Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01003657.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007777_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 91269
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.19, T:0.33
Found at i:7937 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7914--7966 Score: 106
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
7904 ACTGAGGTGT
7914 AGGTATCGATACCAAGAGGA
1 AGGTATCGATACCAAGAGGA
7934 AGGTATCGATACCAAGAGGA
1 AGGTATCGATACCAAGAGGA
7954 AGGTATCGATACC
1 AGGTATCGATACC
7967 GTAATCAGAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 33 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (20 bp):
AGGTATCGATACCAAGAGGA
Found at i:8456 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 8381--8836 Score: 632
Period size: 54 Copynumber: 8.4 Consensus size: 54
8371 TATATTGTAT
** *
8381 TTACCGTATCTACACTATGTGTGTAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* * * *
8435 TTACTGTTTTGGCACTATGTGTGCAACAC-ACA-TAATTCATAATGAGTTTTTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAAC-CTA-AGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* * *
8489 TTACCATATCGGCACTATGTGTGCAACCTGAGGAATTCATAATGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
*
8543 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAATAATTCATAATGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
*
8597 TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAA-GAGTTTTTGTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAG--TTTGTGAA
** * *
8652 TTATGGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCACAATGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* *
8706 TTACCATATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAATTTGTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* * * *
8760 TTACTGTATCGACACTATGTGTGCAACCTACA-TAATTCACAATGAGTTTCTGAA
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTA-AGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
*
8814 TTACCGTATCGGTACTATGTGTG
1 TTACCGTATCGGCACTATGTGTG
8837 AAAATCCACA
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 38, Indels: 16
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
53 5 0.01
54 298 0.84
55 50 0.14
56 3 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (54 bp):
TTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
Found at i:8758 original size:217 final size:216
Alignment explanation
Indices: 8381--8836 Score: 686
Period size: 217 Copynumber: 2.1 Consensus size: 216
8371 TATATTGTAT
* * * *
8381 TTACCGTATCTACACTATGTGTGTAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACTGTTTTG
1 TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACTGTATCG
* * *
8446 GCACTATGTGTGCAACACACATAATTCATAATGAGTTTTTGAATTACCATATCGGCACTATGTGT
66 ACACTATGTGTGCAACACACATAATTCACAATGAGTTTGTGAATTACCATATCGGCACTATGTGT
* * *
8511 GCAACCTGAGGAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAAT
131 GCAACCTAAGGAATTCATAATGAATTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAAT
* *
8576 AATTCATAATGAGTTTGTGAA
196 AATTCACAATGAGTTTCTGAA
8597 TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAA-GAGTTTTTGTGAATTA-TGGTA
1 TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAG--TTTGTGAATTACT-GTA
8660 TCGACACTATGTGTGCAAC-CTA-AGTAATTCACAATGAGTTTGTGAATTACCATATCGGCACTA
63 TCGACACTATGTGTGCAACAC-ACA-TAATTCACAATGAGTTTGTGAATTACCATATCGGCACTA
* *
8723 TGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAATTTGTGAATTACTGTATCGACACTATGTGTGCAACC
126 TGTGTGCAACCTAAGGAATTCATAATGAATTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACC
*
8788 TACATAATTCACAATGAGTTTCTGAA
191 TAAATAATTCACAATGAGTTTCTGAA
**
8814 TTACCGTATCGGTACTATGTGTG
1 TTACCGTATCGACACTATGTGTG
8837 AAAATCCACA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 17, Indels: 9
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
215 3 0.01
216 43 0.20
217 172 0.79
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (216 bp):
TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACTGTATCG
ACACTATGTGTGCAACACACATAATTCACAATGAGTTTGTGAATTACCATATCGGCACTATGTGT
GCAACCTAAGGAATTCATAATGAATTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAAT
AATTCACAATGAGTTTCTGAA
Found at i:15369 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 15307--15760 Score: 644
Period size: 54 Copynumber: 8.4 Consensus size: 53
15297 TATGTTGTAT
*
15307 TTACCGTATCAGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAACGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATC-GCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
*
15361 TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCCACA-TAATTCATAATGA-TTTGTGAA
1 TTACCGTATCG-CACTATGTGTGCAACCTA-AGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* *
15414 TTACCGCATCAACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATC-GCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
*
15468 TTATCGTATCGGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATC-GCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
*
15522 TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTAAA
1 TTACCGTATCG-CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* * *
15576 TTACCGTATCAGTACTATATGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTTAA
1 TTACCGTATC-GCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* *
15630 TTACCCTATCGACATTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATCG-CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* *
15684 TTACCGTATCGACACTATGTGTGCAACCTACA-TAATTCACATTGAGTTTGTGAA
1 TTACCGTATCG-CACTATGTGTGCAACCTA-AGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
* **
15738 TTATCGTATTAACACTATGTGTG
1 TTACCGTA-TCGCACTATGTGTG
15761 AAAAACCAAA
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 26, Indels: 20
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
52 1 0.00
53 50 0.14
54 309 0.85
55 4 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (53 bp):
TTACCGTATCGCACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAA
Found at i:15782 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 15319--15760 Score: 717
Period size: 162 Copynumber: 2.7 Consensus size: 162
15309 ACCGTATCAG
*
15319 CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAACGAGTTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTG
1 CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTG
* *
15384 CAACCCACATAATTCATAATGA-TTTGTGAATTACCGCATCAACACTATGTGTGCAACCTAAGTA
66 CAACCTACATAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCAACACTATGTGTGCAACCTAAGTA
* * *
15448 ATTCATAATGAGTTTGTGAATTATCGTATCGG
131 ATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCCTATCGA
15480 CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTG
1 CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTG
* ** *
15545 CAACCTA-AGTAATTCATAATGAGTTTGTAAATTACCGTATCAGTACTATATGTGCAACCTAAGT
66 CAACCTACA-TAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCAACACTATGTGTGCAACCTAAGT
*
15609 AATTCATAATGAGTTTGTTAATTACCCTATCGA
130 AATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCCTATCGA
*
15642 CATTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTG
1 CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTG
* * * *
15707 CAACCTACATAATTCACATTGAGTTTGTGAATTATCGTATTAACACTATGTGTG
66 CAACCTACATAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCAACACTATGTGTG
15761 AAAAACCAAA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 20, Indels: 5
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 83 0.32
162 173 0.67
163 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
CACTATGTGTGCAACCTAAGTAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCGACACTATGTGTG
CAACCTACATAATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCGTATCAACACTATGTGTGCAACCTAAGTA
ATTCATAATGAGTTTGTGAATTACCCTATCGA
Found at i:16471 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16422--16495 Score: 130
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
16412 GTATGTGGTA
16422 CAACCTCCCGGTTTTAAGGATTCAAAATTTCCAAAT
1 CAACCTCCCGGTTTTAAGGATTCAAAATTTCCAAAT
* *
16458 CAACCTCCTGGTTTTATGGATTCAAAATTTCCAAAT
1 CAACCTCCCGGTTTTAAGGATTCAAAATTTCCAAAT
16494 CA
1 CA
16496 CGTTTTTAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 36 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.24, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (36 bp):
CAACCTCCCGGTTTTAAGGATTCAAAATTTCCAAAT
Found at i:18771 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 18752--18778 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
18742 TTTTCTTTAC
18752 TATACACACACACA
1 TATACACACACACA
18766 TATACACACACAC
1 TATACACACACAC
18779 TGTTTTCTTT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.37, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (14 bp):
TATACACACACACA
Found at i:21302 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 21295--21366 Score: 137
Period size: 2 Copynumber: 36.5 Consensus size: 2
21285 ATGTTGCGTA
21295 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
21337 AT AT AT AT AT AT AT A- AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
21367 GGATTTTTTA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 0, Indels: 2
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.01
2 68 0.99
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:28227 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 28208--28236 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
28198 ATGGAAGATG
28208 TTTAGGAAGTCGTC
1 TTTAGGAAGTCGTC
28222 TTTAGGAAGTCGTC
1 TTTAGGAAGTCGTC
28236 T
1 T
28237 ACATGGATCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.28, T:0.38
Consensus pattern (14 bp):
TTTAGGAAGTCGTC
Found at i:30543 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 30517--30552 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
30507 GAGGTAAAAC
*
30517 TCTCTTCTTTTC-TTTTT
1 TCTCTGCTTTTCATTTTT
30534 TCTCTGCTTTTCATTTTT
1 TCTCTGCTTTTCATTTTT
30552 T
1 T
30553 TTTCGAAAAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.65
18 6 0.35
ACGTcount: A:0.03, C:0.22, G:0.03, T:0.72
Consensus pattern (18 bp):
TCTCTGCTTTTCATTTTT
Found at i:31183 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 31177--31202 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
31167 ATAATAATTA
31177 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
31203 AAAAATATCG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:36474 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 36366--36489 Score: 187
Period size: 64 Copynumber: 1.9 Consensus size: 64
36356 ACTTATTTGA
* *
36366 GCAAAAATTCCAGAATGCAAAGAGGGCATCGATACCCCCCAGGGGTATCC-ATACCCCCTGGAAG
1 GCAAAAATTCCAGAATGCAAAGAGGGCACCGATACCCCCAAGGGGTA-CCAATACCCCCTGGAAG
* * *
36430 GCAAAAATTCTAGAATGCAAAGAGGGTACCGATAGCCCCAAGGGGTACCAATACCCCCTG
1 GCAAAAATTCCAGAATGCAAAGAGGGCACCGATACCCCCAAGGGGTACCAATACCCCCTG
36490 CAGGGGCACC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
63 2 0.04
64 52 0.96
ACGTcount: A:0.34, C:0.28, G:0.23, T:0.15
Consensus pattern (64 bp):
GCAAAAATTCCAGAATGCAAAGAGGGCACCGATACCCCCAAGGGGTACCAATACCCCCTGGAAG
Found at i:39081 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 39026--39147 Score: 138
Period size: 25 Copynumber: 4.9 Consensus size: 25
39016 ATTTTTTAAT
* ** *
39026 GTTTTTTAGATTGGAGTGGTTTAAGG
1 GTTTTTTAGGTTAAAGTGGTTT-TGG
* *
39052 TTTTTTTAGGTCAAAGTGGTTTTGG
1 GTTTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGG
* *
39077 GTTTTTTAGGTGAAAGTGGTCTTGG
1 GTTTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGG
39102 G-TTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGG
1 GTTTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGG
* *
39126 GGTTTTTAAGTTAAAGTGGTTT
1 GTTTTTTAGGTTAAAGTGGTTT
39148 AAGGTTTAGG
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 12, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 22 0.27
25 44 0.53
26 17 0.20
ACGTcount: A:0.18, C:0.02, G:0.32, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
GTTTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGG
Found at i:39153 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 39040--39162 Score: 117
Period size: 25 Copynumber: 5.0 Consensus size: 24
39030 TTTAGATTGG
* *
39040 AGTGGTTTAAGGTTTTTTTAGGTCAA
1 AGTGGTTT-AGG-GTTTTTAGGTTAA
* *
39066 AGTGGTTTTGGGTTTTTTAGGTGAA
1 AGTGGTTTAGGG-TTTTTAGGTTAA
39091 AGTGGTCTT-GGGTTTTTAGGTTAA
1 AGTGGT-TTAGGGTTTTTAGGTTAA
* *
39115 AGTGGTTTTGGGGTTTTTAAGTTAA
1 AGTGG-TTTAGGGTTTTTAGGTTAA
*
39140 AGTGGTTTAAGG--TTTAGGTTAA
1 AGTGGTTTAGGGTTTTTAGGTTAA
39162 A
1 A
39163 TTAAAATGAA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 8, Indels: 12
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.12
24 23 0.27
25 42 0.49
26 10 0.12
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.32, T:0.46
Consensus pattern (24 bp):
AGTGGTTTAGGGTTTTTAGGTTAA
Found at i:39154 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 39040--39162 Score: 153
Period size: 49 Copynumber: 2.5 Consensus size: 49
39030 TTTAGATTGG
* * *
39040 AGTGGTTTAAGGTTTTTTTAGGTCAAAGTGGTTTTGGGTTTTTTAGGTGAA
1 AGTGGTTTAAGG--TTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGGGGTTTTTAAGTGAA
* *
39091 AGTGGTCTT-GGGTTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGGGGTTTTTAAGTTAA
1 AGTGGT-TTAAGGTTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGGGGTTTTTAAGTGAA
39140 AGTGGTTTAAGG--TTTAGGTTAAA
1 AGTGGTTTAAGGTTTTTAGGTTAAA
39163 TTAAAATGAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 6, Indels: 8
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
47 11 0.17
48 2 0.03
49 41 0.64
51 8 0.12
52 2 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.32, T:0.46
Consensus pattern (49 bp):
AGTGGTTTAAGGTTTTTAGGTTAAAGTGGTTTTGGGGTTTTTAAGTGAA
Found at i:39258 original size:28 final size:26
Alignment explanation
Indices: 39213--39303 Score: 103
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 26
39203 GAAACTTTTT
39213 TTAGAAAATACACATACATTTAAAAATA
1 TTAGAAAATACACATACA-TT-AAAATA
*
39241 TTAGAAAATACA-ATTACATTGAAATA
1 TTAGAAAATACACA-TACATTAAAATA
* * *
39267 TTAGAAACAAACACATATATTGAAATA
1 TTAGAAA-ATACACATACATTAAAATA
39294 TTAGAAAATA
1 TTAGAAAATA
39304 ATATTATGCA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 8
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 14 0.25
27 25 0.45
28 17 0.30
ACGTcount: A:0.56, C:0.09, G:0.07, T:0.29
Consensus pattern (26 bp):
TTAGAAAATACACATACATTAAAATA
Found at i:40258 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 40182--40285 Score: 208
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
40172 CTTTTTTTTG
40182 CCAAATAATTCTTGTAGCATAGACTTAAACATCTGAGGTAAGAGTTTGTAA
1 CCAAATAATTCTTGTAGCATAGACTTAAACATCTGAGGTAAGAGTTTGTAA
40233 CCAAATAATTCTTGTAGCATAGACTTAAACATCTGAGGTAAGAGTTTGTAA
1 CCAAATAATTCTTGTAGCATAGACTTAAACATCTGAGGTAAGAGTTTGTAA
40284 CC
1 CC
40286 TAAGCCATAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 53 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (51 bp):
CCAAATAATTCTTGTAGCATAGACTTAAACATCTGAGGTAAGAGTTTGTAA
Found at i:40996 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 40962--41024 Score: 108
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
40952 GTAGGAGACG
*
40962 ATGTATCCATATTATGATTGTATAGTATAA
1 ATGTATCCATATTATGATTGTATAGTAGAA
*
40992 ATGTATCCATATTGTGATTGTATAGTAGAA
1 ATGTATCCATATTATGATTGTATAGTAGAA
41022 ATG
1 ATG
41025 AATACTACAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 31 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (30 bp):
ATGTATCCATATTATGATTGTATAGTAGAA
Found at i:42558 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 42545--42592 Score: 60
Period size: 8 Copynumber: 6.0 Consensus size: 8
42535 GAGATATCAA
42545 TTTGAGAG
1 TTTGAGAG
*
42553 TTTGAGAA
1 TTTGAGAG
42561 TTTGAGAG
1 TTTGAGAG
*
42569 ATTGAGAG
1 TTTGAGAG
**
42577 AATGAGAG
1 TTTGAGAG
42585 TTTGAGAG
1 TTTGAGAG
42593 AATTTGAGTG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 34 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.35, T:0.31
Consensus pattern (8 bp):
TTTGAGAG
Found at i:42562 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 42543--42618 Score: 75
Period size: 16 Copynumber: 4.6 Consensus size: 16
42533 TAGAGATATC
42543 AATTTGAGAGTTTGAG
1 AATTTGAGAGTTTGAG
*
42559 AATTTGAGAGATTGAG
1 AATTTGAGAGTTTGAG
*
42575 AGA-ATGAGAGTTTGAGAG
1 A-ATTTGAGAGTTT--GAG
*
42593 AATTTGAGTGTTTTGA-
1 AATTTGAGAG-TTTGAG
42609 AATTTGAGAG
1 AATTTGAGAG
42619 CATTCTTCAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 10
0.75 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 33 0.67
17 4 0.08
18 9 0.18
19 3 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (16 bp):
AATTTGAGAGTTTGAG
Found at i:42573 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 42543--42618 Score: 86
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 26
42533 TAGAGATATC
42543 AATTTGAGAGTTTGAGAATTTGAGAG
1 AATTTGAGAGTTTGAGAATTTGAGAG
** *
42569 -A-TTGAGAGAATGAGAGTTTGAGAG
1 AATTTGAGAGTTTGAGAATTTGAGAG
*
42593 AATTTGAGTGTTTTGA-AATTTGAGAG
1 AATTTGAGAG-TTTGAGAATTTGAGAG
42619 CATTCTTCAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 7, Indels: 6
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
24 20 0.50
25 2 0.05
26 15 0.38
27 3 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (26 bp):
AATTTGAGAGTTTGAGAATTTGAGAG
Found at i:43031 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42677--43924 Score: 1423
Period size: 170 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
42667 TATTCATCTA
* * * * *
42677 AACTATTCATGTCAAC-CAATAATATGTTTGATGAGACGAGACACTATGACATGGTAGAGATTAT
1 AACTATTCACGTCAACAC-CTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTAT
* * * * *** *
42741 ATGAAAAAGGTTAAAGCACTTCTTATGGGACATGCCTT-CCTTTT-TTCAGAGATTCTCTATATT
65 CTGAAAAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCACCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATT
* * * * *
42804 TTTCAATTAA-AATAGGCCTAATTGATGTTCTCTGTCATGG
