Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01003660.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007792_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 174110
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.17, T:0.33
Found at i:4462 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 4427--4492 Score: 73
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
4417 GAAAAAAGAG
* *
4427 GAGTGATTCTATTTTAGC-ATTAGAAAA-ACTA
1 GAGTGATTATATCTTAGCTATT-GAAAAGA-TA
*
4458 GAGTGGTTATATCTTAGCTATTGAAAAGATA
1 GAGTGATTATATCTTAGCTATTGAAAAGATA
4489 GAGT
1 GAGT
4493 TGTAAGGTTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 26 0.87
32 4 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
GAGTGATTATATCTTAGCTATTGAAAAGATA
Found at i:9871 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9859--9906 Score: 53
Period size: 9 Copynumber: 5.4 Consensus size: 9
9849 TTTTTTGAAA
*
9859 TTTTGGCTT
1 TTTTGTCTT
*
9868 TTTTGTTTT
1 TTTTGTCTT
*
9877 TTTTGTTTT
1 TTTTGTCTT
*
9886 TTTTGCCTT
1 TTTTGTCTT
9895 TTTTGT-TT
1 TTTTGTCTT
9903 TTTT
1 TTTT
9907 TTTTTGAAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
8 6 0.18
9 28 0.82
ACGTcount: A:0.00, C:0.06, G:0.12, T:0.81
Consensus pattern (9 bp):
TTTTGTCTT
Found at i:9877 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9847--9907 Score: 79
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
9837 TCATTTGCAA
*
9847 TTTTTTTTG-AAATTTTGGCTTTTTTG
1 TTTTTTTTGTAAATTTTGCCTTTTTTG
***
9873 TTTTTTTTGTTTTTTTTGCCTTTTTTG
1 TTTTTTTTGTAAATTTTGCCTTTTTTG
9900 TTTTTTTT
1 TTTTTTTT
9908 TTTTGAAAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 1
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.30
27 21 0.70
ACGTcount: A:0.05, C:0.05, G:0.11, T:0.79
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTTTTGTAAATTTTGCCTTTTTTG
Found at i:9907 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9866--9911 Score: 67
Period size: 9 Copynumber: 5.2 Consensus size: 9
9856 AAATTTTGGC
9866 TTTTTTGTT
1 TTTTTTGTT
9875 TTTTTTGTT
1 TTTTTTGTT
**
9884 TTTTTTGCC
1 TTTTTTGTT
9893 TTTTTTGTT
1 TTTTTTGTT
9902 TTTTTT-TT
1 TTTTTTGTT
9910 TT
1 TT
9912 GAAAAAAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 1
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.12
9 29 0.88
ACGTcount: A:0.00, C:0.04, G:0.09, T:0.87
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTGTT
Found at i:15200 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15170--15213 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
15160 CAAAATATTA
*
15170 TGTATTGTAACTAG-GTTTTTTT
1 TGTACTGTAACT-GTGTTTTTTT
15192 TGTACTGTAACTGTGTTTTTTT
1 TGTACTGTAACTGTGTTTTTTT
15214 AACTATTTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.05
22 19 0.95
ACGTcount: A:0.16, C:0.07, G:0.18, T:0.59
Consensus pattern (22 bp):
TGTACTGTAACTGTGTTTTTTT
Found at i:16387 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 16340--16499 Score: 225
Period size: 44 Copynumber: 3.7 Consensus size: 44
16330 ACCTTTTATG
*
16340 CCAATAATGCATTGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTT-TA
1 CCAATAATGCATCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
* *
16383 GCCAATAATGCATCGTTATGCATTTTCATTTATGACACCTTTCTA
1 -CCAATAATGCATCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
* *
16428 CTAATAATGCATCATTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
1 CCAATAATGCATCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
* * *
16472 CCAATAACGC-GCCTTATGCATTTTCATT
1 CCAATAATGCATCGTTATGCATTTTCATT
16500 AATTTTAGAG
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 11, Indels: 3
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 16 0.15
44 86 0.83
45 2 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (44 bp):
CCAATAATGCATCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
Found at i:21350 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 21302--21509 Score: 299
Period size: 44 Copynumber: 4.7 Consensus size: 44
21292 ACCTTTTATG
* *
21302 CCAATAATGCACTGTTATGCATTTTCATTTATGGCACCTTTCTA
1 CCAATAATGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
* * * *
21346 CCAATAATGCACAGTTATGCTTTTTCATTTATGGCACTTTTCTG
1 CCAATAATGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
* * *
21390 CCAATAGTGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGACACATTTCTT
1 CCAATAATGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
* *
21434 CTAATAATGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTG
1 CCAATAATGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
* *
21478 CCAATAATGCACTGTTATACATTTTCATTTAT
1 CCAATAATGCACCGTTATGCATTTTCATTTAT
21510 TTTAGAGCAG
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 17, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 147 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (44 bp):
CCAATAATGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGGCACATTTCTA
Found at i:21421 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 21288--21509 Score: 336
Period size: 88 Copynumber: 2.5 Consensus size: 88
21278 ATATCATGAG
* * *
21288 TGGCACCTTTTATGCCAATAATGCACTGTTATGCATTTTCATTTATGGCACCTTTCTACCAATAA
1 TGGCA-CTTTTCTGCCAATAATGCACTGTTATGCATTTTCATTTATGACACATTTCTACCAATAA
*
21353 TGCACAGTTATGCTTTTTCATTTA
65 TGCACAGTTATGCATTTTCATTTA
* * * *
21377 TGGCACTTTTCTGCCAATAGTGCACCGTTATGCATTTTCATTTATGACACATTTCTTCTAATAAT
1 TGGCACTTTTCTGCCAATAATGCACTGTTATGCATTTTCATTTATGACACATTTCTACCAATAAT
*
21442 GCACCGTTATGCATTTTCATTTA
66 GCACAGTTATGCATTTTCATTTA
* *
21465 TGGCACATTTCTGCCAATAATGCACTGTTATACATTTTCATTTAT
1 TGGCACTTTTCTGCCAATAATGCACTGTTATGCATTTTCATTTAT
21510 TTTAGAGCAG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 13, Indels: 1
0.90 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
88 115 0.96
89 5 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (88 bp):
TGGCACTTTTCTGCCAATAATGCACTGTTATGCATTTTCATTTATGACACATTTCTACCAATAAT
GCACAGTTATGCATTTTCATTTA
Found at i:23332 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 23290--23368 Score: 158
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 38
23280 TTAAAATAAG
23290 CAAGGCAATTACAAGCGTTTATTCAAATATATTCAAAA
1 CAAGGCAATTACAAGCGTTTATTCAAATATATTCAAAA
23328 CAAGGCAATTACAAGCGTTTATTCAAATATATTCAAAA
1 CAAGGCAATTACAAGCGTTTATTCAAATATATTCAAAA
23366 CAA
1 CAA
23369 CCTCACATAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 41 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.16, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (38 bp):
CAAGGCAATTACAAGCGTTTATTCAAATATATTCAAAA
Found at i:42736 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42729--42805 Score: 154
Period size: 2 Copynumber: 38.5 Consensus size: 2
42719 CATTAAAATA
