genome.fa.s341.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000341.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000632_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104566

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426--2481	26	2.2	26	100	0	112	33	10	12	42	1.77
3098--3127	14	2.1	14	100	0	60	20	13	30	36	1.90
6109--6149	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
6726--6824	47	2.1	47	81	3	110	30	14	24	31	1.94
13779--14002	42	5.1	42	71	13	173	29	18	20	31	1.96
13787--14056	135	2.0	135	95	0	486	31	18	20	30	1.96
13965--14177	80	2.7	80	96	0	390	29	18	21	30	1.97
14131--14217	42	2.1	41	89	4	131	25	17	24	33	1.96
14588--14895	53	5.8	53	85	3	379	29	21	26	22	1.99
14588--14838	105	2.4	106	89	1	387	29	21	28	20	1.98
16171--16199	13	2.2	13	100	0	58	17	0	17	65	1.27
16526--16595	3	23.3	3	100	0	140	32	0	0	67	0.91
17870--17985	52	2.2	51	90	6	180	29	11	17	42	1.84
17870--18027	52	3.0	52	83	10	171	29	10	15	44	1.80
19138--19230	2	46.5	2	100	0	186	50	0	0	49	1.00
19401--19463	30	2.1	30	90	0	99	31	7	12	47	1.70
19799--19831	16	2.1	16	94	0	57	42	3	0	54	1.15
19910--20059	81	1.9	81	92	2	257	36	17	10	36	1.83
19910--20081	81	2.1	81	88	4	249	37	16	9	36	1.81
19994--20175	94	1.9	95	92	1	303	41	16	7	35	1.76
20099--20160	26	2.3	27	80	5	72	40	16	6	37	1.74
20009--20199	94	2.0	94	82	2	231	43	15	6	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21404--21448	21	2.1	21	91	0	72	53	0	4	42	1.21
26792--26834	21	2.0	21	86	8	61	44	18	34	2	1.63
37165--37225	21	2.9	21	95	0	104	45	1	21	31	1.61
40138--40207	7	10.4	7	76	14	76	22	25	32	18	1.97
40142--40207	13	5.0	13	82	8	80	22	25	33	18	1.97
40138--40207	20	3.5	20	77	12	81	22	25	32	18	1.97
47407--47449	20	2.2	20	87	8	61	25	30	27	16	1.97
47415--47449	13	2.7	13	100	0	70	22	31	28	17	1.96
47439--47496	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
47407--47449	7	6.4	7	84	10	63	25	30	27	16	1.97
47490--47554	19	3.4	19	91	6	96	26	30	26	16	1.97
47490--47569	10	8.3	9	77	10	70	26	30	26	17	1.97
50496--50547	19	2.7	19	96	0	95	32	17	28	21	1.96
50817--52045	615	2.0	615	98	0	2359	34	6	22	36	1.81
57374--57511	3	46.3	3	98	1	269	66	0	0	33	0.92
63325--63521	56	3.6	56	86	2	274	40	15	17	26	1.90
66707--66746	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
66808--66854	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
67064--67099	8	4.5	8	100	0	72	13	0	0	86	0.58
67545--67603	16	3.7	16	95	0	100	59	20	11	8	1.58
67545--67605	32	1.9	32	96	0	113	57	21	13	8	1.62
73236--73287	20	2.6	20	87	6	70	42	26	19	11	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73274--73539	20	13.3	19	83	7	264	37	24	16	21	1.94
73236--73539	40	7.6	40	86	2	303	38	25	16	20	1.93
73255--73539	60	4.8	60	85	5	317	37	25	16	20	1.93
73711--73876	33	4.8	34	82	10	192	46	19	21	13	1.83
73730--73980	53	4.8	50	82	13	244	46	18	22	13	1.83
73744--73977	72	3.3	72	83	8	304	46	17	21	13	1.83
73888--73942	14	3.6	14	73	21	56	45	21	21	10	1.82
73869--73962	33	2.8	33	95	1	161	45	19	22	12	1.83
73774--73980	86	2.3	89	93	4	348	45	17	23	13	1.83
73957--74072	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
73995--74082	19	4.8	19	82	14	123	13	22	15	47	1.81
74173--74209	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
76129--76287	19	8.6	19	81	7	166	45	23	19	11	1.83
76129--76282	52	2.8	55	85	5	188	46	24	18	11	1.81
76299--76357	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
76283--76406	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
76283--76374	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
76332--76388	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
76504--76819	93	3.4	93	98	0	605	45	18	13	22	1.85
78505--78601	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
78503--78567	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
78552--78608	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78503--78625	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
78642--78698	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
78626--78706	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
78683--78759	21	3.7	21	82	6	102	14	22	16	46	1.83
78839--78909	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
79289--79481	20	9.6	20	84	5	237	19	19	26	34	1.95
81262--81315	23	2.3	23	96	0	99	24	38	14	22	1.91
81308--81357	24	2.1	24	100	0	100	24	42	4	30	1.73
84188--84232	21	2.1	21	87	0	63	37	17	20	24	1.93
84210--84319	32	3.5	31	87	3	141	35	19	20	24	1.96
85015--85156	64	2.2	64	85	10	186	34	19	20	26	1.96
90040--90138	31	3.2	31	75	12	94	32	16	18	33	1.93
90089--90164	31	2.5	31	84	4	91	30	18	22	28	1.97
91845--91933	21	4.2	21	81	4	108	29	33	25	11	1.91
94657--94799	20	7.2	20	83	6	182	23	36	25	14	1.93
94657--94799	40	3.6	39	88	2	205	23	36	25	14	1.93
99419--99469	2	26.0	2	96	4	95	50	0	0	49	1.00
100079--100117	6	6.7	6	82	5	53	2	15	0	82	0.79
100705--100761	28	2.0	28	93	0	96	26	21	10	42	1.85
102078--102130	14	4.1	14	81	18	78	7	15	26	50	1.70
102079--102140	24	2.6	24	94	0	106	9	12	24	53	1.69
103213--103276	31	2.0	32	87	3	94	7	10	25	56	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103213--103276	16	4.1	16	87	4	94	7	10	25	56	1.60
103346--103378	16	2.1	16	94	0	57	6	9	24	60	1.49
103909--103993	42	2.0	42	90	0	134	37	12	11	37	1.81

Tables:   1

The End!