genome.fa.s3914.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003914.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008465_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  254784

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1857--1909	27	2.0	26	96	3	97	15	22	15	47	1.82
7563--7609	14	3.2	14	82	11	58	63	0	0	36	0.94
7554--7609	24	2.4	23	82	5	60	62	0	0	37	0.95
7640--7688	20	2.6	19	81	15	57	38	4	0	57	1.18
18526--18730	32	6.2	32	75	11	182	44	18	10	25	1.82
18504--18715	32	6.3	35	72	15	153	45	18	9	25	1.81
18587--18714	18	7.4	18	64	17	56	43	19	10	26	1.83
18556--18730	68	2.6	68	93	1	289	44	18	11	25	1.83
19404--19466	31	2.1	29	82	5	72	41	11	9	38	1.73
23522--23644	31	4.0	31	81	0	129	26	13	14	45	1.82
25570--25596	10	2.7	10	100	0	54	29	11	18	40	1.85
25570--25612	20	2.2	20	83	8	52	30	11	20	37	1.89
26367--26590	112	2.0	112	99	0	439	20	13	23	42	1.88
29441--29510	18	3.7	18	76	14	77	20	22	31	25	1.98
35388--35421	17	2.0	17	100	0	68	11	17	35	35	1.87
39944--40086	71	2.0	70	97	1	268	13	22	23	40	1.89
44044--44070	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
45096--45145	22	2.3	21	76	6	55	60	2	2	36	1.20
49779--49853	37	2.0	37	82	5	89	49	4	1	45	1.29
50363--50388	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
51820--51891	13	6.0	13	80	18	93	18	22	44	15	1.86
51813--51861	20	2.5	20	100	0	98	20	24	40	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51894--51948	10	5.6	10	81	10	69	36	29	20	14	1.92
51894--51948	19	2.8	20	84	10	69	36	29	20	14	1.92
59077--59126	13	4.3	13	72	27	58	16	24	44	16	1.86
59070--59136	20	3.5	20	90	9	104	17	23	43	14	1.87
59083--59143	18	3.3	18	90	9	88	13	22	47	16	1.81
59077--59153	31	2.4	32	91	4	120	16	22	45	15	1.85
59097--59126	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
59121--59153	13	2.5	13	95	0	57	15	21	48	15	1.81
59081--59164	31	2.6	31	83	3	105	19	22	42	15	1.88
59156--59210	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93
59156--59211	19	2.9	19	87	10	78	33	28	21	16	1.95
69975--70014	19	2.1	19	95	0	71	47	15	2	35	1.58
71264--71306	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
72657--72891	20	11.6	21	77	6	180	33	20	19	25	1.97
72657--72734	41	1.9	40	84	2	102	37	20	21	20	1.95
72614--72876	142	1.8	143	90	0	429	30	22	19	28	1.97
72677--72869	41	4.7	41	79	3	140	31	21	19	27	1.97
72792--72891	41	2.5	41	85	1	121	41	21	18	20	1.91
72596--72915	142	2.2	141	82	4	426	31	22	19	27	1.97
73441--73512	20	3.6	19	79	7	81	51	18	16	13	1.77
73501--73565	14	4.3	14	73	17	58	46	23	21	9	1.80
73496--73576	33	2.5	33	93	0	135	46	23	19	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73572--73731	19	9.1	19	67	21	98	13	23	18	45	1.84
73580--73703	33	3.7	33	91	1	194	13	22	19	44	1.86
73594--73682	14	5.6	14	68	23	52	11	23	20	44	1.83
73577--73731	66	2.2	68	87	7	215	12	22	18	46	1.83
73577--73732	20	8.9	19	66	22	81	13	22	17	46	1.83
75421--75796	94	4.1	93	90	2	553	22	12	17	47	1.81
75887--75963	19	4.0	19	84	3	109	49	16	22	11	1.78
75887--76011	39	3.4	38	79	13	125	48	21	19	11	1.80
75887--76002	20	6.3	19	78	13	116	49	21	19	9	1.77
76008--76090	19	4.7	18	68	17	57	13	19	21	45	1.84
77980--78015	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
78174--78310	19	7.7	19	67	16	87	13	22	18	45	1.84
78178--78272	33	2.9	33	91	0	154	12	22	18	46	1.83
80825--80878	24	2.2	24	90	0	81	38	20	18	22	1.93
81755--81928	61	2.9	61	83	5	201	37	17	21	23	1.94
81747--81902	41	3.9	40	89	5	210	37	17	19	25	1.93
