Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01003454.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007302_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 262533
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 2 of 2
Found at i:251476 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 251454--251503 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
251444 TTAGAAGAGT
*
251454 GTTTTGGGATATATCGG
1 GTTTTGGGATATATCAG
*
251471 GTTTTGGTATCTATATCAG
1 GTTTTGGGA--TATATCAG
*
251490 GTTTTGAGATATAT
1 GTTTTGGGATATAT
251504 GTGATATCAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.48
19 14 0.52
ACGTcount: A:0.22, C:0.06, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
GTTTTGGGATATATCAG
Found at i:255105 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 255079--255143 Score: 53
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
255069 ACTCGATTGT
255079 ATATTTACATTTTAATAATTTA
1 ATATTTAC-TTTTAATAATTTA
* *
255101 ATATTAACTTTCTTAA-AAATT-
1 ATATTTAC-TT-TTAATAATTTA
*
255122 ATTTATTACTTTTAATAATTTA
1 ATAT-TTACTTTTAATAATTTA
255144 TTTTATCAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 8
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.12
21 9 0.27
22 16 0.48
23 4 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (21 bp):
ATATTTACTTTTAATAATTTA
Found at i:258466 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 258231--258880 Score: 771
Period size: 83 Copynumber: 7.9 Consensus size: 83
258221 AACTGAATGA
* ** * * * * *
258231 AATCGAACTTGAAAATTCTTGTTGACAGATAACCCTTATCGCCTTGAGTTTTACT--ATAATGAT
1 AATCGAACTCGAAGGTTTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCA-AATGAT
258294 GTGCCTTTGAGCTGAGTGT
65 GTGCCTTTGAGCTGAGTGT
** ** *
258313 AATCGAACTCGAAGG-CCTTG--GGTAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATACTGCAAATGATG
1 AATCGAACTCGAAGGTTTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATG
258375 TGCCTTTGAGCTGAGTGT
66 TGCCTTTGAGCTGAGTGT
* * * * *
258393 AATCGAACTCGAAGGTATTTGTTGACATATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGTTGTAAATGATG
1 AATCGAACTCGAAGGTTTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATG
258458 TGCCTTTGAGCTGAGTGT
66 TGCCTTTGAGCTGAGTGT
* *
258476 AATCGAACTCGAAGGTCTTTG--G-CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTTTGCTGCAAAT-ATG
1 AATCGAACTCGAAGGTTTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATG
* *
258537 TGCCTTGGAGCTGAGCGT
66 TGCCTTTGAGCTGAGTGT
* * * * * *
258555 AATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCTCTTTTTGCCTTGAGCTAT-ATAGCAAATGA
1 AATCGAACTCGAAGGT-TTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCT-GCAAATGA
*
258619 TGTGCCTTTGAGCTGAGTAT
64 TGTGCCTTTGAGCTGAGTGT
** * * *
258639 AATCGAACTCGAAGGACTTTGTTGATAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGTAAATGATG
1 AATCGAACTCGAAGGTTTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATG
*
258704 TGCCTTTGAACTGAGTGT
66 TGCCTTTGAGCTGAGTGT
* *
258722 AATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGACATATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGAT
1 AATCGAACTCGAAGGT-TTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGA-
258787 GTGTGCCTTTGAGCTGAGTGT
64 -TGTGCCTTTGAGCTGAGTGT
* * * * * *
258808 AATCGAACTCGAAGGTCTTTTTTTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGGGTTGTGCTGTAAATGA
1 AATCGAACTCGAAGG--TTTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGA
258873 TGTGCCTT
64 TGTGCCTT
258881 GAACTCGAAG
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 65, Indels: 31
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
79 62 0.13
80 75 0.15
81 9 0.02
82 14 0.03
83 169 0.35
84 75 0.15
85 8 0.02
86 34 0.07
87 39 0.08
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (83 bp):
AATCGAACTCGAAGGTTTTTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATG
TGCCTTTGAGCTGAGTGT
Found at i:258505 original size:163 final size:164
Alignment explanation
Indices: 258249--258880 Score: 833
Period size: 163 Copynumber: 3.8 Consensus size: 164
258239 TTGAAAATTC
* *
258249 TTGTTGACAGATAACCCTTATCGCCTTGAGTT-T-TA-CTATAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGT
1 TTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTAGC-A-AATGATGTGCCTTTGAGCTGAGT
* * * * *
258311 GTAATCGAACTCGAAGGCCTTGGGTAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATACTGCAAATGATGT
64 GTAATCGAACTCGAAGGTCTTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGT
*
258376 GCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGT-AT
129 GCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
* * * *
258411 TTGTTGACATATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGTTGTAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGT
1 TTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTAGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGT
* *
258476 AATCGAACTCGAAGGTCTTTGGCAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTTTGCTGCAAAT-ATGTGC
66 AATCGAACTCGAAGGTCTTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGTGC
* *
258540 CTTGGAGCTGAGCGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
131 CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
* * * * * * *
258574 TTGTTGGCAGATAGCTCTTTTTGCCTTGAGCTATATAGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTAT
1 TTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTAGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGT
* * *
