genome.fa.s3412.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003412.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007189_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  162836

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1731--1770	21	1.9	21	94	0	71	32	30	5	32	1.79
1738--1787	21	2.4	21	86	0	64	32	28	6	34	1.81
5915--5939	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
11505--11569	21	3.0	20	70	18	51	7	29	0	63	1.22
14266--14337	30	2.4	30	100	0	144	26	8	15	50	1.72
14677--14729	16	3.0	16	81	15	52	71	0	3	24	1.02
14677--14741	20	3.4	18	80	14	69	70	0	3	26	1.01
14674--14741	18	3.5	20	78	11	72	72	0	2	25	0.99
14676--14741	9	7.0	9	74	16	62	71	0	3	25	1.01
14727--14775	12	4.2	12	76	21	50	63	2	2	32	1.17
14954--14994	20	2.1	19	90	4	64	70	0	7	21	1.11
16329--16508	37	4.4	44	78	17	144	46	6	2	44	1.42
16328--16437	43	2.4	45	84	10	136	47	5	3	43	1.44
16403--16608	36	5.6	37	77	15	198	46	6	1	45	1.41
16363--16589	37	5.9	37	77	14	182	45	6	3	44	1.44
16403--16623	73	3.0	75	80	12	194	46	6	2	44	1.43
17943--18192	80	3.2	80	90	2	405	24	12	24	39	1.89
17946--18182	78	3.0	80	91	2	397	25	12	22	38	1.90
19741--19953	96	2.3	93	82	5	250	56	4	31	6	1.45
19840--20055	108	2.0	108	81	1	254	55	4	31	8	1.49
19741--19992	96	2.6	95	79	7	217	56	4	32	6	1.45
19982--20027	21	2.1	21	88	4	65	56	2	34	6	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20059--20229	93	1.8	93	83	2	227	57	1	33	7	1.36
20455--20511	12	4.5	12	77	12	51	66	1	28	3	1.18
20265--20650	111	3.6	105	75	15	287	57	2	32	7	1.40
20568--20627	27	2.5	24	80	20	63	65	1	31	1	1.13
20569--20630	12	4.7	12	74	18	52	66	1	30	1	1.11
20562--20647	36	2.4	37	76	18	92	60	2	32	4	1.30
20658--20700	15	2.8	15	83	16	61	65	4	27	2	1.25
20254--20716	210	2.2	210	78	11	452	57	2	32	7	1.39
20809--20861	27	2.0	27	85	7	72	64	7	24	3	1.37
26527--26563	18	2.0	20	84	10	51	43	0	0	56	0.99
27293--27334	7	6.1	7	80	2	50	19	0	35	45	1.50
27816--27877	26	2.3	27	86	10	83	38	8	0	53	1.31
27961--27987	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
34626--34662	18	2.1	17	90	5	56	64	2	2	29	1.21
34846--34967	51	2.4	50	75	6	113	22	24	36	16	1.94
35234--35277	23	1.9	23	90	0	70	36	9	18	36	1.82
35358--35835	131	3.7	131	87	1	647	33	11	12	41	1.80
35871--36462	199	3.0	199	88	2	796	34	13	13	38	1.84
36584--36632	20	2.4	21	80	13	57	38	10	18	32	1.84
36382--36718	146	2.3	146	87	3	464	35	12	13	38	1.82
37488--37551	32	2.0	32	93	0	110	29	10	26	32	1.90
38057--38124	30	2.3	30	85	7	86	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38079--38161	42	2.0	42	81	9	98	45	1	1	51	1.16
38082--38163	38	2.3	38	79	14	93	46	1	1	51	1.16
38259--38292	14	2.2	16	90	10	54	41	11	5	41	1.66
38225--38855	197	3.2	197	88	4	880	41	14	13	30	1.84
38868--38917	24	2.1	24	85	10	68	40	2	4	54	1.31
39516--39606	39	2.3	39	84	3	112	15	12	34	38	1.84
39928--39973	23	2.0	23	82	0	56	34	17	10	36	1.85
