genome.fa.s3296.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003296.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006931_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109601

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 88 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414--1441	10	2.8	10	100	0	56	28	32	0	39	1.57
2004--2036	14	2.4	14	94	0	57	27	24	18	30	1.98
6753--6777	13	1.9	13	100	0	50	32	28	8	32	1.86
8860--9043	96	1.9	96	86	2	262	27	12	19	40	1.88
10381--10511	48	2.7	49	80	9	144	29	20	6	43	1.76
16486--16535	22	2.3	22	92	0	82	26	20	32	22	1.98
16882--17009	48	2.8	47	83	5	154	29	21	7	41	1.80
18054--18087	14	2.4	14	100	0	68	47	29	0	23	1.52
28299--28371	23	3.2	22	84	5	92	32	27	26	13	1.94
28596--28640	9	5.4	9	80	20	62	48	24	6	20	1.73
28598--28640	16	2.7	16	100	0	86	48	25	6	18	1.73
29983--30034	27	1.9	27	84	0	68	32	19	23	25	1.97
30443--30550	46	2.4	45	86	4	155	32	23	6	37	1.80
30547--30589	20	2.2	20	91	0	68	55	20	4	18	1.60
30649--30715	33	2.0	33	94	0	116	31	25	16	26	1.96
36787--36946	65	2.5	65	86	5	209	28	18	22	30	1.97
36787--36996	65	3.3	63	79	12	196	27	17	23	31	1.97
38738--38789	21	2.5	21	96	0	95	26	30	19	23	1.98
48628--48675	19	2.5	19	96	0	87	29	14	16	39	1.88
50285--50343	24	2.5	24	82	0	82	32	23	25	18	1.97
50494--50574	15	5.4	15	86	0	72	41	19	6	32	1.76
50493--50574	30	2.7	30	80	0	92	41	19	6	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51062--51110	21	2.4	20	86	10	64	36	26	6	30	1.81
57140--57187	24	2.0	24	87	0	69	29	22	25	22	1.99
57342--57396	15	3.7	15	78	9	58	43	23	3	29	1.71
57861--57912	20	2.6	20	81	6	61	26	28	15	28	1.96
59595--59744	21	7.2	21	94	0	214	22	24	18	35	1.95
59566--59744	63	2.9	62	82	5	220	24	24	16	34	1.95
59744--59781	20	1.9	20	94	0	67	39	18	18	23	1.92
59767--59804	20	1.9	20	88	0	58	34	21	18	26	1.96
59812--59913	41	2.5	40	84	6	116	35	20	11	32	1.89
59848--59926	20	3.9	20	68	15	63	32	20	15	31	1.93
59919--59966	18	2.5	20	83	10	64	25	25	14	35	1.94
60738--60771	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
63221--63255	18	1.9	18	94	0	61	60	20	0	20	1.37
63220--63255	6	6.0	6	90	0	54	61	19	0	19	1.35
63509--63554	20	2.3	20	84	0	65	43	19	19	17	1.88
65021--65103	21	4.0	21	69	12	73	26	20	32	20	1.97
65009--65097	42	2.2	42	86	8	121	23	17	35	22	1.95
65447--65491	21	2.1	21	84	8	56	31	35	11	22	1.89
65507--65556	21	2.4	21	79	0	55	34	36	12	18	1.87
66757--66793	17	2.2	17	100	0	74	21	5	24	48	1.71
67226--67269	19	2.2	20	88	4	63	56	13	15	13	1.67
67835--67884	20	2.5	20	86	0	73	26	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73560--73611	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
73601--73699	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
73666--73859	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
73666--73859	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
74241--74311	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
74432--74486	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
74432--74502	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
74498--74595	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
74520--74609	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
74503--74616	33	3.5	33	95	0	210	9	23	21	45	1.81
76315--76694	185	2.0	186	99	0	753	22	12	18	46	1.83
76315--76694	93	4.1	93	99	0	753	22	12	18	46	1.83
76738--76866	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
76774--76866	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
76738--76866	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
76862--76996	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
76884--76940	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
76867--76959	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
78810--78881	38	1.9	38	94	2	128	29	1	16	52	1.52
78863--78898	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
79005--79106	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
79113--79438	33	9.5	33	79	15	221	15	20	18	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79135--79438	19	17.4	19	77	17	322	14	20	18	46	1.83
79113--79231	51	2.3	52	94	1	204	15	21	16	46	1.84
79135--79407	52	5.2	52	88	7	335	15	20	17	46	1.83
79212--79438	52	4.4	50	85	9	219	14	20	18	46	1.83
81738--81762	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
81937--81983	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
82657--83025	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
88142--88241	42	2.4	40	83	8	119	31	17	20	32	1.95
88155--88241	41	2.1	42	86	2	122	33	16	18	32	1.93
87943--88304	179	2.0	177	85	3	485	30	15	18	35	1.92
88869--88900	15	2.1	15	94	0	55	34	15	9	40	1.80
88790--89250	132	3.5	131	80	3	455	30	19	17	32	1.95
89556--89616	3	19.3	3	75	21	54	32	0	1	65	1.02
89557--89616	13	4.7	13	80	10	70	33	0	1	65	1.03
89556--89616	27	2.3	27	82	8	79	32	0	1	65	1.02
96275--96317	17	2.5	17	96	0	77	44	6	9	39	1.64
97169--97294	39	3.2	39	83	6	139	19	27	20	32	1.97
97192--97373	78	2.4	76	80	4	195	17	25	24	32	1.96
97193--97371	39	4.6	39	77	8	143	17	25	24	33	1.96
101721--101773	24	2.2	24	82	0	61	22	15	37	24	1.92
103190--103224	18	1.9	18	88	0	52	80	2	0	17	0.84
104479--104520	21	2.0	21	90	0	66	28	19	21	30	1.97

Tables:   1

The End!