genome.fa.s378.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000378.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000694_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  295613

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1751--1785	15	2.3	15	100	0	70	57	0	5	37	1.23
8627--8669	21	2.0	21	95	0	77	41	4	16	37	1.69
9172--9231	20	3.0	20	76	11	68	68	0	0	31	0.90
9186--9219	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
9253--9315	23	2.8	22	80	17	60	47	3	0	49	1.17
9847--9884	15	2.6	15	87	4	51	44	26	13	15	1.83
10039--10082	16	2.9	15	83	16	56	47	2	11	38	1.52
10799--10863	22	3.0	22	88	0	94	29	13	29	27	1.95
14258--14431	91	1.9	89	90	2	276	39	10	6	43	1.64
21049--21221	90	1.9	89	92	1	292	38	10	7	43	1.68
26513--26553	3	13.7	3	94	0	73	65	2	0	31	1.05
26994--27032	19	2.1	19	95	0	69	76	2	15	5	1.06
32772--32881	2	55.0	2	100	0	220	50	0	0	50	1.00
32894--32937	19	2.3	19	96	0	79	29	22	20	27	1.99
34594--35233	111	5.8	111	85	1	789	32	23	16	27	1.96
34606--35209	333	1.8	333	86	2	881	31	23	16	28	1.96
35415--35465	3	17.0	3	88	11	70	29	3	0	66	1.09
35872--35908	19	1.9	19	94	0	65	72	0	16	10	1.10
39757--39799	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
49286--49677	81	4.8	81	87	0	514	31	22	10	35	1.88
49637--50091	204	2.2	204	92	0	739	28	23	15	32	1.95
49637--50093	68	6.7	68	88	2	641	28	23	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50298--50410	57	2.0	57	84	3	147	38	17	9	34	1.83
52528--52560	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
55194--55488	81	3.6	81	85	0	385	29	22	11	36	1.90
55178--55486	162	1.9	162	86	1	440	29	22	11	36	1.89
55446--55970	68	7.7	68	91	0	836	27	24	16	31	1.96
56157--56287	57	2.3	57	81	2	147	39	16	8	35	1.79
56629--56668	22	1.9	21	94	5	64	30	17	15	37	1.90
57348--57575	86	2.7	86	81	0	267	31	23	22	22	1.98
57632--58147	200	2.6	200	88	2	730	34	20	19	25	1.96
59059--59100	17	2.4	18	88	4	59	21	7	0	71	1.09
59207--59236	16	1.9	15	93	6	51	10	0	3	86	0.67
59222--59306	27	3.2	26	74	14	84	18	9	1	70	1.20
59222--59335	55	2.1	55	83	8	142	23	7	1	66	1.27
64035--64327	44	6.7	44	80	1	291	29	19	21	30	1.97
64035--64327	88	3.3	88	82	0	327	29	19	21	30	1.97
64645--64703	30	2.0	30	82	0	73	0	35	16	47	1.47
71394--71428	16	2.2	16	90	10	54	51	2	2	42	1.31
76126--76309	60	3.1	61	81	8	209	40	4	23	32	1.74
76182--76308	59	2.1	61	84	5	170	42	3	20	33	1.70
83223--83247	11	2.3	11	100	0	50	60	0	8	32	1.26
84406--84463	21	2.6	22	72	10	64	0	32	13	53	1.40
84873--84940	3	22.7	3	88	5	102	67	1	0	30	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85268--85323	17	3.2	17	74	18	60	21	21	7	50	1.72
85252--85812	113	5.0	111	83	6	643	31	18	13	37	1.89
85252--85809	229	2.5	224	90	2	845	30	18	13	37	1.89
86531--86948	92	4.5	92	97	0	782	36	22	14	25	1.93
88077--88156	1	80.0	1	69	0	52	0	15	0	85	0.61
88077--88154	7	10.7	7	81	13	95	0	15	0	84	0.62
88077--88155	15	5.3	15	84	14	110	0	15	0	84	0.61
88077--88154	22	3.5	22	87	6	122	0	15	0	84	0.62
91288--91329	20	2.0	21	86	13	61	30	21	19	28	1.97