42729 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
42771 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
42806 CATTAAACAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 75 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:43560 original size:186 final size:182
Alignment explanation
Indices: 43193--43591 Score: 631
Period size: 186 Copynumber: 2.2 Consensus size: 182
43183 TTTTCTAATT
* * *
43193 TATATAA-AAATTAAATAATTTTTAATTCAAAAAAATAGTTTCTAATTAATTTAAATAATATATA
1 TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTCAAAAAAATAGTTTCTAATTAATTTAAATAATATATA
43257 ATTATAAAATAAAAATTTTATATAAAGTTTTTAATTAATATTGATTTAGGTTTAAAAGTTATTGG
66 ATTATAAAATAAAAATTTTATATAAAGTTTTTAATTAATATTGATTTAGGTTTAAAAGTTATTGG
* *
43322 ATCTTAAATTATTAATTGGGTTTTAAATGGTTTGGGTTGAACCCATATGTTA
131 ATCTTAAATTATTAATTGAGTTTTAAATGGTTTGGGCTGAACCCATATGTTA
43374 TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTCAAAAAAATAGTTTAC-AATTAATTTAAATAATATAT
1 TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTCAAAAAAATAGTTT-CTAATTAATTTAAATAATATAT
* *
43438 AATTATAAAATATAAATTTTATATAAAATTTTTAATTAATTAATATTGATTTAGGTTTAAAAGTT
65 AATTATAAAATAAAAATTTTATAT-AAA-GTTT--TTAATTAATATTGATTTAGGTTTAAAAGTT
* *
43503 ATTGTATCTTAAATTATTAATTGAGTTTTAAATGGTTTGGGCTGAGCCCATATGTTA
126 ATTGGATCTTAAATTATTAATTGAGTTTTAAATGGTTTGGGCTGAACCCATATGTTA
*
43560 TATATAATATATTTAATAATTTGGTTAATTCA
1 TATATAATATATTTAAT-ATTT-TTTAATTCA
43592 GTTAATTAAC
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 10, Indels: 9
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
181 7 0.04
182 74 0.37
183 4 0.02
184 3 0.01
186 100 0.50
187 4 0.02
188 8 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (182 bp):
TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTCAAAAAAATAGTTTCTAATTAATTTAAATAATATATA
ATTATAAAATAAAAATTTTATATAAAGTTTTTAATTAATATTGATTTAGGTTTAAAAGTTATTGG
ATCTTAAATTATTAATTGAGTTTTAAATGGTTTGGGCTGAACCCATATGTTA
Found at i:62165 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 62109--62642 Score: 587
Period size: 55 Copynumber: 9.9 Consensus size: 55
62099 TGGCGGGTCT
* * * ** *
62109 GCTCCCTATTCTTTCAGGGAGTATA-AGACTCAAACAATCTTCGGCAAACGTGTCT
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGA-ACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCC
** * * * * *
62164 GCTCCCTATTCAGTCAGGGAGTATAAAACTTGAACAATCTTCAATAAAACGGGTCC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAA-CAAACGTGTCC
* * * *
62220 GCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGAACTCGGAA-AATCTTCAATAAACGGGTCC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTC-GAACAATCTTCAACAAACGTGTCC
* *
62275 GCTCCCTATTCGTTCAGGGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCATA-AAACGTGTCC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCA-ACAAACGTGTCC
* * *
62330 GCTCTCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACGAACTTGTCC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCC
* * * *
62385 GCTCCCTATTCTTTCAGAGAGTATAGGACT----CAATCTTCAACGAACTTGTCC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCC
* * *
62436 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGGACT----CAATCTTCAACGAACTTGTCC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCC
* * * *
62487 GTTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGGACT----CAATCTTTAACAAACGTGTTC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCC
* *
62538 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAGCAATCTTCATA-AAACGGGTCC
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCA-ACAAACGTGTCC
*
62593 GCTCTCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACG
1 GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACG
62643 AGTTTGCTTC
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 43, Indels: 24
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
51 145 0.34
54 5 0.01
55 227 0.54
56 44 0.10
57 3 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (55 bp):
GCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCC
Found at i:62260 original size:111 final size:109
Alignment explanation
Indices: 62102--62635 Score: 445
Period size: 102 Copynumber: 5.0 Consensus size: 109
62092 CTTCAAATGG
* * * * * * ** *
62102 CGGGTCTGCTCCCTATTCTTTCAGGGAGTATA-AGACTCAAACAATCTTCGGCAAACGTGTCTGC
1 CGGGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGA-ACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCCGC
*
62166 TCCCTATTCAGTCAGGGAGTATAAAACTTGAACAATCTTCAATAAAA
65 TCCCTATTC-GTCAGGGAGTATAAAACTCGAACAATCTTC-ATAAAA
* *
62213 CGGGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGAACTCGGAA-AATCTTCAATAAACGGGTCCGC
1 CGGGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGAACTC-GAACAATCTTCAACAAACGTGTCCGC
*
62277 TCCCTATTCGTTCAGGGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCATAAAA
65 TCCCTATTCG-TCAGGGAGTATAAAACTCGAACAATCTTCATAAAA
* * * *
62323 CGTGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCAACGAACTTGTCCGCT
1 CGGGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCCGCT
* * ** *
62388 CCCTATTCTTTCAGAGAGTATAGGACT----CAATCTTCA-ACGAA
66 CCCTATTC-GTCAGGGAGTATAAAACTCGAACAATCTTCATA-AAA
** * * * * * *
62429 CTTGTCCGCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGGACT----CAATCTTCAACGAACTTGTCCGTT
1 CGGGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCCGCT
* * ** *
62490 CCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGGACT----CAATCTTTA-ACAAA
66 CCCTATT-CGTCAGGGAGTATAAAACTCGAACAATCTTCATA-AAA
* * * * * *
62531 CGTGTTCGCTCCCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAGCAATCTTCATA-AAACGGGTCCGC
1 CGGGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGAACTCGAACAATCTTCA-ACAAACGTGTCCGC
* * * *
62595 TCTCTATTCCTTCAGAGAGTATAGAACTCGAACAATCTTCA
65 TCCCTATT-CGTCAGGGAGTATAAAACTCGAACAATCTTCA
62636 ACAAACGAGT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 39, Indels: 33
0.84 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
102 94 0.26
103 1 0.00
105 1 0.00
106 88 0.24
107 1 0.00
109 3 0.01
110 93 0.25
111 84 0.23
112 3 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (109 bp):
CGGGTCCGCTCTCTATTCCTTCAGAGAATATAGAACTCGAACAATCTTCAACAAACGTGTCCGCT
CCCTATTCGTCAGGGAGTATAAAACTCGAACAATCTTCATAAAA
Found at i:62692 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 62645--62751 Score: 151
Period size: 36 Copynumber: 2.9 Consensus size: 36
62635 AACAAACGAG
62645 TTTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAGATGA
1 TTTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAGATGA
* *
62681 TTTGCTTCACTACTCTTCCGTGAAGGCTTAAGTTTGA
1 TTTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAG-ATGA
* ** *
62718 ATTGCTTCACTGGTCTTTCATGAAGGCTTAAGAT
1 TTTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAGAT
