genome.fa.s4028.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004028.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008800_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  218703

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728--2762	3	12.3	3	88	11	56	34	0	0	65	0.93
2731--2762	8	3.9	8	95	4	55	34	0	0	65	0.93
2728--2761	11	3.1	11	84	16	52	35	0	0	64	0.94
3358--3389	11	2.8	12	81	18	50	56	0	0	43	0.99
7622--7755	18	7.6	17	72	9	99	36	9	11	42	1.74
7627--7758	70	1.9	70	81	9	162	37	9	11	40	1.74
7619--7761	35	4.1	35	78	4	130	36	9	11	41	1.75
8299--8350	23	2.3	23	76	3	61	36	13	9	40	1.77
9415--9461	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
9466--9529	20	3.2	20	93	0	101	37	20	21	20	1.94
9728--9788	22	2.9	21	80	9	70	26	36	14	22	1.93
10152--10207	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
10171--10214	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
12084--12157	33	2.2	34	85	2	96	45	21	18	13	1.84
12166--12221	20	2.8	20	91	0	85	41	19	16	23	1.90
12267--12331	20	3.2	20	88	0	94	20	18	24	36	1.94
12812--12904	42	2.2	42	82	3	107	22	35	16	25	1.94
12816--12914	21	4.8	20	73	8	74	23	31	20	25	1.98
14298--14333	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
14472--14525	20	2.8	20	94	2	92	48	18	20	12	1.81
14530--14582	20	2.7	20	94	2	90	13	20	18	47	1.82
14587--14661	20	3.8	20	85	5	107	21	22	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17933--18039	20	5.3	20	93	0	169	24	18	26	30	1.98
18026--18102	20	3.8	20	96	0	145	16	19	23	40	1.91
18095--18141	21	2.2	20	82	10	58	34	17	27	21	1.95
30099--30201	45	2.3	45	81	3	118	26	28	28	17	1.98
30259--30285	14	1.9	14	100	0	54	22	22	33	22	1.97
30625--30687	27	2.3	27	76	10	65	39	9	22	28	1.85
38816--38882	21	3.2	21	95	0	116	16	25	17	40	1.90
38879--38971	20	4.7	20	98	0	177	38	21	20	19	1.93
38958--39024	20	3.3	20	95	0	116	31	26	19	22	1.98
39866--39919	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
42356--42444	20	4.4	20	84	2	117	35	25	21	16	1.94
42449--42508	19	3.4	18	69	21	56	45	20	21	13	1.85
42416--42544	33	3.8	33	89	2	177	43	20	22	13	1.86
42468--42522	14	3.6	14	73	21	56	41	20	23	14	1.89
44114--44225	42	2.7	42	76	5	111	22	18	37	21	1.94
44705--44793	20	4.4	20	91	0	124	35	24	19	20	1.95
44816--44971	34	4.4	34	69	10	125	16	19	21	42	1.89
44838--44994	20	8.5	20	74	18	117	17	18	21	42	1.90
46883--46920	20	1.9	20	94	0	67	31	23	21	23	1.98
47153--47248	20	4.8	20	88	5	149	22	16	16	43	1.87
53693--53768	8	9.5	8	100	0	152	25	11	25	38	1.89
62494--62528	12	2.9	12	91	0	52	22	8	20	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66649--66688	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
66683--66781	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
66767--66821	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
67017--67073	21	2.7	21	94	0	96	19	24	26	29	1.98
67218--67274	15	3.6	15	77	11	60	31	12	12	43	1.79
67220--67271	16	3.2	16	78	5	59	34	9	11	44	1.73
67238--67271	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
67365--67396	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
76903--76929	9	3.0	9	100	0	54	22	33	22	22	1.97
85989--86130	51	2.8	51	79	7	173	56	25	2	16	1.51
86081--86119	19	2.1	19	85	9	53	71	17	0	10	1.12
86015--86135	17	7.2	17	66	16	56	57	24	1	15	1.47
87209--87286	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
87293--87510	103	2.1	103	95	0	391	37	23	13	26	1.91
88266--88316	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