99297--99328	11	2.9	11	95	0	55	56	0	6	37	1.25
100937--100994	3	19.7	3	92	3	100	68	0	0	31	0.89
108804--108956	65	2.4	64	86	5	202	30	18	20	30	1.96
115416--115455	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
118111--118196	37	2.3	38	86	6	122	47	6	5	39	1.55
122398--122473	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
123275--123324	25	2.0	25	100	0	100	56	8	12	24	1.62
123850--123891	21	2.0	22	85	4	59	38	14	21	26	1.91
128007--128070	22	3.0	21	75	8	67	25	23	23	28	2.00
138490--138520	15	2.1	15	94	5	55	38	6	9	45	1.63
155137--155262	60	2.1	59	82	2	144	35	15	5	42	1.71
155441--155625	60	3.1	61	82	5	218	39	4	24	31	1.76
155719--155760	20	2.1	20	95	0	75	23	21	4	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159588--159658	34	2.1	34	87	10	101	25	22	14	38	1.92
163001--163091	31	3.0	31	96	3	168	32	6	17	42	1.75
163156--163203	19	2.5	19	89	0	69	41	10	14	33	1.80
163309--163350	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
163632--163701	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
170546--170699	65	2.4	64	84	5	195	31	17	20	30	1.96
177232--177271	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
179224--179379	65	2.4	63	84	5	190	31	18	21	28	1.97
182921--182967	18	2.8	17	87	6	69	36	6	29	27	1.82
182956--183043	44	2.0	43	91	2	140	28	12	22	36	1.91
183542--183630	37	2.4	37	96	0	169	35	42	11	10	1.74
183953--184019	24	2.7	24	71	15	64	25	19	14	40	1.90
184734--184866	66	2.0	66	95	0	239	33	5	33	27	1.79
190029--190447	200	2.1	201	85	0	561	33	19	18	27	1.96
202034--202609	134	4.3	134	82	3	640	28	15	22	33	1.94
202034--202609	267	2.2	267	84	4	723	28	15	22	33	1.94
208469--208513	21	2.1	21	84	8	56	26	8	2	62	1.37
208875--209088	85	2.5	83	78	6	198	31	21	17	29	1.96
212537--212711	91	1.9	91	82	6	221	33	13	16	36	1.88
238042--238072	16	1.9	16	93	0	53	22	0	25	51	1.48
239645--239686	3	14.0	3	89	0	66	71	0	0	28	0.86
240779--240948	90	1.9	88	95	2	304	38	11	6	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258309--258628	111	2.9	111	90	0	478	32	24	16	26	1.96
258812--258863	3	17.0	3	84	11	61	28	1	1	67	1.12
259271--259309	19	2.1	19	90	0	60	71	2	15	10	1.23
263166--263207	20	2.1	20	90	0	66	33	9	21	35	1.86
270947--270973	5	5.4	5	100	0	54	18	18	18	44	1.87
270949--270982	15	2.3	15	89	0	50	26	20	17	35	1.95
271959--272011	20	2.7	20	90	0	79	39	7	20	32	1.81
273554--273595	22	2.0	22	86	9	61	28	33	4	33	1.78
274030--274419	81	4.8	81	83	2	478	31	22	10	35	1.89
274362--274835	68	7.0	68	88	0	678	29	22	15	32	1.95
277271--277321	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
279912--280204	81	3.6	81	88	0	406	28	23	11	36	1.89
280166--280688	68	7.7	68	87	0	758	28	24	16	30	1.96
282046--282280	86	2.7	86	87	1	319	31	23	22	21	1.98
282334--282846	200	2.6	200	86	1	668	33	19	19	27	1.96
283770--283806	17	2.2	17	90	0	56	21	8	0	70	1.13
289202--289465	43	6.1	43	76	6	219	30	19	21	28	1.98
289235--289482	85	2.9	84	78	7	255	30	18	20	29	1.97

Tables:   1

The End!