genome.fa.s3484.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003484.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007364_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  166059

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3290--3390	41	2.5	42	85	4	134	51	0	3	44	1.20
3760--3830	32	2.2	32	84	0	88	46	15	5	32	1.69
3779--3841	32	2.0	32	84	6	83	42	14	7	34	1.75
4601--4636	18	1.9	19	94	5	65	19	25	38	16	1.92
12950--13040	32	2.8	32	80	5	103	51	12	6	29	1.64
14569--14626	28	2.0	29	87	9	84	50	0	0	50	1.00
14580--14633	20	2.6	20	75	16	56	42	0	0	57	0.98
14727--14769	22	2.0	22	86	9	61	44	0	2	53	1.13
14732--14776	22	2.1	21	83	4	54	46	0	2	51	1.13
14764--14832	19	3.6	19	73	21	63	47	1	1	49	1.19
14944--14992	22	2.2	22	88	0	71	46	0	2	51	1.12
15022--15070	24	2.0	25	84	4	64	51	0	2	46	1.12
24170--24213	3	14.7	3	88	9	63	38	0	0	61	0.96
25731--25834	30	3.5	30	75	3	95	24	15	6	53	1.65
25762--25918	30	5.3	30	75	7	104	19	12	10	56	1.65
25867--25930	30	2.2	30	82	2	76	17	17	10	54	1.70
27690--27723	12	2.8	12	86	0	50	52	0	2	44	1.16
27759--27792	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28569--28610	21	2.0	21	95	0	75	16	40	28	14	1.88
28959--29028	34	2.1	32	86	5	95	31	15	28	24	1.96
31989--32092	42	2.5	42	90	4	156	19	41	25	13	1.88
31989--32068	20	3.9	20	88	6	124	18	38	28	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33294--33334	19	2.2	19	95	0	73	65	0	0	34	0.93
43182--43250	9	7.7	9	80	0	84	47	15	8	27	1.75
43174--43252	18	4.4	18	90	9	126	46	17	7	27	1.75
43174--43252	36	2.2	36	100	0	158	46	17	7	27	1.75
50125--50172	25	1.9	26	87	8	73	47	27	0	25	1.52
65139--65192	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
65177--65296	21	5.8	21	72	14	88	38	20	20	20	1.94
65242--65476	20	11.6	20	75	8	199	37	24	19	18	1.93
65303--65473	40	4.2	41	91	1	274	36	24	19	19	1.94
66011--66136	20	6.6	20	74	14	97	49	20	18	11	1.79
66086--66166	33	2.5	33	89	0	117	48	22	18	11	1.79
66167--66287	33	3.5	33	82	10	136	12	23	19	44	1.84
66162--66225	18	3.7	18	74	19	73	10	23	21	43	1.84
66223--66278	20	2.8	20	77	20	71	16	25	17	41	1.89
67986--68365	94	4.1	94	93	1	595	21	11	18	47	1.81
68468--68525	14	3.8	14	79	20	71	44	20	25	8	1.80
68430--68545	19	6.7	18	71	21	79	45	21	22	10	1.82
68453--68577	33	3.8	33	88	2	173	45	24	21	8	1.80
68546--68583	19	2.0	19	94	0	67	47	28	15	7	1.74
69137--69244	21	5.1	21	71	3	83	23	37	16	23	1.94
69134--69239	42	2.5	41	76	4	104	22	36	17	22	1.95
70599--70634	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70771--70855	19	4.7	19	78	15	99	14	21	18	45	1.84
70771--70950	52	3.3	53	79	8	182	16	22	20	41	1.90
70860--70948	20	4.4	20	82	2	117	19	22	22	35	1.95
70938--70976	14	2.8	14	100	0	78	7	28	30	33	1.85
71142--71238	20	4.8	20	91	3	133	22	18	19	39	1.93
71149--71301	20	7.5	20	78	6	94	23	19	20	36	1.95
71288--71341	20	2.7	19	72	8	54	20	16	29	33	1.95
77162--77210	21	2.4	21	79	3	55	42	16	20	20	1.89
77200--77316	20	5.8	20	90	0	153	26	27	18	27	1.98
77280--77325	20	2.3	20	84	0	56	30	26	19	23	1.98
77195--77325	40	3.3	40	80	4	129	30	25	18	25	1.98
77195--77326	60	2.2	60	81	0	174	30	25	18	25	1.98
77539--77634	20	4.8	20	86	0	129	40	20	20	17	1.91
77539--77653	60	1.9	59	85	1	158	41	20	20	17	1.90
77653--77732	34	2.4	34	84	0	97	15	22	22	40	1.91
