genome.fa.s3802.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003802.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008138_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  270865

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751--786	19	1.9	19	88	5	56	61	8	8	22	1.51
10050--10207	54	2.9	54	84	4	194	25	25	19	29	1.98
10159--10382	55	4.0	55	90	2	340	28	26	16	29	1.97
10124--10383	55	4.7	56	87	7	329	30	24	16	28	1.97
10120--10382	112	2.4	110	85	8	347	29	24	16	29	1.96
11381--11430	8	6.9	8	76	21	56	16	10	0	74	1.08
21395--21427	16	2.1	16	94	0	57	42	30	3	24	1.70
28586--28667	36	2.3	36	93	0	137	14	14	9	60	1.57
40163--40206	19	2.3	19	92	0	79	27	13	15	43	1.85
55166--55191	8	3.2	8	100	0	52	11	11	65	11	1.48
56970--57154	4	47.8	4	72	10	125	0	25	49	24	1.54
56965--57158	16	12.2	16	72	18	147	0	24	49	25	1.54
56990--57163	22	7.6	22	77	7	114	0	24	49	25	1.54
57472--57529	8	7.2	8	75	21	59	18	25	36	18	1.95
57468--57542	16	4.7	16	93	0	123	24	25	32	18	1.97
57468--57542	32	2.3	32	97	0	141	24	25	32	18	1.97
57822--57914	2	46.5	2	100	0	186	50	0	0	49	1.00
59938--59967	13	2.2	14	94	5	53	46	0	0	53	1.00
62240--62320	23	3.5	23	94	0	135	18	27	27	27	1.98
67742--67800	14	4.1	14	76	4	55	38	3	20	37	1.69
67745--67801	29	2.0	29	89	0	87	42	1	21	35	1.63
68125--68175	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68280--68381	53	1.9	53	83	15	131	50	0	0	48	1.14
68319--68399	32	2.5	32	82	11	94	50	0	2	46	1.14
68347--68393	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
68355--68398	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
68919--68958	22	1.9	22	85	10	57	30	17	7	45	1.76
71510--71542	11	2.9	12	86	13	52	72	0	0	27	0.85
75056--75089	16	2.1	16	94	0	59	50	5	14	29	1.67
77673--77718	19	2.4	20	85	7	60	45	6	2	45	1.41
80770--80810	21	1.9	22	85	5	57	34	2	9	53	1.47
85237--85285	21	2.3	21	79	6	55	36	16	16	30	1.91
91108--91385	148	1.9	147	91	2	459	38	23	11	26	1.89
93199--93242	19	2.3	19	80	0	52	34	22	15	27	1.95
93253--93290	20	1.9	20	88	0	58	34	23	10	31	1.89
93754--93783	14	2.1	14	93	0	51	13	20	16	50	1.78
96883--96947	16	4.1	16	87	0	103	7	15	23	53	1.67
97017--97047	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
97985--98013	14	2.1	14	100	0	58	62	0	0	37	0.96
108573--108838	125	2.1	125	88	0	388	33	12	12	42	1.79
109205--109249	23	2.0	23	90	0	72	37	17	11	33	1.85
109236--109437	77	2.6	77	92	1	334	30	13	13	42	1.83
111384--111419	14	2.6	14	91	4	56	22	2	0	75	0.94
118353--118388	19	1.9	18	88	5	54	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119579--119636	18	3.3	18	79	9	50	51	0	1	46	1.11
119609--119640	16	1.9	17	93	6	57	59	0	3	37	1.13
119937--120121	58	3.1	60	75	10	175	32	24	4	37	1.77
121265--121290	11	2.4	11	100	0	52	53	11	0	34	1.37
125216--125267	24	2.2	24	85	0	68	25	13	13	48	1.79
125228--125304	24	3.2	25	77	5	68	19	12	18	49	1.79
125448--125519	32	2.3	32	90	4	112	12	18	34	34	1.88
125769--125811	22	2.0	22	100	0	86	44	0	4	51	1.22
128479--128592	60	1.9	59	85	8	160	40	3	20	35	1.69
133448--133571	63	2.0	63	95	0	221	21	47	9	20	1.79
137521--137594	26	2.8	26	95	0	139	35	24	17	22	1.95
