Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01003877.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008353_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1853 original size:217 final size:221
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Period size: 217 Copynumber: 9.6 Consensus size: 221
14 ATTCACTGAG
* * * * * * * * * *
24 TTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATAATGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAACTGGAATAAACT
1 TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAAT-AGCT
* * * * * * *
89 CTGCTGGTTAGCGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGGTTC-AGCCCTCCTTCTAGCGTTA
65 CAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
** * * * * *
153 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA-GATCTAA
130 TTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATT-TACTTTCAAAATATTACCAATTTATACATTATATAA
* **
217 TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC-A
194 AGAAAA-TTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
* * * * * *
245 GTTCGT-AAAGTGTCAAACT-ACTAATATTTGTTGGACCTT--AGATCCAACTAGCTGGAATAGC
1 -TTGGTAAAAGTTTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGC
** * * * ** *
306 TCATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACTAGGTCAGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTAGCGTT
64 TCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTT
* * *
371 GTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATA
129 GTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA-TTATATA
* ** *
436 AA-AAAAATTCAATAGAATATTAGCTCTT
193 AAGAAAATTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
* * * * *
464 TTGGTAAAATTTTCAAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCT
1 TTGGTAAAAGTTTC-AAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT
* * * *
529 CTG-TGGATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTGG
65 CAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *
593 TTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTT-AAAATATTACCAA-TT-TACA--ATATAAA
130 TTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACATTATATAAA
* *
653 GAAAATTTTCAATGGCCTACTAG--CTA
195 GAAAA-TTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
** *
679 TTGGT-AAA--TTCAAACTGATAATGTTGG-TGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * *
740 A-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGATGTACAAGCCCTCC-TCTAGCGTTGT
66 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
*
803 TTTAGCTCGGATTGTCCATTT---ATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACATTATATAAA-
131 TTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACATTATATAAAG
** * *
864 AAAA-TTCAATATTCTACTAGCTCTG
196 AAAATTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
* * * * * *
889 TTGGTAATATTTTCCAACTGATAATACT-GTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGC-GGAATAGCTT
1 TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGC-T
* * * * * *
952 ATAGATGGTTA-TGC--GTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGTT
65 -CAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTT
* * * *
1014 GTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT--CACTTTATTCAGTTATAT
129 GTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA-TTATA-
* * * *
1077 TAAAAAAAAATTCAATTGCCTATT-GCTCAA
191 TAAAGAAAATTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
* * * * *
1107 TTGGTAAAAGTGTCAAAC-GACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCATCTAG-TAGAATA-CTC
1 TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT-
* * * * * *
1169 CA-ATTGGTTAGAGCAT-TGGCTTTTAACCGCAAGGTC-G-GGTTCAAAACCCTGCTT-TAGCGA
65 CAGA-TGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCGT
* * * * * *
1229 TGTTTTTAACT-TGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCACAACAATACCAATTTATACAGTTATA
128 TG-TTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA-TTATA
*
1293 TAAAGAAAAGTTTCAA-ACGCCTATTAGCAC-A
191 TAAAGAAAA-TTTCAATA-GCCTATTAGCTCTA
* * * * * * *
1324 TTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTAAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCC
1 -TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT
* * * * * *
1389 CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCAAAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTG-TG
65 CAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
** * * *
1452 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAC-ATTATATAA
* *
1517 AGAAAATTTCAAT-GCCTAATAGCTCTG
194 AGAAAATTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
* * * *
1544 TTGGTAAAA-TTGTCAAACTGATAATACT-ATTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATTGCT
1 TTGGTAAAAGTT-TCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT
* * * * ** * *
1607 CAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTTGGAGGTACAAGCCCTCCTTCTAGCATTG
65 CAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *
1672 TTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTATATA-ATTATAT-A
130 TTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATT-TATACATTATATAA
* * *
1735 A-AAAATTAT-AATAG-ATATTAACTCTG
194 AGAAAATT-TCAATAGCCTATTAGCTCTA
*
1761 TTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
1 TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
** * * *
1825 AGATGGTTAGATAGTTTGGCTCTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
66 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
* *
1890 TTTAGCTCGGATTGACCATTTCCAATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAA
131 TTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA-TTATATAA
* *
1954 AGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAA
194 AGAAAA-TTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
* * * * * * *
1983 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACGAGTTGGAATAGGTC
1 TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT-
* * ** *
2048 CA-ATTGGTTAGAGCATTTGGCCT-TTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAG-CC-CCTTCTAGC
65 CAGA-TGGTTAGAGCGTGTGG-CTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC
2108 TCAGTTGGTT
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 258, Indels: 163
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
206 9 0.01
207 12 0.01
208 15 0.01
209 33 0.02
210 85 0.06
211 23 0.02
212 44 0.03
213 64 0.04
214 6 0.00
215 32 0.02
216 95 0.06
217 231 0.15
218 230 0.15
219 177 0.12
220 130 0.09
221 188 0.12
222 51 0.03
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224 36 0.02
225 5 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (221 bp):
TTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
TTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACATTATATAAAG
AAAATTTCAATAGCCTATTAGCTCTA
Found at i:2869 original size:38 final size:41
Alignment explanation
Indices: 2791--2874 Score: 104
Period size: 42 Copynumber: 2.1 Consensus size: 41
2781 TAAATATTAA
* *
2791 TATTTTTTTTTTAAATAAATTATTAATAATATTATATTATG
1 TATTTTTTTTATAAATAAAATATTAATAATATTATATTATG
*
2832 TATTATTTTTTATAAA-AAAATA-TAGTAATATT-T-TTATG
1 TATT-TTTTTTATAAATAAAATATTAATAATATTATATTATG
2870 TATTT
1 TATTT
2875 AAGGTTCAAG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 6
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.03
38 9 0.23
39 1 0.03
40 9 0.23
41 9 0.23
42 10 0.26
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.04, T:0.57
Consensus pattern (41 bp):
TATTTTTTTTATAAATAAAATATTAATAATATTATATTATG
Found at i:5369 original size:224 final size:222
Alignment explanation
Indices: 4830--6712 Score: 1913
Period size: 224 Copynumber: 8.5 Consensus size: 222
4820 GCCTATTAGC
* *
4830 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
* * * * * *
4895 AGA--GAGTGGATTTTAACCACAAGGTCGGAGGATCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTT
66 AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT
** * * * *
4958 CAATTGTACATGTCACATTTACTTTCAAAGTATTACCAATTTATACAATT-TATAAAGAAAATTT
131 GGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-TT
5022 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
195 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * * * *
5050 AGTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCTTAAAATTCCAATTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
* * * * * * **
5115 AAAGCGTGTGGCTGTTAACCACAGGGTCAGAGGTTAAAGCCCTCCTTCTAGCGTGGTTTTAGTTT
66 AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT
* *
5180 GGATTGTCCAGTTCCCATTTACTATCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTT
131 GGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-TT
*
5245 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTGAA
195 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * * * *
5273 AGTGTCAAACTGATAAATATTGGTTAGAGCTTAAAGTTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGT
1 AGTGTCAAACTGA-CAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * * *
5338 TAGAGCGTTTGGATCTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCTTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCT
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT
** * * *
5403 CAGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATATCAATTTATACGATTATATAAAGAAAATT
130 TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-T
* * *
5468 TTCAATGGCATATTACCATAT-TTGGTAAA
194 TTCAATGGCCTATTAGC-TCTGTTGGTAAA
* * * *
5497 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGATCCAACCA-ACTGGAAAAG--C--TTGGT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGA-TGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * *
5557 TAGAGCTTGTGGTTATTAACCATAAGGTCGGATGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCT
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT
* * * * * *
5622 GGGATTTGTCCATTTCACATTTAATTTCAAAATATTACCAATTCATTCAGTTATATAAAGAAAAT
130 TGGA-TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-
* * **
5687 TTTTAATGGCCTACTAGCTCAATTGGTAAA
193 TTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * * * * * *
5717 AGTGTCAAACTTACAAAACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTAGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
* *** * * * *
5782 AGAGCGTGTGGCTGTTAACCATGTGGTCAGAGGTTCAAGCCCACCTTATTGCGTTGTTTTAACTT
66 AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT
* *
5847 GGATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATAT-AA-AAAA-TT
131 GGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTT
* * * *
5909 CAATGG-CTAAGTAGCACAGTTGATAAA
196 CAATGGCCT-ATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * *
5936 AGTGT-AAAGTTGACAATATTGGTTGGAGCTTAAAGCT-CAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
1 AGTGTCAAA-CTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * * *
5999 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAATGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCTTTGTTTGAACA
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT
*** * * *
6064 CAAATTATCCATTT-CAATTTAGTTTCAAAATATTACCAATTTAT--AATTATATAAAGAAAATT
130 TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
*
6126 TCAATGTCCTATTAGCT-TAGTTGGTAAA
195 TCAATGGCCTATTAGCTCT-GTTGGTAAA
* * * * * * * * *
6154 AATATTAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAATTAGTTGGAATAACTCAATTGGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
* *** *
6219 AGAGCGCT-TGGCTTTTAACCACAAGGTTAGAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAAGTTATTCTTCT
66 AGAGCG-TGTGGC---T-------A--TT--AACCACAAGGTCGGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* *
6283 AGCGTTGTTTTAACTCT-GACTT-TCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATATCAATTTATA-A
115 AGCGTTGTTTTAACT-TGGA-TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA
*
6344 ATTTATATAAAGAAAATTTCAATGGCATATTAG-TACAT-TTGGTAAA
178 A-TTATATAAAGAAAATTTCAATGGCCTATTAGCT-C-TGTTGGTAAA
* * * * *
6390 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTCGGAGCTTGAAGGTT-CAACTAGATAGAATAACTCAGTTAGT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT-AAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * *
6454 TAGAGCGTATGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTTTTTTTAAA
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCG-TTGTTTTAAC
* *
6519 TTGAATTGTCCATTTCCCATTTGA-TTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA
129 TTGGATTGTCCATTTCCCATTT-ACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA
* * * *
6582 -TTAAATGGCCAATTAGCACAG-TGGTAAA
193 TTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
*
6610 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAATTGTT-CAACTAGATGGAATATTAGCTCAGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAA-AGTTCCAACTAGATGG-A-A-TAGCTCAGTT
* * *
6674 GGTTATAACGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTT
62 GGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTT
6713 GTAACATCCC
Statistics
Matches: 1386, Mismatches: 217, Indels: 117
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
215 7 0.01
216 2 0.00
217 31 0.02
218 139 0.10
219 152 0.11
220 233 0.17
221 35 0.03
222 148 0.11
223 198 0.14
224 259 0.19
225 2 0.00
229 1 0.00
231 2 0.00
233 18 0.01
234 43 0.03
235 16 0.01
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237 3 0.00
238 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (222 bp):
AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT
GGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTT
CAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
Found at i:8335 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 8296--8420 Score: 180
Period size: 31 Copynumber: 4.0 Consensus size: 31
8286 AGGGTCGAGG
*
8296 GTTTACCTATGTTCTTTGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
* *
8327 ATTTACCTATGTTCTTCGGGACATAGGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
8358 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
* * *
8389 GTTTACTTAGGTTCTTCGGAATC-TATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGA-CATATGGACT
8420 G
1 G
8421 GTCCTTCGGG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 8, Indels: 2
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 84 0.99
32 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.18, G:0.23, T:0.39
Consensus pattern (31 bp):
GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
Found at i:11580 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11554--11609 Score: 112
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
11544 TCTGGGCAAA
11554 GTGCATCGATGCATATTCATT
1 GTGCATCGATGCATATTCATT
11575 GTGCATCGATGCATATTCATT
1 GTGCATCGATGCATATTCATT
11596 GTGCATCGATGCAT
1 GTGCATCGATGCAT
11610 CAAGGTTAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 35 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.21, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
GTGCATCGATGCATATTCATT
Found at i:12575 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 12455--12579 Score: 207
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
12445 AGGGTCGAGG
* **
12455 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACTGTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACTGTTTACCTAGGTTCTTCGAAACATATGGACT
12517 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACTGTTTACCTAGGTTCTTCGAAATC-TATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACTGTTTACCTAGGTTCTTCGAAA-CATATGGACT
12579 G
1 G
12580 GTCCTTCGGG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 3, Indels: 2
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
62 58 0.98
63 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (62 bp):
GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACTGTTTACCTAGGTTCTTCGAAACATATGGACT
Found at i:12579 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 12455--12565 Score: 213
Period size: 31 Copynumber: 3.6 Consensus size: 31
12445 AGGGTCGAGG
12455 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
12486 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
12517 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
*
12548 GTTTACCTAGGTTCTTCG
1 GTTTACCTATGTTCTTCG
12566 AAATCTATGG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 79 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.20, G:0.23, T:0.40
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GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
Found at i:14233 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 13251--19683 Score: 6735
Period size: 223 Copynumber: 28.9 Consensus size: 223
13241 TTTAGCTCGG
* * ** * *
13251 ATTGTCCATTTCGCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACCGTTATTTAAACAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
13316 AATGGCTTATTAGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAAAACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
** * * *
13381 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTACTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACATGGTCAGAGGTTCAAG
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
* * * * *
13446 CCCACCTTATAGCATTGTTTTAACTTGG
196 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* *
13474 ATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAAATTATACAATTATATAAA-AAAA--TTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
13536 AATGGACAATTAG-T-ATAGTTGGTACAAGTGTCAAACTGAAAATACTTGTTGGAGCTTAAAGGT
66 AATGGCCTATTAGCTCAT--TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGT
* ** * * *
13599 TCAACTAGAGGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACATGGTTGGAGGTTCA
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* * * * *
13664 AGCCCACCTTCTAGCTTTGTTTGAACTCGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* *
13694 ATTGTCCATTTCCAATTTACATTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* ** * * *
13759 AATGACCTATTAGCTCAGCTGGTAAAAATGTTAAACTGACAATACTGGTTGGAGATTGAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* * * * * * * *
13824 AATTAGTTTGAATAGCTAAATTGGTTAGAGCGT-TAGGCTGTTACCCACAAGGTCAGAGGTTTAA
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGG-TTCA
* * *
13888 AGCCCTTCTTTTAGCGTTGTTTTAACTCTG-
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGA
* * * * *
13918 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCCAAATAATATCAATTTATA-AGATTATATAACGAATATTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA-ATTATATAAAGAAAATTTT
* * * *
13982 CAATGGCCTATTTGCACATTTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATATTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* **
14047 AAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTCACTGTTAACCACAAGG-CTGGAGGTTCA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC-GGAGGTTCA
* * *
14111 CGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAATTTGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* *
14141 ATTGTCTATTTCCCACTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * *
14206 AAAGTCCTATTAGCTC-TATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTAGGAGCTTAAAGTTA
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * *
14270 CAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACATGGTCAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* ** *
14335 GCCCTCTTTCTAGCGTTGTTTT-AGCTCA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * * * *
14363 GATTGTCTATTTCCCATTTAATTTCAAAGTATTTCCAGTTTATATAATTATATAAAGTAAA-TTT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * **
14427 CAATAGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTAAGCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * *
14492 CAACTAGCTGAAATAACTCAATTAGTTAGAGCGTGT-GCTTCTTAACCACAAGTTTGGAGTTTCA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-TGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
*
14556 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTT-ATCTCTCGG
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAT-T-T-GA
* ** * * *
14588 ATTGTCTATTTCGTATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAACTTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
14653 AATAGCCTACTAGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAAAACTGGTTGGAGCTTGATA-GTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGA-AGGTC
* * ** * * * * **
14717 CAACTATCTGGAATAGTTCAGTTACTTAGTGCGTGTGGCCGTTAACCATATGGTTAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * * * *
14782 GCCCACCTTATAGTGTTGTTTTAACTTGT
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * *
14811 ATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTGAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA--TTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * *
14873 AATGGCCAATTAGCAT-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTGGAACATAAAGGTT
66 AATGGCCTATTAGC-TCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * **
14937 CAACTAGATGGAATAGCTCTGTTGGTTAAAGCGTGTGTCTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * * *
15002 GCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTGAACTCGA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
**
15031 ATTGTCCATTTCTGATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
15096 ATTGGCCAATTAGCTCATTTGGTAAAAATGTCAATAC-GAAAATACTGGTTGGAGCTAGAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAA-ACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * *
15160 CAATTTGTTAGAGTAGCTTAATTGGTTAGAGCGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC-A
* * * *
15225 AGCCCTTCTTCTATCATTGTTTTAAGTCTG-
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGA
* * *
15255 ATTGTCCATTTCCCATTTACATTC-AAATAATATCAATTTATA-AATT-TATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * *
15317 AATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACCGGTTTGA-CATTGAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TTGAAGGTC
* * * * * * * * * *
15381 CAACTACCTAGAATAACACAGCTGGTTAGAACGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGCGGCTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
15446 ACCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATATGA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * **
15475 ATTATCCATTTCCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAAATTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * *
15540 AATGTCCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * **
15604 CAACTAGATGCAATAGCTCAATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTATCCACAAGGTTGGAATTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
15669 GCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTTGG
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* *
15698 ATTGCCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAA-T-TATAAAG-AAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* ** *
15759 AATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTAACAAACTGACAATATTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* *
15824 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCATAAGG-CTGGAGGTTCAC
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC-GGAGGTTCA-
* *
15888 A-CCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAATTTGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
15917 ATTGTCTATTTTCCATTTACTTTCAAAATAATATCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
15982 AAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* * * *
16047 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACATGCTCAGAGGTTCAAG
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
* * * ** *
16112 CCTTCTTTCTAGCGTTGCTTT-AGCTCA
196 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * * *
16139 GATTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTTCCAGTTT-TATAGTTATATAAAGTAAA-TTT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * ** * ** *
16202 CAATAGCCTATGAGAACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTAAGATTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * ** * * * *
16267 CAACTAGATGGAATAACTCAATTAGTTAGAGCGTGTGTTTCTTAACCACAAGTTTGGAGTTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
16332 GCCCTCCTTCTTGCGTTGTTTT-ATCTCGG
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAT-TTGA
* * * *
16361 ATTGTCCATTTCGCATTTAATTTCAATATATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
16426 AATGGCCTACTAGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAAAACTAGTTGGAGCTTGATA-GTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGA-AGGTC
* * *** * * **
16490 CAACTATCTGGAATAGTTCAGTTACCTAGAGCGTGTGGCCGTTAACCACATGGTTAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * * *
16555 GCCCACCTTATAGCGTTGTTTTAACTTGG
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * * *
16584 ATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTGAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAAA-AAAA-ATTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * *
16647 AATGGCCAATTAGCAT-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTGGAACTT-AGAGGT
66 AATGGCCTATTAGC-TCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGA-AGGT
* * * * * * *
16710 TCAACTAGATGTAATAGATCAGTTGGTTAAAGCGTGTGTCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCA
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* * * * *
16775 AGCCCTCATTCTAGCTTTGTTTGAACTCGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
*
16805 ATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * *
16870 AATGGACTATTAGCTCATTTGGTAAAAATGTCAATAC-GAAAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAA-ACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * *
16934 CAATTTGTTGGAGTAGCTTAATTGGTTAGAACGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC-A
* * *
16999 AGCCCTTCTTCTAGCATTGTTTTAAATCTG-
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTT-AATTTGA
* *
17029 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATATCAATTTATA-AATTTATATAAAGAAAATTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA-TTATATAAAGAAAATTTT
* * * * *
17092 CAATAGCCTATTAACACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGACCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* *** * * * *
17157 CAACTAGCTAGAATAAAACAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGTGGTTGAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* *
17222 GCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATATGA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
17251 ATTATCCATTTCCCATTTTCGTTCAAAATATTACAAATTTATACAATTATATAAAGAAAAATTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * *
17316 AAT--CCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
** * * * **
17378 CAACTATATGCAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAAATTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
17443 GCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAACTTGA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * *
17472 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAATGAAAATTTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
17537 AATGGCATATTGGCTCAGTTGGTAAAAGTCTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCA
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* * ** *
17602 AACTAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGAACAGAGGTTCAAG
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
* *
17666 CCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGA
196 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * *
17694 TTTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACAAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * *
17759 AAT-GCCGTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGT
66 AATGGCC-TATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGT
* * **
17822 CCAACTAGATGGAATAGCTCATTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTT
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* *
17887 AGCCATCCTTCTAGCATTGTTTTAATTTGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
*
17917 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
17982 AATGCCCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTC-AACTTGACAACACTGGTTGGAACTTAAAGGT
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAAC-TGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGT
* * *
18045 CCAACTATTCCAACCAGTTGGAATAGCTCAGTCGGTTAGAGCATGTGGCTGTTAACCACAAGGTC
129 CCAAC---T------AGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC
* * * *
18110 AGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGCATTGTTTTAATTTGA
185 GGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * *
18149 ATTCTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAACAAAA-TTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * *
18213 AATGGCCT-TCTAGCTC--TTGGTAGAA-TTTCAAACTGATAATGCTGGTTCGAGCTTAAAGGTT
66 AATGGCCTAT-TAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * *
18274 CAACTAGTTAGAATAACTCAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAAACATAAGTTCGGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
** *
18339 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTT-AGCTCA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
18367 GATTTTCTATTTCTCGTTTACTTTC-AAA-A-TACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAA-ATT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
** * * * * * **
18427 CAATGTTCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAAATTTCAAA-TCGATAATGCTGGTTGGCGCTAAAAGG
65 CAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACT-GACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGG
* * * *
18490 TTCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGATGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC
128 TCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC
* ** ** * *
18555 AAGCCCTCATTCTAGAATTGTTTTAGCTCGG
193 AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* ** * * * * *
18586 ATTGACTGTTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CAAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * * *
18650 CAATTGCCTATTCGCTCAATTGGTAATAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * * *
18715 CATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGATTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTC
130 CAACTAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC
* **
18779 AAAGCCCTGCTT-TAGCAATGTTTTAACTTT-A
193 -AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGA
* * * *
18810 ATTATCCATTTTCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * * *
18875 AAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGAGTTAAACTGAAAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* *
18940 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAG
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
* *
19004 CCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGA
196 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
19032 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
19097 AATGGCCTAATAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAAATGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * * *
19161 CAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCATGTGGTTGTTAACCACAAGTTCTGAGGTACAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* ** *
19226 GCCCTCCTTCTAGCATTGTTTT-AGCTCA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * *
19254 GATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATAT-AA-AAAATTAT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * * * * * * * *
19317 -AATAGACTATTAACT--TGTTGGTAAAATTTTCAACCTGATAATACCGGTTGGAGCTTAAAGAT
65 CAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGT
* * * * * *
19379 CCAACTAGATAGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCA
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* ** * *
19444 AGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGG
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
19474 ATTGACCATTTCCCATATACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATATAGTTATATAAAGAAAAGTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * *
19538 CAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGCTGGAGCTTGATGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * ** **
19603 CAACGAG-TAGGAATAGGTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCAAGGTTC
130 CAACTAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC
19667 AAAGCCCTCCTTCTAGC
193 -AAGCCCTCCTTCTAGC
19684 TCAGTTGGTT
Statistics
Matches: 5174, Mismatches: 907, Indels: 256
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
215 19 0.00
216 24 0.00
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** * * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * *
13476 TGTCCATTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAAATTATACAATTATATAAA-AAAA--TTCAA
259 TGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAA
* * * * * * * * *
13538 TGGACAATTAGTATAGTTGGTACAAGTGTCAAACTGAAAATACTTGTTGGAGCTTAAAGGTTCAA
323 TGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAA
** * * * *
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* * * * *
13660 TTCAAGCCCACCTTCTAGCT-TTGTTTGAACTCGAATTGTCCATTTCCAATTTACATTCAAAATA
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAG-TGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* ** *
13724 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGACCTATTAGCTCAGCTGGTAAAAATG
64 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTG
* * * * * * *
13789 TTAAACTGACAATACTGGTTGGAGATTGAAGGTCCAATTAGTTTGAATAGCTAAATTGGTTAGAG
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* * * * *
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* * *
13918 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCCAAATAATATCAATTTATA-AGATTATATAACGAATATTTT
257 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTT-CAAATAATACCAATTTATACA-ATTATATAAAGAAAATTTT
* * * *
13982 CAATGGCCTATTTGCACATTTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATATTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
320 CAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
* ***
14047 AAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTCACTGTTAACCACAAGG-CTGGAGG
385 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTC-GGAGG
* * * *
14107 TTCACGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCTATTTCCCACTTACTTTCAAAATAT
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* *
14172 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAAAGTCCTATTAGCTC-TATTGGTAAAAGTG
65 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTG
* * * *
14236 TCAAACTGATAATACTGGTAGGAGCTTA-AAGTTACAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * *
14300 GCGTGTGGCTGTTAACCACATGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCAGA
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTGA
* * * * * * *
14365 TTGTCTATTTCCCATTTAATTTCAAAGTATTTCCAGTTTATATAATTATATAAAGTAAA-TTTCA
258 TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAA-TAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCA
* ** *
14429 ATAGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTAAGCTTGAAGGTCCA
322 ATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA
* * * * * * * * *
14494 ACTAGCTGAAATAACTCAATTAGTTAGAGCGTGTGCTTCTTAACCACAAGTTTGGAGT
387 ACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* * * * ** *
14552 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTATCTCTCGGATTGTCTATTTCGTATTTAATTTCAAAAT
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTA-AT-T-GAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT
* * * * *
14617 ATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAACTTTTCAATAGCCTACTAGCTCAGTTGGTAAAAGT
63 ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGT
* * * * * * * **
14682 TTCAAACTGATAAAACTGGTTGGAGCTTGATA-GTCCAACTATCTGGAATAGTTCAGTTACTTAG
128 GTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTAGA-AGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAG
* * * * * * * **
14746 TGCGTGTGGCCGTTAACCATATGGTTAGAGGTTCAAGCCCACCTTATAGTGTTGTTTTAACT-TG
192 AGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTG
* * * * *
14810 TATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTGAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA--TT
257 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTT-CAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * * * * *
14872 CAATGGCCAATTAGCATAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTGGAACATAAAGGTT
320 CAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
* * * **
14937 CAACTAGATGGAATAGCTCTGTTGGTTAAAGCGTGT-GTCTGTTAACCACAAGGTTAGAGG
385 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGT-TGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* * **
14997 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCT-TTGTTTGAACTCGAATTGTCCATTTCTGATTTACTTTCAAAATA
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAG-TGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* * *
15061 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCATTGGCCAATTAGCTCATTTGGTAAAAATG
64 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTG
* * * * * * *
15126 TCAATAC-GAAAATACTGGTTGGAGCTAGAAGGTCCAATTTGTTAGAGTAGCTTAATTGGTTAGA
129 TCAA-ACTGACAATACTGGTTGGAGCTAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * *
15190 GCGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAAGCCCTTCTTCTATCATTGTTTTAAGTCTG
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTG
* *
15255 ATTGTCCATTTCCCATTTACATTCAAATAATATCAATTTATA-AATT-TATAAAGAAAATTTTCA
257 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCA
* * * *
15318 ATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACCGGTTTGA-CATTGAAGGTCC
322 ATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TTAAAGGTCC
* * * * * * * *
15382 AACTACCTAGAATAACACAGCTGGTTAGAACGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGCGG
386 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* * * *
15441 CTCAAACCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATATGAATTATCCATTTCCCATTTTCTTTCAAAATAT
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAAT-TGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
** * * *
15506 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAAATTCAATGTCCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTT
65 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTG
* * * *
15570 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA-AAGGTCCAACTAGATGCAATAGCTCAATTGGTTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * ** **
15634 GCGTGTGGCTATTATCCACAAGGTTGGAATTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACT-TGG
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCT-G
*
15698 ATTGCCCATTTCCCATTTACTTTCAAATAATACCAATTTATACAA-T-TATAAAG-AAATTTTCA
257 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCA
** * *
15760 ATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTAACAAACTGACAATATTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCA
322 ATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA
*
15825 ACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCATAAGG-CTGGAGG
387 ACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTC-GGAGG
* * *
15883 TTCACA-CCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCTATTTTCCATTTACTTTCAAAATA
1 TTCA-AGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* * * * * *
15947 ATATCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTG
64 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTG
* *
16012 TCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTA-AAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * * * * * *
16076 GTGTGTGGCTGTTAACCACATGCTCAGAGGTTCAAGCCTTCTTTCTAGCGTTGCTTTAGCTCAGA
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTGA
* * * * * * *
16141 TTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTTCCAGTTT-TATAGTTATATAAAGTAAA-TTTCA
258 TTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCA
* * * * ** * *
16204 ATAGCCTATGAGAACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTAAGATTGAAGGTCCA
322 ATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA
* * * * * * * * *
16269 ACTAGATGGAATAACTCAATTAGTTAGAGCGTGTGTTTCTTAACCACAAGTTTGGAGT
387 ACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* * * * * *
16327 TTCAAGCCCTCCTTCTTGCGTTGTTTT-ATCTCGGATTGTCCATTTCGCATTTAATTTCAATATA
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAAT-T-GAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* * * *
16391 TTACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACTAGCTTAGTTGGTAAAAGTG
64 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTG
* * * * * * ***
16456 TCAAACTGACAAAACTAGTTGGAGCTTGATA-GTCCAACTATCTGGAATAGTTCAGTTACCTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTAGA-AGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * * *
16520 GCGTGTGGCCGTTAACCACATGGTTAGAGGTTCAAGCCCACCTTATAGCGTTGTTTTAACT-TGG
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCT-G
* * * * * * *
16584 ATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTGAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAAA-AAAA-ATTC
257 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTT-CAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * *
16647 AATGGCCAATTAGCATAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTGGAACTTAGAGGTTC
321 AATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * * * *
16712 AACTAGATGTAATAGATCAGTTGGTTAAAGCGTGT-GTCTGTTAACCACAAGGTTGGAGG
386 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGT-TGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* * * *
16771 TTCAAGCCCTCATTCTAGCT-TTGTTTGAACTCGAATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAAATA
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAG-TGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* *
16835 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGACTATTAGCTCATTTGGTAAAAATG
64 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTG
* * * * * * *
16900 TCAATAC-GAAAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAATTTGTTGGAGTAGCTTAATTGGTTAGA
129 TCAA-ACTGACAATACTGGTTGGAGCTAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * *
16964 ACGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAAGCCCTTCTTCTAGCATTGTTTTAAATCTG
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTG
*
17029 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAATAATATCAATTTATA-AATTTATATAAAGAAAATTTTC
257 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAATAATACCAATTTATACAA-TTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
17093 AATAGCCTATTAACACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGACCTTGAAGGTCC
321 AATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* *** * *
17158 AACTAGCTAGAATAAAACAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGTGG
386 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* * * *
17217 TTGAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATATGAATTATCCATTTCCCATTTTCGTTCAAAATAT
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAAT-TGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* * * *
17282 TACAAATTTATACAATTATATAAAGAAAAATTTCAAT--CCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTT
65 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTG
* ** *
17344 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA-AAGGTCCAACTATATGCAATAGCTCAGTTGGTTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* ** *
17408 GCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC-GAAATTTCAAGCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAACT-TG
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTG
*
17471 AATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAATGAAAATTTT
257 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * * * *
17536 TAATGGCATATTGGCTCAGTTGGTAAAAGTCTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
320 CAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
* * ** ** *
17601 AAACTAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-CATTAACCACAAGAACAGAGG
385 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* *
