Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01003870.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008333_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 41277
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Found at i:371 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 118--372 Score: 334
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
108 AGCTATTACA
* ***
118 ATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGAC
1 ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAAC
* ** * * * * *
183 AATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATA
66 AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCAACCTAGGGGTTAAGAGCTAATA
248 GGCC
131 GGCC
*
252 ATTGAAAATTTTCA-TTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGGGAAACAAA
1 ATTGAAAATTTT-ATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAA
* * *
316 CAATTCAAAATAAAACAACGCTA-AAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTAGTGGTTAA
65 CAATCCAAAATAAAACAACACTAGAAA-GAGGGCTTGAACCTCCAACCTAGGGGTTAA
373 CAACCATAGG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 2 0.02
134 100 0.97
135 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (134 bp):
ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAAC
AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCAACCTAGGGGTTAAGAGCTAATA
GGCC
Found at i:2183 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 238--2654 Score: 2294
Period size: 222 Copynumber: 11.0 Consensus size: 222
228 CTTGGGGTTA
* * *
238 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
*** ** * ** *
303 AATGGGAAACAAACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTAGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * ** * * *
368 GTTAACAACCATAGGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAACTTCAACCA
131 GTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
433 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAA
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
461 AGAGCTAATAGCCCATTG--AATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * * ** *
523 AAAGAGAAATGGTCAA-TCTGAGCTAAAACAACACTATAAGAATAGCTTGAACCTCCGACCTTGT
66 AATGGGAAATGGACAATTC-AAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * * * * *
587 GGTTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTAAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACC
130 GGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
*
652 AGTATTATTAGTTTGACAATTTTACCAAC
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * *
681 AGAACAAATAGGTCATTCAAAATTTGCTTTATAAAATTTTATAAA-TGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
** * * * * * *
745 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAATAACACTAAAAGAATGGCTTAAACCTCTGACC-T-TG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * * *
808 ATTAATGTCAGACGCTCTAACCAACTAAGCTATT-TAGCTAGTTGGACCTTT-AGATCC-ACCAG
131 GTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * ** *
870 TATTGTCAGTTTAACGCTTTTAACAA-
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
896 ATGTGCTAATA-GCCTTTTAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * *
960 AAATGGGAAATGCACAA-TCAGAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGATTTGAACCT-TGAACCT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCA-AGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGG-CTTGAACCTCTG-ACCT
** * * * * * * *
1023 TACGGTTAAAAGCCAAAAGCTCTAACAAATTGGACCTATTCCTA-CTAGTTGGA-ATATCAAGCT
127 TGTGGTT-AAAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCT-TTAAGCT
* * *
1086 CCAACCA-TATTGTCAGTTTGAC-ACTTTACCAAT
188 CCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
1119 TGAGCTAAAAGGCAATTGAAACTTTTCTTTATATAACTGTAT-AATTGG-AATTATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * * *
1182 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGA-GGCTTGAACCTCAGACCTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* *
1246 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTT-AGCTCCAA-C
130 GGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
*
1309 ATTATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAAC
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * *
1337 AGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAA-TATAT-AATTGGCAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * *
1398 AATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAA-GAGGGCTTGAACCTC-GAACATGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * *
1461 GTTAACAGCCACACAG-TCTAATCAACTAAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAA-CTCC-ACC
131 GTTAA-AGCCACAC-GCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
1523 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* *
1552 AGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTAT-AATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
** * * *
1616 AAT--G----GGACAATTTCAAATTAAAAC-ACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTAT
66 AATGGGAAATGGACAA-TTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * *
1674 GGTTAATGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACTA
130 GGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
1739 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * * *
1767 GGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAATTATATAAGTTGGCAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * ** * * *
1830 AATGAGAAA-GGAACAATCCGAGCTAAAACAATTCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCAAACATG
66 AATGGGAAATGG-ACAATTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTG
* * ** * *
1893 TGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTATAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAAC
129 TGGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
1958 CAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
193 CAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* *
1988 AAAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
** * * *
2053 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * *
2118 GTTAATGCCACATGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCAG
131 GTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * *
2183 TATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAA-
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * *
2209 ATGTGATAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTAATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * *
2274 AAATGGGAAATGGATAA-TCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTC-GTACCT
65 AAATGGGAAATGGACAATTC-AAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTG-ACCT
* * * * * * * * * *
2336 CGCGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAATCTC
127 TGTGGTT-AAAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTC
* * * * *
2400 CAACAAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT
189 CAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * *
2434 TGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAATGG-AATTATTTTGAAATT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * *
2498 AAATGGGAAATGGTCAA-TCTGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTG
65 AAATGGGAAATGGACAATTC-AAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG
* * *
2562 TGGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAATCTCCAAC
129 TGGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
** *
2627 CAACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAA
193 CAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA
2655 TAGCTAGTAG
Statistics
Matches: 1799, Mismatches: 324, Indels: 143
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
212 13 0.01
213 78 0.04
214 120 0.07
215 168 0.09
216 104 0.06
217 31 0.02
218 88 0.05
219 62 0.03
220 259 0.14
221 117 0.07
222 335 0.19
223 237 0.13
224 177 0.10
225 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (222 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
AATGGGAAATGGACAATTCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
GTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
Found at i:2761 original size:126 final size:127
Alignment explanation
Indices: 2531--2781 Score: 351
Period size: 126 Copynumber: 2.0 Consensus size: 127
2521 CTAAAACAAC
*
2531 GCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCT
1 GCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACAGAGCT
* * *
2596 ATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAATCTCCAACCAACATTATCAGTTTG-AAATTCTACCAATA
66 ATTCCAACTAATTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGAAAATTCTACCAATA
* * ** **
2657 GCTAGTAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCT
1 GCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACAGAGCT
* * * ** *
2722 ATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
66 ATTCCAACTAATTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGAAAATTCTACCAA
2782 AAGAGCTAAT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 16, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
126 97 0.90
127 11 0.10
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (127 bp):
GCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACAGAGCT
ATTCCAACTAATTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGAAAATTCTACCAATA
Found at i:3117 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 2665--3391 Score: 847
Period size: 224 Copynumber: 3.3 Consensus size: 223
2655 TAGCTAGTAG
* * * ** *
2665 GAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAAC
1 GAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGC
* * * * * * *
2730 TAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AAGAGCTAATAG
66 TAATTGGACTTTTAAGCTCCAACCAGTATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACTA-AGCTAATAG
* ** ** * * *
2794 TCTATTG--AATTGTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAAT
130 GCCGTTGAAAATT-TTCATTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAAT
* * * **
2857 GGTCAATCCGAGCTAAAACAACACTAG-AA
194 GGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAA
* * *
2886 GAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGTTAATAGCCACACGGTCTAACCAA-ATGAGCTATTCCA
1 G-AGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACA-GAGCTATTCCA
* * * *
2950 GCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAAATATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACTAAGCTAATA
64 GCTAATTGGACTTTTAAGCTCCAACCAGTATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACTAAGCTAATA
* *
3015 GGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAAT
129 GGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAAT
*
3080 GGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAA
194 GGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAA
* ** * * * *
3110 GAGGGCTTGAACCTTTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTTTAACCAACAGAGTTATTCCAGC
1 GAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGC
* * * * *
3175 TAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTTGTTATTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGACTA
66 TAATTGGACTTTTAAGCTCCAACCAGTA-TTATTAGTTTGACACTTTTACCAACTAAGCT-AATA
* *
3239 GGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTTATGGGAAAT
129 GGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAAT
* *
3304 GAATAATTCAAATTAAAACAACACTA-AAA
194 GGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAA
* * *
3333 GGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
1 -GAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTA
3392 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 70, Indels: 17
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
221 2 0.00
222 108 0.25
223 147 0.35
224 169 0.40
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
GAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGC
TAATTGGACTTTTAAGCTCCAACCAGTATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACTAAGCTAATAGG
CCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGG
ACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAA
Found at i:3508 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 3268--3524 Score: 372
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
3258 TATATAACCG
**
3268 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTAAAA
1 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTAAAA
* *
3333 GGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGGC
66 GGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGGC
3398 CAT
131 CAT
* * * ** *
3401 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGA-CATTCCAAGTTAAAACAATGCTAGA
1 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAATAATT-CAAATTAAAACAACACTAAA
* * * *
3465 AGGAGGGCTTGAGCCTCTGACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTA
65 AGGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTA
3525 TTCCAACTAG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 14, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
132 3 0.03
133 106 0.97
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (133 bp):
TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTAAAA
GGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGGC
CAT
Found at i:3765 original size:356 final size:351
Alignment explanation
Indices: 3007--4077 Score: 1071
Period size: 356 Copynumber: 3.0 Consensus size: 351
2997 TTACCAACTA
* * *
3007 AGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAA
1 AGCTAATAGGCC-TTGAAACTTTTC-TTA-ATAACT-TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
* * *
3072 TGGGAAATGGACAATT-CAAATTAAAACAACGCTAGAAAGAGGGCTTGAACCTTTGACCTTGTGG
62 TGGGAAATGGAC-ATTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * * *
3136 TTAATAGCTACACGCTTTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAG
126 TTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * * * * **
3201 TATTTGTTATTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGACTAGGCCGTTGAAAATTTTCA-TTATATAA
191 TA-TTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTAAGT-AATAGACAATT-AAAATTTT-ATTTATATAA
** ** * * * **
3265 CCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTA
252 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAACACTA
3330 AAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAC
317 AAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAC
* * * * * *** *
3365 AAC-CACACG-CTCTAACCAACTGAGC-TAATAGGCCATTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGCTAATAGGCCT-TGA--AACTTTTCTTAATA--AC-TTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * *
3427 AATGGGAAATGGACATTCCAAGTTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCTGACCATGTG
60 AATGGGAAATGGACATTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * *
3492 GTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCA
125 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
3557 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCACCTGAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAAT
190 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTAAG-TAATAGACAATT-AAAATTTTATTTATATAAT
* *
3622 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAG
253 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAACACTA-
* * * * * * *
3687 CAA-GAGGTCTTGAACTTTCGACCTTG-GGTTAAG
317 AAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAC
3720 AGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTAA
1 AGCTAATAGGCC-TTGAAACTTTTC-TTA-ATAACT-TATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTAA
* * * * * *
3784 ATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGG
61 ATGGGAAATGGACATTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
** ** *
3849 TTAATAGCCACACATTCTAACCTTCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAT
126 TTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * * * * * *
3914 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAAAGTTAATA-ATCTATTATAATTTTTTTTATATAATT
191 TATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTAAG-TAATAGA-CAATTAAAATTTTATTTATATAATT
* * * * ** *
3978 ATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAATAATGCTAGA
254 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAACACTAAA
* * * * *
4043 AGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAAC
319 AGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAC
4076 AG
1 AG
4078 TCACACGGTC
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 109, Indels: 44
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 113 0.19
356 310 0.53
357 147 0.25
358 11 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (351 bp):
AGCTAATAGGCCTTGAAACTTTTCTTAATAACTTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGG
AAATGGACATTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAT
AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTG
TCAGTTTGACACTTTTACCAACTAAGTAATAGACAATTAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAA
TTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAACACTAAAAGGAGGG
CTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAC
Found at i:3832 original size:133 final size:134
Alignment explanation
Indices: 3586--3852 Score: 362
Period size: 133 Copynumber: 2.0 Consensus size: 134
3576 TTTACCACCT
* *
3586 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAA
1 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAA
* *
3651 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTTC-GACCTTG-G
66 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAAC-CTCAGACCTTGTG
3714 GTTAA
130 GTTAA
* * * * * *
3719 GAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGAA
* * *
3783 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
65 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
3847 GGTTAA
129 GGTTAA
3853 TAGCCACACA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 13, Indels: 7
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
132 6 0.05
133 105 0.90
134 6 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (134 bp):
GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAA
ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGG
TTAA
Found at i:4296 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 3718--5881 Score: 2348
Period size: 223 Copynumber: 9.7 Consensus size: 223
3708 CCTTGGGTTA
* *
3718 AGAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * *
3782 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* ** **
3847 GGTTAATAGCCACACATTCTAACCTTCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* *
3912 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
195 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * ** * * * * * *
3941 AAAGTTAATAATCTATT-ATAATTTTTTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * *
4005 AATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAATAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGT
66 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGT
* * * * *
4069 GGTTAACAGTCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
4134 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
195 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * *
4163 AGAGTTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* ** * *
4228 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
4293 GTTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACC
131 GTTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
4356 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAA-
195 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * *
4384 ATGTGCTAATATGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACCGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * * *
4449 AAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCG
65 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTG
* * * * * * * * *
4513 CGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAAGCTCCA
129 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * * *
4577 ACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT
192 ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * *
4609 TGAGCTAATAGGCAATTG-AATTTTTTTTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTATTTTGAAAT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTT-ATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAG
** * * * * *
4672 TAAATGGGAAATGGTTAATCCGAGCTAAAACAACGCTATAAGGAGTGCTTAAACCTCCGACCTTG
64 TAAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG
* * * * * *
4737 TGGTTAACAGCCACACGCTATAACCATCTATAAGCTATTCCAGCTAATTTGATCTTTAAGCTCCA
129 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAC--TGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * *
4802 ACCAGTATTATCAGTTGGAAAATATTACCAAC
192 ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
*** * * * *
4834 AGAGCTAATAGAATATTG-AATTTTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
** * *
4898 AATAAGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
4963 GTTAACAGCCACACACTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
**
5028 ACATTATCAGTTTGA-AATTTTACC-A-
196 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
5053 ATAGCTAGTAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* *
5118 AATGGCAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
** * * * * * *
5183 GTTAACAGGTACACGCTCTATCCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
5248 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACGAAA
196 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** * * *
5276 AGAGCTAATATACTATTG---ATTTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * ** ** *
5338 AATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTAAAACCTCCAACCTAGTG
66 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * *
5403 GTTAACAACCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
5468 ATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
196 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
5496 TGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTAGATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * ** * *
5561 AATGGGAAATGGATAATTCAAATTAAAATAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTAACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * * *
5626 GTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
5691 GTATTGTTATTTTGACACTTTTACCAAC
196 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** * * * *
5719 TCAG-TGACTAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
1 AGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
** * * * ** * * * *
5783 TTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* *
5848 GGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
5882 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1622, Mismatches: 292, Indels: 54
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
219 13 0.01
220 350 0.22
221 25 0.02
222 414 0.26
223 465 0.29
224 271 0.17
225 83 0.05
226 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
Found at i:6192 original size:379 final size:379
Alignment explanation
Indices: 5490--6260 Score: 1048
Period size: 379 Copynumber: 2.0 Consensus size: 379
5480 TGACACTTTT
* * * * *
5490 ACCAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTAGATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTAGATAACAGTATAAATTAGCAATATTTTG
* * * * *
5555 AAAGTTAATGGGAAATGGATAATTCAAATTAAAATAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTAAC
66 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAAC
* * * *
5620 CTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTC
131 CATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
* * * * * * *
5685 TAACCAGTATTGTTATTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGACTAGGCCGTTGAAAATTTTCATTA
196 CAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
* ** * *
5750 TATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAA
261 CATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATAGGAAATGAATAATCCAAATTAAAACAA
* *
5815 CACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTA
326 CACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
* *
5869 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACAGTTTAAATTAGCAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTAGATAACAGTATAAATTAGCAATATTTTG
* *
5934 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAGCACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGA
66 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCAA
* ** *
5999 CCATGTGGTTAACAGCCAGACGCTCTAACCAACTA-AGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGC
130 CCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGC
*
6063 TCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA-T-AGAGATAATAGGCCATTG-AAATGTTT
194 TCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTCAGTG--AATAGGCCATTGAAAAT-TTT
* ** * *
6125 CTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATAGGAAATGGA-AATCCAAGTTAA
256 CATTACATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATAGGAAATGAATAATCCAAATTAA
* * * *
6189 AACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTA
321 AACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
6248 ACCAACTGAGCTA
1 ACCAACTGAGCTA
6261 TTCCAACTAG
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 46, Indels: 10
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
378 3 0.01
379 194 0.57
380 143 0.42
381 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (379 bp):
ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTAGATAACAGTATAAATTAGCAATATTTTG
AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAAC
CATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
CAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
CATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATAGGAAATGAATAATCCAAATTAAAACAA
CACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
Found at i:6287 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 5869--6455 Score: 748
Period size: 222 Copynumber: 2.6 Consensus size: 222
5859 ACACGCTCTA
* * * ** * * *
5869 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACAGTTTAAATTAGCAATATTTTG
1 ACCAACTGAGATAATAGGCCATT-GAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
* * *
5934 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAGCACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGA
65 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCGA
* * * * * * *
5999 CCATGTGGTTAACAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCT
129 CCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCT
*
6064 CCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTT
194 CCAACCAGTATTATAAGTTTGACAATTTT
*
6093 ACCAA-TAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
1 ACCAACT-GAGATAATAGGCCATTGAAAT-TTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
* *
6157 GAAAGTAAATAGGAAATGGA-AATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGA
64 GAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGA
* *
6221 CCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCT
129 CCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCT
* *
6286 CCAACCAGTATTGTAAGTTTGACACTTTT
194 CCAACCAGTATTATAAGTTTGACAATTTT
* ** * * *
6315 ACCAACTGAGCTAATATACAATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTATTATTTTG
1 ACCAACTGAGATAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
* * * * *
6380 AAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGTCTTGAACTTCCGA
65 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAG-AAGGAGGGCTTGAACCTCCGA
* *
6444 CCTTGGGGTTAA
129 CCATGTGGTTAA
6456 GAGCTAATAG
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 42, Indels: 13
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
222 154 0.49
223 92 0.29
224 69 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (222 bp):
ACCAACTGAGATAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGA
AAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACC
ATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCC
AACCAGTATTATAAGTTTGACAATTTT
Found at i:6445 original size:602 final size:577
Alignment explanation
Indices: 5301--7031 Score: 1914
Period size: 602 Copynumber: 3.0 Consensus size: 577
5291 TTGATTTTTT
* * * * * **
5301 TTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAA
1 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
* ** * *
5366 CAACGCTAGAAGAAGGGCTAAAACCTCCAACCTAGTGGTTAACAACCACACGGTCTAACCAAATG
66 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCT-GTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAATG
** * * * * * * *
5431 AGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAAATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
130 AGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA-
* * * *
5496 T-GAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTAGATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
194 TAGAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * **
5560 TAATGGGAAATGGATAATTCAAATTAAAATAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTAACCTTGT
258 AAATAGGAAATGGA-AATCCAAGTTAAAATAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* * * * * * * *
5625 GGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACC
322 GGTTAATAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * * *
5690 AGTATTGTTATTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGACTAGGCCGTTGAAAATTTTCA-TTATAT
387 AGTATTGTAAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTT-ATTTATAT
** ** * * * *
5753 AACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACAC
450 AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACTAAAACAACAC
5818 TAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAA
515 TAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTG-GG-------------G-T-T----AA--GAGCTAA
5883 TAGGCCATTAAAAATTTTCA
558 TAGGCCATTAAAAATTTTCA
* * * * *
5903 TTATATAACAGTTTAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAA
1 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
* * * * *
5968 CAGCACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATGTGGTTAACAGCCAGACGCTCTAACCAACT
66 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCAACC-TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAAT
* *
6033 AAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA
129 GAGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA
*
6098 TAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
194 TAGAGCTAATAGGCCATTGAAAT-TTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * *
6163 AAATAGGAAATGGAAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGACCATGTG
258 AAATAGGAAATGGAAATCCAAGTTAAAATAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * *
6228 GTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCA
323 GTTAATAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
** *
6293 GTATTGTAAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATATACAATTGAAAATTTTATTTATATAAT
388 GTATTGTAAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAAT
* * * *
6358 TGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAG
453 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACTAAAACAACACTA-
* * * * *
6423 CAA-GAGGTCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCA
517 AAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCA
* * * ***
6483 TTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGGGAAACAAACAATTCAAAATAAAA
1 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
* * *
6548 CAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTGGTTAACAGCCACAGGCTCTAACCAATTG
66 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACC-TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAATG
* * * * *
6613 AGCTATTCCAGCTTCTTTGACCCTTAAACTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAA
130 AGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAT
* * * * *
6678 AGAGCTAATAGCCCATT-AAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAA
195 AGAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* ** * * *
6741 A-AGAGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAATAACACTATAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
260 ATAG-GAAATGG-AAATCCAAGTTAAAATAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * * *
6805 GTTAATAGCCACAA-GTTCTAACCAACTAAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACC
323 GTTAATAGCCA-AACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * * * * * *
6869 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAACTAATAGGCCATTCAAAATTTTCTTTATAAAA
387 AGTATTGTAAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAA
* * * *
6934 TTTTATAAA-TGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAATAACACTA
452 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACTAAAACAACACTA
* * * *
6998 AAAGAATGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTAA
517 AAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGGGGTTAA
7032 TGTCAGACGC
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 158, Indels: 48
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
575 4 0.00
576 114 0.12
577 162 0.17
578 6 0.01
579 107 0.11
580 103 0.11
582 2 0.00
586 1 0.00
587 1 0.00
588 1 0.00
601 3 0.00
602 302 0.31
603 153 0.16
604 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (577 bp):
TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAATGA
GCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAATA
GAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
TAGGAAATGGAAATCCAAGTTAAAATAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTT
AATAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA
TTGTAAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAATTGT
ATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACTAAAACAACACTAAAAG
GAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCA
Found at i:6569 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 6335--6589 Score: 334
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
6325 CTAATATACA
* * ***
6335 ATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGAC
1 ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAAC
* ** * * * *
6400 AATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATA
66 AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGGGGTTAAGAGCTAATA
6465 GGCC
131 GGCC
*
6469 ATTGAAAATTTTCA-TTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGGGAAACAAA
1 ATTGAAAATTTT-ATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAA
* * *
6533 CAATTCAAAATAAAACAACGCTA-AAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTGGTTAA
65 CAATCCAAAATAAAACAACACTAGAAA-GAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGGGGTTAA
6590 CAGCCACAGG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 2 0.02
134 100 0.97
135 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (134 bp):
ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAAC
AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGGGGTTAAGAGCTAATA
GGCC
Found at i:7845 original size:443 final size:444
Alignment explanation
Indices: 6455--15189 Score: 3670
Period size: 443 Copynumber: 19.4 Consensus size: 444
6445 CTTGGGGTTA
* * * *
6455 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
*** * * * * *
6520 AATGGGAAACAAACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * ** * * * *
6585 GTTAACAGCCACAGGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCAGCTTCTTTGACCCTTAAACTTCAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
6650 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTAATAGCCCATT-AAATTTT-TTTATATAATT
196 ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACC-AAATAGTTAATAGCCTATTAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * * * * * * ** *
6713 ATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAAAGAGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAATAACACTATA
260 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTAGA
* * * * * * *
6778 AGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTAAGCTATTCTA
325 AGGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTA
*
6843 ACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
390 ACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
6898 AGAACTAATAGGCCATTCAAAATTTTCTTTATAAAATTTTATAAA-TGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * *
6962 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAATAACACTAAAAGAATGGCTTAAACCTCTGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * * * ** *
7027 GTTAA-TGTCAGACGCTCTAACCAACTAAGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTTCAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * ** * *
7091 GTATTGTCAGTTT-AACGCTTTTAACAAAT-GTGCTAATAGGCCTTTTAAAATTTTCTTTATATA
196 ATATTATCAGTTTGAA-AATTTTACCAAATAGT--TAATA-GCCTATTAAAATTTTCTTTATATA
* * * **
7154 ACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT-ACGAAATGCACAATTAGAGTTAAAAC-ATCG
257 ATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGA-GAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAAT-G
* ** * * * * * *
7217 CTAGAAGGAGGGATTTGAACC-TCGAACCTTACGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACAAATTGGAC
320 CTAGAAGGAGGG-CTTGAACCTTCGAA-CTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAG
* * * * * *
7281 CTATTCCT-ACTAGTTGGAACATCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT
382 CTATT-CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
7344 TGAGCTAAAAGGCAATTGAAACTTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * ** ** * *
7408 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAATCCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CGACCTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
*
7472 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
7537 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACATAGTTAATAGTCTATTATAATTTT-TTTATATAAT
195 AATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-ATAGTTAATAGCCTATTAAAATTTTCTTTATATAAT
* * * *
7601 TATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGTTAG
259 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTAG
* * * *
7666 AAGGAGGGCTTGAACCTTTGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCT
324 AAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCT
7731 AACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
389 AACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
7787 AGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTATTAATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * *
7852 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTCGAACCTCTGACCTTATG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * * *
7917 GTTAA-TGCCACACGCTCTAACCATCTAAGCTATTCCAGCTAGTTAGACCTTTAAGCTCCAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* ** * *
7981 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACGGAGTTAATAGTCTATTATAATTTT-TTTATATAATT
196 ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-ATAGTTAATAGCCTATTAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * *
8045 ATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATTCTAGA
260 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTAGA
* * * *
8110 AGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCCAATCAACTGAGCTATTCTA
325 AGGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTA
*
8175 ACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
390 ACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * *
8230 AAAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
*
8295 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * * *
8360 GTTAA-TGCCACATGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * *
8424 ATATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT-GTGCTAATAGGCCT-TTGAAAATTTTCTTAATATA
196 ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAATAGT--TAATA-GCCTATT-AAAATTTTCTTTATATA
* * * * * **
8487 ACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAAC-ATCGC
257 ATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAAT-GC
* * * * * * *
8551 TA-AAGTAGGGCTTTGAACC-TCGGACCTCGCT-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAG
321 TAGAAGGAGGGC-TTGAACCTTC-GAACTTG-TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAG
* * * * * * * *
8613 TTATTCCT-ACTAGAT-GAACTTTCAAGATCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT
382 CTATT-CTAACTAGTTGGACCTTT-AAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
8676 TGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
*** * * ** * * * **
8740 AAACAAGAAATGGACAATCCGAGCTAAAATAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTATGA-CTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* *
8804 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCATC-AGTTGAACCTTTAAGCTCCAACC
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * **
8868 AACATTATCAGTTTG-AAATTTTACC-AATAGCTGGTAGGCC-ATTGAAAATTTTCTTTATATAA
195 AATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAATAGTTAATA-GCCTATT-AAAATTTTCTTTATATAA
* * * * *
8930 TTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACGCTA
258 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTA
* * ** *
8995 GAAGGAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATT
323 GAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATT
* * * * * *
9059 CCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAA
387 CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * *
9117 AGAGCTAATAGTCTATTG--AATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * ** ** ** *
9179 AATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGGTAGAAGAAGGGCTAAAACCTCCGACCTAGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * * * * * *
9244 GTTAAAAACCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * * * * *
9309 ATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCGT-TGAAAATTTTCATTAGATAA
196 ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAT-AGTTAATA-GCC-TATTAAAATTTTCTTTATATAA
* * * * * * *
9373 CTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTA
258 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTA
* * * * * *
9438 GAAGGAGGGCTTGAACC-TCTAACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAGCAGAGTTATT
323 GAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAA-CTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATT
* * * * * * * * *
9502 CCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTATTTTGACACTTTTACCAAC
387 CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** * * * *
9560 TTAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTTGTAATATTTTGAAAGT
1 AGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
** * * * * *
9624 TTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* * * * ** ** * * **
9689 GGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAAT--AGGCCA-TTAAAAATTTTCA-TTATAT
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCA-GCTAGTT-GGACCTTTAAGCTCCA-
* * * * * ** * ** * * * * ** **
9750 AACAGT-TTA--AATTAGCAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAA
192 ACCAATATTATCAGTTTG-AAAATTTT---ACCAAATAGTTAATAGCCTATTAAAATT--TTCTT
* * **** ** ** ** **
9812 CACTAGAA-TG-AGGGCTT-G-AACCTCCCGACCTTG-TGGTTAACA-GCCAGACGCTCTAACCA
251 TA-TATAATTGTATAAATTGGTAA--T----ATTTTGAAAG-TAA-ATG--AGA-AAT-GGA-CA
** ** * ***** * * * * ** * * ****
9871 A-CTAAGTT-ATTCCA-GCTTCTTTGA--CCTTTAAGC-TCCAACCAGT-ATTATA-TGTTTGAC
302 ATCCGAGTTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTA-ACAGCCACAC
