genome.fa.s3857.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003857.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008291_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276966

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2767--2878	30	3.7	30	81	2	134	58	10	11	18	1.61
2982--3191	107	2.0	106	93	0	357	51	15	13	19	1.75
4524--4564	21	2.0	21	90	0	64	70	0	0	29	0.87
4820--4847	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7292--7318	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19995--20055	20	3.1	19	77	11	68	27	34	24	13	1.93
26364--26439	23	3.4	23	82	5	86	22	32	23	21	1.98
27125--27167	21	2.0	22	86	4	61	27	46	0	25	1.53
28631--28657	12	2.2	12	100	0	54	37	0	33	29	1.58
29751--29852	31	3.3	32	81	2	102	45	1	6	46	1.41
29805--30005	45	4.5	45	80	8	207	43	3	5	47	1.45
29835--30012	14	12.3	14	70	16	105	43	3	4	47	1.42
29754--29977	76	3.0	73	77	12	242	43	3	6	46	1.46
29887--30012	28	4.4	28	89	5	189	46	3	3	46	1.37
29937--30022	14	6.2	13	72	22	52	48	2	2	46	1.27
33033--33077	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
34192--34495	148	2.0	149	98	0	583	27	16	21	34	1.95
34474--34518	23	2.0	23	81	0	54	20	24	26	28	1.99
37778--37822	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
38260--38301	2	21.5	2	90	4	68	47	0	2	50	1.14
38956--39260	149	2.0	149	98	0	592	27	16	21	34	1.95
39239--39283	23	2.0	23	81	0	54	20	24	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40574--40682	23	4.8	23	88	1	157	22	41	23	11	1.87
41124--41297	60	2.9	59	85	3	231	29	14	18	36	1.91
42583--42608	11	2.4	11	100	0	52	30	0	23	46	1.53
66388--66552	80	2.1	80	96	0	303	38	9	19	32	1.83
75478--75502	13	1.9	13	100	0	50	28	24	8	40	1.83
76104--76342	118	2.0	118	91	0	390	41	9	10	38	1.71
78059--78267	104	2.0	104	97	0	391	41	23	12	22	1.88
111423--111523	51	2.0	51	88	0	148	26	17	11	43	1.84
119842--119882	20	2.0	20	100	0	82	29	19	4	46	1.71
127097--127333	131	1.8	131	84	3	325	41	15	10	32	1.81
128170--128371	109	1.8	109	81	5	246	51	15	11	20	1.75
129100--129130	14	2.2	14	100	0	62	48	0	51	0	1.00
129537--129611	3	25.0	3	100	0	150	66	0	0	33	0.92
129806--130224	134	3.1	134	83	4	533	30	15	22	31	1.94
130544--130669	42	3.0	42	76	4	148	30	20	23	24	1.98
131025--131445	233	1.8	233	88	1	646	32	17	16	33	1.92
132563--132638	3	25.3	3	94	0	98	59	6	0	34	1.24
146547--146601	18	3.1	18	78	2	58	65	0	7	27	1.19
150946--151002	22	2.7	19	77	17	60	40	3	0	56	1.17
151224--151347	61	2.0	61	100	0	248	45	12	6	36	1.67
151731--151824	29	3.2	29	87	3	118	44	2	2	51	1.25
151731--151800	14	4.8	15	74	13	65	40	2	2	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151724--151810	14	6.1	14	72	15	61	37	2	2	57	1.24
151833--151917	37	2.3	37	84	8	102	52	1	0	45	1.08
152037--152125	29	3.2	29	73	10	87	51	2	1	44	1.21
152015--152133	55	2.2	54	75	10	120	49	1	0	47	1.17
152105--152166	31	2.0	32	84	9	83	54	1	0	43	1.09
154514--154560	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
154687--154754	11	6.4	11	77	16	54	36	4	0	58	1.18
155025--155060	14	2.6	14	90	0	54	55	2	11	30	1.49
156618--156684	23	2.9	23	97	0	125	26	22	11	38	1.89
156666--157056	162	2.4	163	83	4	484	25	18	17	38	1.92
156955--157175	119	1.9	119	87	3	329	22	19	15	42	1.88
156793--157309	282	1.8	281	82	3	662	25	19	16	39	1.92
156793--157339	283	1.9	281	81	2	659	25	19	16	39	1.92
157074--158307	163	7.6	163	80	5	1124	27	18	16	37	1.92