17660 TTCAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGATTTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* * *
17725 TACAAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATCAAT-GCCGTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGT
65 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCC-TATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGT
* * * *
17788 TTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA-AAGGTCCAACTAGATGGAATAGCTCATTTGGTTAG
128 GTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAG
* ** * *
17852 AGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTTAGCCATCCTTCTAGCATTGTTTTAA-TTTG
192 AGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTG
* *
17916 AATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGGAAAATTTT
257 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * * * *
17981 CAATGCCCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTC-AACTTGACAACACTGGTTGGAACTTAAAGG
320 CAATGGCCTATTAGCACAT-TTGGTAAAAGTGTCAAAC-TGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGG
* * * *
18044 TCCAACTATTCCAACCAGTTGGAATAGCTCAGTCGGTTAGAGCATGTGGCTGTTAACCACAAGGT
383 TCCAAC---T------AGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGT
*
18109 CAGAGG
439 CGGAGG
* * ** *
18115 TTTAAGCCCTTCTTCTAGCATTGTTTTAATTTGAATTCTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* * * *
18180 TACCAATTTATATAATTATATAAACAAAA-TTTCAATGGCCT-TCTAGCTC--TTGGTAGAA-TT
65 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAT-TAGCTCATTTGGTAAAAGTG
* * * * * * * *
18240 TCAAACTGATAATGCTGGTTCGAGCTTA-AAGGTTCAACTAGTTAGAATAACTCAGTTGGTTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * * * * *
18304 GTGTGTGGCTGTTAAACATAAGTTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCAGA
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTGA
* * * * *
18369 TTTTCTATTTCTCGTTTACTTTC-AA-AATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAA-ATTCAA
258 TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAA
** * * * * * * * *
18430 TGTTCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAAATTTCAAA-TCGATAATGCTGGTTGGCGCTAAAAGGTTC
323 TGGCCTATTAGCACAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACT-GACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * *
18493 AACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGATGTTAACCACAAGGTCGGAGG
386 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* ** * * * * ** *
18552 TTCAAGCCCTCATTCTAGAATTGTTTTAGCTCGGATTGACTGTTTCCCATTTAATTTCAAAATAA
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTA-ATTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-A
* * * * * * * * *
18617 TT-CAAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTCGCTCAATTGGTAATAGTT
64 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTG
* * * *
18681 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC-ATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGATTA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTAGAAGGTCCAAT-TAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTA
* * * * * * * *
18744 GAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTGCTT-TAGCAATGTTTTAACTT
191 GAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTC
* * * *
18808 TAATTATCCATTTTCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTT
255 TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTT
* * * * * *
18873 TCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGAGTTAAACTGAAAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGT
319 TCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGT
** *
18938 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-CATTAACCACAAGGTCAGAGG
384 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
*
18998 TTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* *
19063 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-TGTTGGTAAAATTG
65 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTG
* * * * * * *
19127 TCAAAATGATAATATTGGTTGGAGCTTA-AAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TAGAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * * * * *
19191 CCATGTGGTTGTTAACCACAAGTTCTGAGGTACAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGA
193 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCTGA
* * * * *
19256 TTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATAT-AA-AAAATTAT-A
258 TTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCA
* * * * * * * * *
19318 ATAGACTATTA--ACTTGTTGGTAAAATTTTCAACCTGATAATACCGGTTGGAGCTTAAAGATCC
322 ATGGCCTATTAGCACAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * * * *
19381 AACTAGATAGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGG
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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Statistics
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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** * ** *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* **
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* **
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
16011 GTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
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* * * * * * * *
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194 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGA-
* * * * * *
16140 ATTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTTCCAGTTT-TATAGTTATATAAAG-TAAATTTC
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* * * * ** * * *
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323 AATGGCCTATTAG--CTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTT
* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
16397 ATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACTAGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAAC
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* * * * * ***
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* * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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130 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGA-AGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* ** * * * *
16741 GCGTGTGTCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCTTTGTTTGAACTCGAA
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ***
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * * ** * *
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*
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* ** * * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
19130 AAATGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCAT
578 AACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGT
* * *
19195 GTGGTTGTTAACCACAAGTTCTGAGG
643 GTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGG
* * * * *
19221 TACAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTT-AGCTCAGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATA
1 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAG-TCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* * * * * *
19285 TTACCAATTTATATAATTATAT-AA-AAAATTAT-AATAGACTATTA--ACTTGTTGGTAAAATT
65 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACAT-TTGGTAAAAGT
* * * * * * * *
19345 TTCAACCTGATAATACCGGTTGGAGCTTAAAGATCCAACTAGATAGAATAGCTCAGATGGTTAGA
129 TTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * * * *
19410 GCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGGA
194 GCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGAA
* * * * *
19475 TTGACCATTTCCCATATACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATATAGTTATATAAAGAAAAGTTTC
259 TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAATTTC
* * * * * *
19539 AATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGCTGGAGCTTGATGGTCC
323 AATGGCCTATTAGCT-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTTC
* * * * * * ** ***
19604 AACGAG-TAGGAATAGGTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCAAGGTTCA
387 AACTAGAT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTTGGAGGTTC-
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TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTTT
CAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
GTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGAATT
GTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAATTTCAAT
GGCCTATTAGCTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACT
AGATGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCT
CCTTCTAGCTTTGTTTTAACTCGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTA
TACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACA
ATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGT
TAACCACAAGGTCGGAGG
Found at i:22481 original size:220 final size:220
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22087 CATTTTAAAC
*
22097 TATACAATTATATAAAGAAAATTTTAAT-CCTATTAGCTCTGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACA
1 TATACAATTATATAAAGAAAATTTTAATGCCTATTAGC-CAGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACA
* * *
22161 ATACTGGTTGGAGCTTAATGGTCCAACTAGATGCAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTAT
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* * *
22226 TAACCACAAGGTCGGAATTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTTGGA-TTGTCCATTTC
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22290 CCATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
194 CCATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
* * * *
22317 TATACAATTATATAAAGAAACTTTTGAATGGCATATTAG-CAGTTGGTAAAAGTCTCAAACTGAC
1 TATACAATTATATAAAGAAAATTTT-AAT-GCCTATTAGCCAGTTGATAAAAGTTTCAAACTGAC
* * * * *
22381 AAAACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGCTGGAATAACTGAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-A
64 AATACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATGCAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTA
* ** *
22445 TTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAGTTGTCCATTTC
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*
22510 CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATT
194 CCATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
*
22537 TATACAATTATCTAAAGAAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTA-TTGATAAAAGTTTCAAACTG
1 TATACAATTATATAAAGAAAATTTT-AATG-CCTATTAGC-C-AGTTGATAAAAGTTTCAAACTG
22601 ACAATACTAGT
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Statistics
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TATACAATTATATAAAGAAAATTTTAATGCCTATTAGCCAGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACAA
TACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATGCAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATT
AACCACAAGGACAGAAGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAATTGGAGTTGTCCATTTCCC
ATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
Found at i:22753 original size:194 final size:193
Alignment explanation
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Period size: 194 Copynumber: 1.9 Consensus size: 193
22414 GGAATAACTG
**
22424 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTT
1 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTT
* *
22489 TTAATTTGAGTTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATCTAAAG
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* * **
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* *
22682 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAG
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* *
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22799 CACTGGTTGG
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AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTT
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22601 ACAATACTAG
* **
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * * *
22676 CATTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
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* * * *
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* *
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194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC
* * * ** * * *
22870 AAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAATTTGAATTTTCCATTTCCCATTTAC
259 AAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTAC
* *
22935 TTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTACTAGCTC--TT
324 TTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTT
* ** *
22997 GGTAAAATT-TCAAACTAATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGTTAGAA
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* *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
23118 CGA-TGTTTTAGCTCAGATTGTCCATTTCTCGTTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATT
66 C-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* ** * * * *
23182 ATATAAAAAAACATTCAAT-GTTCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAATTTCAAATTGATAATGCTGG
130 ATATAAGAAAATTTTCAATAG-CCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGG
* * * * *
23246 TTGGCGCTTAAAGGTTCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGATGTTAACCAC
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* * * * * *
23311 AAGGTCGGAGGTTCAAGCACTCCTTTTAGCGTTATTTTAGCTCGGATTGACCGTTTCCCATTTAA
259 AAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTAC
* * * * **
23376 TTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAAT
324 TTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGT
* * * ** * *
23440 TTGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGTAGGTTCATCTAG-TAGGAA
388 TGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAA
* * * * * * * * * *
23498 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCTCAAGGTCCGAGGTTCAAATCCCT-GTTTT
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * ** * * * *
23562 AGCAATGTTTTAACTTTGATTATCCATTT-TCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAG
64 AGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCT-CATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * * * *
23626 TTATACAAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATA
128 TTATA-TAAGAAAATTTTCAATA-GCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATA
* **
23689 CTGG-TGTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-AATTA
190 CTGGTTG-GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * * ** * *
23752 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGACCTTCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCA
254 ACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCA
* *
23817 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAATTTTTCAATGGCCTAATAGCT
319 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCT
* * * * *
23882 CTGTTGGTAATATTGTCAAAATGATAATACTGATTGGAGCTCAAAAGTCCAACTAGTTAGAA
384 CTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
* * *
23944 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
24009 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTA
66 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* ** * *
24074 TATAA-AAAATTAT-AATAGATTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTT
131 TATAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTT
* * * * *
24137 GGAGCCTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAGATAGTTAGAGCGTATGGCTGTTAACCACAA
196 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA
* * * *
24202 GGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATCGACCATTTCCCATTTATTT
261 GGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTT
* * * * *
24267 TCAAAATAATT-TCAATTTATACAGTTATGTAAAGAAACA-TTTCAATGGCGTATTAGCTCTATT
326 TCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAA-ATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTT
* ** * *
24330 GGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAA
389 GGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
* * * * *
24387 TAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGATGTTAACCACAAGGTCGGATGTTCAAGCCCTCCTTCTGG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
24452 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTC-CTATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
66 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTC-ATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * * *
24516 ATATAAAGAATATTTTCAATGGCATACTAGCTC--TTGGTAAAA-TTTCAAATTGATAATGCTGG
130 ATAT-AAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGG
* * * * *
24578 TTGGAGCTTAAAGGTTCAACAAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTATCCAC
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC
* * * *
24643 AAGTTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGAGTTGTTTGAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTAC
259 AAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTAC
* * * **
24708 TTTCAAAATAATATCAATTTATACAATTATAT-AA-AAAACTTTCAATGTTCTATTAGCTCTGTT
324 TTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTT
* * * * * * *
24771 GGTAAAATTTTCCAACTGATAATAATGGTCGGAGCTTAAAGGACCAATTAGCT-GTAA
389 GGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAG-AA
* * * * *
24828 TAGCTTAGATGGTTAGAGCGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
24893 CGTTGTTTTAGCTCGGATTCTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCAGTT
66 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
* ** * *
24957 ATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATACTGG
130 ATA-TAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGG
* * * * * *
25022 TTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGC-TTTAGCGATGTTTT
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-G-GCTG--TT
* * * * ** **
25085 AACTTTGATCTTAAAGGTCCAACTAGCAGG--AATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAA
253 AAC---CA-C---AAGGT----C--GGAGGTTCA-AGC-C--CTCCTTCTAGCGT-T-G--TT--
** * * * * * * * ** *
25148 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAG-CCCTTCTTCTAGTGTT-GTTTTAATTTGAATTGTCC-A-TT-T
295 ---TTAGCTC-G-GATT---GTCCATT-TCCCA-T-TTACTTTCAAAAT--ATT-ACCAATTTAT
* * * * * ** * * ** * * ** *
25208 CCTATTTATTTTCAA-AATATTACCAAT---TTATACAATTATATAAAG-AAAATTTTC-AA-TG
346 AC-AATTA-TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAT-TAGCTCTGT-TGGTAAAATTGTCAAACT-
* * * * *
25266 GCCA-AATAGCTCTGTT-G-G-TAAAATTGTCAAACT-G--ATAA
406 G--ATAATA-CT-GGTTGGAGCTTAAA-GGTCCAACTAGTTAGAA
** * **** ** * *
25304 TA--TTGGTTGGATCTTAAAG-GTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCT
1 TAGCTCAGTTGG---TTAGAGCGTGTGGCT-GTTA-ACCA-C-AAG--G--T----CG-GAGG-T
* * * * ** * * ** * *
25366 GTTAA-CCACAAGTTCAAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGT-TAAT
49 -TCAAGCC-C----TC----CTTCTAG-CATTGTTTTAGC-TCGGATT-G-TC-CATT-TCTCA-
* * * * *
25429 TTCTCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATTTAA-AAAATTAT-AATAGACTAT
97 ------TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATAGCCTAT
** * * * * *
25492 TAAATTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTAGAACTTAAAGGTCCAACTAGTTGG
156 TAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGG
* ** * *
25557 AATAACTCAAATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
221 AATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
** *
25622 AGCGTTGTTCCAGCTCAGATT-TACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACA
286 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGT-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA
* * * ** * *
25685 GTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAAT-C
349 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
**
25749 TGGTTGGAGCTT-GTGGTCCAACT-G-TAGGAA
414 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAA
* * * * ****
25779 TAGGTCCAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTTTAATTGTAAGGTTC--ATGGTTCAAAGCCCTCCT
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTGTTAACCACAAGG-TCGGA-GGTTC-AAGCCCTCCT
* * * * *
25841 TCTAGCGA-TGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATA
61 TCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA
* * * * * * *
25905 CAGTTATATAAAGAAAATTTT-AAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAATCTGACA
125 CAATTATAT-AAGAAAATTTTCAATA-GCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATA
* * *
25968 ATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACT-GTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-AT
187 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGT
* * * * * ** * * *
26031 TAACCAAAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTGCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCAATTTCC
252 TAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCC
* *
26096 CA-TTATTTTC-AAATATTACCAA-TTATACAATTATATAAA-AAAATTTTCAATGGCCTA-AAG
317 CATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAG
*
26156 CTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
382 CTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
* * * * * * *
26220 TAGCTTAGTTGATTAGACCATGTTGG-TGTTAACCACAAGTTCGAAAGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTG-TGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
** * *
26284 GCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTCTCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * ** * *
26349 ATATAAAAAAATTAT-AATAGACTATTAAATTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGT
130 ATATAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGT
* * * *
26413 TGGAGCTTAAAGGTCCCACTAGCTGGAATAACTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACA
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* * **
26478 AGGTCTGAGGTTCAATCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTAAGATT-TACCATTTCCCATTTAC
260 AGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGT-CCATTTCCCATTTAC
* * * **
26542 TTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAAT
324 TTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGT
* * * *
