genome.fa.s3525.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003525.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007447_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  193724

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3092--3150	31	1.9	31	82	6	75	52	5	33	8	1.54
3850--4052	112	1.8	111	89	3	318	39	3	10	46	1.57
11400--11566	66	2.5	67	84	3	221	40	13	16	29	1.87
11578--11764	104	1.8	101	82	12	240	37	12	15	34	1.86
11889--12034	37	4.0	36	79	7	141	37	14	17	30	1.90
11891--12013	37	3.4	37	86	5	153	38	14	17	30	1.89
13533--13561	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
17323--17386	23	2.8	23	90	0	101	26	26	28	18	1.98
17402--17722	103	3.1	103	94	0	552	37	23	12	26	1.90
18459--18578	64	1.9	62	86	3	168	26	17	20	35	1.94
28442--28481	21	1.9	21	100	0	80	37	15	15	32	1.88
29190--29416	83	2.7	82	78	2	240	25	21	18	34	1.96
29214--29472	83	3.1	83	77	4	236	28	21	18	31	1.97
30479--30554	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
30820--30883	23	2.8	23	95	0	110	28	26	26	18	1.98
30899--31219	103	3.1	103	97	0	597	37	23	13	26	1.91
31956--32112	64	2.5	64	82	6	167	26	19	21	33	1.96
34199--34238	14	3.0	13	85	14	55	80	0	0	20	0.72
34187--34238	14	3.5	15	80	15	54	75	1	1	21	1.00
34199--34235	19	1.9	20	94	5	67	81	0	0	18	0.70
37062--37135	31	2.4	31	86	0	103	21	12	14	51	1.75
41334--41370	19	1.9	19	88	0	56	51	18	18	10	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44826--44910	30	2.8	32	71	18	81	36	11	5	45	1.65
51173--51224	6	8.8	6	78	4	61	78	0	5	15	0.92
51147--51224	29	2.7	30	88	4	99	74	0	10	15	1.07
51156--51211	16	3.7	16	71	26	50	75	0	10	14	1.06
51170--51234	29	2.2	29	91	5	105	78	0	7	13	0.95
51179--51242	21	3.0	21	80	13	60	76	0	9	14	1.01
59311--59349	19	2.2	18	86	13	55	74	5	7	12	1.20
62584--62637	23	2.5	20	82	11	63	79	0	5	14	0.90
68229--68273	9	5.1	9	87	12	67	77	0	0	22	0.76
68333--68384	21	2.4	21	90	3	86	76	5	3	13	1.10
68503--68562	26	2.3	26	94	5	104	58	11	23	6	1.57
71918--71970	22	2.3	23	81	18	65	28	0	7	64	1.21
72008--72100	35	2.6	35	78	14	100	41	1	0	56	1.06
72024--72082	19	3.3	18	79	11	68	49	1	0	49	1.11
72840--72904	24	2.7	24	77	15	71	30	4	0	64	1.14
72824--72902	28	3.0	26	83	10	83	31	3	0	64	1.11
72824--72894	28	2.6	30	79	20	84	33	4	0	61	1.15
77643--77695	5	10.6	5	86	13	74	81	18	0	0	0.70
77644--77701	6	9.7	6	74	18	50	82	17	0	0	0.66
77643--77701	15	4.0	15	82	8	68	81	18	0	0	0.69
77644--77704	20	3.2	20	90	6	92	83	16	0	0	0.64
80845--81029	75	2.5	74	79	8	180	35	15	18	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80908--81078	75	2.4	71	81	6	193	32	14	22	30	1.94
82421--82502	22	3.8	21	87	6	110	35	13	13	37	1.84
82896--82960	17	3.3	20	64	20	55	44	9	20	26	1.81
82859--83191	112	3.0	112	89	3	501	38	15	18	27	1.91
83121--83184	20	3.2	20	68	12	60	43	9	21	25	1.82
83158--83345	83	2.3	83	96	0	340	38	17	16	27	1.91
83241--83517	123	2.3	123	91	4	436	41	14	18	25	1.89
83433--83790	136	2.6	135	80	9	370	40	15	16	27	1.89
84011--84097	3	29.0	3	76	4	77	37	0	1	60	1.04
84268--84297	16	1.9	15	93	6	51	33	33	20	13	1.91
85316--85373	22	2.5	23	74	20	59	27	0	6	65	1.18
85414--85500	35	2.5	35	78	15	92	41	3	0	55	1.17
85440--85705	133	2.0	132	86	7	371	38	6	7	48	1.56
85718--85757	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
90268--90304	15	2.7	14	84	16	51	64	0	5	29	1.15