62752 TGACCTGTTT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 8, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 32 0.52
37 30 0.48
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
TTTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAGATGA
Found at i:62742 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 62646--62754 Score: 146
Period size: 37 Copynumber: 3.0 Consensus size: 36
62636 ACAAACGAGT
* *
62646 TTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAGATGAT
1 TTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAGTTGAA
*
62682 TTGCTTCACTACTCTTCCGTGAAGGCTTAAGTTTGAA
1 TTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAG-TTGAA
** *
62719 TTGCTTCACTGGTCTTTCATGAAGGCTTAAGATTGA
1 TTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAG-TTGA
62755 CCTGTTTTGA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
36 30 0.47
37 34 0.53
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
TTGCTTCACTACTCTTTCGTGAAGGCTTAAGTTGAA
Found at i:64097 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 64063--64133 Score: 67
Period size: 26 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
64053 TTTTCTTCCC
64063 TTTTC-CATTTTTTTCTTTTCGT-T
1 TTTTCTCATTTTTTTCTTTTC-TAT
64086 TTTTCCATCATTTTTCTT-TTTTCTCAT
1 TTTT-C-TCATTTTT-TTCTTTTCT-AT
64113 TTTTCTCATTTTTTCTCTTTT
1 TTTTCTCATTTTTT-TCTTTT
64134 ATTTATTCTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 13
0.75 0.00 0.25
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.10
24 2 0.05
25 10 0.25
26 17 0.43
27 7 0.17
ACGTcount: A:0.07, C:0.20, G:0.01, T:0.72
Consensus pattern (24 bp):
TTTTCTCATTTTTTTCTTTTCTAT
Found at i:64106 original size:19 final size:16
Alignment explanation
Indices: 64028--64118 Score: 64
Period size: 19 Copynumber: 5.5 Consensus size: 16
64018 CCCTCCTTTT
*
64028 ATTTCTCTTTTTT-TC
1 ATTTTTCTTTTTTCTC
64043 ATTTTTCATTTTTTCTTCC
1 ATTTTTC-TTTTTTC-T-C
* *
64062 CTTTTCCATTTTTT-TC
1 ATTTTTC-TTTTTTCTC
64078 --TTTTCGTTTTTTCCATC
1 ATTTTTC-TTTTTT-C-TC
64095 ATTTTTCTTTTTTCTC
1 ATTTTTCTTTTTTCTC
64111 ATTTTTCT
1 ATTTTTCT
64119 CATTTTTTCT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 5, Indels: 17
0.74 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.16
15 6 0.10
16 17 0.27
17 4 0.06
18 7 0.11
19 18 0.29
ACGTcount: A:0.08, C:0.21, G:0.01, T:0.70
Consensus pattern (16 bp):
ATTTTTCTTTTTTCTC
Found at i:64117 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 64093--64125 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 3.9 Consensus size: 9
64083 GTTTTTTCCA
64093 TCATTTTTC
1 TCATTTTTC
64102 T--TTTTTC
1 TCATTTTTC
64109 TCATTTTTC
1 TCATTTTTC
64118 TCATTTTT
1 TCATTTTT
64126 TCTCTTTTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
7 7 0.32
9 15 0.68
ACGTcount: A:0.09, C:0.18, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (9 bp):
TCATTTTTC
Found at i:64133 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 64096--64133 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 4.2 Consensus size: 9
64086 TTTTCCATCA
64096 TTTT-TCTT
1 TTTTCTCTT
*
64104 TTTTCTCAT
1 TTTTCTCTT
64113 TTTTCTCATT
1 TTTTCTC-TT
64123 TTTTCTCTT
1 TTTTCTCTT
64132 TT
1 TT
64134 ATTTATTCTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.15
9 14 0.54
10 8 0.31
ACGTcount: A:0.05, C:0.18, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (9 bp):
TTTTCTCTT
Found at i:73838 original size:45 final size:47
Alignment explanation
Indices: 73771--73869 Score: 132
Period size: 45 Copynumber: 2.1 Consensus size: 47
73761 TGTTATCCAC
*
73771 AAAAAGAAATCCTAACCTCATGATATCTAATTCGCATGC-TTATTCA
1 AAAAATAAATCCTAACCTCATGATATCTAATTCGCATGCATTATTCA
* *
73817 AAAAATAAA-CCTAA-CTGCATGATATCTAGTTCGCATGCATTTATTCG
1 AAAAATAAATCCTAACCT-CATGATATCTAATTCGCATGCA-TTATTCA
73864 AAAAAT
1 AAAAAT
73870 GAAAATAAAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 5
0.85 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.04
45 25 0.53
46 8 0.17
47 12 0.26
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.10, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
AAAAATAAATCCTAACCTCATGATATCTAATTCGCATGCATTATTCA
Found at i:79887 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 79880--79904 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
79870 TAGGTCATTA
79880 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
79905 ATAATAATGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:88185 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 88000--88416 Score: 626
Period size: 106 Copynumber: 3.9 Consensus size: 106
87990 GGTTTATTGT
* *
88000 TCCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATT-GAGAAGTTGTTTGTTGACAACCAGCGGTC
1 TCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGGA-AAGTTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
88064 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATA
65 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATA
*
88106 TCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGGAAAGTTGTTTATTGATAACCAGCGGTCC
1 TCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGGAAAGTTGTTTATTGACAACCAGCGGTCC
* *
88171 CTTCGTCGTGAAGTTAAACTTGTGTTGTCTGGAGTCCAATA
66 CTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATA
* * * *
88212 TCCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTAGATCTAAAATTGGGAAA-TTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
1 TCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATT-GGAAAGTTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
88276 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATA
65 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATA
* * * * *
88318 TCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCCGAAATTGGAAAATT-ATTGTCGACAACCAGTC-GTC
1 TCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGGAAAGTTGTTTATTGACAACCAG-CGGTC
* * *
88381 CCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCTTGAGT
65 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGT
88417 GGCACGATAT
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 23, Indels: 9
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
105 53 0.19
106 224 0.79
107 7 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.25, T:0.35
Consensus pattern (106 bp):
TCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGGAAAGTTGTTTATTGACAACCAGCGGTCC
CTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATA
Found at i:89268 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 89242--89285 Score: 88
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
89232 TTATGTTTGG
89242 TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
1 TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
89264 TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
