genome.fa.s3454.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003454.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007302_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  262533

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17319--17395	31	2.5	31	91	0	118	53	16	10	19	1.72
20764--20843	21	3.8	21	76	12	76	23	15	21	40	1.91
20897--20988	23	4.0	23	86	0	130	16	27	25	31	1.96
21761--21804	23	1.9	23	95	0	79	27	27	27	18	1.98
21750--21813	23	2.8	22	79	9	74	31	25	25	18	1.98
22023--22091	30	2.3	30	85	5	86	31	23	5	39	1.78
23235--23332	43	2.3	43	80	13	116	29	21	7	41	1.79
30576--30715	63	2.2	64	82	5	167	27	19	20	33	1.96
55033--55079	20	2.3	21	85	3	69	48	12	4	34	1.61
55091--55129	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
59695--59741	20	2.3	21	85	3	69	48	12	4	34	1.61
59753--59791	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
62056--62110	27	2.0	27	85	7	74	40	0	0	60	0.97
62231--62297	27	2.4	27	87	2	89	67	2	4	25	1.24
62645--62704	30	2.0	30	87	6	86	51	18	3	26	1.61
64669--64780	35	3.2	35	87	0	152	41	20	0	36	1.59
65839--65951	35	3.2	34	88	5	163	33	1	23	41	1.65
70899--71165	55	4.9	55	85	1	313	31	20	18	29	1.96
74335--74372	20	1.9	20	88	0	58	10	26	36	26	1.89
74355--74415	20	2.9	21	82	7	70	18	26	32	22	1.97
87185--87791	55	11.0	56	78	7	543	28	20	18	31	1.97
87215--87791	110	5.2	110	80	4	599	28	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87185--87792	165	3.7	165	82	5	694	28	20	18	31	1.97
87798--88058	73	3.5	73	73	12	219	21	19	20	37	1.94
87798--88058	37	7.0	36	78	5	243	21	19	20	37	1.94
89974--90025	19	2.7	19	79	5	61	40	0	0	59	0.97
90134--90212	27	3.0	26	74	20	74	48	1	2	48	1.23
90205--90250	19	2.4	19	85	7	58	45	2	2	50	1.26
90552--90610	30	2.0	30	86	0	82	33	8	5	52	1.54
91091--91217	61	2.1	61	83	12	156	47	0	1	51	1.10
91091--91233	62	2.3	60	79	15	143	48	0	1	50	1.09
91126--91244	19	6.2	20	68	20	69	47	0	1	51	1.11
91205--91266	30	2.2	27	83	13	72	46	1	3	48	1.28
91534--91596	30	2.1	31	90	3	101	39	11	7	41	1.70
92693--92810	61	1.9	63	84	3	159	22	23	17	36	1.95
92788--92830	21	2.0	21	100	0	86	20	27	18	32	1.96
93851--93901	12	4.3	12	76	18	54	31	0	1	66	1.03
93884--93953	24	2.7	27	80	10	83	41	0	1	57	1.08
93863--94020	64	2.5	64	90	5	241	39	0	2	56	1.17
93859--93965	12	8.7	12	70	18	60	38	0	1	58	1.15
94015--94076	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
101281--101759	240	2.0	244	90	2	759	28	17	15	37	1.91
106618--106657	20	2.0	21	90	9	66	20	15	20	45	1.86
106708--106748	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106702--106747	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
109049--109088	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
109083--109176	33	2.9	33	95	1	163	31	6	15	45	1.72
109191--109220	13	2.3	13	94	0	51	43	3	6	46	1.46
109615--109670	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
109634--109667	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
109761--109792	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
110872--111263	185	2.1	187	92	2	648	46	9	3	41	1.52
112987--113011	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
114329--114416	46	1.9	45	84	6	115	22	21	3	52	1.62
114393--114460	32	2.1	32	91	0	109	29	22	2	45	1.67
114554--114733	77	2.3	78	86	4	249	25	23	8	42	1.82
114554--114756	78	2.6	77	84	3	257	24	23	9	42	1.84
119017--119174	77	2.1	76	80	9	169	40	12	3	43	1.60
121139--121309	86	2.0	86	92	0	288	40	15	13	30	1.85
127492--127516	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
