genome.fa.s3840.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003840.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008229_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  172728

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7332--7370	16	2.5	15	80	12	51	79	20	0	0	0.73
7401--7448	11	4.7	10	80	12	53	87	2	8	2	0.70
7400--7448	23	2.1	23	88	7	73	87	2	8	2	0.69
7398--7448	19	2.7	19	85	11	61	86	1	9	1	0.73
7412--7447	15	2.4	15	90	9	56	88	0	11	0	0.50
9356--9584	58	4.1	55	81	9	261	31	10	18	39	1.85
9356--9583	111	2.0	112	87	0	323	30	10	18	39	1.85
9644--9767	41	3.0	41	79	3	115	23	22	25	28	1.99
9932--10043	42	2.7	41	82	6	145	25	20	22	31	1.98
9469--10686	293	4.0	293	85	6	1573	29	15	20	34	1.93
10228--10275	20	2.4	20	92	0	78	27	27	22	22	1.99
9932--10675	313	2.4	308	86	4	1050	29	16	20	34	1.94
10517--10548	15	2.1	15	100	0	64	25	0	18	56	1.42
10698--10810	59	1.9	59	90	0	181	25	25	19	29	1.99
14221--14266	20	2.4	18	85	7	56	15	6	4	73	1.19
14221--14268	18	2.5	19	86	6	62	14	6	4	75	1.16
20921--20984	23	2.8	22	72	11	58	0	6	45	48	1.27
22374--22443	8	8.9	8	85	3	88	1	17	0	81	0.77
22375--22443	4	17.5	4	79	8	79	1	17	0	81	0.77
22375--22440	12	5.6	12	82	10	91	1	16	0	81	0.76
33174--33218	17	2.7	17	86	3	56	77	11	8	2	1.07
42098--42162	4	17.0	4	75	15	66	24	3	0	72	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44032--44069	8	4.8	8	100	0	76	39	26	10	23	1.87
45411--45438	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
45494--45527	13	2.5	14	90	4	52	20	2	0	76	0.92
49483--50019	183	2.9	183	94	1	925	27	20	21	30	1.98
51240--51558	106	3.1	104	91	3	509	30	21	11	36	1.89
51458--51533	36	2.1	36	90	0	116	22	21	15	40	1.90
51733--52363	105	6.0	105	91	2	948	33	26	17	21	1.96
52906--53009	37	2.8	37	86	0	136	43	12	14	29	1.82
53366--53408	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
53365--53477	12	9.3	12	70	22	51	33	3	0	61	1.19
53457--53481	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
53397--53526	51	2.4	52	81	13	140	36	4	0	57	1.25
53668--53722	20	2.7	21	75	18	62	25	3	0	70	1.03
60180--60212	10	3.4	10	87	8	50	21	3	0	75	0.93
65853--66215	180	2.0	180	98	1	710	25	17	14	42	1.87
69549--69665	60	2.0	60	86	3	164	52	11	23	11	1.72
70393--70957	105	5.4	105	96	0	1040	32	26	17	23	1.97
72486--72567	2	41.5	2	95	2	148	48	0	1	50	1.08
76115--76294	83	2.2	82	93	1	306	40	5	17	36	1.73
76272--76369	43	2.3	42	81	8	108	44	1	23	30	1.60
76699--76918	12	18.2	12	73	13	79	40	7	4	48	1.50
76691--76783	8	11.8	8	70	24	56	39	12	1	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76691--76791	18	5.8	16	68	21	60	39	11	0	47	1.47
76844--77082	2	122.5	2	73	17	175	44	5	3	47	1.41
88254--88360	37	2.9	37	95	0	187	42	14	12	30	1.83
88919--89105	39	5.1	37	74	17	135	26	1	2	69	1.11
88905--89021	40	2.9	40	77	17	118	29	2	3	64	1.23
88948--89111	4	41.8	4	73	15	78	25	1	1	71	1.03
89011--89113	27	3.7	28	70	20	81	22	0	1	74	0.97
89038--89081	23	1.9	23	100	0	88	18	2	0	79	0.83
88966--89103	14	9.9	14	68	22	69	23	1	2	72	1.04
93138--93320	95	1.9	95	86	2	260	32	16	19	31	1.95
94542--96236	165	10.2	164	77	5	1428	31	23	18	25	1.98
94501--96236	249	7.0	249	89	0	2457	31	23	18	26	1.97
96818--96926	37	2.9	37	95	0	191	39	14	14	31	1.87
97417--97466	25	2.0	25	84	7	66	24	2	6	68	1.23
97458--97603	2	76.5	2	77	11	92	36	1	2	59	1.18
97595--97673	39	2.0	39	82	9	97	25	2	1	70	1.07