130 TTTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
* * *
42844 AAATATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGGCATGGCATAGATTATC
1 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTATC
* * * *
42909 TGAAAAGGGTGAAAACGCTTCTTGTGGGATGCACGTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATTT
66 TGAAAAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCACCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATTT
* *
42974 TTTAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCATGG
131 TTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
* * **
43014 AACTATTCACATCAACACCTTTTATGTTTGATGGGACGAGACACTACAACATGGCAGAGATTATC
1 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTATC
* * * ** * *
43079 TGACAAGGGTGAAAGTGCTTCTTGTGGGACGTTCCTTCCCTTTTCATCAGATATTCTCTATATTT
66 TGAAAAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCACCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATTT
* ***
43144 TTCAGTTAATAATAGCCCTAATTAATGTTCCTATTCAGGG
131 TTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
* * * *
43184 AACTATTCATGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGATGAGACACTATGACAAGGTAGAGATTATC
1 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTATC
* * * ** * * *
43249 TGACAAAGGTGAAATCGCTTCTTGTGAGACGCGTCTTCCCTTTTCGTTAGAGATTTTCTACATTT
66 TGAAAAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCACCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATTT
* * *
43314 TTGAGTTAATAATAGCCTTAATTGATGTTCCCCATCAGGG
131 TTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
* *
43354 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATAACATGGCAAAGATTATC
1 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTATC
* * * **** * *
43419 TGACAAAGGTGAAAGTGCTTCTTGTGGGATGTGGTTTCCCTTTTCGTTAGAGATTCTCTACATTT
66 TGAAAAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCACCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATTT
* * **
43484 TTCAGTTAATAATAGTCCTAATTGATGTTCCCCTTTGGGG
131 TTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
* ** * * * * *
43524 AACCATTCATATCAACACCTATTATTTTTGATAGGATGAGACACTATGGCATGACAGAGATTATC
1 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTATC
* * * * *
43589 T-AACAAAGGTGAAAGCACTTCTTGTGGGGCACACCTTCCCTTTTCGTCAAAGATTCTCTGTATT
66 TGAA-AAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCACCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATT
* * * * *
43653 TTTCAGTTAATAATAACCCTAATAGATGTTTCTCGTCAAGG
130 TTTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
* * *
43694 AACTATTTACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGGCATGGTAGAGATTATC
1 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTATC
* * * *
43759 TAAAAAAGGTGAAAGCGTTTCTTGTGGGACG-ATCCTTCCTTTTTCGTCAGAGA-TCTCTGTATT
66 TGAAAAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCA-CCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATT
* * * * * *
43822 TTTTAATTAATAATAACCCTAAATGATGTTCCCCATCAAGG
130 TTTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
* * * ** *
43863 AACTATTCGCGTCAAGACCTATTATGTTTGATAGGATTAGACACTATGGA-ATGACAGAGATT
1 AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTAT-GACATGGCAGAGATT
43925 TTCTTATCAT
Statistics
Matches: 916, Mismatches: 157, Indels: 14
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
167 81 0.09
168 7 0.01
169 123 0.13
170 703 0.77
171 2 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AACTATTCACGTCAACACCTATTATGTTTGATGGGACGAGACACTATGACATGGCAGAGATTATC
TGAAAAAGGTGAAAGCGCTTCTTGTGGGACGCACCTTCCCTTTTCGTCAGAGATTCTCTATATTT
TTCAGTTAATAATAGCCCTAATTGATGTTCCCCGTCAGGG
Found at i:43992 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 43985--44041 Score: 114
Period size: 2 Copynumber: 28.5 Consensus size: 2
43975 TTGAGATAAT
43985 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
44027 TG TG TG TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG T
44042 ACCACGTGGA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 55 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.49, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:44703 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 44694--47611 Score: 3471
Period size: 4 Copynumber: 726.5 Consensus size: 4
44684 GTTATAATAT
44694 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
44742 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
44790 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
44838 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G
44887 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
44935 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
44983 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45029 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45077 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45125 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45171 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45219 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45266 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45314 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45361 TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45408 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45455 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45503 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45549 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45596 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45644 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45689 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45737 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45785 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45833 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45879 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45927 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
45975 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
46023 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG
