genome.fa.s3596.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003596.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184084

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264--297	15	2.2	16	89	5	52	55	5	8	29	1.54
1619--1698	29	2.8	29	98	1	153	42	27	11	18	1.84
1697--1755	7	8.9	7	75	17	63	22	27	35	15	1.94
1706--1798	19	5.0	20	83	15	94	20	21	40	17	1.91
1733--1760	12	2.3	12	100	0	56	14	25	42	17	1.87
1719--1788	17	4.0	17	82	12	79	17	21	42	18	1.89
1801--1851	9	5.2	10	84	11	70	37	29	19	13	1.90
8871--9024	29	5.3	29	79	1	112	41	23	7	27	1.81
9032--9127	20	5.0	19	88	8	101	19	20	42	16	1.89
9024--9067	7	6.4	7	80	15	56	22	27	36	13	1.92
9059--9087	12	2.3	13	94	5	51	13	24	44	17	1.85
9045--9115	18	3.9	17	89	9	88	16	21	45	16	1.86
9130--9181	9	5.3	10	84	11	72	36	30	19	13	1.90
10286--10418	29	4.7	29	87	8	168	46	3	0	48	1.25
14461--14523	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
17628--17670	13	3.4	13	78	15	54	0	16	2	81	0.79
26183--26215	14	2.4	14	94	0	57	21	12	36	30	1.90
28067--28138	21	3.5	19	77	19	65	69	1	11	18	1.25
28266--28314	24	1.9	26	84	12	66	69	0	14	16	1.19
28355--28391	7	5.4	7	90	6	58	75	0	8	16	1.02
28359--28391	13	2.5	13	95	5	57	75	0	9	15	1.03
28400--28493	2	48.0	2	84	12	124	53	1	1	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29696--29731	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
31788--31864	40	1.9	40	97	0	145	32	9	5	53	1.55
36068--36112	21	2.1	21	83	0	54	31	28	26	13	1.94
37093--37217	31	4.0	31	92	2	198	20	19	22	37	1.94
47600--47657	17	3.4	17	75	17	57	39	6	10	43	1.66
47590--47656	34	2.0	34	87	0	98	37	8	10	43	1.71
60590--60641	15	3.5	15	91	0	68	5	9	36	48	1.60
66009--66061	27	1.9	28	84	3	72	41	1	0	56	1.10
67262--67294	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
67383--67436	23	2.3	23	80	0	63	46	16	11	25	1.80
67633--67674	20	2.0	20	86	4	57	59	0	7	33	1.25
69195--69318	64	1.9	64	96	0	230	36	13	10	39	1.79
69535--69592	28	2.1	28	80	6	64	25	31	20	22	1.98
69581--69783	20	10.4	20	80	8	215	34	26	18	21	1.96
69581--69764	59	3.2	58	82	7	207	33	26	19	21	1.97
69581--69783	39	5.2	40	86	7	224	34	26	18	21	1.96
70472--70518	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
70692--70716	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
72959--73124	33	4.8	34	82	10	192	46	19	21	13	1.83
72992--73181	19	10.7	19	78	18	221	45	17	22	14	1.84
72992--73143	72	2.1	72	96	0	277	47	17	21	13	1.82
72978--73181	53	3.9	52	85	11	283	45	18	22	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72992--73180	72	2.6	70	84	8	218	45	17	22	14	1.85
73171--73277	53	2.0	52	92	1	178	13	20	16	49	1.79
73190--73277	19	4.8	19	78	14	105	13	19	15	51	1.77
73368--73405	14	2.7	15	88	12	62	47	18	0	34	1.49
73471--73506	12	3.0	12	83	0	54	63	16	0	19	1.30
75394--75486	33	2.8	33	90	0	150	46	23	20	9	1.80
75353--75491	52	2.7	52	75	8	156	46	24	20	8	1.79
75336--75491	19	8.8	19	74	14	127	46	24	20	8	1.79
75503--75561	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
75487--75580	33	2.8	33	93	0	161	7	17	27	47	1.74
75487--75596	19	6.3	18	73	20	92	9	16	28	46	1.77
75694--76101	93	4.4	93	99	0	800	45	19	13	21	1.84