** * * ** * * ** * ** *
9928 AATTTTACCAA-TAGAG--ATAATAGGCCA-TT-GAAATGTT--TCT-TTA-CA-TAATTGTATA
366 GCTCTAACCAACT-GAGCTATTCTA-ACTAGTTGGACCT-TTAAGCTCCAACCAGT-A-T-TATC
* * *
9983 AATTGGTA-ATATTTT---GA-
425 AGTTTG-ACA-ATTTTACCAAC
** * * ***** *** **** **
10000 A-AG-TAA-ATGGGAAATGGAAATCCAGGTTA-A-AACAACACTAGAA--GG--AGGGCTTGAGC
1 AGAGCTAATA-GGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTA-TA-AATTGGTAATATTTTGAAA
* * ** * * * **
10056 CTCCGACCATGTGG---TTAACAA-CCAAACGCTCT-AACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGG
63 GT---A-AATG-GGAAATGGACAATTCAAA---T-TAAAACAAC--A-CTA---GAAGAAG--GG
* * * * * * ** **** * * * * ** *
10116 ACCTTCAAGCTTCAACC-AGT-ATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATATA-C-AA
111 --CTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAG
* ** * ** * * * * * ** * **
10177 TTGAAAATTTTA--TTTATA-TAAT-TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATG
174 TTGGACCTTTAAGCTCCA-ACCAATAT-TATCAGTTTG-AAAATTTT---ACCAAATAGTTAAT-
* * * *** ** * * * * * * *
10238 GACAATCCGAGCTAAAA-CAACACTAGCA-AGA-GGTCTTGAACTTCCG-ACCT-TGGGGTT-AA
232 ----AGCCTA-TTAAAATTTTCTTTA-TATA-ATTGT-AT-AAATT-GGTA-ATAT---TTTGAA
** * * *** * ****
10297 GAGCT-AAT-AGGCCATTGAAAATTTTTA-TT-ATACAATTGCATA-AATTGGTAATATTTTGAA
283 -AG-TAAATGA-GAAATGGACAA-TCCGAGTTAAAACAA-TGC-TAGAA--GG--AGGGCTTGAA
** * * * ** * * * ** * ** *
10357 --AGC-AA-ATG-GG-AAACA--AACA-ATTC-AA--AA-TAAAACAACGCTAA-AAGGAGG-GC
338 CCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCTAACTAGTTGGACC
* * * * * ** * * *
10407 TTGAACCTCCAACCTTGTGGTTAACAG--CCACAGGCTCTAACCAAC
402 TTTAAGCTCCAACC-AGT-ATTATCAGTTTGACA--ATTTTACCAAC
* * * ** * * ** * * * * * *
10452 TGAGCTATTCCA-GCTTCTTTG-ACCTTTAAACTTCA-ACCAGTATTATCAGTTTG-AAAATTTT
1 AGAGCTAAT--AGGC--CATTGAAAATTT--TCTTTATATAACT-GTATAAATTGGTAATATTTT
* ** * * * * * ** * ****
10513 -ACCA--AAA-GAGCTAATAGCCCATTGAATTTTTTTATATAATTATA-TA-AATTGATATTATT
59 GA-AAGTAAATG-GGAAATGGACAATTCAA----ATTA-A-AACAACACTAGAA--GA-A-GGGC
** *** ***** * * * * * * *
10572 TTGAAAGTAAAAGGGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAACAACACTATAA-GAA--GGGCTTGAACC
112 TTGAACCTCCGA-CCTTGTGGTTAA-C--AGC---CAC-ACGCTCTAACCAACTGAGC-T--A-T
* * ** * * * **
10634 TCCGACCTTG-TGGTTAATAGCC-ACAAGTTCTAACCAACTAAGCTATTCTAACTAG-TTGGACC
165 TCC-AGCTAGTTGG-----A-CCTTTAAG--CT--CCAACCAA--TA-T-TATC-AGTTTGAAAA
* ** *** * *
10696 TTTAGGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTA-CCAACAGAACTAATAGGCCATTA-AA
214 TTT----T---ACCA--A--AT-AG-TT---AA---TAGCCTA-TTAA--AAT-TTTCTTTATAT
** * * *
10759 AATTTGCTTCATAAAATTTTATAAATGGAAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAA
256 AA-TTG--T-AT-AAA-TTGGT-AAT------ATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGA
* * * ** * * * * * * * *
10824 ATAAAAATAACACTAAAAGAATGGCTTAAACC-TCTGACCTTGTGGTTAA-TGTCAGACGCTCTA
308 GTTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTA
* * * * * **
10887 ACCAACTAAGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTAACGCTT
372 ACCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATT
*
10952 TTAACAA-
437 TTACCAAC
* * * *
10959 ATGTGCTAATAGGCCTTTTAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * *
11024 AAATGGGAAATGCACAA-TCAGAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGATTTGAACCT-CGAACCT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCA-AATTAAAACAACACTAGAAGAAGGG-CTTGAACCTCCG-ACCT
** * * * * * * * * *
11087 TACGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACAAATTGGACCTATTCCTA-CTAGTTGGAACATCAAGCTC
127 TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTC
* * * * * * * * * *
11151 CAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAAAAGGCAACTAAAACTTTTCTTTA
190 CAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAT-AGTTAATAGCCTATTAAAA-TTTTCTTTA
* * * * *
11216 TATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCA
253 TATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACA
* * * *
11280 ACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACC-TCAGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGA
317 ATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGA
* * * * *
11344 GATATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
381 GCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * *
11408 AGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * ** ** * * * *
11471 AATGAG-AATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * * * *
11535 GTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * *
11600 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTATTAGGCC-ATTGAAAATTTTCTTTATATAA
196 ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-ATAGTTAATA-GCCTATT-AAAATTTTCTTTATATAA
* * * * * * **
11664 TAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTA
258 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTA
* *
11729 GAAGAAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAT
323 GAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GAACTTGTGGTTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAT
* ** * * * *
11791 TCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAA-
386 TCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
11849 ATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * *
11914 AAATGGGAAATGGATAA-TCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTC
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAA-TTAAAACAACACTAGAAGAAGGGC-TTGAACCTCCGACCTT
* * * * * * * *
11977 GCT-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTA-CTAGAT-GAACTTTCAAGAT
128 G-TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTT-AAGCT
* * * * * * * *
12039 CCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAG-GTAATTGAAAATTTTCTT
189 CCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAT-AGTTAATAGCCT-ATT-AAAATTTTCTT
* * * * ** *
12103 AATATAACTGAATAAAGTGG-AATTATTTTGAAAGTAAACAAGAAATGGACAATCCGAGCTAAAA
251 TATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAA
* *
12167 TAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTAT-G-ACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT
315 CAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT
* * * * **
12230 GAGCAATTCCATC-AGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGA-AATTTTACC-A
379 GAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA
12292 -
444 C
* ** * *
12292 ATAGCTGGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * *
12357 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * ** * * * * *
12422 GTTAATAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCA
131 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * *
12487 GTATTATCAATTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTAATAGTCTATT-GAATTTT-TTTATATAATT
196 ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACC-AAATAGTTAATAGCCTATTAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * * *
12550 GTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAAAACGCTA
260 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAA--ACAATGCTA
* * * * * * * * *
12615 GAAGAAGTGCTTAAATCTCCGACCTAGTGGTTAACAACCACACAG-TCTAACCAAATGAGCTATT
323 GAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACAC-GCTCTAACCAACTGAGCTATT
* * * * * * *
12679 CTAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAAATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
387 CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * *
12737 TGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAGTTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* *
12802 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAATG-AGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAA-GAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* * ** * * *
12866 GGTTAATAGCTC-CACGCTCTAACCAACAGATTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAAC
130 GGTTAACAGC-CACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
* * * * * * * * * *
12930 CAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCGT-TGAAAATTTGCATTATAT
194 CAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAT-AGTTAATA-GCC-TATTAAAATTTTCTTTATAT
** * * * * * * ****
12994 AACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACGCCAC
256 AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGC
* * * * *
13059 TAAAAAGG-GGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
321 T-AGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCT-
* * * ** ** ** * * * **
13123 ATAGAC-AACTGAAAAATT-TATTTATATAATTG-TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATG
384 AT--TCTAACT----AGTTGGACCT-T-TAA--GCT-CCAA---CCAGTATTAT--CAG--TTTG
** * **
13185 GGAAATGGA-CAATC
431 ACAATTTTACCAA-C
* * *** * * ** * * ** * ** *
13199 CGAGCTAAAACAACACTAGCAAGA-GGTCTTGA-ACTTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATAGG
1 AGAGCTAATAGGCCA-TTG-AAAATTTTCTTTATA--T---AAC-T-GTATAAATTGGTAATA--
* ** ** ** *
13262 CTATTGAAACTTTTCGTTATATAACTGTATAAATTGG--AATT-ATTTTGAAAGTAA-A-TGGGA
55 -TTTTGAAA------G---TA-AA-TG-GGAAA-TGGACAATTCAAATT-AAAACAACACT-AGA
* * * *** * * **** *
13322 A-ATGGTCAATCCGAGATAAACCAACGCTAGAATGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGT-TAA
104 AGAAGGGC--T-TGA-A-CCTCCGAC-CT----TG-TGG-TT-AA---CAG-CCACACGCTCTAA
* * * * * *** ** *** ** ***
13385 CAGCCAC--ACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCT-AG-TTGGACCTTTAAGGTCCAACCAT
152 C--CAACTGA-GCTAT-TCCAGCT-AGTTGGACC-TTTAAGCTCCAACCAATATTAT-C------
* * * *** * * * * *
13446 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACC-AACAGAGTTA-ATAGTCTATTATAATTTTTTTATATAATT
204 -------AGTTTGAAAATTTTACCAAATAG-TTAATAGCCTAT-TAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * *
13509 ATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACCATGCTAGA
260 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTAGA
* * * *
13574 ATGAGGG-TTGAACCTTCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTA
325 AGGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTA
13638 ACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
390 ACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* *
13693 ATAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA-TAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACT-GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* *
13757 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* *
13822 GGTTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAAC
130 GGTTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
* * * *
13885 CAATATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT-GTGCTAATAGGCCT-TTGAAAATTTTCTTTATA
194 CAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAATAGT--TAATA-GCCTATT-AAAATTTTCTTTATA
* * * * * ** **
13948 TAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACAGCG
255 TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATG
* * * * * * *
14013 CTA-AAGTAGGGCTTTGAACC-TCGGACCTCGCT-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGA
320 CTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTTC-GAACTTG-TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GA
* * * * * * *
14075 GTTATTCCT-ACTAGAT-GAACTTTCAAGATCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAA
381 GCTATT-CTAACTAGTTGGACCTTT-AAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA
*
14138 T
444 C
* * * * * *
14139 TGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTATTTTGAAATT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * ** * * * *
14203 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* *
14268 GGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACC
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
14333 AACATTATCAGTTTG-AAATTCTACC-AATAGTTAGTATGCC-ATTGAAAATTTTCTTTATATAA
195 AATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAATAGTTAATA-GCCTATT-AAAATTTTCTTTATATAA
* * *
14395 TTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTA
258 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTA
* * ** *
14460 GAAGGAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATT
323 GAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATT
* * * * * * *
14524 CCAACTAATTGGACCTTTGAGATTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAA
387 CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
14582 AGAGCTAATAGTCTATTG--AATTGTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTAAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATT-TTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * ** * *
14645 AAATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* * * * * *
14710 GGTTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACA
130 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * * * *
14775 AATATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACT-GTGCTAATAGGCCGT-TGAAAATTTTCATTATAT
195 AATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAATAGT--TAATA-GCC-TATTAAAATTTTCTTTATAT
* * * * * * * * *
14838 AACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGC
256 AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGC
* * * * ** *
14903 TAGAAGGAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAATAGCTATACGCTCTAACCAAGAGAGTTA
321 TAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
* * * * * * * * *
14967 TTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGCATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
385 TTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** * * *
15027 TCAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
1 AGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * *
15091 TAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAACACTAAAAGTA-GGCTTAAACCTCAGACCTTG
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAC-AACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTG
* *
15155 TGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
129 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
15190 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 6244, Mismatches: 1534, Indels: 1025
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
434 6 0.00
435 4 0.00
436 10 0.00
437 4 0.00
438 160 0.03
439 60 0.01
440 64 0.01
441 244 0.04
442 641 0.10
443 1211 0.19
444 477 0.08
445 875 0.14
446 1030 0.16
447 345 0.06
448 170 0.03
449 37 0.01
450 5 0.00
451 18 0.00
452 20 0.00
453 24 0.00
454 14 0.00
455 22 0.00
456 22 0.00
457 18 0.00
458 20 0.00
459 14 0.00
460 15 0.00
461 12 0.00
462 22 0.00
463 16 0.00
464 9 0.00
465 3 0.00
466 3 0.00
467 3 0.00
468 4 0.00
469 11 0.00
470 4 0.00
471 6 0.00
472 16 0.00
473 12 0.00
474 9 0.00
475 9 0.00
476 1 0.00
477 4 0.00
478 4 0.00
479 10 0.00
480 5 0.00
481 12 0.00
482 9 0.00
483 18 0.00
484 16 0.00
485 6 0.00
486 5 0.00
487 18 0.00
488 2 0.00
489 2 0.00
490 5 0.00
491 6 0.00
492 23 0.00
493 16 0.00
494 23 0.00
495 4 0.00
496 13 0.00
497 17 0.00
498 13 0.00
499 23 0.00
500 21 0.00
501 27 0.00
502 12 0.00
503 10 0.00
504 18 0.00
505 18 0.00
506 10 0.00
507 13 0.00
508 31 0.00
509 10 0.00
510 64 0.01
511 69 0.01
512 2 0.00
513 15 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (444 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAATAGTTAATAGCCTATTAAAATTTTCTTTATATAATTG
TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCGAGTTAAAACAATGCTAGAA
GGAGGGCTTGAACCTTCGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAA
CTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
Found at i:9539 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 6456--9722 Score: 3415
Period size: 223 Copynumber: 14.7 Consensus size: 223
6446 TTGGGGTTAA
* * *
6456 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
*** ** * **
6521 ATGGGAAACAAACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** ** * * * *
6586 TTAACAGCCACAGGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCAGCTTCTTTGACCCTTAAACTTCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* **
6651 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
6679 GAGCTAATAGCCCATT--AAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * * * *
6741 AAGAGAAATGGTCAA-TCTGAGCTAAAATAACACTATAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * *
6805 GTTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTA-AGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACC
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
*
6869 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
6899 GAACTAATAGGCCATTCAAAATTTTCTTTATAAAATTTTATAAA-TGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * *
6963 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAATAACACTAAAAGAATGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * ** *
7028 TTAA-TGTCAGACGCTCTAACCAACTA-AGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTTCAACCA
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * ** * *
7091 GTATTGTCAGTTTAACGCTTTTAACAAAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
7120 GTGCTAATAGGCCTTTTAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
** * * * *
7185 ATACGAAATGCACAATT-AGAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGATTTGAACCTC-GAACCTTA
66 ATGGGAAATGGACAATTCA-AGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGG-CTTGAACCTCTG-ACCTTG
* * * * * ** * * * *
7248 CGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACAAATTGGACCTATTCCTA-CTAGTTGGAACATCAAGCTCCA
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * *
7312 ACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
191 ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
7345 GAGCTAAAAGGCAATTGAAACTTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
* * * * **
7409 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAATCCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
7473 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
7538 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC-T
* * * * *
7568 -AGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * * * *
7630 ATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGTTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTTGAACATGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * *
7695 TTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
*
7760 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * *
7788 GAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTATTAATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * *
7853 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTCGAACCTCTGACCTTATGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * *
7918 TTAA-TGCCACACGCTCTAACCATCTA-AGCTATTCCAGCTAGTTAGACCTTTAAGCTCCAACCA
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
7981 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACG
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
8010 GAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * ** * *
8073 ATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATTCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTG
* * * * * *
8137 GTTAACAGCCACACGGTCCAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
8202 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* *
8231 AAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * *
8296 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * *
8361 TTAA-TGCCACATGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCAA
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * * *
8425 TATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
8453 GTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTAATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * *
8518 ATGGGAAATGGATAA-TCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTG-
* * * ** * * * *
8581 T-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTA-CTAGAT-GAACTTTCAAGATCC
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTT-AAGCTCC
* * * *
8643 AACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
190 AACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
8677 GAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
*** * * * * *
8741 AACAAGAAATGGACAATCCGAGCTAAAATAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTATGA-CTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * *
8805 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCATC-AGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
**
8869 ACATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAA-T
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
** *
8896 -AGCTGGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* *
8960 ATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** * * * *
9025 TTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* **
9090 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
9118 GAGCTAATAGTCTATTG--AATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * ** * *
9180 ATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGGTAGAAGAAGGGCTAAAACCTCCGACCTAGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * *
9245 TTAAAAACCACACGGTCTAACCAA-ATGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAA
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACA-GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
9309 ATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
9338 GAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTAGATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* *
9403 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTAACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * * *
9468 TTAATAGCTACACGCTCTAACCAGCAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * * *
9533 TATTGTTATTTTGACACTTTTACCAACT
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * ** * *
9561 TAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * * *
9625 TATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * *
9690 GCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTA
9723 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 2538, Mismatches: 451, Indels: 110
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
218 102 0.04
219 48 0.02
220 560 0.22
221 376 0.15
222 503 0.20
223 631 0.25
224 165 0.07
225 152 0.06
226 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
Found at i:10048 original size:379 final size:379
Alignment explanation
Indices: 9331--10101 Score: 1068
Period size: 379 Copynumber: 2.0 Consensus size: 379
9321 TGACACTTTT
* * * * *
9331 ACCAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTAGATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTAGATAACAGTATAAATTAGCAATATTTTG
* * *
9396 AAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTAAC
66 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAAC
* * * *
9461 CTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAGCAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTC
131 CTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
* * * * *
9526 TAACCAGTATTGTTATTTTGACACTTTTACCAACTTAGTGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTA
196 CAACCAGTATTGATATTTTGACAATTTTACCAACTGAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
* * ** *
9591 TATAACCGTATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAA
261 CATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAATAATCCAAATTAAAACAA
* *
9656 CACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTA
326 CACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
* *
9710 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACAGTTTAAATTAGCAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTAGATAACAGTATAAATTAGCAATATTTTG
* *
9775 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAATGAGGGCTTGAACCTCCCGA
66 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCAA
* ** *
9840 CCTTGTGGTTAACAGCCAGACGCTCTAACCAACTA-AGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGC
130 CCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGC
9904 TCCAACCAGTATT-ATATGTTTGACAATTTTACCAA-TAGAGAT-AATAGGCCATTG-AAATGTT
194 TCCAACCAGTATTGATAT-TTTGACAATTTTACCAACT-GAG-TGAATAGGCCATTGAAAAT-TT
* ** * **
9965 TCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGA-AATCCAGGTTA
255 TCATTACATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAATAATCCAAATTA
* * * *
10029 AAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTA
320 AAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
10089 ACCAACTGAGCTA
1 ACCAACTGAGCTA
10102 TTCCAACTAG
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 42, Indels: 12
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
379 198 0.58
380 144 0.42
381 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (379 bp):
ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTAGATAACAGTATAAATTAGCAATATTTTG
AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAAC
CTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
CAACCAGTATTGATATTTTGACAATTTTACCAACTGAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
CATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAATAATCCAAATTAAAACAA
CACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
Found at i:10134 original size:222 final size:221
Alignment explanation
Indices: 9710--10296 Score: 732
Period size: 222 Copynumber: 2.6 Consensus size: 221
9700 ACACGCTCTA
* * * ** * * *
9710 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACAGTTTAAATTAGCAATATTTTG
1 ACCAACTGAGATAATAGGCCATT-GAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
* **
9775 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAATGAGGGCTTGAACCTCCCGA
65 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAGGTTAAAACAACACTAGAA-GAGGGCTTGAACCT-CCGA
* * * * * * *
9840 CCTTGTGGTTAACAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCT
128 CCTTGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCT
9905 CCAACCAGTATTAT-ATGTTTGACAATTTT
193 CCAACCAGTATTATCA-GTTTGACAATTTT
*
9934 ACCAA-TAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
1 ACCAACT-GAGATAATAGGCCATTGAAAT-TTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
*
9998 GAAAGTAAATGGGAAATGGA-AATCCAGGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGA
64 GAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAGGTTAAAACAACACTAGAA-GAGGGCTTGAACCTCCGA
* * *
10062 CCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCT
128 CCTTGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCT
* * *
10127 TCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTT
193 CCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTT
* ** * *
10156 ACCAACTGAGCTAATATACAATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
1 ACCAACTGAGATAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
* * * *
10221 AAAGAAAATGGGAAATGGACAATCC-GAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTCCGA
65 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAG-GTTAAAACAACACTAG-AAGAGGGCTTGAACCTCCGA
*
10285 CCTTGGGGTTAA
128 CCTTGTGGTTAA
10297 GAGCTAATAG
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 40, Indels: 17
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
222 154 0.49
223 91 0.29
224 70 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (221 bp):
ACCAACTGAGATAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGA
AAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAGGTTAAAACAACACTAGAAGAGGGCTTGAACCTCCGACCT
TGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCCA
ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTT
Found at i:10286 original size:602 final size:576
Alignment explanation
Indices: 9142--10872 Score: 1839
Period size: 602 Copynumber: 3.0 Consensus size: 576
9132 TTGAATTTTT
* * * * * **
9142 TTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAA
1 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
* ** * * * * *
9207 CAACGGTAGAAGAAGGGCTAAAACCTCCGACCTAGTGGTTAAAAACCACACGGTCTAACCAAATG
66 CAACGCTAGAAG-AGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTG
* ** * * * * * *
9272 AGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAAATATTGT-TAGTTTGACACTTTTACCAA
130 AGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATAT-GTTTGACAATTTTACCAA
* * * *
9336 CT-GAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTAGATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
194 -TAGAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
* ** * **
9400 TTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTAACCTTG
257 TAAATGGGAAATGGA-AA-TCAGGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTG
* * * * * * * *
9465 TGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAGCAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGC-TCTAA
320 TGGTTAATAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTTC-AA
* * * *
9529 CCAGTATTGTTATTTTGACACTTTTACCAACTTAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCA-TTAT
384 CCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTT-ATTTAT
** * ** * * * *
9592 ATAACCGTATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTTATGGGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAAC
447 ATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACTAAAACAAC
9657 ACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCT
512 ACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTG-GG-------------G-T-T----AA--GAGCT
9722 AATAGGCCATTAAAAATTTTCA
555 AATAGGCCATTAAAAATTTTCA
* * * * *
9744 TTATATAACAGTTTAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAA
1 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
* *
9809 CAACACTAGAATGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTGTGGTTAACAGCCAGACGCTCTAACCAACT
66 CAACGCTAGAA-GAGGGCTTGAACCT-CCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT
* *
9874 AAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATATGTTTGACAATTTTACCAA
129 GAGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATATGTTTGACAATTTTACCAA
*
9939 TAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
194 TAGAGCTAATAGGCCATTGAAAT-TTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* *
10004 AAATGGGAAATGGAAATCCAGGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGACCATGTG
258 AAATGGGAAATGGAAAT-CAGGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * *
10069 GTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTTCAACCA
322 GTTAATAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTTCAACCA
** *
10134 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATATACAATTGAAAATTTTATTTATATAAT
387 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAAT
* * *
10199 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAG
452 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACTAAAACAACACTA-
* * * * * *
10264 CAA-GAGGTCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTTA
516 AAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCA
* * * * ***
10324 TTATACAATTGCATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGGGAAACAAACAATTCAAAATAAAA
1 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
* * *
10389 CAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTGGTTAACAGCCACAGGCTCTAACCAACTG
66 CAACGCTAGAA-GAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTG
* * *
10454 AGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAACTTCAACCAGTATTATCA-GTTTGAAAATTTTACCAA
130 AGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTAT-ATGTTTGACAATTTTACCAA
* * * * * *
10518 AAGAGCTAATAGCCCATTG-AATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTA
194 TAGAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * *
10581 AAAGGGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAACAACACTATAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
259 AATGGGAAATGG-AAATCAG-GTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * * * *
10646 GTTAATAGCCACAA-GTTCTAACCAACTAAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACC
322 GTTAATAGCCA-AACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTTCAACC
* * * * * ** * *
10710 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAACTAATAGGCCATTAAAAATTTGCTTCATAAAA
386 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAA
* * * *
10775 TTTTATAAA-TGGAAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAA-TAAAAATAACACT
451 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACT-AAAACAACACT
* * * *
10838 AAAAGAATGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTAA
515 AAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGGGGTTAA
10873 TGTCAGACGC
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 154, Indels: 58
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
575 3 0.00
576 117 0.12
577 159 0.17
578 5 0.01
579 109 0.11
580 102 0.11
582 2 0.00
586 1 0.00
587 1 0.00
588 1 0.00
601 4 0.00
602 298 0.31
603 156 0.16
604 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (576 bp):
TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAAATAAAA
CAACGCTAGAAGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGA
GCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATATGTTTGACAATTTTACCAATA
GAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
TGGGAAATGGAAATCAGGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTA
ATAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTTCAACCAGTAT
TGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTA
TAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAACTAAAACAACACTAAAAGG
AGGGCTTAAACCTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCA
Found at i:10410 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 10176--10430 Score: 334
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
10166 CTAATATACA
* * ***
10176 ATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGAC
1 ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGCATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAAC
* ** * * * *
10241 AATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCTAATA
66 AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGGGGTTAAGAGCTAATA
10306 GGCC
131 GGCC
*
10310 ATTGAAAATTTT-TATTATACAATTGCATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGGGAAACAAA
1 ATTGAAAATTTTAT-TTATACAATTGCATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAA
* * *
10374 CAATTCAAAATAAAACAACGCTA-AAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTGGTTAA
65 CAATCCAAAATAAAACAACACTAGAAA-GAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGGGGTTAA
10431 CAGCCACAGG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.03
134 100 0.97
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (134 bp):
ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGCATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAACAAAC
AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGGGGTTAAGAGCTAATA
GGCC
Found at i:11652 original size:889 final size:885
Alignment explanation
Indices: 6458--17701 Score: 3556
Period size: 889 Copynumber: 12.4 Consensus size: 885
6448 GGGGTTAAGA
* * * * * *
6458 GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAAT
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
*** ** * * * * *
6523 GGGAAACAAACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTGGTT
66 GGGAAATGGACAA-TCAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCT-CGACCTTGCGGTT
* * * ** * * * * *
6588 AACAGCCACAGGCTCTAACCAATT-GAGC-TATTCC-AGCTTCTTTGACCCTT-AAACTTCAACC
129 AAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGA-CTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACC
* * * ** * *
6649 AGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTAATAGCCCATT--AAATTTT-TTTATATAA
192 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATAA
* * * * * * * *
6711 TTATATAAATT-GATATTATTTTGAAAGTAAAAGAGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAATAACACT
257 CTGTATAAATTGGA-ATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCT
* * * * * * * *
6775 ATAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTAAGCTATT
321 AAAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATATT
* * * * * *
6840 CTAACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAACTA
386 CCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AGAGCTA
* * *
6905 ATAGGCCATTCAAAATTTTCTTTATAAAATTTTATAAA-TGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGA
450 ATAGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGA
* * ** * * * * * *
6969 AATGGACAATTCAAATTAAAATAACACTAAAAGAATGGCTTAAACC-TCTGACCTTGTGGTTAAT
513 AATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGTTAAT
* * * * * * * * *
7033 -GTCAGACGCTCTAACCAACTAAGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTTCAACCAGTATTG
577 AGCCACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTA
* ** * * * * *
7097 TCAGTTTAACGCTTTTAACAA-ATGTGCTAATAGGCCTTTTAAAATTTTCTTTATATAACTGTAT
642 TCAGTTTGACAATTTTACCAACA-GAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTTCTTTATATAATTGTAT
* ** * * * * *
7161 AAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATACGAAATGCACAATT-AGAGTTAAAACATCGCTAGAAGG
705 AAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCA-A-ATAAAAAAACACTAGAA-G
* * * ** * * * * * *
7225 AGGGATTTGAACCTC-GAACCTTACGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACAAATTGGACCTATTCCT
767 AAGG-CTTAAACCTCTG-ACCTTGTGGTTAATA-CCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATT-CT
* * * * * *
7289 A-CTAGTTGGAACATCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGA
827 AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
* ** * *
7347 GCTAAAAGGCAATTGAAACTTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAAT
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* * * ** * * *
7412 GGGAAATGGTCAATCCGAGCTAATCCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCGACCTTGTGGTTA
66 GGGAAATGGACAAT-CAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCTCGACCTTGCGGTTA
* * * *
7477 ACAGCCACACGCTCTAACC-ATCT-GAGC-TATTCC-AGCTAGTTGGACCTTT-AAGCTCCAACC
130 AAAGCCAAATGCTCTAACCAAT-TGGA-CTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACC
* * * * * * * * *
7537 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAT-AGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATA
192 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAA-TTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATA
* * * * * *
7599 ATTATATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGT
256 ACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGC
* ** * * * * *
7663 TAGAAGGAGGGCTTGAACCTTTGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTAT
320 TAAAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATAT
* * * *
7728 TCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCT
385 TCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AGAGCT
* * * *
7793 ATTAGGCCATTGAAAATTTTATTAATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGG
449 AATAGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGG
* * ** * * * *
7858 AAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTCGAACC-TCTGACCTTATGGTTAA
512 AAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGTTAA
* * * * * * * *
7922 T-GCCACACGCTCTAACCATCTAAGCTATTCCAGCTAGTTAGACCTTTAAGCTCCAACCATTATT
576 TAGCCACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATT
* * * * * * * *
7986 ATCAGTTTGAAAATTTTACCAACGGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTTTTTATATAATTATATA
641 ATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTCTTTATATAATTGTATA
* * * ** * ** *
8050 AATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATTCTAGAAGGAG
706 AATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTC-AAATAAAAAAACACTAGAA-GAA
* * * * * * * *
8115 GGCTTGAACCT-TCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCCAATCAACTGAGCTATTCTAACTA
769 GGCTTAAACCTCT-GACCTTGTGGTTAATA-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCTA
* * * * **
8179 GTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA-AA
832 GTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAA-ATGT
* * * *
8233 GCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* * * * * *
8298 GGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
66 GGGAAATGGACAA-TCAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCTC-GACCTTGCGGTT
* * * * * *
8363 -AATGCCACATGCTCTAACCAACT-GAGC-TATTCC-AGTTAGTTGGACCTTT-AAGCTCAAACC
129 AAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGA-CTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACC
* * * * ** *
8423 AATATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTAATATAA
192 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATAA
* * * ** * *
8488 CTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCT-
257 CTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTA
* * * * * * * *
8552 AAAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGCT-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTA
322 AAAGGAGGGC-TTGAACCTCAGACCTTG-TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGATA
* * * * * * * * *
8616 TTCCTA-CTAGAT-GAACTTTCAAGATCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGA
384 TTCC-AGCTAGTTGGACCTTT-AAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AGA
* * * * *
8679 GCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGA-ATAAAGTGG-AATTATTTTGAAAGTAA
446 GCTAATAGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAA-TTATATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTAA
*** *
8742 ACAAGAAATGGACAATCCGAGCTAAAATAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTAT-GA-CTTGTG
507 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGACCTTGTG
* * * * *
8805 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCATC-AGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCA
571 GTTAATAGCCACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
** * **
8869 ACATTATCAGTTTGA-AATTTTACC-A-ATAGCTGGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAAT
636 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTTCTTTATATAAT
* * * * * *
8931 TGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACGCTAG
700 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAA-ATAAAAAAACACTAG
* * * * ** * *
8996 AAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCC
764 AA-GAAGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTAATA-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCT
* * * * * * * * * *
9061 AACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGA
827 AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
*
9120 GCTAATA-GTCTATTG--AATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
1 GCTAATAGGCCT-TTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
* * * * * * * * ** * *
9181 TGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGGTAGAAGAAGGGCTAAAACCTCCGACCTAGTGGT
65 TGGGAAATGGACAAT-CAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCT-CGACCTTGCGGT
* * * * * * *
9246 TAAAAACCACACGGTCTAACCAAAT-GAGC-TATT-CTAGCTAGTTGGACCTTT-AAGGTCCAAC
128 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGA-CTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAAC
* * * * ** * *
9307 AAATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTAGATA
191 CAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATA
* * * **
9372 ACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGC
256 ACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGC
* * * * * *
9436 TAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTA-ACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAGCAGAGTTA
320 TAAAAGGAGGGCTTGAACCTC-AGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATA
* * * * * * * * * **
9500 TTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTATTTTGACACTTTTACCAACTTAG-
384 TTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AGAGC
* * * *** * **
9564 TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTTATG
448 T-AATAGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
* * * * ** * * * * *
9629 GGAAATGAATAATTCAAATTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTA
510 GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTA
* * * * * * ** ** * * ** *
9694 ACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA--ATAGGCCA-TTAAAAATTTTCA-TTATATAACAG
575 ATAGCCACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTA-ACAAGTT-GGACCTTTAAGCTCCA-ACCAG
* * ** * ** * * *
9755 T-TTA--AATTAG-CAATATTT--TGA-A-AG-TAAATGGGAAATGGACAA-TTCAAATTA-A-A
637 TATTATCAGTTTGACAAT-TTTACCAACAGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTC--TTTATATA
**** * ** ** ** * * ** *
9808 ACAACACTAGAATGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTG-TGGTTAACA-GCCAGACGCTCTAA-CC
698 ATTGTA-TA-AAT--TGG--T-AA--T----ATTTTGAAAG-TAA-ATGGGAAATGGAC-AATTC
* * *** **** * * * ** * * ***** **
9870 AACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTG-A-CCTTTAAGCTCCAACC-AGT-ATTATATGTTTGACAAT
747 AAATAA--AAAAACA-C-TAGAAGAAGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTA-ATACCACACGCT
* * ** * ** * ** * **
9931 TTTACCAA-TAGAG--ATAATAGGCCA-TT-GAAATGTT--TCT-TTA-CA-TAATTGTATAAAT
807 CTAACCAACT-GAGCTATTCTA-GCTAGTTGGACCT-TTAAGCTCCAACCAGT-ATTGT-CAGTT
** * **
9986 TGGTAATATTT-TGAAA-GT
867 TGACACT-TTTAACAAATGT
* **** * **** * * * ** * *** ** *** **
10004 --AAAT-GGGAAATGGAAATCCAGGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCT--CCG-AC
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAAT-TTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATT-ATTTTGAAAGTA-
* ** * * * ** *
10063 CATGTGG---TTAACAACCAAACGCTCTAACCAAC-TGAGCTATTCCAACTA--G-TTGGACCTT
63 AATG-GGAAATGGACAATC-AA-G-T-TAA--AACAT-CGCTA---GAAGGAGGGTTTGAACC-T
* * * * ** * ** * * * * * *
10121 CAAGCTTCAACCAG-T-ATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACT-GAGC-TAAT-ATAC-AATTG
116 CGACCTT---GCGGTTAAAAGCCA-AATG---CTCTAACCAATTGGA-CTTATTCCTACTAGTTG
* * * ** * * ** ** * ** ** * *
10180 AAAATTT-TA--T-TTA-TA-TAATTGTATAAATTGGTAATATTT-TGAA---AGAAAATGGGAA
173 GAACTTTCAAGCTCCAACCAGT-ATTGT-CAGTTTGACACT-TTTACCAATTGAGCTAATAGGCA
* * *** * * * ** * *
10235 ATGGACAATCCGAGC-TAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTT-AAG
235 ATTGAAAAT--TTTCTTTATATAACTGTA-TAA-A--T-TGGAA-TT---A--TT----TTGAA-
* ** * * *** * * * * ****
10298 AGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTTA--TTATACAATTGCATAAATTGGTAATATTTTGAAAGC
282 AG-TAAATGGGAAATGGACAA-TCCGAGCTAAAACAA-CGC-TAAA-AGG--AGGGCTTG-AA-C
* ** * ****** * *** ** ** * ** * *
10360 AAATGGGAAACAAACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGA-A-CCTCCAACCTT
338 --CTCAG-ACCTTGTGGTT-AACA-GCCAC-ACGCTCTAACCA--AC-TGAGATATTCC-AGCTA
*** * * * ** *
10423 G-TGGTTAACAGCCACAGGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTTCTTTG-ACCTTTAAACTTC
393 GTTGG---AC--CTTTAAGCTCCAACCAA-T-A-TTA-T-CAG----TTTGAAAATTT-TAC--C
** * * *** *** * * * * *
10486 AACCAG-TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCA-AAAGAGCTA-ATAGCCCATT-G-AATTTTTTT
441 AAAGAGCTAATAGCCCATT-AAAATTTTTTTATATA-A-TTATATA---AATTGGTAATATTTTG
* ** * * **
10546 ATA-TAATTAT-ATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAAAGGGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAA
500 AAAGTAA--ATGGGAAATGGACA--A---T--CCG---A-------------------GCTAAAA
* * * * * * * *
10609 CAACACTATAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTA
534 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAATCAACTG
* *
10674 AGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
599 AGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * *
10739 AGAACTAATAGGCCATTAAAAATTTGCTTCATAAAATTTTATAAA-TGGAAATATTTTGAAAGTA
664 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTT-CTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
*
10803 AATGGGAAATGGACAATTCAAATAAAAATAACACTAAAAGAATGGCTTAAACCTCTGACCTTGTG
728 AATGGGAAATGGACAATTCAAATAAAAA-AACACTAGAAGAA-GGCTTAAACCTCTGACCTTGTG
** * * *
10868 GTTAATGTCAGACGCTCTAACCAACTAAGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
791 GTTAATACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* *
10933 TATTGTCAGTTTAACGCTTTTAACAAATGT
856 TATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
*
10963 GCTAATAGGCCTTTTAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* *
11028 GGGAAATGCACAATCAGAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGATTTGAACCTCGAACCTTACGGT
66 GGGAAATGGACAATCA-AGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGG-TTTGAACCTCG-ACCTTGCGGT
* * *
11093 TAAAAGCCAAATGCTCTAACAAATTGGACCTATTCCTACTAGTTGGAAC-ATCAAGCTCCAACCA
128 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGACTTATTCCTACTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACCA
* *
11157 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAAAAGGCAACT-AAAACTTTTCTTTATATAA
193 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAA-TTTTCTTTATATAA
* *
11221 CTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTA
257 CTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTA
* * *
11286 GAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGATATTC
322 AAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATATTC
* *
11351 CAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGTTAA
387 CAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AGAGCTAA
* * * *
11416 TAGTCTATTATAATTTTTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAG-AAT
451 TAGCCCATTAAAATTTTTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAAT
* * * * *
11480 GAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAACAGCC
516 GGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAATAGCC
*
11545 ACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAG
581 ACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAG
* *
11610 TTTGACAATTTTACCAACAGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATAGTATAAATT
646 TTTGACAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTTCTTTATATAATTGTATAAATT
*
11675 GGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCT
710 GGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAA-TAAAAAAACACTAGAAGAA-GGCT
* * * *
11740 TGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATCCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGA
773 TAAACCTCTGACCTTGTGGTTAATACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGA
*
11805 CCTTTAAGCTCAAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
838 CCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
*
11853 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAAT
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* * * *
11918 GGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGCTGT
66 GGGAAATGGACAATC-AAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGG-TTTGAACCTC-GACCTTGCGGT
* * *
11982 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTACTAGAT-GAACTTTCAAGATCCAACCA
128 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGACTTATTCCTACTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACCA
* * *
12046 GTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGTAATTGAAAATTTTCTTAATATAAC
193 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATAAC
* * *** * *
12111 TGAATAAAGTGGAATTATTTTGAAAGTAAACAAGAAATGGACAATCCGAGCTAAAATAACGCTAG
258 TGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAA
12176 AAGGAGGGCTTGAACCT-ATGA-CTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCA-ATT
323 AAGGAGGGCTTGAACCTCA-GACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAG-ATATT
* * * * **
12238 CCATC-AGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTG-AAATTTTACC-AATAGCTGG
386 CCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAGAGCTAA
* * *
12300 TAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGGGAA
451 TAGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAA
* *
12365 ATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAATA
514 ATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGTTAATA
* * * * * *
12429 GGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAA-TTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTA
578 GCCACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAAC-AAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTA
* * * * * *
12493 TCAATTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTAATAGTCTATTG--AATTTTTTTATATAATTGTATAA
642 TCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTCTTTATATAATTGTATAA
* * * * ** *
12556 ATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAAAACGCTAGAAGAA
707 ATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTC-AAATAAA--AAAACACTAGAAGAA
* * * * *
12621 GTGCTTAAATCTCCGACCTAGTGGTTAACAACCACACAG-TCTAACCAAATGAGCTATTCTAGCT
769 G-GCTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTAA-TACCACAC-GCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCT
* * * * * *
12685 AGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAAATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTGT
831 AGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
* * * * *
12740 GCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAGTTGGTAATATTTTGAAAGTTAAT
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* * * * *
12805 GGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAATGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
66 GGGAAATGGACAA-TCAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCTC-GACCTTGCGGTT
* * * ** * * * *
12870 AATAGCTC-CACGCTCTAACCAA-CAGATTTATTCC-AGCTAATTGG-ACTTTTAAGCTCTAACC
129 AAAAGC-CAAATGCTCTAACCAATTGGACTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACC
* * * ** * *
12931 AGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTGCATTATATA
192 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCT-AATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATA
* * * * * ** ** *
12995 ACCGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACGCCAC
256 ACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGC
* * * *
13059 TAAAAAGG-GGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
320 T-AAAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATA
* ** * ** ** * * * * * *
13123 AT--AGAC-AACTGAAAAATTT-A--TTTATA-TAAT-TGTATAAATTGGTAATATTTTGA-AAG
384 TTCCAG-CTAGTTG-GACCTTTAAGCTCCA-ACCAATAT-TATCAGTTTG-AAAATTTT-ACCA-
* ** * * ****** * * * * * *
13179 AAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCA-AGAGGTCT-TGAACTTCCG-ACC
442 AAGA--GCTAATAG-C---CC-A-TTAAAATTTTTTTA-TATA-A-TTATAT-AAATT-GGTA-A
* * ** * **** * * * *
13241 T-TGGGGTT-AAGAGCT-AATAGGCTATTGA-AA-CTTTTCGTTATATAACTG-TATAAATTGGA
493 TAT---TTTGAA-AG-TAAATGGGAAATGGACAATCCGAGC-TAAAACAAC-GCTA-GAA--GG-
**** ** * ** * ** * * **
13300 ATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCGAGATAAACCA-ACGCTAGAATGAGGGCTTG
547 A-GGGCTTGAACCT---T-CGACCTTGT-GGT--TA-AT-AGCCACACGCTCTAAT-----C---
* * **** * * * *
13364 AACCTCAGACCT-TGTGGTTAAC-AGCCACACGCTCTAA---CCATCTGAGCTATTCCAGCTAGT
594 AA-CT--GAGCTAT-T--CTAACAAGTTGGAC-CTTTAAGCTCCAAC-CAG-TATT--ATC-AGT
* * * * * * * ** * *
13424 TGGAC-CTTTAAGGTCCAAC-CA-TTATTA--TCAGTTTGAAAATTT-TACCA-ACAGAGTTAAT
647 TTGACAATTTTA---CCAACAGAGCTAATAGGCCA--TTGAAAATTTCT-TTATATA-A-TT-GT
** * * * * ** * *
13482 AGTCTATT-ATAATTTTTTTATA-TAATTAT-ATAAATTGGTA-ATATTTTGAAAGTAAATGAGA
703 A-TAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA--ATGGGAAA-TGG-ACA-A--TTCAAA-TAAA--AAA
* * * * * * * * **
13543 A-A-T-GAACAATCCGAGCTAAAACCATGCTAGA--ATGAGGGTTGA-ACCTTCGAAC-ATGTGG
757 ACACTAGAAGAA---G-GCTTAAACC-T-CT-GACCTTG-TGGTTAATACC-AC--ACGCTCTAA
** * * * ** * * **
13601 TTAAC--AGCCACACGGTCTA-ATCAACT-GAGCTATT---CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTC
811 CCAACTGAG-C-TA--TTCTAGCT-AGTTGGACCT-TTAAGCT--CCA-AC--------------
* * * *
13659 CAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAT-A
853 ----CAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAA-ATGT
* * *
13696 GCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA-TAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACT-GTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
* * * * * * *
13760 TGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
65 TGGGAAATGGACAA-TCAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCTC-GACCTTGCGGT
** * * * * * *
13825 T-AATCCCACACGCTCTAACCAACT-GAGC-TATTCC-AGTTAGTTGGACCTTT-AAGCTCAAAC
128 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGA-CTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAAC
* * * * **
13885 CAATATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATA
191 CAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATA
* * * ** * *
13950 ACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACAGCGCT
256 ACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCT
* * * * * * * *
14015 -AAAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGCT-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTT
321 AAAAGGAGGGC-TTGAACCTCAGACCTTG-TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGAT
* * * * * * * * *
14078 ATTCCTA-CTAGAT-GAACTTTCAAGATCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTG
383 ATTCC-AGCTAGTTGGACCTTT-AAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AG
* * * * * *
14141 AGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGA-ATAAAGTGG-AATTATTTTGAAATTA
445 AGCTAATAGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAA-TTATATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
* *
14204 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACC-TCTGAACTTGT
506 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGT
* * * * * * *
14268 GGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACC
570 GGTTAATAGCCACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
** * * * * *
14333 AACATTATCAGTTTGA-AATTCTACC-A-ATAGTTAGTATGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
635 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTTCTTTATATAA
* * * * * *
14395 TTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTA
699 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAA-ATAAAAAAACACTA
* * * * ** *
14460 GAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTC
763 GAA-GAAGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTAATA-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTC
* * * * * * * * * * * *
14525 CAACTAATTGGACCTTTGAGATTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGA
826 TAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
* * *
14585 GCTAATA-GTCTATTG--AATTGTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTAAAAGTAA
1 GCTAATAGGCCT-TTGAAAATT-TTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * * * * *
14647 ATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGG
64 ATGGGAAATGGACAAT-CAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCT-CGACCTTGCGG
* * * * * * *
14712 TTAATAGCCACACGGTCTAACCAAAT-GAGC-TATTCC-AGCTAGTTGG-ACTTTTAAGGTCCAA
127 TTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGA-CTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAA
* * * * * * ** *
14773 CAAATATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACTGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATAT
190 CCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATAT
* * * * * **
14838 AACTATATAAATTTGTAA-TATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACG
255 AACTGTATAAA-TTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACG
* * * * * ** *
14902 CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCTATACGCTCTAACCAAGAGAGTTA
319 CTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATA
* * * ** * * * * **
14967 TTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGCATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAG-
384 TTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-AGAGC
* * * *** *
15031 TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATG
448 T-AATAGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
* * * ** * * * * *
15096 GGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAACACTAAAAGTA-GGCTTAAACC-TCAGACCTTGTGGC
510 GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAAC-AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGT
* * * * * * ** *
15159 TAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCA-TTATATAACTGT
573 TAATAGCCACACGCTCTAATCAACTGAGCT-AT---TC--TAACAAGTTGGACCT-T-TAA--G-
* ** * * * * * *
15223 TTAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTA-AAACA-ACGCTAGA
627 CTCCA--ACCAGTATTAT--CAGT---T------T-GACAATT----TTACCAACAGA-GCT--A
* * * ** * ** * * * *
15286 AGGAGGGC-TTGAACCTCCCGACCTTATGGTTA-AAAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATT
671 A-TAGGCCATTGAA-------A-ATT-TCTTTATATA---A-TTG-TAT-A--AA-T-TGGTAAT
* *** * * * * **** * *
15349 CCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAG-TAT-TATCAGTTTGAAA-ATTTTACCAATAGAG
716 --A---T-TTTGA-----AAG-T-AAATGGGAAATGGA-CA-ATTCAAATAAAAAAACACTAGA-
* ** * ** * *
15411 ATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGG-TAATATTTTGA-AAG-T-A
765 A-GA-AGG-C-TT-AAA--CCTC-TGAC-C--TTGT-------GGTTAATA---CCACACGCTCT
** * * ** * ** *
15472 AATGGGAAATGGACAGTCTAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGGGCCTCCGACCATGT
809 AA--CCAACT-G--AG-CT-A-TT----CTA-GCTAGTTGGA--CCTTTAAG-CTCCAACCA-GT
* ** ***** * * * *
15536 GGTTAACAACCAAACGC-TCTAACCAACTGA
857 -ATTGTCAGTTTGACACTTTTAA-CAAATGT
* **** * ** *** ** * * * * * * *
15566 GCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGTTCCA-ACCAGTATTGTCAGTTTG-A-CACTTTT-ACC
1 GCTAATAGGCCT--TTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTA---TAAATTGGTATTA-TTTTGA-A
* * * *** *** * ** * ** *
15627 AGCTGAACT----AATAGACAATTAA---AAATTTTATTTATATA--ATTGTAT-AAATTGGTA-
59 AG-T-AAATGGGAAATGGACAATCAAGTTAAAACATCGCTAGA-AGGAGGGTTTGAACCTCG-AC
* * * * ** * * * **
15681 ATAT---TTTGAAAG-AAAATG---GGA--AA-TGGAC--AATCCGAGCTA----AAAC-AAC-A
120 CT-TGCGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGACTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAA
* * * * * ***** *
15728 -CTAGCAA-GAGGTCTTG-AACTTTCGAC-CTTGGGGTTAA--GAGCTAATAGG-ACATTGAAAC
183 GCT-CCAACCA-GTATTGTCAGTTT-GACACTT-TTACCAATTGAGCTAATAGGCA-ATTGAAAA
* * * *
15786 TTTTCTTTACATAACTGTATAAAATGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCCAG
243 TTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAG
* * *
15851 CTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAAC
308 CTAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAAC
* * *
15916 CATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCATTATTATCAGTTTGAAAATTTT
373 CAACTGAGATATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTT
* * * * * * * *
15981 ACCAACAAAGTTATTAGTCTATTATAATTTTATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTTAA
438 ACCAA-AGAGCTAATAGCCCATTAAAATTTTTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAA
* * * * *
16046 AGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACA
502 AGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCT
* *
16111 TGTGGTTAACAGCCACACAG-TCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCC
567 TGTGGTTAATAGCCACAC-GCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCC
*
16175 AACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTAT
631 AACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTTCTTTAT
* * *
16240 ATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAAATGGGGAATGGACAATTCAAATTAAAACAAC
695 ATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAA-TAAAAAAAC
* *
16305 ACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATCCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
759 ACTAGAAGAA-GGCTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTAATACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
* * * *
16370 TTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCAGTATTGTCAGTTTGACATTTTTAACAAATGT
823 TTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
* *
16433 GCTAATAGGCATTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAAT
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* * *
16498 GGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGCGGT
66 GGGAAATGGACAATC-AAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGG-TTTGAACCTC-GACCTTGCGGT
* * *
16562 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTACTAGAT-GAACCTTCAAGCTCCAACCA
128 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGACTTATTCCTACTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACCA
* * * *
16626 GTACTGTTAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAAGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAAC
193 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATAAC
* * * * *
16691 TGAATAAAGTT-GAATTATTTTGAAATTAAATGGGAAATGGTCAATCCTAACTAAAACAACGCTA
258 TGTATAAA-TTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTA
* * * *
16755 GAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTC
322 AAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATATTC
* * * *
16820 CAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTG-AAATTTTA-CAAATAGCTAGT
387 CAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAGAGCTAAT
* * * *
16883 AGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGCAAATGGGAAA
452 AGCCCATT-AAAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAA
* * * *
16948 TGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAAGAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAACAG
515 TGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGTTAATAG
* * * * * *
17012 GCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAA-TTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTAT
579 CCACACGCTCTAATCAACTGAGCTATTCTAAC-AAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTAT
* * * * * * * *
17076 CAGTTTGAAAATTTTAGCAAAAGAGCTAATAGTCTATTG--ATTTTTTTTATATAACTGTATAAA
643 CAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTCTTTATATAATTGTATAAA
* * * * ** **
17139 TTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAGCAACACTAGAAGAAGGG
708 TTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTC-AAATAAAAAAACACTAGAAGAA-GG
* * * * *
17204 CTTAAACCTCCGACCTAGTGGTTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTT
771 CTTAAACCTCTGACCTTGTGGTTAATA-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCTAGTT
* * * * * * * *
17269 GGACTTTTAAGGTCCAACAAATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTGA
835 GGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
* * * * * *
17320 GCTAATAGGGCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAAA
1 GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAG-TAAA
* * * *
17385 -GGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
65 TGGGAAATGGACAA-TCAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCTC-GACCTTGCGGT
* * * * ** * * * *
17449 TAATAGCTACACGCTCTAACCAA-CAGAGTTATTCC-AGCTAATTGG-ACTTTTAAGCTCTAACC
128 TAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGACTTATTCCTA-CTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACC
* * * ** *
17511 AGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATA
192 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCT-AATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATA
* * * * * **
17575 ACCGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAAAC
256 ACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAAC--AAC
* *** * * *
17639 ACTAAAAACTGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAG
318 GCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAG
17702 CTAATAGGCC
Statistics
Matches: 7655, Mismatches: 1946, Indels: 1509
0.69 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
862 3 0.00
863 6 0.00
864 7 0.00
865 11 0.00
866 13 0.00
867 19 0.00
868 7 0.00
869 9 0.00
870 11 0.00
871 9 0.00
872 6 0.00
873 2 0.00
875 6 0.00
876 7 0.00
877 1 0.00
878 2 0.00
879 9 0.00
880 4 0.00
881 24 0.00
882 27 0.00
883 22 0.00
884 354 0.05
885 330 0.04
886 738 0.10
887 924 0.12
888 762 0.10
889 1312 0.17
890 664 0.09
891 19 0.00
892 44 0.01
893 9 0.00
894 16 0.00
895 12 0.00
896 13 0.00
897 6 0.00
898 16 0.00
899 35 0.00
900 32 0.00
901 21 0.00
902 6 0.00
903 5 0.00
904 4 0.00
905 3 0.00
906 5 0.00
907 15 0.00
908 13 0.00
909 18 0.00
910 12 0.00
911 26 0.00
912 17 0.00
913 20 0.00
914 10 0.00
915 5 0.00
916 15 0.00
917 28 0.00
918 42 0.01
919 24 0.00
920 30 0.00
921 35 0.00
922 20 0.00
923 14 0.00
924 15 0.00
925 17 0.00
926 29 0.00
927 50 0.01
928 28 0.00
929 19 0.00
930 30 0.00
931 24 0.00
932 8 0.00
933 5 0.00
934 33 0.00
935 19 0.00
936 28 0.00
937 19 0.00
938 11 0.00
939 6 0.00
940 9 0.00
941 1 0.00
942 2 0.00
943 6 0.00
944 12 0.00
945 1 0.00
946 12 0.00
947 7 0.00
948 43 0.01
949 29 0.00
950 17 0.00
951 14 0.00
952 49 0.01
953 29 0.00
954 15 0.00
955 202 0.03
956 241 0.03
957 43 0.01
958 139 0.02
959 50 0.01
960 228 0.03
961 49 0.01
962 34 0.00
963 16 0.00
964 34 0.00
965 11 0.00
966 14 0.00
967 9 0.00
968 4 0.00
969 2 0.00
970 3 0.00
971 1 0.00
972 2 0.00
973 3 0.00
974 5 0.00
976 4 0.00
977 10 0.00
978 7 0.00
979 13 0.00
980 6 0.00
981 16 0.00
982 3 0.00
983 16 0.00
984 6 0.00
985 9 0.00
986 6 0.00
987 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (885 bp):
GCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
GGGAAATGGACAATCAAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGTTTGAACCTCGACCTTGCGGTTAA
AAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGACTTATTCCTACTAGTTGGAACTTTCAAGCTCCAACCAGTA
TTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGT
ATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAAAAG
GAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGATATTCCAGC
TAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAGAGCTAATAGCC
CATTAAAATTTTTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACA
ATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACG
CTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGA
CAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAAT
ATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATAAAAAAACACTAGAAGAAGGCTTAAACCTC
TGACCTTGTGGTTAATACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAG
CTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGT
Found at i:12996 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 10297--13122 Score: 2841
Period size: 222 Copynumber: 12.7 Consensus size: 223
10287 TTGGGGTTAA
* * * *
10297 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTT-TATTATACAATTGCATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCT-TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
*** ** * **
10361 AATGGGAAACAAACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * ** * * *
10426 GTTAACAGCCACAGGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAACTTCAACCA
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* **
10491 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAA
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
10520 GAGCTAATAGCCCATTG--AATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * *
10582 AAGGGAAATGGTCAA-TCTGAGCTAAAACAACACTATAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * *
10646 GTTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTA-AGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAGGCTCCAACC
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
*
10710 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * * * *
10740 GAACTAATAGGCCATTAAAAATTTGCTTCATAAAATTTTATAAA-TGGAAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * *
10804 ATGGGAAATGGACAATTCAAATAAAAATAACACTAAAAGAATGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * **
10869 TTAAT-GTCAGACGCTCTAACCAACTA-AGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
131 TTAATAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * ** * *
10932 GTATTGTCAGTTTAACGCTTTTAACAAAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
10961 GTGCTAATAGGCCTTTTAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * *
11026 ATGGGAAATGCACAA-TCAGAGTTAAAACATCGCTAGAAGGAGGGATTTGAACCTC-GAACCTTA
66 ATGGGAAATGGACAATTCA-AGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGG-CTTGAACCTCTG-ACCTTG
* * * * * ** * * * *
11089 CGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACAAATTGGACCTATTCCTA-CTAGTTGGAACATCAAGCTCCA
128 TGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * *
11153 ACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
191 ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * *
11186 GAGCTAAAAGGCAACT-AAAACTTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGT
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * * * *
11249 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
64 AAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * *
11314 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGATATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
129 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
11379 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACA
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
11409 GAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * *
11472 ATGAG-AATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTG
* * * * * * *
11535 GTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACAAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
*
11600 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
*
11629 GAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA-TAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACT-GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * *
11693 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * *
11758 GTTAAT-CCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
11822 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
11851 GTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * *
11916 ATGGGAAATGGATAA-TCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTG-
* * * ** * * * *
11979 T-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTA-CTAGAT-GAACTTTCAAGATCC
128 TGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTT-AAGCTCC
* * * *
12041 AACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
190 AACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
** * * *
12075 GAGCTAATAGGTAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
*** * * * * *
12139 AACAAGAAATGGACAATCCGAGCTAAAATAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTATGA-CTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * *
12203 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCAATTCCATC-AGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
**
12267 ACATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAA-T
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
** * *
12294 -AGCTGGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
*
12358 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** * * * *
12423 TTAATAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAG
131 TTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * **
12488 TATTATCAATTTGAAAATTTTACCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
12516 GAGCTAATAGTCTATTG--AATTTT-TTTATATAATTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * * * * * *
12578 ATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAAAACGCTAGAAGAAGTGCTTAAATCTCCGACCTAGT
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAA--ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * * *
12643 GGTTAACAACCACACAG-TCTAACCAA-ATGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAA
129 GGTTAATAGCCACAC-GCTCTAACCAACA-GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
* * * * *
12706 CAAATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
192 CCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
12738 GTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAGTTGGTAATATTTTGAAAGTTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* *
12803 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAATGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
** * * *
12868 TTAATAGCTC-CACGCTCTAACCAACAGATTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCA
131 TTAATAGC-CACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
12932 GTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
12961 CAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTGCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * ** * * * *
13025 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACGCCACTAAAAAGG-GGGCTTAAACCTCCGACCTTGT
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCT-AGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * *
13089 GGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
129 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTA
13123 ATAGACAACT
Statistics
Matches: 2157, Mismatches: 387, Indels: 118
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
218 102 0.05
219 44 0.02
220 421 0.20
221 218 0.10
222 486 0.23
223 474 0.22
224 204 0.09
225 206 0.10
226 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (223 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
Found at i:13738 original size:733 final size:733
Alignment explanation
Indices: 12514--13854 Score: 1828
Period size: 733 Copynumber: 1.8 Consensus size: 733
12504 ATTTTACCAA
* * * *
12514 AAGAGCTAATAGTCTATTGAATTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
1 AAGAGCTAATAGGCTATTGAATTTTGTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAA
* * * *
12579 TGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAAAACGCTAGAAGAAGTGCTTAAATCTCCGACCTAGTG
66 TGAGAAATGGTCAATCCGAGATAAACC-AAACGCTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCAGACCTAGTG
*
12644 GTTAACAACCACACAGTCTAACCAAATGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAA
130 GTTAACAACCACACAGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAA
* * * * * * *
12709 ATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAAC
195 ATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAAC
* * * * * * *
12774 TGTATAAGTTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAG
260 TATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAACTAAAACAACGCTAG
* * * **
12839 AATGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCTCCACGCTCTAACCAACAGATTTATTCC
325 AATGAGGGCTTGAACCTCTGAACATGTGGTTAACAGCTCCACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCC
* * * * * *
12904 AGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGAAT
390 AACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTCAGTGAAT
* * *
12969 AGGCCGTTGAAAATTTGCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAA
455 AGGCCATTGAAAATTTGCATTATATAACAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAA
*
13034 TGAACAATTCAAATTAAAACG-CCACTA-AA-AAGGGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAA-
520 TGAACAATTCAAATTAAAA-GAACACTAGAAGAA--GGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAT
13095 CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGACAACTGAAAAATTTATTTATATAATTGTATAA
582 C--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGACAACTGAAAAATTTATTTATATAATTGTATAA
13160 ATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGG
645 ATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGG
13225 TCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTT
710 TCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTT
13249 AAGAGCTAATAGGCTATTGAAACTTTTCGTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGT
1 AAGAGCTAATAGGCTATTG-AA-TTTT-GTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGT
* * *
13314 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGATAAACC-AACGCTAGAATG-AGGGCTTGAACCTCAGACCTT
63 AAATGAGAAATGGTCAATCCGAGATAAACCAAACGCTAGAA-GAAGGGCTTAAACCTCAGACCTA
* **
13377 GTGGTTAACAGCCACAC-GCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCA
127 GTGGTTAACAACCACACAG-TCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCA
* * * * * * *
13441 ACCATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATA
191 ACAAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATA
* * * * *
13504 TAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACCATG
256 TAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAACTAAAACAACG
* * *
13569 CTAGAATGAGGG-TTGAACCT-TCGAACATGTGGTTAACAGC-CACACGGTCTAATCAACTGAGC
321 CTAGAATGAGGGCTTGAACCTCT-GAACATGTGGTTAACAGCTC-CACGCTCTAACCAACAGAGC
* *
13631 TATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAT-
384 TATTCCAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC-TC
* * * *
13695 AGCT-ATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
448 AG-TGAATAGGCCATTGAAAATTTGCATTATATAACAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * *
13759 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
512 ATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGG
*
13824 TTAATCCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
577 CTAATCCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
13855 TTCCAGTTAG
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 69, Indels: 29
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
732 28 0.05
733 203 0.39
734 75 0.14
735 28 0.05
736 123 0.23
737 5 0.01
738 62 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (733 bp):
AAGAGCTAATAGGCTATTGAATTTTGTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAA
TGAGAAATGGTCAATCCGAGATAAACCAAACGCTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCAGACCTAGTGG
TTAACAACCACACAGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACAAA
TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACT
ATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAACTAAAACAACGCTAGA
ATGAGGGCTTGAACCTCTGAACATGTGGTTAACAGCTCCACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCA
ACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTCAGTGAATA
GGCCATTGAAAATTTGCATTATATAACAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAAT
GAACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAATCCCA
CACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGACAACTGAAAAATTTATTTATATAATTGTATAAATTGGT
AATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGA
ACTTCCGACCTTGGGGTT
Found at i:15011 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 13251--15189 Score: 2151
Period size: 222 Copynumber: 8.7 Consensus size: 223
13241 TTGGGGTTAA
* * *
13251 GAGCTAATAGGCTATTGAAACTTTTCGTTATATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
* * * * *
13315 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGA-TAAACCAACGCTAGAATGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
65 AATGGGAAATGGACAATCC-AAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* *
13379 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGGTCCAACC
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
13444 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACA
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
13474 GAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * ** * * * * *
13537 ATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACCATGCTAGAATGAGGG-TTGAACCT-TCGAACATGTG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTG
* * * *
13600 GTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
13665 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC-T
*
13695 -AGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA-TAGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACT-GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * *
13758 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAGAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
13823 GTTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACC
130 GTTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * * *
13886 AATATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
13916 GTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * *
13981 ATGGGAAATGGATAAT-CAAAGTTAAAACAGCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAA-TTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTG-
* * * * * * * *
14044 T-GTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTA-CTAGAT-GAACTTTCAAGATCC
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTT-AAGCTCC
* * * *
14106 AACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
190 AACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
14140 GAGCTAATAGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTATTTTGAAATTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
* * ** *
14204 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
14269 GTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
** *
14334 ACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAA-T
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
14361 -AGTTAGTATGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* *
14425 ATGAGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** * * * * * *
14490 TTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGATTCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* **
14555 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
14583 GAGCTAATAGTCTATTG--AATTGTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTAAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATT-TTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * ** * * * * *
14646 AATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * *
14711 GTTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
14776 ATATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
14805 GTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
*
14870 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * ** * * * *
14935 TTAATAGCTATACGCTCTAACCAAGAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * * *
15000 CATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
15028 CAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * *
15092 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAACACTAAAAGTA-GGCTTAAACCTCAGACCTTGT
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAAC-AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* *
15156 GGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
15190 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1440, Mismatches: 241, Indels: 70
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
220 288 0.20
221 105 0.07
222 445 0.31
223 406 0.28
224 185 0.13
225 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
Found at i:15500 original size:380 final size:379
Alignment explanation
Indices: 14798--15569 Score: 1025
Period size: 380 Copynumber: 2.0 Consensus size: 379
14788 TGACACTTTT
* * * * *
14798 ACCAACTGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTAGCAATATTTTG
* *
14863 AAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAC
66 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGAC
* * * * *