1 TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
89286 CCAACGATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.14, G:0.27, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
Found at i:89296 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 89243--89296 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
89233 TATGTTTGGT
* *
89243 CAAAGGTTTGGCATTTGATGCT
1 CAAAGATTTGGCATTTGATGCC
*
89265 CAAAGGTTTGGCATTTGATGCC
1 CAAAGATTTGGCATTTGATGCC
*
89287 CAACGATTTG
1 CAAAGATTTG
89297 ATGGGGTAGC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 29 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (22 bp):
CAAAGATTTGGCATTTGATGCC
Found at i:93205 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 93198--93228 Score: 62
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
93188 GATAATTACG
93198 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
93229 GTAATAATAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:93281 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 93248--93305 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
93238 CGCTTATAAG
93248 TAAA-ATAT-TTAAAAAAA
1 TAAATATATATTAAAAAAA
*
93265 GTATATATATATATAAAAATAA
1 -TAAATATATAT-TAAAAA-AA
93287 TAAATATAGTATTAAAAAA
1 TAAATATA-TATTAAAAAA
93306 TAACCAAATG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 8
0.77 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.09
19 4 0.12
20 2 0.06
21 19 0.58
22 5 0.15
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
TAAATATATATTAAAAAAA
Found at i:93293 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 93257--93308 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
93247 GTAAAATATT
93257 TAAAAAAAGTATATATATA-TA
1 TAAAAAAA-TA-A-ATATAGTA
93278 TAAAAATAATAAATATAGTA
1 TAAAAA-AATAAATATAGTA
*
93298 TTAAAAAATAA
1 TAAAAAAATAA
93309 CCAAATGAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.36
20 8 0.29
21 8 0.29
22 2 0.07
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
TAAAAAAATAAATATAGTA
Found at i:93304 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 93269--93372 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 4.8 Consensus size: 21
93259 AAAAAAGTAT
93269 ATATA-TATATAAAAATAATAA
1 ATATAGTATA-AAAAATAATAA
*
93290 ATATAGTATTAAAAAATAACCAA
1 ATATAGTA-TAAAAAATAA-TAA
*
93313 ATGA-A-TATAAATAAATAAAAA
1 AT-ATAGTATAAA-AAATAATAA
* *
93334 ATATATGTATATATAATAATAA
1 ATATA-GTATAAAAAATAATAA
*
93356 TATATAGTGTAAAAAAT
1 -ATATAGTATAAAAAAT
93373 CAATTGAAAA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 17
0.73 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.02
21 14 0.21
22 33 0.50
23 17 0.26
24 1 0.02
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
ATATAGTATAAAAAATAATAA
Found at i:93882 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 93841--93937 Score: 140
Period size: 37 Copynumber: 2.6 Consensus size: 37
93831 GGATCCTATC
* *
93841 TTTAGGAGTTTAAATCATAGTAGAACTCTATCATATT
1 TTTAGGAGTTTGAATCCTAGTAGAACTCTATCATATT
* * * *
93878 TTTAGGAGTTTGAATCCTAGCAAAATTCTATCCTATT
1 TTTAGGAGTTTGAATCCTAGTAGAACTCTATCATATT
93915 TTTAGGAGTTTGAATCCTAGTAG
1 TTTAGGAGTTTGAATCCTAGTAG
93938 GATGAAAAGG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 52 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (37 bp):
TTTAGGAGTTTGAATCCTAGTAGAACTCTATCATATT
Found at i:96994 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 96968--97026 Score: 100
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
96958 ATTATCCAAT
*
96968 AAACTTGACATCCATAACAAC
1 AAACTTGAAATCCATAACAAC
*
96989 AAACTTGAAATCCATAACAAG
1 AAACTTGAAATCCATAACAAC
97010 AAACTTGAAATCCATAA
1 AAACTTGAAATCCATAA
97027 TAATAAATCA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 36 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.22, G:0.07, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
AAACTTGAAATCCATAACAAC
Found at i:98251 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 98182--98290 Score: 139
Period size: 41 Copynumber: 2.7 Consensus size: 41
98172 TCCTATTACG
* * *
98182 GCGTTTGTAT-AAAACACCACTAAAGTACGAATTTTTAGCA
1 GCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAGTACGAATCTATAGCA
* * * **
98222 GTGTTTGTATAAAAATGTCACTAAAGTACGAATCTATAGTG
1 GCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAGTACGAATCTATAGCA
98263 GCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAGTA
1 GCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAGTA
98291 TAGTCTTTAG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 11, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
40 9 0.16
41 48 0.84
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (41 bp):
GCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAGTACGAATCTATAGCA
Found at i:105344 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 105325--105396 Score: 117
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 24
105315 AGCTTCAGCC
*
105325 GCTGCCATGTATTCAACTTCATTT
1 GCTGCCATGTATTCAACTTCAGTT
* *
105349 GCTGCCATGTATTCAGCTTCATTT
1 GCTGCCATGTATTCAACTTCAGTT
105373 GCTGCCATGTATTCAACTTCAGTT
1 GCTGCCATGTATTCAACTTCAGTT
105397 ATAGTTAATG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 45 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.25, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (24 bp):
GCTGCCATGTATTCAACTTCAGTT
Found at i:120200 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 120159--120222 Score: 119
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
120149 ATAAACTAAA
120159 ATGAAATGGAATGGTTATAGGAGTAGTTGGTT
1 ATGAAATGGAATGGTTATAGGAGTAGTTGGTT
*
120191 ATGAAATGGAATTGTTATAGGAGTAGTTGGTT
1 ATGAAATGGAATGGTTATAGGAGTAGTTGGTT
120223 TGGGAGGTTG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 31 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.33, T:0.36
Consensus pattern (32 bp):
ATGAAATGGAATGGTTATAGGAGTAGTTGGTT
Found at i:125383 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 125330--125399 Score: 104
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
125320 CCTTACAAAC
*
125330 TCCCTAGTTTTTCCGGGCTAAACTAGAACCTT
1 TCCCTAGTTTTACCGGGCTAAACTAGAACCTT
*
125362 TCCCTAGCTTTTACACGGGCTAAGCTAGAACCTT
1 TCCCTAG-TTTTAC-CGGGCTAAACTAGAACCTT
125396 TCCC
1 TCCC
125400 CTTTACAAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
32 7 0.21
33 5 0.15
34 22 0.65
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (32 bp):
TCCCTAGTTTTACCGGGCTAAACTAGAACCTT
Found at i:125639 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 125614--125653 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
125604 AGTCGTATAT
125614 AGCCG-TTGGGGATG-TTTTGG
1 AGCCGTTTGGGGATGATTTTGG
125634 AGCCGTTTGGGGATGATTTT
1 AGCCGTTTGGGGATGATTTT
125654 TATACTCAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.28
