genome.fa.s3906.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003906.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008449_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  176608

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1809--1838	10	2.9	10	95	5	51	30	0	0	70	0.88
4885--4953	23	3.0	23	89	0	102	30	21	21	26	1.99
4885--4980	23	4.3	22	80	11	90	28	19	23	28	1.99
11756--11846	23	4.0	22	79	8	92	24	20	23	31	1.98
14383--14434	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
16568--16605	19	2.0	19	85	10	51	42	2	0	55	1.14
16863--16919	17	3.2	17	71	23	55	40	0	3	56	1.17
16866--16971	42	2.6	41	81	8	119	44	0	2	52	1.15
16949--17004	31	1.9	30	82	13	73	44	5	0	50	1.25
17062--17105	19	2.4	19	88	7	65	47	0	0	52	1.00
17362--17420	30	2.0	30	83	6	75	27	10	8	54	1.63
21493--21547	27	2.0	27	96	0	101	43	29	7	20	1.78
21882--22091	74	2.8	75	93	5	352	19	33	25	21	1.97
27854--27915	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
29879--29920	17	2.7	15	82	13	57	14	0	28	57	1.38
29883--29916	17	2.0	17	94	0	59	11	0	32	55	1.36
30520--30725	76	2.7	76	94	3	355	19	33	25	21	1.97
31702--31858	41	3.8	41	77	7	156	28	17	24	29	1.97
31708--31890	82	2.2	81	86	4	242	27	16	24	31	1.96
31763--31890	41	3.2	40	76	3	139	28	17	24	30	1.97
32437--32486	22	2.3	22	92	0	82	40	10	16	34	1.81
33458--33507	23	2.2	23	96	0	91	38	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34182--34213	13	2.5	13	94	0	55	3	31	6	59	1.38
35455--35511	25	2.3	25	100	0	114	21	10	19	49	1.78
54129--54340	44	4.8	44	82	1	158	31	21	16	30	1.96
54174--54358	44	4.2	44	83	1	228	31	23	17	28	1.97
54174--54358	88	2.1	88	85	0	253	31	23	17	28	1.97
69325--69372	21	2.3	21	92	7	80	35	22	12	29	1.91
72705--72773	34	2.1	32	81	13	77	28	5	8	56	1.53
74459--74513	15	3.4	16	85	7	76	25	27	30	16	1.96
81482--81515	17	2.0	17	88	11	52	20	0	8	70	1.13
85396--85434	20	2.0	19	90	5	60	20	5	0	74	1.01
89277--89358	29	2.8	29	98	0	155	25	26	28	19	1.99
89369--89446	35	2.2	35	100	0	156	26	33	20	19	1.96
89434--89491	26	2.2	26	93	0	98	18	36	24	20	1.95
89423--89642	67	3.0	67	81	15	260	20	36	22	20	1.95
89501--89668	26	6.2	26	78	20	161	20	36	23	19	1.95
89558--89624	35	1.9	35	100	0	134	23	34	20	20	1.97
89418--89733	93	3.5	97	77	17	406	20	36	22	20	1.95
89381--89737	177	2.0	177	98	0	696	20	35	22	20	1.96
89600--89733	67	2.0	67	100	0	268	20	38	22	17	1.93
89678--89733	26	2.2	26	100	0	112	19	37	25	17	1.94
89756--89864	29	3.8	29	95	2	184	14	31	32	22	1.94
89865--89896	13	2.5	13	94	0	55	18	46	3	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89850--89994	72	2.0	72	100	0	290	22	37	12	27	1.90
89937--89968	13	2.5	13	94	0	55	18	46	3	31	1.65
90122--90173	25	2.1	25	92	0	86	28	9	32	28	1.89
90236--90286	21	2.5	21	90	6	79	64	0	33	1	1.05
90447--90572	40	3.1	39	70	17	105	41	0	11	46	1.41
90489--90579	45	2.0	47	87	8	134	41	0	12	46	1.41
92872--92904	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
92889--92957	22	3.0	22	73	19	77	47	7	4	40	1.51
93112--93403	26	11.7	26	74	11	234	43	10	2	43	1.52
93112--93461	124	2.8	124	96	0	646	43	10	2	43	1.51
97131--97193	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