14928 CTTGTGGTTAATAGCTATACGCTCTAACCAAGAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTC
131 CTTATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAAGAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
* * * * * *
14993 TAACCAGCATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTA
196 CAACCAGCATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
* * *
15058 TATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAA
261 CACAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAC-A
* * *
15123 ACACTAAAAGTA-GGCTTAAACCTCAGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTA
325 ACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCAGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
* *
15177 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTAGCAATATTTTG
*
15242 AAAGTAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGA
66 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCGA
* ** *
15307 CCTTATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTA-AGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGC
130 CCTTATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAA-GAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGC
* *
15371 TCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-T-AGAGATAATAGGCCATTG-AAATGTTT
194 TCCAACCAGCATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACTCAGTG--AATAGGCCATTGAAAAT-TTT
* ** * * *
15433 CTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGAC-AGTCTAAGTTA
256 CATTACACAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATTC-AAATTA
* * *** * *
15497 AAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGGGCCTCCGACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTA
320 AAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCAGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
15557 ACCAACTGAGCTA
1 ACCAACTGAGCTA
15570 TTCCAACTAG
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 46, Indels: 13
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
378 3 0.01
379 134 0.39
380 202 0.59
381 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (379 bp):
ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTAGCAATATTTTG
AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGAC
CTTATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAAGAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
CAACCAGCATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
CACAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAA
CACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCAGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
Found at i:15626 original size:223 final size:224
Alignment explanation
Indices: 15187--15746 Score: 684
Period size: 223 Copynumber: 2.5 Consensus size: 224
15177 ACCAACTGAG
* * * * *
15187 CTAATAGGCCATTAAAAATTTTCATTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAATG
1 CTAATAGGCCATTAAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
* *
15252 GGAAATGGGCAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTATGGTT
66 GGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATATGGTT
* * * * *
15317 AAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA
131 AAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA
15382 TTATCAGTTTGAAAATTTTACCA-ATAGAGA
196 TTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGAT-GA-A
* * *
15412 -TAATAGGCCATT-GAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
1 CTAATAGGCCATTAAAAAT-TTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
* * ** *
15475 GGGAAATGGAC-AGTCTAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGGGCCT-CCGACCATGTGG
65 GGGAAATGGACAATTC-AAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATATGG
* * *
15538 TTAACAA-CCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGTTCCAACCA
129 TTAA-AAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
15602 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAGCTGAA
193 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGATGAA
* * * *
15634 CTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATG
1 CTAATAGGCCATTAAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
* * ** * *
15699 GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGTCTTGAAC
66 GGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAAC
15747 TTTCGACCTT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 42, Indels: 18
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
222 1 0.00
223 181 0.64
224 103 0.36
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (224 bp):
CTAATAGGCCATTAAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
GGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATATGGTT
AAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA
TTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGATGAA
Found at i:15878 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 15634--15898 Score: 340
Period size: 134 Copynumber: 2.0 Consensus size: 134
15624 ACCAGCTGAA
* * *
15634 CTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATG
1 CTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAAATGGTAATATTTTGAAAGAAAATG
* * *
15699 GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTTC-GACCTTGGGGTT
66 GGAAATGGACAATCCCAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAAC-CTCAGACCTTGGGGTT
15763 AAGAG
130 AAGAG
* * * *
15768 CTAATAGGAC-ATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAAATGG-AATTATTTTGAAAGTAAA
1 CTAATA-GACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAAATGGTAA-TATTTTGAAAGAAAA
* * * *
15831 TGGGAAATGGTCAATCCCAGCTAAACCAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGG
64 TGGGAAATGGACAATCCCAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGGGG
15895 TTAA
128 TTAA
15899 TAGCCACACG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 14, Indels: 8
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
133 6 0.05
134 104 0.92
135 3 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (134 bp):
CTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAAATGGTAATATTTTGAAAGAAAATG
GGAAATGGACAATCCCAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGGGGTTA
AGAG
Found at i:16286 original size:578 final size:579
Alignment explanation
Indices: 14608--21375 Score: 2242
Period size: 578 Copynumber: 11.0 Consensus size: 579
14598 TGAATTGTTT
* * * *
14608 TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTAAAAGTAAATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAA
1 TTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTAAA
* * * * * *
14673 ACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGTTAATAGCCACACGGTCTAACCAAAT
66 ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACT
* * * * * *
14738 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAAATATTATTAGTTTGACACTTTTACCAA
131 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
* * * * * *
14803 CTGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGT
196 CAGAGATAATAGGCCATTG-AAATTTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * *
14868 TAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTG
260 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCATG
* * * ** * * * * *
14932 TGGTTAATAGCTATACGCTCTAACCAAGAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAAC
324 TGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
* * * * *
14997 CAGCATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATAT
389 CAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATAT
** * *
15061 AACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAACA
453 AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAC-AACA
* * *
15126 CTAAAAGTAGGCTTAAACCTCAGACCTTGTGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAA
517 CTAGAAGAAGGCTTGAACCTCAGACCTTG-GG-------------G-T-T----AAC-GAGCTAA
*
15191 TAGGCCATTAAAAATTTTC
561 TAGGACATTAAAAATTTTC
* * * * * **
15210 ATTATATAACTGTTTAAATTAGCAA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTAA
1 TTTATATAACTGTATAAATT-GGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTAA
* * *
15274 AACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAA
65 AACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAA
* * ** * *
15339 CTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
129 CTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* * * * *
15404 AATAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
194 AACAGAGATAATAGGCCATTGAAAT-TTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAA
* * ** *
15469 GTAAATGGGAAATGGACAGTCTAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGGGCCTCCGACCAT
258 GTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCAT
* *
15534 GTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGTTCCAA
323 GTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
* * * * * *
15599 CCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAGCTGAACTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATAT
388 CCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATAT
* * * **
15664 AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACAC
453 AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACAC
* * *
15729 TAGCAAG-AGGTCTTGAACTTTC-GACCTTGGGGTTAA-GAGCTAATAGGACATTGAAACTTTTC
518 TAG-AAGAAGG-CTTGAAC-CTCAGACCTTGGGGTTAACGAGCTAATAGGACATTAAAAATTTTC
* * *
15791 TTTACATAACTGTATAAAATGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCCAGCTAAA
1 TTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTAAA
* * *
15856 CCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCT
66 ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACT
*
15921 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
131 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
* * * * * *
15986 CAAAGTTATTAGTCTATT-ATAATTTT-ATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGT
196 CAGAGATAATAGGCCATTGA-AATTTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * *
16049 AAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGT
260 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCATGT
* * *
16114 GGTTAACAGCCACACAG-TCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
325 GGTTAACAGCCAAAC-GCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
* * * *
16178 CAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATA
389 CAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATA
* *
16243 ATTGTATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAAATGGGGAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACT
454 ATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACT
* * * * *
16308 AGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATCCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATT-
519 AGAAGAA-GGCTTGAACCTCAGACCTTGGGGTTAA---C-GA-G--CTAA--TA-GGA-C-ATTA
** *
16372 CCAGTTAGTTGGACC
571 AAAATT--TT----C
* * * * ** * * * * * **
16387 TTTA-AGCTCAAACCAGTATTGTCAGTTTGACATT-TTTAACAAATGTGCTAATAGGCATTTGAA
1 TTTATA--T--AA-CTGTA---TAAATTGGA-ATTATTT-TGAAA-GT--AAATGGGAAATGGTC
*** * * * * * ** ** ** * *
16450 AAT--TTTCTTTATATAACTG-TATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGT---AAATGGGAAATGGAT
53 AATCCAAGC-TAAAACAAC-GCTA-GAA--GG-A-GGGCTTGAACCTCCGACCT-TG---TGGTT
** * ** * * *** * * **
16509 AATCAAAGTTAAAACATCGCT-AAAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC-GGTTAAAAGCC--
107 AAT---AG---CCACA-CGCTCTAACCA--AC--TG-AGCT-ATTCC-AGCTAGTT-GGA-CCTT
* * * * ** ** * **
16570 AAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTACTAGATGAACCTTCAAGCTCCAACCAGTA-CTGTT
156 TAA-GCTCCAACCAA-T--A-TTA-T-C-AGT--TTGAAAATTTTA---CCAA-CAG-AGATAAT
* * ** ** **
16634 A-G--TTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAAGCA-ATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAA
206 AGGCCATTGA-AATTTT--C-ATT-A--T-ATAATTATA-T--AAA--TTGGTAATAT-TTTG--
** ** *
16695 TAAAGTTGAATTATTTTGAAATTAAATGGGAAATGGTCAATCCTAA-CTAAAACAACGCTAGAAG
255 -AAAG-T-AA--A-TGGGAAA-T-GG------A----CAATCC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAG
* * * *
16759 GAGGGCTTGAACC-TCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAG
301 GAGGGCTTGAACCTTC-GACCATGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAA
* ** * * * *
16823 CTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGA-AATTTTA-CAAAT-AGCTAGTAG
365 CTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAG
* *
16885 GCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGCAAATGGGAAATG
430 GCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATG
* * * * * *
16950 GACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCA
495 GACAATTCAAATTAAAACAACACTAG-AAGAAGGCTTGAACCTCAGACCTTGGGGTTAAC--G--
* * * **
17015 CACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACC
555 -A-G--CTAAT--A-GGA-C-ATT--AA-AAATT--TTC
* * * * * * ** * * *
17054 TTTGAGCT-TCAACCAGTATTATCAGTTTGAA-AATTTT---AGCAAAAGAGCTAATAGTCTATT
1 TTT-A--TAT-AA-CTGTA-TA--AATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATG-GGAAATGGTCAATC
* *** * * * * **** ** ** **** *
17114 GATTTTTTTTATATAACTG-TATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGA-GAAATGGTCAATC
57 CA---AGCTAAAACAAC-GCTA-GAA--GG-A-GGGCTTGAACCT--CCGACCTTGTGGTTAAT-
* * * * ** * * * ** *
17177 CGAGCTAAAGCAACACTAGAAGAA--GGGCTTAAACCTCCGACCTAG-TGGTTAATAGCC-ACAC
110 --AGCCACA-C-GCTCTA-ACCAACTGAGC-T--A-TTCC-AGCTAGTTGG-----A-CCTTTAA
* * * * * **** * * **
17238 GGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTG-GACTTTTAAGGTCCA-ACA-AATATTGTTAGT
159 GCTCCAACC-AAT-A-TTA-T-CAG-T--TTGAAAATTTT-ACCAACAGAGATAATA-GGCCA--
* ** ** *
17300 TTGACACTTTT-ACCA-ACTGAGCTA-ATAGGGCGTTGAAAATT-TTCATTATATAACTATAT-A
212 TTGA-AATTTTCATTATA-T-AATTATA--------T--AAATTGGT-A--ATAT---T-T-TGA
** * *
17360 AATTTGTAATATTTTGAAAGTTAAAGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAG
256 AA---GTAA-A---TG---GGAAA-------TGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAG
* * * * * * *
17425 GGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTA
304 GGCTTGAACCTTC-GACCATGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTA
* * * * *
17489 ATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGAATAGGC
368 GTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCT-AATAGGC
* * ** * *
17553 CGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAA
432 CATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGA
* *
17618 CAATTCAAATTAAAACAAAACACTA-AA-AACTGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGC
497 CAATTCAAATTAAAAC--AACACTAGAAGAA---GGCTTGAACCTCAGACC-T-TGG------G-
* *
17681 CACACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGGCCATT-AAAATTTTT
548 -----G-T-T----AAC-GAGCTAATAGGACATTAAAAATTTTC
* * * * **
17724 TATTATATAACTGTTTAAATTAGCAA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTA
1 T-TTATATAACTGTATAAATT-GGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTA
* * * *
17788 AAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCA
64 AAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCA
* * ** * *
17853 ACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTAC
128 ACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTAC
* * * * *
17918 CAATAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAA
193 CAACAGAGATAATAGGCCATTGAAAT-TTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAA
* * *
17983 AGTAAATGGGAAATGGACAGTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGACCA
257 AGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCA
* *
18048 TGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCA
322 TGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * * * *
18113 ACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAGCTGAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATA
387 ACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATA
* * * **
18178 TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACA
452 TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACA
* * * *
18243 CTAGCAAG-AGGTCTTGAACTTTCA-ACCTTGGGGTTAA-GAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTT
517 CTAG-AAGAAGG-CTTGAAC-CTCAGACCTTGGGGTTAACGAGCTAATAGGACATTAAAAATTTT
18305 C
579 C
* *
18306 TTTACATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAA
1 TTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTAAA
* * *
18371 CCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCT
66 ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACT
* *
18436 GAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
131 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
* * * * * *
18501 CAGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAAATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGT
196 CAGAGATAATAGGCCATTGA-AATTTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * * *
18564 AAATGAGAAATGAACAATCTAAGCTAAAGCAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGT
260 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCATGT
* * * *
18629 GGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
325 GGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * * *
18694 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTACTTTATATAA
390 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
*
18759 TTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTA
455 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTA
* * * *
18824 GAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATCCCACACGCTCTAACCA--ACTGAGTTATT
520 GAAGAA-GGCTTGAACCTCAGACCTTGGGGTTAA---C-GA-G--CTAA-TAGGAC--A-TTA--
** *
18887 CCAGTTAGTTGGACC
571 AAAATT--TT----C
* * * * * * ** * **
18902 TTTA-AGCTCAAACCAGTATTGTCAGTTTGACA--CTTTT--AA-CAAATGTGCTAATAGGCCTT
1 TTTATA--T--AA-CTGTA---TAAATTGGA-ATTATTTTGAAAGTAAATG-GGAAAT-GGTCAA
** * * * * * * ** ** ** *
18961 TGAAAATTTTCTTTATATAACTG-TATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGT---AAATGGGAAATGG
55 T-CCAA---GC-TAAAACAAC-GCTA-GAA--GG-A-GGGCTTGAACCTCCGACCT-TG---TGG
* ** * ** * * *** * **
19022 ATAATCAAAGTTAAAACATCGCT-AAAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC-AGTTAAAAGCC
105 TTAAT---AG---CCACA-CGCTCTAACCA--AC--TG-AGCT-ATTCC-AGCTAGTT-GGA-CC
* * * * ** **
19085 --AAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATTCCTACTAGATGAACCTTCAAGCTCCAACCAGTACTGT
154 TTTAA-GCTCCAACCAA-T--A-TTA-T-C-AGT--TTGAAAATTTTA---CCAA-CAG-A--G-
*
19148 CAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATGGACAATTGAAAATTTTC-TTAATATAACTGA-AT
201 -A---T-A-A----T----A--G-GC-------C-ATTG-AAATTTTCATT-ATATAA-TTATAT
* * * * * *
19211 AAAGTGG-AATTAGTTTGAAATTAAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGG
238 AAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGG
* * * * *
19275 AGGGCTTGAACC-TCTGAACTTGTGGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGC
302 AGGGCTTGAACCTTC-GACCATGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAAC
* ** * * * * * *
19339 TAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAA-T-AGTTAGTATG
366 TAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGG
* *
19401 CCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGG
431 CCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGG
* * * * * *
19466 ACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCAC
496 ACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAA-GAAGGCTTGAACCTCAGACCTTGGGGTTAAC--G---
* * * **
19531 ACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACC
555 A-G--CTAAT--A-GGA-C-ATT--AA-AAATT--TTC
* * * * * * ** * * *
19569 TTTGAGATTCAACCAGTATTATCAGTTTGAA-AATTTT-ACCA--AAA-GAGCTAATAGTCTATT
1 TTT-ATA-T-AA-CTGTA-TA--AATTGGAATTATTTTGA-AAGTAAATG-GGAAATGGTCAATC
* * * * * * **** * ** ** **** *
19629 GAATTGTTTTTTATATAACTG-TATAAATTGGTATTATTTTAAAAGTAAATGA-GAAATGGTCAA
57 CAA--G---CTAAAACAAC-GCTA-GAA--GG-A-GGGCTTGAACCT--CCGACCTTGTGGTTAA
* * * * ** * * * **
19692 TCCGAGCTAAAACAACACTAGAAGAA--GGGCTTAAACCTCCGACCTAG-TGGTTAATAGCC-AC
109 T---AGC-CACAC-GCTCTA-ACCAACTGAGC-T--A-TTCC-AGCTAGTTGG-----A-CCTTT
* * * * * * **** * **
19753 ACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTG-GACTTTTAAGGTCCA-ACA-AATA--TTAT
157 AAGCTCCAACC-AAT-A-TTA-T-CAG-T--TTGAAAATTTT-ACCAACAGAGATAATAGGCCAT
* * * * * *
19813 T--AGTTTGACACTTTTACCAACTGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATT-TTCATTATATAACTATA
213 TGAAATTT-TCA-TTATA-TAA-T-T-AT-A--------T--AAATTGGT-A--ATAT---T-T-
** * *
19875 T-AAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAG
253 TGAAA---GTAA-A---TG---GGAAA-------TGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAG
* * * * * * *
19939 GAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAG
301 GAGGGCTTGAACCTTC-GACCATGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAA
* * * * *
20003 CTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGAATA
365 CTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCT-AATA
* * ** *
20067 GGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAAT
429 GGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAAT
* * * *
20132 GAACAATTCAAATTAAAAACAAACACTAAAAAGTAGGCTTAAACCTCAGACCTTGTGGCTAACAA
494 GGACAATTCAAATT-AAAAC-AACACT-AGAAGAAGGCTTGAACCTCAGACCTTG-GG-------
*
20197 CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTC
548 ------G-T-T----AAC-GAGCTAATAGGACATTAAAAATTTTC
* * * * * **
20242 ATTATATAACTGTTTAAATTAGCAA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTAA
1 TTTATATAACTGTATAAATT-GGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTAA
* * **
20306 AACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTATGGTTAAAAGCCAGTCGCTCTAACCAA
65 AACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAA
* * ** * *
20371 CTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
129 CTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* * * * *
20436 AATAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
194 AACAGAGATAATAGGCCATTGAAAT-TTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAA
* * ** *
20501 GTAAATGGGAAATGGACAGTCTAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGGGCCTCCGACCAT
258 GTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCAT
*
20566 GTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
323 GTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
* * * * * *
20631 CCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAGCTGAACTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATAT
388 CCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATAT
* * * **
20696 AAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACA
453 -AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACA
* * * *
20761 CTAACAAG-AGGTCTTGAACTTTC-GACCTTGGGGTTAA-GAGCTAATAGGACATTGAAACTTTT
517 CT-AGAAGAAGG-CTTGAAC-CTCAGACCTTGGGGTTAACGAGCTAATAGGACATTAAAAATTTT
20823 C
579 C
* * *
20824 TTTACATAACTGTATAAAATGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCCAGCTAAA
1 TTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTAAA
* * *
20889 CCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCT
66 ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACT
*
20954 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
131 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
* * * * * *
21019 CAGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAAATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGT
196 CAGAGATAATAGGCCATTGA-AATTTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * * *
21082 AAATGAGAAATGAACAATCTAAGCTAAAGCAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGT
260 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCATGT
* * * *
21147 GGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
325 GGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * *
21212 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
390 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
* *
21277 TTGTATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAAATGGGGAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTA
455 TTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTA
* *
21342 GAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA
520 GAAGAA-GGCTTGAACCTCAGACCTTGGGGTTAA
21376 TCCCACACGC
Statistics
Matches: 4649, Mismatches: 985, Indels: 1088
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
577 16 0.00
578 640 0.14
579 215 0.05
580 225 0.05
581 304 0.07
582 108 0.02
583 6 0.00
584 4 0.00
585 1 0.00
586 8 0.00
587 4 0.00
588 6 0.00
589 5 0.00
590 8 0.00
591 3 0.00
592 4 0.00
595 3 0.00
596 10 0.00
597 2 0.00
599 9 0.00
600 14 0.00
601 7 0.00
602 99 0.02
603 395 0.08
604 37 0.01
605 369 0.08
606 64 0.01
607 17 0.00
608 4 0.00
609 6 0.00
610 2 0.00
611 14 0.00
612 20 0.00
615 8 0.00
618 14 0.00
619 16 0.00
620 2 0.00
621 2 0.00
622 12 0.00
623 8 0.00
624 14 0.00
625 28 0.01
626 15 0.00
627 2 0.00
628 23 0.00
629 8 0.00
630 4 0.00
631 2 0.00
632 5 0.00
634 14 0.00
635 2 0.00
636 8 0.00
637 17 0.00
638 22 0.00
639 20 0.00
640 15 0.00
641 10 0.00
642 12 0.00
643 10 0.00
644 13 0.00
645 12 0.00
646 22 0.00
647 2 0.00
648 13 0.00
649 3 0.00
650 7 0.00
651 13 0.00
652 8 0.00
653 7 0.00
654 13 0.00
655 9 0.00
656 13 0.00
657 9 0.00
658 12 0.00
659 35 0.01
660 16 0.00
661 14 0.00
662 12 0.00
663 168 0.04
664 97 0.02
665 159 0.03
666 402 0.09
667 115 0.02
668 148 0.03
669 294 0.06
670 35 0.01
671 18 0.00
672 8 0.00
673 4 0.00
674 1 0.00
675 4 0.00
676 6 0.00
677 1 0.00
678 4 0.00
679 2 0.00
680 1 0.00
681 5 0.00
682 1 0.00
683 6 0.00
684 3 0.00
685 2 0.00
686 2 0.00
687 1 0.00
688 3 0.00
689 1 0.00
690 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (579 bp):
TTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGTCAATCCAAGCTAAA
ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACT
GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
CAGAGATAATAGGCCATTGAAATTTTCATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCATGTG
GTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
GTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAAT
TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAG
AAGAAGGCTTGAACCTCAGACCTTGGGGTTAACGAGCTAATAGGACATTAAAAATTTTC
Found at i:16968 original size:220 final size:223
Alignment explanation
Indices: 15765--17704 Score: 2171
Period size: 223 Copynumber: 8.7 Consensus size: 223
15755 TTGGGGTTAA
* * * *
15765 GAGCTAATAGGACATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAAATGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
* * * * *
15829 AATGGGAAATGGTCAATCCCAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
15894 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
15959 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACA-
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA-AT
* * * * * * * * * *
15988 AAGTTATTAGTCTATT-ATAATTTT-ATTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * *
16051 ATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTG
* * *
16115 GTTAACAGCCACACAG-TCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
130 GTTAACAGCCACAC-GCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
16179 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA-
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA-AT
* * *
16209 GAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * *
16274 ATGGGGAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* *
16339 TTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
131 TTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
16402 GTATTGTCAGTTTGACATTTTTAACAAAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAAT
* * *
16431 GTGCTAATAGG-CATTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCA-TTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * *
16495 AATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGT
* * * * * * * *
16559 GGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAAGCTCCAA
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
* * * * *
16623 CCAGTACTGTTAGTTTGACACTTTTACCAATT
192 CCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAAT
* * * * *
16655 GAGCTAATAAGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTT-G-AATTATTTTGAAATT
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAA-TTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * *
16718 AAATGGGAAATGGTCAATCCTAA-CTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTG
64 AAATGGGAAATGGACAATCC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG
*
16782 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAAC
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
**
16847 CAACATTATCAGTTTGA-AATTTTA-CAAAT
193 CAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAAT
* * * *
16876 -AGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGCAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
*
16940 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** * * * * *
17005 TTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * *
17070 TATTATCAGTTTGAAAATTTTAGCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAAT
* * * *
17098 GAGCTAATAGTCTATTG---ATTTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * * * *
17160 ATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAGCAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * * *
17225 TTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAAA
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * * *
17290 TATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAAT
* * * * *
17318 GAGCTAATAGGGCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG-TA
* *
17383 AA-GGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * * *
17447 GTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
17512 GTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAAT
* * * * *
17541 CAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * *** * *
17605 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAAACACTAAAAACTGGGCTTAAACCTCCGACCTTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAAC--AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG
*
17670 TGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
17705 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1444, Mismatches: 238, Indels: 68
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
219 4 0.00
220 353 0.24
221 206 0.14
222 210 0.15
223 425 0.29
224 175 0.12
225 71 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAAT
Found at i:17446 original size:443 final size:442
Alignment explanation
Indices: 15764--17704 Score: 2170
Period size: 443 Copynumber: 4.4 Consensus size: 442
15754 CTTGGGGTTA
* * * *
15764 AGAGCTAATAGGACATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAAATGGAATTATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTG-AA-TTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
* * * * * *
15829 AATGGGAAATGGTCAATCCCAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTG
64 AATGGGAAATGGTCAATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
*
15894 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
129 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * * * * *
15959 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACA-AAGTTATTAGTCTATTATAATTTT-ATTATATAAT
194 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA-ATGAGCTAATAGGCT-TGAAAATTTTCATTATATAAC
* * * * ** *
16022 TATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAG
257 TATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAG
* * * *
16087 AAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTGGTTAACAGCCACACAG-TCTAATCAACTGAGCTATT
322 AAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTGGTTAACAGCCACAC-GCTCTAACCAACAGAGCTATT
* *
16150 CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
385 CCAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
16208 AGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTG--AATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
* * * * *
16273 AATGGGGAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
64 AATGGGAAATGGTCAATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
* * *
16338 GTTAAT-CCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
129 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * *
16402 GTATTGTCAGTTTGACATTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCATTTGAAAATTTTCTTTATATAAC
194 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAATGAGCTAATAGGC--TTGAAAATTTTCATTATATAAC
* * * * *
16467 TGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAAT-CAAAGTTAAAACATCGCTA
257 TATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAA-TTAAAACAACGCTA
* * * * * * * ** *
16531 -AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGCGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTAT
321 GAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTAT
* * * * * * * *
16595 TCCTACTAGA-TGAACCTTCAAGCTCCAACCAGTACTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAT
384 TCCAACTA-ATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * *
16654 TGAGCTAATAAGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTT-GAATTATTTTGAAATT
1 AGAGCTAATAGGCCATTG--AATTTTCTTTATATAACTGTATAAA-TTGGTATTATTTTGAAAGT
* * * * *
16718 AAATGGGAAATGGTCAATCCTAACTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGT
63 AAATGGGAAATGGTCAATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGT
* *
16783 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACC
128 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
16848 AACATTATCAGTTTGA-AATTTTA-CAAAT-AGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
193 AATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAATGAGCTAATAGG-C-TTGAAAATTTTCATTATATAA
* * * * *
16910 TTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGCAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTA
256 CTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTA
* * **
16975 GAAAGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTC
321 GAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTC
* * * * *
17040 CAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTAGCAAA
386 CAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * *
17097 AGAGCTAATAGTCTATTG-ATTTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
* * * * * *
17161 TGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAGCAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGT
66 TGGGAAATGGTCAATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGT
* * * * *
17226 TAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAAAT
131 TAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAAT
* * * *
17291 ATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGGCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTA
196 ATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAATGAGCTAATA-GGC-TTGAAAATTTTCATTATATAACTA
* *
17356 TATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAAA-GGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGA
259 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAG-TAAATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGA
* * *
17420 AGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCA
323 AGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCA
* * * * * *
17485 GCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
388 ACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** * * * *
17540 TCAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
1 AGAGCT-AATAGGCCATTG--AATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
* ** * * *
17604 TAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAAACACTA-AA-AACTGGGCTTAAACCTCCGACC
63 AAATGGGAAATGGTCAATCCAAACTAAAAC--AACACTAGAAGAA--GGGCTTGAACCTCCGACC
* *
17667 TTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
124 TTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
17705 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1248, Mismatches: 218, Indels: 58
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
439 2 0.00
440 161 0.13
441 6 0.00
442 7 0.01
443 345 0.28
444 255 0.20
445 109 0.09
446 235 0.19
447 70 0.06
448 58 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (442 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTGAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
TGGGAAATGGTCAATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGT
TAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAAT
ATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAATGAGCTAATAGGCTTGAAAATTTTCATTATATAACTATA
TAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAACGCTAGAAGG
AGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAACT
AATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
Found at i:18016 original size:382 final size:379
Alignment explanation
Indices: 17311--18084 Score: 1011
Period size: 382 Copynumber: 2.0 Consensus size: 379
17301 TGACACTTTT
* * * *
17311 ACCAACTGAGCTAATAGGGCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTAGCAATATTTTG
*
17376 AAAGTTAAAGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAC
66 AAAGTTAAAGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGAC
* * * *
17441 CTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTC
131 CTTATGGTTAAAAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
* * * * * *
17506 TAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTA
196 CAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
* * * *
17571 TATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAA
261 CACAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCAAATTAAAAC--
* * * *
17636 AACACTAAAAACTGGGCTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTA
324 AACACTAAAAACAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
* * *
17692 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATT-AAAATTTTTTATTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTT
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTTTCATTATATAACTATATAAATTAGCAATATTTT
* *
17756 GAAAG-TAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCC
65 GAAAGTTAAA-GGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CC
* ** *
17820 GACCTTATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTA-AGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAA
128 GACCTTATGGTTAAAAGCCACACGCTCTAACCAAC-AGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAA
*
17884 GCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAA-T-AGAGATAATAGGCCATTG-AAATGT
192 GCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACTCAGTG--AATAGGCCATTGAAAAT-T
* ** * * *
17946 TTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAGTCCAAGTT
254 TTCATTACACAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCAAATT
* * ** * * *
18011 AAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCCGACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTA
319 AAAACAACACTAAAAACAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
18072 ACCAACTGAGCTA
1 ACCAACTGAGCTA
18085 TTCCAACTAG
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 46, Indels: 15
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
380 69 0.20
381 111 0.33
382 159 0.47
383 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (379 bp):
ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTAGCAATATTTTG
AAAGTTAAAGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGAC
CTTATGGTTAAAAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTC
CAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTA
CACAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCAAATTAAAACAA
CACTAAAAACAGGGCTTAAACCTCCGACCATGTGGCTAACAACCAAACGCTCTA
Found at i:18185 original size:223 final size:222
Alignment explanation
Indices: 17696--18261 Score: 715
Period size: 223 Copynumber: 2.5 Consensus size: 222
17686 GCTCTAACCA
* * * * *
17696 ACTGAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTTTATTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTTGAAAG
1 ACTGAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTAT-TTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
* * * * *
17761 TAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTT
65 TAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCAT
* * * * * *
17826 ATGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAA
130 ATGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCCAA
17891 CCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
195 CCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* * * * * *
17919 AATAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
1 ACT-GAGCTAATAGGCCATTAAAAT-TTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
* *
17984 GTAAATGGGAAATGGACAGTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAGCCT-CCGACCA
64 GTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCA
* * *
18048 TGTGGTTAACAA-CCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCC
129 TATGGTTAA-AAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCC
* * *
18112 AACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACC
193 AACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* *
18142 AGCTGAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
1 A-CTGAGCTAATAGGCCATT-AAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
* * * * *
18207 GAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGTCTTGAAC
64 GTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAAC
18262 TTTCAACCTT
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 44, Indels: 12
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
223 182 0.62
224 107 0.37
225 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (222 bp):
ACTGAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATA
TGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCCAAC
CAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
Found at i:18393 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 18146--18413 Score: 362
Period size: 134 Copynumber: 2.0 Consensus size: 134
18136 TTTACCAGCT
* *
18146 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAA
1 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAA
* *
18211 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTTCA-ACCTTGGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAAC-CTCAGACCTTGGG
18275 GTTAA
130 GTTAA
* * * * * *
18280 GAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGAA
* * * *
18344 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
65 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGG
18408 GGTTAA
129 GGTTAA
18414 TAGCCACACG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 14, Indels: 6
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
133 7 0.06
134 110 0.94
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (134 bp):
GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAA
ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGGGG
TTAA
Found at i:20041 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 18280--20221 Score: 2142
Period size: 223 Copynumber: 8.7 Consensus size: 223
18270 TTGGGGTTAA
* *
18280 GAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
* * * * * *
18344 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * *
18409 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
18474 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACA
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * * *
