genome.fa.s3891.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003891.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008404_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  117207

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11262--11318	20	2.8	20	100	0	114	54	10	15	19	1.70
12304--12340	6	6.2	6	93	6	58	81	0	0	18	0.70
12647--12818	84	2.0	84	84	0	218	23	17	27	31	1.97
13068--13277	65	3.3	63	81	11	239	30	23	18	27	1.98
13727--13764	20	1.9	20	94	0	67	31	7	28	31	1.86
21390--21473	40	2.1	40	86	0	114	40	1	35	22	1.62
21797--22006	65	3.2	64	80	9	239	30	23	18	27	1.97
21978--22026	19	2.6	19	84	9	57	24	24	20	30	1.98
22785--22826	22	1.9	22	85	0	57	38	11	23	26	1.90
22906--23004	37	2.5	40	82	8	114	44	17	21	17	1.87
22812--23154	144	2.4	145	85	5	454	41	13	18	25	1.88
23038--23155	37	3.2	37	87	4	186	38	12	18	30	1.88
23457--23571	43	2.7	43	84	4	133	23	17	27	31	1.97
23496--23613	43	2.7	43	85	0	146	20	20	31	27	1.97
24643--24860	83	2.5	89	83	13	265	31	19	18	30	1.96
24691--24885	94	2.1	94	88	4	295	31	18	16	32	1.94
24691--24889	95	2.1	96	86	4	296	32	18	16	33	1.93
27565--27635	21	3.3	22	74	16	60	70	1	5	22	1.16
27726--27782	20	2.8	20	94	0	105	52	10	17	19	1.73
28994--29057	18	3.6	18	73	23	71	51	31	14	3	1.57
29009--29049	17	2.7	14	80	20	55	46	34	14	4	1.66
29279--29313	17	2.0	18	88	5	54	74	2	0	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30009--30045	4	9.2	4	100	0	74	0	24	24	51	1.49
39131--39182	26	2.0	26	96	0	95	15	32	19	32	1.93
42166--42197	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
46774--46826	21	2.5	21	78	6	63	20	24	18	35	1.95
46816--46867	21	2.5	20	84	3	59	38	19	23	19	1.93
46856--46970	20	5.7	20	77	2	104	34	26	15	23	1.95
46853--46990	41	3.4	41	79	4	163	36	24	15	23	1.93
47119--47157	19	2.1	19	85	9	53	15	51	0	33	1.44
47150--47193	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
47457--47515	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
48836--48883	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
49416--49461	20	2.3	20	84	0	56	39	26	19	15	1.91
49455--49551	19	5.6	19	71	22	88	47	21	18	12	1.81
49471--49529	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
49455--49546	33	2.8	33	96	0	166	48	21	17	11	1.79
49563--49621	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
49558--49637	33	2.4	33	97	0	151	11	18	22	47	1.80
49610--49696	20	4.4	20	88	1	122	14	24	24	36	1.93
49623--49722	20	5.1	19	85	6	83	21	20	25	34	1.97
49623--49716	40	2.4	40	83	5	111	18	21	25	35	1.95
50071--50139	21	3.3	20	78	6	75	24	40	14	20	1.90
50061--50151	41	2.2	42	86	2	130	21	41	14	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51560--51598	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
51735--51802	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
52045--52153	39	2.8	40	87	2	157	30	21	25	22	1.99
52045--52160	20	5.8	20	90	2	162	29	20	27	22	1.99
52128--52205	41	1.9	41	86	0	111	19	16	26	37	1.93
52135--52223	41	2.2	41	81	4	99	21	16	23	38	1.93
52191--52240	21	2.4	21	80	3	57	20	20	16	44	1.87
53238--53274	12	3.1	12	92	0	65	72	0	24	2	0.97
55602--55699	19	5.7	19	67	22	72	44	18	23	13	1.85
55602--55695	33	2.8	33	93	0	152	44	18	23	13	1.85
55695--55771	19	4.3	19	76	20	85	12	15	24	46	1.81
55710--55836	33	3.8	33	89	2	175	14	18	20	46	1.84
55695--55836	19	8.3	18	70	21	83	14	18	21	45	1.85
