genome.fa.s3855.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003855.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008287_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  151768

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18067--18106	21	1.9	21	89	0	62	15	27	25	32	1.95
20700--20770	30	2.4	30	95	0	133	15	26	14	43	1.85
24423--24488	27	2.3	29	80	15	75	45	3	0	51	1.16
36891--36961	35	2.0	35	97	0	133	36	12	38	12	1.82
40068--40128	16	3.8	16	88	0	95	59	22	9	8	1.56
40086--40136	26	2.0	26	84	7	68	60	19	9	9	1.55
40340--40385	11	4.1	11	83	5	65	26	28	19	26	1.99
41253--41285	14	2.4	14	89	0	57	54	27	12	6	1.60
46316--46374	25	2.3	26	97	2	111	18	15	27	38	1.91
58070--58100	9	3.3	9	95	4	53	70	0	0	29	0.87
58118--58144	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
58187--58344	38	4.1	36	79	13	165	46	5	3	44	1.43
58187--58434	42	6.0	40	79	16	249	47	5	2	43	1.40
58217--58344	37	3.5	35	87	9	175	46	5	3	45	1.42
58327--58358	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
58289--58434	50	3.1	50	79	17	168	48	4	2	44	1.36
58212--58451	130	1.9	125	88	9	369	47	5	2	45	1.39
58212--58443	125	1.8	124	90	8	362	47	5	2	44	1.39
59499--59785	41	6.9	40	77	11	226	35	17	18	28	1.94
59625--59826	82	2.5	82	81	10	227	36	16	15	31	1.90
59648--59826	82	2.2	82	84	7	229	35	15	16	33	1.90
59625--59848	41	5.4	40	79	7	184	36	16	16	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60395--60761	42	8.8	42	87	3	496	26	20	19	33	1.96
60352--60778	83	5.1	83	83	6	501	27	20	18	33	1.96
60395--60776	125	3.1	123	90	3	559	26	20	18	33	1.96
73070--73113	21	2.1	21	86	0	61	43	18	38	0	1.50
73584--73959	43	8.5	42	76	12	294	31	24	15	28	1.95
73654--73960	86	3.6	87	83	4	336	32	23	14	29	1.94
73651--73960	129	2.4	129	88	0	431	31	23	14	29	1.94
76963--77014	24	2.2	24	82	0	59	46	7	3	42	1.51
76982--77035	25	2.2	24	83	3	63	51	3	7	37	1.48
77750--77842	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
77750--77842	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
77769--77903	41	3.3	41	84	4	148	37	21	20	20	1.94
77831--77924	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
78497--78662	20	9.1	19	73	16	127	12	21	21	44	1.85
78502--78578	39	2.0	39	84	5	102	10	19	24	45	1.81
78550--78637	33	2.6	33	85	1	122	11	22	25	40	1.87
80663--80785	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
80719--80785	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
82140--82175	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
82359--82485	33	3.9	32	85	8	184	14	22	19	43	1.88
82352--82484	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
84772--84796	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84971--85024	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
86080--86137	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
86156--86290	19	7.6	19	84	13	182	14	21	17	46	1.83
86156--86275	52	2.3	52	98	0	231	14	21	16	47	1.82
86188--86290	33	2.9	35	87	11	147	13	21	18	46	1.83
88280--88346	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
88335--88392	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
88319--88397	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
88404--88499	19	5.7	18	73	21	91	12	19	21	45	1.83
88428--88483	14	3.7	14	78	17	67	8	16	25	50	1.74
88409--88499	32	2.8	33	93	3	166	12	18	21	47	1.81
88486--88527	20	2.1	20	90	0	66	16	21	21	40	1.91
88472--88537	19	3.4	19	81	4	78	15	21	24	39	1.91
89009--89053	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
90382--90419	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
90669--90712	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
90880--90993	20	5.7	20	77	10	90	25	16	24	33	1.96
90982--91074	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
90921--91055	41	3.3	41	84	4	148	20	20	21	37	1.94
90982--91074	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
92859--92910	24	2.2	24	82	0	59	46	7	3	42	1.51
92878--92931	25	2.2	24	83	3	63	51	3	7	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93411--93454	16	2.8	16	89	0	61	22	22	6	47	1.75
93892--93940	20	2.4	20	86	10	64	20	0	34	44	1.52
93888--93944	7	8.3	7	78	3	62	19	0	33	47	1.50
94017--94050	9	3.9	9	84	7	52	38	0	5	55	1.24
94019--94057	17	2.2	18	95	4	71	41	2	5	51	1.38
94667--94715	25	2.0	24	88	4	71	38	4	8	48	1.52
95173--95340	2	86.0	2	67	17	86	45	5	2	46	1.40
95551--95575	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
95746--95881	13	9.1	15	76	12	104	42	4	5	47	1.45
100813--100908	31	3.1	31	95	0	165	31	11	15	41	1.83
104418--104447	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
107611--107683	32	2.3	32	88	4	103	41	10	16	31	1.83
111265--111328	20	3.2	19	84	8	74	40	7	12	39	1.72
111387--111441	20	2.7	21	80	5	67	40	9	12	38	1.75
116635--116687	24	2.2	24	86	0	70	20	18	37	22	1.94
117897--117941	20	2.2	20	84	4	54	64	2	22	11	1.36
133468--133512	6	7.3	6	80	14	56	80	0	15	4	0.87
133470--133512	11	3.5	12	79	17	52	79	0	16	4	0.90
137704--137732	12	2.4	12	100	0	58	6	34	6	51	1.55
140048--140259	65	3.3	63	80	7	230	27	16	25	31	1.96
140158--140208	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
140232--140270	12	3.6	12	74	25	50	25	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140223--140271	20	2.5	20	100	0	98	24	20	24	30	1.98
140447--140486	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
148611--148772	64	2.5	63	83	4	209	28	16	25	29	1.96
148614--148795	64	2.8	64	80	9	176	29	16	24	30	1.96

Tables:   1

The End!