46072 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
46119 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
46167 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
46214 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
46260 TATG TATG TATG TATG TATG TGATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
46309 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TAATG TATA TA-C CACGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TA--TG
* * * * ** * * * * * * * *
46357 GA-G CTAGG AAAAAG -GGG AAAGG AAAG -ATTT TCATA TATA TATT TAT-
1 TATG -TATG --TATG TATG -TATG TATG TA-TG T-ATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
46403 TCT- TCT- TCCT- TTTC AACG T-TAG CTCCATAG CTAAGG TGA-G T-TGG
1 TATG TATG T-ATG TATG TATG TAT-G -T--AT-G -T-ATG T-ATG TAT-G
* * * * *
46447 T-TT TCAGCTGG TTAAT- TCTTG AAAT- CATG -AGTGG T-TT TGAT- TGATG
1 TATG T-A--T-G -T-ATG T-ATG -TATG TATG TA-T-G TATG T-ATG T-ATG
* * * * * * ** * * * * * * **
46493 GAGCG TTAGG AAAGG TTATG GAAA TTTA AAGG GATG TA-G AAACT- TAAA
1 TA-TG -TATG -TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TA-TG TATG
* * * * * *
46541 TAAT- TATAAG TTATG GATG -ATTG AATG ATAAG TAAG -AT- TCT- TAATT
1 T-ATG TAT--G -TATG TATG TA-TG TATG -TATG TATG TATG TATG T-ATG
* * * * * *
46587 TAAAG AAT- TATGG TGA-G ATAT- TGAAG ACAATG -ATG TGCTAG AATG
1 T-ATG TATG TAT-G T-ATG -TATG T-ATG --TATG TATG T-AT-G TATG
* * * * * * * *
46632 -ATA AAAG -ATTG T-TA AAGTG AATA TA-G TCGA-G TTTG -ATGG TATG
1 TATG TATG TA-TG TATG TA-TG TATG TATG T--ATG TATG TAT-G TATG
* * * * * * * * * *
46675 AAATG -A-G T-TC TA-A AAGTG GAGTT TAGGTG AAATG T-TG ATAATT TTTT
1 -TATG TATG TATG TATG TA-TG TA-TG TA--TG -TATG TATG -T-ATG TATG
* * * * ** *
46722 TGTGG TA-G GA-G TATA T-TC TGGG T-TG -ATGG TATCG ATACTG GATG
1 TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TAT-G -TA-TG TATG
* * * * * * * * *
46766 -A-G TA-G TAACG ATACTAC AAAG CAATAA TAGG TTATAA TAT- TATG TAGG
1 TATG TATG T-ATG -TA-T-G TATG -TAT-G TATG -TAT-G TATG TATG TATG
* * * * * * * ** * * *
46814 TATCG ATACTG CATG AACAG AATCG ACACCG TAAGG TAAA TACCG AAGGG
1 TAT-G -TA-TG TATG TA-TG TAT-G -TA-TG T-ATG TATG TA-TG TA-TG
*
46864 TTATAA TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 -TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
46913 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
46961 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TA-G TATG TATG T-TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47005 TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47052 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47100 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47148 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47195 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47241 TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47288 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47335 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47383 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47431 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47479 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47526 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
47574 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA
47612 ATGTTATATA
Statistics
Matches: 2612, Mismatches: 149, Indels: 306
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
2 20 0.01
3 103 0.04
4 2356 0.90
5 92 0.04
6 25 0.01
7 9 0.00
8 5 0.00
9 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:49050 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 49026--49103 Score: 68
Period size: 21 Copynumber: 3.7 Consensus size: 21
49016 CCTTCGAGAT
*
49026 ATATATGTGATCCTTTGGAAC
1 ATATATGTGGTCCTTTGGAAC
* *
49047 ATATATGCGGTCCTTTTTTG-AC
1 ATATATGTGGTCC--TTTGGAAC
* **
49069 ATATATTTGGTTATTTGGAAC
1 ATATATGTGGTCCTTTGGAAC
*
49090 ATATATGTTGTCCT
1 ATATATGTGGTCCT
49104 ACGGGATAAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 12, Indels: 6
0.70 0.20 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.10
21 23 0.55
22 11 0.26
23 4 0.10
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.18, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
ATATATGTGGTCCTTTGGAAC
Found at i:55933 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 55858--55934 Score: 84
Period size: 21 Copynumber: 3.6 Consensus size: 21
55848 TCCTTCGGGG
*
55858 CATATATGTGATCCTTTGGAA
1 CATATATGTGGTCCTTTGGAA
* **
55879 CATATATGCGGTTTTTTTTGG-A
1 CATATATGTGG--TCCTTTGGAA
*
55901 CATATATTTGGTCCTTTGGAA
1 CATATATGTGGTCCTTTGGAA
55922 CATATATGTGGTC
1 CATATATGTGGTC
55935 TTACGAGATA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 9, Indels: 6
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.14
21 22 0.50
22 10 0.23
23 6 0.14
ACGTcount: A:0.23, C:0.13, G:0.21, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
CATATATGTGGTCCTTTGGAA
Found at i:57034 original size:108 final size:105
Alignment explanation
Indices: 56836--57048 Score: 381
Period size: 108 Copynumber: 2.0 Consensus size: 105
56826 TTCATGGATG
56836 TTCATTTTTCTTTGCAAGGCTTGCTCTAAATTTTCAATATTTTCATTTTTTTTATCTTCTACTCA
1 TTCATTTTTCTTTGCAAGGCTTGCTCTAAATTTTCAATATTTTCATTTTTTTTATCTTCTACTCA
56901 TGGGCTTGAAGTGAACCCACAAGCTCATCGATTGATATTT
66 TGGGCTTGAAGTGAACCCACAAGCTCATCGATTGATATTT
* *
56941 TTCATTTTTCTTTGCAAGGCTTTCTCTAAATTTTTCAGTATTTTCATTTTTTTTATCTTCTCTAC
1 TTCATTTTTCTTTGCAAGGCTTGCTCTAAA-TTTTCAATATTTTCATTTTTTTTATC-T-TCTAC
57006 TCATGGGCTTGAAGTGAACCCACAAGCTCATCGATTGATATTT
63 TCATGGGCTTGAAGTGAACCCACAAGCTCATCGATTGATATTT
57049 GAGGTAAATC
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 2, Indels: 3
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
105 29 0.28
106 25 0.24
107 1 0.01
108 48 0.47
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (105 bp):
TTCATTTTTCTTTGCAAGGCTTGCTCTAAATTTTCAATATTTTCATTTTTTTTATCTTCTACTCA
TGGGCTTGAAGTGAACCCACAAGCTCATCGATTGATATTT