55943--55979	14	2.6	15	87	12	60	48	21	0	29	1.50
57330--57396	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
57330--57452	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
57670--57855	92	2.0	90	89	7	284	47	18	12	21	1.81
59557--59644	20	4.8	19	76	17	87	40	22	22	13	1.89
59548--59693	19	8.1	19	71	17	114	45	20	21	12	1.84
59556--59693	52	2.6	52	87	2	195	43	21	22	12	1.86
59689--59733	19	2.4	19	88	0	63	8	17	24	48	1.75
59702--59767	34	2.0	33	85	8	89	10	19	22	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60188--60422	20	11.6	20	74	11	147	26	19	19	34	1.96
60206--60422	41	5.3	41	75	10	176	26	19	18	35	1.95
60185--60444	143	1.8	143	87	3	389	28	18	20	32	1.96
60228--60484	123	2.1	122	84	5	322	28	19	20	31	1.97
60412--60464	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
61308--61339	11	2.9	11	100	0	64	28	18	28	25	1.98
63745--63820	36	2.1	36	87	0	107	19	47	15	17	1.83
63745--63820	18	4.2	18	82	0	89	19	47	15	17	1.83
66596--66676	32	2.6	32	82	2	92	16	29	30	23	1.96
66592--66715	63	2.0	63	84	6	162	17	27	28	26	1.98
66592--66676	31	2.7	31	81	1	98	15	29	29	25	1.96
67407--67588	20	8.9	20	65	12	66	32	23	15	29	1.95
67551--67597	22	2.1	22	96	0	85	27	27	12	31	1.93
67582--67783	97	2.1	97	87	1	289	40	16	14	28	1.88
68041--68065	12	2.1	12	100	0	50	16	8	8	68	1.38
69084--69132	25	2.0	25	91	0	80	22	8	14	55	1.65
74064--74110	18	2.6	18	78	18	53	25	6	0	68	1.13
74139--74204	35	2.0	33	83	13	84	21	21	6	51	1.69
76590--76622	13	2.5	13	95	0	57	9	15	0	75	1.03
77378--77440	24	2.6	25	92	7	112	42	0	6	50	1.27
77874--77903	14	2.1	14	93	0	51	40	10	20	30	1.85
80091--80138	23	2.1	23	96	0	87	29	10	12	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80091--80129	11	3.5	11	79	6	51	25	12	12	48	1.77
80237--80443	103	2.0	103	99	0	405	33	11	18	36	1.87
81295--81333	16	2.5	16	87	4	53	71	10	5	12	1.28
84383--84504	40	3.0	40	96	0	226	24	17	26	31	1.97
84609--84734	47	2.8	45	85	5	164	39	7	23	29	1.83
86244--86273	13	2.3	13	100	0	60	73	0	13	13	1.10
86244--86347	6	17.7	6	74	24	55	70	2	18	8	1.26
86276--86323	21	2.2	21	82	10	53	70	4	18	6	1.25
86264--86352	34	2.6	33	83	11	101	71	3	17	6	1.21
90120--90241	40	3.0	40	100	0	244	22	17	27	32	1.96
90346--90471	47	2.8	45	84	5	155	39	7	23	30	1.81
99741--99815	35	2.1	37	85	5	100	41	14	14	29	1.86
100285--100368	11	7.3	11	71	19	55	34	3	2	59	1.28
100317--100359	15	2.7	15	78	7	50	37	2	0	60	1.10
100536--100569	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
100550--100599	21	2.4	22	80	10	59	28	4	2	66	1.21
100585--100618	9	3.9	9	88	7	52	41	0	0	58	0.98
103940--103983	19	2.2	20	84	4	54	79	6	11	2	1.01
105485--105588	36	2.9	36	94	0	172	24	24	13	38	1.91
105620--105690	37	1.9	37	88	0	106	23	21	12	42	1.87
105503--105893	102	3.9	102	94	0	660	29	20	12	37	1.89
105706--105792	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105503--105960	204	2.2	202	88	1	682	29	20	12	37	1.90
105807--105891	36	2.4	36	86	4	109	27	18	12	41	1.87
105835--105993	67	2.4	67	86	6	216	32	20	11	35	1.88
106568--107197	109	5.9	107	82	7	610	32	25	20	21	1.98
107656--107756	37	2.8	36	84	6	123	38	14	15	30	1.88
108226--108310	2	43.0	2	90	6	138	48	1	0	50	1.08
108312--108420	50	2.2	51	93	5	195	29	11	4	55	1.55
108543--108575	15	2.1	16	88	5	50	33	6	0	60	1.21
111307--111377	36	2.0	35	97	2	133	43	5	25	25	1.76

Tables:   1

The End!