81747--81928	20	9.0	21	80	6	196	37	17	20	24	1.94
81755--81928	41	4.3	41	85	5	187	37	17	21	23	1.94
89361--89395	16	2.2	16	94	0	61	62	0	2	34	1.10
92697--92761	23	2.8	23	80	0	76	18	16	15	49	1.80
93999--94030	17	1.9	17	93	6	57	34	0	0	65	0.93
94884--94946	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95944--95981	20	1.9	20	88	0	58	26	26	5	42	1.76
96974--97086	57	2.0	57	98	0	217	32	12	17	37	1.87
97506--97536	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
104716--104763	18	2.7	18	84	12	55	22	29	10	37	1.88
108837--108996	65	2.5	63	79	6	178	33	23	16	26	1.95
110375--110402	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
110402--110439	2	19.0	2	94	0	67	47	2	50	0	1.15
115852--115924	25	3.0	24	76	13	69	24	24	23	27	2.00
115857--115909	25	2.2	24	86	3	70	22	26	22	28	1.99
115888--115940	25	2.1	24	83	10	70	26	24	22	26	2.00
130755--130800	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
131048--131096	18	2.7	18	81	9	55	36	0	2	61	1.08
139284--139357	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
141624--141656	16	2.1	16	88	5	50	78	0	6	15	0.93
144539--144566	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
145789--145871	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
150558--150640	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
151505--151545	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
154704--154804	29	3.5	29	91	0	130	19	38	29	11	1.88
154751--154816	29	2.5	25	88	11	89	24	33	36	6	1.80
155031--155115	29	2.9	29	83	0	107	12	29	40	17	1.87
162995--163019	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164149--164173	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
165034--165076	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
165034--165205	66	2.6	66	80	7	195	27	26	26	19	1.99
165508--165577	27	2.5	28	88	4	97	38	11	12	37	1.80
165591--165668	30	2.6	29	80	8	84	34	8	20	35	1.84
165871--165937	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
171545--171585	21	2.0	21	85	0	55	29	29	24	17	1.97
171565--171716	68	2.2	68	87	1	207	26	26	27	19	1.99
172019--172090	29	2.5	29	90	0	108	38	11	12	37	1.79
172104--172181	30	2.6	29	80	8	84	34	8	20	35	1.84
172382--172448	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
173689--173736	21	2.3	20	82	6	60	45	20	12	20	1.83
176130--176163	13	2.7	13	95	4	61	38	11	23	26	1.89
176273--177188	6	153.3	6	99	0	1804	50	0	16	33	1.46
177283--177356	21	3.6	21	78	7	98	33	28	20	17	1.95
177269--177352	40	2.0	42	95	4	154	34	25	20	20	1.96
182272--182296	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
182367--182391	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
186183--186219	14	2.6	14	100	0	74	35	5	24	35	1.78
216224--216310	38	2.3	38	92	5	142	37	37	11	12	1.80
216470--216559	38	2.4	38	92	3	146	42	35	11	11	1.76
217054--217100	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218911--218944	16	2.1	16	89	10	52	32	2	0	64	1.08
223317--223718	201	2.0	199	96	3	736	22	25	22	29	1.99
224691--224741	18	2.8	17	75	21	50	23	0	11	64	1.26
231154--231287	3	44.7	3	87	0	133	1	23	34	41	1.64
231154--231287	21	6.4	21	89	0	169	1	23	34	41	1.64
239180--239220	20	2.2	17	87	12	55	48	4	0	46	1.23
244157--244207	2	26.0	2	88	4	77	54	0	0	45	0.99
246872--246905	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
247588--247651	20	3.2	20	91	4	103	56	0	14	29	1.39
250983--251044	19	3.4	19	74	17	76	3	14	30	51	1.58

Tables:   1   2