Found at i:58785 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 58754--58790 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
58744 CCTCTTACAA
58754 ATTTTAAATTTACTTAT
1 ATTTTAAATTTA-TTAT
58771 ATTTTAAATTT-TTAT
1 ATTTTAAATTTATTAT
58786 ATTTT
1 ATTTT
58791 TATTAAATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.45
17 11 0.55
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (16 bp):
ATTTTAAATTTATTAT
Found at i:59776 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 59714--59765 Score: 104
Period size: 2 Copynumber: 26.0 Consensus size: 2
59704 TAGCTGCCCA
59714 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
59756 AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT
59766 TCTCAATATA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 50 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:61297 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 61256--61310 Score: 92
Period size: 29 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28
61246 CGTATAACTC
*
61256 TTTCACTCAAACGCATTTATTTTTGTCG
1 TTTCACTAAAACGCATTTATTTTTGTCG
61284 TTTCATCTAAAACGCATTTATTTTTGT
1 TTTCA-CTAAAACGCATTTATTTTTGT
61311 ACTCGTCCCC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.20
29 20 0.80
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (28 bp):
TTTCACTAAAACGCATTTATTTTTGTCG
Found at i:67184 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 67163--67197 Score: 70
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
67153 CTCGCTCATT
67163 ATTAATTTAATTTTAA
1 ATTAATTTAATTTTAA
67179 ATTAATTTAATTTTAA
1 ATTAATTTAATTTTAA
67195 ATT
1 ATT
67198 TTATAATAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 19 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (16 bp):
ATTAATTTAATTTTAA
Found at i:69615 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 69604--69879 Score: 164
Period size: 2 Copynumber: 144.5 Consensus size: 2
69594 CGACCCTTTT
* *
69604 TA TA TA -A TA TA TA TA T- TA TA TA TT TT TA TA T- TA TA T- TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* *
69642 TA TA GTA TA TT TA TA T- TA TA TA -A TG TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* * * *
69683 TT TA TA TA T- TG TA TA TT TA TA TA T- TC TA TA TA T- TA TA GTA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA
69723 TA CT- TA TA T- TA TA TA GTA TA TA TA TA TA TA TA TCA T- TA TA
1 TA -TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA TA
* * *
69763 TA TT TA TA CA T- TA TA TA TGA TA TA GTA TA TT TA TA T- TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* * * *
69805 TA TA TA T- TT TA TA TA TA GTG TA -A TA TGG TA TA CA TA TA TA T-
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA T-A TA TA TA TA TA TA TA
* *
69846 TA T- TA T- TA TA TA T- TA T- TT TA T- TA TA CA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
69880 TTATCATTTT
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 28, Indels: 62
0.70 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
1 22 0.10
2 178 0.83
3 15 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:69672 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 69606--69820 Score: 212
Period size: 47 Copynumber: 4.6 Consensus size: 46
69596 ACCCTTTTTA
* *
69606 TATAATATATATATTATATATTTTTATATTATATTATATAGTATATT
1 TATATTATATA-ATTATATATTTATATATTATATTATATAGTATATT
*
69653 TATATTATATAATGTATATATATATATATATT-TA-TATATTGTATATT
1 TATATTATATAAT-TATATAT-T-TATATATTATATTATATAGTATATT
* *
69700 TATA-TAT-T--CTATATATTATAGTATACTTATATTATATAGTATATA
1 TATATTATATAATTATATATT-TA-TATA-TTATATTATATAGTATATT
* *
69745 TATATATATATCATTATATATTTATACATTATATATGATATAGTATATT
1 TATAT-TATATAATTATATATTTATATATTATAT-T-ATATAGTATATT
69794 TATATTATAT-A-TATATATTTTATATAT
1 TATATTATATAATTATATA-TTTATATAT
69821 AGTGTAATAT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 10, Indels: 30
0.78 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.03
42 11 0.08
43 2 0.01
44 2 0.01
45 16 0.11
46 11 0.08
47 51 0.36
48 13 0.09
49 25 0.17
50 8 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (46 bp):
TATATTATATAATTATATATTTATATATTATATTATATAGTATATT
Found at i:69712 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 69603--69880 Score: 163
Period size: 7 Copynumber: 39.3 Consensus size: 7
69593 TCGACCCTTT
69603 TTATATAA
1 TTATAT-A
69611 TATATATA
1 T-TATATA
69619 TTATATA
1 TTATATA
*
69626 TTTTTATA
1 -TTATATA
69634 TTATATTA
1 TTATA-TA
69642 TATAGTATA
1 T-TA-TATA
69651 TT-TATA
1 TTATATA
69657 TTATATAA
1 TTATAT-A
69665 TGTATATA
1 T-TATATA
69673 -TATATA
1 TTATATA
69679 -TATAT-
1 TTATATA
69684 TTATATA
1 TTATATA
*
69691 TTGTATA
1 TTATATA
69698 TTTATATA
1 -TTATATA
69706 TTCTATATA
1 -T-TATATA
69715 TTATAGTA
1 TTATA-TA
69723 -TACTTATA
1 TTA--TATA
69731 TTATATA
1 TTATATA
*
69738 GTATATA
1 TTATATA
69745 -TATATA
1 TTATATA
69751 -TATATCA
1 TTATAT-A
69758 TTATATA
1 TTATATA
*
69765 TTTATACA
1 -TTATATA
69773 TTATATA
1 TTATATA
*
69780 TGATATA
1 TTATATA
*
69787 --GTATA
1 TTATATA
69792 TT-TATA
1 TTATATA
69798 TTATATA
1 TTATATA
69805 -TATATA
1 TTATATA
*
69811 TTTTATA
1 TTATATA
*
69818 -TATAGTG
1 TTATA-TA
* *
69825 TAATATG
1 TTATATA
* *
69832 GTATACA
1 TTATATA
69839 -TATATA
1 TTATATA
69845 TTAT-TA
1 TTATATA
69851 TTATATA
1 TTATATA
*
69858 TTATTTTA
1 TTA-TATA
*
69866 TTATACA
1 TTATATA
69873 -TATATA
1 TTATATA
69879 TT
1 TT
69881 TATCATTTTT
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 22, Indels: 59
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.02
6 64 0.29
7 75 0.34
8 49 0.22
9 25 0.11
10 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (7 bp):
TTATATA
Found at i:69720 original size:74 final size:71
Alignment explanation
Indices: 69604--69879 Score: 270
Period size: 72 Copynumber: 4.0 Consensus size: 71
69594 CGACCCTTTT
* * *
69604 TATATA-ATATATATATTATATATTTTTATATTATATTATATAGTATATTTATATTATATAATGT
1 TATATATATTTATATATTGTATATTTATATATTATATTATATAGTATATTTATATTATAT-ATGT
69668 ATATATA
65 ATATATA
* *
69675 TATATATATTTATATATTGTATATTTATATATTCTATATATTATAGTATACTTATATTATATA-G
