genome.fa.s3881.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003881.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008370_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  143436

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1167--1573	145	2.8	144	80	5	423	37	21	14	26	1.92
7530--7554	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16628--16679	20	2.6	20	90	0	86	17	26	23	32	1.96
19864--19902	20	2.0	20	84	0	51	23	17	12	46	1.83
24327--24427	51	2.0	50	98	1	193	35	17	14	31	1.91
24911--24961	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
24911--25248	20	16.6	20	81	8	164	37	20	23	18	1.94
25036--25242	40	5.1	40	87	3	225	33	18	27	20	1.96
25036--25242	83	2.5	80	80	4	225	33	18	27	20	1.96
25015--25238	103	2.2	103	87	0	313	33	18	27	20	1.96
25036--25231	60	3.2	60	84	4	221	33	19	28	19	1.96
25235--25278	20	2.2	20	87	0	61	56	15	15	11	1.66
25075--25268	60	3.2	60	81	2	154	37	19	26	17	1.93
25355--25446	6	15.5	6	98	1	177	32	51	16	0	1.45
26108--26191	6	14.5	6	98	1	147	0	16	52	30	1.44
26269--26312	20	2.2	20	87	0	61	11	15	15	56	1.66
26299--26472	20	8.4	20	81	5	150	19	24	18	36	1.94
26336--26472	43	3.3	43	84	6	199	20	25	18	35	1.95
26309--26431	63	2.0	63	90	0	192	18	26	18	36	1.94
26314--26472	83	1.9	83	89	0	246	20	25	18	35	1.95
26486--26539	20	2.7	20	91	0	81	11	16	18	53	1.72
26526--26576	19	2.6	19	84	3	66	15	13	23	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27296--27689	186	2.1	185	90	1	630	44	3	7	44	1.48
28257--28316	26	2.3	26	100	0	120	13	25	25	36	1.92
33188--33262	30	2.6	29	81	12	82	18	10	4	66	1.37
34770--34803	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
35344--35591	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
35990--36064	35	2.1	36	87	2	107	34	1	22	41	1.63
38415--38518	10	10.4	10	69	16	56	77	3	16	1	1.00
38429--38513	12	7.3	11	74	24	59	80	2	15	2	0.93
38440--38515	28	2.7	29	78	17	88	80	2	14	2	0.93
38439--38501	7	8.9	7	75	16	58	82	1	14	1	0.82
38415--38513	20	5.1	19	76	19	73	78	3	16	2	0.96
38422--38513	47	2.0	46	82	2	112	79	2	16	2	0.93
40239--40884	85	7.6	85	83	2	713	36	21	17	24	1.94
40239--40884	171	3.8	169	83	2	740	36	21	17	24	1.94
40238--40873	256	2.5	256	84	4	766	36	21	17	24	1.94
42344--42405	30	2.1	30	81	6	72	20	14	6	58	1.59
42357--42425	30	2.3	30	82	9	88	18	14	5	60	1.53
42419--42445	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
42467--42503	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
45107--45140	2	17.0	2	93	0	50	44	0	5	50	1.26
45325--45360	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
49459--49645	29	6.7	29	79	13	196	36	6	22	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50529--50614	31	2.7	31	78	1	82	16	30	27	25	1.97
51710--51743	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
60460--60579	21	5.7	21	94	0	213	28	14	32	25	1.94
63233--63293	28	2.2	27	81	16	72	50	0	0	49	1.00
63328--63392	26	2.5	27	75	12	64	47	0	0	52	1.00
63336--63431	45	2.1	46	77	16	110	47	1	0	51	1.07
