genome.fa.s3524.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003524.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007445_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  90671

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7097--7207	55	2.1	53	93	3	186	29	25	4	40	1.75
9334--9372	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
9320--9477	65	2.5	65	84	6	200	31	24	16	27	1.96
11003--11099	47	2.1	47	98	0	185	22	29	12	35	1.91
11163--11217	29	1.9	28	92	3	92	38	16	9	36	1.80
18194--18318	24	5.2	24	72	5	101	42	16	16	24	1.88
18194--18309	47	2.5	47	80	9	137	40	15	17	26	1.89
21617--21641	12	2.1	12	100	0	50	28	16	8	48	1.74
22577--24663	214	9.7	216	88	2	2944	34	23	20	22	1.97
22577--24650	429	4.8	430	90	2	2983	34	23	20	22	1.97
22663--24650	643	3.1	644	93	1	3261	33	23	20	22	1.97
30778--30864	38	2.4	37	90	5	140	50	0	0	49	1.00
30786--30864	32	2.4	33	83	12	92	50	0	0	49	1.00
30776--30862	13	6.2	15	70	18	55	50	0	0	49	1.00
30776--30864	17	5.2	17	67	20	60	50	0	0	49	1.00
36759--36810	8	6.1	9	73	13	56	63	1	1	32	1.16
36756--36808	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
36762--36811	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
37181--37248	29	2.3	29	97	0	127	30	13	26	29	1.94
38977--39001	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
41062--41103	20	2.1	20	86	0	57	52	11	7	28	1.64
43169--43193	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44136--44168	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
48815--48887	37	1.9	39	88	5	114	45	12	13	28	1.80
58025--58049	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
58166--58235	21	3.4	21	74	4	79	37	27	15	20	1.93
58158--58239	41	2.0	41	95	0	146	39	24	17	19	1.92
58178--58243	21	3.2	21	71	4	71	40	27	15	16	1.88
58272--58336	20	3.2	20	72	10	60	33	29	20	16	1.95
58279--58381	41	2.5	41	91	0	161	37	25	19	17	1.93
58279--58385	21	5.2	21	67	4	83	38	26	18	16	1.92
58158--58417	142	1.8	142	89	1	405	35	22	21	20	1.96
62432--62587	78	2.0	78	98	0	303	25	16	18	39	1.91
68321--68435	20	5.7	21	77	8	87	33	28	13	24	1.94
68407--68573	57	2.9	57	90	2	255	37	23	13	25	1.92
68915--68969	20	2.8	20	88	8	85	38	16	16	29	1.90
69016--69152	20	6.7	21	76	6	122	27	13	28	30	1.94
69054--69152	42	2.4	41	89	3	146	23	14	29	33	1.94
70859--71110	125	2.0	125	94	0	441	37	14	10	37	1.81
73696--73792	34	2.9	33	79	7	99	29	3	6	60	1.36
73776--73808	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
73877--73905	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
73908--74002	18	5.2	17	68	19	50	21	8	2	68	1.27
73857--73957	20	5.1	19	71	17	64	30	4	0	63	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77161--77211	10	4.9	10	76	9	57	80	5	13	0	0.89
77161--77211	21	2.4	21	87	9	77	80	5	13	0	0.89
77161--77239	21	3.8	21	75	12	74	77	6	15	1	1.03
77161--77228	20	3.3	20	85	6	82	79	5	13	1	0.98
77836--77886	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
78746--78850	36	2.9	36	88	2	156	24	22	13	39	1.90
78746--78855	37	3.0	37	87	2	159	26	22	12	38	1.90
78991--79021	15	2.1	15	100	0	62	19	19	19	41	1.90
78957--79054	36	2.7	37	83	12	123	22	19	18	39	1.92
79030--79186	68	2.4	68	86	5	214	31	21	9	36	1.86
79791--80962	105	11.3	104	90	3	1685	33	26	18	22	1.97
79791--80962	205	5.7	207	91	3	1726	33	26	18	22	1.97
79791--80962	304	3.8	311	92	3	1805	33	26	18	22	1.97
82015--82045	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
82091--82167	38	2.0	40	82	5	95	25	6	1	66	1.24
82152--82185	17	2.1	16	88	5	50	26	8	0	64	1.22
85094--85231	21	6.7	21	70	6	68	36	25	17	20	1.94
85199--85392	20	9.6	20	82	6	87	35	26	18	19	1.95
85199--85392	40	4.8	39	84	3	217	35	26	18	19	1.95
85199--85391	60	3.2	60	83	3	253	35	26	18	19	1.95
85769--85839	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
85919--86028	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85912--86028	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
85979--86035	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
85971--86051	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
86047--86174	19	7.1	19	71	19	87	11	24	18	45	1.83
86069--86125	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
86052--86174	33	3.5	33	88	10	165	11	23	18	46	1.81
86113--86173	20	3.0	21	78	4	79	13	22	16	47	1.81
86109--86164	21	2.8	20	81	5	67	14	25	17	42	1.87
87871--88246	93	4.1	93	98	0	727	21	12	19	46	1.83
88291--88419	19	7.3	19	77	17	134	48	27	15	8	1.74
88326--88419	33	2.8	33	90	4	145	50	26	15	7	1.71
88377--88403	14	1.9	14	100	0	54	48	29	14	7	1.71
88291--88419	52	2.5	52	76	12	147	48	27	15	8	1.74
88436--88488	14	3.4	14	75	22	52	9	22	22	45	1.81
88420--88511	33	2.8	33	88	1	132	13	20	20	45	1.84
88415--88586	19	9.6	19	75	12	132	12	19	23	45	1.83
90484--90522	14	2.8	14	84	7	53	33	0	23	43	1.54
90623--90667	19	2.4	19	100	0	90	46	17	20	15	1.84

Tables:   1

The End!