18503 GAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAAATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * *
18566 ATGAGAAATGAACAA-TCTAAGCTAAAGCAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGT
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGT
* * * * *
18629 GGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
*
18694 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
18724 GAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTACTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * *
18789 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * *
18854 TTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGTTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
131 TTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
18917 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
18946 GTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * *
19011 ATGGGAAATGGATAA-TCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGT
* * * * * * * * *
19074 AGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAAGCTCCAA
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
* * * *
19138 CCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
192 CCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
19170 GAGCTAAT-GGACAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTAGTTTGAAATT
1 GAGCTAATAGG-CCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * * *
19233 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGT
64 AAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * *
19298 GGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACC
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
** *
19363 AACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAA-T
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
19391 -AGTTAGTATGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* *
19455 ATGAGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** * * * * *
19520 TTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGATTCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* **
19585 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
19613 GAGCTAATAGTCTATTG--AATTGTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTAAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATT-TTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * * * * *
19676 AATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * *
19741 GTTAATAGCCACACGGTCTAACCAA-ATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACA-GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
19805 AATATTATTAGTTTGACACTTTTACCAACT
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
19835 GTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
*
19900 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * *
19965 TTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * *
20030 TATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
20058 CAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * *
20122 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAACAAACACTAAAAAGTA-GGCTTAAACCTCAGACCTT
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAGTT-AAAAC-AACGCT-AGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
* * *
20186 GTGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
127 GTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTA
20222 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1449, Mismatches: 237, Indels: 64
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
220 175 0.12
221 211 0.15
222 385 0.27
223 428 0.30
224 183 0.13
225 62 0.04
226 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
Found at i:20153 original size:889 final size:888
Alignment explanation
Indices: 18281--20221 Score: 2555
Period size: 889 Copynumber: 2.2 Consensus size: 888
18271 TGGGGTTAAG
* * *
18281 AGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAAA
1 AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTC-TTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTTAA
*
18346 TGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGT
65 TGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGT
* * * * * **
18411 TAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCATT
130 TAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAAC
* * *
18476 ATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGTTAATAGTCTATTATAATTTTTTTATATAAATATA
195 ATTATCAGTTTGAAAATTCTACCAACAGAGTTAATAGTCCATTAAAATTTTTTTATATAAATATA
* * *
18541 TAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCTAAGCTAAAGCAATGCTAGAAGG
260 TAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGG
* * *
18606 AGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACT
325 AGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAATCAACAGAGCTATTCCAACT
* * * * *
18671 AGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTATTAGGC
390 AATTGGACCTTTAAGATCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTAATAGGC
* * *
18736 CATTGAAAATTTACTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGA
455 CATTG-AAATTTACTTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAAATGAGAAATGGA
* * * * *
18801 CAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATCCCACAC
519 CAATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGTTAATCCCACAC
* * * * * *
18866 GCTCTAACCAACTGAGTTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCAGTATTGTCAGTTTG
584 GCTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACAAATATTATCAGTTTG
* * *
18931 ACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTA
649 ACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTGGTA
* * * * *
18996 TTGTTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTAAAGTAGGGCTTTGAA
714 ATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAAGTTAAAACAACGCTAAAGGAGGGCTTTGAA
* *
19061 CCTCGGACCTCGCAGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATTCCTACTAGATGAACC
779 CCTCGGACCTCGCAGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAATCAGAGTTATTCCTACTAGATGAACC
* *
19126 TTCAAGCTCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTG
844 TTCAAGCTCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTC
* * * *
19171 AGCTAAT-GGACAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGGAATTAGTTTGAAA-TTA
1 AGCTAATAGG-CCATTGAAAATTTTCTT-ATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTT-
* *
19234 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTG
63 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTG
19299 GTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCA
128 GTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
19364 ACATTATCAGTTTG-AAATTCTACC-A-ATAGTTAGTA-TGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
193 ACATTATCAGTTTGAAAATTCTACCAACAGAGTTAATAGT-CCATT-AAAATTTT-TTTATATAA
* * * *
19425 TTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTA
255 ATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAACGCTA
* * * *
19490 GAAGGAGGGCTTGAACC-TCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATT
320 GAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GAACATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAATCAACAGAGCTATT
* *
19554 CCAACTAATTGGACCTTTGAGATTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTA
384 CCAACTAATTGGACCTTTAAGATCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTA
* * ** * *
19619 ATAGTCTATTG-AATTGTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTAAAAGTAAATGAGA
449 ATAGGCCATTGAAATT-TACTTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAAATGAGA
* * *
19683 AATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGTTAATA
513 AATGGACAATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGTTAAT-
* * * * *
19748 GCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAAATATTAT
577 CCCACACGCTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACAAATATTAT
* * *
19813 TAGTTTGACACTTTTACCAACTGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAA
642 CAGTTTGACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAA
* *
19878 ATTTGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAA-TTAAAACAACGCTAGAAGGAG
707 ATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAA-TCAAAGTTAAAACAACGCTA-AAGGAG
* * ** * * *
19942 GGC-TTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAA-CAGAGTTATTCC-AGC
770 GGCTTTGAACCTCGGACCTCGCAGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAATCAGAGTTATTCCTA-C
* * * * * *
20004 TA-ATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTC
834 TAGA-TGAACCTTCAAGCTCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTC
* *
20059 AG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTT
1 AGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTC-TTATATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGTT
** * * ** * * * *
20122 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAACAAACACTAAAAAGTA-GGCTTAAACCTCAGACCTT
63 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCT-AAAAC-AACGCT-AGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTT
*
20186 GTGGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
125 GTGGTTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
20222 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 120, Indels: 42
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
886 1 0.00
887 19 0.02
888 225 0.25
889 409 0.45
890 251 0.28
891 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (888 bp):
AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTATATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTTAAT
GGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGGTT
AACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAACA
TTATCAGTTTGAAAATTCTACCAACAGAGTTAATAGTCCATTAAAATTTTTTTATATAAATATAT
AAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGA
GGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAATCAACAGAGCTATTCCAACTA
ATTGGACCTTTAAGATCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTAATAGGCC
ATTGAAATTTACTTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAAATGAGAAATGGACA
ATCCAAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGTTAATCCCACACGC
TCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACAAATATTATCAGTTTGAC
ACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTGGTAAT
ATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAAGTTAAAACAACGCTAAAGGAGGGCTTTGAACC
TCGGACCTCGCAGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAATCAGAGTTATTCCTACTAGATGAACCTT
CAAGCTCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTC
Found at i:20757 original size:224 final size:223
Alignment explanation
Indices: 20213--20759 Score: 681
Period size: 224 Copynumber: 2.4 Consensus size: 223
20203 GCTCTAACCA
* * * * *
20213 ACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTCA-TTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTTGAAA
1 ACTGAACTAATAGGCCATTAAAAATTTT-ATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
* * * *
20277 GTAAATGGGAAATGGGCAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCT
65 GTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCA
** * * * *
20342 TATGGTTAAAAGCCAGTCGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCA
130 TATGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTTAAGCTCCA
20407 ACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
195 ACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* * * * *
20436 AATAGAGA-TAATAGGCCATT-GAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGA
1 ACT-GA-ACTAATAGGCCATTAAAAAT-TTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGA
* * **
20499 AAGTAAATGGGAAATGGACAGTCTAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGGGCCT-CCGAC
63 AAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGAC
* * *
20563 CATGTGGTTAACAA-CCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCT
128 CATATGGTTAA-AAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTTAAGCT
* * *
20627 CCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACC
192 CCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* *
20659 AGCTGAACTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAA
1 A-CTGAACTAATAGGCCATTAAAAATTTTATTTATAT-AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAA
* * *
20724 AGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAAC
64 AGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAAC
20760 ACTAACAAGA
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 42, Indels: 17
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
222 1 0.00
223 112 0.41
224 160 0.59
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (223 bp):
ACTGAACTAATAGGCCATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
TAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCAT
ATGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTTAAGCTCCAA
CCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
Found at i:22485 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 20798--22736 Score: 2149
Period size: 223 Copynumber: 8.7 Consensus size: 223
20788 TTGGGGTTAA
* * * *
20798 GAGCTAATAGGACATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAAATGG-AATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTA
* * * ** * *
20862 AATGGGAAATGGTCAATCCCAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
20927 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
20992 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACA
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * * *
21021 GAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAAATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * ** * * * *
21084 ATGAGAAATGAACAA-TCTAAGCTAAAGCAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGT
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGT
* * * *
21147 GGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
*
21212 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * *
21242 GAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTAAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * *
21307 ATGGGGAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* *
21372 TTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
131 TTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
21435 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * *
21464 GTGCTAATAGG-CATTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCA-TTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * *
21528 AATGGGAAATGGATAA-TCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAA-TTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTG
* * * * * * * * *
21591 CGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTGGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAAGCTCCA
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * * * *
21655 ACCAGTACTGTTAGTTTGACACTTTTACCAATT
191 ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
21688 GAGCTAATAAGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTT-G-AATTATTTTGAAATT
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAA-TTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * * *
21751 AAATGGGAAATGGTCAATCCTAACTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGT
64 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* *
21816 GGTTAACAGCCACACACTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACC
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
** *
21881 AACATTATCAGTTTGA-AATTTTA-CAAAT
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * *
21909 -AGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * *
21973 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** * * * * *
22038 TTAACAGGCACACGCTCTATTCAACAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * **
22103 TATTATCAGTTTGAAAATTTTAGCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
22131 GAGCTAATAGTCTATTG--ATTTTTTTTTATATAACTGTATAAATT-GTATTATTTTG-AAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * ** * * * * * *
22192 ATGAGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAGCAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * * *
22257 TTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAAA
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * *
22322 TATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
22350 GAGCTAATAGGGCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG-TA
22415 AA-GGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * * *
22479 GTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
22544 GTATTGTTAGTGTGACACTTTTACCAACT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
22573 CAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * *** * *
22637 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAAAACACTAAAAACTGGGCTTAAACCTCCGACCTTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAAC--AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG
*
22702 TGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
22737 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1441, Mismatches: 240, Indels: 68
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
219 146 0.10
220 186 0.13
221 255 0.18
222 217 0.15
223 390 0.27
224 175 0.12
225 72 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
Found at i:23148 original size:223 final size:221
Alignment explanation
Indices: 22730--23290 Score: 682
Period size: 223 Copynumber: 2.5 Consensus size: 221
22720 TCTAACCAAC
* * * * *
22730 TGAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTTATTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAA
1 TGAGATAATAGGCCATTAAAATTTTT-TTA-ATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * *
22795 ATGGGAAATGGGCAATTCAAATTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTATG
64 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATATG
* * * * * *
22860 GTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCA
129 GTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCCAACCA
22925 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCA-A
194 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGA
* *
22952 TAGAGATAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
1 T-GAGATAATAGGCCATTAAAAT-TTT-TTTA-ATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * *
23017 AAATGGGAAATGGACAGTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAGCCT-CCGACCATG
62 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATA
* *
23081 TGGTTAACAA-CCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAA
127 TGGTTAA-AAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCCAA
* * * *
23145 CCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAGC
191 CCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGA
* * * *
23176 TGAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTT-ATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGAAA
1 TGAGATAATAGGCCATT-AAAATTTT-TTTAATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * *
23240 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGTCTTGAAC
64 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAAC
23291 TTTCAACCTT
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 41, Indels: 15
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
221 74 0.25
222 3 0.01
223 124 0.43
224 89 0.31
225 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (221 bp):
TGAGATAATAGGCCATTAAAATTTTTTTAATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
GGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCATATGGT
TAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGT
ATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGA
Found at i:25057 original size:444 final size:444
Alignment explanation
Indices: 23308--25248 Score: 2222
Period size: 444 Copynumber: 4.4 Consensus size: 444
23298 CTTGGGGTTA
* *
23308 AGAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGGAATTA-TTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAA-TTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
* * * * *
23372 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
23437 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * * * *
23502 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAAA
195 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAAC
* * * ** * *
23565 TATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCTAAGCTAAAGCAATGCTAG
260 TATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATC-AAATTAAAACAACGCTAG
* * * * *
23630 AAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTC
324 AAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTC
* **
23694 TAACTTGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
388 CAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
23751 AGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTACTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
* * * *
23816 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * *
23881 GTTAAT-CCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTCGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * * *
23945 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAAC
195 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAAC
* * * * *
24010 TGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTA-
260 TATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAA-TTAAAACAACGCTAG
* * * ** * * * * *
24074 AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGCAGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATT
324 AAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTATT
* * * * * * *
24139 CCTACTAGA-TGAACCTTCAAGCTCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT
387 CCAACTA-ATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * * *
24197 TGAGCTAAT-GGACAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGGAATTAGTTTGAAATT
1 AGAGCTAATAGG-CCATTG-AAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
* * * * * *
24261 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGATGGCTTGAACCTCTAAACTTGT
64 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * *
24326 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGGTCCAACC
129 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * *
24391 AACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAA-T-AGTTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
194 AATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAA
* * * * * *
24453 TTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAATGCTA
259 CTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAAT-CAAATTAAAACAACGCTA
* * ** *
24518 GAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAATAGAGCTATTC
323 GAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTC
* * * *
24583 CAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAA
388 CAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * *
24640 AGAGCTATTAGTCTATTG-AATTTAT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAATTT-TCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
* * * *
24703 AATGAGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTG
65 AATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * *
24768 GTTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTACAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACAA
130 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * *
24833 ATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAAC
195 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAAC
*
24898 TATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAG
260 TATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAA-TCAAATTAAAACAACGCTAG
* * *
24963 AAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCC
324 AAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCC
* * * * * *
25028 AGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
389 AACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** * * *
25084 TCAG-TGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
1 AGAGCT-AATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
* ** * * * *
25148 TAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAGCAAACACTA-AA-AAGTGGGCTTAAACCTCTGACC
64 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAA-C-AACACTAGAAGAA--GGGCTTGAACCTCTGACC
* * *
25211 TTGTGGGTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
125 TTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
25249 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1246, Mismatches: 224, Indels: 51
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
441 162 0.13
442 11 0.01
443 197 0.16
444 412 0.33
445 107 0.09
446 234 0.19
447 67 0.05
448 56 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (444 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAA
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACT
ATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAATTAAAACAACGCTAGAA
GGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAA
CTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
Found at i:25063 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 23309--25248 Score: 2113
Period size: 223 Copynumber: 8.7 Consensus size: 223
23299 TTGGGGTTAA
* *
23309 GAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AAT-TATTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATAT-TTTGAAAGTA
* * * ** * *
23372 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * *
23437 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
23502 TTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACA
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * * *
23531 GAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAAATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * ** * * * *
23594 ATGAGAAATGAACAA-TCTAAGCTAAAGCAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGT
66 ATGGGAAATGGACAATTC-AAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGT
* * * * * *
23657 GGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTTGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
*
23722 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
23752 GAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTACTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* *
23817 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * *
23882 TTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTCGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
131 TTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
23945 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAAT
195 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
23974 GTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * *
24039 ATGGGAAATGGATAA-TCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGC
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAA-TTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGT
* * * * * * * * *
24102 AGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAAGCTCCAA
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-CAGAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
* * * *
24166 CCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
192 CCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * *
24198 GAGCTAAT-GGACAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGG-AATTAGTTTGAAATT
1 GAGCTAATAGG-CCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * ** * * *
24261 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGATGGCTTGAACCTCTAAACTTGT
64 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
* * *
24326 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGGTCCAACC
129 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
** *
24391 AACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAA-T
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
24419 -AGTTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * *
24483 ATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAATGCTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* ** * * * * *
24548 TTAACAGGCACACGCTCTATTCAATAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* **
24613 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAA
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
24641 GAGCTATTAGTCTATTG--AATTTAT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTT-TCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * * * * * *
24703 AATGAGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * * * *
24768 GTTAATAGCCACACGGTCTAACCAA-ATGAGCTATTACAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCCAACA
130 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACA-GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * *
24832 AATATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
194 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
24862 GAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
24927 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * * * * *
24992 TTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAG
131 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * *
25057 TATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
196 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
25085 CAG-TGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * *
25149 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAGCAAACACTAAAAAGTGGGCTTAAACCTCTGACCTTG
65 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAA-C-AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG
* * *
25214 TGGGTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
128 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTA
25249 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1438, Mismatches: 246, Indels: 65
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
220 191 0.13
221 374 0.26
222 210 0.15
223 424 0.29
224 171 0.12
225 68 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
Found at i:25685 original size:223 final size:224
Alignment explanation
Indices: 25293--25806 Score: 680
Period size: 223 Copynumber: 2.3 Consensus size: 224
25283 TAAATTAGCT
* * *
25293 ATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGCCAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAA
1 ATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAA
* * * *
25358 CCTCCAGACCATGTGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTCTGACC
66 CCTCCAGACCATGTGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTCTGACC
* * * *
25423 TTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCA-ATAGAGATAATAGGCCATT-GAA
131 TTCAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGAT-GAGATAATAGACAATTAAAA
*
25486 ATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTA
195 AT-TTTATTTACACAATTGTATAAATTGGTA
* *
25517 ATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAGTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAG
1 ATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAA
* *
25582 CCTCC-GACCATGTGGTTAACAA-CCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGT-TGGA
66 CCTCCAGACCATGTGGTTAA-AAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTCT-GA
* * * * *
25644 CCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAGCTGAGCTAATAGACAATTAAA
129 CCTTCAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGATGAGATAATAGACAATTAAA
* *
25709 AATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTA
194 AATTTTATTTACACAATTGTATAAATTGGTA
* * * * *
25740 ATATTTTTGAAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGTCTTG
1 ATA-TTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAG-AAGGAGGGCTTG
25804 AAC
64 AAC
25807 TTTCGACATT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 30, Indels: 12
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
222 1 0.00
223 126 0.50
224 125 0.49
225 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (224 bp):
ATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAA
CCTCCAGACCATGTGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTCTGACC
TTCAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAGATGAGATAATAGACAATTAAAAA
TTTTATTTACACAATTGTATAAATTGGTA
Found at i:25760 original size:224 final size:223
Alignment explanation
Indices: 25240--25806 Score: 716
Period size: 224 Copynumber: 2.5 Consensus size: 223
25230 GCTCTAACCA
* * * *
25240 ACTGAGCTAATAGGCCATTAATAATTTTCA-TTATATAACTGTTTAAATTAGCT-ATATTTTGAA
1 ACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTT-ATTTATATAATTGTATAAATT-GGTAATATTTTGAA
* * *
25303 AGTAAATGGGAAATGGCCAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAGACC
64 AGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAGACC
* * * * *
25368 ATGTGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCTCTGACCTTTAAGCTCC
129 ATGTGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTCTGACCTTCAAGCTCC
25433 AACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
194 AACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* * * * * *
25463 AATAGAGATAATAGGCCATT-GAAATGTTTCTTTACACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAA
1 ACT-GAGCTAATAGGCCATTAAAAAT-TTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAA
* *
25527 AGTAAATGGGAAATGGACAGTCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAGCCTCC-GACC
64 AGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAGACC
* *
25591 ATGTGGTTAACAA-CCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGT-TGGACCTTCAAGCT
129 ATGTGGTTAA-AAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTCT-GACCTTCAAGCT
* * *
25654 CCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACC
192 CCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
* *
25686 AGCTGAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTGAA
1 A-CTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATA-TTTTGAA
* * * * *
25751 AGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGTCTTGAAC
64 AGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAAC
25807 TTTCGACATT
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 40, Indels: 19
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
222 1 0.00
223 133 0.45
224 158 0.54
225 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (223 bp):
ACTGAGCTAATAGGCCATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
TAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAGACCAT
GTGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTCTGACCTTCAAGCTCCAA
CCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACC
Found at i:25938 original size:134 final size:135
Alignment explanation
Indices: 25690--25940 Score: 355
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 135
25680 TTTACCAGCT
* *
25690 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTGAAAGAA
1 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTTGAAAGAA
*
25755 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTTCGACATTGGG
66 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAACTTTCGACATTGGG
25820 GTTAA
131 GTTAA
* * * * * *
25825 GAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AAT-TATTTTGAAAGT
1 GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAATAT-TTTTGAAAGA
* * *
25888 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAG-AAGGAGGGCTTGAAC
65 AAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGGCTTGAAC
25941 CTCAGACCTT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 12, Indels: 5
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.03
134 58 0.57
135 41 0.40
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (135 bp):
GAGCTAATAGACAATTAAAAATTTTATTTACATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTTGAAAGAA
AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGGCTTGAACTTTCGACATTGGG
GTTAA
Found at i:26246 original size:220 final size:221
Alignment explanation
Indices: 25824--27755 Score: 1981
Period size: 220 Copynumber: 8.7 Consensus size: 221
25814 ATTGGGGTTA
* * *
25824 AGAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGG-AATTATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAA-ATTT-TTTATATAACTATATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * * *
25888 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
63 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGT
* * **
25953 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
128 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* *
26018 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
193 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * *
26047 AGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTTTTATATAAATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
* * * * * *
26111 TGAGAAATGAACAATCTAAGCTAAAGCAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTGG
66 TGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GAACTTGTGG
* * * *
26175 TTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
130 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
26240 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
195 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* *
26267 AGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTACTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTT--TTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* ** * * *
26332 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
64 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTG
* *
26397 GTTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACC
129 GTTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
26460 AGTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAA-
193 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
26488 ATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTT-TTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * * * *
26553 AAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCG
63 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGAACTTG
** * * * * * * * *
26617 CAGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAAGCTCCA
127 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * * *
26681 ACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT
190 ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
26713 TGAGCTAAT-GGACAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGA-ATAAAGTGG-AATTAGTTTGAAA
1 AGAGCTAATAGG-CCATTGAAAATTTT-TT-ATATAACT-ATATAAATTGGTAA-TATTTTGAAA
* * * * * *
26775 TTAAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGATGGCTTGAACCTCTAAACTT
61 GTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTT
* *
26840 GTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGGTCCAA
126 GTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
** *
26905 CCAACATTATCAGTTTGA-AATTCTACC-A-
191 CCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * *
26933 ATAGTTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT-AAAGT-
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAA-TTT-TTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * *
26996 AATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
64 AATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTG
* ** * * * *
27061 GTTAACAGGCACACGCTCTATTCAA-TAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACC
129 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* *
27125 AGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAA
193 AGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * * * * *
27154 AGAGCTATTAGTCTATTG-AATTTATTTTATATAACTGTATAAATTTGTATTATTTTGAAAGTAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATT-TTTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * * *
27218 ATGAGAAATGGTCAATCCGAA-CTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTG
65 ATGGGAAATGGACAATCC-AAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTG
* * * * * *
27282 GTTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCTAA-CA
129 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * *
27346 --AATATTAG-TTGACACTTTTACCAAC
194 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* * * *
27371 TGAGCTAATAGGCCGTTGAAAA-TTTTCATTATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTTTA-TATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * *
27435 ATGGGAAATGGACAATTCAA-TTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
65 ATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGG
* * * * * * *
27499 TTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAG
130 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * *
27564 TATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
195 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** **
27591 TCAG-TGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
1 AGAGCT-AATAGGCCATTGAAAATTTT--TTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * ** * * * * * *
27655 TAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAGCAAACACTAAAAAGTGGGCTTAAACCTCTGACCTT
63 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAA-C-AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTT
* *
27720 GTGGGTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
126 GTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
27756 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1426, Mismatches: 234, Indels: 96
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
216 98 0.07
217 79 0.06
218 131 0.09
219 49 0.03
220 263 0.18
221 147 0.10
222 244 0.17
223 184 0.13
224 165 0.12
225 66 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (221 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTTTATATAACTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
TGGGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGT
TAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGT
ATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
Found at i:27097 original size:665 final size:661
Alignment explanation
Indices: 25823--30228 Score: 2648
Period size: 665 Copynumber: 6.8 Consensus size: 661
25813 CATTGGGGTT
* * * *
25823 AAGAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGT
1 AAGAGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
** * * *
25888 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGT
66 AAATGGGAAATGGTCAATCAAAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCAGACCTAGT
*
25953 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACC-ATCTGAGCTATT-TTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
131 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAAT-TGAGCTATTCCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
* * * * * * * *
26016 CCATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TT-ATAT
195 CCAATA-T-TCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAAT-GGCAATTGAAAATTTTCTTAATAT
* * * * * *
26078 AAATATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCTAAGCTAAAGCAATGC
257 AACTATATAAATTGG-AATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATC-CAGCTAAAACAATGC
* * *
26143 TAGAAGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACTGAGCTA
320 TAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
* * * *
26207 TTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGC
384 TTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACC-A-ATAGT
* * *
26272 TATTAGGCCATTGAAAATTTACTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGG
447 TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT-AATGG