90527--90606	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
90620--90657	11	3.3	12	85	10	53	73	0	2	23	0.95
92524--92698	65	2.7	65	88	1	244	38	10	21	29	1.86
92591--93009	36	12.2	36	73	14	321	40	10	18	29	1.85
92603--92845	101	2.4	101	89	2	380	42	10	18	27	1.83
92656--93018	173	2.1	174	93	0	620	41	10	18	29	1.84
92931--93018	36	2.4	36	88	0	122	38	9	20	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92950--93027	36	2.2	36	88	0	111	41	12	16	29	1.86
94344--94529	95	1.9	96	92	1	311	30	18	16	33	1.94
94583--94614	14	2.3	14	94	0	55	18	6	25	50	1.70
96185--96214	16	1.9	15	93	6	51	23	30	6	40	1.80
98577--98601	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
99146--99185	5	7.4	5	86	13	53	77	0	2	20	0.88
99146--99185	11	3.6	11	86	10	55	77	0	2	20	0.88
99146--99185	16	2.4	16	91	4	62	77	0	2	20	0.88
106910--106985	32	2.4	31	89	4	116	32	32	23	10	1.89
110064--110236	74	2.4	74	94	2	296	28	20	22	27	1.99
112732--112789	18	3.1	18	80	11	62	27	10	12	50	1.72
113005--113065	22	2.8	22	92	0	104	27	22	19	29	1.98
118630--118680	24	2.1	24	88	0	75	60	17	9	11	1.57
120951--120994	14	2.9	15	83	10	63	27	29	6	36	1.83
124483--124548	4	17.0	4	74	22	61	21	3	1	74	1.04
124473--124520	23	2.1	23	88	7	71	18	4	6	70	1.25
124514--124556	22	2.0	22	81	9	52	20	4	2	72	1.14
127824--127961	69	2.0	69	94	2	242	38	23	13	24	1.91
129387--129494	46	2.4	43	80	7	110	34	31	16	17	1.93
129464--129762	106	2.8	106	88	2	449	36	23	16	23	1.94
130117--130285	65	2.6	65	82	4	198	29	21	11	37	1.88
130508--130589	35	2.4	34	93	4	139	40	19	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131953--132027	32	2.4	31	82	8	80	18	5	4	72	1.20
131981--132052	28	2.4	29	82	15	85	18	4	2	75	1.09
132004--132078	33	2.4	31	82	6	80	20	5	4	70	1.23
134036--134179	72	2.0	72	94	2	254	38	11	23	25	1.89
141977--142061	6	13.3	6	76	16	64	75	1	4	18	1.04
142019--142094	3	26.3	3	75	17	63	73	0	1	25	0.91
141943--142094	46	3.4	44	74	18	120	73	0	5	21	1.08
142137--142179	18	2.4	18	88	7	61	74	0	4	20	1.00
142886--142914	12	2.3	13	94	5	51	58	3	0	37	1.15
146940--147004	8	8.4	8	70	13	55	55	0	0	44	0.99
146943--147120	20	8.9	19	69	17	71	50	1	1	46	1.18
146899--147002	31	3.3	31	80	10	95	51	0	0	47	1.07
146940--147004	23	2.8	24	86	4	89	55	0	0	44	0.99
146959--147015	23	2.4	23	85	8	71	52	0	1	45	1.11
147022--147102	32	2.5	31	80	15	92	51	2	1	44	1.22
147021--147102	31	2.6	33	81	9	109	51	2	1	45	1.22
147056--147120	19	3.4	18	73	12	58	50	3	1	44	1.26
147240--147278	13	2.9	13	81	7	51	61	0	0	38	0.96
165938--165996	3	19.3	3	89	3	82	37	3	0	59	1.14
165928--165984	25	2.3	25	84	3	71	36	1	0	61	1.07
170715--170798	42	2.0	42	85	0	114	48	13	19	19	1.80
172908--173051	72	2.0	72	91	2	236	27	20	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175933--175978	17	2.8	17	90	3	58	60	4	2	32	1.28
175944--175977	9	3.9	9	84	7	52	61	2	0	35	1.11
175940--175978	17	2.4	17	95	4	71	61	5	0	33	1.18
176742--176766	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
177583--177608	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
177754--177973	40	5.4	40	70	19	132	31	17	18	32	1.94
177760--177985	82	2.8	82	78	14	243	32	17	18	31	1.94
177760--177979	41	5.4	39	73	17	153	32	17	18	31	1.95
177854--178066	42	5.2	38	74	16	133	28	20	20	30	1.97
177967--178102	42	3.3	40	76	14	125	28	23	19	28	1.98

Tables:   1   2