157074--158307	486	2.5	483	81	3	1347	27	18	16	37	1.92
157074--158307	323	3.8	323	79	6	1138	27	18	16	37	1.92
158481--158845	100	3.6	103	83	6	419	35	11	20	32	1.89
158785--158974	66	2.9	66	73	12	194	38	13	17	31	1.88
158927--159069	66	2.2	65	80	6	146	41	12	13	31	1.82
160917--160954	9	4.1	9	89	3	58	0	13	2	84	0.73
162302--162342	21	2.0	21	85	9	57	63	2	12	21	1.40
164944--165012	23	2.9	23	80	8	77	28	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171810--171943	23	5.9	23	87	3	191	27	24	16	31	1.96
188119--188166	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
188265--188300	14	2.6	13	87	12	54	63	0	11	25	1.27
193233--193290	27	2.1	27	80	0	62	56	6	15	20	1.62
197480--197547	23	3.0	23	84	0	91	20	20	23	35	1.96
202236--202322	23	3.7	23	77	7	77	20	14	18	45	1.84
206209--206547	169	2.0	167	83	2	428	33	18	12	35	1.88
207693--207730	19	1.9	19	89	5	58	52	23	0	23	1.47
208616--208681	3	21.3	3	84	6	87	31	0	3	65	1.08
209986--210023	19	1.9	19	89	5	58	39	2	0	57	1.12
214443--214568	64	1.9	66	82	9	161	32	19	20	27	1.97
214443--214584	64	2.2	66	81	7	157	32	19	20	27	1.97
215051--215087	16	2.2	17	90	4	58	18	5	24	51	1.67
215468--215527	21	2.9	21	89	0	84	26	18	26	28	1.98
216204--216247	12	3.7	12	93	6	72	25	31	15	27	1.96
217507--217730	64	3.5	64	83	4	236	34	19	18	27	1.95
217551--217730	64	2.8	65	86	2	238	34	20	18	26	1.96
218387--218480	31	3.0	31	92	0	152	18	17	24	40	1.91
220229--220329	23	4.3	23	84	1	103	30	23	21	23	1.99
221288--221444	64	2.5	64	81	8	160	27	18	19	34	1.95
225573--225637	24	2.7	23	81	11	69	70	4	6	18	1.26
225664--225735	2	36.5	2	94	2	128	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225827--225869	19	2.3	18	84	15	52	67	6	2	23	1.27
227386--228116	105	7.0	105	95	0	1275	23	17	24	33	1.96
227212--228116	315	2.9	316	92	3	1452	23	18	24	33	1.96
239444--239494	24	2.2	23	86	10	68	70	5	3	19	1.24
239661--239704	19	2.3	18	85	14	54	68	6	2	22	1.25
241605--241705	23	4.3	23	83	1	94	30	22	21	24	1.99
241712--241929	103	2.1	103	94	0	391	37	23	12	26	1.91
245912--246127	61	3.5	63	78	7	199	33	19	18	28	1.95
246784--246843	31	1.9	31	90	6	95	18	16	25	40	1.91
249630--249967	83	4.0	83	86	3	419	34	19	18	26	1.95
250387--250477	3	30.3	3	100	0	182	34	0	0	65	0.93
251691--251727	17	2.2	17	90	0	56	10	8	0	81	0.89
251790--251864	25	2.9	25	78	7	62	29	9	0	61	1.27
252115--252156	18	2.3	18	80	11	50	21	4	11	61	1.48
252876--252979	52	2.0	50	94	3	181	39	14	21	25	1.91
257355--257390	2	17.5	2	94	5	63	47	0	2	50	1.15
270138--270212	19	4.3	19	71	19	56	29	4	0	66	1.09
270187--270238	23	2.3	23	80	6	61	38	3	0	57	1.17
270268--270347	36	2.3	34	82	6	99	28	6	2	62	1.32
270337--270366	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
270375--270404	15	2.1	14	93	6	51	16	6	0	76	0.99
270596--270638	15	2.9	14	80	13	50	16	2	4	76	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274291--274353	17	3.8	17	77	6	58	76	3	4	15	1.09
274501--274614	10	14.1	8	82	14	73	58	0	0	39	1.10
274523--274602	2	42.5	2	85	12	116	53	0	1	45	1.08
274517--274608	12	8.6	10	85	12	73	56	0	1	42	1.06
274446--274568	58	2.1	59	80	11	146	62	1	4	30	1.26
275841--275950	36	3.1	36	76	7	118	40	15	20	24	1.91
275850--275939	34	2.6	35	83	3	110	44	17	18	18	1.87
275976--276337	100	3.6	100	83	5	376	38	13	18	29	1.89
275993--276359	99	3.7	99	82	7	341	39	13	18	28	1.89
276255--276401	64	2.3	64	84	4	190	38	12	19	28	1.89

Tables:   1   2