258639 AATCGAACTCGAAGGACTTTGTTGATAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGTAAATGATG
66 AATCGAACTCGAAGGTCTTTG--G-CAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATG
*
258704 TGCCTTTGAACTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
128 TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
* *
258741 TTGTTGACATATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATGTGTGCCTTTGAGCTGAGT
1 TTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTAGCAAATGA--TGTGCCTTTGAGCTGAGT
* * *
258806 GTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTTTTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGGGTTGTGCTGTAAAT
64 GTAATCGAACTCGAAGGTC-----TTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGCAAAT
258871 GATGTGCCTT
124 GATGTGCCTT
258881 GAACTCGAAG
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 45, Indels: 21
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
162 64 0.16
163 154 0.38
164 2 0.00
165 1 0.00
166 32 0.08
167 74 0.18
169 35 0.09
171 43 0.10
172 1 0.00
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (164 bp):
TTGTTGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTAGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGT
AATCGAACTCGAAGGTCTTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGTGC
CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
Found at i:258686 original size:246 final size:250
Alignment explanation
Indices: 258253--258880 Score: 875
Period size: 246 Copynumber: 2.5 Consensus size: 250
258243 AAATTCTTGT
* * *
258253 TGACAGATAACCCTTATCGCCTTGAGTTTTACT--ATAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAAT
1 TGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTTTGCTGCA-AATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAAT
* * *
258316 CGAACTCGAAGG-C-CTTG--GGTAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATACTGCAAATGATGTG
65 CGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTG
* *
258377 CCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTATTTGTTGACATATAACCCTTCTAGCCTTGAGT
130 CCTTTGAGCTGAGTATAATCGAACTCGAAGGTATTTGTTGACAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGT
* *
258442 TATGTTGTAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTC-TTTG
195 TATGCTGTAAATGATGTGCCTTTGAACTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTG
* *
258497 -G-CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTTTGCTGCAAAT-ATGTGCCTTGGAGCTGAGCGTAATC
1 TGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATC
* * *
258559 GAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCTCTTTTTGCCTTGAGCTATA-TAGCAAATGATGTG
66 GAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACT-GCAAATGATGTG
*
258623 CCTTTGAGCTGAGTATAATCGAACTCGAAGG-ACTTTGTTGATAGATAACCCTTCTAGCCTTGAG
130 CCTTTGAGCTGAGTATAATCGAACTCGAAGGTA-TTTGTTGACAGATAACCCTTCTAGCCTTGAG
258687 TTATGCTGTAAATGATGTGCCTTTGAACTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTG
194 TTATGCTGTAAATGATGTGCCTTTGAACTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTG
* * *
258744 TTGACATATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATGTGTGCCTTTGAGCTGAGTGTA
1 -TGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTTTGCTGCAAATGA--TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTA
* * * * * * *
258809 ATCGAACTCGAAGGTCTTTTTTTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGGGTTGTGCTGTAAATGAT
63 ATCGAACTCGAAGGTC-TTTTGTTGGCAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGAT
258874 GTGCCTT
127 GTGCCTT
258881 GAACTCGAAG
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 31, Indels: 24
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
242 61 0.18
243 5 0.01
244 4 0.01
245 2 0.01
246 146 0.43
247 4 0.01
249 1 0.00
250 33 0.10
251 1 0.00
253 35 0.10
254 43 0.13
255 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (250 bp):
TGACAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATC
GAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTGC
CTTTGAGCTGAGTATAATCGAACTCGAAGGTATTTGTTGACAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTT
ATGCTGTAAATGATGTGCCTTTGAACTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTG
Found at i:258939 original size:68 final size:69
Alignment explanation
Indices: 258812--258940 Score: 197
Period size: 68 Copynumber: 1.9 Consensus size: 69
258802 GAGTGTAATC
** * * **
258812 GAACTCGAAGGTCTTTTTTTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGGGTTGTGCTGTAAATGATGTG
1 GAACTCGAAGGTCTTTTGGTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGATGTG
258877 CCTT
66 CCTT
258881 GAACTCGAAGGTC-TTTGGTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGA
1 GAACTCGAAGGTCTTTTGGTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGA
258941 ACACGATATC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 1
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
68 41 0.76
69 13 0.24
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.24, T:0.34
Consensus pattern (69 bp):
GAACTCGAAGGTCTTTTGGTTGGCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGATGTG
CCTT
Found at i:259244 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 259225--259259 Score: 70
Period size: 14 Copynumber: 2.5 Consensus size: 14
259215 CTCTAAAAGC
259225 TGCAAAATTATGTA
1 TGCAAAATTATGTA
259239 TGCAAAATTATGTA
1 TGCAAAATTATGTA
259253 TGCAAAA
1 TGCAAAA
259260 AATGGCAAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 21 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (14 bp):
TGCAAAATTATGTA
Done.