genome.fa.s4010.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004010.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008743_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  89933

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
448--500	20	2.7	20	87	0	70	24	20	30	24	1.99
6202--6273	27	2.7	27	95	0	126	29	25	8	37	1.85
7169--7209	13	3.4	12	78	21	50	56	4	0	39	1.21
9249--9306	23	2.5	23	80	0	71	51	8	24	15	1.71
12093--12159	27	2.4	28	85	5	91	28	4	1	65	1.21
13024--13261	36	6.9	36	76	11	239	30	36	12	20	1.90
13024--13601	66	8.7	67	80	9	399	29	37	12	21	1.90
13053--13321	30	8.3	32	64	17	119	30	37	12	19	1.89
13129--13604	126	3.7	127	87	3	641	29	37	11	22	1.89
13123--13487	30	11.6	30	66	15	164	30	36	11	21	1.89
13024--13601	36	17.4	35	67	18	231	29	37	12	21	1.90
13315--13566	30	7.8	30	63	21	82	27	36	11	24	1.90
14502--14535	16	2.1	16	88	0	50	38	0	2	58	1.13
15370--15477	2	54.0	2	100	0	216	50	0	0	50	1.00
18276--18337	24	2.6	24	86	0	88	12	11	22	53	1.71
19853--19917	16	4.1	16	91	0	103	7	12	23	56	1.61
19853--19925	32	2.3	32	86	4	105	9	10	20	58	1.59
19987--20018	16	2.0	16	100	0	64	6	12	25	56	1.59
20377--20571	64	3.1	63	76	12	236	32	8	9	49	1.66
21928--22220	36	8.4	36	86	6	397	29	36	15	19	1.92
21935--22220	105	2.8	104	88	2	414	29	36	15	19	1.92
21955--22322	72	5.3	70	82	8	328	29	36	13	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22027--22322	138	2.2	138	84	4	368	29	36	13	20	1.91
22270--22326	30	1.9	30	85	7	80	33	40	5	21	1.75
24378--24408	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
24407--24437	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
24632--24859	36	6.7	35	74	13	190	30	35	12	21	1.91
24633--24757	66	1.9	66	91	0	205	28	37	12	20	1.90
24735--24958	66	3.3	66	80	9	261	29	35	11	23	1.90
24630--24859	102	2.3	102	92	1	372	30	35	13	20	1.91
24909--24965	30	1.9	30	88	0	87	33	42	5	19	1.74
27170--27211	20	2.0	22	86	9	61	50	0	0	50	1.00
27557--27605	17	2.8	17	78	6	53	40	2	2	55	1.23
29181--29215	13	2.7	13	90	0	61	48	0	0	51	1.00
29689--29773	8	10.6	8	85	14	122	36	0	29	34	1.58
29683--29773	24	3.8	24	94	5	150	37	0	29	32	1.58
38624--38680	29	2.0	29	89	0	87	36	21	15	26	1.93
38836--38905	32	2.2	32	94	0	122	28	12	18	40	1.88
40163--40242	23	3.5	23	82	0	97	56	18	13	11	1.67
40141--40246	46	2.3	47	83	3	142	55	17	14	12	1.69
41458--41482	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
42286--42328	18	2.4	18	96	0	77	46	6	6	39	1.58
42838--42896	17	3.5	17	74	4	57	30	5	1	62	1.26
42825--42903	33	2.4	33	91	2	122	29	3	1	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43769--43980	36	6.4	36	68	18	136	28	38	12	20	1.89
43796--44238	66	6.9	66	82	11	573	29	37	11	21	1.89
43802--43898	30	3.2	30	61	16	74	25	38	15	20	1.92