*
26337 GAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA
511 GAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA
** *
26402 TC-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGC-TCAAACCAGTAT
576 -CACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTAAGCTTC-AACCAGTAT
* * *
26465 TGTCAGTTTGACACTTTTAACAA
639 TATCAGTTTGAAAATTTTAACAA
* *
26488 ATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
1 AAGAGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
* * * * *
26553 AAATGGGAAATGGAT-AATCAAAGTTAAAACATCGCTA-AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTC
66 AAATGGGAAATGG-TCAATCAAAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGC-TTGAACCTCAGACCTA
** * * * * * * *
26616 GCAGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATTCCTA-CTAGATGAACCTTCAAGCTCC
129 GTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAATT-GAGCTATTCCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCC
* *
26680 AACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATGGACAATTGAAAATTTTCTTAAT
193 AACCAATA-T-TCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATGG-CAATTGAAAATTTTCTTAAT
* * * *
26745 ATAACTGA-ATAAAGTGGAATTAGTTTGAAATTAAATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAA
255 ATAACT-ATATAAATTGGAA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCC-AGCTAAAACAA
* *
26809 TGCTAGAAGGATGGCTTGAACCTCTAAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGC
317 TGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGC
* * ** *
26874 TATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGGTCCAACCAACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAATAGT
382 TATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAATAGT
*
26938 TAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT-AAAGTAATGGG
447 TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAATGGG
* * * *
27002 AAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAC
512 AAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAC
* ** *
27067 AGGCACACGCTCTATTCAA-TAGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATT
577 A-CCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTAAGCTTCAACCAGTATT
*
27131 ATCAGTTTGAAAATTTTACCAA
640 ATCAGTTTGAAAATTTTAACAA
* * *
27153 AAGAGCTATTA-GTCTATTG--AATTTAT-TTTATATAACTGTATAAATTTGTATTATTTTGAAA
1 AAGAGCTAATAGGCCT-TTGAAAATTT-TCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAA
* * * * *
27214 GTAAATGAGAAATGGTCAATCCGAA-CTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCT
64 GTAAATGGGAAATGGTCAAT-CAAAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCAGACCT
* * * * *
27278 AGTGGTTAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCT
128 AGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCC
* ** *
27342 AACAAATATT-AG-TTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTC--ATTAT
193 AACCAATATTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAAT-GGCAATTGAAAATTTTCTTAATAT
* * ** *
27403 AACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAATTAAAACAACGCT
257 AACTATATAAA-TTGGAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAGCTAAAACAATGCT
* * * * *
27468 AGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATT
321 AGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATT
* * * * * * *
27533 CCAGCTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGA
386 CCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA-T-AGTTA
* **
27598 ATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGA
449 ATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG-TAATGGGA
* * * *
27663 AATGAACAATTCAAATTAAAAGCAAACACTAAAAAGT-GGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGGGTA
513 AATGGACAATTCAAATTAAAA-C-AACACT-AGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTA
* * ** *
27727 ACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAATAATT--TTCATT-A--TAT-AA-
575 AC-ACCACACGCTCTAACCAACTGAGCT-AT--TCCA--ACTAATTGGACCTTTAAGCT-TCAAC
* * * * *
27785 CTGT-TTA--AATTAGCTATATTTTGAA-AGTA
633 CAGTATTATCAGTTTG-AAAATTTT-AACA--A
** * * * * * * ****
27814 AATG-GGAAAT-GGCCAATT-CAAA-----TTAAAACAAC-GCTA-GAA--GG-A-GGGCTTGAA
1 AA-GAGCTAATAGGCC-TTTGAAAATTTTCTTTATATAACTG-TATAAATTGGTATTATTTTGAA
** ** * *** * * * * * * * *** * *
27865 CCTCCA---GACCAT-GTGGTTAAAAGC-CAGAC-GCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTTCT
63 AGTAAATGGGA-AATGGTCAATCAAAGCTAAAACAACGCT-A-GAA-GAAGGGCTT-GAAC--CT
* *** * * * * ** * * * *
27924 CTGACC---T--TTAAGCTCCA-AC-CAGTATTATCAGTTTGA-AAATT-TTA-CCAATAGAGA-
121 CAGACCTAGTGGTTAATAGCCACACGC--TCTAACCA-ATTGAGCTATTCCTAGCTAGTTG-GAC
* * *** * * ** * *
27978 --TAATAG-GCCATTGAAATGTTC--TTT-ACACAATTGTATAAATTG-G-TAAT---ATTTTGA
182 CTTTA-AGCTCCA-ACCAATATTCAGTTTGACAC--TTTTACCAACTGAGCTAATGGCA-ATTGA
* ** *** * ** * * **** ** * *
28032 AAGTAAATGGGAA-ATGGAC-AGTCCAAGTT--AAAACAACGCTAG-AAGA-GGG--CTTGAGC-
242 AAAT-TTTCTTAATAT-AACTA-TATAAATTGGAATATTTTGAAAGTAA-ATGGGAAATGGA-CA
* * * ** ** * * *
28088 CTCC-GTTAACAACCAAACGCTCTAACCA--GC-T--A-TTC-CAACTAG-GGACCTTAAACAGT
302 ATCCAGCTAA-AA-C-AATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGG---TT-AACAG-
* * *
28144 ACCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGACTAGTTGGACCTTTAAGCACCAACCAGTTGTT
359 -CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAG-CTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG-TATT
* * * * * *
28209 GTCAG-TTGA-ACTTTTACCAAGAAAATGAGCTAATAGACTAATT-AAAAATTT-TTTATATAAT
421 ATCAGTTTGACAATTTTACC-----AAT-AGTTAATAGGC-CATTGAAAATTTTCTTTATATAAT
* * * **
28270 TGTATAAATTGGTAA-ATTTTGAAAGTAAAAT-GGAAAT-GAAAATCCGAGCTAAAAC-A-ACTA
479 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT--AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTA
* * *
28330 GAAGGAGGGCTTGAA-CTTTCGACC-T-TGGTTAATAGCCACACG-TCT----AA--GAGCTATT
542 GAAGTAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTGGTTAACA-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATT
* * *
28385 CC-A-TAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC------A-CAGTTTGAAAATTTTACCAA
605 CCAACTAATTGGACCTTTAAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTAACAA
* * * * *
28433 CAGAG----TA-GTCTATTG-----TTT-TTTATATAATTGGATAAA----TA-AATTTT-AAAG
1 AAGAGCTAATAGGCCT-TTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAG
* * * *
28481 TAAATGGGAAAATGGTCAATC----CGAAAGCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTT
65 TAAATGGG-AAATGGTCAATCAAAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCAGACCTA
* *
28541 GTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC-AG-T-TTTGGACCTTTAAGCTCCA
129 GTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
* * * * *
28603 ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTTAATAGGCCATTTAAAATTTT-TT-AT
194 ACCAATA-T-TCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGC-TAAT-GGCAATTGAAAATTTTCTTAAT
* * **
28666 ATAA-T-TATAAATTGGTAAAATTTT-AAAGTAAAT-GGAAATGGA-AATCAAATTAAAACAATG
255 ATAACTATATAAATTGG-AATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAGCTAAAACAATG
* *
28726 CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-G-ACCTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAA-CAACTGAGCTA
319 CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
* * * *
28788 TTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA-T-TCAGTTTGACACTTTTACCAACAGAGC
384 TTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACC-A-ATAGT
* *
28851 TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAA-TGGTAATTGTTTTGAAAGTAAAT-
447 TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT-AATG
* *
28914 GGAAATGGACAA-TCAAATTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTA
510 GGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTA
* * * *
28978 ATC-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC-AGTAGTT-GAACTTTAAGCTCCAACCAGTAC
575 A-CACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTAAGCTTCAACCAGTA-
* * * *
29040 TTGTCAGTTTGACACTTTT-AC-C
638 TTATCAGTTTGAAAATTTTAACAA
*
29062 AA-TGCTAATAGGCC-TTGAAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATTATTTTTTGA
1 AAGAGCTAATAGGCCTTTG-AAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGT-ATTA--TTTTGA
* * * *
29125 AATTAAATGGGAAATGGAT-AATCCGAAAGTTAAAACAACGCTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTG
62 AAGTAAATGGGAAATGG-TCAAT-C-AAAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCAG
* * * *
29189 ACCTTGTGGTTAACAG-C-CACGCTCTAACCAACTGAGC--TTCC-A-CTAGATTGAACCTTTAA
124 ACCTAGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCTAGCTAG-TTGGACCTTTAA
* * * *
29248 GCTCCAACCAGTACTTATCAGTTTGA-AATTTTACCAATTGAGCTAATAGG-GATTGAAAATTTT
188 GCTCCAACCAATA--T-TCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAAT-GGCAATTGAAAATTTT
* * *
29311 CTT--TATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAATTAAAT-GGAAATGGTCAATCCAAGAGCT
249 CTTAATATAACTATATAAATTGGAA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCC---AGCT
* * *
29373 AAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCA
310 AAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCA
* **
29438 ACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTG--AA-TTTAC
375 ACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTAC
*
29500 CAATAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATT-GTAA-ATTTTGAAAG
440 CAATAGTTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
* * *
29562 TTAAATGGGAAATGGACAATCCAAA--AAAAC-ACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
505 -T-AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
* * * *
29624 G-GGTTAATAGGCACACGCTCTAACCAACAGAGC--TTCCAGCTAATTGGACCTTTGAAGC-TCA
568 GTGGTTAACA-CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTT-AAGCTTCA
* * * * *
29685 ACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAA
631 ACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTAACAA
** ** * * *
29716 CTGAGAGAATAGGCCGTTGAAAA--TT-TTTATATAAATGTATAAATTAGTA-TATTTTGAAAGT
1 AAGAGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
* * * * * * *
29777 TAATGGGAAATGGT---T--AATC-AAAACAA--AT-TAA-AA---C--AAACATCTGA-CTAGT
66 AAATGGGAAATGGTCAATCAAAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCAGACCTAGT
*
29826 GGTTAATAGCCA-ACG-TCTTAACCAAATGAGCTCCAGAGTTATTCC-A-CTAG-TGGA-CTTTA
131 GGTTAATAGCCACACGCTC-TAACC-AAT----T---GAGCTATTCCTAGCTAGTTGGACCTTTA
* * * * **
29885 AGGTCCAACAAATGTT-AGTTTGACAC-TTTACTAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCA
187 AGCTCCAACCAATATTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAAT-GGCAATTGAAAATTTTC-
* * * **
29948 TT-ATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAA
250 TTAATATAACTATATAAA-TTGGAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAA-TCCAGCTAAA
** * *
30012 ACAAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT-A-A--TACACGCTCTAACCAACT
313 ACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT
* * * * *
30073 GAGCTATTCCAGCTAG--GGACCATTAAGCTCTAA--A-TATTGTCAGTTTGACACTTTTA-AAA
378 GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA
* ** * ** * **
30132 CTCAGTGAATA---TTTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATGGGCTATATGACCTTGAA
443 -T-AGTTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGG-TA-AT-ATTTTGAA
* *
30194 AGTTAATGGGAAATGAACAAATCAAATTAAAACAA
503 AG-TAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAA
30229 AACACTAAAA
Statistics
Matches: 2915, Mismatches: 531, Indels: 619
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
609 4 0.00
610 3 0.00
611 3 0.00
612 30 0.01
613 45 0.02
614 46 0.02
615 52 0.02
616 30 0.01
617 46 0.02
618 30 0.01
619 26 0.01
620 17 0.01
621 29 0.01
622 18 0.01
623 35 0.01
624 11 0.00
625 7 0.00
626 3 0.00
627 16 0.01
628 5 0.00
629 30 0.01
630 36 0.01
631 41 0.01
632 37 0.01
633 28 0.01
634 54 0.02
635 30 0.01
636 67 0.02
637 37 0.01
638 53 0.02
639 54 0.02
640 48 0.02
641 48 0.02
642 40 0.01
643 18 0.01
644 11 0.00
645 19 0.01
646 24 0.01
647 31 0.01
648 45 0.02
649 33 0.01
650 22 0.01
651 81 0.03
652 114 0.04
653 108 0.04
654 15 0.01
655 161 0.06
656 109 0.04
657 16 0.01
658 124 0.04
659 60 0.02
660 31 0.01
661 24 0.01
662 88 0.03
663 114 0.04
664 90 0.03
665 216 0.07
666 121 0.04
667 16 0.01
668 12 0.00
669 151 0.05
670 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (661 bp):
AAGAGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
AAATGGGAAATGGTCAATCAAAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCAGACCTAGT
GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAAC
CAATATTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATGGCAATTGAAAATTTTCTTAATATAACT
ATATAAATTGGAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAGCTAAAACAATGCTAGAAG
GAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGC
TAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAATAGTTAATAGGCC
ATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAATGGGAAATGGACA
ATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACACCACACGC
TCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTAAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAA
AATTTTAACAA
Found at i:27285 original size:439 final size:442
Alignment explanation
Indices: 25825--30128 Score: 2565
Period size: 439 Copynumber: 10.0 Consensus size: 442
25815 TTGGGGTTAA
* *
25825 GAGCTAATAGGCCATTGAAACTTTTCTTTACATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAA-TTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
* * * *
25890 ATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAACCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCAGACCTTGTGG
64 ATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * ** *
25955 TTAATAGCCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTTTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAT
129 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAA
* * * * * * *
26020 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGTTAATAGTCTATT-ATAA-TTT-TTTATATAAAT
194 TATTATCAGTTTGACAATTTTACC-A-ATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACT
* * * * * * * *
26082 ATATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCTAAGCTAAAGCAATGCTAGA
257 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGA
* * * *
26147 AGGAGGGCTTGAACCT-TCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAATCAACT-GAGCTATTC
322 AGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-TAGAGCTATTC
* * *
26210 TAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACA
385 CAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
26268 GAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTACTTTATATAATTATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTG-AAATTT-TTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
* * * * *
26333 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
64 ATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* *
26398 TTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGTTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCA
129 TTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * *
26461 GTATTGTCAGTTTGACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAAC
193 ATATTATCAGTTTGACAATTTT-ACCAAT-AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAAC
* * * *
26526 TGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCAAAGTTAAAACATCGCTA-
256 TGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAG
* * * ** * * * *
26590 AAGTAGGGCTTTGAACCTCGGACCTCGCAGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACCAATTAGAGTTATT
321 AAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-TAGAGCTATT
* * * * * * *
26655 CCTACTAGA-TGAACCTTCAAGCTCCAACCAGTACTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATT
384 CCAACTA-ATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * * * *
26714 GAGCTAAT-GGACAATTGAAAATTTTCTTAATATAACTGAATAAAGTGGAATTAGTTTGAAATTA
1 GAGCTAATAGG-CCATTG-AAATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
* * * * * *
26778 AATGGGAAATGGTCAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGATGGCTTGAACCTCTAAACTTGTG
63 AATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
26843 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTAAGGTCCAACCA
128 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * *
26908 ACATTATCAGTTTGA-AATTCTACCAATAGTTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTG
193 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTG
*
26972 TATAAATTGGTAATATTTT-AAAGT-AATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAA
258 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAA
* * **
27035 GTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGGCACACGCTCTATTCAATAGAGCTATTCCAA
323 GGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAATAGAGCTATTCCAA
* * * **
27100 CTAATTGGACCTTTGAGCTTCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAA
388 CTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * *
27155 GAGCTATTAGTCTATTG-AATTTATTTTATATAACTGTATAAATTTGTATTATTTTGAAAGTAAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAATTT-TTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
* * * * *
27219 TGAGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAACCTCCGACCTAGTGGT
65 TGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
* * * * * *
27284 TAATAGCCACACGGTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACTTTTAAGGTCTAA-CAA-
130 TAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAAT
* * * * *
27347 A-TATTAG-TTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTC-AT-TATAACTA
195 ATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA-T-AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTG
* *
27408 TATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAA-TTAAAACAACGCTAGAA
258 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAA
* * * * *
27472 GGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAACAGAGTTATTCCAG
323 GGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAATAGAGCTATTCCAA
* * * * *
27537 CTAATTGGACTTTTAAGCTCTAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
388 CTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
* * * * *
27592 CAG-TGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTG-AAATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTA
** * * * * *
27656 AATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAAGCAAACACTA-AA-AAGTGGGCTTAAACCTCTGACCT
63 AATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAA-C-AACGCTAGAAGAA--GGGCTTGAACCTCTGACCT
* * * * ** ** *
27719 TGTGGGTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTAAT--AGGCCA-TTAATAATTTTCA--T-
124 TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCA-GCTAGTT-GGACCTTTAAGCTC
* * * * * * * * ** * ** ***
27778 TATA-TAACTGTT-TAAATTAG-CTATATTTT--GAA-AG-TAAATGGGAAATGGCCAATTCAAA
187 CA-ACCAA-TATTATCAGTTTGAC-A-ATTTTACCAATAGCT-AATAGGCCATTGAAAATT-TTC
* * * * * ** *** * * ** * * **
27836 TTAAAACAAC-GCTAGAAGGA-GGGCTTGAACCTCCAGACCATGTGGTTAAAAGCCAGACGCTCT
246 TTTATATAACTG-TATAA--ATTGG--T-AATATTTTGA--A---AG-TAAATGGGAAATGGAC-
* ** * ***** * * * ** * * * ***
27899 AACCAACTAAGTT-ATTCCA-GCTTCTCTGA--CCTTTAAGCTCCAACC-AGT-ATTATCAGTTT
298 AATC--C-AAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCA
* *** * * * * * * ** * **
27958 GAAAATTTTACCAATAGAGATAATAGGCC-ATTGAAAT-GTTCTTT-A-C-ACAA-TTGTA-TA-
360 CACGCTCTAACCAATAGAGCT-AT--TCCAACT-AATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTAT
* * ** *
28015 -AATTGGTA-ATATTTTGAAAGTAAAT
421 CAGTTTG-ACA-ATTTT---ACCAACT
** * * ** * * * * * * * *** **
28040 G-GGAAAT-GGACAGTCCAA---GTTAAAACAAC-GCTAGAAGA-GGGCT-TGAGCCT--CCGTT
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTTTTATATAACTG-TATAA-ATTGG-TATTATTTTGAAAG-T
*** * * * *** ** * ** **
28095 AACA-ACCAAACGCTCTAA-CC-AGCTATTCCAA--CTAG--G--GACCTT-AAACAGT-ACCAA
62 AA-ATGGGAAATGGTC-AATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
** * ** * ** * * ****
28149 ACGCTCT-A-A-CCA-ACTGAGCTATTCC-A--GA-CTAGTTGGACCT--TTAAGCACCAACCAG
125 GTGGT-TAACAGCCACAC-GCTCTA-ACCAACTGAGCTA-TTCCAGCTAGTT--GGACCTTTAAG
* ***** * * * * * ** ** * * *
28204 TTGTTGTCAGT-TGA--ACTTTTACCAA---GAAAATGAGCTAATAGACTAATT-AAAAATTT-T
184 CTCCAACCAATATTATCAGTTTGA-CAATTTTACCAATAGCTAATAGGC-CATTGAAAATTTTCT
* * * *
28261 TTATATAATTGTATAAATTGGTAA-ATTTTGAAAGTAAAAT-GGAAAT-GAAAATCCGAGCTAAA
247 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT-AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAA
* *
28323 ACAA--CTAGAAGGAGGGCTTGAA-CTTTCGACC-T-TGGTTAATAGCCACACG-TCT-----A-
311 ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAAT
* *
28376 AGAGCTATTCC-A-TAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC------A-CAGTTTGAAAATTTTACCA
375 AGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCA
28432 AC-
440 ACT
* * * * * *
28434 -AG--AGTAGTCTATTG----TTTTTTATATAATTGGATAAA----TA-AATTTT-AAAGTAAAT
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* *
28486 GGGAAAATGGTCAATCCG----AAAGCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTGGT
66 GGG-AAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
* * *
28546 TAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAG-T-TTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGT
130 TAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAAT
* *
28609 ATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACAGAGCTTAATAGGCCATTTAAAA-TTT-TTTATATAA-T
195 ATTATCAGTTTGACAATTTTACC-A-ATAGC-TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACT
* * *
28671 -TATAAATTGGTAAAATTTT-AAAGTAAAT-GGAAATGGA-AAT-CAAATTAAAACAATGCTAGA
257 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGA
*
28731 AGGAGGGCTTGAACCTC-GACC-TGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAA-CAACT-GAGCTATTCC
322 AGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-TAGAGCTATTCC
* * *
28792 AACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA-T-TCAGTTTGACACTTTTACCAACA
386 AACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
*
28847 GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAA-TGGTAATTGTTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGT-ATTATTTTGAAAGTA
* * *
28911 AAT-GGAAATGGACAAT-CAAATTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
63 AATGGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
*
28974 GTTAATC--CCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAG-TAGTT-GAACTTTAAGCTCCAACC
128 GTTAA-CAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
29035 AGTACTTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT-GCTAATAGGCC-TTGAAAAATTTTCTTTATATAA
192 AATA-TTATCAGTTTGACAATTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTG-AAAATTTTCTTTATATAA
* *
29098 CTGTATAAATTGGTAATTATTTTTTGAAATTAAATGGGAAATGGATAATCCGAAAGTTAAAACAA
255 CTGTATAAATTGGTAA-TA--TTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCC--AAGTTAAAACAA
*
29163 CGCTAGAAGTAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAG-C-CACGCTCTAACCAACT-GAG
315 CGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-TAGAG
* *
29225 C--TTCC-ACTAGATTGAACCTTTAAGCTCCAACCAGTACTTATCAGTTTGA-AATTTTACCAAT
379 CTATTCCAACTA-ATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA-TTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
29286 T
442 T
* * * *
29287 GAGCTAATAGG-GATTGAAAATTTTCTT-TATAACTGTATAAATTGGAATTATTTTGAAATTAAA
1 GAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
*
29350 T-GGAAATGGTCAATCCAAGAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
65 TGGGAAATGGTCAATCC--GAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
*
29414 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
128 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
29479 ACATTATCAGTTTG--AA-TTTACCAATAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAATTG
193 ATATTATCAGTTTGACAATTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTG
*
29540 TATAAATT-GTAA-ATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAA--AAAAAC-ACGCTAGA
258 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAG-TAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGA
* * *
29600 AGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG-GGTTAATAGGCACACGCTCTAACCAACAGAGC--TTCCA
322 AGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAATAGAGCTATTCCA
* * * *
29662 GCTAATTGGACCTTTGAAGCT-CAACCAGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
387 ACTAATTGGACCTTT-AAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
** * * * * *
29718 GAGAGAATAGGCCGTTGAAA-ATTTTTATATAAATGTATAAATTAGTA-TATTTTGAAAGTTAAT
1 GAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
* * * * * *
29781 GGGAAATGGTTAAT-----C-AAAACAA--AT-TAA-AA---C--AAACATCTGA-CTAGTGGTT
66 GGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
* * *
29830 AATAGCCA-ACG-TCTTAACCAAATGAGCTCCAGAGTTATTCCA-CTAG-TGGA-CTTTAAGGTC
131 AACAGCCACACGCTC-TAACC--A--A-CT---GAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTC
* * * *
29890 CAA-CAA-ATGT-T-AGTTTGAC-ACTTTACTAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATT
187 CAACCAATAT-TATCAGTTTGACAATTTTACCAA-T-AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTT
* * * * *
29950 ATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACA
249 ATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACA
** *
30015 AAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT-A-A--TACACGCTCTAACCAACT-GA
314 ACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAA-TAGA
* * * * * *
30075 GCTATTCCAGCT-A-GGGACCATTAAGCTCTAA--A-TATTGTCAGTTTGACACTTTTA
378 GCTATTCCAACTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTA
30129 AAACTCAGTG
Statistics
Matches: 2994, Mismatches: 602, Indels: 556
0.72 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
385 4 0.00
386 1 0.00
387 12 0.00
388 9 0.00
389 1 0.00
391 6 0.00
392 20 0.01
393 7 0.00
394 20 0.01
395 8 0.00
396 10 0.00
397 18 0.01
398 27 0.01
399 67 0.02
400 16 0.01
401 20 0.01
402 16 0.01
403 5 0.00
404 2 0.00
405 10 0.00
406 1 0.00
407 24 0.01
408 7 0.00
409 9 0.00
410 14 0.00
411 5 0.00
412 27 0.01
413 18 0.01
414 21 0.01
415 4 0.00
416 22 0.01
417 37 0.01
418 20 0.01
419 39 0.01
420 67 0.02
421 16 0.01
422 31 0.01
423 41 0.01
424 18 0.01
425 11 0.00
426 44 0.01
427 26 0.01
428 25 0.01
429 99 0.03
430 115 0.04
431 103 0.03
432 11 0.00
433 6 0.00
434 16 0.01
435 36 0.01
436 44 0.01
437 201 0.07
438 88 0.03
439 307 0.10
440 132 0.04
441 200 0.07
442 172 0.06
443 152 0.05
444 74 0.02
445 110 0.04
446 173 0.06
447 72 0.02
448 6 0.00
449 21 0.01
450 14 0.00
451 18 0.01
452 5 0.00
453 6 0.00
454 5 0.00
455 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (442 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
GGGAAATGGTCAATCCGAACTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
AACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAATA
TTATCAGTTTGACAATTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTAT
AAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGA
GGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAATAGAGCTATTCCAACTA
ATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACT
Found at i:29714 original size:213 final size:219
Alignment explanation
Indices: 28149--30128 Score: 1662
Period size: 213 Copynumber: 9.3 Consensus size: 219
28139 ACAGTACCAA
* * *
28149 ACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGACTAGTTGGACCTTTAAGCACCAACCAGTTGTTGTCAG
1 ACGCTCTAACCAACTGAGC-ATTCCAG-CTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG-TATTGTCAG
* * * *
28214 -TTGA-ACTTTTACCAAGAAAATGAGCTAATAGACTAATT-AAAAATTT-TTTATATAATTGTAT
63 TTTGACACTTTTACC-----AAT-AGCTAATAGGC-CATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTAT
* * **
28275 AAATTGGTAA-ATTTTGAAAGTAAAAT-GGAAAT-GAAAATCCGAGCTAAAACAA--CTAGAAGG
121 AAATT-GTAATATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCC-AAATAAAACAACGCTAGAAGG
*
28335 AGGGCTTGAA-CTTTCGACC-T-TGGTTAATAGCCAC
184 AGGGCTTGAACCTCT-GACCTTGTGGTTAATAGCCAC
*
28369 ACG-TCT----AA--GAGCTATTCCA--TAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC---A----CAGTT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGC-ATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTT
* * * * * * * *
28418 TGAAAATTTTACCAACAG--AGTAGTCTATTG-----TTT-TTTATATAATTGGATAAA---TAA
65 TGACACTTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGTAA
* * *
28472 -ATTTT-AAAG-TAAATGGGAAAATGGTCAATCC---GAAAGCAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAA
130 TATTTTGAAAGTTAAATGGG-AAATGGACAATCCAAATAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAA
28531 CCTC-GACCTTGTGGTTAATAGCCAC
194 CCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
* *
28556 ACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAG-T-TTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGC-ATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTT
* * *
28619 TGACAATTTTACCAACAGAGCTTAATAGGCCATTTAAAA-TTT-TTTATATAA-T-TATAAATTG
65 TGACACTTTTACC-A-ATAGC-TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATT-
* *
28680 GTAAAATTTT-AAAG-TAAAT-GGAAATGGA-AAT-CAAATTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCT
126 GTAATATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAAA-TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCT
28740 TGAACCTC-GACC-TGTGGTTAATAGCCAC
190 TGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
* *
28768 ACGCTCTAA-CAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA-T-TCAGTT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGC-ATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTT
* *
28830 TGACACTTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATGGT
65 TGACACTTTTACC-A-ATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGT
* *
28895 AATTGTTTTGAAAG-TAAAT-GGAAATGGACAAT-CAAATTAAAACAACGCTAGAAGAAGGGCTT
128 AA-TATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAAA-TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTT
*
28957 GAACCTCTGACCTTGTGGTTAAT-CCCAC
191 GAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
* *
28985 ACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAG-TAGTT-GAACTTTAAGCTCCAACCAGTACTTGTCAGT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGC-ATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA-TTGTCAGT
29048 TTGACACTTTTACCAAT-GCTAATAGGCC-TTGAAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGG
64 TTGACACTTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTG-AAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATT-G
* *
29111 TAATTATTTTTTGAAA-TTAAATGGGAAATGGATAATCCGAAAGTTAAAACAACGCTAGAAGTAG
127 TAA-TA--TTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCC-AAA--TAAAACAACGCTAGAAGGAG
*
29175 GGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAG-C-C
186 GGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
* *
29207 ACGCTCTAACCAACTGAGC-TTCCA-CTAGATTGAACCTTTAAGCTCCAACCAGTACTTATCAGT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGCATTCCAGCTA-ATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTA-TTGTCAGT
* *
29270 TTGA-AATTTTACCAATTGAGCTAATAGG-GATTGAAAATTTTC-TT-TATAACTGTATAAATTG
64 TTGACACTTTTACCAA-T-AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTG
* * *
29331 GAATTATTTTGAAA-TTAAAT-GGAAATGGTCAATCCAAGAGCTAAAACAACGCTAGAAGAAGGG
127 TAA-TATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAA-A--TAAAACAACGCTAGAAGGAGGG
*
29394 CTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCAC
188 CTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
* * ** *
29426 ACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGC-ATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTT
*
29491 TGA-A--TTTACCAATAGCTAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGTAA
65 TGACACTTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGTAA
29552 -ATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAAA-AAAAC-ACGCTAGAAGGAGGGCTTGAAC
130 TATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAAATAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAAC
*
29614 CTCTGACCTTG-GGTTAATAGGCAC
195 CTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
* *
29638 ACGCTCTAACCAACAGAGC-TTCCAGCTAATTGGACCTTTGAAGCT-CAACCAGTATTGTTAGTT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGCATTCCAGCTAATTGGACCTTT-AAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTT
** * *
29701 TGACACTTTTACCAACTGAGAGAATAGGCCGTTGAAAA--TT-TTTATATAAATGTATAAATTAG
65 TGACACTTTTACCAA-T-AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATT-G
** ** *
29763 T-ATATTTTGAAAGTT-AATGGGAAATGGTTAAT-C----AAAACAA-ATTA-AA--A---C--A
127 TAATATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAAATAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTG
* *
29812 AACATCTGA-CTAGTGGTTAATAGCCAAC
192 AACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCC-AC
* * * ** * * * * *
29840 GTC-TTAACCAAATGAGCTCCAGAGTTATTCCA-CT-AGTGGA-CTTTAAGGTCCAA-CA--AAT
1 -ACGCT---CTAACCAACT---GAG-CATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATT
* * * * *
29898 GTTAGTTTGACAC-TTTACTAACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATAT
58 GTCAGTTTGACACTTTTACCAA-T-AGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTAT
* **
29962 AAATTTGTAATATTTTGAAAGTT-AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAAACTAGAAGG
121 AAA-TTGTAATATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAAA-TAAAACAACGCTAGAAGG
30026 AGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAT----AC
184 AGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
* * *
30058 ACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCT-A-GGGACCATTAAGCTCTAA--A-TATTGTCAGTT
1 ACGCTCTAACCAACTGAGC-ATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTT
30118 TGACACTTTTA
65 TGACACTTTTA
30129 AAACTCAGTG
Statistics
Matches: 1502, Mismatches: 122, Indels: 278
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
184 6 0.00
185 8 0.01
186 25 0.02
187 31 0.02
188 9 0.01
191 20 0.01
192 2 0.00
194 32 0.02
195 4 0.00
196 5 0.00
197 1 0.00
198 2 0.00
199 2 0.00
200 3 0.00
201 35 0.02
202 7 0.00
203 37 0.02
204 23 0.02
205 7 0.00
206 32 0.02
207 38 0.03
208 16 0.01
209 11 0.01
210 95 0.06
211 57 0.04
212 84 0.06
213 197 0.13
214 40 0.03
215 44 0.03
216 130 0.09
217 109 0.07
218 88 0.06
219 55 0.04
220 42 0.03
221 56 0.04
222 69 0.05
223 68 0.05
224 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (219 bp):
ACGCTCTAACCAACTGAGCATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTT
GACACTTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGTAAT
ATTTTGAAAGTTAAATGGGAAATGGACAATCCAAATAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACC
TCTGACCTTGTGGTTAATAGCCAC
Found at i:30195 original size:420 final size:410
Alignment explanation
Indices: 29445--30229 Score: 954
Period size: 420 Copynumber: 1.9 Consensus size: 410
29435 CCAACTGAGC
29445 TATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGAATTTACCAATAGCTAA
1 TATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGAATTTACCAATAGCTAA
* * *
29510 TAGGCCATTGAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGTAAATTTTGAAAGTTAAATGGGAAAT
66 TAGGCCATTGAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTGTAAATTTTGAAAGTTAAATGGGAAAT
**
29575 GGACAATCCAAAAAAACACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGGGTTAATAGGCACAC
131 GGACAATCCAAAAAAACAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGGGTTAAT--G-ACAC
* * *
29640 GCTCTAACCAACAGAGCTTCCAGCTAATTGGACCTTTGAAGCTCAACCAGTATTGTTAGTTTGAC
193 GCTCTAACCAACAGAGCTTCCAGCTAATGGGACCATTGAAGCTCAA-CAGTATTGTCAGTTTGAC
* * * * *
29705 ACTTTTACCAACTGAGAGAATAGGCCGTTGAAAATTTTTATATAAATGTATAAATTAGTATATTT
257 ACTTTTACAAACTCAGAGAATA-G-CGTTGAAAATTTTTATATAAACGTATAAATGAGTATATCT
29770 TGAAAGTTAATGGGAAATGGTTAATCAAAACAAATTAAAACAAACATCTGACTAGTGGTTAATAG
320 TGAAAGTTAATGGGAAAT-G--AA-CAAAACAAATTAAAACAAACATCTGACTAGTGGTTAATAG
29835 CCAACGTCTTAACCAAATGAGCTCCAGAGT
381 CCAACGTCTTAACCAAATGAGCTCCAGAGT
* *
29865 TATTCC-ACTAG-TGGA-CTTTAAGGTCCAA-CAA-ATGT-T-AGTTTGACACTTTACTAACTGA
1 TATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAACAT-TATCAGTTTGA-A-TTTACCAA-T-A
*
29923 GCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAAGTT-AA
61 GCTAATAGGCCATTG-AAATTTTCATTATATAACTATATAAA-TTGTAA-ATTTTGAAAGTTAAA
*
29987 TGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
123 TGGGAAATGGACAATCCAAA--AAAAC-AAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG-GGT
*
30052 TAAT-ACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCT-A-GGGACCATT-AAGCTCTAA-A-TATT
184 TAATGACACGCTCTAACCAACAGAGC--TTCCAGCTAATGGGACCATTGAAGCTC-AACAGTATT
* ** *
30111 GTCAGTTTGACACTTTTA-AAACTCAGTGAATA-TTTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAA
246 GTCAGTTTGACACTTTTACAAACTCAGAGAATAGCGTTGAAAA-TTT--TTATATAAACGTATAA
* *
30174 ATGGGCTATATGACCTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAAATCAAATTAAAACAAA
308 ATGAG-TATAT---CTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAAAACAAATTAAAACAAA
30230 ACACTAAAAA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 24, Indels: 48
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
413 7 0.02
414 10 0.03
415 4 0.01
416 57 0.18
417 41 0.13
418 20 0.06
419 35 0.11
420 81 0.25
421 13 0.04
422 13 0.04
423 31 0.10
424 7 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (410 bp):
TATTCCAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGAATTTACCAATAGCTAA
TAGGCCATTGAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTGTAAATTTTGAAAGTTAAATGGGAAAT
GGACAATCCAAAAAAACAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGGGTTAATGACACGCT
CTAACCAACAGAGCTTCCAGCTAATGGGACCATTGAAGCTCAACAGTATTGTCAGTTTGACACTT
TTACAAACTCAGAGAATAGCGTTGAAAATTTTTATATAAACGTATAAATGAGTATATCTTGAAAG
TTAATGGGAAATGAACAAAACAAATTAAAACAAACATCTGACTAGTGGTTAATAGCCAACGTCTT
AACCAAATGAGCTCCAGAGT
Found at i:30577 original size:215 final size:220
Alignment explanation
Indices: 30283--30669 Score: 458
Period size: 214 Copynumber: 1.8 Consensus size: 220
30273 CCACGCTCTA
* * *** *
30283 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTC--T-TATAACTGTTTAAATAAATAATTGTTTTG
1 ACCAAATGAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGT-ATTATTTTG
* *
30345 AAAGTAAATGGGAAATGGGCAATCAAATTAAAACAA-TCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACC
65 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACC
* * *
30409 TTGTGGTTAATGCCACACGCTCTAACCAACTGA-TTATTCCAGCTAGTTGGA-C-TTAAGCTCAA
130 TTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCA
*
30471 ACCAGTATTGTCAG-TTGAAAATTTT
195 ACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTT
* * *
30496 AACAAATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTG
1 ACCAAATGAGCTAATAGGCCATT-AAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTG
* ** * *
30561 AAAGT-AATGGGAAATGGATAATC-AGCTAAAACAACGCTA-AAGCA-GGCTTTGAACCTCAGA-
65 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGAC
*
30621 CTTGTGGTTAAAAGCCACACGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCAGCTAG
129 CTTGTGGTT-AAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAG
30670 GAATTGCTCC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 19, Indels: 14
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
213 31 0.21
214 56 0.38
215 31 0.21
216 14 0.10
217 15 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (220 bp):
ACCAAATGAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGA
AAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCT
TGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAA
CCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTT
Found at i:30649 original size:364 final size:364
Alignment explanation
Indices: 29917--30659 Score: 833
Period size: 364 Copynumber: 2.0 Consensus size: 364
29907 ACACTTTACT
* ***
29917 AACTGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACTATATAAATTTGTAATATTTTGAAA
1 AACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCA-TATATAACTATATAAATAAATAATATTTTGAAA
*
29982 GTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
65 GTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
*
30047 GTGGTTAATACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGGGACCATTAAGCTCTAAATATTG
130 GTGGTTAATACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGGGACCATTAAGCTCAAAATATTG
* * * *
30112 TCAGTTTGACACTTTTAAAACTCAGTGAATATTTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATG
195 TCAGTTTGAAAATTTTAAAAAT-AGTGAATACTTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATG
*
30177 GGCTATATGACCTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAAATCAAATTAAAACAAAACACTAAAAAAA
259 GGCTATATGACCTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAAATCAAACTAAAAC-AAACACT--AAAAA
* * *
30242 CTGGGCTTTAAATCTCAACCTTGTGTAACAGCCACGCTCTAACC
321 CTAGGCTTTAAACCTCAACCTTGTGTAAAAGCCACGCTCTAACC
* * *
30286 AACTGAGCTAATAGGCCATT-AAAATTTTC-T-TATAACTGTTTAAATAAATAATTGTTTTGAAA
1 AACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATATATAACTATATAAATAAATAA-TATTTTGAAA
* *
30348 GTAAATGGGAAATGGGCAA-TCAAATTAAAAC-AATCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
65 GTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTT
*
30411 GTGGTTAATGCCACACGCTCTAACCAACTGA-TTATTCCAGCTAGTTGGA-C-TTAAGCTCAAAC
130 GTGGTTAAT---ACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAG--GGACCATTAAGCTCAAA-
*
30473 CAGTATTGTCAG-TTGAAAATTTTAACAAAT-GTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATAT
189 -A-TATTGTCAGTTTGAAAATTTTAA-AAATAGTG--AATA---CTTTGAAAATTTTCATTATAT
* * ** * * *
30536 AACTGTATAAATTGG-TAT-T-ATTTTGAAAG-TAATGGGAAATGGA-TAATC-AGCTAAAAC-A
246 AACCGTATAAATGGGCTATATGACCTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAAATCAAACTAAAACAA
* * *
30594 ACGCT-AAAGC-AGGCTTTGAACCTCAGA-CTTGTGGTTAAAAGCCACACGCTCTAACC
311 ACACTAAAAACTAGGCTTTAAACCTCA-ACCTTGT-G-TAAAAG-C-CACGCTCTAACC
*
30650 AATTGAGCTA
1 AACTGAGCTA
30660 TTCCAGCTAG
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 32, Indels: 45
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
360 17 0.05
361 6 0.02
362 5 0.02
363 1 0.00
364 66 0.20
365 28 0.09
366 56 0.17
367 27 0.08
368 37 0.11
369 43 0.13
370 1 0.00
371 3 0.01
372 32 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (364 bp):
AACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATATATAACTATATAAATAAATAATATTTTGAAAG
TAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTG
TGGTTAATACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGGGACCATTAAGCTCAAAATATTGT
CAGTTTGAAAATTTTAAAAATAGTGAATACTTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAATGGG
CTATATGACCTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAAATCAAACTAAAACAAACACTAAAAACTAGG
CTTTAAACCTCAACCTTGTGTAAAAGCCACGCTCTAACC
Found at i:31283 original size:211 final size:210
Alignment explanation
Indices: 30725--31914 Score: 977
Period size: 211 Copynumber: 5.6 Consensus size: 210
30715 AATAATAAAG
* *
30725 TATAAATTGGTAATTATTTTGAAACTAAAT-GGAAATGGTACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAG
1 TATAAATTGGT-A-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGG-ACAATCC-A--TAAAACAACACTAG
*
30789 AATGGAGGGCTTGAACCTCTGA-CTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTAACTGAGCT
60 AA-GGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA-AGCCACACGCTCTAA-C--C-AACAGAGCT
* * *
30853 ATTCCAGCTAATTTGATCCTTTAAGCTCCAACC-AGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAG
119 ATTCCAGCT-AGTTGA-CCTTTAAGCT-CAACCAAATATT-TCAGTTTG-AAATTTTACC-A-AT
* *
30917 AGCTAGA-AGGCCATT-GAATTTTTTTATATAA-T
177 AGCTA-ATAGGCCATTAAAATTTTATTATATAACT
*
30949 GTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT-GGAAATGGACAATCCAGCTAAAACAACGCTAGAA
1 -TATAAATTGGTA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCA--TAAAACAACACTAGAA
* *
31013 TGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGC
62 GGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGC
31078 TAGTTGACCTTTAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAATAGG-C
127 TAGTTGACCTTTAAGCT-CAACCAA-ATATT-TCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAATAGGCC
31142 ATTAAAATTTTATTTATATAACT
189 ATTAAAATTTTA-TTATATAACT
*
31165 TATAAATTGGTATATTTTTAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCA-AAAA-AACACTAGAAGGAG
1 TATAAATTGGTATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCATAAAACAACACTAGAAGGAG
31228 GGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAG-CACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAA
66 GGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCT-A
* * *
31292 TTTGGACCTTTGAAGCTCAACC-AGTATTTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGAGCTAATAGG
129 GTT-GACCTTT-AAGCTCAACCAAATATTTCAGTTTGA-AATTTTACCAA-T---AGCTAATAGG
*
31356 CCGTTGAAAATTTTCATTATATAACT
187 CCATT-AAAATTTT-ATTATATAACT
* * *
31382 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGTCAATTCAAATTAAAACAACACTAGA
1 -TATAAATTGGT-ATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAA-TC-CA-TAAAACAACACTAGA
* * * * *
31447 AGAAGGGCTTAAAAACCTCTGACCTTGTGGCTAACGCCACACGGTCTAACCAACCAGTGAGCTAT
61 AGGAGGGCTT--GAACCTCTGACCTTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAA-CA--GAGCTAT
* * *
31512 TCCAGCTAGTGGACCTTTAA----AA-CAAAT-TTGTTAGTTTGACATTTT----ATAGCTAATA
121 TCCAGCTAGTTGACCTTTAAGCTCAACCAAATATT-TCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAATA
* *
31567 GGCC-GT----TGTTA--AT-TAAC-
185 GGCCATTAAAATTTTATTATATAACT
* *
31584 --T--A-----ATA-TTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAA-ACTAGAAG
1 TATAAATTGGTATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAA-TC-CA-TAAAACAACACTAGAAG
31638 GAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGC
63 GAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGC
* * *
31703 TAG-GGACCATTTTAAGCT---CTAAATATTTCAGTTTGACACTTTTACCAACTCAG-TGAATAG
127 TAGTTGACC--TTTAAGCTCAACCAAATATTTCAGTTTGA-AATTTTACCAA-T-AGCT-AATAG
* *
31763 GCCGTTTGAAAATTTTCATTATATAACCG
186 GCC-ATT-AAAATTTT-ATTATATAA-CT
* * *
31792 TATAAATTGGTA-ATATTTGAAAGTTAATGGGAAAT-GA-AATTCAAATTAAAACAAACACTAAA
1 TATAAATTGGTATAT-TTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAA-TC-CA-TAAAAC-AACACTAGA
*** * * * *
31854 AACTGGGCTTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
61 AGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTA
31915 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 53, Indels: 162
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
184 5 0.01
185 16 0.02
186 5 0.01
187 22 0.03
188 29 0.03
189 21 0.03
190 40 0.05
191 3 0.00
193 1 0.00
194 2 0.00
195 10 0.01
197 2 0.00
199 1 0.00
202 3 0.00
203 5 0.01
204 2 0.00
205 2 0.00
206 4 0.00
207 4 0.00
210 10 0.01
211 84 0.10
212 13 0.02
213 29 0.03
214 35 0.04
215 63 0.08
216 37 0.04
217 55 0.07
218 43 0.05
219 74 0.09
220 3 0.00
221 41 0.05
222 42 0.05
223 11 0.01
224 43 0.05
225 12 0.01
226 37 0.04
227 9 0.01
228 2 0.00
229 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (210 bp):
TATAAATTGGTATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCATAAAACAACACTAGAAGGAG
GGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGT
TGACCTTTAAGCTCAACCAAATATTTCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAATAGGCCATTAAAA
TTTTATTATATAACT
Found at i:31827 original size:842 final size:835
Alignment explanation
Indices: 30340--31914 Score: 1816
Period size: 842 Copynumber: 1.9 Consensus size: 835
30330 TAAATAATTG
*
30340 TTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGGCAATCAAATTAAAACAATCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT
1 TTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAA-TAAAACAATCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT
* *
30405 GACCTTGTGGTTAATGCCACACGCTCTAACCAACTGATTATTCCAGCTAGTTGGACTTAAGCTCA
65 GACCTTGTGGTTAATGCCACACGCTCTAACCAACAGACTATTCCAGCTAGTTGGACTTAAGCTCA
* * *
30470 AACCAGTATTGTCAGTTGAAAATTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCTTTGAAAATTTTCTTTATA
130 AACCAGTATTGTCAGTTGAAAATTTTAACAAATGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATA
* * *
30535 TAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAATGGGAAATGGATAATCAGCTAAAACAACGCTA
195 TAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAATGGGAAATGGATAATCAACTAAAACAACACTA
* ** * *
30600 AAGCAGGCTTTGAACCTCAGACTTGTGGTTAAAAGCCACACGCTCTAACCAATTGAGCTATTCCA
260 AAGAAGGCTTAAAACCTCAGACTTGTGGCTAAAAGCCACACGCTCTAACCAAGTGAGCTATTCCA
** * * *
30665 GCTAGGAATTGCTCCAACCAATTATCAGTTAAAATTTTACCAACAGAGCTAATAATAAAGTATAA
325 GCTAGGAATT-CTAAAACAAATTAT-AGTT-AAATTTGACCAACAGAGCTAATAAGAAAGTATAA
** * * *
30730 ATTGGTAATTATTTTGAAACTAAATGGAAATGGTACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAATGGA
387 ATTACTAATTATTTTGAAACTAAATGGAAATGGTACAATCCAAACTAAAACAACACTAGAATGGA
*
30795 GGGCTTGAACCTCTGACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTAACTGAGCTATTCCAG
452 GGGCTTGAACCTCTGACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCA-CTAACAGAGCTATTCCAG
** *
30860 CTAATTTGATCCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACAGAGCTAGAA
516 CTAATGGGATCCTTTAAGCTCCAA-CAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACACAGCTAGAA
* * *
30925 GGCCATTGAATTTTTTTATATAATGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGGAAATGGACA
580 GGCCATTGAATTTTATTATATAACGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGAAAT-GA-A
* * * * ** * * *
30990 A-TCCAGCTAAAAC-AACGCTAGAATGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA-AGCCACA
643 ATTCAAACTAAAACAAACACTAAAAACAGGGCTTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACA
31051 CGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGACCTTTAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTT
708 CGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGACCTTTAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTT
31116 TGAAATTTTACCAATAGCTAATAGGCATTAAAATTTTATTTATATAACTTATAAATTGGTATA
773 TGAAATTTTACCAATAGCTAATAGGCATTAAAATTTTATTTATATAACTTATAAATTGGTATA
*
31179 TTTTTAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAA-AAAAC-A-CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT
1 TTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAAT-CAAATAAAACAATCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT
*
31241 GACCTTGTGGTTAATAG-CACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAATTTGGACCTTTGA
65 GACCTTGTGGTTAAT-GCCACACGCTCTAACCAACAGA-CTATTCCAGCT-AGTTGGA-C-TT-A
* * * *
31305 AGCTC-AACCAGTATT-TCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATT
124 AGCTCAAACCAGTATTGTCAG-TTGAAAATTTTAACAAAT--GAGCTAATAGGCCGTTGAAAATT
*
31368 TTCATTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGG-TCAATTCAAAT
186 TTCATTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG-TAATGGGAAATGGAT-AA-TC-AAC
* * *
31432 TAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTAAAAACCTCTGACCTTGTGGCT-AACGCCACACGGTCTAA
247 TAAAACAACACTA-AAGAA-GGCTT-AAAACCTCAGA-CTTGTGGCTAAAAGCCACACGCTCTAA
* * *
31496 CCAACCAGTGAGCTATTCCAGCTAGTGGACCTT-TAAAACAAATT-T-GTT-AGTTTGA-CATTT
308 CC-A--AGTGAGCTATTCCAGCTA--GGA-ATTCTAAAACAAATTATAGTTAAATTTGACCA--A
* * *** * * * * *
31556 TATAGCTAAT-AGGCCGTTGTTAATTAACTAA-TA-TTTGAAAGTTAATGGGAAATGG-ACAATT
365 CAGAGCTAATAAGAAAG-TATAAATT-ACTAATTATTTTGAAACTAAAT-GGAAATGGTACAATC
* *
31617 CAAATTAAAACAA-ACTAGAA-GGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCT
427 CAAACTAAAACAACACTAGAATGGAGGGCTTGAACCTCTGA-CTTGTGGTTAACAGCCACACGCT
*
31680 CTAA-C-C-AACAGAGCTATTCCAGCT-A-GGGA-CCATTTTAAGCTCTAA-A-TATT-TCAGTT
491 CTAACCACTAACAGAGCTATTCCAGCTAATGGGATCC--TTTAAGCTCCAACAGTATTATCAGTT
* * * *
31736 TGACACTTTTACCAACTCAG-T-GAATAGGCCGTTTGAAAATTTTCATTATATAACCGTATAAAT
554 TGAAAATTTTACCAACACAGCTAG-A-AGGCC-ATTG--AATTTT-ATTATATAA-CGTATAAAT
* * *
31799 TGGTAATA-TTTGAAAGTTAATGGGAAATGAAATTCAAATTAAAACAAACACTAAAAACTGGGCT
612 TGGTAATATTTTGAAAGTAAAT-GGAAATGAAATTCAAACTAAAACAAACACTAAAAACAGGGCT
31863 TTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
676 TTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
31915 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 73, Indels: 83
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
835 1 0.00
836 59 0.10
837 39 0.06
838 18 0.03
839 34 0.05
840 40 0.06
841 49 0.08
842 109 0.18
843 37 0.06
844 29 0.05
845 33 0.05
846 38 0.06
847 38 0.06
848 49 0.08
849 15 0.02
851 18 0.03
852 8 0.01
853 3 0.00
854 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (835 bp):
TTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCAAATAAAACAATCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTG
ACCTTGTGGTTAATGCCACACGCTCTAACCAACAGACTATTCCAGCTAGTTGGACTTAAGCTCAA
ACCAGTATTGTCAGTTGAAAATTTTAACAAATGAGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATAT
AACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAATGGGAAATGGATAATCAACTAAAACAACACTAA
AGAAGGCTTAAAACCTCAGACTTGTGGCTAAAAGCCACACGCTCTAACCAAGTGAGCTATTCCAG
CTAGGAATTCTAAAACAAATTATAGTTAAATTTGACCAACAGAGCTAATAAGAAAGTATAAATTA
CTAATTATTTTGAAACTAAATGGAAATGGTACAATCCAAACTAAAACAACACTAGAATGGAGGGC
TTGAACCTCTGACTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCACTAACAGAGCTATTCCAGCTAAT
GGGATCCTTTAAGCTCCAACAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAACACAGCTAGAAGGCCAT
TGAATTTTATTATATAACGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGAAATGAAATTCAAAC
TAAAACAAACACTAAAAACAGGGCTTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAA
CCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGACCTTTAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTTTGAAATTT
TACCAATAGCTAATAGGCATTAAAATTTTATTTATATAACTTATAAATTGGTATA
Found at i:32266 original size:364 final size:366
Alignment explanation
Indices: 31589--32277 Score: 888
Period size: 369 Copynumber: 1.9 Consensus size: 366
31579 TTAACTAATA
*
31589 TTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT
1 TTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT
31654 GACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGGGACCATTTTAAG
66 GACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGGGACCA-TTTAAG
* * *
31719 CTCTAAATATTTCAGTTTGACACTTTTACCAACTCAGTGAATAGGCCGTTTGAAAATTTTCATTA
130 CTCAAAATATTTCAGTTTGACACTTTTACCAAATCAATGAATAGGCCGTTTG-AAATTTTCATTA
* * *
31784 TATAACCGTATAAATTGGTAATATTTGAAAGTTAATGGGAAATGAAATTCAAATTAAAACAAACA
194 TATAACCGTATAAATTGGTAATATTTGAAAATCAATGGGAAATGAAATTCAAACTAAAACAAACA
* *
31849 CTAAAAACTGGGCTTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCT
259 CTAAAAACAGGGCTTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAAAGCCACACGCTCTAACC-ACTGAGCT
31914 AATAGGCCATTAAAATTTTCTTATATAACTGTTAATAAATAAAT
323 AATAGGCCATTAAAATTTTCTTATATAACTGTTAATAAATAAAT
* *
31958 TTTGAAAGTAAATGGGAAATGG-CAA-TCAAATTAAAACAACTCGCTATAAGGAGGGCTTGAACC
1 TTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAA---ACTAGAAGGAGGGCTTGAACC
* **
32021 TC-GACCTTGTGGTTAAT-GCCACACGCTCTAACCAAACTGAGCTATTCCAG-TAATTGACC-TT
63 TCTGACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACC-AACAGAGCTATTCCAGCT-AGGGACCATT
*
32082 TAAGCTCAAACCAGTATTGTCAGTTTGA-ACTTTTA-CAAATGAAT-AATAGGCC-TTTG-AATT
126 TAAGCTCAAA--A-TATT-TCAGTTTGACACTTTTACCAAATCAATGAATAGGCCGTTTGAAATT
* * * * *
32142 TT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAATCAATGGGAAATGGATAA-TC-AGCT
187 TTCATTATATAACCGTATAAATTGGTAAT-ATTTGAAAATCAATGGGAAAT-GA-AATTCAAACT
* * * * *
32204 AAAACAACTCGCT-AAAGCAGGGCTTTGAACCT-CGACCTTGTGGTTAAAAGCCACACGCTCTAA
249 AAAACAA-ACACTAAAAACAGGGCTTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAAAGCCACACGCTCTAA
*
32267 CCATTGAGCTA
313 CCACTGAGCTA
32278 TTCCAGCTAG
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 26, Indels: 32
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
363 8 0.03
364 54 0.19
365 49 0.17
366 7 0.02
367 31 0.11
368 28 0.10
369 63 0.22
370 32 0.11
371 9 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (366 bp):
TTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAAACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT
GACCTTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACAGAGCTATTCCAGCTAGGGACCATTTAAGC
TCAAAATATTTCAGTTTGACACTTTTACCAAATCAATGAATAGGCCGTTTGAAATTTTCATTATA
TAACCGTATAAATTGGTAATATTTGAAAATCAATGGGAAATGAAATTCAAACTAAAACAAACACT
AAAAACAGGGCTTTAAACCTCCGACCTTGTGGCTAAAAGCCACACGCTCTAACCACTGAGCTAAT
AGGCCATTAAAATTTTCTTATATAACTGTTAATAAATAAAT
Found at i:32683 original size:215 final size:216
Alignment explanation
Indices: 31909--33343 Score: 1397
Period size: 214 Copynumber: 6.7 Consensus size: 216
31899 CTAACCAACT
* * ***
31909 GAGCTAATAGGCCATTAAAATTTTCTTATATAACTGT-T-AATAAATAA-ATTTTGAAAGTAAAT
1 GAGCTAATAGGCCATT-GAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
* ** *
31971 GGGAAATGG-CAAT-CAAATTAAAACAACTCGCTATAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTGG
65 GGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAA-T-GCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* *
32033 TTAATGCCACACGCTCTAACCAAACTGAGCTATTCCAG-TAATTGACCTTTAAGCTCAAACCAGT
128 TTAAAGCCACACGCTCTAACC-AACTGAGCTATTCCAGCTAATTGACCTTTAAGCTCCAACCAGT
* *
32097 ATTGTCAGTTTGAACTTTTA-CAAA
192 ATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAA
* * * * * *
32121 TGA-ATAATAGGCCTTTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAATCAAT
1 -GAGCTAATAGGCCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
* *
32185 GGGAAATGGATAAT-C-AGCTAAAACAACTCGCTA-AAGCAGGGCTTTGAACCTC-GACCTTGTG
65 GGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAA-T-GCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGTG
* * *
32246 GTTAAAAGCCACACGCTCTAACC-ATTGAGCTATTCCAGCT-A-GGA--ATTAAGCTCCAACCA-
127 GTT-AAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTGACCTTTAAGCTCCAACCAG
*
32305 -ATTATCAG-TTAAAATTTTACCAACA
191 TATTATCAGTTTGAAATTTTACCAA-A
*
32330 GAGC---TA---C-TTGAATTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATTATTTTGAAAGTCTAA
1 GAGCTAATAGGCCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAG--TAA
*
32388 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAA-ACT-CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
63 ATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* *
32451 TTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTATAGCTATTCCAGCTAATTGATCCTTTAAGCTCCAACCA
128 TTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCCAGCTAATTGA-CCTTTAAGCTCCAACCA
32516 GTATTATCAGTTTGAAATTTTACCAACA
190 GTATTATCAGTTTGAAATTTTACCAA-A
** *
32544 GAGCTAATAGAATCATTGAATTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGT-AT-TTTT-AAAGTAAAT
1 GAGCTAATAG-GCCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
32606 -GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAA-GAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
65 GGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
* *
32669 AAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTGAAGCTCCAACCAACA
130 AAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTG-ACCTTT-AAGCTCCAACC-A-G
32734 TATTATCAGTTTGAAATTTTACC-AA
191 TATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAA
* *
32759 -TGCTAATAGGTCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAACATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 GAGCTAATAGGCCATTG--AATTTT-TTTATATAACTGTATAA-ATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* **
32823 AATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
62 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
32888 GTTAATAG-CACACGCTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGGT-CAA-CA
127 GTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATT-GACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
32950 GTATTATTAGTTTGACACTTTTACCAAA
190 GTATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAAA
* * ** *
32978 GTGCTAATAGGCCGTTGAAAATTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAAT-
1 GAGCTAATAGGCCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
* *
33042 GGAAA-GGTCAAT-----C-----C---GCTAGAAGGA-GGCTTGAACCTATGACCTTGTGGTTA
66 GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTA
* * ** *
33092 ATAGCTACACGCTCTAACCAA-TAGAGTTATTCCAGCTAATTGGAGTTTTAAGCTCTAA-CATGT
131 A-AGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCCAGCTAATT-GACCTTTAAGCTCCAACCA-GT
* * * *
33155 ATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
192 ATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAA-A
* * * ** *
33182 CAG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GAGCT-AATAGGCCATTG--AATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * ** ** * *
33246 AATGGGAAATGAACAATTCAATTTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCT-ACCTTGT
62 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CTGACCTTGT
* *
33310 GGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
126 GGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
33344 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 90, Indels: 156
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
200 30 0.03
201 52 0.05
202 36 0.03
203 51 0.05
204 51 0.05
205 19 0.02
206 21 0.02
207 56 0.05
208 19 0.02
209 6 0.01
210 13 0.01
211 32 0.03
212 14 0.01
213 44 0.04
214 115 0.11
215 90 0.09
216 78 0.07
217 67 0.06
218 19 0.02
219 12 0.01
220 27 0.03
221 38 0.04
222 110 0.10
223 47 0.04
224 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (216 bp):
GAGCTAATAGGCCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTA
AAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTA
TCAGTTTGAAATTTTACCAAA
Found at i:32902 original size:222 final size:217
Alignment explanation
Indices: 31911--33343 Score: 1376
Period size: 222 Copynumber: 6.7 Consensus size: 217
31901 AACCAACTGA
* ***
31911 GCTAATAGGCCATT-AAAATTTTCTTATATAACTGT-T-AATAAATAA-ATTTTGAAAGTAAATG
1 GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
* *
31972 GGAAATGG-CAATCAAATTAAAACAACTCGCTATAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTGGTT
66 GGAAATGGACAATCAAACTAAAACAA-T-GCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
*
32035 AAT-GCCACACGCTCTAACCAAACTGAGCTATTCCAG-TAATTG-ACCTTTAAGCTCAAACCAGT
129 AATAGCCACACGCTCTAACC-AACTGAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTTAAGCTCCAA-CAGT
* * *
32097 ATTGTCAGTTTGAACTTTTA-CAAAT
192 ATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAGT
* * * * * *
32122 GAATAATAGGCCTTTG--AATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAATCAAT
1 G-CTAATAGGCCATTGAAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
* * *
32185 GGGAAATGGATAATC-AGCTAAAACAACTCGCTA-AAGCAGGGCTTTGAACCTC-GACCTTGTGG
65 GGGAAATGGACAATCAAACTAAAACAA-T-GCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCTGACCTTGTGG
* * *
32247 TTAAAAGCCACACGCTCTAACC-ATTGAGCTATTCCAGCT-A-GGAA---TTAAGCTCCAACCA-
127 TTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTTAAGCTCCAA-CAG
*
32305 -ATTATCAG-TTAAAATTTTACCAA--
191 TATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAGT
* * *
32328 -C--AGA-GCTACTTG--AATTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATTATTTTGAAAGTCTA
1 GCTAATAGGCCA-TTGAAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAG--TA
* * *
32387 AATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAA-ACT-CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
62 AATGGGAAATGGACAAT-CAAACTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* * * *
32450 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTATAGCTATTCCAGCTAATTGATCCTTTAAGCTCCAACC
126 GTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTTAAGCTCCAA-C
*
32515 AGTATTATCAGTTTGAAATTTTACCAACAGA
189 AGTATTATCAGTTTGAAATTTTACC-A-AGT
** *
32546 GCTAATAGAATCATTG--AATTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGT-AT-TTTT-AAAGTAAAT
1 GCTAATAG-GCCATTGAAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT
* *
32606 -GGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAA-GAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
65 GGGAAATGGACAAT-CAAACTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTT
*
32669 AA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGAACCTTTGAAGCTCCAACCAAC
129 AATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTT-AAGCTCCAA-C-A-
*
32733 ATATTATCAGTTTGAAATTTTACCAA-T
190 GTATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAGT
*
32760 GCTAATAGGTCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAACATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
1 GCTAATAGGCCATTGAAAATTTT-TTTATATAACTGTATAA-ATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
*
32825 TGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
64 TGGGAAATGGACAAT-CAAACTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
* * *
32890 TAATAG-CACACGCTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGGT-CAACAGTA
128 TAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTTAAGCTCCAACAGTA
* *
32953 TTATTAGTTTGACACTTTTACCAAAGT
193 TTATCAGTTTGA-AATTTTACC-AAGT
* *
32980 GCTAATAGGCCGTTGAAAA--TTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAAT-
1 GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
* *
33042 GGAAA-GG----TC-AA-T----C--CGCTAGAAGGA-GGCTTGAACCTATGACCTTGTGGTTAA
66 GGAAATGGACAATCAAACTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA
* * * ** *
33093 TAGCTACACGCTCTAACCAA-TAGAGTTATTCCAGCTAATTGGAGTTTTAAGCTCTAACATGTAT
131 TAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTTAAGCTCCAACA-GTAT
* * * *
33157 TGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
194 TATCAGTTTGA-AATTTTACCAAGT
* * ** *
33182 -CAGTGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GC--T-AATAGGCCATTGAAAATTTT-TTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* ** ** * *
33246 AATGGGAAATGAACAATTCAATTTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCT-ACCTTGT
62 AATGGGAAATGGACAA-TCAAACTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CTGACCTTGT
* * *
33310 GGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
125 GGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
33344 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 1048, Mismatches: 90, Indels: 156
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
200 30 0.03
201 55 0.05
202 41 0.04
203 47 0.04
204 55 0.05
205 19 0.02
206 17 0.02
207 57 0.05
208 19 0.02
209 2 0.00
210 14 0.01
211 33 0.03
212 13 0.01
213 43 0.04
214 108 0.10
215 89 0.08
216 80 0.08
217 65 0.06
218 17 0.02
219 12 0.01
220 32 0.03
221 39 0.04
222 112 0.11
223 47 0.04
224 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (217 bp):
GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATG
GGAAATGGACAATCAAACTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAA
TAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTTAAGCTCCAACAGTATTA
TCAGTTTGAAATTTTACCAAGT
Found at i:33254 original size:423 final size:427
Alignment explanation
Indices: 31911--33343 Score: 1299
Period size: 423 Copynumber: 3.4 Consensus size: 427
31901 AACCAACTGA
* * *** *
31911 GCTAATAGGCCATT-AAAATTTTC-TTATATAA-C-TGTTAATAAATAA-ATTTTGAAAGTAAAT
1 GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAAT
*
31971 GGGAAATGG-CAAT-CAAATTAAAACAACTCGCTATAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTGG
66 GGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAA-T--CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGG
* *
32033 TT-AATGCCACACGCTCTAACCAAACTGAGCTATTCCAG-TAATTGA-CCTTTAAGCTCAAACCA
128 TTAAAAG-CACACGCTCTAACCAAA-TGAGCTATTCCAGCTAATTGATCCTTTAAGCTCCAACCA
* * * * * **
32095 GTATTGTCAGTTTGAACTTTTA-CAA-ATGA-ATAATAG-GCCTTTGAATTTTTTTATATAACTG
191 GTATTATCAGTTTGAAATTTTACCAACA-GAGCTAATAGAACCATTGAAAATTTTTATATAACTG
* * *
32156 TATAAATTGGTATTGTTTTGAAAATCAATGGGAAATGGATAAT-CAGCTAAAACAACTCGCTA-A
255 TATAAATTGGTA-T-TTTT-AAAGTAAAT-GGAAATGGACAATCCAGCT-----AA-T-GC-AGA
* *
32219 AGCAGGGCTTTGAACCT-CGACCTTGTGGTTAAAAGCCACACGCTCTAACC-ATTGAGCTATTCC
308 AG-AGGGC-TTGAACCTATGACCTTGTGGTT-AAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
* *
32282 AGCT-A-GGAA---TT-AAGCTCCAA-C--CA-ATTATCAG-TTAAAATTTTACCAA-
370 AGCTAATTGAACCTTTGAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAT
* * * ***
32328 -C--AGA-GCTACTTG--AATTTT-TTTATATAATTGTATAAATTGGTAATTATTTTGAAAGTCT
1 GCTAATAGGCCA-TTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT-T
* ** *
32386 AAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAA-ACTCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
63 -AATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAATCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
* *
32450 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCATCTAT-AGCTATTCCAGCTAATTGATCCTTTAAGCTCCAAC
127 GTTAAAAG-CACACGCTCTAACCA--AATGAGCTATTCCAGCTAATTGATCCTTTAAGCTCCAAC
* ** *
32514 CAGTATTATCAGTTTGAAATTTTACCAACAGAGCTAATAGAATCATTGAATTTTTTTATATAATT
189 CAGTATTATCAGTTTGAAATTTTACCAACAGAGCTAATAGAACCATTGAAAATTTTTATATAACT
32579 GTATAAATTGGTATTTTTAAAGTAAATGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAATGCTAGAAGAG
254 GTATAAATTGGTATTTTTAAAGTAAATGGAAATGGACAATCC-AGCT-----AATGC-AGAAGAG
* *
32644 GGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGT
312 GGCTTGAACCTATGACCTTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAAT
32709 TGAACCTTTGAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAT
377 TGAACCTTTGAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAT
* * ** *
32760 GCTAATAGGTCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAACATTGGTAATATTTTGAAAGTAAA
1 GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAA-ATTGGTAATATTTTGAAAGTTAA
32825 TGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAATGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
65 TGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAAT-CTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGT
* *
32890 TAATAGCACACGCTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAATTGGA-CCTTTAAGGT-CAA-CAGT
129 TAAAAGCACACGCTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAATT-GATCCTTTAAGCTCCAACCAGT
* * * * *
32952 ATTATTAGTTTGACACTTTTACCAA-AGTGCTAATAG-GCCGTTGAAAATTTTTATATAACTGTA
193 ATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAACAGAGCTAATAGAACCATTGAAAATTTTTATATAACTGTA
* * *
33015 TAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGAAA-GGTCAATCC-GCT-A-G-A-AGGA-GGCTTGA
257 TAAATTGGT-AT-TTTT-AAAGTAAATGGAAATGGACAATCCAGCTAATGCAGAAGAGGGCTTGA
* * *
33073 ACCTATGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACCAA-TAGAGTTATTCCAGCTAATTGGA-
319 ACCTATGACCTTGTGGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCCAGCTAATTGAAC
* * * ** * * *
33136 GTTTTAAGCTCTAA-C-ATGTATTGTTAGTTTGACACTTTTACCAACT
382 CTTTGAAGCTCCAACCAACATATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAA-T
*
33182 -CAGTGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 GC--T-AATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
* * * * * *
33246 AATGGGAAATGAACAATTCAATTTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTCCT-ACCTTGT
63 AATGGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAA-TCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CTGACCTTGT
* * *
33310 GGCTAACAACCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
126 GGTTAA-AAGCACACGCTCTAACCAAATGAGCTA
33344 ATAGGCCATT
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 86, Indels: 121
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
413 17 0.02
414 4 0.00
415 8 0.01
416 1 0.00
417 32 0.04
418 12 0.01
419 69 0.08
420 75 0.09
421 68 0.08
422 62 0.07
423 127 0.15
424 93 0.11
425 2 0.00
426 10 0.01
427 2 0.00
429 2 0.00
430 8 0.01
431 14 0.02
433 34 0.04
434 28 0.03
435 32 0.04
436 66 0.08
437 25 0.03
438 67 0.08
439 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (427 bp):
GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAAT
GGGAAATGGACAATCCAAATTAAAACAATCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTA
AAAGCACACGCTCTAACCAAATGAGCTATTCCAGCTAATTGATCCTTTAAGCTCCAACCAGTATT
ATCAGTTTGAAATTTTACCAACAGAGCTAATAGAACCATTGAAAATTTTTATATAACTGTATAAA
TTGGTATTTTTAAAGTAAATGGAAATGGACAATCCAGCTAATGCAGAAGAGGGCTTGAACCTATG
ACCTTGTGGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTGAACCTTTGAAGC
TCCAACCAACATATTATCAGTTTGAAATTTTACCAAT
Found at i:33855 original size:223 final size:220
Alignment explanation
Indices: 33331--33897 Score: 714
Period size: 223 Copynumber: 2.6 Consensus size: 220
33321 ACACGCTCTA
* * * *
33331 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCA-TTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTT
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTT-ATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATA-TTT
* ** * * *
33395 GAAAGTAAATGGGAAATGGGCAATTTAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCG
64 GAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCA
* * * * * * *
33460 ACCTTGTGGTTAAAAGCCAGACGCTCTAACCAACTAAGTTATTCTAGCTTCTTTGACCTTAAGCT
129 ACCATGTGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTAAGCT
33525 CCAACCAATTATCAGTTTAACAATTTT
194 CCAACCAATTATCAGTTTAACAATTTT
* * *
33552 ACCAA-TAGAGATAATAGGCCATTG-AAATGTTTCTTTACATAATTGTATAAATTGGTAATATTC
1 ACCAACT-GAGCTAATAGGCCATTGAAAAT-TTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATT-
*
33615 TGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAGCCT-CC
63 TGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCC
*
33679 AACCATGTGGTTAACAA-CCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAA
128 AACCATGTGGTTAA-AAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTT-AA
* * *
33743 GCTCCAACCAGTATTATTAGTTTGACACTTTT
191 GCTCCAACCA--ATTATCAGTTTAACAATTTT
* *
33775 ACCAACTGAGCTAATAGACAATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATGTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATAT-TTG
* * * *
33840 AAAGAAAATGGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAA-GAGGTCTTGAAC
65 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAG-AAGGAGGGCTTGAAC
33898 TTCCGACCTT
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 35, Indels: 22
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
220 58 0.19
221 115 0.38
223 118 0.39
224 8 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (220 bp):
ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTGA
AAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCAAC
CATGTGGTTAAAAGCCAAACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCAACTACTTGGACCTTAAGCTCC
AACCAATTATCAGTTTAACAATTTT
Found at i:34029 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 33795--34055 Score: 355
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
33785 CTAATAGACA
* **
33795 ATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATGTTGAAAGAAAATGGGAAATGGAC
1 ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATGTTGAAAGAAAATGGGAAACAGAC
* ** * * * *
33860 AATCCGAGCTAAAACAACACTAGCAAGAGGTCTTGAACTTCCGACCTTGGGGTTAAGAGCCAATA
66 AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGGGGTTAACAGCCAATA
33925 GGCC
131 GGCC
* *
33929 ATTGAAAATTTTCA-TTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGGGAAACAGA
1 ATTGAAAATTTT-ATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATGTTGAAAGAAAATGGGAAACAGA
* * *
33993 CAATTCAAAATAAAACAACGCTA-AAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCA
65 CAATCCAAAATAAAACAACACTAGAAA-GAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGGGGTTAACAGCCA
34056 CAGGCTCTAA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 15, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 2 0.02
134 107 0.97
135 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (134 bp):
ATTGAAAATTTTATTTATACAATTGTATAAATTGGTAATATGTTGAAAGAAAATGGGAAACAGAC
AATCCAAAATAAAACAACACTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGGGGTTAACAGCCAATA
GGCC
Found at i:35127 original size:221 final size:221
Alignment explanation
Indices: 33915--36935 Score: 2278
Period size: 220 Copynumber: 13.7 Consensus size: 221
33905 CTTGGGGTTA
* * * * *
33915 AGAGCCAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCA
1 AGAGCTAATAGGCCATT-CAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
** * ** * *
33980 AATGGGAAACAGACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CGACCTTGTG
* * ** * * *
34045 GTTAACAGCCACAGGCTCTAACCAACTGAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAACTTCAACCA
129 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
*
34110 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAA
194 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* * * * * *
34138 AGAGCTAATAGCCCATT--TATTTTTTTTATATAATTATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTCAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * ** *
34201 AAGAGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CGACCTTGTGG
* * * * * * *
34266 TTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTAAGCTAGTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
130 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
*
34331 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
195 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
** * * *
34358 A-AAATAATAGGCCATTCAAATTTGCTTTATAAAATTTTATAAA-TGGTAATATTTTGAAAGTAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTCAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * *
34421 ATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAATAACACTCGAAGAAGGGCTTAAACCTCTGACCTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTGG
* * * * *
34486 TTAA-TGTCGCACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
130 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * *
34550 TATTGTCAGTTT-AACACTTTTAACAA-
195 TATTATCAGTTTGAA-AATTTTACCAAC
* * * *
34576 ATGTGCTAATAGGCCTTTCAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTC-AAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* *** *
34641 AAATGGGAAATGCACAAT-CAGAGTTAAAACATTGCTAGAAGGAGGGATTTGAACCTCGAACCTT
64 AAATGGGAAATGGACAATCCA-AGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGG-CTTGAACCTCG-ACCTT
** * * * * * * * * * *
34705 ACGGTTAAAAGCCAAATGCTCTAACAAATTGGACCTATTCCTA-CTAGTTGGAACATCAAGCTCT
126 GTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCTATTCC-AGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCC
* * * *
34769 AACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAT
189 AACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* * * * ** *
34802 TGAGCTAATAGGCAATTGAAACTTTTCATTATATACCTGTATAAATT-GAAATTATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTCAAA-TTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * ** *
34866 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGTTAAATCAATGCTAGAAGGAGGGCTAGAACCTCAGACCTTGT
64 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGT
* *
34931 GGTTAACAGGCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
128 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* *
34996 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACTAAC
193 AGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* * * * *
35025 AGAGTTAATAGTCTATT-ATAATTTT-TTTATATAATTATATAAATTGTTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTCA-AATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * * * *
35088 AATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAATACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACC-TCGACCTTGTG
* * * *
35153 GTTAACAGCCACACGGTCTAAACAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
129 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
*
35218 GTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
194 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* *
35246 AGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATT-CAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * *
35311 AGTGGGAAATGGACAATTCATA-TTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGT
65 AATGGGAAATGGACAATCCA-AGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGT
* *
35375 GGTTAA-TGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACC
128 GGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * * * *
35439 AGTATTGTTAGTTTGACACTTTTAACAA-
193 AGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* * * ** * * *
35467 ATGTGCTAATAGGTCTTTCAAAATTTTAGTTATATAACTGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGT
1 A-GAGCTAATAGGCCATTC-AAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT
* * * * * * * * * ** * *
35532 AAATTGGAAACGGATAATCAAATTTAAGACATCTCTA-AAGCAAAGCTTTGAACCTCGGTCTTTG
64 AAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTC-GACCTTG
* * * * * *
35596 AGGTTAAAAGCCAAAACTAAATGGATCTTCAAGCTCCAAC-CAG-TATT---G-TCAGTTTGACA
127 TGGTTAACAGCC---AC---A-CGCTC-T-AA---CCAACTGAGCTATTCCAGCT-AGTTGGAC-
* ** * * * * *
35655 CTTTTA---CCAATTGAGCTAATAGGCA-ATTGAAAATTTT-CTTAAT
178 CTTTAAGCTCCAA-CCAG-TATTA-TCAGTTTGAAAATTTTAC-CAAC
* * * ** * * * ** * *
35698 ATAACTAAATA---AATTGGAATTATT-TTGAAATTAAATG-GGAAA-TGGTCA-A-TTCG--AG
1 AGAGCT-AATAGGCCATTCAAATT-TTCTTTATA-TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
* * * *** * **** ** *
35753 CTAAA----ACAA-CG-CTAT-AAGGAGTTCTTA-AAC-CTCCGACCTTGTGG-TT-AACAGCCA
63 -TAAATGGGA-AATGGACAATCCA--AGTTAAAACAACACT-AGAAGGAG-GGCTTGAACCTCGA
* * * * * * * * ** *
35807 CAC--GCT--CT-A-A--C-CA-TCTATAAGCTATTCAAGCTAATT--AGATCTTTAAG-CTC--
122 C-CTTG-TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACT-GAGCT-ATTCCAGCTAGTT-GGAC-CTT
*
35857 -------CAACCAGTATTATCAGTTGGAAAATTTTACCAAC
181 TAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* * ** * * * *
35891 AAAGCTAACAGAACATT-GAATTTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGTATTATTTTTAAAGTAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTCAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * *
35955 ATGAGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTGG
* * * * ** * *
36020 TTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCAAACTAGCTAAACATTTAAGCTCCAACCAA
130 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
*
36085 CATTATCAGTTTG-AAATTTTACC-A-
195 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* * * *
36109 ATAGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATT-CAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
*
36174 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTG
*
36239 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
129 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
36304 GTGTTGTCAGTTTGAAACTTTTATCAAC
194 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
** * * * *
36332 AGAGCTAATAGAACATTGAAATATT-TTTATATAATTATATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAA
1 AGAGCTAATAGGCCATTCAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
* * * * * * *
36396 ATGAGAAATGGACTATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGATTGAACCTCTGAACTTGTGG
66 ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTGG
* * * * * *
36461 TTAATAGCTAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAACCAG
130 TTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
*
36526 CATTATCAGTTTG-AAATTTTACC-A-
195 TATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
** * * * *
36550 TTAGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTT
1 AGAGCTAATAGGCCATT-CAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * * *
36615 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACTCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGATCTTGTG
65 AATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-GACCTTGTG
* * * * * * *
36680 GTTAATAGCTACACCCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCTAACCA
129 GTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
36745 GTATTTTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
194 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
* * * ***
36773 TA-AG-TGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
1 -AGAGCT-AATAGGCCATT-CAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
* * * * * * *
36836 TTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCTTCGAGCTTG
63 TAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACC-TCGACCTTG
* *
36901 TGGTTAACAACCACATGCTCTAACCAACTGAGCTA
127 TGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
36936 ATAGGACATT
Statistics
Matches: 2221, Mismatches: 446, Indels: 262
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
192 5 0.00
193 27 0.01
194 15 0.01
195 10 0.00
196 3 0.00
197 2 0.00
198 6 0.00
199 5 0.00
200 4 0.00
201 8 0.00
202 10 0.00
203 12 0.01
204 8 0.00
205 2 0.00
206 2 0.00
207 1 0.00
208 1 0.00
209 1 0.00
210 1 0.00
211 4 0.00
212 8 0.00
213 13 0.01
214 1 0.00
215 1 0.00
216 1 0.00
217 8 0.00
218 32 0.01
219 101 0.05
220 605 0.27
221 428 0.19
222 256 0.12
223 354 0.16
224 59 0.03
225 140 0.06
226 9 0.00
227 10 0.00
228 12 0.01
229 4 0.00
230 27 0.01
231 12 0.01
232 2 0.00
233 4 0.00
234 2 0.00
235 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (221 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTCAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAA
ATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCGACCTTGTGGT
TAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGT
ATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAC
Found at i:35289 original size:444 final size:441
Alignment explanation
Indices: 33915--35535 Score: 1859
Period size: 444 Copynumber: 3.6 Consensus size: 441
33905 CTTGGGGTTA
* * *
33915 AGAGCCAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATACAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
** * * * * * *
33980 AATGGGAAACAGACAATTCAAAATAAAACAACGCTAAAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTAGAACCTCTGACCTTGTG
* * ** * * *
34045 GTTAACAGCCACAGGCTCTAACCAACTGAGTTATTCCAGCTTCTTTGACCTTTAAACTTCAACCA
131 GTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* *
34110 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTACCAAAAGAGCTAATAGCCCATT-TATTTTTTTTATATAATTA
195 GTATTATCAGTTTGAAAATTTTA-C-AAAGAGCTAATAGCCTATTATAATTTTTTTATATAATTA
* ** ** *
34174 TATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAAAGAGAAATGGTCAATCTGAGCTAAAACAACACTAGAA
258 TATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAATACTAGAA
* * * * * * * *
34239 GGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCCACAAGTTCTAACCAACTAAGCTAGTCTAA
323 GGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAAAAGCCACAAGCTCTAAACAACTGAGCTATTCTAA
34304 CTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
388 CTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
** * * * * *
34358 A-AAATAATAGGCCATT-CAAATTTGCTTTATAAAATTTTATAAA-TGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* *
34420 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAATAACACTCGAAGAAGGGCTTA-AACCTCTGACCTTGT
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGC-TAGAACCTCTGACCTTGT
* * * * *
34484 GGTTAATGTCGCACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