26606 TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTAG-TAGGAA
388 TGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAA
* * * * ** * *
26664 TAGGTACAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTTTAACCGTAAGGTCCGTGGTTCAAAGCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * * *
26728 TAGCGA-TGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
63 TAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA
* * * * * *
26792 ATTATCTAAAGAAAATTTT-AAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGAAAAT
127 ATTATAT-AAGAAAATTTTCAATA-GCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAAT
* * * * * * *
26855 TCTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGAC-ATTA
189 ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * ** * * ** ** * * *
26919 ACCACAAGGTCAGAGGTTTAAACCCTTATTTTAGTGTAATTTTAATTTGAATTGTCCATTTTCCA
254 ACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCA
* * * * *
26984 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAAAATTTTATACAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGTT
319 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCT
*
27049 CTGTTGGTAAAATTGTGAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
384 CTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
* *
27111 TAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
27176 CATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATATCAATTTATATAATT
66 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAA-TATTACCAATTTATACAATT
** ** * * *
27240 ATATAA-AAAAAATTCAACGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGT
130 ATATAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGT
* * * *
27304 TGAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACA
* *
27369 AGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACT
260 AGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACT
*
27434 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTG
325 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTG
* *
27499 GTAAAATTGCCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
390 GTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
* * * * * * *
27555 TAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACAAGATCAGAGGTTCAAGTCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * * *
27620 CGTTGTTTTAGCTCGGAATGGCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCAGTT
66 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
* * ** * * *
27684 ATATTAAGAAAATATTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTGG
130 ATA-TAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGG
* * * *
27749 TTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAG
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAG
27797 ATTTAGCGAT
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CATTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
TATAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTT
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GGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTT
TCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGG
TAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
Found at i:24422 original size:223 final size:221
Alignment explanation
Indices: 22611--25070 Score: 2753
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22601 ACAATACTAG
* **
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* ** * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* ** * * * *
22899 CATTGTTTTAATTTGAATTTTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATAATT
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* * **
22963 ATATAAAGAAAATTTCAATGGCCTACTAGCTC--TTGGTAAAATTTCAAACTAATAATGTTGGTT
130 ATATAAAGAAAATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTT
* *
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* *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
23118 CGATGTTTTAGCTCAGATTGTCCATTTCTCGTTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
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* ** * *
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* * *
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* * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
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* * ** * * *
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
** * ** * * * * *
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64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAAT
* * * * * *
23627 TATACAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
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*
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* ** * * * *
23722 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-AATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGACCTTCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * *
23786 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATT
* * * * *
23850 ATATAAAGAAATTTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAATATTGTCAAAATGATAATACTGA
130 ATATAAAGAAA-ATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATACTGG
* * *
23915 TTGGAGCTCAAAAGTCCAACTAGTTAGAA
193 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
* * *
23944 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
24009 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTATTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATT
* ** *
24073 ATAT-AA-AAAATTAT-AATAGATTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATT-TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATACTGG
* *
24135 TTGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
193 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
* * * * *
24164 TAACTCAGATAGTTAGAGCGTATGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
24229 CGTTGTTTTAGCTCGGATCGACCATTTCCCATTTATTTTCAAAATAATTTCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTA
* * *
24294 TGTAAAGAAACATTTCAATGGCGTATTAGCTCTATTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
131 TATAAAGAAA-ATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATACTGGT
* ** *
24359 TGGAGCTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
* * * * *
24387 TAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGATGTTAACCACAAGGTCGGATGTTCAAGCCCTCCTTCTGG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
24452 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCTATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATT
* * * * *
24516 ATATAAAGAATATTTTCAATGGCATACTAGCTC--TTGGTAAAATTTCAAATTGATAATGCTGGT
130 ATATAAAGAA-AATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
24579 TGGAGCTTAAAGGTTCAACAAGTTAGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
* *
24607 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTATCCACAAGTTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
24672 AGTTGTTTGAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATAT-CAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-TCCAATTTATACAATT
* ** * *
24736 ATATAAA-AAACTTTCAATGTTCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTTCCAACTGATAATAATGGT
130 ATATAAAGAAAATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATACTGGT
* * * * *
24800 CGGAGCTTAAAGGACCAATTAGCTGTAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
* * * * *
24828 TAGCTTAGATGGTTAGAGCGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
24893 CGTTGTTTTAGCTCGGATTCTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTA
* * ** * *
24958 TATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATACTGGT
131 TATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATACTGGT
* * * *
25023 TGAAGCTTAAAGGTCCATCTACTAGGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
* *
25051 TAACTCCAATTGGTTAGAGC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGC
25071 TTTAGCGATG
Statistics
Matches: 1887, Mismatches: 313, Indels: 73
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (221 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTA
TATAAAGAAAATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTG
GAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
Found at i:27653 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 25094--27766 Score: 2940
Period size: 223 Copynumber: 12.1 Consensus size: 223
25084 TAACTTTGAT
*
25094 CTTAAAGGTCCAACTAG-CAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGT
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGT
* * * * * *
25157 CAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTA-ATTTGAATTGTCCATTTCCTATTTATTTTC
65 CAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC
* *
25221 AAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCAAATAGCTCTGTTGGTA
129 AAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTA
* *
25286 AAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAT
194 AAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * *
25316 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* * * ** * *
25381 AAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTCTCATTTAATTTCAA
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAA
* * * * * ** *
25446 AATATTACCAATTTATATAATTAT-TTAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAAATTTGTTGGTAAA
131 AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * *
25508 ATTTTCAAACTGATAATACTGGTTAGAA
196 ATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * **
25536 CTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAATAACTCAAATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* ** *
25601 TGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTCCAGCTCAGATT-TACCATTTCCCATTTACTTTCA
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGT-CCATTTCCCATTTACTTTCA
* * * **
25665 AAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTA
130 AAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTA
* *
25729 AAAGTGTCAAACTGACAAT-CTGGTTGGAG
194 AAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
** * * * * ****
25758 CTT-GTGGTCCAACT-G-TAGGAATAGGTCCAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTTTAATTGTAAG
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTATTAACCACAAG
* * * *
25819 GTTCA-TGGTTCAAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACT
63 G-TCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACT
* * * * *
25883 TTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TT
126 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTT
* * * * *
25947 GTTAAAAGTGTCAATCTGACAATACTGGTTTGAG
190 GGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* *
25981 CTTAAAGGTCCAACT-GTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCAAAAGGTC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* * * * * * *
26044 AGAGGTTCAAGCCCTTCTGCTAGTGTTGTTTTA-ATTTGAATTGTCAATTTCCCA-TTATTTTC-
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCA
*
26106 AAATATTACCAA-TTATACAATTATATAAA-AAAATTTTCAATGGCCTA-AAGCTCTGTTGGTAA
130 AAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAA
*
26168 AATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAG
195 AATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * *
26197 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCATGTTGG-TGTTAACCACAAGTT
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTG-TGGCTATTAACCACAAGGT
* * * ** * *
26261 C-GAAAGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTCTCATTTAATTTC
65 CAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC
* * * * ** *
26325 AAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAAATTTGTTGGTA
129 AAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTA
*
26388 AAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
194 AAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * *
26418 CTTAAAGGTCCCACTAGCTGGAATAACTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* * **
26483 TGAGGTTCAATCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTAAGATT-TACCATTTCCCATTTACTTTCA
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGT-CCATTTCCCATTTACTTTCA
* * * **
26547 AAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTA
130 AAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTA
* *
26611 AAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
194 AAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * * **
26641 CTTGATGGTCCAACTAG-TAGGAATAGGTACAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTTTAACCGTAAG
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTATTAACCACAAG
* * * * *
26704 GTCCGTGGTTCAAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTT
63 GTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTT
* * * * *
26769 TCAAAATAATACCAATTTATACAATTATCTAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTG
127 TCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTG
* * * * *
26833 TTAAAAGTGTCAAACTGAAAATTCTAGTTGGAG
191 GTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * *
26866 CTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGAC-ATTAACCACAAGGTC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* * ** * * ** * * *
26930 AGAGGTTTAAACCCTTATTTTAGTGTAATTTTA-ATTTGAATTGTCCATTTTCCATTTACTTTCA
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCA
* * * * *
26994 AAATATTACCAATTTATAAAATTTTATACAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGTTCTGTTGGTAA
130 AAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAA
*
27059 AATTGTGAAACTGATAATACTGGTTGGAG
195 AATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
*
27088 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* * * * * *
27153 GGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACTTT-AA
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAA
* * * * * * *
27217 AACTAATATCAATTTATATAATTATATAAA-AAAA-ATTCAACGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAA
131 AA-TATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAA
* *
27280 AATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAG
195 AATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * *
27309 CCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* *
27374 GGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT-TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCA
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCT-GATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCA
*
27438 AAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAA
130 AAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAA
* *
27503 AATTGCCAAACTGATAATATTGGTTGGAG
195 AATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * *
27532 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACAAGATC
1 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
* * * * *
27597 AGAGGTTCAAGTCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGAATGGCCATTTCCCATTTAATTTCAA
66 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAA
* * * * * **
27662 AATAATT-CCAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
131 AAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAA
* * * * *
27726 AAGTATCAAACTAACAATACTGGTTGAAG
195 AATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
27755 CTTAAAGGTCCA
1 CTTAAAGGTCCA
27767 TCTACTAGGA
Statistics
Matches: 2032, Mismatches: 361, Indels: 115
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
215 1 0.00
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226 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (223 bp):
CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAA
AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
ATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
Found at i:28684 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 27800--28862 Score: 1308
Period size: 223 Copynumber: 4.8 Consensus size: 223
27790 GTTAGAGATT
* * * ** * *
27800 TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * * * *
27865 TTATAT-AA-AAAA-ATTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAT
66 TTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAT
* *
27926 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAAC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
*
27990 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-TTTGC
195 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTT-C
* * * * *
28019 TAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCAATTTCCCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* *
28084 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
66 TTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
* *
28149 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTATTAACC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
*
28214 ACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
196 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * ** * * * * * *
28242 TAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATATCAATTTATATA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TATTACCAATTTATACA
* * * * *
28306 ATTATATAAA-AAAA-ATTCAACGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAT
* * * * * *
28369 TGGTTGAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
*
28434 CACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
195 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
28463 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * *
28528 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATATT
66 TTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
* * * *
28593 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
* *
28658 ACAAGATCAGAGGTTCAAGTCCTCCTTC
196 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * * *
28686 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA
* * * ** * * * *
28750 GTTATATTAAGAAAATATTCAATTGCCTATTAG--CAATTGGTAAAAGTATCAAACT-ACAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAT
* * * *
28812 TGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAG
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAG
28863 ATTTAGCGAT
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 111, Indels: 24
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
219 61 0.08
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222 110 0.15
223 289 0.40
224 5 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (223 bp):
TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
TTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
Found at i:28699 original size:444 final size:442
Alignment explanation
Indices: 27824--28862 Score: 1502
Period size: 444 Copynumber: 2.3 Consensus size: 442
27814 CTTTGATTAT
* * * *
27824 CCATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTATAT-AAAAAAATTCAAAGGCC
1 CCATTTCCCATTTACTTTAAAACTAATATCAATTTATATAGTTATATAAAAAAAATTCAAAGGCC
* * *
27888 TATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTG-AGCTTAAAGGTCCAACTAG
66 TATTAGC-CATTTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATACTGG-TTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAG
*
27952 CTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTTT
129 CTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTT
* * *
28017 GCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCAATTTCCCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATAC
194 GCTAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCAATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAC
*
28082 AATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATA
259 AATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATA
*
28147 TTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTATTAA
324 TTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAACGTGTGGCTATTAA
* *
28212 CCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGA
389 CCACAAGATCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGA
* * * * *
28266 CCATTTCTCTTTTACTTTAAAACTAATATCAATTTATATAATTATATAAAAAAAATTCAACGGGC
1 CCATTTCCCATTTACTTTAAAACTAATATCAATTTATATAGTTATATAAAAAAAATTCAAAGGCC
* * * * * * *
28331 TATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCCTAAAGGTTCAATTAGC
66 TATTAGC-CATTTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
* *
28396 TGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCT
130 TGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CT
* *
28461 T-CTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA
193 TGCTAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCAATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA
28525 CAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAAT
258 CAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAAT
* *
28590 ATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTA
323 ATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAACGTGTGGCTATTA
* * * *
28655 ACCACAAGATCAGAGGTTCAAGTCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGG
388 ACCACAAGATCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGA
* *
28710 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAA-TAAT-TCCAATTTAT-TCAGTTATATTAAGAAAATATTCAA
1 CCATTTCCCATTTACTTT-AAAACTAATAT-CAATTTATAT-AGTTATA-TAA-AAAAAATTCAA
** * *
28772 TTGCCTATTAG-CAATTGGTAAAAGTATCAAACT-ACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATC
61 AGGCCTATTAGCCATTTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAAC
* *
28835 TA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAG
126 TAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAG
28863 ATTTAGCGAT
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 56, Indels: 20
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
442 45 0.08
443 134 0.25
444 324 0.61
445 9 0.02
446 18 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (442 bp):
CCATTTCCCATTTACTTTAAAACTAATATCAATTTATATAGTTATATAAAAAAAATTCAAAGGCC
TATTAGCCATTTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT
GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTGC
TAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCAATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATATT
GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAACGTGTGGCTATTAACC
ACAAGATCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGA
Found at i:29036 original size:175 final size:178
Alignment explanation
Indices: 28710--29037 Score: 418
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
28700 CTCGGATTGG
* * * **
28710 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATTG
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAACAATACCAATTTATTAAGTTATATT-A-AAAATATTCAAAGG
*
28775 CCTATTAGCAATTGGTAAAAGTATCAAACTACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTACTA
64 CCTATTAGCAATTGGTAAAAGTATCAAACTACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTACTA
28840 GGAATAACTCCAATTGGTTAGAGATTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTAT
129 GGAATAACTCCAATTGGTTAGAGATTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTAT
* *
28890 CCATTT-CCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTA-TAAGTTATA-T-AAAA-ATTCAAAGGCC
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAACAATACCAATTTATTAAGTTATATTAAAAATATTCAAAGGCC
* * * *
28950 TATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTG-AGCTTAAAGGTCCAACTAG
66 TATTAGCA-A-TTGGTAAAAGTATCAAACT-ACAATACTGG-TTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAC
* * *
29014 TTGGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAG
127 TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAG
29038 CGTGTGGCAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 15, Indels: 13
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 17 0.13
174 5 0.04
175 29 0.22
176 35 0.27
177 4 0.03
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179 25 0.19
180 6 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (178 bp):
CCATTTCCCATTTAATTTCAAAACAATACCAATTTATTAAGTTATATTAAAAATATTCAAAGGCC
TATTAGCAATTGGTAAAAGTATCAAACTACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTACTAGG
AATAACTCCAATTGGTTAGAGATTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTAT
Found at i:29351 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 28866--30770 Score: 1534
Period size: 216 Copynumber: 8.8 Consensus size: 216
28856 GTTAGAGATT
* * ** * ** * *
28866 TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTT-CCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATAAGT
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAAAT
* * * * * * *
28930 -TATATAAAAATTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTT
66 ATATA-AAAAAATCAATGG-CTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* *
28993 TGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAA
128 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAA
* * *
29057 G-GTCAGAGGTTCAAGCCCT-TTTGC
193 GTTTGA-AGGTTCAAGCCCTCCTT-C
* ** * * * *
29081 TAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCAATTTCCCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATAAAT
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAAAT
* *
29146 ATATAAAAAAATCAATGGCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGA
66 ATATAAAAAAATCAATGGCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGA
* * * *
29211 GCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGA-CTGTGTTGCTGTTAACCACAAGT
131 GCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTATTAACCACAAGT
29275 TTGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
195 TTGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* ** * *
29297 TAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTCTCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA-AA
* * ** * *
29362 TTATATAAAAAAATTATAATAGACTATTAAATTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGG
65 -TATATAAAAAAA-T-CAAT-GGCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * *
29427 TTGGAGCTTAAAGGTCC-ACTAGCTGGAATA----AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCAC
126 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCAC
*
29487 AAGGTCTG-AGGTTCAAG-CCT-CTTC
191 AA-GTTTGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
**
29511 TAGCGTTGTTTTAGCTAAGATT-TACCATTT-CCATTTAC-TTCAAAATAATT-CCAATTTATAC
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGT-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATA-
* * * ** * *
29572 AGTTATATAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
63 A-ATATATAA-AAAA--ATCAA-TGGCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
*** * * * * *
29637 TGGTTGGAGCTTGTTGGTCCAACTTG-TAGGAATAGGTCCAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTTT
123 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTATT
**** ** *
29700 AATTGTAAGGTCCG-TGGTTCAAAGCCCTCCTTC
185 AACCACAA-GTTTGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* ** * * *
29733 TAGCGATGTTTTAAATCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA-A-
* * * * * * * *
29798 TTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGTCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATTC
64 ATATATAAA-AAAA---TCAATGG-CTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
* * * *
29862 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGAC-ATTAAC
123 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
* * * *
29926 CACAAGGTT-AGAGGTTTAAACCCTTCTT-
188 CACAAGTTTGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * ** *
29954 TAGTGTTATTTAATTTC-AATTGTCCATTT-CCATTTACTTTC-AAATATTACCAA-TTATAAAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTAT-AAA
* ** * *
30015 TTTATACATAAATTTTCAATGGCCTA-TAGTTCTGTTGGTAAAATTGTGAAAACTGATAATACTG
65 TATATA-A-AAA-AATCAATGG-CTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGT-CAAACTGATAATACTG
* *
30079 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGC-CAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTGTTAACCA
125 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCA
* *
30143 CAAG-GTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
190 CAAGTTTGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * * * *
30170 TAGCGTTG-TTTAGCTC-GATTGACTATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATATCAATTTATTAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TATTACCAATTTA-TAA
* * *
30232 TTATATAAAAAAATCAAT-GCTATTAGCTCT-TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACGGGTTG
64 ATATATAAAAAAATCAATGGCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * * * * *
30295 AAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG
129 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAG
* * *
30360 GTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
194 TTTGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* *
30383 TAGCGTTGTTTTAACTTGGA-T-TCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA-AA
* ** *
30446 TTATATAAAGAAAATTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTACCAAACTGATAATATTG
65 -TATATAAA-AAAA--TCAATGG-CTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTG
* * * *
30511 GTT-GAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAG-CTAGCTTAGTTGATTAGACCG-GTGGCTATTAACCA
125 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCA
* * * *
30573 CAAGATCG-AGGTTCAAGTCCTTCTTC
190 CAAGTTTGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* *
30599 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTG-GCATTTCCCA-TTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTA-T-A
** * * ** * * * * *
30661 GTTATATAAGAAATATTCAATGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAG
63 AATATATAA-AAA-AATCAATGGCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * * *
30726 TTGAAGCTTAAAGGTCCATCTAG---GAATAACTCAATTGGTTAGAGC
126 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
30771 TTTAGCGATA
Statistics
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0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
212 71 0.05
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226 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (216 bp):
TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAAAT
ATATAAAAAAATCAATGGCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGA
GCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGTT
TGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
Found at i:30084 original size:215 final size:219
Alignment explanation
Indices: 28884--30770 Score: 1714
Period size: 215 Copynumber: 8.7 Consensus size: 219
28874 TTTTAACTTT
* ** * *
28884 GATTATCCATTTCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATA-AGTTATAT-AAAAA--TTCAA
1 GATTGTCCATTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAATTTTCAA
* * * * * * *
28945 AGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCA
66 TGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA
*
29009 ACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGC
130 ACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGC
* * * *
29073 CCT-TTTGCTAGTGTTGTTTTAA-TTT
195 CCTCCTT-CTAGCGTTG-TTTAAGCTC
* * *
29098 GAATTGTCAATTTCCCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATA-AA-TATATAAAAAA--ATC
1 G-ATTGTCCATTT-CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAATTTTC
* *
29159 AATGG-CTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
64 AATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * * * **
29223 AACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGA-CTGTGTTGCTGTTAACCACAA-GTTTGAAGGTTCA
129 AACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCA
* *
29286 AGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTC
192 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTAAGCTC
** * * *
29314 GGATTGTTAATTTCTCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTAT
1 -GATTGTCCATTTC-CATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT-AAAAAATTTT
* * ** * *
29379 -AATAGACTATTAAATTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
63 CAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
* * * *
29443 C-ACTAGCTGGAATA----AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAA
128 CAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAA
* *
29503 G-CCT-CTTCTAGCGTTGTTTTAGCTAA
193 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTAAGCT-C
* *
29529 GATT-TACCATTTCCATTTAC-TTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAGAAAAGTTT
1 GATTGT-CCATTTCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAA-AAAATTTT
* ** * * ***
29591 CAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGTTGGTC
63 CAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
* * * * * **** * *
29656 CAACTTG-TAGGAATAGGTCCAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTTTAATTGTAAGGTCCGTGGTT
128 CAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTT
* *
29719 CAAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAA-ATC
190 C-AAGCCCTCCTTCTAGCGTTG-TTTAAGCTC
* * *
29750 TGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTT
1 -GATTGTCCATTT-CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT-AA-AAAATTT
* * * * * * * *
29815 TAAAAGGTCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATTCTGGTTGGAGCTTAAAGG
62 TCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGG
* * * * * *
29879 TCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGAC-ATTAACCACAAGGTTAGAGGTTT
126 TCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTC
* * * * **
29943 AAACCCTTCTT-TAGTGTTATTTAATTTC
191 AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTAAGCTC
* * *
29971 AATTGTCCATTTCCATTTACTTTC-AAATATTACCAA-TTATAAAATT-TATACATAAATTTTCA
1 GATTGTCCATTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATA-AAAAATTTTCA
* *
30033 ATGGCCTA-TAGTTCTGTTGGTAAAATTGTGAAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
65 ATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGT-CAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* *
30097 AACTAGTTAGAATAGC-CAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAG
129 AACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAG
30161 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTT-AGCTC
194 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTAAGCTC
* * * * * * *
30186 GATTGACTATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATATCAATTTAT-TAATTATATAAAAAA--ATC
1 GATTGTCCATTTC-CATTTACTTTCAAAA-TATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAATTTTC
* * * * *
30247 AAT-G-CTATTAGCTCT-TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACGGGTTGAAGCCTAAAGGTTC
64 AATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * * * *
30309 AATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
129 AACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAG
*
30374 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-CTTG
194 CCCTCCTTCTAGCGTTG-TTTAAGC-TC
*
30401 GA-T-TCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTC
1 GATTGTCCATTT-CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA-AAATTTTC
* ** *
30464 AATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTACCAAACTGATAATATTGGTT-GAGCTTAAAGGTCC
64 AATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * * * *
30528 AACTAGTTAG-CTAGCTTAGTTGATTAGACCG-GTGGCTATTAACCACAAGATC-GAGGTTCAAG
129 AACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAG
* * *
30590 TCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTC
194 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTAAGCTC
* * * * * *
30616 GGATTG-GCATTTCCCA-TTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCAGTTATATAAGAAATATT
1 -GATTGTCCATTT-CCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAATTTT
** * * * * * *
30678 CAAT-GCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTC
63 CAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
* * *
30742 CATCTAG---GAATAACTCAATTGGTTAGAGC
128 CAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
30771 TTTAGCGATA
Statistics
Matches: 1375, Mismatches: 221, Indels: 155
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
211 2 0.00
212 74 0.05
213 182 0.13
214 137 0.10
215 255 0.19
216 228 0.17
217 70 0.05
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219 78 0.06
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225 77 0.06
226 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (219 bp):
GATTGTCCATTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAATTTTCAA
TGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAA
CTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCC
CTCCTTCTAGCGTTGTTTAAGCTC
Found at i:30942 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 30623--30945 Score: 406
Period size: 175 Copynumber: 1.8 Consensus size: 175
30613 CTCGGATTGG
* * * *
30623 CATTTCCCATTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCAGTTATATAAGAAATATTCAATGCCTAT
1 CATTTCCCATTAATTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAATATTCAAGGCCTAT
* *
30688 TAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTAGGAAT
66 TAGCACAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGGAAT
*
30753 AACTCAATTGGTTAGAGCTTTAGCGATATTTTAACTTTGATTATC
131 AACTCAAGTGGTTAGAGCTTTAGCGATATTTTAACTTTGATTATC
* *
30798 CATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTATATAA-AAA-ATTCAAAGGCCT
1 CATTTCCCA-TTAATTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAATATTC-AAGGCCT
* * * * * *
30861 ATTAGCACATTTGTTAAAAG-GTCAAACTGAGAATA-TGGTTTGAA-CTTAAAGGTCCAACTAGC
64 ATTAGCACAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAG-TTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAG-
*
30923 TAGAATAGCTC-AGTGGTTAGAGC
127 --GAATAACTCAAGTGGTTAGAGC
30946 CTGTGGCATT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 18 0.14
174 21 0.17
175 46 0.37
176 41 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (175 bp):
CATTTCCCATTAATTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAATATTCAAGGCCTAT
TAGCACAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGGAAT
AACTCAAGTGGTTAGAGCTTTAGCGATATTTTAACTTTGATTATC
Found at i:31274 original size:213 final size:209
Alignment explanation
Indices: 30797--31345 Score: 590
Period size: 215 Copynumber: 2.6 Consensus size: 209
30787 CTTTGATTAT
* * *
30797 CCATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTATATAA-AAAA-TTCAAAGGCC
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAA--AATTCCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTCAATGGCC
* * * * * *
30860 TATTAGCACATTTGTTAAAAGGTCAAACTGAGAATATGGTTTGAACTTAAAGGTCCAACTAGCTA
64 TA-TAGCTC-TTTGGTAAAATGTCAAACTGACAATATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA
* *
30925 GAATAGCTCAGTGGTTAGAGCCTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTGCTAGT
127 GAATAGCTCAGTGATTAGAGCCTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTGCTAGC
** *
30990 GTTGTTTTAATTTGATTG
192 GTTGTTTTAATCGGATGG
* * *
31008 TCATTTCCCATTT-ATTTCAAAATATTACCAAGTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATGGC
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAA-ATT-CCAATTTATACAGTTATAT-AAGAAAATTTCAATGGC
* *
31072 CTATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTT
63 CTATAGCTCT-TTGGTAAAA-TGTCAAACTGACAATATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT
* * * *
31137 AGAATAGCTTAGTTGATTAGA-CCGTGTGGCTATTAACCACAAGTTCGGA-GTTCAAGCCCTCTT
126 AGAATAGCTCAG-TGATTAGAGCC-TGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-TG
*
31200 CTAGCGTTG-TTTAGCTCGGATGG
187 CTAGCGTTGTTTTA-ATCGGATGG
* *
31223 CCATTTCCCATTTAATTTCAAATAATTCCAATTTATTCAGTTAT-TAAGAAAATATTCAATTGCC
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAA-AATTCCAATTTATACAGTTATATAAGAAAAT-TTCAATGGCC
* * * * *
31287 TATTGCTCAATTGGTTAAAAGTATCAAACTAACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCA
64 TATAGCTC-TTTGG-TAAAA-TGTCAAACTGACAATA-TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA
31346 TCTATAGGAA
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 35, Indels: 31
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
208 1 0.00
209 2 0.01
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216 31 0.11
217 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (209 bp):
CCATTTCCCATTTAATTTCAAAAATTCCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTCAATGGCCTA
TAGCTCTTTGGTAAAATGTCAAACTGACAATATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAAT
AGCTCAGTGATTAGAGCCTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTGCTAGCGTTG
TTTTAATCGGATGG
Found at i:31523 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 31223--31553 Score: 429
Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
31213 GCTCGGATGG
* * * * * **
31223 CCATTTCCCATTTAATTTCAAATAATTCCAATTTATTCAGTTATTAAGAAAATATTCAATTGCCT
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAACAATACCAATTTATACAGTTATTAAAAAAAAATTCAAAGGCCT
* *
31288 ATTGCTCAATTGGTTAAAAGTATCAAACTAACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-TA
66 ATTGCACAATTGGTTAAAAGTATCAAACTAACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTACT-
31352 GGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCTTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTAT
130 GGAATAACT-CAATTGGTTAGAGCTTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTAT
*
31402 CCATTT-CCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTA-TAAAAAAAAATTCAAAGGCC
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAA-CAATACCAATTTATACAGTTATTAAAAAAAAATTCAAAGGCC
* * * *
31465 TATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTG-AGCTTAAAGGTCCAACTA
65 TATT-GCACAATTGGTTAAAAGTATCAAACTAACAATACTGG-TTGAAGCTTAAAGGTCCAACTA
* *
31528 GCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
128 -CTGGAATAACTCAATTGGTTAGAGC
31554 GTGTGGCATT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 92 0.70
179 38 0.29
180 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (178 bp):
CCATTTCCCATTTAATTTCAAACAATACCAATTTATACAGTTATTAAAAAAAAATTCAAAGGCCT
ATTGCACAATTGGTTAAAAGTATCAAACTAACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTACTG
GAATAACTCAATTGGTTAGAGCTTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTAT
Found at i:34300 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 31378--36490 Score: 4642
Period size: 221 Copynumber: 23.4 Consensus size: 223
31368 GTTAGAGCTT
* * * ** *
31378 TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTT-CCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * * * *
31442 TTATA-AAA-AAAA-ATTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
* *
31504 GGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAAC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
*
31567 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTGC
196 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC-TCTTC
* * * * * *
31596 TAGTGTTGTTTTA-ATTTGAATGTCAATTT-CCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * ** *
31659 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCT-TTGTTGGTAAAATTGTCAAACCAATAATAT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * * * *
31723 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTTGCTGTTAA
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * **
31787 CCATAAGTTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* ** ** ** * * *
31817 TAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTATCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * ** * *
31882 TTATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAAAT-TTGTTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATA-
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * * *
31942 TGGTTGAAGCTTAAAGGTCCCACTAGCT-GGAATA----AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAA
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* *
32002 CCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTA
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
** * *
32032 TAGCGTTGTTTTAGCTAAGATT-TAACATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGT-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * * * *
32096 GTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * * * *
32161 TGGTTGGAGCTTGATGGT-C--CTAG-TAGGAATATG-TACAATTGGTTAGAGCAT-TGGCTTTT