43898--44199	30	9.6	30	62	13	77	29	38	10	22	1.87
43799--44238	126	3.5	126	86	7	617	29	37	11	21	1.89
44160--44325	84	1.9	86	87	3	246	26	41	10	21	1.85
45147--45180	16	2.1	16	88	0	50	38	0	2	58	1.13
46202--46311	2	55.0	2	100	0	220	50	0	0	50	1.00
48469--48539	26	2.7	27	93	6	128	49	0	0	50	1.00
48852--48887	19	1.9	18	88	5	54	22	0	2	75	0.94
51563--51618	29	1.9	29	92	0	94	33	17	21	26	1.96
51776--51845	32	2.2	32	97	0	131	27	12	20	40	1.88
53120--53231	23	4.8	24	76	4	102	56	16	14	13	1.68
53119--53231	47	2.4	47	83	0	154	56	15	14	13	1.67
53401--53448	14	3.7	14	74	25	52	58	18	12	10	1.62
53398--53467	24	2.9	24	89	4	97	60	15	11	12	1.60
53445--53479	14	2.5	14	100	0	70	57	8	14	20	1.63
54698--54726	11	2.6	11	100	0	58	44	17	6	31	1.75
57070--57126	29	2.0	29	89	0	87	36	21	15	26	1.93
57283--57357	32	2.3	32	88	0	114	26	12	18	42	1.85
57828--57871	23	2.0	23	86	8	65	50	18	18	13	1.79
58612--58650	14	2.8	14	100	0	78	64	20	7	7	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58664--58744	23	3.5	23	80	9	92	56	18	13	11	1.66
58641--58724	24	3.5	24	76	9	91	54	19	15	10	1.69
58922--58969	14	3.7	14	74	25	52	58	18	12	10	1.62
58919--58974	24	2.3	24	93	6	96	60	17	10	10	1.57
60816--60858	18	2.4	18	96	0	77	46	6	6	39	1.58
61368--61426	17	3.5	17	74	4	57	30	5	1	62	1.26
61355--61433	33	2.4	33	91	2	122	29	3	1	65	1.17
62295--62506	36	6.4	36	68	18	136	28	38	12	20	1.89
62322--62902	66	8.9	66	81	11	698	28	37	11	21	1.89
62328--62424	30	3.2	30	61	16	74	25	38	15	20	1.92
62325--62902	126	4.5	124	86	7	673	28	37	11	21	1.89
62706--62899	36	5.6	36	71	14	145	28	37	11	23	1.89
62418--62866	30	13.9	30	65	15	137	28	37	10	22	1.88
63761--63794	16	2.1	16	88	0	50	38	0	2	58	1.13
70344--70388	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
70421--70456	19	1.9	18	88	5	54	22	0	2	75	0.94
71421--71464	16	2.7	15	83	13	52	40	0	0	59	0.98
72184--73365	66	17.7	67	69	17	503	29	36	14	19	1.91
72184--72852	102	6.6	102	94	1	1164	28	36	14	19	1.91
72831--72870	18	2.2	18	90	0	62	15	57	7	20	1.61
72148--73365	36	35.3	36	73	14	845	29	36	14	20	1.91
72796--72906	54	2.1	54	94	0	195	24	43	12	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72693--73308	138	4.0	156	73	18	577	28	38	14	19	1.90
72849--73308	102	4.5	102	96	0	834	28	38	14	18	1.90
72319--73398	66	16.3	66	76	11	749	28	37	14	19	1.91
76170--76218	17	2.8	17	78	6	53	40	2	2	55	1.23
78360--78417	29	2.0	30	82	3	73	39	12	3	44	1.58
80065--80135	20	3.5	20	96	0	133	42	16	14	26	1.87
81407--81531	28	4.6	28	78	14	111	44	20	18	16	1.86
81408--81531	56	2.3	53	79	9	133	45	20	18	15	1.86
82197--82224	13	2.2	13	100	0	56	42	21	21	14	1.88
84969--85003	17	2.1	17	100	0	70	34	5	11	48	1.63
85229--85264	17	2.2	17	95	5	65	27	11	5	55	1.57

Tables:   1

The End!