genome.fa.s3790.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003790.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008112_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  128101

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 89 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727--764	19	2.0	19	100	0	76	15	10	26	47	1.78
8379--8426	24	2.0	25	84	12	64	25	6	8	60	1.49
9823--10580	113	6.6	113	77	11	648	38	8	14	39	1.75
10226--10252	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
10032--10475	239	1.9	238	85	5	626	39	7	14	39	1.73
9885--10577	353	2.0	352	82	8	865	38	7	13	39	1.74
18786--18846	21	3.2	21	63	29	55	49	19	4	26	1.69
18743--18846	35	2.9	35	87	5	138	45	21	3	29	1.69
18834--18860	14	1.9	14	100	0	54	51	14	7	25	1.68
23348--23448	35	2.8	36	92	6	168	44	18	5	30	1.74
23380--23440	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
23348--23475	35	3.6	36	85	9	140	42	18	7	32	1.77
23489--23684	79	2.5	79	91	1	313	29	15	22	32	1.95
24800--24842	15	2.8	16	79	13	54	53	4	0	41	1.21
28368--28401	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28844--28905	31	2.2	28	83	13	74	17	22	29	30	1.97
30136--30184	23	2.1	23	88	0	71	22	18	26	32	1.97
30146--30196	23	2.2	23	82	0	57	25	17	21	35	1.95
42200--42338	36	3.9	36	91	0	233	41	15	18	25	1.89
44578--44611	16	2.1	17	88	5	52	52	2	0	44	1.16
49722--49860	36	3.9	36	90	0	215	43	15	16	24	1.87
51974--52010	18	2.0	20	89	10	60	40	21	5	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52360--52392	15	2.2	15	100	0	66	21	12	21	45	1.84
52763--52807	20	2.3	19	80	3	54	55	0	8	35	1.31
53257--53305	23	2.1	23	88	0	71	38	0	0	61	0.96
53339--53371	16	2.1	16	94	0	57	45	15	0	39	1.46
59957--60004	7	6.7	7	82	2	60	16	2	25	56	1.51
65214--65247	17	2.0	17	88	11	52	32	2	0	64	1.08
74776--74882	20	5.3	20	91	0	178	26	28	19	25	1.99
74768--74908	60	2.4	59	77	10	160	28	26	17	27	1.98
75702--75755	24	2.2	24	90	0	81	20	20	20	38	1.93
75930--75974	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
75966--76002	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
78036--78070	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
78029--78057	12	2.5	12	94	5	51	55	20	6	17	1.65
78130--78395	140	1.9	140	97	0	505	28	12	15	42	1.84
78370--78614	20	12.9	20	75	10	226	33	20	18	26	1.96
78452--78594	74	1.9	74	88	0	214	32	20	20	25	1.98
78436--78658	94	2.4	93	87	3	340	33	20	20	25	1.97
78370--78614	114	2.1	114	84	1	312	33	20	18	26	1.96
78665--78706	20	2.1	20	82	8	50	14	14	21	50	1.78
78821--78876	14	4.0	14	79	4	51	51	12	1	33	1.50
78809--78870	14	4.3	14	79	6	61	46	12	1	38	1.52
80304--80348	21	2.3	18	81	11	54	24	11	42	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80258--80367	42	2.6	42	75	5	107	22	18	37	21	1.94
80866--80961	20	4.8	20	92	0	138	40	21	19	17	1.91
81006--81071	20	3.3	20	84	0	78	19	16	24	39	1.92
81219--81268	18	2.8	18	96	0	91	42	6	18	34	1.74
82997--83083	20	4.4	20	78	4	88	50	19	16	13	1.78
83469--83511	22	2.0	22	85	0	59	23	16	37	23	1.94
83693--83779	20	4.3	20	92	0	138	25	20	26	27	1.99
84475--84516	11	3.6	12	81	15	52	78	0	2	19	0.86
84483--84556	4	18.0	4	76	15	62	78	0	5	16	0.93
84475--84525	22	2.3	21	83	9	66	78	0	3	17	0.90
84457--84554	9	10.8	9	76	16	71	78	2	4	15	0.99
84457--84556	12	8.1	13	71	20	72	78	2	4	16	1.00
84474--84580	55	2.0	54	83	5	135	74	1	7	15	1.12
84621--84725	9	11.2	9	73	14	79	78	0	3	18	0.90
84621--84725	17	5.6	18	70	15	79	78	0	3	18	0.90
84624--84691	16	4.6	14	72	20	59	79	0	0	20	0.73
84621--84713	12	7.2	12	71	19	62	78	0	4	17	0.91
84600--84683	26	3.2	26	84	1	87	79	2	2	15	0.93
84895--84936	18	2.3	18	80	8	50	71	2	0	26	0.98
86614--86783	81	2.1	80	79	9	175	26	20	22	30	1.98
86790--86935	67	2.2	66	85	3	186	40	13	16	30	1.86
86884--87294	36	11.8	36	75	13	367	40	13	18	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86919--87291	138	2.7	138	91	1	572	39	12	18	28	1.88
87210--87279	21	3.6	21	69	21	71	38	10	21	30	1.86
87194--87334	72	1.9	73	82	4	178	37	11	19	31	1.87
87763--87963	111	1.8	110	90	1	321	24	19	22	32	1.97
87885--88036	67	2.3	67	90	0	241	26	16	23	34	1.95
87781--88121	177	1.9	178	88	0	513	25	17	22	34	1.95
88643--88730	32	2.8	31	77	5	95	36	21	11	30	1.89
89803--89854	26	2.1	25	86	10	72	1	17	5	75	1.10
89807--89854	12	3.7	13	83	8	62	2	18	4	75	1.07
92935--92967	12	2.8	12	90	0	57	75	9	15	0	1.03
93067--93152	3	27.7	3	71	19	52	67	1	4	26	1.17
93065--93152	37	2.2	40	84	11	112	68	1	4	26	1.16
93101--93154	22	2.4	24	72	12	60	70	1	5	22	1.18
93497--93549	10	5.1	10	77	8	52	64	1	3	30	1.22
93456--93549	21	4.6	21	70	10	68	63	2	3	30	1.21
93571--93660	37	2.4	36	81	7	99	66	3	6	23	1.30
94487--94514	11	2.5	11	100	0	56	0	10	35	53	1.36
108879--108920	22	1.9	22	100	0	84	47	9	7	35	1.64
109445--109493	21	2.2	21	85	7	62	14	10	16	59	1.61
110409--110444	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
117580--117632	26	2.1	26	86	10	74	50	0	1	47	1.12
117855--117903	24	2.0	24	88	0	71	20	6	6	67	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119776--119867	46	2.0	46	97	0	175	26	9	13	51	1.71

Tables:   1

The End!