21 9 0.50
22 4 0.22
ACGTcount: A:0.12, C:0.10, G:0.40, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
AGCCGTTTGGGGATGATTTTGG
Found at i:125705 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 125681--125723 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
125671 CCCAGAATAG
*
125681 AGGGAATCGGTACCCCTTCAT
1 AGGGAATCGATACCCCTTCAT
125702 AGGGAATCGATACCCCTTCAT
1 AGGGAATCGATACCCCTTCAT
125723 A
1 A
125724 ATATTCAAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AGGGAATCGATACCCCTTCAT
Found at i:125840 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 125815--125894 Score: 91
Period size: 21 Copynumber: 4.0 Consensus size: 21
125805 AAAACCTGCA
125815 GGGGGTATCTGTACCCCCTGG
1 GGGGGTATCTGTACCCCCTGG
125836 GGGGGTATCTGTA--CCC---
1 GGGGGTATCTGTACCCCCTGG
125852 -GGGGTATCTGTACCCCCTGGG
1 GGGGGTATCTGTACCCCCT-GG
* *
125873 GGGGGAATCTATACCCCCTGG
1 GGGGGTATCTGTACCCCCTGG
125894 G
1 G
125895 CAATCTTGAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 14
0.76 0.03 0.21
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.24
17 3 0.06
19 3 0.06
21 16 0.32
22 16 0.32
ACGTcount: A:0.12, C:0.28, G:0.38, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
GGGGGTATCTGTACCCCCTGG
Found at i:125857 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 125837--125866 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
125827 ACCCCCTGGG
125837 GGGGTATCTGTACCC
1 GGGGTATCTGTACCC
125852 GGGGTATCTGTACCC
1 GGGGTATCTGTACCC
125867 CCTGGGGGGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.27, G:0.33, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
GGGGTATCTGTACCC
Found at i:126016 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 125984--126042 Score: 104
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
125974 AAACTTTGAA
125984 TAAATTCAATT-AAGTCCAAAAA-CATTTTT
1 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACCATTTTT
126013 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACCATTTT
1 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACCATTTT
126043 GCCTTAAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.39
30 11 0.39
31 6 0.21
ACGTcount: A:0.44, C:0.17, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACCATTTTT
Found at i:126795 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 126759--126800 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
126749 AAGAAAAATT
*
126759 AGGATGCTGAAGCCATCC
1 AGGATGCTGAAACCATCC
*
126777 AAGGATGCTGAAACTATCC
1 -AGGATGCTGAAACCATCC
126796 AGGAT
1 AGGAT
126801 TGTAAATGTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.24
19 16 0.76
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.26, T:0.19
Consensus pattern (18 bp):
AGGATGCTGAAACCATCC
Found at i:130924 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 130917--130952 Score: 72
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
130907 TTTATACTCG
130917 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
130953 TATCTCAACG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 34 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:132222 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 132200--132238 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
132190 CATATGATAT
132200 AAATAAATACATAACACAA
1 AAATAAATACATAACACAA
** *
132219 AAATATGTACATAATACAA
1 AAATAAATACATAACACAA
132238 A
1 A
132239 TGAATATTAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.13, G:0.03, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
AAATAAATACATAACACAA
Found at i:132395 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 132363--132449 Score: 75
Period size: 29 Copynumber: 3.0 Consensus size: 28
132353 TTGAAATAAC
132363 TAAAACATAAATTTAAGGACTAAAATAGA
1 TAAAACA-AAATTTAAGGACTAAAATAGA
* *
132392 TAAAACAAAATCTTAAAGAGTTAAAATAGA
1 TAAAACAAAAT-TTAAGGA-CTAAAATAGA
* * ***
132422 AAAAATAGAAAGCAAAGGACTAAAATAG
1 TAAAACA-AAATTTAAGGACTAAAATAG
132450 CAATTTTAGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 9, Indels: 6
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.09
29 21 0.46
30 18 0.39
31 3 0.07
ACGTcount: A:0.61, C:0.07, G:0.13, T:0.20
Consensus pattern (28 bp):
TAAAACAAAATTTAAGGACTAAAATAGA
Found at i:133828 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 133814--133857 Score: 65
Period size: 3 Copynumber: 15.3 Consensus size: 3
133804 CAAAATGTAT
*
133814 TAA TAA -AA TAA TAA TAA TAA TAA TAC TAA T-A TAA TAA TAA TAA T
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
133858 TAAAAAAATA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.11
3 33 0.89
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:133867 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 133821--133867 Score: 60
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
133811 TATTAATAAA
**
133821 ATAATAATAATAATAATACTAAT
1 ATAATAATAATAATAATAAAAAT
133844 ATAATAATAATAATTAA-AAAAAT
1 ATAATAATAATAA-TAATAAAAAT
133867 A
1 A
133868 GAAAAGACCC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 18 0.86
24 3 0.14
ACGTcount: A:0.66, C:0.02, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
ATAATAATAATAATAATAAAAAT
Found at i:134254 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 134015--134464 Score: 500
Period size: 134 Copynumber: 3.4 Consensus size: 134
134005 GTTGGTTGTT
* * * * * *
134015 GGGGACGACACTGCTCATACATGATGAAGAGTTCTGGTCATATTTAGGAATAGTGATAACTC-AG
1 GGGGATGACACTGCTCATACGTGATGAAGAATTCTGGCCATCTTTAGGAAGAGTGATAACTCGA-
* *
134079 TTCCTACGCGATGAGGACGGCTGGTTATCTAGGGGTGACACGGCTCCTACGCGATAAGGAGATCT
65 TTCCTACGCGATGAGGACGACTGGTTATCTAGGGGTGACACGGCTCCTACGTGATAAGGAGATCT
134144 GGTC-
130 GGTCA
* *
134148 GGGGATGACACTGCTCATACGTGATGAAGAATTCTTGGCCATCTTTTGGAAGGGTGATAACTCGA
1 GGGGATGACACTGCTCATACGTGATGAAGAATTC-TGGCCATCTTTAGGAAGAGTGATAACTCGA
* * * * * *
134213 CTCTTACGCGATGAGGACGTCTGGTTATCTAGGGGTGACACGGATCCTACGTGATGAGGAGGTCT
65 TTCCTACGCGATGAGGACGACTGGTTATCTAGGGGTGACACGGCTCCTACGTGATAAGGAGATCT
134278 GGTCA
130 GGTCA
* * * * * *
134283 GGGGATGACACAGTTCCTACGTGATG-AGGATAGCTGGCCATCTTTAGG-AGTTA-TGATAATTA
1 GGGGATGACACTGCTCATACGTGATGAAGAAT-TCTGGCCATCTTTAGGAAG--AGTGATAACT-
* * * * * * *
134345 TG-TTCCTACGTGATGAGGATGACTGGTTATCTATGGTTGAAACGGCTCCTACGTGATGAA-GAT
62 CGATTCCTACGCGATGAGGACGACTGGTTATCTAGGGGTGACACGGCTCCTACGTGAT-AAGGAG
*
134408 ATCTGGTCG
126 ATCTGGTCA
* *
134417 GGGGATGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTTTAGG
1 GGGGATGACACTGCTCATACGTGATGAAGAATTCTGGCCATCTTTAGG
134465 GATATTGGTT
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 43, Indels: 17
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
133 33 0.12
134 202 0.76
135 30 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (134 bp):
