genome.fa.s3376.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003376.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007096_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106986

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
982--1095	28	4.0	28	97	1	210	14	29	37	17	1.90
1136--1215	15	5.4	15	82	14	80	22	10	51	16	1.74
1146--1217	15	5.1	14	81	8	92	22	8	54	15	1.67
1783--1825	21	2.1	20	91	4	68	30	0	16	53	1.43
1796--1859	27	2.4	27	75	15	69	34	0	10	54	1.35
2648--2706	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
5514--5562	22	2.4	19	80	12	53	44	2	4	48	1.33
5575--5996	26	17.2	26	77	14	303	43	2	10	43	1.52
5658--5713	19	3.1	18	77	12	62	37	0	14	48	1.44
5601--5780	98	1.8	100	90	6	294	45	2	10	42	1.52
5521--5988	122	3.8	123	95	3	847	43	2	10	43	1.52
5715--5989	96	2.9	95	80	13	280	44	2	9	43	1.52
5521--5985	37	12.7	35	66	20	147	43	2	10	43	1.52
5713--5801	25	3.7	22	81	12	81	48	3	7	40	1.49
6194--6226	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
6140--6219	24	3.3	23	71	21	67	38	3	8	48	1.52
8363--8393	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
8874--8924	21	2.5	21	93	3	86	1	33	0	64	1.05
8859--8932	4	18.5	4	75	8	62	2	32	0	64	1.07
8936--8981	23	2.0	23	100	0	92	8	39	4	47	1.54
8994--9045	25	2.1	25	100	0	104	26	34	11	26	1.91
9217--9248	13	2.5	13	100	0	64	31	0	46	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9249--9357	29	3.8	29	91	2	166	21	33	31	14	1.93
9380--9435	26	2.2	26	96	0	103	19	25	35	19	1.95
9422--9509	35	2.5	35	96	0	158	19	19	32	28	1.96
9504--9545	12	3.5	12	93	0	75	19	35	19	26	1.95
9554--9619	35	2.0	32	86	13	91	19	19	36	24	1.95
10080--10107	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
10316--10365	12	4.1	12	76	2	55	4	20	0	76	0.95
10616--10669	3	16.7	3	88	3	54	1	37	0	61	1.07
16912--16963	21	2.7	19	86	13	79	21	11	13	53	1.70
17216--17274	22	2.7	22	81	5	66	32	27	16	23	1.96
19744--20030	121	2.4	121	82	4	353	47	8	14	29	1.74
20788--20920	34	4.1	31	72	15	108	66	1	5	27	1.22
20842--20922	37	2.1	37	84	9	99	65	0	3	30	1.10
20782--20923	67	2.1	68	81	12	161	66	1	4	27	1.21
20901--20956	8	6.9	8	76	15	53	67	1	0	30	1.01
20887--20956	3	25.0	3	72	13	60	67	1	1	30	1.08
22681--23135	65	6.7	64	72	13	333	41	11	19	28	1.86
22742--23198	36	13.2	36	72	14	309	40	12	18	28	1.86
22754--23198	139	3.2	138	88	2	637	41	12	18	28	1.86
24316--24541	95	2.5	88	76	15	257	31	19	18	30	1.96
24374--24555	95	1.9	95	90	0	292	31	18	17	32	1.94
28401--28521	34	3.7	30	70	24	84	65	1	4	28	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28431--28510	38	2.1	38	86	4	108	65	1	3	30	1.18
28523--28584	5	12.0	5	86	10	56	62	0	1	35	1.05
28452--28585	38	3.6	37	75	18	111	61	0	2	35	1.11
28452--28584	15	8.6	15	67	21	71	62	0	2	35	1.08
28528--28584	3	19.7	3	76	20	59	64	0	1	33	1.04
30947--30994	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
31365--31403	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
31416--31478	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
31792--31830	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
31828--31897	21	3.3	20	75	16	61	40	22	4	32	1.74
31061--32107	427	2.5	425	96	2	1936	39	12	7	40	1.72
32313--32398	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
32656--32690	18	1.9	18	88	0	52	51	11	5	31	1.61