138632--138743	31	3.6	31	73	7	102	44	8	0	46	1.39
140498--140679	29	6.2	28	78	10	163	45	15	2	36	1.58
140506--140678	58	3.0	56	76	12	188	46	13	2	37	1.56
140495--140667	87	2.0	88	87	3	251	45	14	2	38	1.58
142071--142148	31	2.5	31	83	8	97	32	2	14	51	1.55
144635--144679	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
146278--146312	14	2.5	14	100	0	70	25	5	22	45	1.74
152891--152932	19	2.2	19	100	0	84	21	11	26	40	1.88
153197--153227	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
153433--153489	30	2.0	26	87	12	78	31	7	17	43	1.76
157617--157641	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165926--165959	16	2.1	16	88	0	50	47	2	2	47	1.32
166531--166574	21	2.1	21	83	8	54	36	6	0	56	1.26
168130--168311	60	3.1	59	80	6	206	41	4	20	32	1.74
178914--178962	23	2.1	24	84	3	64	24	18	24	32	1.97
196651--196777	60	2.1	61	80	11	138	38	12	13	35	1.83
197010--197051	14	3.0	14	85	0	57	26	23	2	47	1.64
197444--197476	14	2.4	14	100	0	66	45	0	6	48	1.27
213245--213433	36	5.2	36	82	3	202	35	23	19	21	1.95
213249--213415	71	2.3	71	83	5	176	37	23	20	19	1.94
213815--214293	51	9.3	51	81	5	473	32	19	25	22	1.97
213815--214262	102	4.4	102	85	4	571	33	19	25	20	1.97
213815--214262	207	2.2	203	83	4	569	33	19	25	20	1.97
214267--214773	55	9.3	54	84	5	623	28	14	28	28	1.95
214269--214765	163	3.0	163	89	1	739	29	14	27	28	1.95
214265--214773	108	4.7	110	88	1	681	28	14	27	29	1.95
227602--227828	36	6.3	36	90	2	339	36	23	21	18	1.95
228232--228884	51	12.5	51	79	8	591	32	18	24	23	1.97
228243--228858	104	5.9	104	84	4	685	32	19	25	22	1.97
228241--228853	156	3.9	154	83	7	731	32	19	25	22	1.97
228232--229168	51	17.7	54	79	12	481	31	17	26	24	1.97
228719--229214	106	4.7	107	84	8	470	30	16	27	25	1.97
228858--229214	108	3.3	108	91	3	551	29	14	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228812--229214	163	2.5	161	85	7	523	29	15	27	27	1.96
228858--229214	55	6.6	55	88	5	516	29	14	28	27	1.96
235269--235325	24	2.4	24	81	0	69	49	15	12	22	1.78
235624--235681	26	2.2	26	93	0	107	41	22	17	18	1.90
237054--237091	17	2.1	19	90	9	62	34	18	2	44	1.64
237899--237929	10	3.1	10	90	0	53	16	19	32	32	1.94
238941--239331	55	7.2	55	82	7	422	28	25	15	30	1.96
239320--240034	109	6.8	108	81	7	674	22	25	19	32	1.97
239320--240034	51	13.6	51	80	10	631	22	25	19	32	1.97
240416--240606	36	5.2	36	85	2	222	21	19	23	35	1.96
245373--245475	21	5.0	21	88	8	83	16	19	24	39	1.91
245397--245498	21	4.9	21	91	4	145	18	19	22	39	1.93
251057--251120	24	2.7	24	82	0	74	48	15	10	25	1.77
251413--251496	26	3.2	26	96	0	159	40	22	17	19	1.91
252871--252908	17	2.1	19	90	9	62	34	18	2	44	1.64
253720--253750	10	3.1	10	90	0	53	16	19	32	32	1.94
256838--256862	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
257791--257854	33	1.9	34	81	9	78	40	3	6	50	1.43
258505--258557	25	2.1	25	96	0	97	50	5	7	35	1.54
262784--262815	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
264327--264351	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
266140--266179	21	1.9	20	85	10	53	45	5	2	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267908--267944	17	2.2	17	95	0	65	43	8	21	27	1.80

Tables:   1

The End!