GGGGATGACACTGCTCATACGTGATGAAGAATTCTGGCCATCTTTAGGAAGAGTGATAACTCGAT
TCCTACGCGATGAGGACGACTGGTTATCTAGGGGTGACACGGCTCCTACGTGATAAGGAGATCTG
GTCA
Found at i:134270 original size:43 final size:40
Alignment explanation
Indices: 134217--134312 Score: 113
Period size: 40 Copynumber: 2.3 Consensus size: 40
134207 ACTCGACTCT
* *
134217 TACGCGATGAGGACGTCTGGTTATCTAGGGG-TGACACGGATCC
1 TACGTGATGAGGACGTCTGG---TC-AGGGGATGACACAGATCC
* *
134260 TACGTGATGAGGAGGTCTGGTCAGGGGATGACACAGTTCC
1 TACGTGATGAGGACGTCTGGTCAGGGGATGACACAGATCC
134300 TACGTGATGAGGA
1 TACGTGATGAGGA
134313 TAGCTGGCCA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 5
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 5 0.10
40 25 0.52
43 18 0.38
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.36, T:0.23
Consensus pattern (40 bp):
TACGTGATGAGGACGTCTGGTCAGGGGATGACACAGATCC
Found at i:134542 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 134472--134564 Score: 100
Period size: 29 Copynumber: 3.2 Consensus size: 29
134462 AGGGATATTG
** * * *
134472 GTTTCAAGTTAAACCAACTCAAAGGTGAT
1 GTTTCAAGAAAAACAAACTCAAAGATAAT
*
134501 GTTTCAA-AATAAACAAACTCAAAGAT-TT
1 GTTTCAAGAA-AAACAAACTCAAAGATAAT
*
134529 GTTTCAAGAAAAACAAGCTCAAAGATAAT
1 GTTTCAAGAAAAACAAACTCAAAGATAAT
134558 GTTTCAA
1 GTTTCAA
134565 AGCAACTGTC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 7, Indels: 6
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 23 0.43
29 31 0.57
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (29 bp):
GTTTCAAGAAAAACAAACTCAAAGATAAT
Found at i:134744 original size:66 final size:64
Alignment explanation
Indices: 134520--134749 Score: 223
Period size: 64 Copynumber: 3.5 Consensus size: 64
134510 TAAACAAACT
** * * *
134520 CAAAGATTTGTTTCAAGAAAAACAAGCTCAAAGATAATGTTTCAAAGC-AACTGTCTCGAAAGAG
1 CAAA-ATTTGTTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGATAATGTTCCAAAGCAAACTGTCTC-AAAGAG
134584 A
64 A
* * ** ** *
134585 CAAAATTCGTTTCAAGAGAAACGA-CTCAAAGATAACATTGAAAAGCAAACTGTCTCAAGCGAGA
1 CAAAATTTGTTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGATAATGTTCCAAAGCAAACTGTCTCAA-AGAGA
* * * *
134649 CAAAATTTGTTTTTAAGGGAAAC-ATTCTCAAAGATCGATGTTCCATAGCAAACTATCTCAAATG
1 CAAAATTTG-TTTCAAGGGAAACGA-TCTCAAAGAT-AATGTTCCAAAGCAAACTGTCTCAAA-G
134713 AGA
62 AGA
*
134716 CAAAATTTGTATCAAGGGAAACGATCTCAAAGAT
1 CAAAATTTGTTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGAT
134750 GTTTGTTTTG
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 15
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
63 20 0.15
64 39 0.29
65 15 0.11
66 30 0.22
67 32 0.24
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (64 bp):
CAAAATTTGTTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGATAATGTTCCAAAGCAAACTGTCTCAAAGAGA
Found at i:135274 original size:65 final size:67
Alignment explanation
Indices: 135205--135345 Score: 153
Period size: 65 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
135195 TGGAAATGAT
* * * *
135205 CTCAAAGATGGGTATTT-TCAAAAGAAATTGTCTCGAGAGATAA-AATTTTGTTT-TAAAGAAAA
1 CTCAAAGAT-GGTATTTCTCAAAAGAAATTGTCTCAAGAGACAATAATTTTATTTCCAAAGAAAA
135267 CAA
65 CAA
** * * * *
135270 CTCAAAGATTTTTTTTCTCCAAATAAATTGTCTCAAGAGACAATAATTTTATTTCCAAAGAAACC
1 CTCAAAGATGGTATTTCTCAAAAGAAATTGTCTCAAGAGACAATAATTTTATTTCCAAAGAAAAC
*
135335 GA
66 AA
135337 CTCAAAGAT
1 CTCAAAGAT
135346 TTTTTTTATT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 11, Indels: 4
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
64 4 0.06
65 31 0.50
66 9 0.15
67 18 0.29
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (67 bp):
CTCAAAGATGGTATTTCTCAAAAGAAATTGTCTCAAGAGACAATAATTTTATTTCCAAAGAAAAC
AA
Found at i:135343 original size:67 final size:65
Alignment explanation
Indices: 135117--135352 Score: 192
Period size: 67 Copynumber: 3.6 Consensus size: 65
135107 TCAAAGATGG
* * *
135117 TTTTATTTCAATAG-AAACAAACTCAATGATTTTATGTT-TCCAAATAAATTGCCTCAAGGGAGA
1 TTTTATTTCAA-AGAAAAC-AACTCAAAGATTTT-TTTTCTCCAAATAAATTGTCTCAA--GAGA
135180 CAAAA
61 CAAAA
* * ** * ** * * * * *
135185 -TTTGTTTCAATGGAAATGATCTCAAAGATGGGTATTT-TCAAAAGAAATTGTCTCGAGAGATAA
1 TTTTATTTCAA-AGAAAACAACTCAAAGAT-TTTTTTTCTCCAAATAAATTGTCTCAAGAGACAA
135248 AA
64 AA
* *
135250 TTTTGTTTTAAAGAAAACAACTCAAAGATTTTTTTTCTCCAAATAAATTGTCTCAAGAGACAATA
1 TTTTATTTCAAAGAAAACAACTCAAAGATTTTTTTTCTCCAAATAAATTGTCTCAAGAGACAA-A
135315 A
65 A
* *
135316 TTTTATTTCCAAAGAAACCGACTCAAAGATTTTTTTT
1 TTTTATTT-CAAAGAAAACAACTCAAAGATTTTTTTT
135353 ATTTCAAAAG
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 31, Indels: 13
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
64 4 0.03
65 44 0.34
66 18 0.14
67 62 0.47
68 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (65 bp):
TTTTATTTCAAAGAAAACAACTCAAAGATTTTTTTTCTCCAAATAAATTGTCTCAAGAGACAAAA
Found at i:135375 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 135316--135377 Score: 108
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
135306 GAGACAATAA
*
135316 TTTTATTTCCAAAGAAACCGACTCAAAGATTTT
1 TTTTATTTCAAAAGAAACCGACTCAAAGATTTT
135349 TTTTATTTCAAAAGAAA-CGACTCAAAGAT
1 TTTTATTTCAAAAGAAACCGACTCAAAGAT
135378 GATGGTTTGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 12 0.43
33 16 0.57
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (33 bp):
TTTTATTTCAAAAGAAACCGACTCAAAGATTTT
Found at i:135888 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 135879--135940 Score: 83
Period size: 4 Copynumber: 16.0 Consensus size: 4
135869 TTTATGTATC
* * *
135879 ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
135925 ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT
135941 CTTTTCTTGA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 4
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.04
4 48 0.96
ACGTcount: A:0.27, C:0.02, G:0.23, T:0.48
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Found at i:136997 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 136981--141535 Score: 7910
Period size: 4 Copynumber: 1155.5 Consensus size: 4
136971 TGTACATGTA
* * * * *
136981 TATG TACG TATG TATG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
137029 TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
137077 TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
137125 TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
137173 TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
137221 TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TATG TACG TAGG TAGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
137269 TAGG TAGG TAGG TAGG TAGG TATG TATG TAGG TAGG TAGG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
137317 TAGG TAGG TAGG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