79283--79374	42	2.2	42	84	1	123	22	15	40	21	1.91
79310--79370	21	2.9	21	75	0	68	24	13	39	22	1.90
79712--79764	20	2.7	20	87	0	70	33	28	13	24	1.93
79718--79824	20	5.4	20	84	1	99	35	24	22	17	1.95
79850--79946	19	5.6	19	71	22	88	13	19	19	47	1.82
79872--79930	14	3.9	14	74	20	55	11	16	22	49	1.78
79853--79946	33	2.8	33	93	0	161	13	19	19	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79918--79954	19	1.9	19	88	0	56	18	18	13	48	1.80
80477--80524	18	2.7	18	90	0	78	16	12	43	27	1.84
81846--81893	19	2.5	19	89	0	69	39	27	18	14	1.90
82147--82194	22	2.3	21	89	7	71	25	14	39	20	1.91
82379--82447	20	3.5	20	93	0	120	24	18	27	28	1.98
82462--82577	21	5.5	21	97	0	214	22	23	16	37	1.93
82567--82619	21	2.5	20	76	8	61	33	18	24	22	1.97
82461--82620	63	2.5	63	85	0	203	26	21	18	33	1.96
84597--84647	24	2.1	24	92	0	84	23	31	27	17	1.97
87068--87246	88	2.0	90	96	2	335	21	24	29	24	1.99
93254--93291	15	2.7	15	84	8	53	42	0	0	57	0.98
93396--93447	26	2.0	26	81	7	61	61	1	3	32	1.25
94815--94900	3	29.0	3	92	2	147	65	0	2	32	1.06
95160--95932	113	6.8	113	92	3	1175	32	18	13	36	1.90
96715--97232	83	6.3	83	93	1	826	34	21	13	29	1.92
109748--109799	26	2.0	26	81	7	61	61	1	3	32	1.25
111058--111089	13	2.5	13	100	0	64	6	21	46	25	1.74
111140--111247	3	36.0	3	92	3	182	65	0	1	32	1.03
112674--112730	28	2.0	28	93	0	96	35	21	15	28	1.94
114273--114332	24	2.4	26	76	18	72	43	11	1	43	1.51
114282--114317	12	3.0	12	95	0	63	41	16	2	38	1.63
126932--126961	15	2.0	15	93	0	51	76	16	6	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127408--127531	41	3.0	42	74	17	141	37	21	18	21	1.94
127420--127571	42	3.7	40	75	15	130	37	21	17	23	1.94
129066--129130	3	21.7	3	96	0	121	67	0	1	30	1.00
130810--131199	58	6.7	58	95	1	676	34	20	12	33	1.89
131534--131602	19	3.5	19	81	11	77	27	26	15	30	1.96
134598--134760	64	2.5	64	79	3	159	25	19	21	33	1.97
134639--134761	64	1.9	64	86	0	174	24	19	21	34	1.97
139602--139652	23	2.2	23	85	0	66	31	27	23	17	1.97
140300--140460	64	2.5	64	82	2	171	25	18	21	34	1.96
141349--141856	58	8.8	58	92	2	740	35	20	12	32	1.90
142222--142265	19	2.3	19	80	7	54	31	25	9	34	1.87
142288--142338	20	2.5	21	84	6	61	19	31	13	35	1.91
143961--143993	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
144231--144363	69	1.9	69	98	0	257	34	17	6	41	1.76
151223--151300	41	1.9	40	92	2	129	37	14	0	48	1.43
152333--152434	20	5.2	20	90	1	161	47	21	12	18	1.82
152552--152602	22	2.3	22	89	0	75	23	41	11	23	1.87
152552--152610	22	2.8	21	82	10	66	23	40	10	25	1.86
152975--153072	20	4.9	20	96	2	180	10	16	20	53	1.72
152971--153072	39	2.6	40	95	1	188	9	16	19	53	1.70
154732--154829	21	4.7	21	71	7	83	18	15	35	30	1.92
155188--155306	21	5.7	20	81	7	139	21	35	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155188--155306	42	2.8	41	84	5	157	21	35	18	24	1.96
156640--156796	64	2.5	64	95	2	280	29	1	17	50	1.56
156860--156955	20	4.8	20	72	2	86	41	22	14	20	1.89
156951--156986	14	2.6	15	83	16	51	5	19	27	47	1.72
160370--160404	14	2.6	13	86	8	52	65	0	2	31	1.07
160542--160611	18	3.8	18	83	3	86	37	14	18	30	1.90
160560--160703	19	7.4	20	79	10	115	33	12	20	33	1.90
160541--160624	37	2.3	37	97	0	159	33	14	21	30	1.93
160598--160705	39	2.8	38	84	7	119	32	11	21	35	1.88
161828--161878	23	2.2	24	83	13	72	70	1	13	13	1.25

Tables:   1   2