129371--129990	200	3.1	197	79	6	554	26	14	21	37	1.92
142328--142374	18	2.7	18	93	3	78	25	21	40	12	1.89
143648--143809	64	2.5	64	80	8	184	27	16	24	32	1.96
143771--143810	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
145791--145839	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
145856--146019	64	2.5	65	81	4	188	26	15	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145917--145955	19	2.1	19	90	0	60	25	15	35	23	1.94
145981--146020	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
148076--148239	64	2.5	65	82	4	197	26	15	25	33	1.95
148137--148175	19	2.1	19	90	0	60	25	15	35	23	1.94
148201--148240	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
150821--150865	22	2.0	23	91	4	74	31	4	2	62	1.27
150821--150872	21	2.4	22	83	3	61	34	3	3	57	1.35
150927--151082	64	2.4	63	80	6	172	30	14	24	30	1.95
151029--151065	19	1.9	19	94	0	65	24	16	37	21	1.93
151093--151132	21	1.9	21	89	0	62	25	12	30	32	1.92
157873--157921	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
157873--158052	64	2.8	60	79	12	175	27	16	27	29	1.97
157999--158049	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
158905--159334	85	5.1	83	77	3	398	25	18	23	33	1.97
158905--159318	168	2.5	168	86	0	551	26	18	22	32	1.97
160257--160436	88	2.0	88	88	0	261	30	18	18	32	1.95
164256--164329	13	5.8	12	76	19	51	77	2	4	16	1.04
164254--164313	21	3.1	19	77	13	59	76	3	3	16	1.05
164256--164329	6	11.5	6	74	23	62	77	2	4	16	1.04
164386--164443	12	4.6	13	73	14	50	74	1	3	20	1.06
165733--165860	39	3.1	40	78	10	134	50	3	1	43	1.29
165762--165858	43	2.4	41	88	8	137	47	5	2	45	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165820--165917	30	3.2	30	86	5	126	48	7	4	39	1.49
165885--166100	39	5.4	38	79	15	188	47	7	3	41	1.47
165895--166100	43	5.0	42	80	12	164	48	6	3	41	1.46
165895--166057	80	2.0	80	86	10	215	49	6	4	39	1.47
166114--166152	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
166239--166271	3	11.0	3	93	0	57	63	0	0	36	0.95
179418--179445	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
180475--180614	29	4.7	30	77	9	117	37	16	12	33	1.86
183399--183483	24	3.5	24	91	0	134	20	10	15	54	1.70
184828--184860	13	2.5	13	100	0	66	48	6	15	30	1.69
199151--199238	32	2.8	32	76	0	95	39	13	14	31	1.85
200767--200802	17	2.1	17	100	0	72	58	0	5	36	1.22
201877--202078	40	5.1	40	88	0	305	35	25	15	23	1.95
202551--202709	45	3.6	45	92	0	248	38	7	23	29	1.82
205222--205401	65	2.8	64	74	6	159	32	25	13	28	1.94
210906--210962	24	2.6	21	76	15	69	28	22	19	29	1.98
210906--211003	45	2.2	44	84	12	121	28	23	20	27	1.99
213577--213722	65	2.2	65	80	7	154	32	21	15	29	1.95
213979--214008	11	2.7	11	100	0	60	56	10	23	10	1.62
226358--226459	31	3.3	31	87	0	141	25	29	29	15	1.96
226359--226510	62	2.5	62	82	2	162	29	28	25	15	1.96
226389--226510	31	3.9	30	76	10	102	30	30	25	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228142--228194	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
228669--228709	14	2.9	14	85	3	55	21	24	31	21	1.98
230717--230851	31	4.4	31	75	14	127	31	31	22	13	1.93
230706--230855	62	2.4	62	84	4	196	31	30	24	14	1.95
233599--233708	31	3.5	31	74	1	112	30	24	26	18	1.98
234271--234321	26	2.0	26	96	0	93	27	9	33	29	1.89
237138--237176	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
246963--247128	87	1.9	88	82	7	210	21	19	27	30	1.98
249542--249651	40	2.8	40	91	0	184	23	14	26	35	1.93
250177--250201	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2