97135--97200	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
97170--97218	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
97647--97716	33	2.0	34	89	8	106	17	52	8	21	1.70
97665--97797	16	8.2	16	77	9	135	15	54	7	21	1.66
97665--97781	49	2.4	49	88	5	166	16	53	7	22	1.67
97715--97816	34	3.1	34	81	13	140	16	49	8	25	1.75
97692--97816	65	1.9	66	91	1	207	16	51	8	24	1.72
97849--97966	29	4.1	29	100	0	236	17	37	31	13	1.89
99029--99054	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
102075--102327	81	3.0	82	76	7	269	24	20	24	30	1.99
102518--104322	106	17.0	106	94	0	2991	22	18	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111962--112071	58	1.9	58	83	5	143	44	12	0	41	1.49
147927--148155	20	11.4	20	79	5	212	37	24	17	19	1.94
148848--148894	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
149069--149093	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
151390--151703	19	17.7	19	79	17	372	45	17	22	14	1.84
151390--151694	72	4.3	72	80	13	325	46	17	21	14	1.83
151376--151697	105	3.1	101	92	6	477	46	18	22	13	1.83
151376--151697	52	6.1	52	91	7	510	46	18	22	13	1.83
151674--151789	53	2.2	52	87	1	160	18	22	18	39	1.92
151693--151809	52	2.2	53	98	1	227	13	23	17	45	1.84
151712--151809	19	5.4	19	84	13	143	14	21	17	46	1.83
151916--151952	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
153827--153945	19	6.5	19	79	9	122	46	24	20	9	1.79
153884--153976	33	2.8	33	91	3	143	47	20	20	11	1.81
153979--154068	19	5.3	18	71	24	79	7	17	27	46	1.76
153993--154051	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
153979--154100	33	3.7	33	89	1	172	9	17	27	46	1.77
154198--154605	93	4.4	93	98	0	782	45	18	13	22	1.84
156292--156398	19	5.7	20	77	15	104	46	18	23	11	1.81
156290--156354	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
156415--156471	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
156399--156479	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156456--156532	21	3.7	21	82	6	102	14	22	16	46	1.83
156612--156682	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
157062--157254	20	9.6	20	84	5	237	18	18	27	35	1.95
157761--157844	39	2.2	39	91	0	132	26	15	25	33	1.95
158450--158483	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
158606--158648	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
158617--158702	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
159053--159085	13	2.6	13	85	4	50	0	27	0	72	0.85
159124--159586	132	3.5	134	93	2	796	27	8	23	39	1.84
164776--164822	24	2.0	24	100	0	94	25	31	12	29	1.93
171194--171237	7	6.3	7	100	0	88	56	0	43	0	0.99
171865--171912	20	2.3	21	89	7	71	58	0	0	41	0.98
171865--171920	20	2.6	21	80	11	69	58	0	0	41	0.98
171872--171930	28	2.1	28	83	0	73	55	0	0	44	0.99
172054--172090	18	2.0	20	89	10	60	16	13	16	54	1.72
173576--173640	21	3.1	21	78	10	71	41	4	0	53	1.21
173576--173640	20	3.1	21	75	18	64	41	4	0	53	1.21
175099--175214	20	5.8	20	73	12	87	36	25	16	22	1.94
175099--175193	40	2.4	40	81	10	97	35	25	15	23	1.94
175174--175222	20	2.5	20	93	0	89	40	22	18	18	1.91
175339--175400	22	2.8	22	87	0	88	24	41	11	22	1.86
175660--175697	20	2.0	20	89	5	60	50	21	18	10	1.76

Tables:   1

The End!