 GTAATATTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
36 22 0.71
37 9 0.29
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
ATTTTGTAAAAAAATTATATAAATATTATCAATTTA
Found at i:35080 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 35064--35108 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 3.4 Consensus size: 13
35054 TGAAATTAAT
35064 TTAATGATTATAA
1 TTAATGATTATAA
35077 TTAA-GATTTATAA
1 TTAATGA-TTATAA
*
35090 TATAAGGATTATAA
1 T-TAATGATTATAA
35104 TTAAT
1 TTAAT
35109 ATAAAAATAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
12 2 0.07
13 14 0.50
14 10 0.36
15 2 0.07
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (13 bp):
TTAATGATTATAA
Found at i:35229 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 35205--35241 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
35195 TAAATTCAAT
35205 ATCTCATAACTTCAACAAA
1 ATCTCATAACTTCAACAAA
35224 ATCTCATAACTTCAACAA
1 ATCTCATAACTTCAACAA
35242 TTATAACTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.27, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (19 bp):
ATCTCATAACTTCAACAAA
Found at i:37177 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37085--37177 Score: 116
Period size: 33 Copynumber: 2.8 Consensus size: 33
37075 TGACAAGTTG
* * *
37085 AAAATTCATC-TGGTTGGTGGCCAACCTATTGG
1 AAAATTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTATTGA
*
37117 AAATTTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTATTGA
1 AAAATTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTATTGA
* * *
37150 AAAATTCATCTTGATAGGTGACTAACTT
1 AAAATTCATCTTGGTTGGTGACCAACTT
37178 GTACATGGGA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 9 0.17
33 43 0.83
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (33 bp):
AAAATTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTATTGA
Found at i:38770 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 38725--38781 Score: 71
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
38715 TTAATTGCAT
*
38725 TTAACACCTTTTTTTTACATAAAAAATAA
1 TTAACACCTTTTATTTACATAAAAAATAA
* *
38754 TTAA-ACCTTTTAATTTATATAAGAAATA
1 TTAACACCTTTT-ATTTACATAAAAAATA
38782 TCATAATGTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.29
29 17 0.71
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (29 bp):
TTAACACCTTTTATTTACATAAAAAATAA
Done.