97476--97673	49	4.0	48	76	11	152	30	2	2	65	1.15
97642--97704	10	6.2	10	76	22	60	20	3	1	74	1.04
97560--97696	12	11.4	12	67	18	54	26	1	2	70	1.08
97613--97744	71	1.9	71	81	9	162	21	6	2	70	1.20
103494--103894	137	2.9	136	79	3	408	45	12	13	28	1.80
104219--104267	14	3.4	14	83	5	62	46	6	20	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105665--105712	26	1.9	24	87	8	69	75	4	2	18	1.07
108999--109109	44	2.4	47	86	5	156	39	8	20	31	1.82
108999--109125	48	2.8	45	85	7	175	39	7	22	30	1.81
109904--109964	24	2.5	24	84	7	70	52	4	0	42	1.23
109920--109963	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
109947--110012	29	2.3	29	86	0	87	46	4	4	43	1.44
109978--110274	36	8.4	35	76	16	244	44	6	4	44	1.51
110171--110225	27	2.0	27	89	6	85	47	5	5	41	1.49
110135--110261	63	2.0	64	87	4	186	45	7	3	43	1.49
110151--110275	63	2.0	62	85	6	171	45	6	4	43	1.50
110326--110380	25	2.2	24	87	3	74	52	5	1	40	1.35
110337--110395	31	1.9	31	92	0	100	59	3	1	35	1.24
112252--112569	37	9.1	37	72	18	225	41	13	17	27	1.87
112322--112576	73	3.6	72	75	11	249	41	14	18	25	1.87
112324--112569	36	7.0	36	77	11	204	42	13	17	25	1.87
112512--112614	21	5.1	21	73	20	96	45	13	15	25	1.83
117207--117239	17	1.9	17	100	0	66	78	0	15	6	0.93
117216--117240	13	1.9	13	100	0	50	80	0	16	4	0.87
117448--117477	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
121623--121693	34	2.1	34	82	10	83	74	5	4	15	1.16
123007--123036	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
123073--123485	36	11.5	35	75	13	283	43	5	3	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123141--123220	34	2.6	29	76	19	81	41	5	5	48	1.46
123094--123219	65	2.0	63	84	7	166	43	3	3	48	1.40
123149--123485	150	2.3	147	83	10	399	43	6	4	46	1.48
123561--123613	26	2.0	26	96	0	97	60	0	1	37	1.08
124149--124245	28	3.2	28	76	17	88	28	10	17	43	1.82
124182--124259	33	2.3	34	88	2	122	30	10	19	39	1.85
124148--124259	33	3.5	33	81	11	121	29	9	18	41	1.83
124247--124444	110	1.8	109	82	3	254	39	14	20	25	1.91
124247--124542	36	8.3	36	77	10	281	39	13	20	27	1.89
124247--124542	73	4.2	72	76	11	281	39	13	20	27	1.89
124514--124557	21	2.0	22	95	4	81	40	11	18	29	1.85
125030--125076	14	3.3	14	77	16	51	21	8	17	53	1.70
125877--126137	95	2.7	94	88	7	382	31	17	17	33	1.94
137234--137295	30	2.1	30	87	6	90	54	3	1	40	1.26
137142--137474	36	9.1	36	71	19	189	48	3	4	42	1.42
137289--137476	35	5.3	33	86	10	214	49	4	4	40	1.45
137439--137531	28	3.3	27	83	4	105	53	3	3	39	1.33
137168--137494	108	3.0	107	72	16	292	49	4	4	41	1.43
137487--137545	29	2.1	29	84	6	77	50	0	1	47	1.11
152325--152406	33	2.5	33	87	0	110	14	7	30	47	1.71
152386--152462	32	2.5	29	79	12	82	31	11	24	32	1.91
152466--152567	28	3.7	28	86	2	152	16	6	31	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152466--152567	27	3.7	27	86	3	150	16	6	31	45	1.74
157122--157157	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
157711--157752	13	3.2	13	100	0	84	7	61	30	0	1.22
158449--158589	3	47.7	3	88	8	218	63	0	0	35	0.99
158886--159896	113	8.9	113	95	0	1725	28	19	14	36	1.92
160518--160629	52	2.2	51	90	3	163	36	22	15	25	1.93
160643--161099	50	9.0	50	96	3	824	37	24	14	23	1.92
160643--161099	102	4.5	101	97	1	844	37	24	14	23	1.92
160643--161099	202	2.2	205	97	1	859	37	24	14	23	1.92
162052--162115	1	64.0	1	76	0	56	3	9	0	87	0.64

Tables:   1   2