137365 TAGG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137412 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137460 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137508 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
137555 TA-- TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TAGG TATG TAGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
137600 TATG TAGG TAGG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137645 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137692 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137740 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137788 TATG TATG TATTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137837 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137885 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137933 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
137980 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138025 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138072 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138120 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138167 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
138215 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
138263 TAGG TAGG TATG TATG TATG TATG TATAG TACG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
138310 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138358 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138404 TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138453 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138501 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG T-TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138546 TATG TATG TA-- TATG ATATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138591 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138639 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138686 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138734 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138782 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138830 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
138878 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138926 TATG TATG TATG TATG TATG TTATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
138975 TA-G TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139021 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139069 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139115 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139162 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139210 TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139257 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139303 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
139351 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139398 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139445 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139492 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139538 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
139586 TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TAGTA TATG TAGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG
*
139635 TATG TTATG T-CG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139683 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139730 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TTATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG
139778 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139826 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139872 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139917 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
139965 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140013 TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140059 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140106 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
140154 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140201 TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140248 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140294 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
140342 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G GATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140389 TATG TATG TATG TA-G TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140435 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140482 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140530 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
140575 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
140623 TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140671 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140717 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140761 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140809 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140856 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140903 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140951 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
140999 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141044 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141092 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141140 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141188 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141236 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141282 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141330 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141378 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141426 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141474 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141522 TATG TATG TATG TA
1 TATG TATG TATG TA
141536 CGGATTCAAT
Statistics
Matches: 4363, Mismatches: 106, Indels: 164
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
2 36 0.01
3 115 0.03
4 4182 0.96
5 30 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.01, G:0.26, T:0.48
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:147555 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 147525--147568 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
147515 AGAGGAAGCT
*
147525 TGGCTTGGCAGCT-GAAACGTTG
1 TGGCATGGCAGCTGGAAA-GTTG
*
147547 TGGCATGGCGGCTGGAAAGTTG
1 TGGCATGGCAGCTGGAAAGTTG
147569 AAGAGGTGGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.79
23 4 0.21
ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.41, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
TGGCATGGCAGCTGGAAAGTTG
