genome.fa.s3819.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008192_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184856

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9423--9533	45	2.5	45	98	0	213	36	21	27	14	1.92
9423--9568	45	3.2	45	90	3	170	37	22	25	14	1.92
14429--14543	20	5.7	19	78	11	104	35	23	17	23	1.95
14426--14543	61	1.9	62	86	5	168	37	22	16	22	1.94
14449--14543	41	2.3	41	85	0	136	36	23	16	23	1.94
14710--14753	22	2.0	22	90	0	70	22	45	13	18	1.84
15005--15063	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
15200--15254	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
16380--16424	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
17389--17519	19	7.7	19	65	23	85	43	19	22	14	1.87
17389--17515	33	3.8	33	86	4	193	43	19	22	14	1.88
17390--17522	66	2.0	66	95	0	239	42	19	21	16	1.89
17530--17586	14	3.7	14	70	20	51	8	26	22	42	1.83
17515--17596	33	2.5	33	93	0	137	12	24	20	42	1.86
17711--17747	14	2.6	14	86	0	56	48	24	0	27	1.51
19115--19279	21	7.9	21	64	9	68	23	19	35	21	1.96
19101--19302	42	4.8	41	73	10	167	22	17	36	22	1.95
19131--19305	83	2.1	84	97	1	334	23	17	37	21	1.94
19523--19707	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
21444--21499	14	3.6	14	74	21	58	39	23	25	12	1.89
21420--21516	33	2.9	33	93	1	158	42	21	23	12	1.87
21396--21573	52	3.4	52	81	6	189	44	19	22	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21395--21573	19	10.1	19	70	19	118	44	18	22	13	1.85
21569--21635	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
22157--22268	20	5.6	20	79	4	118	21	18	20	39	1.93
22175--22268	41	2.3	40	85	1	116	20	19	19	41	1.91
22265--22320	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
22382--22433	21	2.5	20	84	9	77	34	17	26	21	1.95
24743--25155	128	3.2	128	96	0	756	31	19	25	23	1.98
36150--36485	55	6.2	55	89	3	477	35	17	12	34	1.87
36448--36522	37	2.0	37	97	0	141	36	18	12	33	1.88
37027--37079	21	2.5	21	90	0	88	33	22	13	30	1.92
40990--41028	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
41607--41699	46	2.0	46	95	0	168	20	19	12	47	1.82
41992--42447	55	8.3	55	91	1	666	36	17	11	34	1.86
41992--42447	165	2.8	165	92	1	745	36	17	11	34	1.86
42723--42796	20	3.7	20	79	15	71	28	18	17	35	1.94
42756--42796	19	2.2	19	86	0	55	29	17	17	36	1.92
43817--43854	15	2.5	15	95	0	67	10	18	10	60	1.57
46376--46483	3	36.0	3	86	3	146	61	0	0	37	1.03
46615--47175	76	7.4	76	98	0	1088	36	21	21	21	1.95
50419--50636	83	2.6	83	93	1	375	36	20	14	29	1.92
52763--52817	7	8.1	7	84	8	53	0	16	0	83	0.64
52769--52821	11	4.8	11	86	9	72	0	15	0	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59733--59842	3	36.0	3	83	7	141	60	2	0	36	1.11
60422--60832	198	2.0	203	90	3	645	24	19	6	49	1.72
60865--60905	16	2.5	17	84	11	50	21	2	4	70	1.18
65495--65526	16	2.0	16	93	0	55	56	15	12	15	1.68
74254--74290	15	2.6	15	83	8	51	10	10	5	72	1.25
86398--86450	20	2.7	20	77	8	56	33	11	16	37	1.85
86984--87018	17	2.1	17	88	0	52	60	11	14	14	1.60
89350--89387	18	2.1	19	85	5	51	18	5	15	60	1.53
92980--93008	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
97617--97792	88	2.0	88	81	6	205	43	13	5	36	1.68
97705--97800	39	2.5	39	86	6	140	40	12	6	40	1.68
97824--97938	39	3.0	38	81	8	144	46	12	6	35	1.66
97842--98028	39	4.5	40	73	18	141	46	11	3	37	1.58
97982--98335	58	6.2	56	79	10	267	44	12	8	35	1.72
98452--98590	45	3.1	45	82	6	174	38	15	7	37	1.77
98467--98614	45	3.3	44	84	3	179	41	15	8	34	1.78
98814--98846	14	2.3	15	89	5	50	57	15	3	24	1.52
99040--99089	14	3.6	14	88	0	73	24	30	18	28	1.97
100140--100206	35	1.9	35	84	6	91	32	19	19	28	1.96
102451--102675	103	2.2	103	94	0	396	26	12	24	36	1.91
102684--102752	23	3.0	23	80	0	66	24	21	23	30	1.99
108240--108284	22	2.1	21	87	4	63	33	24	26	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108301--108350	20	2.5	20	76	0	55	12	18	40	30	1.86
110548--110654	36	3.0	36	66	8	92	34	20	17	27	1.95
112363--112410	20	2.4	19	86	10	69	6	16	47	29	1.71
115006--115069	18	3.6	18	72	14	53	28	3	3	65	1.23
115651--115698	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
118427--118570	63	2.3	62	96	1	261	24	13	13	48	1.78
131677--131942	100	2.7	100	96	0	496	40	21	17	21	1.92
135596--135637	22	1.9	22	90	9	68	45	14	9	30	1.77
135653--135738	31	2.9	28	80	11	100	43	6	16	33	1.75
135653--135742	29	3.0	29	83	12	103	42	6	16	34	1.75
136534--136577	18	2.5	17	82	7	52	20	0	27	52	1.47
136537--136572	18	2.0	18	88	0	54	19	0	30	50	1.48
138753--138816	27	2.3	26	75	19	67	35	12	14	37	1.83
139957--139987	14	2.2	14	94	0	53	12	0	35	51	1.40
139943--139995	21	2.6	21	77	14	56	15	0	33	50	1.44
145081--145113	17	1.9	17	93	0	57	78	3	12	6	1.04
147904--148009	29	3.5	30	75	15	76	37	0	3	58	1.16
149699--149746	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
149756--149858	21	4.9	21	92	2	154	17	36	24	21	1.94
150384--150480	33	2.9	34	85	3	133	57	4	1	37	1.25
150382--150487	34	3.2	33	82	8	133	56	4	0	37	1.27
150872--151727	128	6.7	128	98	0	1631	33	19	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151812--151850	8	5.0	8	81	6	53	38	28	0	33	1.57
155986--156064	34	2.4	33	83	8	90	39	0	1	59	1.06
155976--156064	34	2.7	31	79	6	88	39	0	2	58	1.11
159625--159670	11	4.4	10	86	10	65	71	2	6	19	1.18
159625--159670	21	2.2	21	88	7	67	71	2	6	19	1.18
160882--160940	10	5.7	10	84	7	73	23	5	3	67	1.26
160882--160940	21	2.8	20	85	7	73	23	5	3	67	1.26
162125--162182	11	5.4	11	81	4	73	58	22	1	17	1.47
163925--163982	11	5.4	11	81	4	73	58	22	1	17	1.47
169204--169251	14	3.7	14	73	21	50	14	10	14	60	1.59
169192--169327	24	5.7	24	77	8	152	16	12	16	53	1.72
169169--169327	70	2.3	70	96	0	291	16	13	17	52	1.75
169229--169258	14	2.1	14	93	0	51	13	16	16	53	1.73
169275--169327	14	4.1	14	79	18	69	13	13	16	56	1.67
169581--169646	23	2.8	23	84	6	80	7	10	22	59	1.56

Tables:   1

The End!