1 TATATATATTTATATATTGTATATTTATATATTATAT-TA-TATAGTATATTTATATTATATATG
69739 TATATATA
64 TATATATA
* * *
69747 TATATATATCATTATATATT-TATA--CAT-TA-TATATGATATAGTATATTTATATTATATATA
1 TATATATAT--TTATATATTGTATATTTATATATTATATTATATAGTATATTTATATTATATATG
*
69807 TATAT-TT
64 TATATATA
* * ** * *
69814 TATATATAGTGTA-ATATGGTATACATATATATTATTATTATATA-T-TATTT-TATTATACATA
1 TATATATA-TTTATATATTGTATATTTATATATTA-TATTATATAGTATATTTATATTATATATG
69875 TATAT
64 TATAT
69880 TTATCATTTT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 16, Indels: 29
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
65 4 0.02
66 6 0.03
67 30 0.17
68 24 0.14
69 11 0.06
70 5 0.03
71 16 0.09
72 44 0.25
73 7 0.04
74 29 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (71 bp):
TATATATATTTATATATTGTATATTTATATATTATATTATATAGTATATTTATATTATATATGTA
TATATA
Found at i:69870 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 69613--69866 Score: 88
Period size: 13 Copynumber: 19.2 Consensus size: 13
69603 TTATATAATA
69613 TATATATTATATATT
1 TATATATTAT-TA-T
*
69628 TTTATATTA-TAT
1 TATATATTATTAT
*
69640 TATATAGTA-TAT
1 TATATATTATTAT
69652 T-TATATTATATAAT
1 TATATATTAT-T-AT
69666 GTATATA-TA-TA-
1 -TATATATTATTAT
69677 TATATATTTATATAT
1 TATATA-TTAT-TAT
*
69692 TGTATATTTATATAT
1 TATATA-TTAT-TAT
*
69707 TCTATA-TATTA-
1 TATATATTATTAT
69718 TAGTATACTTA-TAT
1 TA-TATA-TTATTAT
*
69732 TATATAGTA-TAT
1 TATATATTATTAT
*
69744 ATATATATATATCAT
1 -TATATAT-TATTAT
*
69759 TATATATTTATACAT
1 TATATA-TTAT-TAT
* *
69774 TATATATGATATAG
1 TATATATTAT-TAT
69788 TATAT-TTA-TAT
1 TATATATTATTAT
69799 TATATA-TATATAT
1 TATATATTAT-TAT
* * *
69812 TTTATATATAGTGT
1 TATATAT-TATTAT
* ** *
69826 AATATGGTA-TACA
1 TATATATTATTA-T
69839 TATATATTATTAT
1 TATATATTATTAT
69852 TATATATTATT-T
1 TATATATTATTAT
69864 TAT
1 TAT
69867 TATACATATA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 28, Indels: 55
0.69 0.10 0.21
Matches are distributed among these distances:
10 6 0.03
11 16 0.09
12 31 0.17
13 48 0.26
14 36 0.19
15 44 0.24
16 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (13 bp):
TATATATTATTAT
Found at i:71163 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 71094--71163 Score: 79
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
71084 CGCTTTTGAC
* *
71094 ATTTTTTTTCCTTTCAAAATTTAACATTTTTTTT
1 ATTTTGTTTCCTTTCAAAATTTAACATTTTATTT
* * *
71128 ATTTTGTTTCTTTTTAAAA-TTAATATCTTTATTT
1 ATTTTGTTTCCTTTCAAAATTTAACAT-TTTATTT
71162 AT
1 AT
71164 ATTATTTATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 2
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.20
34 24 0.80
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.01, T:0.64
Consensus pattern (34 bp):
ATTTTGTTTCCTTTCAAAATTTAACATTTTATTT
Found at i:73106 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 73048--73420 Score: 475
Period size: 54 Copynumber: 6.9 Consensus size: 53
73038 CTATACGGTC
* *
73048 GTTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTGTACACATAGTGCATGTACAGTT
1 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTAC-GTT
* *
73102 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCTTGTATAGTT
1 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTA-CGTT
* *
73156 GTTCATCAACACATGATGAATTTCGT-GAGTTGCACACATAGTGCCTGTACGGTT
1 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGA-TTGCACACATAGTGCATGTAC-GTT
* * *
73210 GTTCATCAACACATGATGAA-TTC-TATGAGTTGCACACATAGTGCATGTACGGTA
1 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGT-GGA-TTGCACACATAGTGCATGTAC-GTT
* * * *
73264 GTTCATCAACACATGATGAATTTCGT-GAGTTGCACACATGGTGCATGTGCGACT
1 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGA-TTGCACACATAGTGCATGTACG-TT
*
73318 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCTTGTACGATT
1 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTACG-TT
* * *
73372 GATCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTGCACACATAGTGCTTGTA
1 GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTA
73421 TTACACAGAG
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 20, Indels: 18
0.88 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
52 1 0.00
53 6 0.02
54 277 0.96
55 5 0.02
56 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (53 bp):
GTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTACGTT
Found at i:73299 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 73032--73420 Score: 543
Period size: 162 Copynumber: 2.4 Consensus size: 162
73022 TTAAGATGCG
* * *
73032 TAGTGCCTATACGGTCGTTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTGTACACATAGTGCATGTA
1 TAGTGCCTGTACGGTTGTTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTA
* * * * *
73097 CAGTTGTTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCTTGT-ATAGTTGTTCA
66 CAGTAGTTCATCAACACATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTGAGA-CTGTTCA
73161 TCAACACATGATGAATTTCGT-GAGTTGCACACA
130 TCAACACATGATGAATTTCGTGGA-TTGCACACA
* **
73194 TAGTGCCTGTACGGTTGTTCATCAACACATGATGAATTCTAT-GAGTTGCACACATAGTGCATGT
1 TAGTGCCTGTACGGTTGTTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGA-TTGCACACATAGTGCATGT
* * *
73258 ACGGTAGTTCATCAACACATGATGAATTTCGT-GAGTTGCACACATGGTGCATGTGCGACTGTTC
65 ACAGTAGTTCATCAACACATGATGAATTTCGTGGA-TTGCACACATAGTGCATGTGAGACTGTTC
*
73322 ATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTGCACACA
129 ATCAACACATGATGAATTTCGTGGATTGCACACA
* * * *
73356 TAGTGCTTGTACGATTGATCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTGCACACATAGTGCTTGTA
1 TAGTGCCTGTACGGTTGTTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTA
73421 TTACACAGAG
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 22, Indels: 10
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.02
162 191 0.95
163 5 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (162 bp):
TAGTGCCTGTACGGTTGTTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTA
CAGTAGTTCATCAACACATGATGAATTTCGTGGATTGCACACATAGTGCATGTGAGACTGTTCAT
CAACACATGATGAATTTCGTGGATTGCACACA
Found at i:74451 original size:19 final size:22