93788--93829	17	2.5	17	81	18	52	26	0	21	52	1.47
93767--93903	49	2.8	50	86	4	179	19	0	25	54	1.50
100167--100191	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
101538--101607	25	2.9	23	83	10	95	52	1	2	42	1.24
102194--102257	3	21.7	3	96	3	121	34	0	0	65	0.93
108512--108569	24	2.4	24	94	0	98	8	34	1	55	1.41
119264--119711	229	2.0	226	94	2	781	45	8	7	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119942--119988	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
119951--119993	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
122220--122284	21	3.1	21	77	6	60	40	15	27	16	1.89
122318--122383	33	2.0	33	87	0	96	27	0	48	24	1.51
124177--124225	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
124344--125113	199	3.9	199	96	1	1431	37	15	15	31	1.89
124344--125113	394	1.9	397	96	1	1438	37	15	15	31	1.89
126577--126641	12	5.4	12	92	0	76	36	6	33	23	1.80
126574--126641	6	11.3	6	85	0	64	38	5	33	22	1.78
126589--126642	3	18.0	3	84	0	72	37	3	33	25	1.74
126585--126642	12	4.8	12	93	0	89	36	5	32	25	1.78
128062--128766	183	3.9	183	95	1	1247	35	14	16	33	1.89
131224--131288	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
131632--131695	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
131632--131704	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
131707--131745	20	2.0	20	89	0	60	25	15	10	48	1.76
131972--132022	25	2.0	25	88	0	75	35	7	17	39	1.79
132705--132775	36	2.0	36	94	0	124	47	22	11	18	1.80
133192--133264	23	3.2	23	86	0	92	34	4	20	41	1.72
148714--148777	24	2.7	24	100	0	128	48	23	3	25	1.65
150378--150436	30	2.0	30	100	0	118	23	16	20	38	1.92
150646--150703	30	1.9	30	82	0	71	22	18	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164145--164196	21	2.5	21	80	0	59	44	15	36	3	1.65
164512--164656	43	3.4	43	82	4	134	31	20	17	30	1.96
164533--164657	43	2.9	44	83	4	139	30	21	17	30	1.96
164750--164887	43	3.2	43	77	2	143	36	22	18	22	1.95
164822--164906	43	2.0	43	81	4	100	34	23	17	24	1.96
165181--165290	52	2.1	52	89	3	168	31	7	8	52	1.58
165329--165392	31	2.1	31	87	0	92	28	9	6	56	1.55
167707--167759	5	10.8	5	79	4	63	75	0	1	22	0.90
168035--168090	26	2.2	26	96	0	103	26	14	12	46	1.80
168214--168257	18	2.4	18	80	0	52	15	11	9	63	1.51
170775--170817	17	2.7	16	80	20	54	60	0	0	39	0.97
172160--172201	6	7.0	6	100	0	84	0	16	50	33	1.46
172291--172416	21	5.8	21	76	12	130	38	19	19	22	1.93
172284--172425	42	3.3	42	85	3	203	37	19	19	23	1.94
172291--172450	86	1.9	84	87	6	232	38	19	20	22	1.94
172291--172431	21	6.6	21	75	12	103	38	19	19	21	1.94
176802--176840	15	2.6	15	91	0	69	35	33	5	25	1.78
180476--180532	25	2.3	25	93	0	96	40	26	15	17	1.90
183337--183430	31	3.0	31	89	3	136	36	23	20	20	1.95
187555--187648	31	3.0	31	89	3	136	36	23	20	20	1.95
188579--188623	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
200663--200711	24	2.0	24	84	7	64	26	2	12	59	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201186--201219	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
207553--207595	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
207552--207601	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
210899--210948	24	2.1	24	85	7	66	26	2	12	60	1.43
211423--211456	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
214441--214499	21	2.7	22	78	5	66	27	22	25	25	2.00
214422--214502	23	3.6	22	78	8	92	24	24	24	25	2.00
217106--217313	65	3.2	63	79	12	208	31	23	17	27	1.97
218620--218667	22	2.1	23	85	11	64	25	2	25	47	1.62

Tables:   1

The End!