Found at i:147806 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 147794--147879 Score: 151
Period size: 3 Copynumber: 29.7 Consensus size: 3
147784 CAAAATGTAT
147794 TAA T-A TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-A TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
147840 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA -AA TA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
147880 GAAAAGACCC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 0, Indels: 6
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 6 0.08
3 74 0.93
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:152543 original size:110 final size:108
Alignment explanation
Indices: 152288--152544 Score: 374
Period size: 110 Copynumber: 2.4 Consensus size: 108
152278 TATTGCTCCA
* * * *
152288 AGTCCAATATCCTTCGCCGTGAAGTTGAAATTGGCTCTG--GAACTGGGAAATTATTTGTTGACA
1 AGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAGAAATGGAAAATTATTTATTGACA
152351 ATCAGACGCCCCTTCGTCGTAAAGTTGAGCTTGTGTTGTCTTG
66 ATCAGACGCCCCTTCGTCGTAAAGTTGAGCTTGTGTTGTCTTG
* ** * *
152394 AGTCCAATATCCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGAATCTGAATGAAATTGAAAAGTTGTTTATTGA
1 AGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAA-GAAATGGAAAA-TTATTTATTGA
* *
152459 CAATCAGCCGCCCCTTCGTCGTGAAGTTGAGCTTGTGTTGTCTTG
64 CAATCAGACGCCCCTTCGTCGTAAAGTTGAGCTTGTGTTGTCTTG
*
152504 GGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAA
1 AGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAA
152545 ATTGGGAAGC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 15, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
106 35 0.27
109 8 0.06
110 89 0.67
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.24, T:0.34
Consensus pattern (108 bp):
AGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAGAAATGGAAAATTATTTATTGACA
ATCAGACGCCCCTTCGTCGTAAAGTTGAGCTTGTGTTGTCTTG
Found at i:156533 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 156503--156556 Score: 76
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 29
156493 AACATGAGAA
156503 AATAATAATAAAAAATAT-TA-ATATAAT
1 AATAATAATAAAAAATATATATATATAAT
* *
156530 AATATTAATAAAATATATATATATATA
1 AATAATAATAAAAAATATATATATATA
156557 TAACAATGTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.70
28 2 0.09
29 5 0.22
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
AATAATAATAAAAAATATATATATATAAT
Found at i:156545 original size:11 final size:13
Alignment explanation
Indices: 156501--156539 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
156491 TAAACATGAG
* *
156501 AAAATAATAATAA
1 AAAATATTAATAT
156514 AAAATATTAATAT
1 AAAATATTAATAT
156527 AATAATATTAATA
1 AA-AATATTAATA
156540 AAATATATAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
13 13 0.57
14 10 0.43
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (13 bp):
AAAATATTAATAT
Found at i:156989 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 156914--156998 Score: 111
Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 32
156904 AGTCCTACTT
*
156914 AGACTCAAATGC-TTCGGTTTTAGTGTTTCAATA
1 AGACTCAAATACGTT-GG-TTTAGTGTTTCAATA
*
156947 GGACTC-AATACGTTGGTTTAGTGTTTCAATA
1 AGACTCAAATACGTTGGTTTAGTGTTTCAATA
*
156978 AGACTCAAATACGTTGATTTA
1 AGACTCAAATACGTTGGTTTA
156999 TTTTTTGAAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 5
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 20 0.43
32 19 0.41
33 7 0.15
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (32 bp):
AGACTCAAATACGTTGGTTTAGTGTTTCAATA
Found at i:157099 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 157041--157099 Score: 77
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
157031 GTGTGGGGCC
* *
157041 TATAAAAATAATAAAAAAATATTA
1 TATAATAATAATAAAAAAATATAA
*
157065 -ATAATAATAATAAATAAATATAA
1 TATAATAATAATAAAAAAATATAA
157088 TATAATAA-AATA
1 TATAATAATAATA
157100 TTTTTGTAGG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 24 0.77
24 7 0.23
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (24 bp):
TATAATAATAATAAAAAAATATAA
Found at i:161514 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 161483--161516 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
161473 TTTTGTAGAA
161483 ATAACTATAAATACAATC
1 ATAACTATAAATACAATC
*
161501 ATAA-TATAATTACAAT
1 ATAACTATAAATACAAT
161517 TAATTAGTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.73
18 4 0.27
ACGTcount: A:0.56, C:0.12, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
ATAACTATAAATACAATC
Found at i:164807 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 164778--164815 Score: 67
Period size: 11 Copynumber: 3.4 Consensus size: 11
164768 AAATTAATTT
164778 AAATAAAATAA
1 AAATAAAATAA
164789 AAATAAAATAA
1 AAATAAAATAA
164800 ATAATAAAATAA
1 A-AATAAAATAA
164812 AAAT
1 AAAT
164816 GATTATTGTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 15 0.58
12 11 0.42
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (11 bp):
AAATAAAATAA
Found at i:166050 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 166007--166050 Score: 54
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
165997 TAATATATAT
* *
166007 TATAATATAGTATGTATATATTA
1 TATAATATAGAATGTACATATTA
166030 TATAATATA-AATGTAACATAT
1 TATAATATAGAATGT-ACATAT
166051 ATACTTATAC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 2
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.22
23 14 0.78
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
TATAATATAGAATGTACATATTA
Found at i:166077 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 166021--166078 Score: 64
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
166011 ATATAGTATG
* * *
166021 TATATATTATATAATATAAATGTAACA
1 TATATATTATACAATAAAAATGAAACA
*
166048 TATATACTTATACAATAAAAAT-AAATA
1 TATATA-TTATACAATAAAAATGAAACA
166075 TATA
1 TATA
166079 ATCATATAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 13 0.50
28 13 0.50
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
TATATATTATACAATAAAAATGAAACA
Found at i:166089 original size:25 final size:28
Alignment explanation
Indices: 165993--166090 Score: 80
Period size: 28 Copynumber: 3.6 Consensus size: 28
165983 ATATACCCAC
* **
165993 TATATAA-TATATATTAT-AATATAGTA
1 TATATAATTATATAATATAAATATAACA
* *
166019 TGTATATATTATATAATATAAATGTAACA
1 TATATA-ATTATATAATATAAATATAACA
* *
166048 TATATACTTATACAATA-AAA-ATAA-A
1 TATATAATTATATAATATAAATATAACA
*
166073 TATATAATCATATAATAT
1 TATATAATTATATAATAT
166091 TTATACTACA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 12, Indels: 8
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
25 15 0.27
26 8 0.14
27 4 0.07
28 18 0.32
29 11 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (28 bp):
TATATAATTATATAATATAAATATAACA
Done.