genome.fa.s4048.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004048.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008843_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  625444

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--4450	7	652.1	7	88	7	6229	42	43	2	10	1.54
4447--4509	7	9.0	7	100	0	126	14	57	28	0	1.38
5410--5444	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
5615--5848	20	12.6	20	73	15	191	35	22	18	23	1.96
5615--5848	34	6.3	40	79	10	191	35	22	18	23	1.96
5657--5848	54	3.5	54	81	10	217	34	22	19	23	1.97
5838--5915	20	3.9	20	89	0	111	12	17	25	43	1.85
5967--6143	64	2.6	67	81	8	173	51	15	2	31	1.55
8037--8079	20	2.2	20	95	0	77	51	23	11	13	1.74
8066--8134	20	3.5	20	91	0	111	34	26	21	17	1.95
8065--8153	40	2.4	37	78	14	103	37	23	22	16	1.94
8171--8215	19	2.4	19	81	3	56	46	26	13	13	1.80
8211--8248	20	1.9	20	88	0	58	13	18	18	50	1.78
8215--8302	33	2.6	34	76	3	97	14	18	19	47	1.82
8282--8325	20	2.2	20	95	0	79	15	20	22	40	1.90
10249--10353	19	5.4	20	85	3	108	49	20	15	14	1.79
10729--10782	22	2.5	22	84	0	81	20	18	40	20	1.91
10971--11055	40	2.1	40	82	6	100	34	15	25	24	1.95
11039--11096	19	3.1	19	87	0	89	18	15	31	34	1.93
16676--16704	13	2.2	13	100	0	58	20	0	13	65	1.26
28352--28391	16	2.6	16	88	4	55	35	20	7	37	1.81
32089--32144	29	2.0	29	86	10	80	41	5	1	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32089--32158	29	2.4	30	79	13	76	38	4	1	55	1.28
32311--32370	28	2.1	28	93	0	102	33	8	1	56	1.39
32430--32487	10	5.6	10	78	8	53	70	3	3	22	1.17
36840--36887	23	2.1	23	81	11	55	47	6	6	39	1.54
63949--64551	301	2.0	301	98	0	1170	24	17	15	41	1.89
71143--71224	30	2.7	30	81	7	94	35	15	6	42	1.72
72120--72173	24	2.2	24	100	0	108	16	20	14	48	1.81
79456--79630	87	2.0	87	95	2	316	30	20	10	38	1.86
79831--79927	47	2.1	47	98	0	185	32	7	10	49	1.64
82602--82634	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
86675--86705	14	2.2	14	94	0	53	3	12	25	58	1.50
86774--86814	16	2.7	16	85	7	59	12	4	19	63	1.46
87584--87842	44	6.0	43	69	12	140	50	6	15	27	1.69
87686--87842	46	3.6	44	76	10	144	52	6	14	26	1.65
87686--87801	43	2.8	41	82	10	128	51	6	16	25	1.69
87672--87802	44	3.1	44	76	15	141	52	6	16	25	1.66
94208--94368	32	5.0	32	79	4	155	33	16	12	37	1.86
94217--94368	64	2.4	64	84	0	187	33	15	13	37	1.86
103542--103585	17	2.6	17	77	0	52	59	0	0	40	0.98
104658--104719	21	3.0	21	92	0	97	54	3	8	33	1.46
111229--111554	164	2.0	163	90	1	519	34	11	15	39	1.83
112592--112639	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112759--113571	408	2.0	407	98	0	1583	39	12	8	39	1.73
116036--117073	184	5.7	184	98	0	1981	34	15	14	35	1.89
118538--118611	3	24.7	3	78	0	76	25	33	5	35	1.79
118546--118636	42	2.2	42	87	0	128	21	32	7	37	1.82
118551--118618	9	7.6	9	73	6	57	23	33	7	35	1.83
118542--118639	6	16.3	6	76	8	56	21	32	7	38	1.81
120104--121925	199	9.1	200	98	0	3399	31	15	15	38	1.88
120104--121925	399	4.6	399	98	0	3395	31	15	15	38	1.88
120104--121925	598	3.0	597	97	0	3434	31	15	15	38	1.88
122007--122051	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
123846--123911	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
126216--126258	20	2.3	18	82	17	61	20	16	9	53	1.70
126221--126267	20	2.3	20	89	10	78	19	17	8	55	1.67
126389--126434	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
126500--126945	227	2.0	227	93	1	770	39	7	7	45	1.61
