genome.fa.s3341.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003341.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007031_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141700

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1815--1947	41	3.2	42	77	11	123	34	21	15	28	1.94
1885--2124	132	1.8	132	89	0	345	32	18	15	32	1.93
3452--3614	40	4.1	40	79	12	172	33	18	13	34	1.90
3453--3612	81	2.0	81	85	7	218	31	18	13	35	1.90
3638--3776	42	3.4	40	70	22	117	25	20	17	35	1.95
3913--3957	23	2.0	22	95	4	81	8	8	15	66	1.43
5878--5908	14	2.1	15	94	5	55	38	0	3	58	1.15
6130--6193	32	2.0	33	90	3	103	28	17	10	43	1.82
7774--7813	15	2.6	16	88	11	66	45	25	30	0	1.54
8900--8935	19	1.9	19	88	5	56	30	0	8	61	1.26
14623--14670	23	2.1	23	84	0	60	41	10	14	33	1.80
14717--15194	200	2.4	198	83	4	597	33	14	12	39	1.83
18869--19635	199	3.8	199	87	3	1062	31	15	13	38	1.87
18868--19635	399	1.9	397	87	3	1114	31	15	13	38	1.87
19871--19907	18	2.1	18	89	0	56	54	8	8	29	1.59
22412--22440	15	1.9	15	100	0	58	27	6	44	20	1.77
22849--22900	21	2.5	21	96	0	95	34	17	11	36	1.86
22870--23887	389	2.6	395	85	6	1315	33	16	13	36	1.88
23215--23579	189	2.0	184	85	4	491	32	16	14	36	1.89
23393--23887	200	2.5	201	86	2	697	33	15	13	37	1.87
25234--25315	29	2.8	29	92	1	128	32	15	9	41	1.80
26604--26633	15	2.0	15	93	0	51	56	23	0	20	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29999--30080	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
30472--30819	132	2.6	133	81	6	379	31	29	18	20	1.97
30896--31145	127	2.0	127	95	0	446	22	23	30	22	1.99
31529--31780	127	2.0	127	94	0	441	24	22	30	22	1.99
33579--33624	23	2.0	24	91	4	76	32	13	4	50	1.61
33803--33856	11	4.6	12	73	19	51	46	1	0	51	1.11
33819--33875	3	19.3	3	75	10	55	40	3	0	56	1.17
33799--33866	34	2.0	33	91	2	109	45	1	0	52	1.09
35152--35213	29	2.1	29	93	0	106	19	14	16	50	1.79
35162--35224	29	2.2	29	82	5	74	20	17	15	46	1.85
38051--38103	26	2.1	25	85	3	70	16	24	11	47	1.80
40171--40203	14	2.2	16	89	10	52	48	3	0	48	1.17
40310--40351	21	2.0	21	81	9	50	35	2	4	57	1.33
40698--40735	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
41304--41343	3	13.7	3	89	5	64	37	0	0	62	0.95
42058--42091	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
43317--43377	29	2.1	29	85	8	81	24	8	6	60	1.49
48012--48054	18	2.4	18	100	0	86	51	4	23	20	1.66
53606--53684	23	3.4	23	84	8	90	82	3	10	3	0.92
53610--53698	35	2.6	34	82	10	92	80	3	11	4	0.97
53658--53696	20	2.0	20	94	0	69	79	0	12	7	0.93
53611--53698	7	11.7	7	69	17	52	80	3	11	4	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54788--54959	91	1.9	91	91	2	283	40	15	19	23	1.90
54551--55292	331	2.2	332	87	3	1057	37	16	20	25	1.93
55139--55202	20	3.2	20	63	10	51	43	14	21	20	1.87
55456--55498	3	14.7	3	90	4	70	37	0	0	62	0.95
58102--58162	14	4.4	14	81	4	52	40	4	11	42	1.62
58102--58162	28	2.2	28	82	5	70	40	4	11	42	1.62
58116--58163	14	3.4	14	85	0	60	39	6	14	39	1.71
58168--58202	14	2.5	14	90	0	52	37	11	8	42	1.72
58464--58508	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
58465--58545	23	3.7	22	78	16	71	46	0	2	50	1.14
58550--58669	54	2.3	51	74	20	115	47	2	0	49	1.20
58635--58676	22	1.9	22	90	0	66	52	0	2	45	1.13
68955--69021	33	2.0	33	97	0	125	31	19	14	34	1.92
78457--78533	31	2.5	31	77	10	84	28	29	27	14	1.95
83329--83697	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
84380--84426	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
84601--84625	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
86909--87229	19	18.4	19	78	18	369	47	18	20	13	1.83
86909--87210	33	8.8	33	84	12	243	47	18	20	13	1.83
87137--87191	14	3.6	14	78	21	65	49	20	20	10	1.78
86937--87251	52	6.0	52	83	11	412	46	17	21	14	1.83
87258--87340	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87447--87483	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
89464--89520	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
89445--89537	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
89408--89542	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
89538--89666	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
89538--89629	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
89698--90163	93	5.0	93	98	1	909	46	19	12	21	1.83
89698--90163	184	2.5	186	98	0	909	46	19	12	21	1.83
91870--91959	14	5.7	14	74	23	81	43	23	24	8	1.82
91862--91976	33	3.5	33	93	0	203	46	20	23	9	1.80
91869--91976	19	6.5	18	69	25	69	45	22	23	9	1.81
91917--91981	19	3.7	19	74	19	77	44	21	23	10	1.83
91993--92047	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
91977--92047	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
91988--92069	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
92000--92088	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
92168--92238	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
92420--92474	22	2.5	22	75	0	65	21	18	36	23	1.95
92620--92812	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
92620--92812	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
92868--92919	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
93630--93662	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93660--93685	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98251--98281	16	1.9	16	93	0	53	22	0	38	38	1.54
98744--99121	105	3.6	105	92	1	580	24	19	16	38	1.92
100010--100133	6	20.3	6	76	15	58	11	14	0	74	1.08
100018--100060	8	5.2	8	82	2	50	9	9	0	81	0.88
100051--100102	18	2.9	18	100	0	104	15	15	0	69	1.20
100051--100102	12	4.3	12	100	0	104	15	15	0	69	1.20
106908--106934	12	2.2	12	100	0	54	22	11	33	33	1.89
109342--109391	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
113191--113251	23	2.7	23	89	5	97	27	27	26	18	1.98
113474--113534	31	2.0	31	87	9	90	37	24	1	36	1.66
120369--120429	31	2.0	31	87	9	90	37	24	1	36	1.66
121874--121913	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
121902--121941	20	1.9	22	85	10	57	35	0	27	37	1.57
131322--131373	15	3.2	17	72	22	58	36	21	0	42	1.53
132490--132580	47	1.9	48	80	10	107	19	7	3	69	1.28
132646--132831	91	2.0	92	88	3	277	36	10	9	44	1.71
138996--139034	20	2.0	20	85	10	53	38	0	7	53	1.30
140208--140431	114	2.0	112	94	1	394	25	14	14	44	1.84

Tables:   1

The End!