Alignment explanation
Indices: 74427--74478 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
74417 CAGAAATGGC
*
74427 ATCGATACCGT-A-ATAG-AGT
1 ATCGATACCATAATATAGTAGT
74446 ATCGATACCATAATATAGTAGT
1 ATCGATACCATAATATAGTAGT
74468 ATCGATACCAT
1 ATCGATACCAT
74479 TGTAAGGGTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.34
20 1 0.03
21 4 0.14
22 14 0.48
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.15, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
ATCGATACCATAATATAGTAGT
Found at i:74893 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 74829--75489 Score: 820
Period size: 54 Copynumber: 12.2 Consensus size: 54
74819 GTACTACAGA
* * *
74829 CACTATGTGTGCAA-TCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGATCAATCGTACAAG
1 CACTATGTGTGCAACT-CACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
** *
74883 CACTATGTGTGCAA-TCCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAGTCGTACATG
1 CACTATGTGTGCAACT-CACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
* * *
74937 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGTGTTGATGAACTACCGTACATG
1 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
* * *
74991 CACTATGTGTGCAACTCA-TAGAATTCATCATGTGTTGATGAACAACCGTACAGG
1 CACTATGTGTGCAACTCACGA-AATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
* *
75045 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGTGTTGATGAACAACTGTACAAG
1 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
75099 CACTATGTGTGCAA-TCCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACATA-
1 CACTATGTGTGCAACT-CACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACA-AG
* * * *
75153 CACTATGTGTACAA-TCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAACAGCCGTACATG
1 CACTATGTGTGCAACT-CACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
* * *
75207 CACTATGTGTGCAACTCACAAAATTCATCAT-ATGTTGATGAACTACCGTACATG
1 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGA-GTTGATGAACAACCGTACAAG
* * * *
75261 CACTATGTGTGCAACTCATGGAATTCATCATGTGTTGATGAACAACCGTACAGG
1 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
*
75315 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGTA-TTGATGAACAACTGTACAAG
1 CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATG-AGTTGATGAACAACCGTACAAG
** * * * *
75369 CACTATGTGTTTAACTCAC-AGAATTCATCATGAGTCGATGAAGAATCGTACAGG
1 CACTATGTGTGCAACTCACGA-AATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
* * * * *
75423 CACTATGTGTGCAAC-CAACGGAATTCATCATGAGTTGATGAACGACCATATAGG
1 CACTATGTGTGCAACTC-ACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
*
75477 CACTATCTGTGCA
1 CACTATGTGTGCA
75490 TCTTAAAAAA
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 53, Indels: 28
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
53 6 0.01
54 530 0.98
55 4 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (54 bp):
CACTATGTGTGCAACTCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAACAACCGTACAAG
Found at i:87754 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 87729--87807 Score: 106
Period size: 22 Copynumber: 3.6 Consensus size: 22
87719 AGAGGTACCT
87729 ATACCCCTATGAATGGGTATCA
1 ATACCCCTATGAATGGGTATCA
* *
87751 ATACCCCCTATAAATGGGTACCA
1 ATA-CCCCTATGAATGGGTATCA
* *
87774 ATACCCCAATGAAAGGGTATCA
1 ATACCCCTATGAATGGGTATCA
87796 ATACCCC-ATGAA
1 ATACCCCTATGAA
87808 GGCTCAAATT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 3
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.10
22 25 0.50
23 20 0.40
ACGTcount: A:0.37, C:0.27, G:0.15, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
ATACCCCTATGAATGGGTATCA
Found at i:87766 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 87732--87802 Score: 92
Period size: 23 Copynumber: 3.1 Consensus size: 23
87722 GGTACCTATA
*
87732 CCCCTATGAATGGGTATCAATAC
1 CCCCTATAAATGGGTATCAATAC
*
87755 CCCCTATAAATGGGTACCAATA-
1 CCCCTATAAATGGGTATCAATAC
*
87777 CCCCAATGAAA-GGGTATCAATAC
1 CCCCTAT-AAATGGGTATCAATAC
87800 CCC
1 CCC
87803 ATGAAGGCTC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 4
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 16 0.38
23 26 0.62
ACGTcount: A:0.34, C:0.30, G:0.15, T:0.21
Consensus pattern (23 bp):
CCCCTATAAATGGGTATCAATAC
Found at i:88693 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 88667--88740 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
88657 AAGCCTTCAC
88667 GGGGTATTGATACCCTTTCATA
1 GGGGTATTGATACCCTTTCATA
* * * *
88689 AGGGTATCGGTACCCATTCATA
1 GGGGTATTGATACCCTTTCATA
88711 GGGGGTATTGATA-CCTATTCATA
1 -GGGGTATTGATACCCT-TTCATA
88734 GGGGTAT
1 GGGGTAT
88741 CGGTACCTCT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 4
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 27 0.64
23 15 0.36
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
GGGGTATTGATACCCTTTCATA
Found at i:88725 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 88667--88737 Score: 90
Period size: 23 Copynumber: 3.1 Consensus size: 23
88657 AAGCCTTCAC
*
88667 GGGGTATTGATACCCTTTCATA-
1 GGGGTATTGATACCCATTCATAG
* * *
88689 AGGGTATCGGTACCCATTCATAG
1 GGGGTATTGATACCCATTCATAG
*
88712 GGGGTATTGATACCTATTCATAG
1 GGGGTATTGATACCCATTCATAG
88735 GGG
1 GGG
88738 TATCGGTACC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 1
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.45
23 22 0.55
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (23 bp):
GGGGTATTGATACCCATTCATAG
Found at i:88747 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 88683--88748 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
88673 TTGATACCCT
* *
88683 TTCATAAGGGTATCGGTACCCA
1 TTCATAGGGGTATCGGTACCTA
* *
88705 TTCATAGGGGGTATTGATACCTA
1 TTCATA-GGGGTATCGGTACCTA
88728 TTCATAGGGGTATCGGTACCT
1 TTCATAGGGGTATCGGTACCT
88749 CTTAATATTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 2
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 19 0.51
23 18 0.49
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
TTCATAGGGGTATCGGTACCTA
Done.