32653--32709	24	2.4	25	79	8	73	49	14	5	31	1.65
33112--33173	23	2.4	26	74	20	67	40	16	4	38	1.69
33121--33174	23	2.3	23	93	0	90	40	16	5	37	1.72
34047--34467	196	2.1	196	96	1	774	32	16	14	36	1.89
34590--34637	19	2.6	19	93	3	80	56	10	2	31	1.45
36422--36486	32	2.0	33	84	3	87	23	47	0	29	1.52
38786--38831	20	2.3	19	82	10	65	19	17	10	52	1.74
39048--39486	219	2.0	218	88	7	660	39	7	8	43	1.64
40454--40478	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47636--48143	238	2.1	238	89	0	782	31	24	19	25	1.98
47738--48112	112	3.2	112	71	15	344	29	25	21	23	1.99
48720--48840	37	3.3	37	81	6	149	23	19	15	42	1.89
48886--49048	84	1.9	84	86	0	227	31	23	21	22	1.98
52676--52877	105	1.9	108	84	5	275	31	22	20	24	1.98
52829--53185	195	1.8	195	91	1	590	31	21	20	26	1.98
53940--54011	37	1.9	37	91	0	117	25	16	15	43	1.87
54053--54219	84	2.0	84	90	0	262	30	26	20	22	1.98
58804--58877	31	2.4	31	90	0	112	20	12	17	50	1.78
59361--59493	32	4.2	32	81	3	117	35	17	10	36	1.84
67697--67775	30	2.6	30	83	0	104	16	25	16	41	1.88
77615--77772	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
77739--78008	20	13.5	20	81	6	269	37	25	17	20	1.94
78253--78315	30	2.1	30	100	0	126	28	23	25	22	1.99
78568--78794	19	12.7	19	82	14	295	45	17	21	15	1.85
78568--78794	71	3.2	70	88	6	298	45	17	21	15	1.85
78596--78794	90	2.2	90	97	0	371	45	16	22	15	1.85
78803--78900	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
78784--78900	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
79007--79042	14	2.6	14	86	4	56	47	22	0	30	1.52
80912--80965	14	3.6	14	79	18	63	42	24	22	11	1.85
80912--80982	32	2.2	33	92	2	117	45	22	21	11	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80924--80987	19	3.7	18	80	18	82	45	20	21	12	1.84
80983--81092	19	6.3	18	71	20	83	9	17	28	45	1.78
80983--81074	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
81140--81604	92	5.1	93	97	1	877	46	19	12	21	1.83
83296--83371	33	2.3	33	97	0	143	48	17	23	10	1.78
83318--83371	19	3.1	19	70	25	64	48	20	22	9	1.78
83304--83360	14	3.7	14	72	20	51	43	21	24	10	1.83
83373--83453	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
83389--83445	14	3.7	14	70	20	51	10	22	22	43	1.84
83429--83506	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
83430--83505	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
83591--83659	33	2.2	32	89	5	104	47	18	21	11	1.80
83841--83895	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
84043--84196	20	7.7	20	81	7	168	18	18	26	37	1.93
84042--84196	40	3.8	40	82	4	186	18	18	26	37	1.93
84183--84265	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
84163--84261	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
89990--90133	4	36.0	4	90	0	144	38	0	10	50	1.37
89990--90141	14	11.0	14	85	2	164	38	0	11	50	1.38
89990--90137	18	8.1	18	91	1	188	38	0	10	50	1.37
93110--93157	23	2.1	23	84	3	62	45	2	6	45	1.40
93372--93495	40	3.0	41	87	3	171	20	16	16	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93693--93755	23	2.6	24	78	19	60	50	1	0	47	1.10
93727--93773	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
93745--93836	28	3.1	29	76	10	89	47	0	2	50	1.13
94316--94371	14	3.9	14	77	13	60	33	17	3	44	1.66
100009--100087	31	2.6	32	90	6	128	49	3	7	39	1.49
101899--101966	22	3.1	22	82	0	82	33	19	22	25	1.97

Tables:   1

The End!