130 GGTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCA
* * * *
34549 GTATTGTCAGTTT-AACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGCCT-TTCAAAATTTTCTTTATATA
195 GTATTATCAGTTTGAA-AATTTT-ACAAA-GAGCTAATA-GCCTATT-ATAATTTT-TTTATATA
* * * * * * * *
34612 ACTGTATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGCACAAT-CAGAGTTAAAACATTGC
254 ATTATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCA-AGCTAAAACAATAC
* * *
34676 TAGAAGGAGGGATTTGAACC-TCGAACCT-TACGGTTAAAAGCCA-AATGCTCT-AACAAATTGG
318 TAGAAGGAGGG-CTTGAACCTTCGAACATGT--GGTTAAAAGCCACAA-GCTCTAAAC-AACT-G
* * * * * * *
34737 ACCTATTCCT-ACTAGTTGGAACATCAAGCTCTAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAA
377 AGCTATT-CTAACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAA
*
34801 T
441 C
* * * ** *
34802 TGAGCTAATAGGCAATTGAAACTTTTCATTATATACCTGTATAAATT-GAAATTATTTTGAAAGT
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAATTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGT
* * * * * ** * *
34866 AAATGGGAAATGGTCAATCCGAGTTAAATCAATGCTAGAAGGAGGGCTAGAACCTCAGACCTTGT
65 AAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTAGAACCTCTGACCTTGT
* *
34931 GGTTAACAGGCACACGCTCTAACCATCTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
130 GGTTAA-AGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACC
* * *
34996 ATTATTATCAGTTTGAAAATTTTACTAACAGAGTTAATAGTCTATTATAATTTTTTTATATAATT
194 AGTATTATCAGTTTGAAAATTTTAC-AA-AGAGCTAATAGCCTATTATAATTTTTTTATATAATT
* *
35061 ATATAAATTGTTAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAATACTAGA
257 ATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAATACTAGA
* * *
35126 AGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAACAGCCACACGGTCTAAACAACTGAGCTATTCTA
322 AGGAGGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAAAAGCCACAAGCTCTAAACAACTGAGCTATTCTA
35191 ACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
387 ACTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
* *
35246 AGAGCTATTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
1 AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
* * *
35311 AGTGGGAAATGGACAATTCATATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTG
66 AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTAGAACCTCTGACCTTGTG
* *
35376 GTTAATGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCAAACCAG
131 GTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
* * * * * * * * *
35441 TATTGTTAGTTTGACACTTTTAACAAATGTGCTAATAGGTCT-TTCAAAATTTTAGTTATATAAC
196 TATTATCAGTTTGAAAATTTT-ACAAA-GAGCTAATA-GCCTATT-ATAATTTT-TTTATATAAT
* * *
35505 TGTATAAATTGGTATTGTTTTGAAAGTAAAT
256 TATATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAAT
35536 TGGAAACGGA
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 166, Indels: 74
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
438 5 0.01
439 75 0.08
440 80 0.08
441 29 0.03
442 91 0.09
443 111 0.11
444 232 0.24
445 77 0.08
446 106 0.11
447 85 0.09
448 80 0.08
449 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (441 bp):
AGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTA
AATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACACTAGAAGAAGGGCTAGAACCTCTGACCTTGTG
GTTAAAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
TATTATCAGTTTGAAAATTTTACAAAGAGCTAATAGCCTATTATAATTTTTTTATATAATTATAT
AAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGAACAATCCAAGCTAAAACAATACTAGAAGGA
GGGCTTGAACCTTCGAACATGTGGTTAAAAGCCACAAGCTCTAAACAACTGAGCTATTCTAACTA
GTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTTACCAAC
Found at i:36516 original size:441 final size:440
Alignment explanation
Indices: 35626--36935 Score: 1755
Period size: 441 Copynumber: 3.0 Consensus size: 440
35616 ATGGATCTTC
* * * * *
35626 AAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAATTGAGCTAATAGGCAATTGAAAATTT
1 AAGCTCCAACCAGCATTATCAGTTTGA-AATTTTACCAA-T-AGCTAGTAGGCCATTGAAAATTT
* ** * * * *
35691 TCTTAATATAACTAAATAAATTGG-AATTATTTTGAAATTAAATGGGAAATGGTCAATTCGAGCT
63 TCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAA-TATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTT
* ** * *
35755 AAAACAACGCTATAAGGAGTTCTTAAACCTCCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCA
127 AAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCA
* * * * *
35820 TCTATAAGCTATTCAAGCTAATTAGATCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTGGAAAATTTT
192 AC--TAAGCTATTCAAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAACTTTT
* * * * *
35885 ACCAACAAAGCTAACAGAACATTGAATTTTTTTTATATAATTGTATAAATTGGTATTATTTTTAA
255 ACCAAC-AAGCTAATAGAACATTGAAATATTTTTATATAATTATATAAATTGGTATTATTTTGAA
35950 AGTAAATGAGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACT
319 AGTAAATGAGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACT
36015 TGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCAAACTAGCTAAACATTT
384 TGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCAAACTAGCTAAACATTT
*
36072 AAGCTCCAACCAACATTATCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCT
1 AAGCTCCAACCAGCATTATCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCT
* * *
36137 TTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTTAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTAAAA
66 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAA
*
36202 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTG
131 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTA
* * * * *
36267 AGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTGTTGTCAGTTTGAAACTTTTATCAAC
196 AGCTATTCAAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAACTTTTACCAAC
36332 AGAGCTAATAGAACATTGAAATATTTTTATATAATTATATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
261 A-AGCTAATAGAACATTGAAATATTTTTATATAATTATATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAA
* * *
36397 TGAGAAATGGACTATCCGAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGATTGAACCTCTGAACTTGTGGT
325 TGAGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGT
* * * * * *
36462 TAATAGCTAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCTAACTAGTTGAACCTTT
390 TAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCAAACTAGCTAAACATTT
*
36513 AAGCTCCAACCAGCATTATCAGTTTGAAATTTTACCATTAGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCT
1 AAGCTCCAACCAGCATTATCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCT
* *
36578 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAA
66 TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAA
* * * * *
36643 CAACTCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGATCTTGTGGTTAATAGCTACACCCTCTAACCAACTA
131 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTA
* * * * * *
36708 AGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCTAACCAGTATTTTTAGTTTGACACTTTTACCAAC
196 AGCTATTCAAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAACTTTTACCAAC
** * ** *
36773 TAAG-TGAATAGGCCGTTGAAA-ATTTTCATTATATAACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAG
261 -AAGCT-AATAGAACATTGAAATA-TTT--TTATATAATTATATAAATTGGTATTATTTTGAAAG
* * * * ** * * * *
36836 TTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAACACTAAAAGGAGGGCTTAAACCT-TCGAGCTT
321 TAAATGAGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCT-GAACTT
* * *
36900 GTGGTTAACAACCACATGCTCTAACCAACTGAGCTA
385 GTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTA
36936 ATAGGACATT
Statistics
Matches: 764, Mismatches: 92, Indels: 19
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
440 3 0.00
441 477 0.62
442 2 0.00
443 245 0.32
444 3 0.00
445 10 0.01
446 24 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (440 bp):
AAGCTCCAACCAGCATTATCAGTTTGAAATTTTACCAATAGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCT
TTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAA
CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTA
AGCTATTCAAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTATCAGTTTGAAACTTTTACCAAC
AAGCTAATAGAACATTGAAATATTTTTATATAATTATATAAATTGGTATTATTTTGAAAGTAAAT
GAGAAATGGACAATCCAAGCTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGAACTTGTGGTT
AATAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCAAACTAGCTAAACATTT
Found at i:37285 original size:380 final size:379
Alignment explanation
Indices: 36552--37311 Score: 999
Period size: 380 Copynumber: 2.0 Consensus size: 379
36542 TTTTACCATT
* * * * * *
36552 AGCTAGTAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAA
1 AGCTAATAGGACATTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAA
* * *
36617 TGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACTCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTGATCTTGTGGT
66 TGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGT
* * * * * * * *
36682 TAATAGCTACACCCTCTAACCAACTAAGTTATTCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCTAACCAGT
131 TAACAGCCACACCCACCAACCAAATAAGCTATGCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGT
* * * * *
36747 ATTTTTAGTTTGACACTTTTACCAACTAAGTGAATAGGCCGTTGAAAATTTTCATTATATAACCA
196 ATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTAAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTACATAACCA
* *
36812 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTTAATGGGAAATGAACAATTCAAATTAAAACAACACTAAAA
261 TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCAAATTAAAACAACACTAAAA
* * * * *
36877 GGAGGGCTTAAACCTTCGAGCTTGTGGTTAACAACCACATGCTCTAACCAACTG
326 GGAGGGCTTAAACCCTCGACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTG
* *
36931 AGCTAATAGGACATTGACAATTTTCATTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAA
1 AGCTAATAGGACATTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAA
36996 TGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCTTGTGG
66 TGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCT-CCGACCTTGTGG
* * ** *
37061 TTAACAGCCACACGCACCAACCAAATGAGCTATGCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCTCCAACCAG
130 TTAACAGCCACACCCACCAACCAAATAAGCTATGCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAG
*
37126 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCTA-TAGAGCT-AATAGGCCATTG-AAATGTTTC-TTCACAT
195 TATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTA-AG-TGAATAGGCCATTGAAAAT-TTTCATT-ACAT
*** * * *
37187 AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACAC
256 AACCATATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCAAATTAAAACAACAC
** * * *
37252 TGGATGGAGGGCTTGAACCC-CTGACCATGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTG
321 TAAAAGGAGGGCTTAAACCCTC-GACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTG
37311 A
1 A
37312 ACTATTACAA
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 48, Indels: 11
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
379 117 0.36
380 209 0.64
381 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (379 bp):
AGCTAATAGGACATTGAAAATTTTCATTATATAACTGTATAAATTAGCAATATTTTGAAAGTAAA
TGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGT
TAACAGCCACACCCACCAACCAAATAAGCTATGCCAGCTAATTGGACCTTTAAGCTCCAACCAGT
ATTATCAGTTTGACAATTTTACCAACTAAGTGAATAGGCCATTGAAAATTTTCATTACATAACCA
TATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCCAAATTAAAACAACACTAAAA
GGAGGGCTTAAACCCTCGACCATGTGGTTAACAACCAAACGCTCTAACCAACTG
Found at i:37396 original size:223 final size:221
Alignment explanation
Indices: 36923--37500 Score: 707
Period size: 223 Copynumber: 2.6 Consensus size: 221
36913 ACATGCTCTA
* * * *
36923 ACCAACTGAGCTAATAGGACATTGACAATTTTCATTATATAACTGTTTAAATTAGCAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATA-GACATTGA-AATTTTC-TTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
* * * *
36988 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAATTAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCCGA
63 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACACTGGATGGAGGGCTTGAACCTCCCGA
* * * * * * *
37053 CCTTGTGGTTAACAGCCACACGCACCAACCAAATGAGCTATGCCAGCTTCTTTGACCTTTAAGCT
128 CCATGTGGTTAACAGCCAAACGCACCAACCAAATGAACTATGACAGATTCTTGGACCTTCAAGCT
37118 CCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTT
193 CCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTT
* * *
37147 ACCTA-TAGAGCTAATAGGCCATTGAAATGTTTCTTCACATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
1 ACCAACT-GAGCTAATA-GACATTGAAAT-TTTCTT-ATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
* * *
37211 GAAAGTAAATGGGAAATGGATAATCCAAGTTAAAACAACACTGGATGGAGGGCTTGAACC-CCTG
62 GAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACACTGGATGGAGGGCTTGAACCTCCCG
* * * * *
37275 ACCATGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACCAACTGAACTATTACA-ATTAGTTGGACCTTCAAG
127 ACCATGTGGTTAACAGCCAAACGCACCAACCAAATGAACTATGACAGATT-CTTGGACCTTCAAG
* *
37339 CTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTT
191 CTCCAACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTT
* *
37370 ACCAACTGAGCTAATAGACAATTGAAAATTTTATTTATATAATTGTAGAAATTGGTAATATTTTG
1 ACCAACTGAGCTAATAGAC-ATTG-AAATTTT-CTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
* * * *
37435 AAAGAAAATGGGAAATGGACAATTCGAGCTAAAACAACACTAGCAT-GAGGGCTTGAACCT-CCG
63 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACACT-GGATGGAGGGCTTGAACCTCCCG
37498 ACC
127 ACC
37501 TTGGCTCTAA
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 40, Indels: 21
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
222 4 0.01
223 188 0.62
224 112 0.37
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (221 bp):
ACCAACTGAGCTAATAGACATTGAAATTTTCTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA
GTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGTTAAAACAACACTGGATGGAGGGCTTGAACCTCCCGACCA
TGTGGTTAACAGCCAAACGCACCAACCAAATGAACTATGACAGATTCTTGGACCTTCAAGCTCCA
ACCAGTATTATCAGTTTGACAATTTT
Found at i:38299 original size:223 final size:222
Alignment explanation
Indices: 37823--38859 Score: 829
Period size: 223 Copynumber: 4.5 Consensus size: 222
37813 TAATCTGATC
* ** * *
37823 TAAAACAACGCTAGAAAGAGGGCTTGAACCTCTAACCATGTGGTTAACAGCCATACACTCTAACC
1 TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTC-CGCCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACC
* * * * * * * * *
37888 AACTGAGCTATTCCA-CTTAATTGTAACTTTAAGCTCAAACCAGTATTATCAATTTGACACTTTT
65 AACTGAGCTATTCTAGC-TAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTT
* *
37952 ACC-AATAGAGCTAATAGGACTTTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
129 ACCAAAT-GAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTT
** * *
38016 GAAACAAAATGGGATATGGGA-AATTCAAAT
193 GAAAGTAAATGGGAAAT-GGACAATTCAAGT
* * * * * * * *
38046 TAAAATAACACTAGAATGAGGGCGTGAACCTCCGGCATTATGGTTAACAGCCACGCGTTCTAACC
1 TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGCCA-TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACC
* *
38111 AACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCCGTTTGATACTTTTA
65 AACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTTA
* * *
38176 CCAAATGTGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT-TATAAATTGATATTATTTTGA
130 CCAAATGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGA
*
38240 AAGTAAATGAGAAATGGACAA-TCAGAGT
195 AAGTAAATGGGAAATGGACAATTCA-AGT
* ** * * *
38268 TAAAACAACGCTAAAATAAGGGCTTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTCCAACCTTGTGGTTCCA-A
1 TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGC-TTGAACCTCCG-CCATGTGGTT--AA-C----AG--CCACA
* * * * * *
38332 -GCTTGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACAAATT-TAGCTATTCAAACTAATTGGACCTTCAAT
55 CGC---T--CT-A-A-CC-AA--CT-GAGC-TATTCTAGC---------TAGTTGGACCTTCAAG
* * ** *
38395 CTCCAACCAATATTGTCAGTTTAACATTTTTACCAGCTGAGCTAATAGGTCATTGAAAATTTTCT
98 CTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCT
* * *
38460 TTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAATGTAAATTGGAAATGGACAATTCGAGT
163 TTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGT
* * * * * * * *
38520 TCAAACAAAGCTAGAAGGTGGGCTTGAACCTCCAACCATGTGGTTAATACCCACTCGCACTAACC
1 TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCC-GCCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACC
* * * * * * *
38585 AACTGAGCTATTCCATCTAGTCGAACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTTTCAGTTTGACACTTTTA
65 AACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTTA
* * * *
38650 CCAACT-ATGCTAATTGTCCATTG--AATTTT-TTTATATAATTGTATAATTTGGTAATATTTTG
130 CCAAATGA-GCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTG
*
38711 AAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCCAAGTT
194 AAAGTAAATGGGAAATGGACAAT-TCAAG-T
* * * ** **
38742 TAAAATAACGCTATAAGGTGGGCTTGAACCTTTGACCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAAGT
1 TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCG-CCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACC
* * * *
38807 AACTGAGCTTTTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAACTCCAACCAGTTTTGTCAGT
65 AACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGT
38860 ATAAATTGGT
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 125, Indels: 97
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
220 52 0.08
221 15 0.02
222 152 0.24
223 209 0.33
224 5 0.01
225 2 0.00
226 1 0.00
230 2 0.00
231 3 0.00
232 7 0.01
233 3 0.00
235 3 0.00
236 3 0.00
237 2 0.00
238 3 0.00
239 3 0.00
241 2 0.00
242 9 0.01
243 3 0.00
244 2 0.00
249 2 0.00
251 99 0.15
252 57 0.09
253 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (222 bp):
TAAAACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCCGCCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCA
ACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTTAC
CAAATGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAA
AGTAAATGGGAAATGGACAATTCAAGT
Found at i:38322 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 38303--38341 Score: 69
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 14
38293 TGAACCTCTG
38303 ACCTTGTGGTTCCA
1 ACCTTGTGGTTCCA
38317 ACCTTGTGGTTCCA
1 ACCTTGTGGTTCCA
*
38331 AGCTTGTGGTT
1 ACCTTGTGGTT
38342 AACAGCCAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 24 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.23, G:0.26, T:0.38
Consensus pattern (14 bp):
ACCTTGTGGTTCCA
Found at i:38549 original size:251 final size:251
Alignment explanation
Indices: 38086--38551 Score: 641
Period size: 251 Copynumber: 1.9 Consensus size: 251
38076 TCCGGCATTA
** * * * * *
38086 TGGTTAACAGCCACGCGTTCTAACCAACTGAGCTATTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAAC
1 TGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACAAACTGAGCTATTCAAACTAATTGGACCTTCAAGCTCCAAC
* * * *
38151 CAATATTGTCCGTTTGATACTTTTACCAAATGTGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATA
66 CAATATTGTCAGTTTAACACTTTTACCAAATGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATA
* *
38216 ATTTATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCAGAGTTAAAACAACGCTA
131 ATTTATAAATTGATAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCAGAGTTAAAACAAAGCTA
*
38281 AAATAAGGGCTTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTCCAACCTTGTGGTTCCAAGCTTG
196 AAAGAAGGGCTTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTCCAACCTTGTGGTTCCAAGCTTG
* * *
38337 TGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACAAATTTAGCTATTCAAACTAATTGGACCTTCAATCTCCAAC
1 TGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACAAACTGAGCTATTCAAACTAATTGGACCTTCAAGCTCCAAC
* ** *
38402 CAATATTGTCAGTTTAACATTTTTACCAGCTGAGCTAATAGGTCATTGAAAATTTTCTTTATATA
66 CAATATTGTCAGTTTAACACTTTTACCAAATGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATA
* * *
38467 ATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAATGTAAATTG-GAAATGGACAATTC-GAGTTCAAACAAAG
131 ATT-TATAAATTGATAATATTTTGAAAGTAAA-TGAGAAATGGACAA-TCAGAGTTAAAACAAAG
* **
38530 CTAGAAGGTGGGC-TTGAACCTC
193 CTAAAAGAAGGGCTTTGAACCTC
38552 CAACCATGTG
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 27, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
251 124 0.67
252 57 0.31
253 4 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (251 bp):
TGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACAAACTGAGCTATTCAAACTAATTGGACCTTCAAGCTCCAAC
CAATATTGTCAGTTTAACACTTTTACCAAATGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATA
ATTTATAAATTGATAATATTTTGAAAGTAAATGAGAAATGGACAATCAGAGTTAAAACAAAGCTA
AAAGAAGGGCTTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTCCAACCTTGTGGTTCCAAGCTTG
Found at i:38754 original size:474 final size:472
Alignment explanation
Indices: 37861--38786 Score: 1130
Period size: 474 Copynumber: 2.0 Consensus size: 472
37851 CCTCTAACCA
* * * * *
37861 TGTGGTTAACAGCCATACACTCTAACCAACTGAGCTATTCCACTTAATTGTAACTTTAAGCTCAA
1 TGTGGTTAACAGCCAAACACTCTAACAAACTGAGCTATTCAACTTAATTGGAACTTCAAGCTCAA
* * *
37926 ACCAGTATTATCAATTTGACACTTTTACCAATAGAGCTAATAGGACTTTGAAAATTTTCTTTATA
66 ACCAATATTATCAATTTAACACTTTTACCAATAGAGCTAATAGGACATTGAAAATTTTCTTTATA
* *
37991 TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAACAAAATGGGATATGGGAAATTCAAATTAAAATAACA
131 TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAACAAAATGGGAAATGGGAAATTCAAATTAAAACAACA
* ** * **
38056 CTAGAATGAGGGCGTGAACCTCCGGCATTATGGTTAACAGCCACGCGTTCTAACCAACTGAGCTA
196 CTAGAAGGAGGGCGTGAACCTCCACCATTATGGTTAACACCCACGCGCACTAACCAACTGAGCTA
* * * * * *
38121 TTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCCGTTTGATACTTTTACCAAATGTGC
261 TTCCAGCTAGTCGAACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATATGC
*
38186 TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATTTATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGAG
326 TAATAGGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAATTTATAAATTGATAATATTTTGAAAGTAAATGAG
* *
38251 AAATGGACAATCAGAGTTAAAACAACGCTAAAATAAGGGCTTTGAACCTCTGACCTTGTGGTTCC
390 AAATGGACAATCAGAGTTAAAACAACGCTAAAAGAAGGGC-TTGAACCTCTGACCATGTGGTTCC
38316 AACCTTGTGGTTCCAAGCT
454 AACCTTGTGGTTCCAAGCT
* * * * * *
38335 TGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACAAATTTAGCTATTCAAAC-TAATTGGACCTTCAATCTCC
1 TGTGGTTAACAGCCAAACACTCTAACAAACTGAGCTATTC-AACTTAATTGGAACTTCAAGCTCA
* * * * *
38399 AACCAATATTGTCAGTTTAACATTTTTACCAGCT-GAGCTAATAGGTCATTGAAAATTTTCTTTA
65 AACCAATATTATCAATTTAACACTTTTACCA-ATAGAGCTAATAGGACATTGAAAATTTTCTTTA
*** * * * *
38463 TATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAATGTAAATTGGAAAT-GGACAATTCGAGTTCAAACA
129 TATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAACAAAATGGGAAATGGGA-AATTCAAATTAAAACA
* * * * *
38527 A-AGCTAGAAGGTGGGCTTGAACCTCCAACCA-TGTGGTTAATACCCACTCGCACTAACCAACTG
193 ACA-CTAGAAGGAGGGCGTGAACCTCC-ACCATTATGGTTAACACCCACGCGCACTAACCAACTG
* * * * *
38590 AGCTATTCCATCTAGTCGAACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTTTCAGTTTGACACTTTTACCAAC
256 AGCTATTCCAGCTAGTCGAACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAA
* * * *
38655 TATGCTAATTGTCCATTG-AATTTT-TTTATATAATTGTATAATTTGGTAATATTTTGAAAGTAA
321 TATGCTAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTATATAATT-TATAAATTGATAATATTTTGAAAGTAA
* * * ** *
38718 ATGGGAAATGGACAATCCCA-AGTTTAAAATAACGCTATAAGGTGGGCTTGAACCTTTGACCATG
385 ATGAGAAATGGACAAT--CAGAG-TTAAAACAACGCTAAAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCATG
38782 TGGTT
447 TGGTT
38787 AACAGCCACA
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 63, Indels: 19
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
471 11 0.03
472 45 0.12
473 26 0.07
474 293 0.77
475 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (472 bp):
TGTGGTTAACAGCCAAACACTCTAACAAACTGAGCTATTCAACTTAATTGGAACTTCAAGCTCAA
ACCAATATTATCAATTTAACACTTTTACCAATAGAGCTAATAGGACATTGAAAATTTTCTTTATA
TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAACAAAATGGGAAATGGGAAATTCAAATTAAAACAACA
CTAGAAGGAGGGCGTGAACCTCCACCATTATGGTTAACACCCACGCGCACTAACCAACTGAGCTA
TTCCAGCTAGTCGAACCTTCAAGCTCCAACCAATATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATATGC
TAATAGGCCATTGAAATTTTCTTTATATAATTTATAAATTGATAATATTTTGAAAGTAAATGAGA
AATGGACAATCAGAGTTAAAACAACGCTAAAAGAAGGGCTTGAACCTCTGACCATGTGGTTCCAA
CCTTGTGGTTCCAAGCT
Found at i:38846 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 38335--38859 Score: 612
Period size: 222 Copynumber: 2.4 Consensus size: 222
38325 GTTCCAAGCT
* * * * *
38335 TGTGGTTAACAGCCAAACGCTCTAACAAATTTAGCTATTCAAACTAATTGGACCTTCAATCTCCA
1 TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACAAACTGAGCTATTCAAACTAGTTGGACCTTCAAACTCCA
* * * *
38400 ACCAATATTGTCAGTTTAACATTTTTACCAGCTGAGCTAATAGGTCATTGAAAATTTTCTTTATA
66 ACCAGTATTTTCAGTTTAACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGTCATTG-AAATTTTCTTTATA
* * * *
38465 TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAATGTAAATTGGAAATGGACAATTCGAGTTCAAACAAAG
130 TAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTCAAACAAAG
38530 CTAGAAGGTGGGCTTGAACCTCCAACCA
195 CTAGAAGGTGGGCTTGAACCTCCAACCA
* * * * * * * * * * *
38558 TGTGGTTAATACCCACTCGCACTAACCAACTGAGCTATTCCATCTAGTCGAACCTTTAAGCTCCA
1 TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACAAACTGAGCTATTCAAACTAGTTGGACCTTCAAACTCCA
* *
38623 ACCAGTATTTTCAGTTTGACACTTTTACCAACT-ATGCTAAT-TGTCCATTG-AATTTT-TTTAT
66 ACCAGTATTTTCAGTTTAACACTTTTACCAACTGA-GCTAATAGGT-CATTGAAATTTTCTTTAT
* *
38684 ATAATTGTATAATTTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCCAAGTTTAAA-AT
129 ATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAAT-CCAAGTTCAAACA-
* ***
38748 AACGCTATAAGGTGGGCTTGAACCTTTGACCA
192 AA-GCTAGAAGGTGGGCTTGAACCTCCAACCA
** * * *
38780 TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAAGTAACTGAGCTTTTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAACTCCA
1 TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACAAACTGAGCTATTCAAACTAGTTGGACCTTCAAACTCCA
38845 ACCAGT-TTTGTCAGT
66 ACCAGTATTT-TCAGT
38860 ATAAATTGGT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 44, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
220 53 0.21
221 19 0.08
222 91 0.36
223 89 0.35
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (222 bp):
TGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACAAACTGAGCTATTCAAACTAGTTGGACCTTCAAACTCCA
ACCAGTATTTTCAGTTTAACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGTCATTGAAATTTTCTTTATAT
AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCAAGTTCAAACAAAGC
TAGAAGGTGGGCTTGAACCTCCAACCA
Found at i:38978 original size:166 final size:170
Alignment explanation
Indices: 38690--39028 Score: 416
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
38680 TTATATAATT
* * * * **
38690 GTATAATTTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCCAAGTTTAAAATAACGCTA
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGCGAAATGGACAATCCCAAGTCTAAAACAACAATA
* * ** *
38755 TAAGGTGGGCTTGAACCTTTGACCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAAGTAACTGAGCT-T-T
66 GAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACTAACTGAGCTATAT
* * * *
38818 TCTAGCTAGTTGGACCTTCAAACTCCAACCAGTTTTGTCA
131 TCCAGCTAGTTGAACATTCAAACTCCAACCAGTATTGTCA
* * *
38858 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAATTAAATGCGAAATGGACAAT-CCGAG-CTAAAACAACAATG
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGCGAAATGGACAATCCCAAGTCTAAAACAACAATA
* * * *
38921 GAAGGAGGGGTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACTAACTGAGCTAATA
66 GAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACTAACTGAGCT-ATA
* * *
38986 TTCCATCTAGTTGAACATTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCA
130 TTCCAGCTAGTTGAACATTCAAACTCCAACCAGTATTGTCA
39027 GT
1 GT
39029 TTGACAGTTT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 25, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 61 0.43
167 4 0.03
168 42 0.29
169 36 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (170 bp):
GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGCGAAATGGACAATCCCAAGTCTAAAACAACAATA
GAAGGAGGGCTTGAACCTCCGACCATGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACTAACTGAGCTATAT
TCCAGCTAGTTGAACATTCAAACTCCAACCAGTATTGTCA
Found at i:39186 original size:388 final size:388
Alignment explanation
Indices: 38470--39247 Score: 1084
Period size: 388 Copynumber: 2.0 Consensus size: 388
38460 TTATATAATT
* * * *
38470 GTATAAATTGGTAATATTTTGAATGTAAATTGGAAATGGACAATTCGAGTTCAAACAAAGCTAGA
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAATGTAAATTGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAAAGATAGA
* *
38535 AGGTGGGCTTGAACCTCCAACCATGTGGTTAATACCCACTCGCACTAACCAACTGAGCTATTCCA
66 AGGAGGGCTTGAACCTCCAACCATGTGGTTAATACCCACACGCACTAACCAACTGAGCTATTCCA
* *
38600 TCTAGTCGAACCTTTAAGCTCCAACCAGTATTTTCAGTTTGACACTTTTACCAACTATGCTAATT
131 TCTAGTCGAACATTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTATGCTAATT
* * *
38665 GTCCATTGAATTTTTTTATATAATTGTATAATTTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGA
196 GACCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGA
* * * * * *
38730 CAATCCCAAGTTTAAAATAACGCTATAAGGTGGGCTTGAACCTTTGACCATGTGGTTAACAGCCA
261 CAATCCCAAGTTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCATGTGGCTAACAGCCA
** * * *
38795 CACGCTCTAAGTAACTGAGCTTTTCTAGCTAGTTGGACCTTCAAACTCCAACCAGTTTTGTCA
326 CACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTCAAACTCCAACCAGTATTGTCA
38858 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAT-TAAA-TGCGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACA-AT
1 GTATAAATTGGTAATATTTTG-AATGTAAATTG-GAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAA-AGAT
* * * * * * * *
38920 GGAAGGAGGGGTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACTAACTGAGCTAAT
63 AGAAGGAGGGCTTGAACCTCCAACCATGTGGTTAATACCCACACGCACTAACCAACTGAGC---T
* * *
38985 ATTCCATCTAGTTGAACATTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACAGTTTTACC-ACTGTG
125 ATTCCATCTAGTCGAACATTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTATG
*
39049 CTAATTGACCATTGATTTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAA-TGAAATGGG
190 CTAATTGACCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT-AAATGGG
* *
39113 AAATGGACAAT-TCAA-TTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGCTA
254 AAATGGACAATCCCAAGTTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCATGTGGCTA
* * * *
39176 GCAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCATCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCGACCAGTAT
319 ACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTCAAACTCCAACCAGTAT
39241 TGTCA
384 TGTCA
39246 GT
1 GT
39248 TTGACACTTT
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 40, Indels: 14
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
387 2 0.01
388 204 0.59
389 8 0.02
390 74 0.22
391 55 0.16
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (388 bp):
GTATAAATTGGTAATATTTTGAATGTAAATTGGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAAAGATAGA
AGGAGGGCTTGAACCTCCAACCATGTGGTTAATACCCACACGCACTAACCAACTGAGCTATTCCA
TCTAGTCGAACATTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTATGCTAATT
GACCATTGAATTTTTTTATATAACTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGA
CAATCCCAAGTTTAAAACAACACTAGAAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCATGTGGCTAACAGCCA
CACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAGTTGGACCTTCAAACTCCAACCAGTATTGTCA
Found at i:39297 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 38858--40928 Score: 1986
Period size: 222 Copynumber: 9.3 Consensus size: 222
38848 AGTTTTGTCA
* * * * ** *
38858 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAATTAAATGCGAAATGGACAATCCGAGCTAAAACAACAATGGA
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCGAGTTAAAACAACGCTAGA
* * * * *
38923 AGGAGGGGTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAATAGCTACACGCTCTAACTAACTGAGCTAATATT
66 AGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGC---TATT
* * * * * * *
38988 CCATCTAGTTGAACATTTAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACAGTTTTACC-ACTGTGCTA
128 CCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATG-ACTA
* *
39052 AT-TGACCATTG---ATTTTTTTTATATAACT
192 ATATG-CCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
* * *
39080 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAA-TGAAATGGGAAATGGACAATTCAATTTAAAACAACACTAG
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT-AAATGGGAAATGGACAATTCGAGTTAAAACAACGCTAG
* *
39144 AAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGCTAGCAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
65 AAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
* *
39209 ATCTAGTTGGACCTTCAAGCTCCGACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATGCACTAAT
130 AACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATG-ACTAAT
39274 ATGCCATTG-AAATTTTCTTTATATAAATT
194 ATGCCATTGAAAATTTTCTTTATAT-AATT
* * * *
39303 -TATAAATTGATATTA-TTTGAAAGTAAAT-GGAAACTGGACAGTTAGAGTTAAAACAACGCTAG
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAA-TGGACAATTCGAGTTAAAACAACGCTAG
* *** * *
39365 AAGAATAACTTTGAACCTCCGATCTTGTGGTTCTAACCTTGTGGTTAAAAGCCACACACTCTAAC
65 AAGGAGGGC-TTGAACCT----TC-----G-----ACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAAC
* * * * *
39430 CAATTGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTAATATTTTT
115 CAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTT
* * *
39495 ACCAACTGAGCTAATA-GTACATTGAAAATTTTCTTTATATTATT
180 ACCAAATGA-CTAATATG-CCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * *
39539 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT-GGAAATGGACAATTTGAGTTCAAACAATGCTATA
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCGAGTTAAAACAACGCTAGA
* * * * *
39603 AGGAGGGCTTGAACCTCCAACATTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCA
66 AGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCA
* * * * * * * * * *
39668 TCTAGTTGAACCTTTAAGCTCCAGCCAATATTGTCAGCTTTTACACTTTTATCAACTGTTCTACT
131 ACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAG-TTTGACACTTTTACCAAATG-ACTAAT
39733 -TGGCCATTG--AA-TTT-TTTATATAATT
194 AT-GCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * * * *
39758 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGTGAAATGGACAATCCAAGTTAAAACAACGCAATA
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCGAGTTAAAACAACGCTAGA
*** * * * * *
39823 AGG-GGGCTTGAACC-TCTGACCAAAT-GTTTACAGCCAC-CACTCTAACTAACTAAGTTATTCC
66 AGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
* * * * *
39884 AGCTAGTTGGACCATCAAGCTCCAACCAGTTTTGTAAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAAT
130 AACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATGA-CTAAT
* *
39949 AGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAACT
194 ATGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * * * * * *
39978 GAATAAATTGATAATATTTTGAAATTAAATGTGAAATTGATAATAT-GAGCTAAAACAACGTTAG
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAAT-TCGAGTTAAAACAACGCTAG
* * * * **
40042 AAGGAGGGCTTTAACCTCCGACCTTATGGTTAACAACCACACGAACTAACCAACTGAGCTATTCC
65 AAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
* * * *
40107 AGCTGGTTGGATCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACC-AATGTGCTAAT
130 AACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATG-ACTAAT
40171 ATGCCATTGAAAA-TTTCTTTATAT-ATT
194 ATGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * *
40198 GTATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAAATGGGAAA-GAACAA-TCTGAGCTAAAACAACGCTA
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT-AAATGGGAAATGGACAATTC-GAGTTAAAACAACGCTA
* * * *
40261 GAAGGAGGGCTTGAACCCTCTG-CCTTGTTGTTAACATCCAAACGCTCTAACCAACTGAGCTATT
64 GAAGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATT
* * * * * * * * * **
40325 CCAGCTAATTTGAACTTTAAGCTCCAACCAATATTTATCAGTTTGGCA-TTTTCACCAACAGGGT
128 CCAACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTA-TTGTCAGTTTGACACTTTT-ACCAA-ATGAC
*
40389 TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
190 TAATATGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * *
40422 GTATAAATTGGTAATATTTTGATAGTAAATGGGAACTGGACAATCCGAGCTAAAACAACGCTAGA
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCGAGTTAAAACAACGCTAGA
* * * * *
40487 AAGAGGGCTTTAACC-TCTGACCCTGTGGTTAACAGCCACAAGCTTTAACCAACTGAGCTATTCC
66 AGGAGGGCTTGAACCTTC-GACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
* ** * * *
40551 AACTAATTGGAATTTTAAGCTCCAACAAGTATTATCAGTTTGACACTTTTACCAACA-GAGCTAA
130 AACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAA-ATGA-CTAA
*
40615 TAGGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
193 TATGCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
* * * *
40645 GTATAAATTGGTAATACTTTGAAAGTAAATGTGAAATGGACAATT-GAAATTAAAACAACACTAG
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCG-AGTTAAAACAACGCTAG
* * ** *
40709 AATGAGGGCTTGAACCTCCGACCTTGTGGTTAA-AATC-CACTCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
65 AAGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCC
*
40772 AACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTG--AC----A-C---TG-GTAATA
130 AACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATGACTAATA
* *
40826 GGCCATTGAAAATTTTCTCTATATAAATT
195 TGCCATTGAAAATTTTCTTTATAT-AATT
* * * * *
40855 -TATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAA-TCAGAGTTAAAATAATGCTAG
1 GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTC-GAGTTAAAACAACGCTAG
*
40918 AAGAAGGGCTT
65 AAGGAGGGCTT
40929 TATACATATT
Statistics
Matches: 1549, Mismatches: 233, Indels: 147
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
208 1 0.00
209 87 0.06
210 5 0.00
211 1 0.00
214 1 0.00
215 1 0.00
216 29 0.02
217 51 0.03
218 14 0.01
219 112 0.07
220 245 0.16
221 155 0.10
222 266 0.17
223 254 0.16
224 133 0.09
225 1 0.00
226 2 0.00
231 1 0.00
232 1 0.00
235 2 0.00
236 113 0.07
237 56 0.04
238 18 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (222 bp):
GTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATTCGAGTTAAAACAACGCTAGA
AGGAGGGCTTGAACCTTCGACCTTGTGGTTAACAGCCACACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCA
ACTAGTTGGACCTTCAAGCTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAAATGACTAATAT
GCCATTGAAAATTTTCTTTATATAATT
Found at i:40637 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 39400--40928 Score: 1648
Period size: 223 Copynumber: 7.0 Consensus size: 223
39390 TGTGGTTCTA
* * * *
39400 ACCTTGTGGTTAAAAGCCACACA-CTCTAACCAATTGAGCTATTCCAACTAATTGGACCTTCAAG
1 ACCTTGTGGTTAACAGCCACA-AGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAACTTCAAG
* * * **
39464 CTCCAACCAGTATTGTCAGTTTAATATTTTTACCAACTGAGCTAATAGTACATTGAAAATTTTCT
65 CTCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCT
* ** *
39529 TTATATTATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAAT-GGAAATGGACAATTTGAGTTCAAA
130 TTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGTTAAAA
* * **
39593 CAATGCTATAAGGAGGGCTTGAACCTCCA
195 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTG
* * * * * *
39622 ACATTGTGGTTAATAGCCACACGCTCTAACCAACTAAGCTATTCCATCTAGTT-GAACCTTTAAG
1 ACCTTGTGGTTAACAGCCACAAGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAA-CTTCAAG
* * * * ** * *
39686 CTCCAGCCAATATTGTCAGCTTTTACACTTTTATCAACTGTTCTACTTGGCCATTG--AA-TTT-
65 CTCCAACCAGTATTGTCAG-TTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTC
* * *
39747 TTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGCAAATGTGAAATGGACAATCCAAGTTAAA
129 TTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGTTAAA
* *
39812 ACAACGCAATAAGG-GGGCTTGAACCTCTG
194 ACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTG
*** * * * * * * * *
39841 ACCAAAT-GTTTACAGCCACCA-CTCTAACTAACTAAGTTATTCCAGCTAGTTGGACCATCAAGC
1 ACCTTGTGGTTAACAGCCACAAGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAACTTCAAGC
* *
39904 TCCAACCAGTTTTGTAAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTT
66 TCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTT
* * * * * * * ** *
39969 TATATAACTGAATAAATTGATAATATTTTGAAATTAAATGTGAAATTGATAATATGAGCTAAAAC
131 TATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGTTAAAAC
* * *
40034 AACGTTAGAAGGAGGGCTTTAACCTCCG
196 AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTG
* * * ** * * *
40062 ACCTTATGGTTAACAACCACACGAACTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTGGTTGGATCTTCAAGC
1 ACCTTGTGGTTAACAGCCACAAGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAACTTCAAGC
* *
40127 TCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAA-TGTGCTAATATGCCATTGAAAA-TTTCTT
66 TCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTT
* * * * *
40190 TATAT-ATTGTATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAAATGGGAAA-GAACAATCTGAGCTAAAA
131 TATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGT-AAATGGGAAATGGACAATCCGAGTTAAAA
40253 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCCTCTG
195 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAA-CCTCTG
* * * * * *
40283 -CCTTGTTGTTAACATCCA-AACGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAGCTAATTTGAACTTTAAG
1 ACCTTGTGGTTAACAGCCACAA-GCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAACTTCAAG
* * * * * *
40346 CTCCAACCAATATTTATCAGTTTGGCA-TTTTCACCAACAGGGTTAATAGGCCATTGAAAATTTT
65 CTCCAACCAGTA-TTGTCAGTTTGACACTTTT-ACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTT
* * *
40410 CTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGATAGTAAATGGGAACTGGACAATCCGAGCTAA
128 CTTTATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGTTAA
* *
40475 AACAACGCTAGAAAGAGGGCTTTAACCTCTG
193 AACAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTG
* * * * *
40506 ACCCTGTGGTTAACAGCCACAAGCTTTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAATTGGAATTTTAAGC
1 ACCTTGTGGTTAACAGCCACAAGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAACTTCAAGC
* * *
40571 TCCAACAAGTATTATCAGTTTGACACTTTTACCAACAGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTT
66 TCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTT
* * * *
40636 TATATAATTGTATAAATTGGTAATACTTTGAAAGTAAATGTGAAATGGACAAT-TGAAATTAAAA
131 TATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCG-AGTTAAAA
* * *
40700 CAACACTAGAATGAGGGCTTGAACCTCCG
195 CAACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTG
* * * *
40729 ACCTTGTGGTTAAAATCCAC--TCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGACCTTCAAGC
1 ACCTTGTGGTTAACAGCCACAAGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAACTTCAAGC
*
40792 TCCAACCAGTATTGTCAGTTTG--------A-C-ACTG-G-TAATAGGCCATTGAAAATTTTCTC
66 TCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTT
* * * *
40845 TATATAAATT-TATAAATTGATATTATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGAACAATCAGAGTTAAAA
131 TATAT-AATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGTTAAAA
* * *
40909 TAATGCTAGAAGAAGGGCTT
195 CAACGCTAGAAGGAGGGCTT
40929 TATACATATT
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 176, Indels: 67
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
209 88 0.08
210 6 0.01
211 3 0.00
212 1 0.00
213 1 0.00
216 30 0.03
217 47 0.04
218 14 0.01
219 59 0.05
220 223 0.20
221 121 0.11
222 117 0.11
223 262 0.24
224 130 0.12
225 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
ACCTTGTGGTTAACAGCCACAAGCTCTAACCAACTGAGCTATTCCAACTAGTTGGAACTTCAAGC
TCCAACCAGTATTGTCAGTTTGACACTTTTACCAACTGAGCTAATAGGCCATTGAAAATTTTCTT
TATATAATTGTATAAATTGGTAATATTTTGAAAGTAAATGGGAAATGGACAATCCGAGTTAAAAC
AACGCTAGAAGGAGGGCTTGAACCTCTG
Done.