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATA-GCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTT
** * *
32220 AACCGTAAGGTCCGTGGTTCAAG-CCTCCTTC
193 AACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * * *
32251 TAGCGATGTTTTAAC-TTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * *
32314 TTATAT-AAGAAAATTTT-AAAGGCCTATTAG-ACATTT-GTTAAAG-GTCAAACTGACAATA--
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
* * *
32372 -G-TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCTTAGTTGGTTAGAGC--GTGAC-ATTAAC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * *
32431 CATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTT
196 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC-TCTTC
* ** * * *
32460 TAGTGTAATTTTA-ATTTGAATTGTCCATTTTCCATTTACTTTCAAAAT-ATACCAA-TTATAAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * *
32522 ATT-TATACAGAAAATTTTCAATGGCCTA-TAG-TC-TGTTGGTAAAATTGTGAAACTGATAATA
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATA
* **
32583 -TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTCAGTTGGTTAGAATGTGTGGC-GTTA
129 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
32645 ACCACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCTTC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTC
** * ** *
32674 TAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTT--TTTTTACTTT-AAAATAATATCAATTTAT--AA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * * *
32734 TTATAT-AA-AAAA--TTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGT--AATTTTCAAACTGAACAATAC
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTG-ATAATAC
** * * *
32793 TGGTTTAAGC-TAAAGGTTCAATTAG---GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGATGTT-A
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
*
32853 --ACAAGGTCGGAGGTTCAAG-CCT-TTC
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTC
* *
32878 TAGCGTTGTTTTAAC-TTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAA-TTATAC-A
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* *
32940 TTATATAAAGAAAA--TTCAATGGCCTAATAGCTC-TGTTGGTTAAAATTG-CAAACTGATAATA
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGG-TAAAAGTGTCAAACTGATAATA
* * * *
33001 TTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG-T--GAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTA
129 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * **
33063 ACCATAAGTTTGGAGGTTC--GCCCTCTTC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTC
* ** * * *
33091 TAGC-ATGTTTTAGCTCGGATTGT-CATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * * * * *
33154 TTATATAAA-CAAATTAT-AATAGACTATTAACTC-TGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAC
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * * * *
33216 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATA-GAATAACTCAGATGGTTAGAGAGTGTGGTTGTTAA
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
*
33280 CCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * * * *
33310 TAGCGTTGTTTTAGCTTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATGCAG
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * *
33375 TTATATAAAG-AAATGTTTCAATTGCCTCTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAAC----AATAC
66 TTATATAAAGAAAAT-TTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * * * *
33435 TGGTTGGAGCTTTAAGGTCCAACTAG-TAGGAATATG-TCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTT
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATA-GCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTT
** * * *
33498 AACCGTAAGATCCGAGGTTCAAAGGCCTCCTTC
193 AACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCT-CTTC
* * * * * *
33531 TAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTTAAAATAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * * *
33596 TTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGATAATTCT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
* * * * *
33661 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCTTACTTGGTTAGAGCATGTGAC-ATTAAC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* ***
33724 CATAAGGTCAGAGGTTTTTTGCCCTTCTTC
196 CACAAGGTCAGAGG-TTCAAGCCC-TCTTC
* * *
33754 TAGTGTTATTTTA-ATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAAT-ATACCAA-TTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * * *
33815 ATT-TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCAACTAG--C--TT-GTAAAA-TTTCAAATTGATAATGA
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAAT-A
* * * *
33872 -TAGTTGGCGCTTAAAGGTTCAACTAGTTA-GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
129 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
*
33935 ACCACAACGT-AGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
194 ACCACAAGGTCA-GAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * * * * * *
33966 TAACGTTGTTTTTGC-TCGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * * * *
34030 GTT-TATTAAGAAAATTTTCAATTGGCCTA-TATCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATA
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAA-TGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATA
* * * * * * * *
34093 CTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTAGCTTTT
129 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTT
** *
34157 AACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTGCTT-
193 AACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCT-CTTC
* * * * * * * * *
34189 GAGCGATGTTTTATCTTTGGTTATCCATTTGCCATTTACTTTCGAAACAATA-CAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * * *
34253 TTATATAAATAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
* * * *
34318 GGTTTGAAG-TTAAAGGTCCAACAAACT-GGAATAGCTCTA-TTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTA
131 GG-TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* *
34379 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGACCTTTTC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTC
* * * *
34409 TAGTGTTG-TTTA-ATTTGAATAGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * * *
34472 ATTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCT--GTTGGTAAAATTGTCAAACTAATAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * *
34534 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAA
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* *
34598 CCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTACATC
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * ** ** * * *
34628 TAACATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * * * * * * *
34693 TTATATTAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTC-TGTTAGTAAAATTTTAAAAATGATAATA
66 TTATA-TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATA
* * * * * * *
34755 TTAGTTGGAGTTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAACTCAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTA
129 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* *
34819 ACCACAAGGTCTGAGGTTCAATCCCTCATTC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTC-TTC
* * * * * *
34850 TAGCATTGTTTTAGC-TCGAATTGACCATTTCCCGTTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATAAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * * * *
34914 ATTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * * ** * *
34979 TGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTA-CTAGGAATAAG-TCCAATTGGTTAGAGAATTTGGCTTTT
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAAT-AGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTT
** *
35042 AACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTCATTC
193 AACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTC-TTC
* * * * *
35075 TAGCGATGTTTTAACTCTGATTATACATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-CCAAATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACC-AATTTATACA
* * * * * * *
35139 GTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTACTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * * * * *
35204 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACCAGCTA-GAATAACTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGAC-ATTAA
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * *
35267 CCACAAGGTCAGTGGTTTAAGCCCTTTTTC
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC-TCTTC
* * * * * *
35297 TAGTGTTATTTTA-ATTTGAATTG-CCA-TTCCCA-TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATAAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * ** *
35358 ATTTTATAAA-AAAAATTTCAAAT-GCCTATTAG-TTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAAT
65 ATTATATAAAGAAAATTTTC-AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAAT
* * * *
35420 ACAGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAACTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTGTT
128 ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTT
* * *
35484 AACCACAAGGTCGGAGGTTGAA-TCCTCTTC
193 AACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTC
* ** * * * * *
35514 TAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACTTTCAAAATAATATCAATTTATATAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * *
35579 TTATATTAAA-AAAA---TCAACGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAA-TTTCCAAACTGATAATA
66 TTATA-TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGT-CAAACTGATAATA
* * * *
35639 CTGGTTGAAGCTTAAAGGTTCAATTAGCT-GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGCTGTTA
129 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
*
35703 ACAACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * * *
35734 TAGCGTTGTTTTA-TTTTGAATTGTCCATTTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCTATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * * *
35798 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC--TTGGTAAAATTTTGAAACTGATAGTAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* ** * * * * *
35861 AT-GTTTGAGCTTAAAGGAGCAATTAG-TTGGAATAGCTCAGTTGGTTTGAGCGTATTGCTGTTA
130 -TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * *
35924 ACCCCAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCTCCTGC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * * * *
35955 TAGTGTTGTTTTAGCTTGGATTGTCCATTTTCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* * * * *
36020 TTATATAAATAAAATTTTCAATTGTCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
* * * * *
36085 GGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAG-TTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCGTTTGGATGTT-A-
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
*
36147 -AC----TCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
196 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * * * *
36171 TAGAGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTTAAAATATTACCAA-TTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* *
36235 TTATGTAAAGAAACA-TTTCAATGGCCTATTAGCT-A-TTGGT--AATTGTCAAACTGATAATAC
66 TTATATAAAGAAA-ATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
* * ** *
36295 TGGGTGGAGCTTAAAAAGGTCAAAGAAACT-GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTT
130 TGGTTGGAGCTT--AAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTT
* *
36359 AACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGGCCTCCTTC
193 AACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCT-CTTC
* * * *
36392 TAGCGTTGTTTTA-TTTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAGCTTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * *
36456 GTTATATAATGAAAATTTTGAATGGCCTATTAGCT
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCT
36491 TAGTTGGTTA
Statistics
Matches: 4013, Mismatches: 678, Indels: 404
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
203 11 0.00
204 17 0.00
205 23 0.01
206 28 0.01
207 30 0.01
208 85 0.02
209 81 0.02
210 124 0.03
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214 150 0.04
215 180 0.04
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217 187 0.05
218 313 0.08
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223 429 0.11
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225 176 0.04
226 6 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (223 bp):
TAGCGTTGTTTTAGCTTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTC
Found at i:34921 original size:662 final size:661
Alignment explanation
Indices: 31402--36490 Score: 4894
Period size: 662 Copynumber: 7.8 Consensus size: 661
31392 CTTTGATTAT
** * * * **
31402 CCATTT-CCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTATA-AAAAAAAATTCAAAGGCC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCC
* * * * *
31465 TATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
66 TATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG-
* * * ** *
31530 TGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-CATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCT
130 TGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCC-TCT
* ** * * * *
31594 GCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATGTCAATTT-CCATTTATTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATAC
194 TCTAGCATTGTTTTAACTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATAC
* ** * **
31657 AATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGC-TTTGTTGGTAAAATTGTCAAACCAATAAT
258 AATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAAT
* ** * * * *
31721 ATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTTGCTGTTA
322 ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* ** * ** * * ** **
31786 ACCATAAGTTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTATCA
387 ACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCA
* * * * * * * **
31851 TTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTAT-AATAGACTATTAAATT
452 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTA--ATAGC
* * * *
31915 TGTTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATA-TGGTTGAAGCTTAAAGGTCCCACTAGCTGGAATA--
515 TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGC
* * * *
31976 --AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCGTT
580 TCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTT
** *
32039 GTTTTAGCTAAGATTTA
645 GTTTTAGCTCGGATTGA
* *
32056 ACATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATT
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAA-TTTCAATT
* *
32120 GCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGGT-C--CT
63 GCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACT
** ** *
32182 AGTAGGAATATGTACAATTGGTTAGAGCAT-TGGCTT-TTAACCGTAAGGTCCGTGGTTCAAG-C
128 AGT-GGAATAACT-CAATTGGTTAGAGCATGTGG-TTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCC
* *
32244 CTCCTTCTAGCGA-TGTTTTAACTTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATT
190 CT-CTTCTAGC-ATTGTTTTAACTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATT
* * *
32307 TATACAGTTATAT-AAGAAAATTTT-AAAGGCCTATTAG-ACATTT-GTTAAAG-GTCAAACTGA
253 TATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGA
* * * *
32367 CAATA---G-TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGC--GTGAC-
318 TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCT
* * * * * * * **
32425 ATTAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGTAATTTTAATTTGAATTGTCCATTT
383 GTTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTT
* *
32490 TCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAA-TTATAAAATT-TATACAGAAAATTTTCAATGGCCT-AT
448 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATA-AGAAAATTTTCAATGGCCTAAT
*
32551 AGTCTGTTGGTAAAATTGTGAAACTGATAATA-TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
512 AG-CTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
**
32615 TAGCTCAGTTGGTTAGAATGTGTGGC-GTTAACCACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCT-CTTCTAG
576 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
32677 CGTTGTTTTAGCTCAGATTGA
641 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA
** * * * *
32698 CCATTT--TTTTTACTTT-AAAATAATATCAATTTAT--AATTATAT-AAAAAA-TTCAATGGGC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCC
** * * ** * *
32756 TATTAGCTCTTTTGGT--AATTTTCAAACTGAACAATACTGGTTTAAGC-TAAAGGTTCAATTAG
66 TATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTG-ACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* * * * *
32818 -GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGATGTT-A--ACAAGGTCGGAGGTTCAAG-CCT-TT
130 TGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTCTT
*
32877 CTAGCGTTGTTTTAACTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAA-TTATAC-
195 CTAGCATTGTTTTAACTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACA
* * *
32939 ATTATATAAAGAAAA--TTCAATGGCCTAATAGCTC-TGTTGGTTAAAATTG-CAAACTGATAAT
259 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACAT-TTGG-TAAAAGTGTCAAACTGATAAT
* * * *
33000 ATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACT-AGT-GAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTA
322 ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* ** * ** * * *
33063 ACCATAAGTTTGGAGGTTC--GCCCT-CTTCTAGC-ATGTTTTAGCTCGGATTGT-CATTTCTCA
387 ACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCA
* * * * * *
33123 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAA-ACAAATTAT-AATAGACTATTAACT
452 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGA-AAATTTTCAATGGCCTAAT-A-G
* * *
33186 CTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATAGAATAA
514 CTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAG
* * * *
33251 CTCAGATGGTTAGAGAGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGT
579 CTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGT
*
33316 TGTTTTAGCTTGGATTGA
644 TGTTTTAGCTCGGATTGA
* * *
33334 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATGCAGTTATATAAAGAAATGTTTCAATT
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAA-AAA-ATTTCAATT
* *
33398 GCCTCTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTC-AA---ACAATACTGGTTGGAGCTTTAAGGTCCAACT
63 GCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACT
** * ** * *
33459 AGTAGGAATATGTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTT-TTAACCGTAAGATCCGAGGTTCAAAGG
128 AGT-GGAATAACT-CAATTGGTTAGAGCATGTGG-TTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTC-AAGC
* * *
33523 CCTCCTTCTAGCGA-TGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTTAAAATAATACCAA
189 CCT-CTTCTAGC-ATTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAA
* * * *
33587 TTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACT
251 TTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACT
* * * * * *
33652 GATAATTCTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTACTTGGTTAGAGCATGTGA
316 GATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGG
* *** * * *
33717 C-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTTTTTGCCCTTCTTCTAGTGTTATTTTAATTTGAATTGTCCA
381 CTGTTAACCATAAGGTCAGAGG-TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCA
33781 TTTCCCATTTACTTTC-AAATA-TACCAA-TTATACAATT-TATAAGAAAATTTTCAATGGCC-A
445 TTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTA
* * * *
33841 ACTAGC--TT-GTAAAATT-TCAAATTGATAATGA-TAGTTGGCGCTTAAAGGTTCAACTAGTTA
510 A-TAGCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAAT-ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA
*
33901 GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAACGT-AGGAGGTTCAAGCCCTCCTT
573 GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCA-GAGGTTCAAGCCCTCCTT
* * *
33965 CTAACGTTGTTTTTGCTCGAATTGA
637 CTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA
* * * *
33990 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCAGTT-TATTAAGAAAATTTTCAATT
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATA-TAA-AAAAATTTCAATT
* * *
34053 GGCCTA-TATCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCATC
63 -GCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAC
* * **
34117 TAGTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTAGCTT-TTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAG
127 TAGT-GGAATAACT-CAATTGGTTAGAGCATGT-GGTTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTC-AAG
* * * * * * * *
34181 CCCTGCTT-GAGCGA-TGTTTTATCTTTGGTTATCCATTTGCCATTTACTTTCGAAACAA-TACA
188 CCCT-CTTCTAGC-ATTGTTTTAAC-TTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCA
* * * *
34243 ATTTATACAGTTATATAAATAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAAC
250 ATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAAC
* * *
34308 TGACAATACTGGTTTGAAG-TTAAAGGTCCAACAAACTGGAATAGCTCTA-TTGGTTAGAGCGTG
315 TGATAATACTGG-TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCT-TAGTTGGTTAGAGCGTG
* * * * * *
34371 TGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGACCT-TTTCTAGTGTTG-TTTAATTTGAATAGTC
378 TGGCTGTTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTC
34433 CATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCC
443 CATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCC
*
34498 TAATAGCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA
508 TAATAGCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA
* * * * *
34563 GAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTACATC
573 GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * *
34628 TAACATTGTTTTAGCTCGGATTGT
638 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA
** * * *
34652 TAATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATTAAAAAAATTAT-AATAG
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATA-TAAAAAAATT-TCAATTG
* * ** * * * * * * * * *
34716 ACTATTAACTCTGTTAGTAAAATTTTAAAAATGATAATATTAGTTGGAGTTTAAAGGTCCAACTA
64 CCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTA
* *
34781 GCTGGAATAACTCAGA-TGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAATCCCT
129 G-TGGAATAACTCA-ATTGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCT
* * * *
34845 CATTCTAGCATTGTTTTAGCTCGAATTGACCATTTCCCGTTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTA
192 C-TTCTAGCATTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTA
* * * * * * *
34910 TAAAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACA
255 TACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATA
* * * * ** *
34975 ATACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACT-ACTAGGAATAAG-TCCAATTGGTTAGAGAATTTGGC
320 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GGAAT-AGCT-TAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC
* * * * * * * *
35038 TTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTCATTCTAGCGATGTTTTAACTCTG-ATTATACA
382 TGTTAACCATAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCA
* * * *
35102 TTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-CCAAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCC
445 TTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-AATTTATACAATTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCC
* * * * * *
35166 TACTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACCAG
508 TAATAG--C-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* * * * * * * **
35230 CTAGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGTGGTTTAAGCCCTTT
570 TTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCC
* * ** * *
35294 TTCTAGTGTTATTTTAATTTGAATTG-
635 TTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA
* * * *
35320 CCA-TTCCCA-TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATAAAATTTTATAAAAAAAATTTCAAATGC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT-AAAAAAATTTCAATTGC
* *** * * *
35383 CTATTAGTTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACAGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG
65 CTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* * * * * * * *
35448 TTAGAATAACTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTGAA-TCCTCT
130 -TGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTCT
* * * * *
35512 TCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACTTTCAAAATAATAT-CAATTTATA
194 TCTAGCATTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-TCCAATTTATA
* * * * * *
35576 TAATTATATTAAA-AAAA---TCAACGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAA-TTTCCAAACTGATA
257 CAATTATA-TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGT-CAAACTGATA
* * * * * *
35636 ATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGCTGT
320 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGT
* * * *
35701 TAACAACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTATTTTGAATTGTCCATTTTC
385 TAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCC
* *
35766 CATTTACTTTCAAAATATTACCTATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAG
450 CATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAG
* * * * * ** * *
35831 CTCTTGGTAAAATTTTGAAACTGATAGTACAT-GTTTGAGCTTAAAGGAGCAATTAGTTGGAATA
514 CTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC-TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATA
* * * * * * *
35895 GCTCAGTTGGTTTGAGCGTATTGCTGTTAACCCCAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCTCCTGCTAGTG
578 GCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCG
* *
35960 TTGTTTTAGCTTGGATTGT
643 TTGTTTTAGCTCGGATTGA
* *
35979 CCATTTTCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAATAAAATTTTCAATTG
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAA-TTTCAATTG
* * *
36044 TCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTA
64 CCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTA
* * * * *
36109 GTTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCGTTTGGATGTT-A--AC----TCGGAGGTTCAAGCCCTC
129 G-TGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCT-
*
36167 CTTCTAG-AGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTTAAAAT-ATTACCAA-TT
192 CTTCTAGCA-TTGTTTTAACTT-GATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTT
* * *
36229 ATACAATTATGTAAAGAAACA-TTTCAATGGCCTATTAGC-TA-TTGGT--AATTGTCAAACTGA
254 ATACAATTATATAAAGAAA-ATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGA
* * ** *
36289 TAATACTGGGTGGAGCTTAAAAAGGTCAAAGAAACTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG
318 TAATACTGGTTGGAGCTT--AAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGG
* * * *
36354 CTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGGCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTATTTTGAATTGTCCA
381 CTGTTAACCATAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCA
* * * *
36419 TTTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTGAATGGCCT
445 TTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA-GAAAATTTTCAATGGCCT
*
36484 ATTAGCT
509 AATAGCT
36491 TAGTTGGTTA
Statistics
Matches: 3694, Mismatches: 556, Indels: 366
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
625 2 0.00
626 18 0.00
627 60 0.02
628 9 0.00
629 56 0.02
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650 15 0.00
651 8 0.00
652 2 0.00
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668 26 0.01
669 43 0.01
670 74 0.02
671 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (661 bp):
CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCC
TATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGT
GGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTCTTC
TAGCATTGTTTTAACTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAAT
TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTG
GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA
TAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTA
CTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTGTTGG
TAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTT
GGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTA
GCTCGGATTGA
Found at i:37369 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 36798--38191 Score: 1685
Period size: 223 Copynumber: 6.3 Consensus size: 223
36788 TTATATAATG
* * * * * * *
36798 AATTTTCAACGGCGTATTAGCTCAGTTGGTCAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGAGATTA
1 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA
* * * *
36863 AAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAG
66 AAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAG
* * * *
36928 GTTCAA-CCCTTCTTCTAGCGTTGTTTT-AGATCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT
131 GTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAG-TTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT
*
36991 AATACCAATTTATACAATTATATAAA-AA
195 ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * ** * * * *
37019 TAA--TTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTT
1 -AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT
* * **
37082 AATGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGATTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGA
65 AAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGA
* * *
37147 GGTTTATGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT
130 GGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT
37212 ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
195 ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * * * * *
37241 AACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGTTTG
1 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA
* * * * * * * *
37306 AAGGTCCAGCTAGCTGGAATAACTCAGTTGGCTAGAGTGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCGGAG
66 AAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAG
* * *
37371 GTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATA
131 GTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* * *
37436 TTTCCAATTTATACAGTTATATAATGAA
196 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
**
37464 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTTGGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA
1 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA
* * **
37529 AAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGCCAAAG
66 AAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAG
* * * * *
37594 GTTCAAGCCATCATTCTAGCATTGTTTTAATTTGAATTGT-CATTTTCCCATTTACTTTCAAAAT
131 GTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTCCA-TTTCCCATTTACTTTCAAAAT
*
37658 ATTACCAATTTATACAATTTTATAAAGAA
195 ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * * * * * *
37687 AATTTTTAATGGCCTATTATCTC--TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAGTACAT-GTTTGAGCTT
1 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC-TGGTTGGAGCTT
* * * * * * *
37749 AAAGGAT-CAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTTGAGCGTGTTGCTATTAACCACAAGGTCGG
65 AAAGG-TCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGG
* * * *** * *
37813 AGCTTCAAGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTT-AGCTCATATTGTCCATTTCCCATTTTCTTTCTAA
129 AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAG-TTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAA
*
37877 ATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
193 ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * * * *
37908 AATTTTCAATTGCCTATTAGCTTAGTTTGTAAAAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTG
1 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA
* * * * * * * *
37973 AAGGTTCAACTTGCTGGAATGGCTTAATTGGTTAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTTGGAG
66 AAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAG
* * * *
38038 GTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAAATA
131 GTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* *
38103 TTACCAATTTATACAGTTATATAAAGGA
196 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * *
38131 AATTTTCAATGGCTTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
1 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
38192 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 161, Indels: 29
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
220 109 0.11
221 256 0.26
222 14 0.01
223 616 0.62
224 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (223 bp):
AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTA
AAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAG
GTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
Found at i:37964 original size:444 final size:441
Alignment explanation
Indices: 36798--38191 Score: 1692
Period size: 444 Copynumber: 3.1 Consensus size: 441
36788 TTATATAATG
* * * * * * * * *
36798 AATTTTCAACGGCGTATTAGCTCAGTTGGTCAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGAGATTA
1 AATTTTCAATGGCCTATTAACTCA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTA
* * * * * * * * *
36863 AAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAG
65 AAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGAGCGTTTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAG
* *
36928 GTTCAA-CCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGATCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATA
130 GTTCAAGCCC-TCTTCTAGCGTTGTTTTAGATC-AATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATA
* *
36992 ATACCAATTTATACAATTATATAAA-AATAA--TTCAATAGACTATTAGCTCT-TTTGGTAAAAT
193 ATACCAATTTATACAATTATATAAAGAA-AATTTTCAATAGCCTATTAGCT-TGTTT-GTAAAAG
* * * * *
37053 TTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTTAATGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAG
255 TGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAG
* * * *
37118 ATTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTATGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGG
320 AGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGG
37183 ATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
385 ATTG-TCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * * *
37241 AACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGTTTG
1 AATTTTCAATGGCCTATTAACTCA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTA
* * * * * *
37306 AAGGTCCAGCTAGCTGGAATAACTCAGTTGGCTAGAGTGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCGGAG
65 AAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGAGCGTTTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAG
*
37371 GTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTA-ATTTGAATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT
130 GTTCAAGCCCT-CTTCTAGCGTTGTTTTAGA--TCAATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT
* * * * * *
37435 ATTTCCAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTGGTTGGTAAAAGT
192 AATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTT-GTTTGTAAAAGT
37500 GTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGA
256 GTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGA
* ** * * * * *
37565 GTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGCCAAAGGTTCAAGCCATCATTCTAGCATTGTTTTAATTTGAA
321 GTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGA
*
37630 TTGTCATTTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTTTATAAAGAA
386 TTGTCA-TTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * * * * *
37687 AATTTTTAATGGCCTATTATCTC-TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAGTACAT-GTTTGAGCTTA
1 AATTTTCAATGGCCTATTAACTCATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAC-TGGTTGGAGCTTA
* * *
37750 AAGGAT-CAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTTGAGCGTGTT-GCTATTAACCACAAGGTCGG
65 AAGG-TCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGAGCGT-TTGGCTATTAACCACAAGGTCGG
* * * * * *
37813 AGCTTCAAGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAGCTCATATTGTCCATTTCCCATTTTCTTTCTAAA
128 AGGTTCAAGCCCTC-TTCTAGCGTTGTTTTAGATCA-ATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAA
*
37878 TAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTTAGTTTGTAAAAG
191 TAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTT-GTTTGTAAAAG
* * * * * *
37943 TGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTGAAGGTTCAACTTGCTGGAATGGCTTAATTGGTTAG
255 TGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAG
* * * * * * *
38008 AGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTGTTTTAACTTGG
320 AGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGG
* * *
38073 ATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGGA
385 ATTGT-CATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
* * * *
38131 AATTTTCAATGGCTTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
1 AATTTTCAATGGCCTATTAACTCA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
38192 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 115, Indels: 37
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
443 121 0.15
444 441 0.54
445 14 0.02
446 238 0.29
447 2 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (441 bp):
AATTTTCAATGGCCTATTAACTCATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAA
AGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGAGCGTTTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGG
TTCAAGCCCTCTTCTAGCGTTGTTTTAGATCAATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATA
CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTTGTTTGTAAAAGTGTCAA
ACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTG
TGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTC
ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAA
Found at i:38079 original size:667 final size:664
Alignment explanation
Indices: 36783--38191 Score: 1909
Period size: 667 Copynumber: 2.1 Consensus size: 664
36773 TTCAACAATT
* * * *
36783 TACAGTTATATAATG-AATTTTCAACGGCGTATTAGCTCAGTTGGTCAAAGTGTCAAACTAACAA
1 TACAGTTATATAATGAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAA
* * * *
36847 TATTTGTTGGAGATTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTT
66 TACTGGTTGGAGATTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTT
* ** * * * *
36912 AACCACAAGGTCGGAGGTTCAACCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGATCGGATTGACCATTTCTCA
131 AACCACAAGGCCAAAGGTTCAACCCATCTTCTAGCATTGTTTTAGATCGAATTGACCATTTCCCA
36977 TTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAATAATTCAATAGACTATTAGCTCT
196 TTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAATAATTCAATAGACTATTA-CTCT
* * *
37042 TTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTTAATGGTCCAATTAGCTGGAATAGCT
260 CTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAACT
* * ** * * * * *
37107 TAGTTGGTTAGATTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTATGCCCTCCTTCTAGCGTTG
325 CAATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTG
** * *
37172 TTTTAAGTTGGATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
390 TTTTAAGTCAGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA
* *
37237 AGAAAACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAG
455 AGAAAACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAACACTGGTTGGAG
* * * *
37302 TTTGAAGGTCCAGCTAGCTGGAATAACTCAGTTGGCTAGAGTGTTTGGTTGTTAACCACATGGTC
520 CTTGAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTC
* *
37367 GGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCTC-ATTTACTTTCA
585 GGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTC-CGATTTACTTTCA
*
37431 AAATATTTCCAATTTA
649 AAATATTACCAATTTA
**
37447 TACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTGGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACA
1 TACAGTTATATAATG-AAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACA
* * **
37512 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGT
65 ATACTGGTTGGAGATTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGT
* * *
37577 TAACCACAAGGCCAAAGGTTCAAGCCATCATTCTAGCATTGTTTTA-ATTTGAATTG-TCATTTT
130 TAACCACAAGGCCAAAGGTTCAACCCATC-TTCTAGCATTGTTTTAGA-TCGAATTGACCA-TTT
* * * * *
37640 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTTTATAAAGAA-AATTTTTAATGGCCTAT
192 CCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AATAA--TTCAATAGACTAT
* *
37704 TA-TCTCTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAGTACATGTTTG-AGCTTAAAGGAT-CAATTAGCTG
254 TACTCTCTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAC-TGGTTGAAGCTTAAAGG-TCCAATTAGCTG
* *
37766 GAATAACTCAATTGGTTTGAGCGTGTTGCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTC
317 GAATAACTCAATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTC
* * * *
37831 TAGTGTTGTTTT-AGCTCATATTGTCCATTTCCCATTTTCTTTCTAAATAATACCAATTTATACA
382 TAGCGTTGTTTTAAG-TCAGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
* * * * * *
37895 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTTAGTTTGTAAAAGTGTCAAACTGACAACAC
446 ATTATATAAAGAAAACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAACAC
* * ** * *
37960 TGGTTGGAGCTTGAAGGTTCAACTTGCTGGAATGGCTTAATTGGTTAGAGCGTTTGGTTGTTAAC
511 TGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGAGCGTTTGGTTGTTAAC
* * *
38025 CACATGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCGATT
576 CACATGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCGATT
38090 TACTTTCAAAATATTACCAATTTA
641 TACTTTCAAAATATTACCAATTTA
* * * *
38114 TACAGTTATATAAAGGAAATTTTCAATGGCTTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACA
1 TACAGTTATAT-AATGAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACA
38179 ATACTGGTTGGAG
65 ATACTGGTTGGAG
38192 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 83, Indels: 23
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
664 15 0.02
666 129 0.20
667 482 0.74
668 11 0.02
669 12 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (664 bp):
TACAGTTATATAATGAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAA
TACTGGTTGGAGATTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTT
AACCACAAGGCCAAAGGTTCAACCCATCTTCTAGCATTGTTTTAGATCGAATTGACCATTTCCCA
TTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAATAATTCAATAGACTATTACTCTC
TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAACTC
AATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGT
TTTAAGTCAGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA
GAAAACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAACACTGGTTGGAGC
TTGAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCG
GAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAA
ATATTACCAATTTA
Found at i:38263 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 38094--38289 Score: 320
Period size: 98 Copynumber: 2.0 Consensus size: 98
38084 CCGATTTACT
* * * * * *
38094 TTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGGAAATTTTCAATGGCTTATTAGCACATTTG
1 TTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCACAATTG
38159 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
66 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
* *
38192 TTCAAAATAATATCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTG
1 TTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCACAATTG
38257 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
66 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
38290 CTTAAAGGTC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 8, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
98 90 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (98 bp):
TTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCACAATTG
GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
Found at i:38457 original size:321 final size:320
Alignment explanation
Indices: 37875--38502 Score: 952
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 320
37865 TTTTCTTTCT
** * * *
37875 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTTAGTTTGTAA
1 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
* * * * * * *
37940 AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTGAAGGTTCAACTTGCTGGAATGGCTTAATTGGT
66 AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGTGGT
* * * *
38005 TAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTGTTTTAACT
131 TAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTGTTTTAACT
* * * *
38070 TGGATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGGAAATT
196 TGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
** *
38135 TTCAATGGCTTATTAGCAC-ATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGTTCA
261 TTCAACAGCCTATTAGCACTA-TTGG-AAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGTTCA
*
38196 AAATAATATCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
1 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
* *
38261 AAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGGTGGT
66 AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGTGGT
* * *
38326 TAGAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTTTTTTAATT
131 TAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTGTTTTAACT
38391 TGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
196 TGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
* *
38456 TTCAACAGCCTATTAGCTCTATTGGAAAAGTGTCAAACTGATAATAC
261 TTCAACAGCCTATTAGCACTATTGGAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
38503 AAGGTTGAGC
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 31, Indels: 3
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
320 21 0.08
321 253 0.92
322 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (320 bp):
AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGTGGT
TAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTGTTTTAACT
TGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
TTCAACAGCCTATTAGCACTATTGGAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGTTCA
Found at i:38589 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 38192--39105 Score: 1114
Period size: 222 Copynumber: 4.1 Consensus size: 222
38182 CTGGTTGGAG
* * * *
38192 TTCAAAATAATATCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTG
1 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACAGCCTATTAGCTCAGTTG
* *
38257 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGG
66 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAA-GTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGT
* * *
38322 TGGTTAGAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTTTTTT
130 TGGTTAGAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCATTGTTTT
*
38387 AATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
195 AATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
38415 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACAGCCTATTAGCTCTA-TT
1 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACAGCCTATTAGCTC-AGTT
* * * *
38479 GG-AAAAGTGTCAAACTGATAATACAAGGTT-GAGCTTAAATGTCCAACTAGATGGAATAGCTTA
65 GGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC-TGGTTGGAGCTTAAA-GTCCAACTAGCTGGAATAGCTCA
* * * * * *
38542 GTTGGTTAGAGCT-TTTGGTTGTTAACCATATGGTCGGAGGATCAAGCCTTCCTTA-AGCATTGT
128 GTTGGTTAGAG-TGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCATTGT
* * * *
38605 TTTAGCTCGGAATT-TCCATTTCCCCTTT-TT
192 TTTA-ATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
* * * **
38635 TTCAAAATAATAACAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTG
1 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACAGCCTATTAGCTCAGTTG
* *
38700 GTAAAAGTGTCAAAATGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAAGTCCAACTAGTTGGAATAACGC-CA
66 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT-AAAGTCCAACTAGCTGGAAT-A-GCTCA
* *** * * *
38764 ATTGGTTAGAACATTTGGTTGTTAACCTCAAGGTCAGAGGTTCAAAGCCCTTCTTATAGCATTGT
128 GTTGGTTAGAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTATAGCATTG-
* *
38829 TTTTACTCTG-ATTGTCCATTTCCCATTTAAT
191 TTTTAATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
* ** * *
38860 TTAAAAATATTACCAATTTATACTGTTATATAAAGGAAAA-TTTCAA-ATGGCCTATTAGCACAT
1 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA-GAAAATTTTCAACA--GCCTATTAGCTCAG
* *
38923 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGCTTCATCTAGCTGGAATAGCTC
63 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAG-TCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * *
38988 AGTTGGTTAAAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTC-GAAGGTTCAAGCCCTTCTTTTAGCTTTG
127 AGTTGGTTAGAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCATTG
* * *
39052 TTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACT
191 TTTTAATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
39084 TTCAAAATATTACCAATTTATA
1 TTCAAAATATTACCAATTTATA
39106 GTCGAAGGTT
Statistics
Matches: 595, Mismatches: 73, Indels: 45
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
219 1 0.00
220 64 0.11
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223 88 0.15
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225 83 0.14
226 68 0.11
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (222 bp):
TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACAGCCTATTAGCTCAGTTG
GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTT
GGTTAGAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCATTGTTTTA
ATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
Found at i:39133 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 39021--39190 Score: 322
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
39011 TAACCACAAG
* *
39021 GTCGAAGGTTCAAGCCCTTCTTTTAGCTTTGTTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTT
1 GTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTT
39086 CAAAATATTACCAATTTATA
66 CAAAATATTACCAATTTATA
39106 GTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTT
1 GTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTT
39171 CAAAATATTACCAATTTATA
66 CAAAATATTACCAATTTATA
39191 TAGTTATATA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 83 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (85 bp):
GTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTT
CAAAATATTACCAATTTATA
Found at i:39384 original size:309 final size:308
Alignment explanation
Indices: 38839--39413 Score: 818
Period size: 309 Copynumber: 1.9 Consensus size: 308
38829 TTTTACTCTG
38839 ATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAAAAATATTACCAATTTATACTGTTATATAAAGGAAAATTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAAAAATATTACCAATTTATACTGTTATATAAAGGAAAATTTC
* *
38904 AAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGCTT
66 AAATGGCCTATTAGCACAATTGGAAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGC-T
* *
38969 CATCTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAAAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAA
130 CAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAAAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAA
* * * * * *
39034 GCCCTTCTTTTAGCTTTGTTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCAAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCA
39099 ATTTATAGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTTAATTTAA
260 ATTTATAGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTTAATTTAA
* * *
39148 ATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA-TAGTTATAT-AAGGAAAATTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAAAAATATTACCAATTTATACT-GTTATATAAAGGAAAA-TT
** * * * *
39211 TC-AATGGCCTATTAGCTTAATTGGAAAAAGTGTCAAATTGACTATATTGGTTGGAGCTTGAAGA
64 TCAAATGGCCTATTAGCACAATTGGAAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAG-
* * * * *
39275 C-CAAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGTTTGTGGTTTTTAACCCCCAAGGTC-AGAGG
128 CTC-AACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAAAGTGTGTGGTTGTTAA-CCACAAGGTCGA-AGG
* *
39338 TTTAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
190 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCAAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
39403 TACCAATTTAT
255 TACCAATTTAT
39414 GCAGTTATTT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 26, Indels: 12
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
307 1 0.00
308 101 0.43
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ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (308 bp):
ATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAAAAATATTACCAATTTATACTGTTATATAAAGGAAAATTTC
AAATGGCCTATTAGCACAATTGGAAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGCTC
AACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAAAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAG
CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCAAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAA
TTTATAGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTTAATTTAA
Found at i:40105 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40070--40114 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
40060 CTCGTTTGTC
40070 TTAAAGAATATATTAATA-TAAT
1 TTAAAGAATATATTAATATTAAT
*
40092 TTAAA-AATGTATTAATATTAAT
1 TTAAAGAATATATTAATATTAAT
40114 T
1 T
40115 AATTGCAATC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.52
22 10 0.48
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
TTAAAGAATATATTAATATTAAT
Found at i:41441 original size:61 final size:58
Alignment explanation
Indices: 41313--41470 Score: 192
Period size: 61 Copynumber: 2.7 Consensus size: 58
41303 AAGTCACTGC
*
41313 TTTGTTGAGTCTCTC-AGCTATTAAAAGTTACAAAATGATCCCGATTATAAAGAATTGT
1 TTTGTTGAGTCTCTCGA-CTATTAAAAGTTACAAAATGGTCCCGATTATAAAGAATTGT
* * ** **
41371 TTTATTGAGTCTCTCGACTATTAAAAAGTTACAAAATGGTCTCATGATTATATGGTGTTGT
1 TTTGTTGAGTCTCTCGACTATT-AAAAGTTACAAAATGGTC-C-CGATTATAAAGAATTGT
* *
41432 TTTGTTGAGTCTCTCGATTATTAAAAGTTATAAAATGGT
1 TTTGTTGAGTCTCTCGACTATTAAAAGTTACAAAATGGT
41471 TAATCGTCTG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 10, Indels: 6
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
58 19 0.22
59 18 0.21
60 17 0.20
61 32 0.37
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (58 bp):
TTTGTTGAGTCTCTCGACTATTAAAAGTTACAAAATGGTCCCGATTATAAAGAATTGT
Found at i:54043 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 53343--54073 Score: 1351
Period size: 356 Copynumber: 2.0 Consensus size: 357
53333 TAAGGCGAAC
*
53343 AAACGAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
1 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
53408 GAAAAATACGAAAATTCAAATAAAGAAAAAAAAAGAATAAAAATATAAATAGATAGGTAAATAAA
66 GAAAAATACGAAAATTCAAAT----AAAAAAAAAGAATAAAAATATAAATAGATAGGTAAATAAA
53473 AATATACATGAATAAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAAAAAATATGAGTAATATATATAT
127 AATATACATGAATAAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAAAAAATATGAGTAATATATATAT
53538 AATAAAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATGTATATATATATATATAACTAATAAGAAT
192 AATAAAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAA-GTATATATATATATATAACTAATAAGAAT
53603 ATAATATAATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGA
256 ATAATATAATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGA
53668 TATAATAAAATATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
321 TATAATAAAATATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
53705 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
1 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
53770 GAAAAATACGAAAATTCAAAT-AAAAAAAAGAATAAAAATATAAATAGATAGGTAAATAAAAATA
66 GAAAAATACGAAAATTCAAATAAAAAAAAAGAATAAAAATATAAATAGATAGGTAAATAAAAATA
53834 TACATGAATAAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAATACAAATATGAGTAATATATATATAA
131 TACATGAATAAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAA-A-AAATATGAGTAATATATATATAA
* *
53899 TAAAATAGCATGTAATAAAAGAAAAATATGTAA-TATATATATATATA-AACTAATAAGAATATA
194 TAAAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAAGTATATATATATATATAACTAATAAGAATATA
53962 ATATAATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGATAT
259 ATATAATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGATAT
54027 AATAAAATATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
324 AATAAAATATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
54061 AAACAAAATAAAG
1 AAACAAAATAAAG
54074 TTAGATGGTC
Statistics
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0.97 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.62, C:0.04, G:0.10, T:0.23
Consensus pattern (357 bp):
AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
GAAAAATACGAAAATTCAAATAAAAAAAAAGAATAAAAATATAAATAGATAGGTAAATAAAAATA
TACATGAATAAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAAAAAATATGAGTAATATATATATAATA
AAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAAGTATATATATATATATAACTAATAAGAATATAAT
ATAATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGATATAA
TAAAATATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
Found at i:55911 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 55850--56005 Score: 141
Period size: 43 Copynumber: 3.4 Consensus size: 43
55840 ACCAGCGGTC
55850 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
* * * * * ** ***
55893 CCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGT
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCG---TTG--TCTGGA-GTCCA-ATAT
55943 CCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
1 -CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
*
55987 CCTTCGTTGTGAAGTTGAA
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAA
56006 ATTGGCTCTG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 21, Indels: 16
0.69 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
43 40 0.48
44 1 0.01
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48 7 0.08
49 3 0.04
50 1 0.01
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ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.26, T:0.35
Consensus pattern (43 bp):
CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
Found at i:56086 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 55830--56414 Score: 991
Period size: 98 Copynumber: 5.9 Consensus size: 98
55820 TGGGAAGTTA
55830 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
55895 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGG----GAAATTG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
55924 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
55989 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
56022 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGT-TAGGAGTCCAATATC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCT-GGAGTCCAATATC
*
56086 CTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTG
65 CTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
* *
56120 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTATGAAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
*
56185 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
*
56218 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCATCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
56283 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGAG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATT--G
* *
56318 AAATGTCTGTTGACAACCAGCGGTCCCTTCGCCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAA
1 ---T-T-TATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAA
*
56383 TATCCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGACTCTG
61 TATCCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTG
56415 GGTAAAACCT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 10, Indels: 15
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
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97 1 0.00
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99 1 0.00
100 1 0.00
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104 1 0.00
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Consensus pattern (98 bp):
TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
Found at i:56152 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 56085--56256 Score: 172
Period size: 55 Copynumber: 3.3 Consensus size: 55
56075 AGTCCAATAT
*
56085 CCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
* * ***
56140 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTT-G--C-G---TTG--TA-TGA-AGTCCA-ATAT-
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACA-ACCAGCGGTC
*
56183 CCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
*
56238 CCTTCATCGTGAAGTTGAA
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAA
56257 CTTGCGTTGT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 14, Indels: 28
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
43 20 0.22
44 3 0.03
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Consensus pattern (55 bp):
CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
Found at i:56372 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 56222--56414 Score: 359
Period size: 105 Copynumber: 1.8 Consensus size: 105
56212 AAATTGTTTA
*
56222 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCATCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
1 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCACCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
*
56287 TTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGAGAAATGTCTG
66 TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTGAAATTGAGAAATGTCTG
*
56327 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCGCCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
1 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCACCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
56392 TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTG
66 TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTG
56415 GGTAAAACCT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
105 85 1.00
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TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTGAAATTGAGAAATGTCTG
Found at i:66678 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 66659--66693 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 3.4 Consensus size: 10
66649 AAGGTTAGTA
*
66659 AAATAGAAAT
1 AAATAAAAAT
66669 AAATAAAAAT
1 AAATAAAAAT
66679 AAATAAATAAT
1 AAATAAA-AAT
66690 AAAT
1 AAAT
66694 GGTAAAGGAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
10 16 0.70
11 7 0.30
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Consensus pattern (10 bp):
AAATAAAAAT
Found at i:66684 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 66665--66693 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
66655 AGTAAAATAG
66665 AAATAAATAA-AAAT
1 AAATAAATAATAAAT
66679 AAATAAATAATAAAT
1 AAATAAATAATAAAT
66694 GGTAAAGGAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.71
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Consensus pattern (15 bp):
AAATAAATAATAAAT
Found at i:68163 original size:354 final size:344
Alignment explanation
Indices: 67639--68353 Score: 1179
Period size: 354 Copynumber: 2.0 Consensus size: 344
67629 TAAGGCGAAC
* *
67639 AAACGAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAATTTTACAAG
1 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
67704 GAAAAATACGAAAATTCAAATAAGAAAAAAAAGAATAAAATATAATAGATAGGTAAATAAAAATA
66 GAAAAATACGAAAATTCAAATAAGAAAAAAAAGAATAAAATATAATAGATAGGTAAATAAAAATA
* *
67769 TACATGAATAAAAAATATAAAACAAGAAAATGAAAAAAAAAATATGAGTAATATATATATATAAC
131 TACATGAATAAAAAATAAAAAACAAGAAAATGAAAAAACAAATATGAGTAATATATATA-AT---
67834 AAAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATGTATATATATATAAAACTAAT-AG-ATATAAT
192 AAAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATG--TATATATATAAAACTAATAAGAATAT-A-
67897 ATATATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGAGATAT
253 ATATA-ATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAATATCTATATATAAAAGAGTAAATAC--GAGATAT
67962 AATAAAATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
315 AAT-AAA-ATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
67994 AAAC-AAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
1 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
68058 GAAAAATACGAAAATTCAAATAAAGAAAAAAAAAGAATAAAATATAAATAGATAGGTAAAT-AAA
66 GAAAAATACGAAAATTCAAAT-AAG-AAAAAAAAGAATAAAATAT-AATAGATAGGTAAATAAAA
68122 A-ATACATGAATAAAAAATAAAAAACAAAGAAAATGAAAAAAAACAAATATGAGTAATATATATA
128 ATATACATGAATAAAAAATAAAAAAC-AAGAAAATG--AAAAAACAAATATGAGTAATATATATA
*
68186 ATAAAATAGCATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATGTATATATATAAAACTAATAAGAATATAAT
190 ATAAAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATGTATATATATAAAACTAATAAGAATATAAT
68251 ATAATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGATATAATAA
255 ATAATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGATATAATAA
68316 AATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
320 AATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
68341 AAACAAAATAAAG
1 AAACAAAATAAAG
68354 TTAGATGGTC
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 4, Indels: 25
0.92 0.01 0.07
Matches are distributed among these distances:
347 28 0.08
348 11 0.03
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351 50 0.14
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355 30 0.09
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ACGTcount: A:0.62, C:0.05, G:0.11, T:0.23
Consensus pattern (344 bp):
AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
GAAAAATACGAAAATTCAAATAAGAAAAAAAAGAATAAAATATAATAGATAGGTAAATAAAAATA
TACATGAATAAAAAATAAAAAACAAGAAAATGAAAAAACAAATATGAGTAATATATATAATAAAA
TAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATGTATATATATAAAACTAATAAGAATATAATATAATA
GTGTAAATAAATAAAAATCCAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGATATAATAAAATATA
AGTATAAAGGGGTAAAATG
Found at i:69743 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 69736--69773 Score: 69
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
69726 TGATTAGAAT
69736 TA TA TA TA TA TA TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
69774 TACTCACAGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 34 0.97
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:69759 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 69737--69770 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
69727 GATTAGAATT
69737 ATATATATATATATATA
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69754 ATATATATATATATATA
1 ATATATATATATATATA
69771 TATTACTCAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
ATATATATATATATATA
Done.