40001--40060	23	2.6	23	86	0	75	35	13	8	43	1.74
39935--40138	87	2.3	87	84	0	273	30	14	10	43	1.80
40089--40184	23	4.2	23	90	0	147	30	17	8	43	1.78
40001--40280	133	2.1	133	86	0	380	32	13	9	44	1.76
40229--40280	23	2.3	23	79	0	59	40	9	9	40	1.71
40137--40380	87	2.8	87	89	0	362	32	11	11	44	1.77
39938--40351	220	1.9	220	89	1	641	31	13	11	43	1.79
40308--40351	23	1.9	23	85	0	61	31	18	11	38	1.86
43508--43621	35	3.2	35	87	4	158	42	21	0	34	1.59
44675--44786	35	3.2	34	88	2	161	35	0	21	41	1.59
51152--51224	31	2.7	26	73	20	76	34	31	2	31	1.72
51156--51216	31	2.0	31	96	0	113	39	29	1	29	1.67
53460--53543	20	4.1	20	76	11	62	16	26	30	26	1.97
57359--57398	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
62607--62654	17	2.8	17	75	12	53	18	16	22	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65872--66089	60	3.7	59	80	3	215	33	21	16	28	1.95
68547--68624	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
68631--68848	103	2.1	103	95	0	391	37	23	13	26	1.91
73031--73128	28	3.4	28	83	10	124	43	32	9	14	1.77
73031--73133	32	3.3	32	88	8	133	42	33	9	13	1.77
73111--73293	33	5.4	32	79	10	177	37	22	9	30	1.86
73111--73293	72	2.7	65	83	9	231	37	22	9	30	1.86
74211--74243	16	2.1	15	94	5	57	72	0	0	27	0.85
79240--79277	12	3.0	13	92	7	69	39	0	7	52	1.31
79254--79413	35	4.4	36	79	10	159	43	3	6	46	1.46
79423--79465	15	2.9	15	82	3	52	25	2	0	72	0.97
80635--80707	29	2.7	29	78	16	75	15	4	2	78	1.02
80635--80786	9	17.4	8	77	17	76	19	1	3	75	1.03
80669--80786	6	19.5	6	75	12	64	19	0	3	76	0.98
80727--80783	3	19.7	3	87	10	75	26	0	1	71	0.95
83766--83876	34	3.3	34	91	3	163	31	18	2	47	1.62
92398--93138	262	2.8	258	85	4	965	32	16	16	34	1.92
95068--95247	34	5.3	34	87	2	238	31	16	2	50	1.58
97498--97579	43	1.9	43	85	5	112	15	24	28	31	1.96
99721--99771	23	2.4	22	90	9	79	29	25	19	25	1.99
100320--100350	15	2.1	15	93	0	53	32	22	12	32	1.92
106580--106631	23	2.4	22	90	6	79	30	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106825--106851	14	1.9	14	100	0	54	44	7	14	33	1.73
108698--108749	23	2.5	20	80	20	54	69	1	7	21	1.24
112702--112740	18	2.1	19	85	4	53	64	0	7	28	1.21
114087--114132	24	1.9	24	81	0	56	32	28	23	15	1.95
121338--121400	23	2.8	23	85	2	83	25	31	25	17	1.97
121384--121423	19	2.2	19	86	4	55	20	32	32	15	1.93
125598--125671	31	2.3	32	81	6	80	18	24	29	27	1.98
127081--127148	28	2.5	28	97	2	97	72	7	2	17	1.21
127081--127160	28	2.9	28	88	5	83	73	7	2	16	1.16
128683--128747	23	2.8	23	83	0	85	23	26	26	24	2.00
137330--137354	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
137417--138235	81	10.2	81	89	1	1164	34	11	21	31	1.90
138230--138382	46	3.3	46	85	0	189	41	14	20	23	1.89
139621--139683	23	2.7	23	87	0	99	20	22	28	28	1.98
139671--139733	24	2.7	24	82	2	74	25	25	19	30	1.98
141706--141735	15	2.0	15	100	0	60	40	20	0	40	1.52
142085--142175	23	4.0	23	78	5	105	32	25	23	18	1.97
157363--157401	17	2.4	16	86	4	51	20	0	43	35	1.52

Tables:   1

The End!