130406--130731	164	2.0	163	90	1	519	34	11	15	39	1.83
134092--134141	22	2.3	22	85	0	64	38	26	14	22	1.91
135379--135411	12	3.0	11	87	12	50	54	0	36	9	1.32
136487--136528	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
148061--148105	20	2.2	20	92	0	72	71	4	0	24	1.05
154231--154294	31	2.1	32	91	5	105	32	6	6	54	1.50
154231--154312	31	2.6	30	79	11	94	28	8	8	54	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159942--159985	5	8.8	5	100	0	88	40	0	0	59	0.98
162067--162243	72	2.4	69	81	11	203	42	4	5	47	1.47
162063--162244	36	5.1	37	71	19	127	42	4	5	47	1.46
163599--163640	13	3.0	13	89	10	57	23	16	14	45	1.84
175607--175661	26	2.1	27	89	3	85	32	21	14	30	1.93
179729--179772	20	2.2	20	84	8	54	34	15	20	29	1.94
181381--181536	59	2.6	60	79	9	151	42	3	19	33	1.68
183793--183835	21	2.0	21	95	0	77	46	11	13	27	1.78
185028--185123	29	3.2	29	68	18	81	34	16	3	45	1.63
185033--185173	60	2.3	59	81	9	160	32	19	4	42	1.73
187913--187939	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
188877--188931	20	2.9	18	75	20	58	0	18	14	67	1.24
188877--188932	19	2.9	20	74	12	55	0	17	14	67	1.22
189383--189447	3	21.7	3	96	0	112	63	0	3	33	1.10
189734--190641	113	8.0	113	97	0	1701	30	19	13	37	1.90
191374--191835	83	5.6	83	98	0	888	38	23	13	25	1.91
192980--193058	6	13.3	6	80	14	60	0	13	2	83	0.75
192980--193055	21	3.5	22	77	15	86	0	13	2	84	0.73
192980--193058	22	3.6	22	81	13	101	0	13	2	83	0.75
203669--203703	15	2.5	13	90	9	52	68	2	5	22	1.24
203712--203782	28	2.6	28	76	12	76	61	0	5	32	1.19
205911--205972	3	20.7	3	100	0	124	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206472--206505	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
206505--206554	22	2.3	22	96	0	91	44	0	4	52	1.20
211588--211647	16	3.8	16	72	12	61	53	20	15	11	1.72
211951--211982	15	2.1	15	100	0	64	28	0	18	53	1.45
212021--212080	30	2.0	30	86	0	84	35	16	10	38	1.82
221425--221474	23	2.2	23	81	0	55	16	20	14	50	1.78
221437--221482	23	2.0	23	95	0	83	10	21	15	52	1.73
221751--221784	17	2.0	17	100	0	68	17	11	11	58	1.62
234888--234931	22	2.0	23	81	4	54	54	2	0	43	1.12
234851--234964	38	3.0	37	79	8	131	46	6	3	43	1.45
252415--252474	26	2.4	25	86	8	79	36	1	20	41	1.62
253444--253479	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
273013--273307	153	1.9	153	96	1	547	33	11	14	39	1.83
274366--274463	47	2.2	45	88	5	144	37	17	19	25	1.93
286133--286206	29	2.5	30	79	16	93	24	17	12	45	1.82
286152--286218	29	2.3	29	82	12	75	29	14	8	46	1.76
286174--286401	116	2.0	116	87	5	336	27	11	6	55	1.59
287077--287148	36	2.0	36	100	0	144	19	30	5	44	1.73
301846--301918	37	1.9	38	88	2	112	53	5	19	21	1.65
305867--305929	24	2.6	24	87	0	90	9	12	22	55	1.65
309006--309179	87	2.0	87	96	0	321	33	14	28	22	1.94
310787--310826	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315021--315071	21	2.4	21	78	15	59	54	3	0	41	1.19
321291--321333	22	1.9	23	90	4	70	30	16	23	30	1.96
325814--325917	34	3.1	34	97	1	192	55	6	13	24	1.62
336294--336370	33	2.4	32	79	12	77	15	22	11	50	1.76
340041--340115	6	12.5	6	73	5	53	16	17	36	30	1.91
340044--340115	30	2.4	30	90	0	117	15	18	36	30	1.91
342499--342622	62	2.0	62	100	0	248	24	29	20	25	1.99
344902--344962	30	2.1	30	82	14	74	40	18	8	32	1.80
347283--347317	17	2.1	17	100	0	70	65	5	5	22	1.36
348954--348993	18	2.2	19	86	4	55	32	2	10	55	1.47

Tables:   1   2   3