64149--64223	35	2.1	36	78	11	84	45	0	2	52	1.15
64304--64399	47	2.1	44	81	14	106	48	1	1	48	1.15
64357--64413	18	3.2	17	76	11	53	42	1	1	54	1.21
64385--64431	22	2.1	22	84	7	60	44	0	2	53	1.12
64333--64498	72	2.2	76	77	15	168	47	0	3	48	1.21
71975--72011	18	2.1	18	90	5	58	16	8	13	62	1.54
83957--83999	23	1.9	23	86	13	63	76	11	0	11	1.02
83953--84001	22	2.3	21	80	19	57	75	10	0	14	1.04
84676--84729	21	2.5	22	96	3	101	51	31	3	12	1.57
92994--93147	64	2.4	64	77	10	163	35	18	18	27	1.94
93815--93894	42	1.9	42	82	5	99	35	21	21	22	1.96
94084--94128	23	2.0	23	91	4	74	4	15	44	35	1.67
94885--94930	21	2.2	22	80	11	60	50	2	17	30	1.58
95712--95758	24	2.0	24	83	8	60	48	0	0	51	1.00
97046--97070	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
97619--97916	151	2.0	152	99	0	589	41	22	12	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99292--99351	30	2.0	30	83	6	77	56	8	15	20	1.64
99587--99640	25	2.2	26	80	10	67	20	14	1	62	1.40
102863--103058	37	5.3	37	78	8	114	45	5	4	44	1.46
102868--102918	27	1.9	27	84	11	70	52	5	1	39	1.37
103035--103111	25	3.0	25	72	7	73	46	5	2	45	1.39
102880--103271	36	10.1	38	72	16	238	44	6	4	44	1.50
103054--103083	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
102942--103195	127	2.0	127	95	1	456	43	6	5	44	1.52
103070--103296	36	6.1	37	77	10	151	44	7	4	44	1.51
103172--103298	39	3.4	37	77	13	125	45	6	3	44	1.47
103873--104456	84	7.0	82	80	5	622	23	21	25	29	1.99
103862--104456	165	3.6	162	85	4	685	23	21	25	29	1.99
103918--104456	250	2.2	249	94	0	943	23	22	25	29	1.99
107864--107908	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
109637--109694	24	2.3	24	82	11	64	74	5	5	15	1.18
109622--109694	24	3.1	22	75	16	58	72	5	4	17	1.20
110878--110927	25	1.9	27	84	8	68	52	6	2	40	1.38
110878--110927	26	1.9	26	84	8	66	52	6	2	40	1.38
110893--111077	37	5.0	37	79	7	196	44	5	4	45	1.48
110890--111265	36	9.8	36	71	18	183	44	6	4	44	1.50
111044--111120	25	3.0	24	76	16	75	46	6	2	44	1.43
111063--111092	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110951--111204	127	2.0	127	94	1	447	43	7	5	44	1.53
111079--111305	36	6.1	37	77	10	160	44	7	4	43	1.52
111177--111305	38	3.5	36	80	11	138	47	6	3	42	1.46
111182--111307	39	3.3	38	78	13	132	46	6	3	43	1.47
112200--112298	44	2.6	35	72	26	94	32	17	11	39	1.84
112211--112311	44	2.3	44	100	0	202	30	18	7	42	1.79
118309--118414	3	36.0	3	73	17	89	62	0	0	36	1.02
118358--118415	8	7.1	8	81	12	57	67	0	1	31	1.01
118321--118408	30	2.9	30	81	10	99	63	0	1	35	1.02
118320--118414	37	2.6	34	79	18	104	63	0	1	35	1.02
120005--120166	54	3.0	54	88	3	236	27	22	13	36	1.92
120370--120407	18	2.1	18	90	0	58	52	2	10	34	1.50
132027--132077	26	2.0	26	88	7	77	41	0	1	56	1.10
133807--133888	3	28.0	3	80	11	82	65	0	0	34	0.93
133830--133896	12	5.5	12	74	13	57	70	0	0	29	0.88
133827--133900	15	4.7	15	79	14	87	70	0	0	29	0.88
134709--134742	15	2.3	15	89	0	50	67	14	2	14	1.34
138131--139318	461	2.6	461	89	4	1795	42	13	18	25	1.87

Tables:   1

The End!