77775--77838	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
77773--77837	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
77822--77877	14	3.7	14	78	17	67	42	23	25	8	1.82
77773--77894	32	3.5	33	87	11	156	45	18	24	10	1.81
77911--77967	14	3.7	14	70	20	51	10	24	21	43	1.83
77906--77974	33	2.1	33	97	0	129	10	23	18	47	1.79
77955--78028	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
78107--78177	33	2.2	33	92	0	115	47	15	23	12	1.80
78554--78705	20	7.6	20	85	2	189	19	19	26	34	1.95
78699--78746	20	2.3	20	85	3	69	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81752--81809	24	2.4	24	97	0	107	22	27	24	25	2.00
84953--85010	3	20.0	3	76	13	59	27	3	1	67	1.17
84958--85021	28	2.2	28	81	8	67	26	4	1	67	1.19
87505--87548	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
89062--89123	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
92142--92179	20	1.9	20	88	0	58	71	10	15	2	1.25
92162--92209	12	3.9	12	83	10	53	70	12	12	4	1.29
92167--92204	11	3.4	11	89	7	58	71	10	13	5	1.30
93388--93463	28	2.7	28	93	0	134	46	26	1	26	1.61
93877--94120	105	2.4	103	82	8	284	30	19	11	37	1.88
94066--94184	36	3.4	34	79	6	114	30	20	12	36	1.90
94084--94185	36	2.9	36	82	4	129	33	19	11	35	1.88
94293--94346	25	2.1	26	89	3	83	31	7	12	48	1.69
94433--94487	26	2.1	26	86	6	76	32	7	12	47	1.69
94264--94650	141	2.7	141	92	3	627	29	11	15	42	1.83
94577--94632	26	2.1	27	90	3	87	32	8	16	42	1.79
94603--94869	68	4.0	68	97	1	488	31	11	12	44	1.78
94594--94889	67	4.5	65	94	4	497	30	11	12	45	1.77
94603--94869	135	2.0	133	97	1	498	31	11	12	44	1.78
94988--95210	119	1.9	118	79	8	256	30	13	13	43	1.82
95399--95434	15	2.4	15	90	0	63	38	19	2	38	1.66
95920--96371	130	3.5	129	90	1	681	26	29	19	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96571--96628	3	20.0	3	76	13	59	27	3	1	67	1.17
96576--96639	28	2.2	28	81	8	67	26	4	1	67	1.19
100070--100311	6	40.3	6	100	0	484	33	0	16	50	1.46
100308--100431	6	20.7	6	98	0	239	17	16	32	33	1.92
100428--100460	6	5.5	6	100	0	66	30	0	18	51	1.46
101934--102244	168	1.9	168	89	1	489	23	29	21	26	1.99
109009--109262	125	2.0	125	90	1	402	23	35	18	23	1.96
116568--116654	24	3.7	24	71	14	83	36	5	8	49	1.56
116577--116675	48	2.1	48	98	0	189	33	5	8	53	1.52
119332--119364	16	2.1	16	100	0	66	36	39	0	24	1.56
126764--126859	32	3.0	31	74	8	77	20	13	29	36	1.91
127482--127520	17	2.4	16	83	8	51	38	2	2	56	1.27
127614--127703	16	5.6	16	74	0	81	10	14	27	47	1.76
154228--154401	89	1.9	91	91	2	289	29	24	22	22	1.99
155102--155144	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
155173--155217	22	2.0	22	91	4	72	28	33	26	11	1.91
156489--156699	103	2.0	103	94	0	368	27	12	22	36	1.91
156730--156790	23	2.7	23	89	0	86	19	29	24	26	1.99
159010--159049	19	2.0	20	95	4	73	25	27	32	15	1.95
161229--161255	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
161327--161355	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
170461--170583	66	1.9	65	87	1	183	24	18	12	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172391--172610	117	1.9	117	88	0	332	30	32	15	21	1.94
173581--173684	28	3.7	28	84	6	138	50	16	3	29	1.63
178727--178944	109	2.0	109	99	0	427	35	33	9	21	1.86

Tables:   1

The End!